3UEMA

Crystal structure of human pdi bb'a' domains
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
360
structure length
358
Chain Sequence
HHHSSGLEVLFQGPGSEFATTLPDGAAAESLVESSEVAVIGFFKDVESDSAKQFLQAAEAIDDIPFGITSNSDVFSKYQLDKDGVVLFKKFDEGRNNFEGEVTKENLLDFIKHNQLPLVIEFTEQTAPKIFGGEIKTHILLFLPKSVSDYDGKLSNFKTAAESFKGKILFIFIDSDHTDNQRILEFFGLKKEECPAVRLITLEMTKYKPESEELTAERITEFCHRFLEGKIKPHLMSQELPEDWDKQPVKVLVGKNFEDVAFDEKKNVFVEFYAPWCGHCKQLAPIWDKLGETYKDHENIVIAKMDSTANEVEAVKVHSFPTLKFFPASADRTVIDYNGERTLDGFKKFLESGGQDGA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Human protein-disulfide isomerase is a redox-regulated chaperone activated by oxidation of domain a'
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protein disulfide-isomerase
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 358
sequence length 360
ec nomenclature ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date 2011-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF13848 Thioredoxin_6 Thioredoxin-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3uemA03
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3uemA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3uemA01
4MJEA 3WGXA 2NPBA 3UL3A 2HZFA 4XCSA 1AQWA 1Z7RA 4YAPA 3TCOA 4K7IA 4PUFC 4F03A 2DMLA 1LJRA 1Q4JA 2FA8A 3FKFA 3VWUA 1G0TA 2WULA 3I9V2 4L5OA 4KDXA 4PNGA 3EWLA 1GL8A 2I3YA 5DALA 4MF6A 5JWQB 5B6NA 1F6MC 2B5EA 4YQUA 1HNCA 2VOCA 3FK8A 5EY6A 5A5KA 1XXUA 1M2DA 1AIUA 5ID2A 4TXVA 3C71A 1OYJA 4KB3A 2CT6A 3ZREA 1TU7A 5EL8A 3KD0A 2VL3A 3NIVA 2CAIA 1IYHA 3LGCA 1T7PB 3DEXA 3MSZA 4D73B 2YWNA 3NZNA 1PL2A 2HSYA 4L0UA 3HYPA 1O81A 2OKAA 4NPBA 4K7OA 2X8GA 2LJAA 1ZCPA 1WP0A 3GUSA 2L5LA 3W8JA 2B7KA 2EIQA 2B1KA 2H1BA 2AHEA 1FB0A 14GSA 2J9HA 2VLVA 2PGTA 1YY7A 1ZL9A 2L4QA 2O89A 2RM5A 2JU5A 3A3TA 1ZGNA 1TRUA 1A2JA 4N0VA 1XOAA 2H76A 2JL4A 3VURA 5LD0A 1SK0A 5D9VA 1XW6A 5JCWA 3TJBA 1EGOA 5H5QA 4RQRA 1FVJA 1DSBA 3ZL5A 4XS6A 3LORA 2CA8A 1MDJA 1B4QA 3PINA 3L9VA 5H5SA 3D21A 3D4MA 3GX8A 4KSMA 4ZL8A 5AIVA 3KJYA 2B6MA 4IN0A 3M9JA 1FW1A 2CX3A 3GKNA 2L59A 1CQHA 2R5GA 1JFUA 3ERFA 1OC3A 2C3NA 4IGJA 3G7JA 1Z3EA 4TR3A 5IMFA 1K0CA 5CYYA 2LEGA 1A23A 1F37A 1EEJA 3HXSA 3TJKA 3KH7A 4NV2A 1QQ2A 4J56E 2F8AA 2TRCP 2IMEA 3IE3A 4E8EA 4Q5RA 4GRFA 4V2LA 1IYIA 5DDLA 2IPAA 3DGQA 2VM2A 1BAYA 5LCZA 4WBJA 3KH9A 2E0QA 5B6MA 1JLWA 3APOA 1UN2A 3E3EA 3QD9A 3ZFLA 2H1DA 1O6JA 3FYGA 3DD3A 2V6KA 17GSA 6GSTA 2V41A 3O6TA 2D2ZA 1GSQA 3ZYWA 1R26A 4FIWA 2YZHA 3VLNA 1UVZA 5A4WA 5ECQB 2DLXA 2KOKA 4K1FA 1X9MB 1XWBA 4JE1A 5IMDA 2I81A 2VIMA 2NTOA 3LJRA 4ZL7A 3IHQA 3FZ5A 3E9JB 1GULA 3VFIA 1YF1A 2WCIA 2HLSA 2DJ3A 5ECHB 3TKRA 3TOTA 2XPEA 4YQVA 2IJYA 4P3YB 4IP1A 1XWAA 4IQ1A 2DJ0A 2EC4A 7GSSA 4IVFA 1TK5B 2AJQB 5HR1A 2H19A 4NWYA 1GSFA 1W89A 2NDOA 2PVOC 5D96A 2O8VB 2YPMA 3ZVJD 3M0FA 2A4VA 4V1Ap 1SJIA 2C80A 4IJ3A 3QAVA 2LJKA 1FB6A 1M9BA 5ECKB 1K0OA 4XS4A 22GSA 1WWJA 3GKXA 4AJ8A 4HQZA 5F8BA 3RPPA 2DBCA 2PVQA 1XZOA 4ZBAA 4BPYA 2LSTA 1K3YA 1J9BA 3TKQA 2C0FA 5H5RA 1A2LA 1NHYA 1URMA 2H74A 2YP6A 1B4PA 2GS3A 2F9SA 1B48A 2VM1A 5DAKB 4WR4A 4GTUA 3GL3A 1RQMA 2DJ2A 1K0DA 4I2UA 2YN1A 1B9XC 3PH9A 1SK1A 4J2FA 3E0UA 2V6OA 2HI7A 2R2JA 5G2ZA 5KN0A 1TRSA 4G9HA 1G7OA 2M80A 1XIYA 6GSUA 5E59A 3FZ9A 2CV4A 1V57A 1VF3A 2RIIA 12GSA 2KP2A 3U5RE 3ERGA 2H0GA 2KLXA 1U87A 4ML1A 2MMNA 5G31A 1GTBA 4G10A 1AUCA 5A4VA 3FR9A 4AJ6A 5EVOA 1O7UA 2X99A 4CW9A 2X8HA 5DJMA 1NW2A 3LXZA 3VWXA 1EZKA 4EDZA 3D6IA 5DCGA 2FHEA 1MDIA 4PQ1A 5KEJA 2FY6A 2PERA 4WETA 3KP9A 1SENA 2BMXA 3DVXA 3WT1A 1SYXA 1FOVA 3GV1A 1FAAA 4TKYA 2VD1A 3FZ4A 2CVBA 4HZ4A 4QL7A 2KUCA 1WPIA 4ILFA 3FEUA 1ON4A 5ECLB 2C0GA 3KMNA 3TJGA 3SWLA 1YEXA 1FVKA 1CQGA 3TJFA 2PPTA 4RI6A 2JADA 4MZWA 2HFDA 1V98A 3GX0A 2HSHA 3GTUA 1TJDA 4L5LA 4L0WA 3K8NA 2F3MA 4TR0A 3M8NA 1SJ6A 4N30A 1GWCA 3TDGA 1KNGA 2I9HA 3EE2A 1ZYEA 1A0FA 4PX1A 5E4WA 2YWOA 2ZUPA 4N10A 5DVBA 4DEJA 2OACA 4K9ZA 1VRSD 4BVXA 1TI3A 2P5QA 3C1SA 3LXTA 4MJBA 1LBKA 4TN8A 2GT6A 5JWRB 2C3QA 2FWHA 1YEPA 3VI7A 2MMOA 4FH8A 2QSIA 4MLYA 6GSSA 2YJHA 4MPGA 4OO4A 3QFAC 3ZIJA 4V2MA 3RBTA 2AYTA 4FYCA 2H6ZA 2RUFA 4MA9A 5DJLA 2H1AA 3CSHA 3GL5A 3QCPA 1DE1A 6GSXA 3F4TA 4Q5NA 6GSYA 4D73A 2OBIA 4KE3A 4KSOA 1XWGA 2YWIA 4I97A 3ZFBA 1JZRA 3TOUA 3WGEA 2BJXA 3C8EA 5CRDA 1GSDA 3NOFA 3BJ5A 1JZDA 1EEMA 2FCHA 3PR8A 2MYGA 3GH6A 2VCQA 2E7PA 2GTUA 1M2AA 1TU8A 1OC9B 1ILOA 5IM9A 3F4SA 4EUYA 4BA7A 1V58A 4KNDA 4ML6A 2OADA 2A2SA 2CVKA 4KAEA 3RHBA 2E2MA 1OE7A 1TRWA 3VPQA 2FNOA 1E2YA 3EINA 3LSZA 3G7YA 4O7HA 1DBYA 5HR0A 4ISDA 2A2RA 3RPNA 4BVYA 2EIRA 1WIKA 3ME8A 5J9CA 1OC8A 1V9WA 2DC5A 2L6DA 4TXOB 1HNBA 4GLTA 3H4KA 3L4NA 4ECIA 2IFQB 4KW6A 2AB6A 1R5PA 5CRWA 4IHUA 2C3TA 2MBTA 1SKSB 3LYPA 2WGRA 3A2WA 4PNFA 5ENUA 4TR4A 2QKEA 5F05A 3ZMLA 4OCEA 2YV7A 1R4WA 1T4ZA 3QOUA 2O7KA 4TVEA 4ZBDA 3MAKA 1XOBA 1Y25A 4OD7A 2H8LA 1O8XA 1VGLA 2GSTA 3CRTA 2VLTA 4LMVA 3WGDA 3R2QA 4MCUA 5IPGA 4O5RA 3GA4A 3CSJA 1PGTA 5GAND 2K8VA 5DQYA 3QPMA 1B8XA 2VCWA 3O76A 5GZZB 5DCHA 4I2TA 3L9SA 3TJJA 1TKDB 5IOXA 4LL1B 5G5FA 5D93A 2GDRA 4IJIA 3HVVA 5AGYA 3ZITA 3GSSA 4TRXA 2IMIA 4NV5A 1A8YA 2CVDA 2B3SA 2VLUA 1GTAA 3LWAA 4G2EA 1HD2A 3IDVA 4ZB8A 4MABA 5DQSA 2X8CA 1YQ1A 5D73A 3IBHA 1LU4A 3GSTA 4EDYA 2O85A 3IV4A 5ABRA 3W6GA 3C7MA 2H0HA 2R6KA 2LQOA 3F8UA 1PD21 3BBYA 2YCDA 2H0IA 1GLPA 4K0GA 1SKRB 2E2GA 3O3TA 4MF7A 4IELA 4WR5A 4EF0A 3P8WA 2LNSA 1U88A 2AUVA 3LQ7A 4RUVA 5KN1A 2F8FA 2PMTA 5IMCA 5DBQA 3UBLA 5GSSA 1XVQA 4WF5A 1QFNA 1VF2A 1KBNA 13GSA 1QMVA 3FRCA 1SJZA 4EXJA 1ABAA 5JWOB 5HFGA 1HNAA 2M46A 16GSA 4JZQA 3F0IA 1QGVA 5DAKA 4EKZA 4IW9A 1Z9HA 2O87A 4KCAA 3DWVA 1GSSA 3DYRA 1H75A 1AW9A 3ED3A 3IC4A 2LRCA 3EU3A 3FW2A 2JSZA 2HNLA 1SL2B 5CRHA 3GN3A 4NAXA 2C0DA 1GRXA 3CRUA 1F3BA 5CP1A 3MWHA 2OE3A 2YOIA 5D9TA 2IWTA 1AC1A 3ZIVA 1AXDA 1OAZA 4WF4A 1YKCA 4TR1B 3KZQA 6GSVA 5F07A 5C00A 1JLVA 3I69A 1AAZA 3IAS2 3IK7A 4ZIJA 1XWCA 2X64A 3HVXA 3IXRA 2IMDA 2V32A 1THOA 1YDKA 4OCFA 1X5DA 1Q98A 1PL1A 2MBSA 1G7EA 1UC7A 4ZBBA 2DMMA 1G6WA 3CTGA 1TK0B 4TOPA 2RLIA 1TOFA 8GSSA 1S3DA 1XVWA 1QK8A 2TIRA 2LV3A 2HRNA 3KP8A 3HD5A 2P31A 3CYNA 4N0ZA 1PKWA 1PRXA 1BYEA 3CSIA 3GH9A 1GNWA 4LL4B 2FWFA 2B7JA 1PQNA 2DJKA 4OO5A 4H86A 2PUKC 4ECJA 1XWKA 2CZ3A 5C04A 4F82A 3F4RA 1K0NA 2KHPA 5G1KA 5LNKe 5IO0A 4JR4A 3HCZA 5CO3A 4JR6A 4XRAA 4ECCA 4PURA 1JZWA 4MH3A 2OBKA 3CMIA 3UEMA 1F3AA 4KGIA 5CREA 4HUAA 4KDUA 4TW5A 3TRQA 4G19A 5CNWA 4HOJA 1FG4A 1QUWA 2OJLA 4EL1A 1GSYA 3BCKA 1Z7PA 1GUMA 4QQ7A 4YQMA 4MH2A 5B7CA 1XBSA 2WFCA 3VPTA 5J4UA 2XBIA 2YZUA 3UAPA 2LRTA 3UMAA 2JZSA 4EO3A 4K8MA 3TRPA 3ZZXA 2WJUA 2ES7A 2YNXA 3HJMA 4O32A 3LEFA 3A2VA 1G6YA 5D9XA 4NMUA 1OC9A 2VCTA 2GZPA 2BTOT 2LS5A 2XHFA 4OFTA 3F63A 4JU5A 4PQIA 4HEA2 2HYXA 3LYKA 5FT3A 3ERWA 5AISA 4X0XA 4NHWA 4I6XA 4GSNA 2CAQA 1JZOA 2DSAA 2GQLA 3DXBA 1ZMAA 2MMAA 4HJ2A 2VL2A 3IRAA 1PKZA 1HQOA 2DIZA 2VL2C 4BL7A 5ECOB 4TXOA 3D4TA 3EC3A 1OVNA 2YV9A 1WOUA 3F3QA 2EIOA 2FA4A 2IFQA 2QGVA 5IMAA 5JCUA 1ERUA 1U3IA 3GURA 4ACSA 2HZEB 1MD4A 4HJMA 1BX9A 3AY8A 3EU4A 3HZ4A 1T8EB 1MTCA 1K0AA 5IO2A 3VK9A 1BEDA 1WJKA 3APSA 5B8AA 1MEKA 2L4CA 2FD3A 4AJ7A 4OMVA 10GSA 4ULXA 2XC2A 3KTBA 5KN3A 2H73A 3LFLA 4POKA 1ZYQB 3SBCA 4HI7A 4LA1A 1YJ6A 1GSEA 2LKUA 5KN2A 3CXGA 2ZNMA 1K3OA 4MF5A 4POLA 2NBSA 3GKKA 4KUNA 3D22A 5INYA 4MDCA 2FLSA 4MZCA 1PMTA 3G7IA 2LJRA 9GSSA 3IR4A 4KA0A 5G30A 1XFLA 5D9WA 4IP6A 4PQHA 3DVWA 2DIYA 4Q5FA 4DSSB 3GFKA 1S3AA 2MZCA 4QL9A 1EOHA 2K18A 2B1LA 2LTKA 1XW9A 3QDNA 1J0FA 3Q6OA 2FWGA 2H70A 1ZOFA 1Z5YE 3MDKA 1O8WA 1HYUA 1OE8A 4PGTA 1GUKA 2PN8A 4V2NA 2AV4A 2H75A 2LQQA 4OWYA 4GF0A 3S9FA 1TRVA 1TI1A 5ECSA 3CTFA 3RHCA 3N9JA 4JBBA 1T3BA 2V1MA 4PUAA 3UOMA 2AAWA 2MMZA 4YH2A 1PA3A 5FHIA 2ALBA 1AQXA 2GZZA 3KMOA 2CQ9A 5IOWA 2L6CA 1J08A 2ON5A 3US3A 4GQCA 1KTEA 2DJ1A 2JSYA 2F51A 5HR2A 4XHMA 1USBA 4WEYA 3IPZA 2YJ7A 2FUG2 3H79A 1E6BA 4WXTA 1FO5A 3D0ZA 3GHAA 1GNEA 1I9DA 3KIJA 5HFKA 3H93A 4LMWA 1T4YA 1VF1A 3P2AA 4MK3A 11GSA 3VWWA 4ZXGA 4EE0A 2G0FA 2VCVA 18GSA 4HU9A 1SKWB 1GTUA 3OR5A 2H71A 2GQKA 3VI5A 4GXZA 1BG5A 2I1UA 1YKAA 3GNJA 1VF4A 3Q18A 3L78A 3WT2A 1PX6A 1A0RP 3QAWA 1MDKA 4ID0A 4KCEA 3FR3A 3WYWA 2DJJA 4GQFA 3KEBA 3P90A 1AQVA 3RDWA 3KCMA 2REMA 2Z9SA 4AF2A 2R4VA 1K3LA 5HFIA 5JCGA 1PN9A 2HXKA 4ZL9A 4XTSA 1KEBA 4TR1A 1SK2A 4EC0A 3P7XA 2IMFA 3UARA 4I8BA 1ACVA 2P0GA 1EOGA 1EWXA 2XPDA 3BD2A 4GCIA 2FGXA 2HT9A 3D5JA 1NM3A 5ECRB 2VL9A 4E8HA 2R3XA 2H01A 4POBA 3EURA 3FY7A 2N5FA 1ZZYA 4Z7XA 3APQA 3ZLPA 1C72A 1SU9A 1NHOA 3IA1A 4CDOA 1GH2A 1RW1A 2M72A 5AIXA 1X5CA 4XS1A 3M9KA 3IAM2 1JHBA 5FWGA 2IIYA 4Q5QA 5IIZA 3TUEA 2GT5A 4FO5A 2K6VA 4NHZA 3HDCA 3I43A 3QAGA 2GVPA 4V1Ag 2NVLA 1TP9A 3KGKA 5D8IA 1GP1A 4OFMA 1U3AA 4ZB6A 3JCML 3CBUA 5ECIB 1XPVA 3TB2A 2P5RA 4DSQA 3W8SA 1GLQA 1EP8A 1YZXA 2FWEA 5DALB 4ZB9A 1ERWA 1R5AA 4K2DA 4F9ZA 1GTIA 2YWMA 1UA5A 2C8UA 3HZ8A 4HDEA 5CRGA 4F0BA 1TXXA 5COHA 5ID2B 1S3CA 2KP1A 4HU7A 4RQXA 3HY2A 4K7NA 4N11A 3HA9A 1EP7A 3Q74A 2L57A 6GSWA 3FHKA 5J3RA 3F6FA 1X5EA 2VUPA 4ECBA 3TGZA 1BQ7A 2WRTA 3GRXA 4MZBA 1MD3A 2B5XA 5EPFA 1ST9A 2H72A 4HQSA 2PWJA 3M3MA 1Z6MA 4GSTA 3KXOA 1N2AA 3ISOA 5IMZA 3TRXA 3QFBC 4PXOA 2GGTA 4O92A 3GKMA 1ERTA 4HS1A 3F3RA 2CX4A 1EV4A 1RK4A 1A24A 4ZILA 2GLRA 4IKHA 2HZEA 2N5BA 2H1GA 3GIXA 2I4AA 3H8QA 5ECMB 3KM6A 4BWQA 3F6DA 1NSWA 20GSA 4KDYA 1ERVA 4NXIA 3A2XA 5AN1A 2IN3A 5IMVA 5GAPD 1M0UA 2OE1A 1GUHA 1T00A 2B5YA 5IQYA 2GSRA 1GSUA 3LG6A 2VO4A 3HVSA 1XW5A 4JRRA 2JACA 4F2IA 1U6TA 1PX7A 2CZ2A 2VCZA 1Y6EA 3M1GA 3ZRDA 3U6VA 4GSSA 2PBJA 3QR6A 2R37A 3TKPA 1SL1B 2VD0A 1N8JA 3TKSE 2GZYA 3ZMKA 3IK9A 2TRXA 1TW9A 3VWVA 3HJOA 1W4VA 3L0HA 2WDUA 4DVCA 1WRYA 3GYKA 4POMA 1K0BA 1QXHA 3I6AA 4MP4A 3F9UA 3QMXA 2RM6A 1DE2A 2G2QA 2LNTA 4DSSA 4XIHA 4I5QA 5G5EA 5GSTA 3BCIA 2C4JA 1I5GA 3ZVJA 1A8LA 2WB9A 5ELGA 1H4OA 2LRNA 4DSRA 1F2EA 1TTZA 3HHVA 4J57E 3J7Yb 2HRFA 4RI7A 3N5OA 1THXA 2V2GA 1XCCA 1M99A 1M9AA 3KTLA 3Q19A 5F0GA 5B8BA 3UJ1A 1Z6NA 1WMJA 4X1UA 2L5OA 4MJCA 2H6XA 5J9BA 1WE0A 4AGSA 2JZRA 2VAFA 3DRNA 5J5NA 2VCXA 2K8SA 3UIWA 4WKWA 2IL3A 4KX4A 1X9WB 2ON7A 1OKTA 5ECNB 3FZAA 3WD6A 3ME7A 4K0NA 2H66A 2YANA 1EGRA 1R7HA 1TDIA 1F9MA 4HZ2A 1DUGA 3V1WA 2GSQA 3FR6A 5J41A 1X9SB 2H30A 2K9FA 5ECPB 2HE3A 2OE0A 3TKSA 1YF0A 3EMPA 3RAZA 3EYTA 4IQAA 4K6XA 3TKSC 4XS4B 3PGTA 4LLRA 19GSA 1O73A 4FYBA 4OFNA 3UVHA 4GWRA 3GMFA 3G9BA 3MNGA 3DMLA 4CHSA 2H6YA 1SYRA 1O85A 4EVMA 2XBQA 2IMKA 5G1LA 1M2BA 3C1RA 3C73A 3DKSA 1ML6A 2N5AA 3EMXA 2LUSA 4YAVA 1BJXA 2C0EA 2PU9C 2QC7A 4FYUA 1PSQA 1V40A 2WZ9A 3EVIA 4F0CA 2GSSA 1FHEA 2C1YA 3L9UA 5L71A 3H1NA 2RUEA 4L8EA 1V2AA 1EV9A 1X0RA 2GQMA 4IS0A 5HQPA 5A4UA 1SD9A 1OKDA 5ELAA 1A2MA 5F06A 1K0MA 3A5WA 2J23A 3DIEA 3IOSA 4BWSA 3BOAA 5HR3A 4JEDA 1B9YC 4MJAA 4X43A 3J7Yk 2OA7A 3HJPA 4WBRD 3ZTLA 5IPHA 1TK8B 1M7TA 1SL0B 2JZTA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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