3ZL5 | Genus

Total Genus 54

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	54
sequence length	162
structure length	162
Chain Sequence	LLPNRPAPEFKGQAVINGEFKEICLKDYRGKYVVLFFYPADFTFVSPTEIIAFSDQVEEFNSRNCQVIACSTDSQYSHLAWDNLDRKSGGLGHMKIPLLADRKQEISKAYGVFDEEDGNAFRGLFIIDPNGILRQITINDKPVGRSVDETLRLLDAFQFVEK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__95848686031075__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__95848686031075__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3ZL5/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__95848686031075__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"95848686031075","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3ZL5/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__95848686031075__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d037532bc46f71c1c581dae/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d037532bc46f71c1c581dae/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d037532bc46f71c1c581dae/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d037532bc46f71c1c581dae/pdb.gz): 701 ms

reading 162 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

162 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 20 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:161});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Schistosoma mansoni
publication title	Switching between the Alternative Structures and Functions of a 2-Cys Peroxiredoxin, by Site-Directed Mutagenesis pubmed doi rcsb
molecule keywords	PEROXIREDOXIN I
total genus	54
structure length	162
sequence length	162
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H, I, J
ec nomenclature	ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date	2013-01-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00578	AhpC-TSA	AhpC/TSA family
A	PF10417	1-cysPrx_C	C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	3zl5A00

1F3AA 3G7IA 3BCKA 1NHYA 4IQ1A 2TRCP 4TR1A 1BYEA 2H72A 1FOVA 5B6MA 3TKPA 2YNXA 4LMWA 5IPGA 2C4JA 2P0GA 4NMUA 2KP1A 10GSA 4L0WA 1XW6A 2PVOC 2H71A 3RHBA 2ZUPA 4AGSA 4HJMA 4MCUA 1X5EA 3BJ5A 3S9FA 3MWHA 1TI3A 5D9XA 4OFMA 2DJ2A 3GYKA 3KP9A 1K0MA 3GKKA 5DVBA 3LQ7A 2ZCTA 5D93A 2IMDA 4HOJA 3QDNA 1SJ6A 5INYA 3UL3A 5KN3A 3F6FA 1PQNA 5IPHA 4I5QA 5J41A 3MSZA 2VLUA 4NHZA 1O8WA 1T1VA 1F37A 7GSSA 1MTCA 4ML6A 3FYGA 5D8IA 1USBA 3APQA 1ILOA 3EMXA 4ID0A 1V40A 2A4VA 4GCIA 5ECQB 1KEBA 2MMZA 4WXTA 4J57E 5F06A 2RIIA 2HSHA 1TK8B 2I81A 4ML1A 1GTIA 1OKDA 1ZZYA 4HI7A 2MMNA 4GQFA 4V2NA 1ZGNA 3BOAA 4KB3A 5HR1A 2V1MA 4ZILA 1XXUA 1KBNA 3SWLA 1EP7A 1Z3EA 4JU5A 2VL3A 2NBSA 2R3XA 2OJLA 1PA3A 4FYUA 3GSTA 3ZITA 4ZB9A 2VLVA 2F9SA 2YN1A 4XS4B 2GQLA 3DXBA 1OYJA 2V41A 1AXDA 3HJPA 2IMKA 2IIYA 4TXOA 2L59A 1GTBA 3EC3A 4TOPA 3F4RA 1GNEA 3VPTA 4KDYA 4DSSA 4EL1A 1A8YA 4MP4A 2H19A 4GXZA 1BAYA 2HT9A 3CSJA 5J4UA 1ZMAA 2O87A 3M9JA 1PL2A 1N2AA 3TJJA 2HZFA 5DALB 3GFKA 4IP1A 1DSBA 3A3TA 1TRWA 2JACA 3ED3A 3I43A 2FA8A 2I4AA 1N8JA 4KDXA 4G2EA 2VAFA 2GVPA 2GDRA 2PUKC 3L9VA 4KW6A 2FHEA 3TOUA 2H6YA 1CQHA 1TK0B 2PVQA 2V32A 5G2ZA 4J56E 2BJXA 1T8EB 5GSTA 4BVYA 1E2YA 4BWQA 3TCOA 4F9ZA 3UAPA 2H0GA 5AGYA 1Z5YE 2IMEA 5CRDA 5HQPA 1F6MC 2VCXA 5EY6A 2RM5A 4IQAA 4RI6A 2ES7A 5ECOB 2DLXA 2N5FA 4YH2A 1C72A 1DE2A 4IKHA 2P31A 4IELA 1M99A 5KN1A 4YAVA 4RQRA 3FY7A 3V1WA 2GZYA 5B8BA 1A24A 1AIUA 3J7Yk 1J08A 4OFNA 2X8GA 3DMLA 1EGRA 8GSSA 2EIRA 2IFQB 1QK8A 3FRCA 5ECRB 5D9VA 1GRXA 4DSQA 1A2MA 1IYHA 1Z6NA 3ZVJA 2DMMA 1GSEA 1GUHA 3GSSA 3D21A 13GSA 1GTAA 1ZCPA 5ELAA 22GSA 1PL1A 4ISDA 1FG4A 2HSYA 2YWIA 2B7JA 2F8FA 3HYPA 4ZBAA 3FZ5A 3HJOA 1BEDA 3IBHA 2E7PA 2H0IA 4FH8A 6GSYA 2FUG2 3O76A 5CREA 3LJRA 3FR9A 3UEMA 3NIVA 2CV4A 1XWAA 3WD6A 2EIQA 2GSTA 1G0TA 4EO3A 4PUAA 6GSSA 5DJMA 1G7OA 2H1GA 4X0XA 1MDJA 5IM9A 1PMTA 4ECCA 4EXJA 2O89A 5IIZA 3GKMA 3H8QA 2L4CA 3GKXA 3GNJA 2LJAA 1OC9B 4MZCA 4OD7A 1SL0B 1X5DA 5GAND 3TKSE 1AUCA 1RQMA 2LV3A 2F8AA 2HRFA 2K9FA 2GS3A 3BBYA 1GSQA 5C04A 3E9JB 5J9CA 1OVNA 14GSA 2JSZA 3FZ9A 3F4SA 4F03A 1EP8A 2ON7A 4O32A 3VWVA 4NHWA 5DCGA 4MJBA 4LMVA 2H73A 2VLTA 4FYCA 4KSMA 2CVDA 3FHKA 1O81A 4TVEA 4TN8A 3BCIA 2C0DA 2VCQA 2DIYA 5IOXA 1Z7PA 2PBJA 3DD3A 4L8EA 4XTSA 4MK3A 1TXXA 5ECKB 1PX7A 3DIEA 3APSA 3P8WA 2P5RA 4O5RA 4HEA2 1ZL9A 3HZ4A 4N30A 1A0RP 3MNGA 3QAVA 2O7KA 5J9BA 3VWUA 3EE2A 3HVVA 4NWYA 1G7EA 3L9UA 1U87A 3TKSC 1GSSA 5FT3A 2VOCA 5EL8A 11GSA 3C71A 2WRTA 5JWQB 1MEKA 3HCZA 2K18A 4JR6A 5HR0A 1XW5A 3F3QA 3LXTA 1SU9A 5GSSA 5G1KA 4EUYA 1MDKA 5IMDA 3LFLA 4MPGA 4YQVA 2OBIA 4JZQA 2X8CA 3HD5A 4HZ4A 4EDYA 1CQGA 4PQIA 3FEUA 1K0AA 2H1DA 2LRTA 4TRXA 4POBA 1HNBA 3DYRA 1GH2A 1M0UA 3N9JA 5ELGA 3FKFA 2VCZA 1VRSD 3M1GA 1WP0A 4EKZA 2V2GA 4V2MA 3UBKA 4TR3A 4GSSA 1W89A 3ZLPA 1H75A 4PNGA 2VL9A 3GL3A 5KEJA 2YP6A 4I2TA 5ID2A 3QD9A 4FIWA 1XOAA 1GP1A 4MABA 1E6BA 2VIMA 1SJIA 3EU4A 1YEXA 2V6OA 5H5SA 2RLIA 2AHEA 3UBLA 2O85A 1JFUA 1GNWA 2X8HA 2RM6A 3Q6OA 20GSA 5A5KA 4AJ8A 1KTEA 3KEBA 5HFKA 4K2DA 3FZAA 4XRDA 2XBQA 3CMIA 1QXHA 2J9HA 1UA5A 2PGTA 4KGIA 4N0VA 4MJAA 5AISA 3IV4A 1MD4A 2LRNA 4N0ZA 4HJ2A 1R4WA 2LQQA 3GA4A 3HKRA 4CW9A 16GSA 1TRSA 4IN0A 1TTZA 1LJRA 4Q5QA 4OFTA 3Q19A 3FR6A 4MJCA 3VK9A 2GTUA 3QAWA 2M72A 3RPNA 2E2GA 4Q5RA 1XWCA 3APOA 4F82A 4CDOA 2GT6A 2WDUA 1OAZA 1T3BA 3QPMA 1WMJA 4JRRA 1SKRB 1SK0A 1PD21 4K9ZA 1EV9A 3IR4A 3A2XA 4XS1A 2M46A 1ERWA 2YJHA 2CVBA 2VO4A 1Z9HA 2GLRA 4XIHA 2B5YA 4HU9A 2HYXA 4V2LA 4D73A 3D4MA 2C8UA 3QFBC 4QQ7A 2ALBA 2LNSA 2VCWA 2GGTA 3G7YA 3TUEA 1XIYA 2H8LA 2OE3A 2DJ0A 2X64A 4P3YB 2QC7A 1SJZA 6GSUA 2I9HA 3AY8A 3GIXA 4PGTA 3L4NA 2H0HA 3DVWA 4G9HA 2D2ZA 1TDIA 2BTOT 3GHAA 2E0QA 1QUWA 2H75A 3JCML 2YZHA 1PKZA 1K0OA 1PRXA 3TKQA 3C7MA 2F51A 4GRFA 1EEMA 5CYYA 4MF6A 2Z9SA 1NW2A 3EVIA 2H70A 4WR4A 2J23A 4AF2A 4L0UA 3KP8A 1HNCA 1OE7A 1GWCA 4GQCA 2PU9C 2LUSA 5A4VA 2C0EA 1GUKA 2K8VA 5GZZB 1JZWA 2H66A 12GSA 2PPTA 3KM6A 5COHA 1SK2A 2DMLA 3RBTA 2GSQA 4WR5A 4ZXGA 1V2AA 3F63A 3M8NA 1K0DA 2GZZA 3EURA 1O7UA 1R5PA 5IQYA 2QSIA 5KN2A 1ON4A 1HQOA 5DAKB 1XVQA 1TRVA 1I9DA 3C8EA 2B7KA 4LL4B 4RQXA 4EDZA 3WGXA 4XCSA 5ECMB 2CX3A 4K0GA 4XS4A 3P2AA 1AQVA 1M7TA 2C0FA 1EV4A 1IYIA 1EGOA 3E3EA 3IDVA 4PQHA 4I97A 3WGDA 4ZIJA 3HZ8A 1BQ7A 2A2SA 1T00A 3PR8A 5CO3A 2DJJA 4ECIA 2IWTA 5DALA 1K3YA 3D5JA 2IMFA 2L6DA 3IE3A 1ERVA 2H1AA 1X5CA 4PQ1A 3P7XA 1AAZA 1MD3A 4I6XA 4KA0A 1YKAA 1PGTA 2R4VA 3ZREA 3R2QA 1YEPA 1X9WB 1XWKA 1XPVA 4N11A 5CAXA 4YAPA 5IO2A 1Z7RA 3HVXA 3UARA 4X43A 3SBCA 4I8BA 3VWXA 3P90A 1V58A 3G9BA 3GH6A 4MLYA 3GN3A 3Q18A 3OR5A 1PSQA 2QKEA 4HZ2A 1SL2B 4IHUA 2MZCA 3ZVJD 1DUGA 1WE0A 4L5LA 4ECBA 4Z7XA 1WIKA 1SYXA 3VFIA 2HZEA 4H86A 5B8AA 1O73A 3U5RE 4E8HA 1FB0A 2C3NA 3CTFA 1TU8A 3C73A 6GSTA 1YF1A 4IJ3A 2DJ3A 1M2BA 1XOBA 2FY6A 5AN1A 2TRXA 2KP2A 1GSUA 1F3BA 2IFQA 5DCHA 1LBKA 1EEJA 4MPFA 5LCZA 2RUEA 4IBPA 2JL4A 2K6VA 4KH7A 2KLXA 1YJ6A 3D6IA 2FGXA 4HQZA 1O8XA 2X99A 1WJKA 5J5NA 2OKAA 3BD2A 5F0GA 1VF3A 4NV5A 2DSAA 2G0FA 3UIWA 2N5BA 3DWVA 1SKSB 5CNWA 5JCUA 1K0BA 1GSYA 1TU7A 1XWGA 2VD1A 2RUFA 3IK7A 4BPYA 5DDLA 1X9SB 2XPDA 1WOUA 4IVFA 4BA7A 3CTGA 3KIJA 1AQXA 4KX4A 2P5QA 1Y25A 4NAXA 2WZ9A 4KE3A 1EOHA 1B9YC 5EPFA 4ZBBA 4KUNA 1SYRA 1EOGA 3DVXA 3MAKA 1R7HA 1HNAA 1G6YA 5H5QA 2M80A 4PUFC 1AQWA 6GSWA 3KMNA 2HXKA 3W6GA 2VM1A 1OC3A 1R26A 3I69A 1ZYQB 3VPQA 4MF7A 3TRXA 3U6VA 2H6XA 1GTUA 2YOIA 2FNOA 5JCWA 1SL1B 3A2VA 2H74A 2L57A 2HRNA 1AW9A 1OE8A 1FVJA 3KTLA 3TRPA 2NDOA 1FW1A 2WB9A 2LSTA 4Q5NA 1TKDB 2GT5A 3ZIJA 4F0BA 1GL8A 3LEFA 1M9BA 4GWRA 1R5AA 2H1BA 1NM3A 3QCPA 1GLQA 4FO5A 3N5OA 3ZFLA 1X9MB 2AJQB 3IAM2 4O92A 2GSRA 5G31A 4WBRD 5FWGA 3DRNA 3TOTA 4RI7A 4HUAA 3US3A 4KCAA 1GLPA 5J3RA 1T7PB 1SENA 1SD8A 3ME8A 3EU3A 3F0IA 2WFCA 5ECPB 4MMMA 4TR0A 1TW9A 2R6KA 3LORA 3ME7A 1A8LA 4IP6A 1XFLA 1U3IA 2N5AA 2FWEA 1I5GA 2JSYA 2C3TA 2YWMA 3CXGA 4OCFA 2LTKA 2KOKA 5HR3A 3DEXA 1TK5B 1U3AA 1DE1A 2DJ1A 3IC4A 5CP1A 9GSSA 4K7NA 1FO5A 3KTBA 1F9MA 2CZ3A 4Q5FA 3A5WA 3IOSA 3MDKA 3IHQA 3GRXA 2HLSA 5CRWA 4ILFA 3RHCA 3WGEA 4XRAA 3IPZA 5G1LA 1A2JA 5ENUA 1TJDA 3A2WA 4POMA 2IMIA 1M2AA 1FB6A 4OCEA 5G30A 3KMOA 2C3QA 2H76A 2VL2C 1F2EA 1PX6A 5D9WA 2EIOA 2LQOA 3GTUA 3LGCA 3UVTA 4K0NA 3HXSA 4GTUA 4KDUA 4WETA 1YF0A 4PX1A 2ON5A 3K8NA 2WGRA 4MH2A 1EZKA 2WJUA 3F8UA 4ECJA 5DJLA 4ZB8A 2C0GA 4WEYA 4WF4A 4TR1B 4K1FA 5ECNB 3IA1A 3KD0A 3KXOA 1Z6MA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3ZL5A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations