3VWWA

Crystal structure of a0-domain of p5 from h. sapiens
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
116
structure length
115
Chain Sequence
DDVIELTPSNFNREVIQSDSLWLVEFYAPWCGHCQRLTPEWKKAATALKDVVKVGAVDADKHHSLGGQYGVQGFPTIIFGSNKNRPEDYQGGRTGEAIVDAALSALRQLVKDRLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synergistic cooperation of PDI family members in peroxiredoxin 4-driven oxidative protein folding
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protein disulfide-isomerase A6
molecule tags Isomerase
source organism Homo sapiens
total genus 36
structure length 115
sequence length 116
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date 2012-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3vwwA01
3UJ1A 2R5GA 2MMNA 3EYTA 4IVFA 2FD3A 2LSTA 1U87A 2NDOA 3P8WA 5D9VA 5DQYA 1X9SB 1THOA 1FB6A 5CYYA 3D0ZA 2H6XA 1BQ7A 4XRDA 1M0UA 5AGYA 3TGZA 1SKSB 5IPHA 4OD7A 4ZB9A 1EOGA 1TK5B 2H76A 1J0FA 3UVTA 4G9HA 2KUCA 1EGRA 1GH2A 1MDKA 2H0GA 3F63A 3A2VA 1K0CA 1VF1A 1TTZA 4MZWA 5EL8A 2LV3A 3L4NA 1THXA 2BJXA 2TIRA 3M1GA 4F03A 2GT6A 5ENUA 4PXOA 6GSWA 1TRUA 1J9BA 2H01A 3SBCA 4HQZA 5IMFA 4ECBA 3KMNA 4TXVA 3H4KA 3LWAA 1EEMA 4OFNA 2GSRA 3A5WA 3QDNA 4GF0A 1R4WA 1QK8A 3FKFA 1SKWB 1SJZA 2H66A 1MD3A 3NOFA 4KGIA 3U6VA 3HZ4A 3GN3A 2C80A 1ON4A 2R3XA 4GSSA 2GLRA 1M9AA 2YJHA 3WT1A 4GCIA 3UARA 4DEJA 1N2AA 1Z9HA 3UIWA 3D21A 1QMVA 1TRWA 2F8AA 3PINA 5DALA 2IMEA 3LQ7A 3C1RA 3CRUA 1QUWA 2D2ZA 3F4RA 4IS0A 1TOFA 3TB2A 3RHBA 3ZIJA 2JZRA 4PGTA 1U3IA 2J9HA 3HXSA 2LTKA 2VCVA 3W6GA 5DDLA 2X99A 4BPYA 4ILFA 4MJCA 1AAZA 3GKXA 4MF6A 3VWUA 4MPFA 4K9ZA 4HUAA 2YV7A 1DE2A 3IRAA 4WF4A 3D22A 4IKHA 1B9XC 2YPMA 4CW9A 3L9SA 4OCFA 1F6MC 2H71A 1S3DA 5DJLA 2YZUA 3IV4A 3FZ9A 4KDUA 6GSTA 2OE1A 3GKKA 3TJKA 2RM6A 2V41A 4WF5A 1VF3A 1K3LA 5A4VA 17GSA 3F8UA 3C73A 4GLTA 4TW5A 2OKAA 4CHSA 4TKYA 3EWLA 1F3BA 2B1LA 1EP7A 2RIIA 2MBSA 1GP1A 2B5EA 3I43A 3EU3A 3F4SA 2OACA 4L8EA 4MPGA 4EL1A 3APSA 4KW6A 2FA8A 4ZXGA 4LMVA 3M3MA 2V6OA 5EPFA 3ME8A 4HU7A 2E7PA 4F0CA 4ZB8A 5HR0A 1O81A 3WYWA 4XHMA 3HY2A 4WETA 1A2MA 3QAGA 2LKUA 3TJFA 3P90A 2AYTA 4IJ3A 13GSA 5CREA 4KA0A 4JR6A 1BYEA 1EEJA 1K0NA 4NWYA 3TKRA 3AY8A 1SJ6A 2FHEA 1N8JA 5DAKA 2P5RA 4F9ZA 3LXZA 1TU7A 5GAND 2O8VB 4XS4B 4TR0A 3ZMLA 3ZITA 2IIYA 4HOJA 5D9TA 3C8EA 4AGSA 4ECIA 5B8AA 3APQA 2V1MA 2HLSA 3Q18A 5HR1A 3QD9A 4WBJA 1FVJA 2Z9SA 3D4TA 1FHEA 3EMPA 4IW9A 3VLNA 4DSSA 3DMLA 1HQOA 4XIHA 3HHVA 1GSEA 4J57E 5H5QA 4PQIA 3TKSE 2RUEA 4OO5A 3VK9A 1A2JA 1PA3A 3TOUA 1H75A 5GSSA 4OO4A 5J41A 4BWSA 3S9FA 1WE0A 11GSA 2K9FA 2GSTA 3G9BA 3DGQA 4EKZA 1I9DA 3FR6A 18GSA 3L0HA 4POLA 2B7KA 2PGTA 1XZOA 2H30A 2VCZA 1YF1A 4KCAA 3ZZXA 3GYKA 2L6CA 2YZHA 3TJBA 2XPEA 2JU5A 2KHPA 4EDZA 1GSDA 3ME7A 4ZBDA 5JWOB 3HJOA 1FG4A 5J9CA 4OWYA 2AUVA 2LJAA 3MAKA 4I2TA 3IK9A 3DEXA 3ZFBA 2GTUA 4NPBA 3GRXA 5LCZA 2A4VA 5HFGA 3Q6OA 3FYGA 5IQYA 4HDEA 2IPAA 3BCKA 2IMIA 2X64A 1R5PA 4E8EA 5AISA 2CV4A 4ZL9A 4YAPA 4RI6A 4G19A 4JEDA 2CA8A 2GQMA 4IN0A 2LEGA 4ECCA 1PRXA 1XW6A 1X0RA 1BAYA 5A4WA 1B48A 2HRNA 1YKAA 1O7UA 3GKMA 3CTFA 1AW9A 14GSA 2WDUA 3O76A 1R26A 4H86A 2L59A 5HQPA 5ECHB 2CX4A 4YH2A 1KBNA 3IPZA 2VOCA 4MZCA 3FEUA 3J7Yb 1Y6EA 3N5OA 4ZL7A 3VWWA 1CQGA 2PBJA 4O5RA 2E2GA 1S3CA 1LU4A 1W4VA 5ECPB 4MZBA 2DMLA 1M2BA 3IC4A 3W8SA 4NXIA 1EZKA 5ELAA 3QOUA 1OVNA 4TN8A 4PNFA 2WULA 1KEBA 3A3TA 2DIYA 2FY6A 2PN8A 5D9WA 2VLTA 2XC2A 5ELGA 2PWJA 2ZCTA 4KSMA 2VM2A 3FR3A 1SL0B 3KEBA 1GSFA 5D9XA 2CZ3A 19GSA 2PU9C 2GSSA 3LXTA 1RW1A 5C00A 2FWHA 2VL9A 2XPDA 3Q74A 4LL1B 4ULXA 2HI7A 3LYKA 4OFMA 2JSZA 1OC9B 3QAWA 2H1BA 5ECRB 4MDCA 4FYCA 5D8IA 3P2AA 3GA4A 1B8XA 3CYNA 3LORA 2KP1A 3I69A 1Z7PA 1XWCA 3VWXA 3EVIA 5KN0A 2V6KA 4ML1A 2VL2A 3IOSA 4CDOA 2HZEB 3CTGA 2IL3A 5DBQA 1ZZYA 4BVYA 5EVOA 3LGCA 2DIZA 3EC3A 3VFIA 4XTSA 2H74A 5IMZA 1XFLA 2JACA 2MMAA 1V57A 3ISOA 3I6AA 1AQVA 3MWHA 6GSVA 2C8UA 1K0DA 1X5CA 4AJ7A 5FWGA 1TDIA 2H6YA 5D93A 2ZUPA 1SYRA 5IMCA 2HSHA 2PERA 2BMXA 5ECOB 3E0UA 3KXOA 2VAFA 1WWJA 2H0HA 1TI1A 5C04A 1EWXA 4EUYA 2YN1A 3HDCA 2CT6A 2VL3A 3QPMA 1M7TA 1WOUA 2YWNA 5G1KA 3GTUA 2WRTA 4Z7XA 3BJ5A 5CRWA 5F8BA 4LA1A 4OMVA 4KH7A 2MMOA 2R37A 2L57A 1BX9A 3I9V2 1YEXA 1SK1A 4TR1A 7GSSA 3H8QA 3CMIA 3TUEA 1QFNA 1K3YA 5JWQB 1XWGA 4OCEA 2IFQA 2CVKA 4MP4A 3KTBA 4L5OA 5L71A 4ZL8A 4WKWA 2YJ7A 3TDGA 2JL4A 1XWKA 2RUFA 3KH9A 2R2JA 1G6YA 5H5RA 3FY7A 1XBSA 3ZIVA 2B6MA 3CBUA 1PL2A 3HKRA 1Z6MA 4OFTA 4HZ2A 2HSYA 2I1UA 4NHZA 3GFKA 3FW2A 4KUNA 3EU4A 4ML6A 2KLXA 3L9VA 3VWVA 2I4AA 4XS1A 1XWBA 5HFKA 2DJ2A 4ACSA 2GT5A 6GSSA 3ZL5A 1A8LA 5IMVA 4HI7A 3ZVJD 4WEYA 1A23A 2GZPA 5LNKe 3RPPA 2OADA 2LRTA 2IJYA 3KTLA 2QGVA 1X9MB 4LLRA 3GURA 4N30A 3KCMA 3LYPA 3A2WA 4NMUA 4PUAA 3HVSA 4Q5FA 3UMAA 1ERVA 1GULA 2EIRA 5G1LA 1TK0B 4K6XA 5J9BA 2C0FA 5IIZA 2LNSA 3UBLA 3E3EA 1T7PB 1UN2A 6GSYA 2VCXA 3F6FA 1EOHA 3FK8A 4MF7A 4F82A 5D73A 3GL5A 1A0RP 1FOVA 1BEDA 5G2ZA 1O8WA 2H73A 3VI7A 3CSJA 2O7KA 4MA9A 4NV2A 4EVMA 4GRFA 2WS2A 1GSUA 3QFBC 1YQ1A 3LJRA 3DWVA 4HS1A 3EINA 4I5QA 1ZMAA 3IDVA 1LBKA 1ILOA 3WGDA 4O7HA 3ZLPA 3QAVA 2C3QA 3GX0A 5GSTA 2JADA 1NSWA 4N10A 3N9JA 1JZWA 5ID2B 4HU9A 4EDYA 3IAS2 3KP9A 4TXOB 4KDYA 4TVEA 2AAWA 2DMMA 3IAM2 2MZCA 2X8CA 3QCPA 2YWMA 4J2FA 1PD21 3TKQA 5H5SA 2I9HA 1SD9A 3UBKA 1SK2A 2C1YA 2PPTA 3CXGA 4QL7A 2L4QA 3APOA 3RAZA 4KCEA 2DC5A 3KH7A 4I2UA 1XOBA 3Q19A 2QKEA 2YNXA 2LQQA 3DIEA 5DJMA 2FGXA 3ZTLA 2H6ZA 3O3TA 1GSQA 1ZYQB 4GTUA 1DUGA 1VF2A 4IP1A 3HJPA 1PL1A 1XW5A 5B7CA 3TRQA 3ZVJA 5CP1A 2OBIA 5JCGA 3J7Yk 3GV1A 2C0EA 4QL9A 4E8HA 3CRTA 1XPVA 2CAIA 2AV4A 4BL7A 4F2IA 2AHEA 2M80A 1YDKA 4KSOA 2PVOC 4MH2A 3M0FA 5DVBA 4FO5A 1H4OA 1YZXA 3TKSC 2BTOT 2DJ0A 4K2DA 2M46A 2YWIA 1E2YA 1X5DA 2VLUA 3HZ8A 5B6NA 5FT3A 2L5LA 1OC3A 4XS4A 3MNGA 3A2XA 2O87A 2JSYA 4N0ZA 3U5RE 5AN1A 1T4ZA 2YWOA 3KGKA 4EO3A 2OA7A 4AJ6A 2HYXA 4K0NA 2DJKA 4EC0A 4V2MA 4N0VA 1YKCA 2ES7A 3TJGA 4MMMA 2HE3A 3VI5A 4RQXA 3DVXA 4BA7A 2CVBA 2B3SA 2FWEA 1GTBA 3DXBA 2FNOA 2L4CA 2TRCP 3GNJA 4ZILA 2EIOA 3IA1A 3G7JA 5G5FA 4Q5QA 1A2LA 4MH3A 4WBRD 5IO2A 2VD0A 2OE3A 1UVZA 1C72A 1KNGA 2LRNA 5ECSA 3DYRA 3EURA 1V2AA 3WD6A 5IOWA 1JLVA 4FYBA 2PVQA 2C3TA 4V2NA 3GHAA 5B6MA 1AC1A 1M99A 1SK0A 9GSSA 2DJ1A 1YF0A 1PSQA 2NVLA 6GSXA 4K1FA 5CRDA 2PMTA 1HNCA 4J56E 5JCUA 1V9WA 3UOMA 5A5KA 4AJ8A 1GLQA 8GSSA 3FZ4A 5HFIA 3ZRDA 2K8SA 4YQUA 2WFCA 3DRNA 3RBTA 4P3YB 4D73B 1K0AA 3UVHA 1V58A 1WIKA 2B7JA 2VLVA 1Y25A 4O32A 4FH8A 16GSA 2E2MA 5IO0A 1PKZA 4HJ2A 1MDJA 3F9UA 1TXXA 2O85A 3W8JA 2GSQA 3MSZA 20GSA 5CNWA 1X9WB 4XS6A 1SKRB 1O6JA 1F37A 3BCIA 1O73A 2C0GA 2H75A 5IPGA 1GRXA 5KEJA 4NV5A 2HXKA 2O89A 5INYA 1VF4A 1AQWA 3US3A 1PKWA 5B8BA 3IK7A 2PUKC 1AIUA 1GUHA 2H19A 2WZ9A 4JZQA 1E6BA 2P31A 1URMA 2V32A 1BG5A 2HZFA 1U3AA 3HD5A 4POBA 3D6IA 4IQAA 3C7MA 2F51A 3M9KA 3ERFA 2FWGA 2IMFA 3VURA 4GQCA 1XWAA 1GTUA 1B9YC 4RI7A 3ERGA 3KIJA 1ABAA 1TRVA 3JCML 1R5AA 1ERTA 2FA4A 2ALBA 3NZNA 5AIXA 5ECMB 3WGXA 4GQFA 5F07A 3PGTA 4LMWA 3TRXA 5E59A 3LEFA 2HNLA 1R7HA 2J23A 2GGTA 5DCHA 1K3OA 2QC7A 1IYHA 3O6TA 1TJDA 3LSZA 2XHFA 1XCCA 5FHIA 1A8YA 4TOPA 1U6TA 1SL1B 1M2AA 4TRXA 1UC7A 1XVQA 2F3MA 4FIWA 5JWRB 4PNGA 2R4VA 4ZB6A 1WMJA 4PURA 4MJBA 3F6DA 1PX6A 3MDKA 1DSBA 3NIVA 5E4WA 1ST9A 1RQMA 2EIQA 1SENA 1HYUA 2XBIA 1OC9A 1F2EA 3HVXA 5A4UA 5CAXA 4HQSA 2GDRA 3V1WA 3VPTA 2K18A 2WGRA 3QMXA 3KM6A 4K7IA 2H1GA 3PH9A 1ZL9A 1Z6NA 2HZEA 4IJIA 2H1DA 3ZREA 3P7XA 12GSA 4X43A 2ON7A 1PQNA 5IM9A 1X5EA 1T00A 3DKSA 2GVPA 2A2RA 3F3RA 3IHQA 2GZYA 1UA5A 3CSHA 1TU8A 3BBYA 2DLXA 1XOAA 3TOTA 1XVWA 1W89A 2GZZA 2LQOA 1LJRA 3DD3A 2FLSA 2HRFA 5DALB 3M8NA 2ZNMA 1K0BA 2MBTA 4GSTA 2XBQA 2E0QA 4IELA 3L78A 1O85A 3GUSA 1PGTA 3GH6A 5KN2A 3QR6A 1ZGNA 1GUMA 2AJQB 5HR2A 2GQKA 4RUVA 2IMDA 5J4UA 1VRSD 4IGJA 4KB3A 4V1Ag 3M9JA 2NPBA 5CRHA 2OBKA 2LS5A 3TKPA 5ECKB 3IE3A 1JZDA 4F0BA 1JZOA 2H72A 3L9UA 2H0IA 2AB6A 3HVVA 2JZTA 1NHYA 4WXTA 5CO3A 1O8XA 3KZQA 3EE2A 3TJJA 2C0DA 2YP6A 5F05A 4ECJA 1KTEA 1ZYEA 4GSNA 2VD1A 5F0GA 4ZBAA 2KOKA 5ABRA 2I3YA 2HFDA 4EF0A 4K7OA 4DSQA 2YV9A 5J3RA 1XW9A 1OE7A 2N5FA 2H8LA 2H70A 2F9SA 3LFLA 1T4YA 1PX7A 5F06A 2FUG2 1JHBA 1CQHA 1QQ2A 1YJ6A 10GSA 4ZBBA 1EV4A 3GX8A 4MCUA 3VPQA 3ZYWA 3HJMA 1S3AA 4JR4A 4WR4A 1AUCA 1M9BA 3C71A 4HEA2 1MTCA 3KJYA 3HYPA 4Q5NA 3TRPA 3BOAA 1PN9A 4MLYA 1Q98A 4WR5A 5DAKB 1GNEA 3OR5A 2OJLA 5ECQB 2JZSA 2C3NA 1OAZA 3EMXA 3QFAC 4L5LA 1G0TA 5CRGA 2OE0A 1ZCPA 3IBHA 2X8GA 4K7NA 5G5EA 4NHWA 1GL8A 3PR8A 2NTOA 2I81A 3FRCA 3GSTA 1JZRA 1IYIA 2YCDA 2WJUA 1TRSA 4EXJA 1JFUA 2M72A 5ECIB 4DSSB 4FYUA 4PQHA 3D4MA 1HNBA 5COHA 5GZZB 1USBA 1GNWA 3RDWA 5JCWA 2DJJA 1NM3A 4ISDA 2LRCA 2YOIA 2VCWA 5GAPD 4ID0A 3TCOA 3GIXA 1FAAA 1GSSA 2CZ2A 4I97A 5DQSA 1BJXA 1FW1A 4BWQA 1Z5YE 2P5QA 1SYXA 1T3BA 4X1UA 3UAPA 5HR3A 3RHCA 2FCHA 3ERWA 1GLPA 4K0GA 1GTIA 1SL2B 1GUKA 4V2LA 4K8MA 4G2EA 2LJRA 5D96A 5ID2A 5IMAA 3D5JA 2VUPA 1GSYA 3K8NA 5KN1A 4KE3A 1MD4A 4TXOA 2X8HA 1OKDA 1K0MA 4IHUA 2QSIA 3KMOA 1AXDA 3FZ5A 6GSUA 1T8EB 5DCGA 5KN3A 4I8BA 1MDIA 2B5YA 3G7YA 3H79A 3IXRA 2VL2C 1WPIA 3FR9A 2IN3A 2NBSA 3UL3A 1DBYA 2F8FA 4I6XA 2R6KA 5IOXA 2LJKA 2EC4A 1FB0A 3GH9A 2DJ3A 4HJMA 1OKTA 3KD0A 2G2QA 4G10A 3HCZA 4KDXA 2CX3A 2MMZA 4POKA 4EE0A 5J5NA 1ACVA 2VIMA 2A2SA 1M2DA 3H1NA 4PX1A 3E9JB 2G0FA 4PUFC 2YANA 2B1KA 4DSRA 4ZIJA 1TW9A 1SD8A 4RQRA 3GKNA 4KX4A 2TRXA 3KP8A 1J08A 3CSIA 4HZ4A 1WJKA 2HT9A 4IBPA 4DVCA 1XIYA 1F3AA 2V2GA 4XRAA 4TR4A 1GTAA 5EY6A 5ECLB 2RM5A 1VGLA 2K8VA 1SJIA 1FO5A 1V40A 2ON5A 1EGOA 1JLWA 1EP8A 1TK8B 1WRYA 2WCIA 2VM1A 3FZAA 2LNTA 2RLIA 5LD0A 4YAVA 1G7EA 3WGEA 5ECNB 4MABA 4JU5A 3SWLA 2VCTA 4X0XA 4MJAA 2REMA 4GXZA 5IMDA 4O92A 4L0UA 1A0FA 1OC8A 5G31A 1B4QA 1DE1A 3HA9A 2GS3A 2FWFA 1EV9A 1XXUA 5G30A 1QXHA 1ERWA 1TP9A 1V98A 2B5XA 5AIVA 22GSA 3DVWA 3RPNA 4IP6A 1YY7A 2VCQA 4IQ1A 4PQ1A 3C1SA 4L0WA 4KNDA 2P0GA 4V1Ap 3GSSA 2L6DA 2LUSA 1I5GA 3WT2A 1PMTA 2GQLA 1B4PA 4YQMA 1G7OA 1ERUA 1TI3A 4MK3A 4N11A 2IMKA 1U88A 3FHKA 1Z3EA 3IR4A 3ZFLA 3F4TA 1NW2A 4TR3A 1WP0A 4Q5RA 4D73A 1GWCA 1Z7RA 2C4JA 3ED3A 3F3QA 1ZOFA 1YEPA 1HNAA 2IWTA 1T1VA 1QGVA 2N5BA 1HD2A 4POMA 2H1AA 4GWRA 4JBBA 4MJEA 4MF5A 4AF2A 1K0OA 3H93A 4LL4B 2KP2A 3GMFA 1OYJA 4QQ7A 1A24A 2DSAA 3GTUB 1NHOA 2DBCA 2WB9A 2VO4A 3G7IA 2CQ9A 1OE8A 3UEMA 4KAEA 1MEKA 3TKSA 2MYGA 3F0IA 4BVXA 4JRRA 3GL3A 1AQXA 1Q4JA 1SU9A 4TR1B 4YQVA 1ML6A 2CAQA 3BD2A 2N5AA 4NAXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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