3A2WA

Peroxiredoxin (c50s) from aeropytum pernix k1 (peroxide-bound form)
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
244
structure length
244
Chain Sequence
PGSIPLIGERFPEMEVTTDHGVIKLPDHYVSQGKWFVLFSHPADFTPVSTTEFVSFARRYEDFQRLGVDLIGLSVDSVFSHIKWKEWIERHIGVRIPFPIIADPQGTVARRLGLLHAESATHTVRGVFIVDARGVIRTMLYYPMELGRLVDEILRIVKALKLGDSLKRAVPADWPNNEIIGEGLIVPPPTTEDQARARMESGQYRCLDWWFCWDTPASRDDVEEARRYLRRAAEKPAKLLYEEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of peroxiredoxin from Aeropyrum pernix K1 complexed with its substrate, hydrogen peroxide
pubmed doi rcsb
molecule keywords Probable peroxiredoxin
molecule tags Oxidoreductase
source organism Aeropyrum pernix
total genus 76
structure length 244
sequence length 244
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2009-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.1020.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 3a2wA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3a2wA01
1ZMAA 3QAWA 2VLVA 4I2UA 1XW6A 5CRDA 3ZYWA 2N5BA 2O8VB 3FY7A 1KBNA 2MMNA 3LGCA 1J0FA 2HI7A 3EE2A 3KZQA 1SU9A 2VO4A 2B7KA 4MJCA 3RPPA 2VL9A 1F3AA 2LRCA 1KTEA 1HQOA 4HU9A 5G1KA 2VCVA 4MJAA 5JWOB 1A8YA 3E3EA 5ID2A 1PA3A 2KHPA 2FWGA 4EUYA 3TKQA 3GUSA 1XWAA 3DMLA 3LG6A 2L6CA 4J2FA 4QL7A 2GSTA 3HA9A 5ENUA 2L6DA 4POLA 1YDKA 3QDNA 3HZ8A 2OACA 4GXZA 3O6TA 5G30A 1TP9A 3QAGA 3C8EA 3DYRA 3OR5A 1B9XC 3W8SA 2MMOA 4GCIA 1O7UA 3FZAA 3TJKA 5IMCA 3LJRA 1T1VA 2LNSA 4XRDA 3WD6A 2H75A 4Q5RA 1O81A 4L8EA 4HQSA 2GDRA 2RLIA 4EO3A 2CVKA 1OKTA 3Q18A 1K3OA 2HRFA 1EP7A 1TOFA 3UBLA 3F4TA 3L9SA 3I6AA 1V57A 3QPMA 1K3LA 4NPBA 6GSYA 4GSNA 2E7PA 4TKYA 4ECCA 1O8XA 1Y6EA 2AAWA 5G2ZA 2H1AA 2DSAA 2XPDA 4TN8A 2ALBA 2FWEA 3HZ4A 2LUSA 4MLYA 4N0VA 5COHA 2I3YA 3F0IA 1CQHA 1RW1A 5J41A 3HY2A 3ISOA 5B6NA 3KTLA 4WF4A 2H71A 4ILFA 2MMZA 3RHBA 3A3TA 1GSFA 3FZ9A 1E2YA 4ZXGA 1JZOA 5KN3A 3GV1A 1UN2A 2JACA 1TI3A 1XIYA 2GQKA 3F9UA 2MBSA 4L0UA 1FOVA 4CHSA 4PNGA 1ST9A 3L9VA 4GSTA 5FWGA 1USBA 2BTOT 1X9WB 3DIEA 4GQCA 4IP6A 1SJ6A 1S3DA 5KN1A 1O85A 4HJ2A 3TKSE 4KW6A 4HEA2 4D73B 1ML6A 4IHUA 4KGIA 1WP0A 3GKNA 3LEFA 2PERA 1XCCA 1JZWA 2YP6A 1LU4A 5J3RA 1RQMA 4ECBA 1PL1A 1XBSA 10GSA 5J4UA 2I81A 2XHFA 4J56E 3VWUA 4ML1A 1ZCPA 4KX4A 1NM3A 4TXOA 5IOXA 4XS4A 3IC4A 4PUAA 2ZUPA 4K2DA 2VL2A 3HYPA 1TI1A 2H1DA 2AYTA 2KP2A 2V32A 5DBQA 1Z5YE 3DGQA 4MZCA 2V6KA 3HJOA 3A2WA 3G7JA 3FYGA 3IA1A 1ACVA 2LKUA 2D2ZA 3IXRA 3TOTA 6GSUA 2HYXA 5GSTA 2IL3A 5HR3A 1SK1A 3TCOA 4L0WA 3D22A 3U5RE 1K0DA 2HNLA 3DRNA 2IFQB 3APOA 3TKSC 3M8NA 7GSSA 2GZYA 2FLSA 2HZEB 2DMMA 4MMMA 4AGSA 3KP9A 4PNFA 5AISA 4F9ZA 3VI5A 2H0GA 2YZHA 1HNBA 1I5GA 4DSSA 4MJEA 2B5YA 3RAZA 3M9JA 1XOAA 3F6DA 3BCIA 4XHMA 1MD3A 4K1FA 1T4ZA 5DCGA 2VD1A 2LRTA 4FIWA 1JLWA 5ECHB 1F3BA 1U3AA 4BVYA 1BJXA 5ECKB 4HDEA 3C1SA 2MZCA 3IOSA 5IOWA 4DSQA 3FR9A 5HR1A 1WIKA 4AJ7A 3EVIA 2R6KA 3KP8A 3M0FA 1UA5A 1KNGA 4LMVA 4BPYA 3EWLA 3WYWA 2ON5A 2FD3A 2H72A 1H4OA 3IBHA 4MDCA 1OC9A 3EURA 5DALB 1EV4A 4K7OA 1FVKA 2B5XA 2IMFA 5HR0A 1SJIA 5H5RA 1GTUA 3VWWA 3HJPA 1U6TA 3IAM2 5JWRB 3KCMA 4IBPA 5DJLA 5ELAA 1EEJA 4ACSA 2H6YA 2PGTA 5CRWA 1M0UA 5FT3A 3VFIA 1FB6A 2NDOA 2HZFA 3NOFA 1SK0A 4TXVA 4P3YB 1UVZA 5DAKB 2K8VA 2QGVA 1J9BA 5HFIA 1TW9A 1GL8A 2FNOA 2VCXA 4ZB8A 2FWFA 4O32A 4J57E 2YJ7A 5AN1A 3G7YA 2YWNA 4KE3A 5AIVA 3CRUA 4NXIA 4WBJA 2DJ2A 4IJIA 3MDKA 2R4VA 2IWTA 6GSWA 2ON7A 4IW9A 1AC1A 4JRRA 4MF7A 2C80A 3BOAA 1XOBA 2PMTA 1Z9HA 2GSSA 1GLQA 1X5CA 5DCHA 5ABRA 5LCZA 3I43A 1E6BA 3VLNA 3MAKA 3L78A 2HE3A 2H73A 1YF0A 2OA7A 4WBRD 4ZB6A 3GX0A 2DJKA 2AJQB 1OAZA 3ZFBA 2DC5A 2B3SA 1SJZA 5IO0A 3P90A 1XW9A 3V1WA 1XWKA 2BMXA 5CP1A 3HVVA 1PD21 3IK9A 1GP1A 1TU7A 1SKRB 2OADA 3Q6OA 2GQLA 1QFNA 4FYBA 3ZITA 3O3TA 3UEMA 3QFBC 1MEKA 1TK5B 4LMWA 2MYGA 1Z6NA 2GT6A 5JCGA 3KMNA 3CMIA 3DVWA 22GSA 4AF2A 1PN9A 1H75A 3LWAA 6GSVA 2N5FA 3BCKA 4XTSA 1G6WA 5INYA 5AIXA 1OYJA 3ERWA 4HI7A 3M9KA 3GX8A 4PQHA 3G9BA 3EU4A 4JR4A 3EU3A 5ECPB 4G10A 4F0CA 2VCZA 4TW5A 4E8EA 3D0ZA 4WKWA 4WR4A 5J9BA 2MMAA 1IYHA 1J08A 1KEBA 5DVBA 4XCSA 2FGXA 1SL2B 1JLVA 2PVOC 1GNEA 1N2AA 5DJMA 3GKKA 4F03A 4HS1A 3A5WA 1DUGA 6GSTA 2V2GA 1K0BA 4LL4B 4ZBDA 2OE1A 1F6MC 3GSSA 2K18A 5G31A 3DVXA 5EY6A 2HRNA 3RBTA 2OJLA 3KMOA 2EC4A 3HDCA 3CYNA 3TRXA 2B1KA 1PSQA 6GSSA 2R37A 4IP1A 3M1GA 1TTZA 2YWIA 3ZMKA 4YQMA 3ZVJA 2AV4A 2RM5A 5ECNB 2XPEA 1NHOA 5KEJA 1A2JA 2IPAA 2Z9SA 2C0FA 2R3XA 4MH3A 4NV2A 1M2DA 3GSTA 2CAIA 1K0CA 4TR4A 2O89A 1VF2A 2FA4A 1YF1A 3FRCA 2QC7A 3ZLPA 1R5PA 2JL4A 4GTUA 1PX6A 2PU9C 2NVLA 2KP1A 1K0MA 1ERUA 3ZZXA 2HLSA 3Q19A 5HQPA 1UC7A 4EVMA 2YV7A 4OMVA 1Z7PA 1ERWA 2HSHA 5EVOA 5CRGA 3UVTA 1DBYA 2L5OA 4JU5A 2LNTA 4RI6A 1W89A 2DIYA 2H0HA 1AXDA 2K6VA 3O76A 4POKA 2WS2A 4XS1A 1QMVA 4ZL9A 4KDUA 2OBIA 2L4QA 2FUG2 4WR5A 2VLTA 3BD2A 1SYXA 3GFKA 4CDOA 1OE7A 1DE2A 1AQVA 5IMZA 4I5QA 1THOA 2IFQA 1M2AA 2G2QA 5IMDA 4KH7A 1A24A 4MABA 3ZL5A 1K3YA 3KH9A 1FHEA 4PX1A 2TIRA 2WULA 1X9MB 1JHBA 1HNAA 1X9SB 3TDGA 4MP4A 4WXTA 1EOHA 3PR8A 1XW5A 5D8IA 5JWQB 5IPHA 3TRQA 1YY7A 1VF1A 5F05A 1T00A 2YANA 1YQ1A 1PKWA 3W8JA 2YWOA 3ERFA 3QOUA 1VF4A 1F2EA 1GSQA 3C73A 3HD5A 4DSRA 4KAEA 3ZREA 4KCAA 4ULXA 2XC2A 3IRAA 4YH2A 5IO2A 3IDVA 2DJ1A 5F8BA 1B4PA 5B8BA 3UVHA 3CSHA 4POBA 1U3IA 2YNXA 3TB2A 5B6MA 3D4MA 4PURA 3C7MA 4E8HA 3PGTA 1WPIA 4N10A 3GL3A 2KLXA 2AHEA 5C04A 2RUEA 3US3A 3AY8A 4GSSA 4PUFC 5D96A 4Q5NA 4K7NA 4TR1A 1TRVA 5D93A 2YJHA 3FZ4A 3BJ5A 1B8XA 2N5AA 2CX4A 4GRFA 1Y25A 2X99A 4OCFA 1O8WA 2LS5A 4O92A 3H8QA 5IPGA 4K8MA 3U6VA 1IYIA 2VIMA 2H76A 2VM1A 4OWYA 3QD9A 4Z7XA 4MA9A 3E9JB 2LSTA 2OE0A 4PGTA 4BL7A 1EEMA 5ID2B 5GZZB 2NPBA 3TRPA 1XPVA 2M72A 5D9XA 5A4UA 4NMUA 5F0GA 3ZIVA 2C1YA 2BJXA 3A2VA 1VRSD 3QR6A 3VURA 1TK0B 1QXHA 2H70A 2YWMA 3TKSA 3CRTA 5LD0A 3WGDA 4RQRA 2AB6A 1JFUA 3F3RA 2F8AA 1FO5A 3TKRA 3N9JA 3CXGA 1SL1B 4YQUA 5IMFA 2CVBA 1GULA 3GH6A 1XXUA 1SD8A 3E0UA 1XVQA 5CNWA 3PH9A 3KGKA 3ME7A 2AUVA 3P2AA 2FCHA 4PQ1A 1C72A 1R5AA 2DJ3A 3VPQA 2DBCA 1V58A 2O7KA 1NSWA 3GNJA 3CSJA 3J7Yb 2YV9A 3DD3A 4KNDA 1BQ7A 1M2BA 2RUFA 3CBUA 5A4VA 4MZBA 4GWRA 4NWYA 2GLRA 1TK8B 1TRWA 2B1LA 3G7IA 4EF0A 3KXOA 5JCUA 2CA8A 4MH2A 4G2EA 1GUHA 5H5QA 1YEXA 5GSSA 3TOUA 2P31A 5DDLA 4MF6A 1F37A 1M9AA 4L5LA 3UAPA 4OD7A 2M80A 1BYEA 3F3QA 1OC3A 2GZPA 5B8AA 3IAS2 4EL1A 4QQ7A 1K0NA 2VAFA 2VD0A 1QGVA 2H01A 1TU8A 2O85A 2GSRA 4TR3A 2WJUA 2IMIA 3UMAA 1GUKA 4DEJA 3QCPA 1GSSA 2OBKA 2JADA 2JZRA 4OO5A 4TXOB 4XS4B 1WJKA 1SL0B 1A8LA 3W6GA 4K9ZA 2PN8A 2P5RA 3C1RA 1WRYA 4K0GA 1T3BA 4IKHA 2H6ZA 4HOJA 2DJJA 1BEDA 5ECMB 4IJ3A 3ERGA 3RDWA 4KSOA 3QMXA 1SKSB 3VPTA 2B7JA 5CO3A 4MK3A 3GIXA 3UBKA 4OFMA 3VI7A 3ED3A 4NV5A 2TRXA 4OFTA 3GTUB 5GAPD 1BX9A 3SBCA 2OKAA 2GSQA 3WGXA 1GLPA 4WF5A 1LBKA 1G0TA 3QFAC 4XS6A 12GSA 1GSUA 2WZ9A 2RM6A 2WFCA 4HJMA 4OFNA 1EP8A 1YKCA 2LQOA 5A4WA 3ZIJA 2VM2A 1BG5A 2C0GA 4EXJA 1A0RP 2C3NA 5E59A 1GUMA 4ECIA 3CTFA 1VGLA 4NAXA 5ECLB 2VOCA 4RI7A 4KDYA 3MSZA 1O6JA 1URMA 2K8SA 4DSSB 2PBJA 3N5OA 3IK7A 3LYPA 3EYTA 2ES7A 2DIZA 1Z3EA 3IV4A 5ECOB 14GSA 4MPGA 1GRXA 4MZWA 4YQVA 3LXZA 2LJAA 2I1UA 4HU7A 3TJGA 2YOIA 2V1MA 4OO4A 3LXTA 5EPFA 2H1GA 3DWVA 2V41A 1X5EA 5H5SA 1G7EA 3WT1A 3BBYA 4NHZA 1TDIA 4IELA 1ZZYA 1XWBA 3EINA 3HHVA 4IGJA 3UOMA 1GSDA 3HVXA 4FYCA 4GLTA 2V6OA 3C71A 4D73A 1R26A 1TKDB 1R7HA 17GSA 3TKPA 5E4WA 3FR3A 1DSBA 4H86A 1YZXA 2CZ2A 2OE3A 2YPMA 4NHWA 5IM9A 1A0FA 13GSA 1U88A 1A2MA 1HNCA 3D4TA 1THXA 2B6MA 3I9V2 3LSZA 5EL8A 1XZOA 4O5RA 1Q4JA 2VUPA 3GA4A 5F06A 2C8UA 3P8WA 2LTKA 1V40A 5D9TA 3F63A 1MD4A 3M3MA 2IIYA 4I8BA 1Z6MA 2RIIA 4GQFA 2PVQA 1AAZA 2C4JA 2LV3A 2ZNMA 3ZFLA 2GTUA 3GH9A 5DQSA 4HUAA 2P0GA 4JR6A 4KDXA 1WMJA 2VCQA 4TOPA 1V9WA 4LL1B 1GSYA 1N8JA 1ON4A 2H66A 1XWCA 4X0XA 2A2SA 1WE0A 3H93A 1QK8A 4JZQA 2H19A 5ECRB 2GS3A 2YN1A 2E0QA 1M7TA 2X8CA 5F07A 3ZVJD 5IMVA 5HFGA 5G5FA 2XBQA 1ZL9A 1K0OA 2IN3A 2KOKA 2R2JA 3MWHA 2A2RA 3K8NA 9GSSA 4FYUA 1G7OA 1Q98A 2CT6A 3HVSA 2X8HA 2QSIA 4V2LA 2HZEA 18GSA 2O87A 1AUCA 5CREA 4OCEA 1O73A 4XRAA 4YAVA 1EGRA 2IMEA 2M46A 2NTOA 2ZCTA 1GTIA 2YCDA 3F4RA 2H74A 1OE8A 2LJRA 2GGTA 1WWJA 3IE3A 1JZRA 4EDZA 6GSXA 4Q5FA 1MDKA 2FHEA 4MJBA 3P7XA 2DLXA 3H79A 2C3QA 2HXKA 3LQ7A 1YEPA 2C0EA 2NBSA 4KUNA 2HSYA 4F2IA 1PL2A 2H8LA 2VCWA 4YAPA 3LORA 3TJJA 3F4SA 4N30A 4IQAA 1ILOA 2L5LA 2EIOA 1X5DA 4DVCA 3FHKA 1MTCA 5DALA 3MNGA 4MCUA 4BVXA 4EDYA 1ERVA 1X0RA 1GTBA 2LEGA 3GKMA 4ZL8A 4L5OA 1TRUA 5D9WA 3LFLA 2WCIA 1OVNA 4LLRA 4ZIJA 3GHAA 5ECSA 4PQIA 3TGZA 4X43A 5ELGA 2PUKC 3KJYA 3IR4A 2EIQA 1XWGA 4V2NA 3GMFA 4I2TA 5ECIB 1M9BA 2JZTA 5DAKA 3UJ1A 4FO5A 4WEYA 5IMAA 4KA0A 2K9FA 1FAAA 1GNWA 2JSZA 4IN0A 1PGTA 1HYUA 1FVJA 4G19A 2GQMA 19GSA 3A2XA 1AQXA 5A5KA 3D21A 1S3CA 3R2QA 2C3TA 20GSA 8GSSA 4O7HA 1PX7A 2VL2C 4ID0A 4HZ4A 4IS0A 4I6XA 1QUWA 1AIUA 3KM6A 2DMLA 1EZKA 2WB9A 3GTUA 1PQNA 3HCZA 1EV9A 1W4VA 1YJ6A 1WOUA 4TRXA 3CSIA 3WT2A 5IIZA 3NIVA 5D9VA 2B5EA 1CQGA 2JU5A 4AJ6A 1B4QA 4K0NA 3ZRDA 4V2MA 3HKRA 3S9FA 3CTGA 3FEUA 3J7Yk 4HZ2A 3D6IA 1VF3A 5HR2A 2H6XA 2CZ3A 1S3AA 1GSEA 3VWXA 3ME8A 5GAND 1GH2A 4ZB9A 1DE1A 2H0IA 5D73A 2CAQA 3ZMLA 2WDUA 1FB0A 2IMKA 2F9SA 4V1Ap 1F9MA 2LRNA 3FK8A 4HQZA 2F51A 4POMA 4Q5QA 3UIWA 3GKXA 1A23A 2JSYA 1SKWB 4BWQA 3FZ5A 3HJMA 2J9HA 4K7IA 2XBIA 3EMPA 1RK4A 2H1BA 4ZILA 2WRTA 4BWSA 2F8FA 3KEBA 3IHQA 2YZUA 2VL3A 5CAXA 1QQ2A 2L59A 1B48A 2EIRA 3FW2A 3D5JA 2P5QA 4IQ1A 4EKZA 1V98A 3GL5A 1FW1A 3DXBA 2FY6A 5IQYA 4CW9A 2QKEA 1U87A 1XVWA 2CQ9A 2LJKA 2JZSA 4K6XA 1PMTA 4KB3A 1FG4A 5L71A 2L57A 2FWHA 2MBTA 4TR1B 5J5NA 1T7PB 1EWXA 3APSA 2HT9A 4N11A 1GWCA 3HXSA 1NW2A 1SD9A 1TRSA 5J9CA 2IJYA 5B7CA 4RUVA 1ZYQB 3WGEA 3QAVA 5JCWA 3GRXA 4X1UA 4QL9A 4JE1A 1SYRA 5CYYA 16GSA 1ZGNA 4JEDA 1LJRA 2CX3A 2E2MA 2PWJA 3Q74A 4MPFA 3GN3A 4ZBBA 3F6FA 3UARA 2REMA 5LNKe 1BAYA 3GURA 2VLUA 2KUCA 2GVPA 3NZNA 4TR0A 3FR6A 3JCML 3EMXA 4EE0A 2F3MA 3L9UA 1A2LA 1TJDA 3IPZA 4TVEA 3TJBA 2G0FA 2J23A 3EC3A 2FA8A 4KCEA 2GT5A 2R5GA 4V1Ag 4WETA 1AW9A 1NHYA 3KIJA 1ABAA 1Z7RA 1JZDA 1AQWA 1TXXA 3L0HA 3I69A 3TJFA 5G1LA 1OKDA 3SWLA 5DQYA 4PXOA 1B9YC 3LYKA 3KH7A 5FHIA 3F8UA 4I97A 2DJ0A 2HFDA 4XIHA 1I9DA 1T4YA 5KN0A 2LQQA 2TRCP 3DKSA 1R4WA 4KSMA 1ZYEA 2I4AA 4MF5A 3VWVA 2GZZA 5C00A 2C0DA 11GSA 4AJ8A 2VCTA 4G9HA 5KN2A 2X64A 1T8EB 3L4NA 4EC0A 2I9HA 3PINA 3H4KA 1SK2A 2A4VA 3KTBA 1GTAA 2L4CA 3KD0A 2X8GA 3UL3A 1OC8A 3DEXA 4IVFA 1EGOA 4ECJA 3TUEA 1ERTA 1MDJA 4N0ZA 1XFLA 4ZL7A 4F82A 3GYKA 3H1NA 4GF0A 5ECQB 1V2AA 2IMDA 4ZBAA 3VK9A 5AGYA 4JBBA 4RQXA 1PKZA 3ZTLA 1G6YA 2PPTA 5CRHA 1YKAA 3APQA 2H30A 3RPNA 4ML6A 2CV4A 4F0BA 5G5EA 1K0AA 1HD2A 1ZOFA 1MDIA 3RHCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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