3ZRDA

Oxidised thiol peroxidase (tpx) from yersinia pseudotuberculosis
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
174
structure length
174
Chain Sequence
QGIDPFTMTQTVHFQGNPVSVAGKLPQIGDKAKDFTLVAKDLSDVALSSFAGKRKVLNIFPSIDTGVCAASVRKFNQLAGELENTVVLCISSDLPFAQSRFCGAEGLSNVITLSTLRGADFKQAYGVAITEGPLAGLTARAVVVLDGQDNVIYSELVNEITTEPNYDAALAALK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords THIOL PEROXIDASE
publication title Structural Characterisation of Tpx from Yersinia Pseudotuberculosis Reveals Insights Into the Binding of Salicylidene Acylhydrazide Compounds.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia pseudotuberculosis
total genus 55
structure length 174
sequence length 174
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2011-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3zrdA00
3DD3A 1A2LA 5H5SA 1GTAA 4MMMA 1SJZA 5F0GA 1PL2A 2YCDA 5ECNB 7GSSA 1UVZA 2HFDA 2E0QA 2H01A 1X5CA 3F0IA 4PXOA 1LJRA 1T7PB 3VWWA 1GRXA 1Y25A 1V9WA 2LQQA 2LSTA 4IVFA 4FYCA 4AJ6A 3G9BA 4EKZA 4ID0A 3G7IA 4JU5A 3N9JA 2H76A 2LNSA 2OACA 5ID2A 1M9BA 4MF5A 3V1WA 4KDUA 4IQ1A 1SL0B 1EEMA 1O8WA 2CX3A 1R5AA 4GCIA 4PUAA 3KTBA 2YV9A 3UAPA 4MZCA 1V2AA 1YY7A 4MPGA 4IN0A 1K0DA 1GSDA 2YPMA 1H4OA 2L59A 1DE1A 4MABA 2P0GA 5A4VA 1GTIA 1TXXA 5ECMB 4NPBA 5D93A 2R4VA 1SU9A 4V2NA 3QMXA 2IMDA 4Q5NA 3SBCA 4L0WA 5A4UA 4GQFA 1GLQA 3WGXA 4V1Ap 5DVBA 2IFQA 3LEFA 1XWBA 4IS0A 4MF7A 1WE0A 3WGDA 10GSA 3IXRA 4OD7A 1XIYA 3CRTA 4YAPA 2E2MA 4K7NA 9GSSA 4G10A 1GUHA 1HQOA 1B9XC 4K7OA 3DYRA 4EL1A 2WRTA 1A8YA 3UVHA 2MZCA 2GZPA 5EVOA 4IW9A 4YQVA 4DSRA 4MH3A 4TOPA 3UMAA 4OCFA 3LGCA 5LNKe 1TRVA 3D4TA 1JLWA 2N5FA 3GTUA 3FEUA 5B7CA 1EP8A 3EU3A 1BQ7A 1PL1A 3TB2A 3ZFLA 1F9MA 2V6OA 5ID2B 5F07A 1SK2A 1XCCA 1K0MA 3HD5A 2RUFA 5JCGA 3RPNA 2WS2A 1ERVA 1WMJA 4OWYA 2PU9C 5C04A 1PKZA 3IDVA 1Z7RA 5JCWA 5KEJA 2OE3A 3LXZA 3QAGA 1J9BA 2GTUA 2PUKC 1K3OA 5H5RA 4MP4A 3QAWA 1N8JA 3ZVJD 3LWAA 2DBCA 1B4QA 2JZSA 2YNXA 3EINA 5G31A 5IPHA 2B5EA 1VRSD 3FKFA 2H1DA 5G30A 3H8QA 2L6CA 1ST9A 2QC7A 1OC9B 3ZIJA 1G6WA 3TOTA 4HU9A 3QFBC 3TKQA 3ZYWA 4GLTA 1B48A 1X9WB 1PSQA 1RQMA 4TRXA 1QK8A 4JR4A 1M9AA 1QXHA 4ISDA 5G5EA 2PWJA 3LFLA 3W8SA 1OKDA 1ZYQB 2HE3A 2X64A 2V41A 4NHZA 1G6YA 4E8HA 4AGSA 4I2UA 3GX8A 4IKHA 3HYPA 1K0AA 2YZUA 3F9UA 4KUNA 1MD4A 5E59A 3APQA 3EURA 1PMTA 5HFIA 1K0NA 1TK8B 3MWHA 11GSA 2VCVA 1EZKA 14GSA 3LYKA 3HXSA 3GSTA 1GH2A 4ECIA 1FO5A 1PRXA 1URMA 3Q74A 4K1FA 5DCGA 4NXIA 2FY6A 1OAZA 3MAKA 5F05A 3F3QA 3Q18A 5ENUA 2VUPA 3C8EA 2JZRA 4OCEA 2GVPA 4PNFA 1TKDB 1PKWA 3KGKA 1WJKA 1PD21 5IMZA 2F8FA 4RI6A 4HQSA 1X9MB 3G7YA 2XHFA 1M7TA 1GTUA 4P3YB 3CMIA 1JFUA 4OO5A 3GKKA 2GZZA 1BYEA 3PH9A 2FNOA 8GSSA 2CAIA 4HS1A 4KSOA 3HZ4A 2AAWA 5EPFA 4J2FA 2H8LA 1SD9A 4DVCA 3KZQA 3HHVA 4D73B 2WJUA 2GS3A 1BX9A 1Y6EA 22GSA 2JSZA 4MDCA 2H1AA 2OE1A 1A2JA 2YWOA 4DSSB 4E8EA 5J5NA 2K9FA 4N11A 3FZAA 3KTLA 3F6DA 5AIXA 4V2MA 5HFKA 2R37A 1S3CA 3ED3A 1XXUA 5JWOB 4N30A 1GULA 4WF5A 1HNAA 3IV4A 4CDOA 2XBQA 1YJ6A 1UC7A 2C3QA 2O85A 2ZUPA 2HI7A 1V57A 16GSA 1Z9HA 1B9YC 4OFNA 1RK4A 5J9CA 4F82A 5B8BA 1T1VA 1X0RA 4WF4A 4POKA 4QQ7A 3GL3A 1EV9A 4MJCA 3I43A 1GSQA 3GSSA 1A2MA 1TTZA 5J41A 1AUCA 3D6IA 4GTUA 2VCWA 4K6XA 1T8EB 5DBQA 1K0OA 2L4QA 3NZNA 3IC4A 4LMVA 2RM5A 1SD8A 1M0UA 2HT9A 2V32A 3KH7A 2FHEA 3QR6A 4ZL7A 1AIUA 2YOIA 5ECLB 4O32A 3PR8A 3VFIA 2M72A 2FCHA 5DCHA 6GSVA 1WIKA 5AIVA 5DALA 3LJRA 4PQHA 2HRNA 4XS1A 2IMEA 1H75A 3AY8A 1OC3A 2YZHA 1FB0A 1WOUA 18GSA 3EWLA 2DIYA 13GSA 3F4TA 1FHEA 1ML6A 3FR3A 3HJOA 2IIYA 1SJIA 3LXTA 2OBIA 4WXTA 2YN1A 3QOUA 3KEBA 4HZ2A 3P2AA 2VLVA 1GSUA 3VI5A 3M9JA 5CRDA 4GRFA 4KH7A 2AYTA 2M46A 1O73A 4XS4B 1SK0A 1ILOA 1M2DA 2EIQA 4AJ7A 4GSTA 2BMXA 3HVSA 2IJYA 3GH6A 1T3BA 5J9BA 3FHKA 2C1YA 2J9HA 1Z7PA 2IN3A 2L5OA 4EE0A 4L0UA 3F4RA 4WETA 4MPFA 2L6DA 2C0GA 4YQMA 2K18A 3TJFA 3HDCA 2IMFA 2VL9A 1SYRA 3H93A 1MDJA 3G7JA 3J7Yb 2YV7A 1K3LA 5A4WA 3TKPA 2LEGA 2OBKA 3UVTA 4KW6A 2WFCA 4JE1A 2MMAA 4IELA 3ZVJA 3U5RE 2TIRA 2BTOT 2LKUA 3HJPA 1QQ2A 1TU8A 2H74A 3DXBA 1ERTA 1ZGNA 3VWXA 2BJXA 2N5BA 4PQIA 2MMNA 4I8BA 4CHSA 1A0RP 2KUCA 3I6AA 1Q4JA 3C73A 4IJ3A 1KTEA 2K8VA 4Q5RA 3QCPA 5F06A 2ZNMA 2NBSA 1VF1A 2H0IA 3Q6OA 1XVWA 1GLPA 2OJLA 2JU5A 5DAKB 3LORA 1VF4A 3SWLA 2DMLA 3TRPA 3F6FA 3HY2A 4LL4B 4IP6A 3IHQA 3TJKA 6GSSA 2AB6A 4IHUA 4MLYA 4GQCA 5CRWA 5J4UA 2JL4A 4K8MA 4POLA 3FY7A 2P5RA 2GQKA 2FGXA 2FWHA 3LYPA 4HI7A 2YWMA 3M1GA 5IPGA 4ZB8A 1JLVA 3WYWA 3WT2A 4RI7A 5HQPA 3QFAC 3ME8A 1NW2A 1XWAA 1T00A 2JSYA 3HA9A 4PURA 4NV5A 4RQRA 5DJMA 1GUKA 3MDKA 2A2RA 5D9VA 3IAM2 1SENA 4ZIJA 1SKSB 4OMVA 2AJQB 1J08A 1JZRA 1QGVA 4L5LA 5J3RA 4L5OA 2RIIA 5FHIA 2DJKA 2DJ0A 4XCSA 1IYHA 2H6XA 2HSYA 3M0FA 4EDZA 2LNTA 2LS5A 4YQUA 4BWQA 2C80A 2VCTA 4BL7A 19GSA 4GXZA 4ZILA 2L57A 3DGQA 2LJKA 5FWGA 2NPBA 4WBJA 2DMMA 4ML6A 4ZL9A 1DE2A 2XPEA 1O8XA 1FW1A 3KIJA 4LA1A 2V6KA 2VOCA 3CSIA 3TCOA 2H6YA 2K8SA 4ZXGA 3IPZA 1XWGA 4TXVA 4HJMA 5CREA 4QL9A 3VPTA 2QGVA 2DJ2A 4J57E 2H73A 1QUWA 2R5GA 1V40A 2YJHA 2X8CA 3UARA 2HYXA 1XPVA 1WRYA 5JWQB 3KJYA 2VL2C 2LJAA 5HR0A 1THXA 5IQYA 3LSZA 4X43A 6GSYA 3HZ8A 4HDEA 1F37A 3HKRA 2H0HA 4TR1A 3I9V2 5ECIB 4KCEA 1QMVA 2O7KA 5GAPD 4PNGA 4IP1A 2IFQB 1PGTA 2FUG2 2PMTA 2R3XA 1ON4A 1O81A 2JZTA 1R5PA 2V1MA 4LL1B 1WP0A 1ERWA 4MH2A 3L78A 2F51A 4ZBAA 17GSA 1TI3A 1AQVA 2PN8A 4KX4A 2CV4A 1XW6A 2FA4A 4K7IA 4V1Ag 3ISOA 4KB3A 5ECKB 5KN2A 3L4NA 1U3AA 5CRHA 3IBHA 4BWSA 1OVNA 5B6NA 3IAS2 1YDKA 1LU4A 3GTUB 2AUVA 3VK9A 3GN3A 2LTKA 2H71A 3TKSE 1V98A 1PX6A 4TXOA 3O3TA 5ECOB 3GFKA 2AV4A 5GZZB 2VAFA 1E6BA 2LV3A 4ZBDA 2O89A 1SK1A 5D9XA 2IMIA 5IMDA 1HNCA 1I5GA 5D96A 5DQSA 2RLIA 1YKCA 3ERFA 3TKRA 4TW5A 3A2WA 4K0NA 2VM1A 1Z5YE 1ABAA 3TRXA 3C71A 3L9SA 2GLRA 1NSWA 3Q19A 4MK3A 2DJ3A 3VLNA 2TRXA 5B8AA 5CP1A 3D0ZA 2VL3A 2DIZA 2B7JA 2LRCA 2JACA 5B6MA 2V2GA 1LBKA 2XPDA 3P90A 4XIHA 1ZCPA 1AC1A 4KNDA 1VF3A 3UL3A 5H5QA 4PUFC 2C0DA 2IWTA 2GQMA 2H75A 2OE0A 2DC5A 3IRAA 2IPAA 3ZFBA 3R2QA 3WT1A 1G7EA 3TRQA 1EOGA 3D22A 6GSWA 5CYYA 3P7XA 2CZ2A 1GSFA 2VD1A 2NTOA 2I4AA 5HR2A 12GSA 2FD3A 5CRGA 1JHBA 3VPQA 1FOVA 2CT6A 2LJRA 4ZBBA 5KN0A 2K6VA 1PN9A 2CZ3A 4FO5A 3TOUA 1U88A 5HR3A 1XW9A 2C4JA 1F2EA 4JRRA 2RM6A 4G19A 1AQXA 3QDNA 2ON5A 3NOFA 3GKMA 1O7UA 2OKAA 5G1KA 5IO2A 2IL3A 5GSTA 1T4YA 4F9ZA 1EGRA 1SKWB 1SL1B 1NHOA 1YF0A 2KP2A 2DJ1A 1XOBA 2XC2A 3CSHA 1E2YA 4ZL8A 4HEA2 2GDRA 1X5EA 3BD2A 3L0HA 4MJBA 3DMLA 4O7HA 1SYXA 2X99A 1FAAA 1GL8A 4YH2A 4IGJA 1B4PA 3VI7A 5L71A 2PBJA 1EOHA 1YZXA 3D4MA 4IQAA 1XBSA 1J0FA 4XHMA 2H6ZA 4LMWA 4TR3A 1YEXA 5G5FA 4TKYA 2H70A 1ZL9A 4ECJA 4PQ1A 3KMOA 4JZQA 1XVQA 4I6XA 4TN8A 4Z7XA 1IYIA 1TRUA 1PQNA 2PVQA 3FZ9A 3RHBA 1XWCA 2OADA 1GWCA 2FLSA 2CQ9A 3IOSA 5JWRB 3HJMA 1CQGA 4HJ2A 4BVXA 2Z9SA 5KN3A 5ECPB 3EMPA 2IMKA 3FZ5A 2WULA 2TRCP 5AN1A 3GNJA 1EGOA 2F3MA 2XBIA 1SKRB 2LUSA 4EO3A 3APOA 4FYUA 2VL2A 3QD9A 4Q5FA 1TJDA 3GURA 3GV1A 5FT3A 5D9WA 5ECRB 4WKWA 2VIMA 4WBRD 1RW1A 1ZOFA 1JZOA 2N5AA 3FK8A 5CAXA 3DKSA 1GSSA 4OFTA 4KSMA 1NM3A 3P8WA 3CYNA 1UN2A 1DUGA 4WR4A 5DQYA 5ECQB 3VURA 2EIRA 4JBBA 4RUVA 2KHPA 1U3IA 3UBLA 3TKSC 5DALB 2GGTA 3IA1A 2I1UA 3A2XA 2E7PA 4MJAA 4AF2A 5F8BA 3FR9A 2HZEA 1HNBA 1F3BA 4K0GA 1SL2B 5IIZA 4KE3A 1GNEA 1W89A 4NHWA 3GUSA 4OO4A 1AQWA 1DBYA 1BEDA 3TJJA 2D2ZA 3ZZXA 1OC8A 5GAND 4G2EA 4K9ZA 2YP6A 1U87A 3QAVA 5CNWA 3BBYA 2CVDA 3CXGA 2M80A 3CTFA 1TK0B 3RDWA 3ZTLA 1R7HA 4POBA 1ZYEA 4ML1A 3RBTA 2C0FA 2CAQA 3GMFA 3ZMKA 4PGTA 1GSYA 3ZREA 1TP9A 5D73A 4XRDA 1HYUA 3EYTA 1W4VA 1R26A 2MMZA 2H19A 3GKXA 4JR6A 5IMAA 2OA7A 4ILFA 1TK5B 1FVJA 3TJGA 2YANA 3GH9A 2GZYA 4MZWA 3KMNA 3GRXA 2VCQA 1TRWA 3GL5A 4TR0A 3HVXA 3CSJA 4L8EA 2B3SA 4MA9A 1MEKA 1GNWA 20GSA 5EL8A 4EUYA 1F6MC 5LCZA 2KOKA 4QL7A 2HZEB 4GF0A 4EXJA 1OC9A 2WGRA 3WGEA 4Q5QA 2VD0A 5G2ZA 1C72A 1BAYA 2I9HA 3LG6A 1TOFA 2DLXA 2HNLA 2C3TA 3W8JA 1ZMAA 2KP1A 4N0VA 1A8LA 3ZIVA 3KM6A 2C0EA 2FWGA 4ACSA 1OE7A 3J7Yk 1JZDA 3TGZA 3ERGA 1QFNA 4I5QA 6GSTA 4X1UA 1G7OA 3H79A 2GT5A 3U6VA 1Z6NA 3KCMA 1MDIA 2F9SA 2G0FA 3ZL5A 3GKNA 1Z6MA 1FG4A 2VLTA 5GSSA 2MMOA 5D8IA 1A0FA 2HXKA 3GX0A 2GQLA 5AISA 4OFMA 4BVYA 4EDYA 2R2JA 2VCXA 4FH8A 3EC3A 4FYBA 2HLSA 4NAXA 2DJJA 2AHEA 1KEBA 4V2LA 3KD0A 4DEJA 5IMVA 1USBA 2WZ9A 3NIVA 2B1LA 3E0UA 1FVKA 2P31A 3DRNA 5IO0A 1B8XA 1YF1A 2DSAA 2ZCTA 1Z3EA 3BJ5A 4H86A 4ZB6A 4F2IA 4MCUA 4JEDA 5ECHB 3PINA 3ERWA 3D21A 3M9KA 1S3AA 2J23A 1FB6A 2GSSA 3IE3A 4XS6A 4GWRA 1EV4A 4GSSA 1UA5A 4POMA 4NMUA 1GUMA 4ECBA 1WPIA 4EF0A 2H72A 2GSRA 3FRCA 4HZ4A 4D73A 3M3MA 1VF2A 5JCUA 4ECCA 2VO4A 2PVOC 1PA3A 3O76A 3RAZA 4RQXA 1MTCA 4N10A 1XWKA 2WCIA 1VGLA 3IK7A 4DSSA 3MNGA 4EC0A 3C1SA 2VM2A 3LQ7A 3OR5A 4KA0A 3DVWA 4GSNA 4N0ZA 4AJ8A 5E4WA 2YWIA 1K3YA 3CRUA 4KDXA 4NWYA 3EU4A 3GHAA 5EY6A 2REMA 2MBTA 2FWEA 3TKSA 3HVVA 4WEYA 4ZB9A 4O92A 1GTBA 2EC4A 3RPPA 2FWFA 1M99A 1TDIA 3TJBA 3D5JA 5ABRA 3EVIA 3APSA 2GSTA 2PERA 3VWUA 4NV2A 1V58A 4KDYA 4I97A 5COHA 1HD2A 4TR1B 2X8GA 3H1NA 3VWVA 3EE2A 1K0BA 2B7KA 3ME7A 4HQZA 4O5RA 1M2BA 3KP8A 3KH9A 3M8NA 4MJEA 1TI1A 3FZ4A 1A24A 1X9SB 2EIOA 2A2SA 3MSZA 1OYJA 3IK9A 1NHYA 5DDLA 1U6TA 2ALBA 2YWNA 2PGTA 1AW9A 4XRAA 2MBSA 2E2GA 2B5YA 3E9JB 1XFLA 2YJ7A 5IOXA 3C1RA 1XOAA 2B1KA 4FIWA 5AGYA 3UIWA 2G2QA 2NDOA 2CA8A 3FW2A 5IM9A 4EVMA 4F03A 1GSEA 2H30A 2L4CA 4KAEA 4J56E 4TXOB 1X5DA 3UJ1A 3TDGA 2A4VA 1DSBA 2B6MA 1AXDA 2ON7A 4BPYA 1CQHA 2C8UA 5HFGA 4XS4A 1F3AA 1ERUA 2WB9A 2WDUA 4YAVA 2C3NA 4PX1A 1S3DA 2L5LA 5ECSA 1O85A 4DSQA 3EMXA 5ELAA 4IJIA 4WR5A 4TVEA 2X8HA 4ULXA 3KP9A 5IOWA 3UEMA 2KLXA 6GSUA 3ZMLA 3N5OA 5DJLA 1OE8A 2H1GA 2RUEA 1TRSA 3CTGA 3QPMA 3F3RA 2NVLA 2CVBA 2JADA 2HSHA 1YQ1A 3K8NA 2VCZA 5CO3A 5G1LA 2LRTA 3GIXA 1ZZYA 3CBUA 2I81A 4MZBA 3H4KA 3E3EA 5IMCA 3FR6A 4I2TA 1Q98A 3BCIA 1M2AA 1YEPA 3DVXA 3I69A 3GA4A 3BOAA 3KXOA 3UOMA 2CVKA 2GT6A 3UBKA 3JCML 3L9VA 1BG5A 2LQOA 3DEXA 2H1BA 1PX7A 3DIEA 3PGTA 3S9FA 5LD0A 2H66A 4F0BA 4TR4A 3FYGA 5KN1A 2GSQA 4CW9A 4IBPA 1G0TA 2B5XA 1O6JA 4HUAA 3A2VA 1EWXA 2ES7A 2QSIA 2LRNA 4MF6A 5A5KA 3ZITA 3TUEA 1OKTA 5HR1A 2H0GA 1EP7A 5ELGA 3C7MA 5DAKA 3DWVA 2CX4A 1GP1A 4K2DA 2HRFA 1ACVA 1THOA 3F63A 5C00A 3W6GA 2HZFA 3F4SA 2QKEA 4LLRA 3O6TA 5INYA 3IR4A 2PPTA 1AAZA 3BCKA 4F0CA 1A23A 3F8UA 1BJXA 2MYGA 1I9DA 2R6KA 3WD6A 3US3A 2F8AA 1MD3A 1EEJA 1TU7A 1K0CA 1KNGA 1WWJA 2VLUA 2I3YA 1YKAA 1T4ZA 2O8VB 3A5WA 1KBNA 1N2AA 5IMFA 1SJ6A 4HOJA 4KGIA 1XW5A 6GSXA 4XTSA 2O87A 3RHCA 4BA7A 3GYKA 1R4WA 1MDKA 3A3TA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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