The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
75
|
structure length |
75
|
Chain Sequence |
MKRLGKVLHYAKQGFLIVRTNWVPSLNDRVVDKRLQFVGIVKDVFGPVKMPYVAIKPKVSNPEIYVGEVLYVDER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and functional evidence of high specificity of Cbf5 for ACA trinucleotide.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
tRNA pseudouridine synthase B
|
| molecule tags |
Isomerase/rna binding protein/rna
|
| source organism |
Pyrococcus furiosus
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| total genus |
12
|
| structure length |
75
|
| sequence length |
75
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-04-28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Probable tRNA pseudouridine synthase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2V3M A; 3MQK C; 2EQN A; 3U28 C; 3UAI C; 2EY4 C; 2RFK C; 2HVY B; #chains in the Genus database with same CATH topology 4WXV A; 5ESB A; 3RMM H; 4OS5 A; 1HPG A; 1TQ0 B; 1V2W T; 3M5N A; 5FXL A; 1NU7 B; 3W94 A; 2GZ7 A; 1QTF A; 1NBM D; 1O2Q A; 1SGE E; 2ZFQ H; 3PRB A; 3WW7 A; 1CHO G; 3UPE A; 3F3B A; 1AI8 H; 4INH A; 2KR7 A; 4A5T S; 3S0N A; 5A0A E; 3UR6 A; 1ZML A; 1WBG B; 1H8D H; 3P17 H; 5GCH F; 3A7V A; 1OYQ A; 4CRC A; 1RRK A; 5DK1 A; 4NZL A; 1G32 B; 2SGD E; 1O31 A; 2AYW A; 3MH7 A; 3P8O A; 4YM9 A; 1UO6 A; 1ABJ H; 3ZVF A; 1MTN C; 1C5W B; 4MPU A; 1SKY E; 3NZI A; 1O3H A; 1V6D A; 2BOK A; 4YES B; 2QF0 A; 2UUF B; 4YOI A; 1F0T A; 2O9Q A; 3A88 A; 2G8T A; 3E1X B; 2V6N A; 3UFA A; 4CR9 A; 4K2Y A; 4O03 A; 1GBB A; 2Y7X A; 4A6L A; 4J1Y A; 3SJI A; 1KYN A; 2P8O B; 1SGR E; 1WTH D; 4X0W U; 3KNX A; 4WF8 A; 1OP0 A; 1ID5 H; 3MH5 A; 2L74 A; 1BB0 B; 4M9F A; 3A8A A; 1TNI A; 3KL6 A; 1XVO A; 1J14 A; 1GBL A; 3K6Z A; 4NA7 A; 5E2O A; 5C17 A; 5A0B A; 2WUB A; 2PGB B; 2Z9K A; 3OTP A; 1LMW B; 1O2N A; 1GGD C; 4XE4 A; 1XVM A; 2JH6 D; 4ISL A; 2ZC9 H; 1SHH B; 2W7U A; 5FBI A; 3RDZ A; 1F7Z A; 1TBZ H; 2Z9I A; 4JYV H; 3M35 A; 1EST A; 2A32 A; 2Z9L A; 1EJN A; 1YPK H; 4X2Y A; 2ZU2 A; 1LHC H; 4ZKS U; 1W12 U; 1LVY A; 1AKS B; 4AYV B; 2OTV A; 2VVV A; 1MQ5 A; 1NRO H; 4R8T B; 1E38 B; 1YLC A; 1F92 A; 3SOR A; 3URC A; 3PTN A; 6GCH F; 2ZGX H; 4GHQ A; 1GBI A; 1INC A; 1WU1 A; 1GHZ A; 2F9B H; 1SI5 H; 3MFJ A; 1LVB A; 2VGC C; 4X6O A; 3GYM A; 1SQO A; 5T6G A; 2G81 E; 3E16 B; 4AZ2 B; 1EOJ A; 3OY6 U; 2BDH A; 3RC5 A; 4LOY H; 3B23 B; 3PWB A; 5EW2 H; 3GDU A; 4X6N A; 4ZUH A; 2YMS D; 4I8L A; 2V3M A; 4AX9 H; 1UVS H; 2RDL A; 1C2E A; 2A4O A; 4ABF A; 4BOH A; 4AG1 A; 3ZZA A; 1HAI H; 2UUK B; 2BY6 X; 4TY7 A; 4JZE H; 1P2N A; 3P6Z B; 1Y5U T; 3SJ8 A; 4M7G A; 2F9P A; 1O3N A; 2XRC A; 1ARB A; 1MAY A; 3PM3 A; 3A8B A; 1N8O C; 4IC5 A; 2NU3 E; 3BTE E; 3MWI U; 2BDC A; 5I46 H; 2VVU A; 2DE9 A; 3SNB A; 3JZ1 B; 3PRO A; 4CRA A; 1MD8 A; 4NFF A; 3LOX A; 3EE0 B; 1C1P A; 1K1I A; 2FS9 A; 3A85 A; 3MMG A; 3A8C A; 8LPR A; 1LKA A; 1W0J D; 1ESB A; 3RUO A; 1GMD F; 1O5D H; 1TNG A; 3SUE A; 1YCP M; 3K2U A; 1SFQ B; 1S0Q A; 1QL8 A; 4YTA A; 2SNW A; 3P8F A; 1QBO A; 2P94 A; 2H2Z A; 1EFR D; 5T6F A; 3BTF E; 1A7S A; 2UUJ B; 4NSY A; 1Y8T A; 2UUY A; 3S9A A; 5LPF A; 4I8G A; 1UTK A; 1NFY A; 1BTU A; 3SGB E; 4IGD A; 1C5N H; 2FYR A; 1T32 A; 1O3F A; 1NFW A; 3FFG A; 5EOD A; 1GHA G; 1G37 A; 2HOB A; 3NRL A; 4OS2 A; 5F53 A; 4UFE H; 3VEQ B; 1NBM E; 4IN1 A; 3SV9 A; 3PMA B; 1EB2 A; 1NRP H; 1O2V A; 1KDQ B; 1XUI A; 3JZ2 B; 3UQV A; 3UOP A; 2HPQ H; 2GZ8 A; 1LQE A; 4X1Q U; 3KYG A; 5GWZ A; 1OYT H; 1TBQ H; 2GV7 A; 2K1Q A; 1ELF A; 4ZKN U; 1MUE B; 4MQA A; 5EXM A; 3TLO A; 3VXE H; 2FLR H; 4JZI A; 5E0H A; 1NPM A; 1P09 A; 2G4T A; 2GMT C; 2OUA A; 1QBN A; 4H42 U; 4MLF B; 1HXF H; 1J15 A; 1GMH F; 3MH6 A; 1NS3 A; 2BB4 A; 3NPS A; 1YCP K; 1IQG A; 1WDI A; 3PO1 C; 4IBL H; 3FVF B; 1FDP A; 3QZQ A; 2BDB A; 2HLC A; 3MTY A; 2M2A A; 3TK9 A; 1MZA A; 3SU6 A; 3U69 H; 3CS7 A; 2JET B; 2OK5 A; 2G4U A; 5EST E; 4CRB A; 4D8N A; 1N1L A; 1O2J A; 2C93 B; 1WSS H; 2UWP A; 5EPY A; 3RLW H; 4TWY A; 2L6O A; 2RFK C; 1QRW A; 4OGX A; 1GBM A; 1RS0 A; 2KAI B; 1DOJ A; 1NFX A; 1KTS B; 3RXU A; 1LPG B; 1GBE A; 4NG9 H; 4FUC A; 2CMY A; 4GCH F; 2FP7 B; 5HKK D; 2TGP Z; 1P04 A; 2RA3 A; 5B6L A; 1TNJ A; 1TLD A; 4D7G A; 5F8T A; 1LCY A; 1YCP H; 2J98 A; 4B2A A; 1NRN H; 3GIC B; 2PSY A; 1BHX F; 2Q6F A; 4X8V H; 2PKA B; 1QB9 A; 3VGC C; 1W8B H; 1IQJ A; 3M3T A; 3ZVG A; 1LKB A; 2ZCH P; 4UD9 H; 3KQE A; 2KCY A; 4JZ1 A; 5B6O A; 2VBC A; 1TMT H; 3BEI B; 1H4W A; 2LNC A; 2CHA B; 3URD A; 1ZTK A; 2QF4 A; 1TBR H; 1C4V 2; 4WMF A; 1CE5 A; 1P05 A; 1XUF A; 3MO9 A; 1T7C A; 2A7H A; 3CP7 A; 3SUG A; 2XCN A; 3HGN A; 3RXK A; 2EC9 H; 1O3D A; 1Y5A T; 5L30 H; 2ZZU H; 2V3H H; 3WY8 A; 1MBM A; 1QGF A; 1ZLR A; 1PFX C; 3FP7 E; 4Y7B A; 3S7H B; 3FOA A; 5FPS A; 6EST A; 1CA0 B; 1ORF A; 3V13 A; 3M5O A; 5EJ1 A; 5AHG H; 1PQ5 A; 3RXG A; 5LH8 A; 4ACA A; 3MU1 A; 3LDX H; 4Y8X A; 1SOZ A; 1V2V T; 5KGO A; 1JIM A; 3RML H; 1A2C H; 1A0J A; 1P03 A; 3ZVA A; 4DG4 A; 2O8T A; 5H4I B; 4INK A; 2SGA A; 1MD7 A; 2J38 A; 1O3G A; 4CHA C; 2HRV A; 1ZR0 A; 3ZVC A; 3LGY A; 1O2K A; 7KME H; 5T1V A; 3QGJ A; 4MPW A; 1OP2 A; 3FAN A; 3AW1 A; 3SU0 A; 1TOC B; 1O5G H; 2G52 A; 2KFW A; 2QY0 B; 2G55 A; 1GPZ A; 4XSK U; 4K3J A; 1GI8 B; 4KTS A; 2G00 A; 1V2M T; 2GCT B; 2ODQ A; 3SV8 A; 4D76 A; 5DKM A; 1AGJ A; 2KM0 A; 3I78 A; 3H5C B; 1RIW C; 4SGA E; 1NRQ H; 1ESA A; 5EXL A; 3URE A; 1MKW K; 3GY6 A; 1LHE H; 4HGC A; 2QV1 A; 1E79 D; 1XXF A; 2G5N A; 2K0Q A; 2HVY B; 2ZDK A; 1L4D A; 4NZQ A; 1AN1 E; 1ACB E; 3FO8 D; 5DP5 A; 9LPR A; 1GI0 A; 3T62 A; 4NSV A; 1ABI H; 4ZAE A; 2GKV E; 1O3M A; 2ZCK P; 1L2E A; 3AAV A; 3RXM A; 1HAV B; 3P8G A; 3GCH B; 1PQ7 A; 4FUJ A; 4ABJ A; 1Z8G A; 4AB8 A; 1YY3 A; 4AB9 A; 4H6S B; 1SSX A; 4I32 A; 2C8Y B; 4UFF H; 2GD4 B; 2NU0 E; 3TIU A; 1CBW C; 5FX6 A; 3S69 A; 1GMC F; 1TGN A; 1FQ3 A; 1F0R A; 3B8J A; 5DP9 A; 1HIA A; 3GY7 A; 1HAY B; 1O2W A; 3GCT G; 1DFP A; 5BRR E; 2WZQ A; 3IG6 B; 2ODY B; 1EUF A; 1UW7 A; 1AFQ B; 2Z9J A; 2BX3 A; 3BG4 C; 3F0P A; 2QE7 D; 3EYD A; 1LQD B; 1HFD A; 1EPT A; 5HYO A; 4ISN A; 3MH4 A; 4CH8 B; 1ZTL A; 1GHV H; 2ZFT A; 1K9O E; 6LPR A; 2FX4 A; 3D65 E; 1WUN H; 2A2Q H; 2LEL A; 2JJ1 D; 2ZDM A; 3ELA H; 2V3O H; 4B76 A; 1P2J A; 2ZO3 H; 1V2K T; 4CBN A; 5T6D A; 1FZZ A; 1ZGV A; 2IN2 A; 3Q00 A; 1OX1 A; 1Q3X A; 1P3E A; 3A7T A; 5HGG A; 3VB7 A; 5DP3 A; 2FOB A; 2W7S A; 1HGT H; 1S6L A; 3RXS A; 3NUM A; 2CGA A; 4BAH B; 2V35 A; 1UVP A; 1FUJ A; 2W5E A; 2WHX A; 1DUA A; 4A1X A; 3T2N A; 1GBJ A; 1BMM H; 1GI4 A; 1QB6 A; 2ZFP H; 2C8Z B; 1C1S A; 2QXG A; 3L6P A; 3SU1 A; 3OEH D; 4X8U H; 2BY7 X; 2GZ9 A; 2R0L A; 9EST A; 2FMJ A; 1GI6 A; 1TAB E; 3DSP A; 1YC0 A; 3SJ9 A; 1QHR B; 1K1N A; 1E36 B; 2QN5 T; 1ARC A; 3BIV H; 1TPS A; 4NIV A; 1WYK A; 3Q3Y A; 3F9F A; 2ZGC A; 1H8E D; 1RTL A; 3BTH E; 1FY3 A; 6CHA B; 1BT7 A; 2BD2 A; 1YPL H; 4KTC A; 1C1O A; 2NU1 E; 1C5V A; 1OWJ A; 1TRM A; 1HV7 A; 4WMD A; 1QA7 A; 1K1O A; 1O2O A; 5F8X A; 1FLE E; 1XUJ A; 1P9U A; 2F9U A; 2ZNK H; 1J9C H; 1T31 A; 1BRC E; 1BRA A; 1O3A A; 1L0Z A; 2HNT C; 4ISH H; 1J17 T; 3ZVE A; 3RXR A; 4ABA A; 1LDT T; 1UMA H; 2QF3 A; 4JMY A; 4A7I B; 4X1N U; 1RTK A; 3F9G A; 3HAT H; 2JKH A; 2BDI A; 3BTD E; 3MOC A; 1MZD A; 2FPZ A; 1OWH A; 4GPG A; 1L1N A; 3UWJ H; 1F2S E; 1FY5 A; 3RU4 D; 2PUQ H; 3S7K B; 1VCQ A; 4OS6 A; 2FES H; 2HVX A; 1QFK H; 1TNK A; 5IK2 D; 1DIC A; 1EPT C; 1N6Y A; 1G3D A; 2VWM A; 1AVX A; 2J9N A; 3ODD A; 3PYH A; 4RSP A; 5JBA S; 5C5N A; 1C1R A; 1LHD H; 2A31 A; 1XM1 A; 2A45 B; 2GCH G; 1DUE A; 3DT0 H; 2HNT E; 1GG6 B; 4BAO B; 1G9I E; 3BTT E; 3MNC A; 3Q77 A; 3SBK A; 1C5R A; 1TA6 A; 1BCU H; 1NES E; 2PV9 B; 3KCG H; 4FUG A; 1FIZ A; 2TIO A; 1LHG H; 2BLO A; 2FO9 A; 5C1U A; 1IQI A; 1A4W H; 1ZRK A; 2OD3 B; 2P95 A; 4WME A; 3ZZC A; 5LPR A; 1AWF H; 4Y8Z A; 5HXF A; 4WJG 2; 1SLV B; 2Z3E A; 3QLP H; 4I7Y H; 1D6W A; 5AFZ H; 2BD9 A; 1YPJ H; 3RXB A; 3RXQ A; 4X2W A; 2Y5F A; 1A3E H; 1K1J A; 2A7C A; 5F6M A; 5CHA B; 4UEH H; 1Y3V A; 3RXA A; 1GBC A; 1C1M A; 3DSO A; 2VIQ A; 1SGD E; 7EST E; 3AAU A; 4HFP B; 4JCN A; 3ATM A; 1QJ1 B; 3MYW A; 1NC6 A; 2KCA A; 1QBV H; 1XUH A; 2Q1J A; 1LHF H; 1AFE H; 1UVO A; 3MI4 A; 4Q4L A; 2BD7 A; 2WPJ S; 4Y79 A; 3E91 A; 3V0X A; 1O36 A; 2ANK H; 1SHY A; 2KCP A; 1O3I A; 1UK3 A; 4U30 A; 1GVZ A; 1UTJ A; 1BTY A; 3DFJ A; 1AU8 A; 4AOR A; 4JK6 A; 3VG8 A; 2JDI D; 2OBQ A; 3EQ0 H; 1UCY K; 4P00 A; 2OC7 A; 4CRE A; 2BDA A; 1PQ8 A; 4K69 A; 1C1T A; 1NU9 A; 2QAA A; 1GHB F; 4WH8 A; 4RN6 A; 1MTS A; 3KQB A; 5FPY A; 2AFQ B; 1P8V C; 1TA2 A; 3KN2 A; 2V0B A; 2XW9 A; 1PPZ A; 1AO5 A; 2G51 A; 3RU4 T; 3ZZB A; 1AVW A; 5EQS A; 1VIT G; 3GY2 A; 4JK5 A; 1SGF A; 4B71 A; 2Y6T A; 2VIO A; 1C5U A; 4BTI B; 2BQ7 B; 3F2F A; 4UON A; 3SZN A; 3LGT A; 1SGT A; 1ZHP A; 4MNW A; 2IJO B; 1G36 A; 5I25 A; 1QA0 A; 5C67 A; 2LP6 A; 2BD8 A; 4H4F A; 4MDS A; 3KQ5 A; 4ASH A; 3A82 A; 4X6M A; 3BTG E; 5EW1 H; 1CSO E; 3T28 A; 5EJL A; 1K1M A; 2H5C A; 3GYL B; 1UCY H; 3UR9 A; 2Z3C A; 4X2V A; 1P2K A; 1YF4 A; 3DA9 B; 2UWO A; 3RMN H; 4I86 A; 3SV2 H; 3M7Q A; 1IQL A; 1SLX B; 4HG6 A; 4KTU A; 1TQ7 B; 2BMG B; 3E0N B; 1OSS A; 1MTN B; 2HPP H; 2VH6 A; 3DUX H; 5L6N H; 1GDN A; 1S0R A; 1SBW A; 2UWL A; 3QK1 A; 1TE0 A; 2PWX A; 1O2R A; 1GI7 B; 3GCO A; 2WYJ A; 3SU2 A; 4Z6A H; 1P02 A; 4X2X A; 3U8R H; 1S84 A; 3F6U H; 2HNT F; 2EA3 A; 1DLK B; 1YKT A; 1C5Z B; 1LVM A; 1IQH A; 4EST E; 1MH0 A; 1BTZ A; 3RXO A; 2VIP A; 4XDE A; 1RTF B; 2BX4 A; 2WV9 A; 2FLB H; 3BTK E; 4OS4 A; 4YO9 A; 1A5H A; 3R0F A; 3A7W A; 1KLI H; 3ATL A; 2BOH B; 1YP9 A; 1GGD B; 5C2Z A; 1BTW A; 2ZI2 H; 1NN6 A; 3U1J B; 3RXE A; 1O2S A; 3IIT A; 1PPE E; 4YOJ A; 3UNR A; 3SHA H; 1FY4 A; 1TAW A; 1ZSK A; 4D7F A; 2XC5 A; 4O3U A; 1MTV A; 1C1Q A; 3A87 A; 1C1U H; 1EP5 A; 3RU4 E; 1TX6 A; 1DDJ A; 2A5K A; 2A1D B; 4DCD A; 3QN7 A; 4FVB A; 2B5T B; 1O38 A; 1ANE A; 3RC6 A; 1HDT H; 4F55 A; 3LH1 A; 1W14 U; 4O3T A; 1C5Y B; 5FHT A; 5GCH G; 1W2K H; 5PTP A; 2VB0 A; 4CBO A; 1GHW H; 1KXB A; 2C8X B; 1AY6 H; 1O3L A; 1TB6 H; 1YGC H; 4UDW H; 3FP8 E; 4YLQ H; 4JZF H; 2XCF A; 3SU3 A; 2HLD D; 1BHX B; 4DGJ A; 1QR3 E; 2H6M A; 4AGJ A; 3VFE A; 2M5T A; 5DP8 A; 5IYT A; 4ZHM U; 2VGC B; 3RM2 H; 2JH0 D; 1V2R T; 1JIR A; 3CEN A; 2PR3 A; 4MPX A; 3LH3 A; 1QQ4 A; 2A0Q B; 2AIQ A; 1CT4 E; 1O5F H; 1EAW A; 1U6Q A; 3SI3 H; 3ATK A; 4Z0K A; 1SMF E; 2OC1 A; 2R3U A; 4CRD A; 1F5L A; 3A7X A; 1GJ7 B; 3IWM A; 1GL1 A; 1ZRB A; 2BQ6 B; 1UTL M; 2TGT A; 3PLB A; 5C5O A; 3A83 A; 1HJ8 A; 3EGK H; 3VXF H; 4NWK A; 2A4R A; 1N8O B; 2A7J A; 5FL7 D; 3TJV A; 4YXW D; 1CT0 E; 1A5G H; 2FOG A; 1C2H A; 1HJ9 A; 1P2I A; 3PV5 A; 1UJ1 A; 1KSN A; 1BJV A; 3FZZ A; 3M36 A; 1GDQ A; 1WXR A; 3KEE A; 2TRM A; 2THF B; 2YOL A; 1YPH C; 4MNX A; 1G30 B; 1VR1 H; 3E8L A; 4E7N A; 3PMJ A; 3U9A H; 2GDE H; 2ZHE H; 2FS8 A; 1VKY A; 2DE8 A; 3OAA D; 1MU8 B; 4ZHL U; 2K8I A; 3BEF B; 1GBH A; 1K22 H; 1UCY E; 4Y8Y A; 3B9F H; 4Q7Y A; 4XFQ A; 2FOF A; 1OXG A; 1BIO A; 2ZQ1 A; 3BSQ A; 3TH2 H; 2BVX H; 2BD4 A; 1YLN A; 1ZMN A; 1MKX K; 6GCH G; 1OPH B; 1YPH E; 4AYY B; 3SQH E; 5CMX H; 3BTW E; 3DCL A; 5AF9 H; 2JJ2 D; 2NU2 E; 4IMQ A; 1SL3 A; 2QYI A; 5DN6 D; 1P10 A; 2PKS C; 1AVG H; 1F0U A; 1UK2 A; 2XWB I; 1WQS A; 4ZXY H; 2VNT A; 2BLV A; 4P02 A; 2SGP E; 1VGC B; 4AGK A; 2FOH A; 2B7D H; 1HLT H; 4KKD A; 4BAM B; 1C9T A; 1UTP A; 1Z7K A; 3BEU A; 1O0D H; 4B74 A; 3QZR A; 1ETS H; 2FTL E; 2GMT B; 3VB3 A; 1QL7 A; 4I8J A; 4DOQ A; 2ZFF H; 1P9S A; 1LTO A; 1VCP A; 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