3GKNA

Insights into the alkyl peroxide reduction activity of xanthomonas campestris bacterioferritin comigratory protein from the trapped intermediate/ligand complex structures
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
159
structure length
159
Chain Sequence
MTDAVLELPAATFDLPLSLSGGTQTTLRAHAGHWLVIYFYPKDSTPGATTEGLDFNALLPEFDKAGAKILGVSRDSVKSHDNFCAKQGFAFPLVSDGDEALCRAFDVIKEKNMYGKQVLGIERSTFLLSPEGQVVQAWRKVKVAGHADAVLAALKAHAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights into the alkyl peroxide reduction pathway of Xanthomonas campestris bacterioferritin comigratory protein from the trapped intermediate-ligand complex structures
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Xanthomonas campestris pv. campestris
molecule keywords Bacterioferritin comigratory protein
total genus 47
structure length 159
sequence length 159
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2009-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3gknA00
5C04A 4I8BA 3KH7A 1F3BA 2PBJA 1GTBA 1Z6MA 4F2IA 4NXIA 2G0FA 4WBJA 4EDYA 2REMA 2DJ2A 4V1Ag 4IJIA 4L0UA 1TI3A 4KX4A 8GSSA 5DQSA 1F6MC 5ECHB 2OE1A 2VM2A 4NWYA 3OR5A 4I97A 3UAPA 1W4VA 2DSAA 4HEA2 2MZCA 4FIWA 3QAVA 4IQAA 2IMIA 1F2EA 4MH2A 1V40A 1XFLA 4GF0A 4EVMA 4OO4A 3KD0A 4K1FA 3O3TA 6GSYA 1FVKA 3J7Yb 4MA9A 3C7MA 2B7KA 2GSSA 2H6YA 4QL7A 1QUWA 5HR2A 3EWLA 4GRFA 1T3BA 5B6MA 2OADA 2FGXA 2F3MA 2VCQA 3TOUA 1TRUA 2CAQA 3APOA 2FWGA 5CAXA 1OE8A 4KAEA 3TOTA 4IQ1A 1PN9A 3QD9A 1V2AA 3MDKA 4GSNA 1YEPA 4PQ1A 3D4MA 2OACA 3ZITA 1QFNA 4EL1A 3M9KA 2H0IA 1M7TA 3VWVA 1OC9A 1SK0A 2XPDA 5ECLB 1EEJA 1GH2A 1TI1A 3RHCA 2H72A 1RQMA 2LRNA 4J2FA 3GX0A 2H1AA 3GYKA 3ZIVA 2VOCA 3M9JA 2I81A 5DALB 5IO0A 3LGCA 2X8CA 1R7HA 2V6OA 4OD7A 3TRPA 2A2RA 5ID2A 4NPBA 3Q74A 1YQ1A 3CSHA 4MCUA 5IMVA 2BTOT 3HVVA 3APSA 4K2DA 4N11A 3UL3A 1T7PB 2N5FA 2DJ0A 2B5XA 2F9SA 2VM1A 1J0FA 5INYA 2YN1A 4MPFA 4K0GA 5JWRB 1R5AA 3QPMA 1Z9HA 1G6YA 1GSEA 2O87A 5F05A 4LLRA 1WMJA 3KEBA 1KEBA 3C1SA 1X5CA 3DMLA 1M99A 4J56E 5IMZA 5DCGA 2CX4A 3HJPA 1YF0A 2C0GA 1WIKA 3MNGA 2C3QA 4JE1A 3ZREA 2LNTA 1X9MB 1XWGA 5E4WA 2HT9A 4TR3A 4K6XA 4TOPA 3ZVJD 1XZOA 4YH2A 1GRXA 2E7PA 1YJ6A 2L6DA 4X0XA 5IQYA 2JSYA 6GSXA 3SWLA 4JBBA 1XOAA 1VRSD 4OFMA 2LTKA 3F9UA 5B8BA 7GSSA 3L9UA 3CYNA 1I9DA 2AB6A 3A5WA 3LSZA 2K6VA 4K7IA 3GL5A 18GSA 1SK1A 4FYUA 3WGEA 4O5RA 2CV4A 3D6IA 1OC8A 3EYTA 1A2JA 1DSBA 2L4CA 3EU3A 1ON4A 3LJRA 5H5QA 4JR4A 1TRVA 3IOSA 1XOBA 3IR4A 2GQKA 3M0FA 1WJKA 4PQHA 4XRDA 5A5KA 2WZ9A 3KP9A 2JZSA 2CVDA 4HZ4A 4X43A 2K9FA 1FB0A 4GXZA 5HFGA 2GT5A 3DKSA 2D2ZA 3GSTA 4OMVA 1LBKA 2JSZA 3IPZA 3CTGA 2KP2A 5HR0A 5ECOB 4ZILA 2GZYA 3DRNA 3VI5A 2VLVA 1THOA 2HLSA 3QAWA 3KJYA 2O89A 4E8EA 3GA4A 1HYUA 3D21A 4X1UA 2YV7A 4K7OA 2LNSA 3HZ8A 4CHSA 2LV3A 2VIMA 5F8BA 3H93A 1OC9B 2IJYA 2YZUA 3G7IA 5DCHA 5D93A 5A4VA 2A4VA 4ZBDA 1ZCPA 4IN0A 4JEDA 5AGYA 4MMMA 4RQXA 17GSA 4MABA 1F9MA 2HZFA 5ECIB 1PX6A 2HI7A 1WOUA 4BWSA 4IP6A 2L6CA 4TR0A 3VWXA 4G10A 1A8YA 5C00A 4IELA 2JU5A 1ZZYA 4HJ2A 3LXTA 5D73A 5ELAA 2NVLA 2LKUA 2R4VA 2WCIA 5KN1A 1OVNA 3ERFA 1Z6NA 4ZBAA 2FY6A 1VF4A 4OFNA 1JLVA 1X5DA 3F63A 1N2AA 3LFLA 1GNEA 1E2YA 4ECCA 1QGVA 2HZEA 5LCZA 3FR9A 1S3DA 1TXXA 4AGSA 1FG4A 2K8SA 4K0NA 2B7JA 4G9HA 1R5PA 1GLPA 1HNCA 4JU5A 4E8HA 2H74A 2EIQA 2R6KA 1SJZA 3U5RE 4KGIA 2CZ3A 1X9SB 4XS6A 1OE7A 2JACA 3D22A 3Q6OA 4JR6A 1JFUA 3BJ5A 3VFIA 3P8WA 2JADA 1OKDA 1V98A 3KCMA 2QGVA 3RHBA 5KEJA 3ZMKA 2HSHA 3L9VA 1T8EB 2PU9C 1TK5B 1O6JA 3V1WA 2GS3A 1KNGA 2E0QA 2YZHA 3L0HA 4AJ8A 4N30A 5CNWA 1UVZA 4YQMA 1MDIA 4CW9A 1A23A 4HQZA 3BOAA 1B9XC 1X9WB 2E2GA 3GV1A 5J9CA 4V1Ap 3TRQA 3P7XA 3EU4A 3GKNA 4RI7A 2K18A 4L0WA 3G7JA 4ILFA 4K8MA 1PX7A 1G0TA 4RQRA 3H4KA 1U88A 1XW6A 4IP1A 5IIZA 3QOUA 2TRXA 4TVEA 2OE3A 4L8EA 2H76A 2MMZA 1ZGNA 1Y25A 1T1VA 2BJXA 2CZ2A 2X8GA 5EL8A 1SKSB 3E3EA 3EMPA 3IE3A 2GT6A 1UA5A 1XW5A 2N5BA 4LL1B 2VCVA 4ID0A 4MJAA 3WGDA 2WRTA 5ECPB 1S3AA 4KE3A 5DVBA 2H19A 1GSUA 4PGTA 3N9JA 1CQGA 3IAS2 2RM6A 16GSA 1SL2B 4K9ZA 3LYKA 2WGRA 3VI7A 3F3RA 2V1MA 1JZDA 3GHAA 2WDUA 4KH7A 1TK0B 3AY8A 5HFKA 5J9BA 2B6MA 2GLRA 1ZYQB 5ECQB 2N5AA 2C8UA 1GNWA 3FR6A 3QCPA 1URMA 2G2QA 1HD2A 4PQIA 1DBYA 4BL7A 3TKPA 5GAPD 2B3SA 3PINA 5J41A 3TKSE 3QFBC 3DIEA 3Q19A 3CBUA 2VLTA 1T4ZA 4TW5A 1Z7PA 4HJMA 4N0ZA 2FWHA 1QQ2A 1Z7RA 3F6DA 1TDIA 3UBKA 2YJ7A 1ZL9A 3ZZXA 3TJKA 6GSVA 1K3YA 2VL2C 1BYEA 2I3YA 4MZCA 4LA1A 4F9ZA 4XHMA 1QMVA 3M1GA 2PVOC 4LL4B 3ZYWA 4RUVA 4KSMA 3GRXA 2L57A 2K8VA 2VO4A 4HUAA 1I5GA 5F07A 3JCML 5J4UA 2HZEB 2C80A 3UBLA 3TGZA 4DVCA 1TRWA 5D9WA 1SD9A 4IW9A 2B1KA 1M0UA 3FY7A 2H71A 1SU9A 2F8FA 1YF1A 5F06A 4EKZA 2O7KA 3FZ5A 2FNOA 2YP6A 3FKFA 4OCFA 4QQ7A 3A2VA 4HI7A 1XWAA 1Z3EA 2E2MA 1K0DA 2YWIA 1VF1A 1YKAA 2CQ9A 1SKRB 2FHEA 4ISDA 3UVTA 3ZMLA 2X8HA 1Q4JA 5JCUA 3TRXA 2IN3A 2I1UA 5J3RA 4PNFA 1PKWA 4G19A 2GGTA 5DQYA 3F8UA 2PGTA 4EXJA 1WRYA 1AC1A 4TR1A 4TR4A 1BAYA 5DAKA 3FK8A 3GKKA 5IOWA 3HY2A 4AJ7A 2MMAA 2DMMA 5J5NA 3QDNA 4I6XA 1RW1A 2FA4A 1THXA 3ISOA 4HZ2A 1TK8B 3QAGA 5FT3A 1A24A 4EDZA 1TKDB 2P5QA 1R26A 4ZB8A 1BX9A 4MZBA 2O85A 1JZWA 3FZ4A 4ZIJA 5CRHA 3PGTA 4DSSB 1A2LA 2DJ3A 4L5LA 4ECIA 3IAM2 3E9JB 5ABRA 2VL9A 2P31A 2EC4A 4MF6A 2L5LA 1O73A 2ZCTA 2VCTA 2IWTA 2GQMA 3ZVJA 1GTAA 1JZOA 2LEGA 1MEKA 3GMFA 4FYBA 4KB3A 2V32A 5GSSA 1JLWA 4Q5RA 4Q5QA 1U87A 4P3YB 4DSQA 3GX8A 1K0MA 1PRXA 3CRTA 5D8IA 1GTIA 4XRAA 1AAZA 11GSA 2WS2A 1AXDA 3C8EA 1M2AA 1Z5YE 1XXUA 2YWMA 5ECSA 5HFIA 2FWFA 4IJ3A 4NHZA 2OJLA 2L4QA 5AISA 4MF7A 3A2WA 3I43A 4EE0A 2TRCP 1AW9A 1EGOA 4ZB6A 1F3AA 2GSTA 3NZNA 4XS4A 2WJUA 3IK7A 5G2ZA 3FYGA 3UJ1A 3DEXA 5CREA 3KMNA 5IOXA 3DVXA 2GZZA 3UOMA 4MJBA 3UARA 4MJCA 1G7OA 3CSJA 3H8QA 2XPEA 1TRSA 6GSWA 1GL8A 1SENA 2HSYA 5G5FA 3ZTLA 2IMFA 5AIXA 3ME8A 2DBCA 5LD0A 4XCSA 2FA8A 1XWCA 5ECNB 4NMUA 1PKZA 2XBIA 2FCHA 2CA8A 4WR4A 1M2BA 2LJRA 4BPYA 3MWHA 2NPBA 3HVXA 1XIYA 3TJJA 1T4YA 3I9V2 2CVBA 2IFQA 4HQSA 5IMAA 2PMTA 3EC3A 1V9WA 2Z9SA 2DJKA 3RDWA 1SJIA 1M9BA 2LQOA 5HR3A 5ENUA 4IKHA 4WF4A 2WB9A 3LXZA 1ZOFA 4GSSA 3HA9A 2YWOA 4FO5A 4HOJA 5L71A 4KNDA 3WYWA 1JHBA 1FVJA 5B7CA 1NHOA 3VPTA 3GH9A 5D9VA 3RPPA 4CDOA 3J7Yk 3DD3A 2GDRA 3A2XA 3DYRA 2GVPA 4MF5A 2H1DA 2CX3A 1PL1A 5FHIA 3DVWA 2ES7A 2I9HA 1QK8A 4V2NA 4KCAA 2A2SA 3M8NA 2AYTA 4GCIA 3L4NA 1M9AA 3LYPA 2MYGA 5ID2B 4GWRA 1B4QA 5G5EA 1NW2A 1ABAA 5DAKB 2LSTA 1DUGA 1SJ6A 1K0NA 1EP8A 3EMXA 2HRFA 3I6AA 2VCXA 3RAZA 2HXKA 4EC0A 3HKRA 1FOVA 2MBSA 1K0CA 1SL1B 3LG6A 5HR1A 14GSA 4MDCA 1RK4A 1OKTA 4OCEA 2C4JA 3TKQA 2DJJA 1PA3A 1X0RA 3LQ7A 4O92A 2PN8A 4ZBBA 5AIVA 3P90A 3US3A 2VL2A 4KCEA 1ST9A 1GSFA 2EIOA 2LS5A 2QKEA 6GSTA 3ZL5A 4BA7A 1YKCA 1SD8A 3W6GA 4XIHA 3CRUA 2IMKA 2FWEA 4IS0A 1V57A 2YJHA 3FR3A 2L5OA 5G1LA 3D0ZA 1C72A 3K8NA 2VLUA 1OAZA 5CP1A 3F4SA 3GTUA 2LJAA 4J57E 19GSA 3KH9A 3EVIA 2PERA 1EV9A 3WT2A 1MD4A 1O7UA 1VF2A 4LMVA 4IGJA 2VCWA 3HYPA 2JZTA 5G31A 4QL9A 1TW9A 1OC3A 1XW9A 1YY7A 2KUCA 1F37A 4EO3A 3HJMA 2MMNA 4NV2A 1EEMA 1LU4A 1G7EA 4I2TA 3QFAC 2B5EA 4Q5NA 3MAKA 2RUEA 5A4UA 2XHFA 3NOFA 2AJQB 2IIYA 1SK2A 1GLQA 5E59A 3G9BA 2IPAA 2O8VB 5G1KA 3G7YA 3FZ9A 4POBA 2AUVA 5LNKe 4JRRA 2HYXA 20GSA 3RBTA 3FRCA 2H1BA 3LEFA 4ML1A 3IBHA 1ACVA 1YZXA 3UMAA 2IFQB 2VUPA 5JCWA 1MD3A 1A8LA 1GUKA 4HS1A 2BMXA 2V2GA 1R4WA 4GQCA 5GZZB 3IC4A 4NV5A 2DIZA 4L5OA 1GULA 2YWNA 3L78A 1TU8A 1EOGA 1O8XA 2VD0A 2X64A 4ZL7A 1SL0B 2WFCA 1MTCA 5IMFA 3GKMA 4KUNA 1GUHA 5GSTA 3ZRDA 1CQHA 4EF0A 2ZNMA 3VLNA 2H0HA 1FW1A 1A0FA 1UC7A 3GURA 2F8AA 4O7HA 1A0RP 1ZMAA 2ZUPA 3F0IA 4Z7XA 1YEXA 4AF2A 1K0AA 3KMOA 3S9FA 4WETA 2YOIA 3TJBA 1VGLA 1EOHA 2OA7A 3H1NA 2DIYA 2R3XA 5D9XA 1T00A 3GNJA 1K3LA 1ZYEA 5H5SA 4ACSA 1HNBA 5ECRB 3A3TA 1ILOA 4HDEA 1ERWA 3CXGA 3ME7A 2AV4A 1FB6A 3GL3A 3IA1A 3PR8A 2J9HA 4TRXA 5ELGA 4BVXA 3TJGA 4FH8A 4PUFC 3BCIA 2YNXA 2P5RA 3TUEA 4ECBA 1AQXA 4K7NA 5HQPA 3IDVA 3C73A 3TKSC 2PUKC 1JZRA 3VURA 2LQQA 5DBQA 3TB2A 4D73A 3O6TA 2LUSA 2VCZA 2OE0A 3D4TA 3F3QA 2OKAA 6GSSA 2WULA 4ZL8A 3I69A 1ML6A 3FW2A 2C3NA 2H66A 3UVHA 3HJOA 4TKYA 4ECJA 3EE2A 1SYRA 2H8LA 3IK9A 1S3CA 3UIWA 4WF5A 1M2DA 4POMA 1AUCA 1NM3A 3GTUB 4LMWA 1IYIA 1HQOA 3FHKA 2H75A 3IV4A 3ERWA 2CVKA 4ULXA 3EINA 5D96A 2P0GA 4N0VA 4KW6A 2FD3A 4F0BA 3HCZA 1ERUA 4IBPA 2GSRA 1KTEA 3MSZA 1Q98A 3GN3A 1WP0A 2LJKA 4YAVA 1G6WA 2GSQA 2GZPA 2CT6A 1J08A 3GUSA 2VL3A 1KBNA 2B5YA 4KA0A 1EWXA 2FLSA 2HRNA 5F0GA 3KTLA 4ZXGA 4GLTA 5JCGA 2DLXA 2C3TA 1PGTA 2C0DA 4NHWA 5DJLA 4HU7A 3D5JA 10GSA 2MBTA 2LRCA 2KLXA 4MJEA 3W8JA 4RI6A 1OYJA 3U6VA 4I5QA 3RPNA 1E6BA 3ERGA 1GWCA 2OBKA 5KN3A 2MMOA 4ZL9A 1U6TA 3Q18A 3BBYA 3BD2A 4GQFA 2AHEA 1A2MA 2AAWA 5CO3A 3ZIJA 1XWBA 1AQVA 3F6FA 3FEUA 3VK9A 4OO5A 4AJ6A 3F4RA 4Q5FA 2FUG2 4MK3A 1WE0A 4XTSA 5DDLA 2M46A 2R5GA 3GH6A 3HVSA 2YV9A 4V2LA 5CRGA 2V41A 2H6XA 4OFTA 5DJMA 4TXOA 3BCKA 1WPIA 3R2QA 3PH9A 1K0OA 2H73A 4GTUA 2B1LA 2PPTA 5ECKB 2C0FA 2NDOA 2DJ1A 5G30A 5H5RA 2H0GA 1PMTA 2IMEA 1NSWA 3KM6A 4JZQA 3NIVA 4MP4A 3HXSA 2XC2A 4H86A 2H6ZA 1ERVA 2NTOA 2TIRA 4MZWA 3TKRA 4IHUA 1GSQA 1LJRA 2RLIA 3KZQA 1MDJA 2PVQA 3GKXA 6GSUA 4ZB9A 1U3AA 2VAFA 1PSQA 4WEYA 2R37A 3W8SA 4I2UA 1XPVA 3DXBA 2YANA 4YQUA 3CMIA 1GSYA 1EZKA 4POKA 4V2MA 4YAPA 5KN2A 2RUFA 4WR5A 4POLA 1SKWB 3HD5A 4KDUA 2V6KA 1EGRA 1TOFA 1FHEA 2DMLA 2VD1A 1BQ7A 4D73B 5EY6A 1K0BA 3IRAA 2X99A 3DWVA 5B8AA 5AN1A 1YDKA 3SBCA 5JWOB 1N8JA 3TCOA 2GTUA 2ON7A 1GP1A 1V58A 3E0UA 4F82A 4N10A 3KXOA 4PURA 2F51A 2HFDA 4KDYA 4TR1B 5IM9A 2JZRA 4F0CA 2PWJA 3VWUA 5KN0A 4HU9A 1XWKA 2HE3A 1NHYA 3WT1A 4WXTA 5CYYA 3HHVA 3TDGA 4WKWA 1FO5A 3GIXA 2JL4A 3ZLPA 3GFKA 4GSTA 1GSSA 3ED3A 1GSDA 4MPGA 2KOKA 1PD21 4F03A 1SYXA 2QC7A 2R2JA 2DC5A 2CAIA 1VF3A 2C0EA 1PL2A 3CSIA 1GUMA 2L59A 5B6NA 12GSA 1USBA 13GSA 3EURA 3GSSA 1O81A 3KGKA 5CRDA 1H4OA 3VPQA 1H75A 2H01A 5A4WA 3O76A 3DGQA 1UN2A 2C1YA 4PNGA 2IL3A 2KP1A 3KTBA 1DE1A 5DALA 4MH3A 3FZAA 4PUAA 1XBSA 4ML6A 4TN8A 5IPGA 1FAAA 3TKSA 1J9BA 22GSA 3M3MA 4OWYA 4XS1A 2QSIA 2EIRA 3QMXA 3APQA 2ALBA 2OBIA 3IHQA 4NAXA 4PX1A 4DSRA 2RM5A 4MLYA 1AIUA 1HNAA 3WGXA 2LRTA 4XS4B 1EP7A 3KP8A 2HNLA 1AQWA 1XCCA 4YQVA 3P2AA 2H1GA 1B9YC 4FYCA 4DEJA 1O8WA 3C1RA 2YPMA 5IO2A 5GAND 2I4AA 1DE2A 4TXOB 1XVQA 3VWWA 4BWQA 5ECMB 1WWJA 2GQLA 1U3IA 3KIJA 4DSSA 2M80A 1B4PA 1GTUA 2XBQA 3LORA 2M72A 3C71A 3H79A 1BJXA 3QR6A 2IMDA 5D9TA 1X5EA 2H30A 3L9SA 3TJFA 4BVYA 1TP9A 2ON5A 5CRWA 3HZ4A 1BEDA 3HDCA 5COHA 1EV4A 1BG5A 1B8XA 1QXHA 3F4TA 1K3OA 4PXOA 1MDKA 2NBSA 5EVOA 2H70A 3UEMA 5IMDA 1ERTA 1Y6EA 1O85A 3LWAA 3N5OA 5IPHA 4WBRD 1W89A 1TJDA 3ZFBA 3WD6A 4TXVA 3CTFA 1TTZA 1PQNA 1XVWA 4G2EA 4EUYA 5IMCA 2RIIA 1B48A 3IXRA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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