3UMAA

Crystal structure of a hypothetical peroxiredoxin protein frm sinorhizobium meliloti
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
166
structure length
166
Chain Sequence
YFQSMMTIAVGDKLPNATFKEKTADGPVEVTTELLFKGKRVVLFAVPGAFTPTCSLNHLPGYLENRDAILARGVDDIAVVAVNDLHVMGAWATHSGGMGKIHFLSDWNAAFTKAIGMEIDLSAGTLGIRSKRYSMLVEDGVVKALNIEESPGQATASGAAAMLELL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a hypothetical peroxiredoxin protein from Sinorhizobium meliloti
rcsb
molecule keywords Hypothetical peroxiredoxin protein
molecule tags Oxidoreductase
source organism Sinorhizobium meliloti
total genus 40
structure length 166
sequence length 166
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3umaA00
1VF3A 2XBQA 1PMTA 3HCZA 3C1SA 2F51A 1VF4A 4PNFA 2K8SA 4MJCA 2GSSA 2GZYA 3RDWA 1O8WA 5GSTA 3SBCA 5D93A 4IQAA 3L9UA 1TK0B 1EV9A 3JCML 3M1GA 2R6KA 4BVYA 3QPMA 5J41A 3GMFA 5E4WA 5HFGA 3P90A 3D0ZA 4JEDA 3ZFBA 3ISOA 4POLA 2I4AA 2BMXA 4Q5RA 4V1Ap 1OC9A 2O87A 1LJRA 1PSQA 1ERWA 3Q74A 3FHKA 3TJGA 5B6NA 3GSTA 3QAWA 19GSA 5C00A 1ZMAA 4O5RA 1FG4A 1SJZA 2HRFA 4XS4A 2TIRA 6GSYA 1FB6A 2IMDA 1VF1A 5E59A 4KE3A 2FWFA 4NV2A 3DVXA 3ERGA 1SKSB 3GX8A 5DJMA 1T1VA 4KB3A 2WZ9A 3A2WA 5G30A 1FW1A 5D8IA 3CTFA 1ML6A 3IOSA 4K0NA 1YEXA 3O3TA 2GQKA 2WCIA 1YDKA 5DALA 3EMPA 4EO3A 1I5GA 1G6YA 1UN2A 1URMA 2VM1A 4WR4A 2BJXA 2YZHA 1Q98A 2I9HA 4BPYA 3L4NA 2OJLA 2V6KA 1AQVA 4MZBA 1BAYA 1GLQA 4GRFA 2YWOA 2N5AA 2KP2A 3APSA 2K18A 4N0ZA 4KDUA 5B7CA 5KN0A 3QAVA 5J9CA 1M7TA 4WETA 1PA3A 2N5BA 5B6MA 4OCFA 2WULA 2QGVA 3EMXA 4J56E 4LMWA 3F4SA 3D5JA 1VRSD 4ZBAA 3Q18A 4RQRA 5CNWA 1JZRA 1A2LA 4TN8A 5KN2A 5ID2A 3N5OA 3UEMA 1A23A 3UARA 4E8EA 1SJIA 4XS6A 2MZCA 1M99A 3FZ4A 2VLTA 1M9BA 5IQYA 2AHEA 1R5PA 1U87A 2XBIA 1A0RP 1AQWA 2VM2A 1XCCA 4RQXA 4GLTA 2C3NA 1PL1A 5J3RA 3TRQA 4QL7A 3HJMA 2K9FA 2KUCA 3KP8A 1G7OA 3UOMA 4RI6A 3GV1A 4MK3A 4L5OA 3KH7A 4Z7XA 5IO0A 1JFUA 3HA9A 2R37A 4CW9A 3MNGA 5F07A 4KUNA 2FUG2 3GL3A 3LYKA 2GQLA 2DIZA 4NHWA 4ECCA 5HR0A 1R26A 4MMMA 3CRTA 3MWHA 2L4QA 1TI1A 2H75A 4PGTA 1HD2A 2JZRA 4GXZA 4YQMA 2GSQA 3WGDA 3ZIVA 5IOXA 4EUYA 3TB2A 3UL3A 3M9JA 4NWYA 3TGZA 3HDCA 1U3AA 5DVBA 2IMIA 3FR6A 3GTUA 5KEJA 1GSYA 3KH9A 1K3YA 3EYTA 2AAWA 4NHZA 3GH9A 1CQGA 3WD6A 3LJRA 2PPTA 4OFTA 3C71A 4I8BA 2OE1A 1TK8B 1OYJA 2OACA 2H1GA 4MCUA 2O89A 3VLNA 3BBYA 1M0UA 2CA8A 3CBUA 1B9YC 3IRAA 3U6VA 3TJKA 2LV3A 2FA8A 2PMTA 1AXDA 4YQVA 4LLRA 3IK7A 5COHA 2XPDA 2X8HA 4LL4B 3EC3A 3DRNA 2FA4A 3GKXA 2HI7A 2YWMA 5DDLA 1Y6EA 4X1UA 3GL5A 2GLRA 2IFQA 1A0FA 3HYPA 3ZREA 3ZMLA 2YWIA 1V58A 2VCTA 1SD9A 1GSUA 4J57E 1QGVA 2JZTA 2HFDA 3E3EA 2IMEA 3KP9A 2YN1A 2FY6A 2JU5A 4KNDA 3BCIA 1T4ZA 10GSA 5CP1A 2B1LA 2C8UA 3GSSA 5EPFA 2WRTA 3KTLA 2GDRA 1EZKA 5IM9A 5A5KA 4DEJA 2LRCA 4MF7A 1OC3A 4ZBDA 3VWVA 1S3CA 5F06A 3EU3A 4Q5QA 2E2MA 1PGTA 4HU9A 4IJIA 3IDVA 4QL9A 1SK0A 4TR1B 2YPMA 4CHSA 3TDGA 3FW2A 3GA4A 2LNSA 1AQXA 2PN8A 3HY2A 2LTKA 3O76A 1X9MB 1B4PA 5AGYA 2YZUA 3L0HA 3L9SA 4OWYA 2K8VA 5B8AA 2WFCA 2HSHA 3DVWA 3F8UA 1WJKA 5KN3A 1YF0A 1KNGA 4IQ1A 1ZL9A 1QQ2A 3DYRA 2LRTA 1NSWA 3GRXA 2QSIA 2V6OA 2H71A 2FGXA 1F3BA 2X8CA 3VWXA 5CAXA 1NW2A 1PN9A 2FCHA 1XOBA 2WB9A 5JCWA 3ERFA 3DD3A 2ALBA 4KSMA 5CRDA 4E8HA 3CTGA 1JLVA 1T4YA 2FWEA 3HD5A 3WGXA 1WRYA 1A24A 2FNOA 2ES7A 3FEUA 4LL1B 1GUHA 2C3TA 2AUVA 4TRXA 1WP0A 4RUVA 2P0GA 2CVBA 1O73A 1GULA 5IO2A 1K3LA 1TRSA 2F8AA 4XRDA 1R7HA 5ENUA 4EC0A 1TRUA 3HXSA 1F6MC 4WR5A 3I69A 3F3QA 1M2AA 6GSUA 1USBA 2V41A 3S9FA 4EVMA 3CSIA 2GGTA 4OFNA 1QXHA 1GSQA 2HZEB 4ECJA 2R4VA 3MAKA 2VO4A 1GTAA 3RPPA 2A2SA 4KGIA 1WE0A 2B1KA 2MMZA 3BCKA 3DGQA 2MBSA 4TXOA 1JZOA 2O8VB 2ON7A 2AB6A 2OBIA 4HI7A 2TRXA 1FVJA 3IBHA 2GSTA 4KSOA 1K0MA 2HZFA 3A5WA 1X5EA 5JWOB 4MABA 1ERUA 1ZGNA 2MMNA 1T7PB 2VLUA 3LQ7A 5GAND 1PQNA 4DSRA 5JWQB 2YANA 2VCXA 16GSA 2LKUA 12GSA 3EU4A 1F37A 5D9WA 3FZ5A 2H76A 2LEGA 5A4UA 2H66A 1K0BA 4FYCA 1SL1B 2OBKA 5D73A 2ZCTA 5F0GA 3DKSA 4YAVA 3UAPA 4WBRD 1K3OA 2PU9C 4LMVA 1X0RA 4KCEA 3KIJA 4ISDA 1WIKA 4IGJA 1VF2A 4I5QA 3IPZA 1XVQA 1FB0A 1ABAA 5LD0A 1X5CA 2LNTA 2RIIA 5EY6A 2YNXA 3ZFLA 2JACA 3KGKA 1A8LA 3GNJA 5GAPD 2DJ1A 4V2LA 2H70A 2I81A 1MDKA 1ZCPA 1A2MA 1Z7PA 2H74A 1PX7A 1PL2A 4ZL7A 3PINA 2RM6A 4MPGA 3V1WA 2GQMA 4XRAA 1ZZYA 1G6WA 5ECKB 5IMVA 1U6TA 5G5FA 4RI7A 2DIYA 4HQSA 1FAAA 2FWHA 2E0QA 3UVTA 2HSYA 1O81A 4K8MA 4WF5A 1Z7RA 1TW9A 2HRNA 2B7JA 4MPFA 4BVXA 1MEKA 1TU8A 2VCWA 3A2VA 2EIRA 3F9UA 4OO5A 2OE0A 4DSSA 3GKMA 3L9VA 3UBKA 3MSZA 5HFIA 2L6DA 4GWRA 5D9VA 1WWJA 2I3YA 2OA7A 3CRUA 5G1LA 4L0UA 3F6FA 4OFMA 4K2DA 2WS2A 3D6IA 4JR4A 1DBYA 2WDUA 1TI3A 2PBJA 5ABRA 1NHOA 2XHFA 2YWNA 4DVCA 4X43A 3WT2A 1R5AA 1S3DA 1XWBA 1FOVA 2H72A 4JE1A 1RW1A 1EEMA 1YEPA 3W8JA 5AIXA 1C72A 5H5RA 1V40A 4POMA 2A2RA 4KW6A 1EGOA 3TKRA 2H1DA 4ACSA 2L57A 3TKQA 1AUCA 4ZL9A 2C0EA 2KLXA 1GL8A 1TU7A 4I97A 4ECBA 3UMAA 5F8BA 5ECQB 3LWAA 3ZLPA 2FWGA 3ED3A 4D73B 1MD3A 2PGTA 1A2JA 3U5RE 6GSXA 2DLXA 1YKAA 3VPQA 2CAQA 2B7KA 2LQQA 3C7MA 4GQFA 1TJDA 1OC8A 1V9WA 3VWUA 1TDIA 2P31A 2DJKA 1BG5A 1BX9A 3IK9A 3H8QA 2CVDA 2GT5A 3LORA 3GYKA 4MH3A 5ECIB 4MP4A 4PNGA 2ON5A 4ML6A 2H1BA 1GTUA 1THXA 3KD0A 2HNLA 1TKDB 2X8GA 3FR3A 1R4WA 4V2MA 2PVQA 5JCUA 3KM6A 2JZSA 2VCQA 2CZ2A 3ZTLA 5AIVA 4PX1A 5ECOB 3PGTA 3GUSA 4HUAA 2LJRA 1YJ6A 2QC7A 4DSQA 3VI5A 1DUGA 5GSSA 1NHYA 5J5NA 4POBA 1EV4A 1QK8A 2V2GA 1O85A 2CV4A 3KZQA 2F3MA 3QFAC 1F9MA 4MLYA 3F63A 3CSHA 2ZUPA 5CREA 5ECPB 5C04A 2YP6A 5IPGA 1U88A 3TJFA 4FYUA 1T00A 5ECMB 3VWWA 3WGEA 4XIHA 2I1UA 1SD8A 3G7JA 5J9BA 1M2DA 4JR6A 1CQHA 4ZL8A 1B8XA 2VL9A 2AJQB 1WMJA 5DAKB 4BWQA 1THOA 3M9KA 3C1RA 2LQOA 3RAZA 4F9ZA 4L0WA 3FK8A 4MZWA 3F4RA 2C0FA 5ECHB 3EE2A 3WYWA 1ON4A 1XIYA 2OADA 3M0FA 3A3TA 3M3MA 3D21A 1OE8A 1QUWA 3D4MA 1MDIA 5HR1A 3RPNA 1V98A 2J23A 3DIEA 2JSYA 5DCHA 5KN1A 5G2ZA 1XW6A 5CRGA 5DJLA 4GSNA 4KA0A 2EC4A 1YKCA 4HDEA 2N5FA 4BA7A 4KDYA 1OVNA 1ERVA 3NOFA 4TVEA 1KTEA 1F3AA 5ECRB 3FY7A 1ILOA 2G2QA 1Z6NA 5JWRB 3RHBA 5EVOA 2IL3A 3IXRA 1TRWA 4TR3A 1J08A 3QD9A 4TR0A 1FHEA 1SENA 4ZB6A 3TKSC 1W89A 4NMUA 3G7YA 3GX0A 3ZVJA 1XWKA 2H0IA 4PQ1A 2H0HA 3SWLA 4WKWA 1OKDA 3BJ5A 13GSA 4HJ2A 1PD21 1K0OA 4N11A 4GSTA 1KEBA 1PX6A 1XW9A 4I6XA 3M8NA 2YCDA 1FVKA 2X99A 3IHQA 1SYRA 4O7HA 4V1Ag 5IPHA 4AGSA 2H73A 1GSDA 1K0NA 3GN3A 1TOFA 1GTBA 2VAFA 4MF6A 5D9XA 3ZL5A 3ZMKA 1PKZA 4GF0A 1J9BA 2CX3A 2XC2A 5HR3A 1EP7A 3Q6OA 3GHAA 3PR8A 4MH2A 1XWCA 1Z3EA 2DMLA 3KMOA 2REMA 2XPEA 3BD2A 3F0IA 2KP1A 1E2YA 1X9SB 2AV4A 2IMFA 2Z9SA 3VURA 2HT9A 2A4VA 1GRXA 1W4VA 2MYGA 3HJPA 3CYNA 3QAGA 2P5RA 2CZ3A 2NVLA 4EDZA 1SJ6A 1BQ7A 3QDNA 3RBTA 5AISA 2O7KA 3TRPA 3P8WA 3TUEA 2WJUA 1TK5B 2P5QA 1B4QA 4F0BA 3LXZA 5A4WA 5IMCA 4IS0A 1O6JA 1OC9B 2YV9A 2DC5A 2WGRA 4ZBBA 3P7XA 1XW5A 1JHBA 4ULXA 1GH2A 3DEXA 2VD1A 1FO5A 1I9DA 4XS4B 1IYHA 1DE2A 2C0GA 2B5EA 1BEDA 2RUFA 1SL0B 3TKPA 3ME7A 1MDJA 5CYYA 1VGLA 4TR1A 1MD4A 2GSRA 2G0FA 2LUSA 3LEFA 1XVWA 4IHUA 4XTSA 1XFLA 5G31A 1G0TA 5DBQA 3H4KA 4Q5FA 2PERA 3DWVA 1SK2A 2IJYA 4V2NA 1SK1A 5DALB 2OE3A 2L5LA 3F3RA 4ID0A 3LFLA 3HZ8A 4NPBA 18GSA 1Z9HA 1KBNA 4HOJA 1XOAA 6GSWA 3GKNA 4K7IA 2E2GA 3AY8A 3QCPA 8GSSA 5AN1A 2HLSA 2IMKA 2VIMA 3TKSE 5HFKA 1SL2B 4N0VA 2V32A 1OAZA 2R3XA 2M80A 5DQSA 4F82A 3CMIA 3E9JB 5IMAA 3CSJA 1AC1A 3TRXA 2BTOT 4L8EA 3GURA 4K1FA 3I9V2 5ID2B 1ST9A 1ZYQB 2CT6A 5DCGA 4N10A 4ZILA 1ACVA 2HXKA 1T3BA 1HNBA 1GUMA 2M46A 3FZAA 4MJEA 2ZNMA 3F4TA 2VL3A 3O6TA 4LA1A 1WOUA 4L5LA 4MDCA 4X0XA 4F2IA 2LJKA 1EWXA 1ERTA 3ZIJA 3FKFA 4IVFA 3LGCA 3TCOA 2VL2A 2CAIA 3F6DA 3C8EA 20GSA 2HZEA 3DMLA 2LS5A 4FIWA 4ZXGA 5J4UA 2O85A 4GTUA 2EIOA 3FZ9A 2B3SA 5A4VA 1EEJA 7GSSA 2CQ9A 2K6VA 2PVOC 2B5YA 1DSBA 4IN0A 2MBTA 3TJJA 1XZOA 1OE7A 1TP9A 1RK4A 5ELGA 4NXIA 1GSFA 2GZPA 3VI7A 3ZYWA 1F2EA 3I43A 5FT3A 3GTUB 1MTCA 1JLWA 4G2EA 4MA9A 2IWTA 1LBKA 4I2UA 2LJAA 5IMDA 5INYA 3QMXA 1YZXA 1K0DA 2B6MA 2L5OA 2DJJA 3TOTA 1V57A 1M9AA 2LSTA 4P3YB 2L59A 2X64A 3EURA 2H1AA 4WBJA 2C80A 1JZDA 4MJBA 1XWAA 3VK9A 4ML1A 1XBSA 4TXVA 5IMFA 2R5GA 5ECLB 4KDXA 5HR2A 1S3AA 3TOUA 2HE3A 1HYUA 1NM3A 2GS3A 2OKAA 2CVKA 4EL1A 3FRCA 2L6CA 1H75A 3VPTA 3KEBA 1YF1A 3W6GA 4KAEA 2GVPA 1X9WB 1X5DA 5EL8A 3UVHA 4OO4A 5CRHA 3US3A 1SKWB 2KHPA 2H0GA 2H6YA 2DJ2A 3MDKA 1AAZA 2AYTA 2H6XA 2D2ZA 4HZ2A 4HZ4A 2IFQB 4PXOA 2RUEA 4IELA 2F9SA 2H01A 2DMMA 1EOGA 2C1YA 3HVXA 2E7PA 4JBBA 4IW9A 2RLIA 4ILFA 3HJOA 3KXOA 1HQOA 1SYXA 4ZB8A 2J9HA 2GZZA 3W8SA 4NAXA 1BJXA 1TTZA 3GH6A 1SU9A 1Y25A 1BYEA 3ME8A 3PH9A 4TW5A 3IE3A 3VFIA 4O32A 4PQIA 3UIWA 3APQA 1O8XA 2VOCA 3LSZA 2R2JA 4K7OA 4WXTA 6GSTA 3UJ1A 5LCZA 9GSSA 2FD3A 3P2AA 1EP8A 3QFBC 5ECSA 4TKYA 1GP1A 1U3IA 4OMVA 3HHVA 2YOIA 1DE1A 2H6ZA 3EINA 2VUPA 4HEA2 1GLPA 4HS1A 3IA1A 3KMNA 5CRWA 3IAM2 3N9JA 1AIUA 2NPBA 3RHCA 3J7Yk 5G1KA 3L78A 5CO3A 4FO5A 2CX4A 5FHIA 4WEYA 1PKWA 3GIXA 2DJ3A 4G19A 2DSAA 2YV7A 4IP1A 4F03A 2NTOA 4AJ6A 3GFKA 5HQPA 2FLSA 3HVSA 3LG6A 5LNKe 1SKRB 3IR4A 1QFNA 1Q4JA 4AJ7A 5FWGA 2PUKC 3GKKA 4HQZA 3KCMA 3J7Yb 1UC7A 4IKHA 4K9ZA 3UBLA 4J2FA 2VCZA 1GUKA 4XS1A 3I6AA 3LYPA 4ECIA 5G5EA 3CXGA 1UVZA 1EOHA 3HZ4A 4KH7A 2MMAA 5DQYA 4IP6A 2GT6A 4F0CA 4G10A 4K7NA 4TOPA 3HKRA 1ZOFA 4YAPA 4AJ8A 1B9XC 4PURA 1OKTA 6GSVA 3R2QA 4BL7A 5JCGA 4EF0A 4D73A 5IOWA 4YQUA 5L71A 11GSA 4GSSA 4PUAA 4H86A 3QR6A 3G7IA 3G9BA 1Z6MA 1IYIA 2QKEA 1GWCA 2IPAA 2C0DA 4EDYA 3NZNA 3ERWA 5IMZA 2IN3A 3ZRDA 4ZB9A 4XCSA 2C3QA 4MZCA 4MJAA 2FHEA 5F05A 1A8YA 2IIYA 4TXOB 4FYBA 1K0CA 2H19A 2YJ7A 1T8EB 5D96A 2DJ0A 3H79A 4EXJA 2B5XA 3EWLA 4ZIJA 3H93A 4GCIA 4K0GA 1QMVA 2KOKA 4WF4A 5H5QA 3K8NA 3KJYA 1K0AA 4O92A 1EGRA 4JU5A 3IC4A 4QQ7A 2JADA 1LU4A 2PWJA 2JL4A 1E6BA 3NIVA 1GNEA 3H1NA 4I2TA 17GSA 1RQMA 1XWGA 4Q5NA 2NDOA 3D22A 4N30A 3FR9A 2L4CA 2H8LA 2YJHA 1GSEA 4K6XA 2F8FA 5H5SA 1GSSA 5D9TA 2LRNA 1YQ1A 4MF5A 1O7UA 1Z5YE 3ZVJD 4XHMA 4IJ3A 3EVIA 3Q19A 4OCEA 1G7EA 5DAKA 2VLVA 1ZYEA 2H30A 1JZWA 2GTUA 4HU7A 4JRRA 4TR4A 3ZITA 2NBSA 4GQCA 2RM5A 4KCAA 1TXXA 4PUFC 4JZQA 3C73A 3WT1A 6GSSA 1M2BA 4YH2A 22GSA 4G9HA 2C4JA 2HYXA 4PQHA 1WPIA 2DBCA 2MMOA 3IV4A 1PRXA 1GTIA 2VL2C 2EIQA 1YY7A 3LXTA 3FYGA 1XPVA 1B48A 5GZZB 5B8BA 3APOA 4FH8A 4NV5A 3HVVA 4IBPA 2M72A 3DXBA 5ELAA 2VD0A 3BOAA 2JSZA 3TKSA 1UA5A 3E0UA 4POKA 4OD7A 1N2AA 4DSSB 1TRVA 4CDOA 3KTBA 4EE0A 3D4TA 2VCVA 3A2XA 1HNCA 1XXUA 3IAS2 2TRCP 5IIZA 4AF2A 4EKZA 2V1MA 1AW9A 1N8JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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