4AJ6A

Crystallographic structure of thioredoxin from litopenaeus vannamei (reduced form).
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
105
structure length
104
Chain Sequence
MVYQVKDQEDFTKQLNEAGNKLVVIDFYATWCGPCKMIAPKLEELSQSMSDVVFLKVDVDECEDIAQDNQIACPTFLFMKNGQKLDSLSGANYDKLLELVEKNK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Expression, Purification, Crystallization and X-Ray Crystallographic Studies of Different Redox States of the Active Site of Thioredoxin 1 from the Whiteleg Shrimp Litopenaeus Vannamei
pubmed doi rcsb
molecule keywords THIOREDOXIN
molecule tags Oxidoreductase
source organism Litopenaeus vannamei
total genus 36
structure length 104
sequence length 105
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.8.1.9: Thioredoxin-disulfide reductase.
pdb deposition date 2012-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4aj6A00
3VPQA 1GUMA 3KZQA 2IFQA 1DE2A 2HZEA 2KP2A 2OBIA 4TKYA 2LNSA 3TJJA 1SD8A 3UJ1A 3F3RA 4KDXA 4OFTA 4K0GA 2WB9A 3L9SA 2XBIA 4F82A 3GFKA 2GZZA 3DEXA 2WCIA 3IC4A 4HQSA 3DYRA 4PQHA 4TRXA 1JLVA 3TRPA 3Q18A 4YQMA 4ECIA 1DUGA 1B9XC 3GHAA 1B4QA 13GSA 5HR3A 2OJLA 1Q98A 4DVCA 3US3A 4BWQA 4NV2A 2L59A 2FCHA 5DBQA 4G10A 3G7YA 1A2MA 1QGVA 2VCVA 4WKWA 2MBTA 4L8EA 2WDUA 4JR4A 1ERUA 5ECHB 4IBPA 1T4YA 2M72A 4KAEA 1FOVA 1AIUA 1YZXA 2FWFA 2GQLA 2LQOA 5E4WA 1OC3A 3FY7A 2CAQA 1SD9A 2OA7A 1AXDA 2OE1A 4F0CA 2XBQA 2OACA 1QMVA 1TTZA 3DWVA 3PINA 3UBLA 1CQHA 1PX6A 1XVWA 3KTLA 2A4VA 2FA8A 1BQ7A 2AHEA 4J57E 3EMPA 4HS1A 2B5EA 4HDEA 1SKRB 1DBYA 3FZ9A 3CYNA 1OYJA 4J2FA 7GSSA 3TJFA 2IMKA 2H70A 3VWWA 5ECQB 5CRWA 4POKA 3HY2A 2DSAA 1M99A 3TKRA 1TU7A 5ECLB 1X5DA 2HNLA 3D6IA 4NV5A 1YEPA 2E0QA 1CQGA 2VM1A 3IAM2 4XTSA 2EIQA 2V1MA 4CHSA 3VURA 1T00A 3RBTA 3TDGA 2DBCA 4OCEA 1X9WB 2ON7A 1YDKA 3IXRA 1GULA 4L0WA 4NAXA 4I97A 4BL7A 2AV4A 1XW6A 3RHCA 4YQVA 1URMA 3UL3A 4OD7A 2H6ZA 2OE3A 1XZOA 4GSSA 1TXXA 4ZL9A 1BX9A 1F3BA 1SL1B 2GQMA 2WFCA 2IMEA 4HU9A 4IQ1A 4POLA 3KXOA 1OE7A 2EC4A 2I4AA 2OBKA 5DAKA 2AB6A 3DRNA 1U3AA 2REMA 3FK8A 3IBHA 4MPGA 5A4VA 6GSVA 2P0GA 3VK9A 3M8NA 2O89A 1X5CA 5AIVA 1F9MA 5DCGA 5EL8A 2KOKA 2H76A 3FR9A 4KSMA 2X8HA 3F63A 5D73A 5D9WA 4EXJA 2I9HA 2HT9A 3I9V2 4MF5A 2IJYA 2VOCA 1EGOA 2CZ2A 1MEKA 5AIXA 4EL1A 2H75A 3FHKA 4I6XA 1GSUA 4KCAA 4ZL8A 2B1KA 2FUG2 2DIZA 3RPPA 1WIKA 1X9MB 3GTUA 3F3QA 4XHMA 6GSUA 1TK8B 3HZ4A 2VCQA 3GV1A 1MTCA 3KD0A 3FZ5A 3ZIVA 1A2LA 1R26A 2H72A 2YWOA 2V6OA 4KE3A 1SYRA 3GNJA 5C00A 4IN0A 4XS4B 4ZB8A 2GTUA 2C8UA 2PN8A 4L5OA 2KUCA 1UVZA 1PGTA 5KN1A 3ZRDA 3KGKA 1U6TA 3ZYWA 2N5BA 1EOHA 4RQRA 1F37A 5CAXA 1T3BA 1TU8A 5F06A 2GT6A 1K0AA 4PNFA 1V58A 4IELA 1N2AA 3GYKA 1ZMAA 1GTUA 1I5GA 2GSQA 3DKSA 4V2NA 4MLYA 4KH7A 5B6NA 3BCKA 4NPBA 1O7UA 3G7JA 4MH2A 1GRXA 4LL4B 1XPVA 3CSJA 1O6JA 4EDYA 2PERA 3KH7A 2G2QA 2H19A 2OADA 4AJ6A 3HVVA 4OO5A 3A5WA 2X8CA 3N9JA 2FWGA 1PQNA 4BA7A 4X1UA 4DSSB 3UOMA 4EC0A 3GKXA 1M9BA 3QOUA 2YPMA 3WGEA 2YCDA 2WS2A 2YANA 1TKDB 2LSTA 1ZL9A 2VCTA 4TVEA 3QPMA 1WWJA 1GH2A 2ES7A 2C0EA 3HDCA 2V32A 3FZ4A 2PVOC 2VO4A 1V9WA 1SJZA 4IQAA 3GMFA 1GLPA 5G5FA 1GLQA 4O92A 3LQ7A 3C1SA 1T4ZA 2CVKA 4MABA 3ME7A 5DCHA 5G30A 3HD5A 5IO2A 3KCMA 1SL2B 2YV7A 4K7IA 4Q5QA 1TDIA 1A2JA 4IVFA 1VF3A 2B5XA 3HXSA 3IR4A 2GVPA 3F6DA 2K8VA 4ML6A 2LNTA 4GLTA 5DQYA 2LRCA 1TP9A 5GAPD 1KEBA 1A0RP 2VCZA 3QDNA 4ULXA 4JR6A 2RM5A 3EVIA 4EO3A 3P8WA 1EV9A 2VD0A 1BG5A 3TRQA 3G7IA 3GUSA 1A0FA 1M0UA 3DVXA 2YZHA 3GSSA 3R2QA 3APSA 1SK0A 4MZBA 2V2GA 2N5AA 4J56E 2KP1A 3UEMA 4LLRA 1Y25A 3CTFA 1GUHA 3LXTA 3S9FA 2TRXA 2RUFA 2A2SA 2HI7A 3KTBA 5GSTA 3IDVA 4HI7A 1XWAA 2JADA 1Z7PA 1SK1A 3HCZA 1XWBA 2H71A 1ZZYA 2VL2C 2IWTA 4Q5FA 3D0ZA 4MJEA 4HU7A 5KEJA 5CRHA 3ZTLA 2WZ9A 5KN2A 4PQIA 3UARA 1TK0B 3CSIA 2F8FA 3TKPA 1RK4A 5HR2A 1TW9A 5IOWA 2CVBA 5CO3A 2CVDA 1Z3EA 2IMDA 4FYUA 3NIVA 5F8BA 3P7XA 2DJ2A 4D73A 1QQ2A 1ERWA 1AQVA 2YNXA 3KMOA 2H6XA 2YOIA 4GF0A 1MD3A 1S3CA 5DDLA 1XWGA 2KHPA 3GH6A 3U6VA 1R5PA 3IV4A 2C3NA 3Q74A 5CP1A 4GWRA 3O6TA 1VRSD 3NOFA 3UVHA 4KA0A 2V41A 1TOFA 2P5RA 1BAYA 4ID0A 2B1LA 4MA9A 1OVNA 3L4NA 5D9VA 5CRDA 2LRTA 2RLIA 4BPYA 3WD6A 3LYKA 4MK3A 2WULA 2H66A 3TJKA 1DSBA 4JEDA 4NHWA 3D5JA 4KDUA 5J3RA 3BOAA 2YJ7A 3APOA 3D4TA 5IQYA 4Q5NA 2C0GA 4TXVA 5IMCA 2HSHA 4HOJA 1FW1A 4I8BA 3CSHA 3CTGA 3DMLA 4MF6A 1GUKA 2H1AA 3GRXA 4WBRD 5IMDA 5J9CA 1U87A 2DJ1A 4OO4A 2L6CA 2MMZA 3U5RE 5CNWA 4DSSA 2VLUA 2L6DA 1AQWA 2LJAA 1FG4A 3JCML 1S3DA 4HJMA 4EF0A 4DEJA 1RW1A 3C71A 3LEFA 3FKFA 5FWGA 3QFBC 4WF5A 1NHYA 2I3YA 2AAWA 2I81A 6GSSA 4ML1A 1M2AA 3DXBA 5L71A 1XW9A 1UC7A 3VI5A 4ZIJA 1JZRA 4MJCA 2DLXA 1GSFA 2YP6A 2VL9A 3TKSC 3A2WA 1BJXA 4MMMA 3QAGA 2EIRA 4KNDA 1K3LA 1K0NA 3TJBA 3IK7A 4MZWA 2H0IA 4WF4A 3QAVA 4PURA 2GZPA 4WBJA 2X8GA 1XOAA 4GCIA 4LMVA 5ID2A 2C4JA 3ZZXA 4KCEA 2L4CA 1OC9B 1XBSA 2ALBA 3TRXA 1NM3A 4F9ZA 3ZFBA 1BYEA 4V1Ap 1PKZA 4GTUA 1XW5A 3HKRA 5H5RA 2PU9C 19GSA 5JCWA 3MDKA 1H75A 2CX4A 3N5OA 1THOA 2HFDA 4MPFA 3EURA 1JZDA 4N0ZA 3QAWA 5F05A 4K2DA 4GRFA 4FH8A 2F51A 2E2GA 2H01A 4WXTA 2RIIA 4JU5A 2BJXA 3GURA 2C3QA 1QFNA 4MJBA 3QCPA 3GH9A 3UBKA 3APQA 4K6XA 2MMNA 2VLVA 1YJ6A 4ACSA 1R4WA 1A24A 2JSYA 4OWYA 3UMAA 3ERGA 3GKKA 3F9UA 3LXZA 2VCWA 4AJ7A 3TGZA 3WT1A 3DGQA 5LCZA 2JZRA 3W6GA 5IMVA 5ECPB 3TCOA 4O5RA 3W8SA 3F4SA 1JZOA 3CBUA 4PUFC 1EZKA 1ILOA 4O7HA 2H1GA 2LTKA 4PUAA 2PVQA 1FAAA 3KH9A 3C73A 3IRAA 3KEBA 4YQUA 4FYCA 1SJ6A 5DQSA 3UVTA 4IJ3A 1EOGA 5J9BA 2L5LA 1TI3A 5JWRB 2X99A 3L78A 5JCUA 4AF2A 2MZCA 5ECRB 1LBKA 2WJUA 4G9HA 3M9JA 1R7HA 4XCSA 3IE3A 3P90A 3F4RA 2F8AA 1YKAA 3Q6OA 1WMJA 2LJKA 4NWYA 1BEDA 20GSA 1TK5B 2YWIA 4PGTA 2NDOA 2LUSA 4TR3A 2CA8A 2H1DA 4WETA 1VGLA 4PNGA 1J08A 5B8BA 4MF7A 1KBNA 5ENUA 3HA9A 2AYTA 3CRUA 3ERFA 1GNWA 1I9DA 3F8UA 2F3MA 4X0XA 1KNGA 1OC8A 2O85A 3GIXA 2O8VB 3HVXA 1ON4A 3RHBA 2IPAA 3IHQA 1ACVA 18GSA 1THXA 3VI7A 8GSSA 3HJPA 6GSXA 5ECSA 5C04A 4N0VA 5GSSA 1HQOA 3DVWA 4MZCA 1YF0A 5D9XA 4POMA 2QC7A 1EP7A 1R5AA 1FVKA 5DALB 1J0FA 1O85A 5D93A 5F07A 5ECIB 1XVQA 2C0DA 3H79A 2B6MA 3FYGA 1ZGNA 3KJYA 3A2VA 2Z9SA 1SYXA 1WPIA 3ZREA 5GZZB 1FHEA 2K9FA 1HNBA 4GXZA 5IMFA 2GS3A 2RM6A 4IP1A 1OE8A 3HHVA 1A23A 4N10A 1ERTA 1V2AA 2FLSA 1EP8A 4AGSA 5CREA 1G6WA 3GL5A 4FO5A 1WJKA 1K0OA 12GSA 3MWHA 2HRNA 3ED3A 1GTAA 5ABRA 1XFLA 2QGVA 1OC9A 1AQXA 5B8AA 1TJDA 1A8YA 4TW5A 17GSA 4TN8A 4ZBDA 4MP4A 2DIYA 4HUAA 2M46A 2HZFA 3QFAC 2R2JA 4YAPA 1XXUA 5EVOA 3BJ5A 2V6KA 3D21A 3TKSE 4MJAA 3ZIJA 2FWEA 4V2MA 2RUEA 1PX7A 4KSOA 3ZITA 5KN3A 3G9BA 1V40A 1GSDA 3PR8A 1GSQA 5JCGA 1OKTA 10GSA 3LGCA 3SBCA 1E2YA 1O81A 4N30A 2R37A 1JZWA 1WRYA 3VFIA 4P3YB 1VF2A 2LKUA 3QR6A 1MDJA 4KUNA 3H93A 3BBYA 1O8WA 4WEYA 5ECKB 4RUVA 2MMAA 4KDYA 3W8JA 1WOUA 2PBJA 3Q19A 3LWAA 4X43A 3C1RA 4WR4A 4ZL7A 3OR5A 3LJRA 2DMMA 5IOXA 3ZMLA 3IA1A 2PPTA 3FR6A 14GSA 1FO5A 3ZLPA 5B7CA 1ST9A 3E0UA 4MDCA 4G2EA 4IKHA 1PL2A 1A8LA 3ISOA 1M2DA 1GSYA 5A4UA 1PKWA 2PWJA 4EUYA 4HZ2A 1X9SB 5FHIA 2VLTA 4V1Ag 6GSTA 4ECJA 1N8JA 1IYIA 3DIEA 4JBBA 4L0UA 4LA1A 2LV3A 3ZVJD 4NHZA 2LRNA 1FB6A 4MCUA 22GSA 3ZVJA 1T1VA 4K7NA 1Z7RA 3FZAA 4OFNA 1QXHA 5CYYA 2DC5A 1EV4A 4I2TA 5CRGA 1GSEA 2FHEA 3D4MA 1O8XA 5A5KA 2DJJA 1FB0A 3TOUA 2L57A 3KIJA 4XS4A 1NW2A 5HFKA 4F2IA 2HRFA 4KB3A 3GA4A 1XOBA 5G5EA 3MAKA 2K6VA 2IL3A 3V1WA 4TOPA 3IPZA 3LORA 1HD2A 4F03A 1G6YA 2O87A 3LFLA 1B48A 4JRRA 3IK9A 2H8LA 5IPHA 4L5LA 5G2ZA 2OKAA 1K3OA 2C3TA 5IPGA 4MH3A 1PSQA 3H4KA 1Z9HA 3I69A 1YQ1A 5DALA 2IIYA 1F2EA 2EIOA 3ZL5A 3FR3A 1B8XA 5J41A 2K18A 3ERWA 1K0CA 2E7PA 2HXKA 1HYUA 2TIRA 3WGXA 3EE2A 1UN2A 2BTOT 1AC1A 1Y6EA 4RI7A 6GSYA 1ZYEA 4K8MA 1NHOA 3EYTA 2LJRA 2D2ZA 4TXOB 2WGRA 2DMLA 2B7KA 4BWSA 3FEUA 4ZB6A 2CX3A 3CRTA 5B6MA 2VD1A 5D9TA 4WR5A 5AN1A 2MBSA 3WYWA 4PXOA 1YF1A 4ZILA 4XS6A 5EPFA 4ECBA 1MD4A 3UAPA 5IIZA 3UIWA 2B3SA 1LU4A 4XIHA 2K8SA 3D22A 1B9YC 4F0BA 4QQ7A 2KLXA 1K0DA 2NPBA 2B5YA 2OE0A 4EKZA 4QL9A 4ISDA 3KP8A 2GQKA 3HJOA 2NTOA 3RPNA 2IMIA 1PRXA 3L9UA 4PQ1A 3WGDA 2R5GA 2YWNA 2I1UA 4CW9A 1AW9A 4N11A 1B4PA 4TR4A 1K0BA 4IW9A 3GSTA 2ZUPA 1PA3A 4DSQA 2YWMA 4I5QA 11GSA 1U88A 2JU5A 5FT3A 3PGTA 1JHBA 5J5NA 1V98A 1SJIA 5JWQB 4IGJA 1XWCA 1SL0B 1M7TA 1ML6A 5COHA 3TKQA 3A3TA 4LMWA 4ZB9A 1WE0A 4H86A 2JZTA 3BCIA 5IMAA 4IHUA 2L5OA 2VL3A 1MDIA 2GZYA 4Z7XA 1YEXA 4O32A 5F0GA 4KX4A 1DE1A 4YH2A 2CAIA 4NXIA 4E8HA 4TR1B 2GSSA 2C1YA 3MNGA 3LSZA 5G31A 3F0IA 3EU3A 3L0HA 2PUKC 2YZUA 5GAND 1GWCA 1T8EB 4RQXA 3GX8A 4GSTA 2GGTA 3C8EA 3RDWA 2E2MA 4BVXA 3VPTA 2FGXA 4XRDA 5G1KA 1EGRA 3E9JB 3M3MA 4IS0A 1PN9A 4FIWA 3P2AA 2HLSA 4K7OA 4K0NA 3H8QA 2H74A 5G1LA 5INYA 2L4QA 3M0FA 4ZBBA 3EU4A 4AJ8A 3ZFLA 2HSYA 1X5EA 16GSA 1ABAA 1QUWA 4GSNA 1H4OA 3TB2A 1RQMA 3VWUA 4V2LA 2FWHA 5HQPA 5EY6A 3GL3A 2H0GA 4EVMA 4HQZA 4HZ4A 4D73B 4KW6A 3VWXA 2XPEA 2C80A 2CZ3A 2DJKA 1GL8A 2NBSA 4ECCA 1J9BA 3FRCA 3HZ8A 2ZNMA 5H5SA 4JZQA 2B7JA 5DJMA 2F9SA 1T7PB 5A4WA 5E59A 2P5QA 2J23A 2H73A 3CMIA 5D8IA 3LG6A 1G7OA 1Z5YE 2MMOA 4OCFA 3EINA 1ZOFA 4FYBA 1VF1A 2R6KA 2XPDA 2A2RA 4CDOA 2WRTA 2TRCP 3KM6A 2FA4A 2GT5A 2VIMA 3A2XA 5IMZA 2H6YA 4Q5RA 2JSZA 2IFQB 2QKEA 4GQFA 2FY6A 2HZEB 2FNOA 1SK2A 4JE1A 3HYPA 5ELAA 3RAZA 4KGIA 1QK8A 4LL1B 1K0MA 1U3IA 3FW2A 1XWKA 4I2UA 3GKNA 1O73A 4ZBAA 5IM9A 2QSIA 4ILFA 3H1NA 3ME8A 1GSSA 1YKCA 4TXOA 2GSRA 1KTEA 3GKMA 5KN0A 1LJRA 4IJIA 4ZXGA 3BD2A 4XRAA 5ECNB 2AJQB 2HE3A 1ZYQB 2AUVA 5H5QA 1SKWB 3EWLA 5LNKe 1K3YA 1M2BA 2FD3A 1WP0A 3EC3A 3IOSA 1X0RA 1XCCA 2XHFA 4OMVA 2LEGA 1SENA 2VL2A 3QMXA 2R3XA 2YJHA 3KMNA 1YY7A 1M9AA 3DD3A 2YV9A 6GSWA 3AY8A 2IMFA 3HJMA 3C7MA 3CXGA 3E3EA 3L9VA 5ID2B 1OAZA 4POBA 2CT6A 3NZNA 1PMTA 3VLNA 5D96A 1PL1A 4PX1A 1USBA 2LS5A 4GQCA 3O76A 5ECMB 1GP1A 1EWXA 9GSSA 4TR0A 4K9ZA 3HVSA 3F4TA 3ZMKA 2YN1A 2M80A 1S3AA 5DJLA 1F6MC 1E6BA 1EEMA 1TRVA 2VUPA 3M1GA 1AAZA 3O3TA 1SKSB 1TRWA 5HR1A 2LQQA 1SU9A 4EDZA 3WT2A 3SWLA 2IN3A 2P31A 5JWOB 3LYPA 2H1BA 5LD0A 1AUCA 5AISA 3M9KA 4TR1A 4E8EA 3EMXA 1TI1A 1EEJA 2GSTA 2CQ9A 2VCXA 1OKDA 4RI6A 2ON5A 2BMXA 2DJ0A 1GTIA 2X64A 1MDKA 5DAKB 1V57A 3J7Yk 5ELGA 4HJ2A 2VAFA 3TJGA 4IP6A 5HFIA 5ECOB 1XIYA 4EE0A 4XS1A 4QL7A 1NSWA 3QD9A 2XC2A 4HEA2 2JL4A 2J9HA 2C0FA 2JACA 1Q4JA 5AGYA 1HNCA 3PH9A 4DSRA 2ZCTA 5DVBA 2VM2A 5HR0A 4BVYA 2G0FA 2MYGA 1FVJA 3KP9A 5IO0A 4YAVA 1HNAA 1GNEA 4OFMA 1C72A 2GLRA 3J7Yb 1UA5A 1G7EA 1Z6NA 4NMUA 3F6FA 2PGTA 3TKSA 2H30A 4K1FA 1G0TA 3GN3A 3GTUB 1TRUA 1JFUA 2HYXA 2PMTA 5J4UA 2DJ3A 3I43A 1ERVA 1GTBA 2NVLA 1JLWA 1W89A 3IAS2 3MSZA 2H0HA 1TRSA 1VF4A 2GDRA 1IYHA 3TOTA 3TUEA 3GX0A 2N5FA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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