4AJ6A

Crystallographic structure of thioredoxin from litopenaeus vannamei (reduced form).
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
105
structure length
104
Chain Sequence
MVYQVKDQEDFTKQLNEAGNKLVVIDFYATWCGPCKMIAPKLEELSQSMSDVVFLKVDVDECEDIAQDNQIACPTFLFMKNGQKLDSLSGANYDKLLELVEKNK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Expression, Purification, Crystallization and X-Ray Crystallographic Studies of Different Redox States of the Active Site of Thioredoxin 1 from the Whiteleg Shrimp Litopenaeus Vannamei
pubmed doi rcsb
molecule keywords THIOREDOXIN
molecule tags Oxidoreductase
source organism Litopenaeus vannamei
total genus 36
structure length 104
sequence length 105
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.8.1.9: Thioredoxin-disulfide reductase.
pdb deposition date 2012-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4aj6A00
5B6MA 4ECIA 2XPDA 3MWHA 4TKYA 1TW9A 3HA9A 1B9XC 5EL8A 3KH9A 1TRSA 1O73A 2YJ7A 4OFNA 1GTIA 3G7YA 3IAM2 3LORA 4BWSA 1A2JA 2B5EA 3LEFA 2R37A 3IDVA 4FYBA 5HR2A 10GSA 4TXVA 1GSSA 1SK1A 1FVKA 3BOAA 1QXHA 4L8EA 3HY2A 4K0GA 1QK8A 2VD0A 4KSOA 5ECQB 3WT2A 2VL9A 1XW5A 2HSHA 3C1RA 2IFQB 4EXJA 4RI7A 2F8FA 4ECCA 1RQMA 4QL9A 3PR8A 3CSJA 1QUWA 5CO3A 2FWFA 5HFIA 3TUEA 4HJMA 4NWYA 2H01A 1JFUA 1K3OA 2C8UA 1JZDA 1X5CA 2C3TA 5JCGA 1ILOA 2LNTA 3L9VA 3H4KA 5IO0A 5EPFA 1GTBA 2HZFA 4N10A 2MMOA 5GAPD 1EZKA 1A0FA 4Z7XA 4MF6A 5H5SA 3L9SA 5ECMB 3CRTA 3VWUA 3LGCA 4NV5A 3ZZXA 3G7IA 1OAZA 1A23A 3VWWA 4TRXA 1TRVA 1SK2A 4Q5FA 1CQGA 3I69A 2ZUPA 3ZL5A 2R6KA 2LRCA 1MD4A 3U6VA 1HD2A 4LL1B 5IMAA 3KMNA 3D5JA 2YJHA 3DXBA 5F0GA 2AYTA 2EIOA 12GSA 5DVBA 1Z6NA 3TDGA 2K8SA 2BTOT 2WDUA 3KEBA 3TJBA 4LA1A 4WXTA 1FW1A 2R5GA 3HZ4A 2LKUA 2V2GA 1NM3A 3Q6OA 3A3TA 1SD8A 3C8EA 1GUHA 3H8QA 1H4OA 1WMJA 1ZYQB 2GZPA 2FGXA 2P5QA 5IPHA 4P3YB 1EOGA 4HEA2 1UN2A 20GSA 4KDYA 2CV4A 2RUEA 1GLPA 4ZB6A 3C73A 3C1SA 4F82A 4OFTA 5C00A 1BEDA 2V32A 4CHSA 3UJ1A 1GULA 4TVEA 1SK0A 2I3YA 2FA4A 3IPZA 1G7OA 2O89A 3IAS2 3E3EA 4IHUA 3ZIJA 3IC4A 1EWXA 2NPBA 3QAWA 1AC1A 3KD0A 1X0RA 1XPVA 3FZ9A 5G5EA 3KXOA 1A2MA 4KX4A 6GSXA 1TKDB 1T4ZA 1GL8A 2VLVA 3ZRDA 2RM5A 3UIWA 1IYHA 4F0CA 4F2IA 4MLYA 3ME8A 3I9V2 4HU7A 4EO3A 1A0RP 2GSTA 5CREA 1AXDA 1XWGA 4TR1B 5IO2A 4GF0A 3ZMKA 2GTUA 5H5QA 1EEJA 4Q5RA 3GMFA 4GRFA 4MF5A 5ECPB 3D4TA 3ERGA 4WF4A 5D8IA 3VI5A 2H66A 3NZNA 1FVJA 4K9ZA 2M72A 1H75A 2WS2A 2YOIA 4LL4B 1XBSA 3UBLA 3FKFA 4KB3A 2JACA 2LQQA 3D22A 3GHAA 4HU9A 2H30A 4MMMA 4DSSB 2DBCA 2KHPA 3LQ7A 2HZEA 1GTAA 1TRUA 4OMVA 3TKSE 4HZ4A 1YEPA 3UEMA 2GSQA 4ML6A 4TR4A 4GSSA 3GH9A 2YCDA 2C1YA 4IQAA 5D73A 4I5QA 4J57E 3GUSA 13GSA 1AAZA 4TW5A 1Z5YE 2FWGA 5J4UA 4EKZA 1NSWA 1XVWA 5DCHA 3GA4A 1ERVA 2JZSA 4WR5A 2PPTA 1MTCA 4KW6A 1FO5A 4ILFA 1Z3EA 1I5GA 2IMIA 1GSDA 2FNOA 4ECJA 1YY7A 1IYIA 1SYRA 1KBNA 4AF2A 5COHA 5ECLB 3F6FA 3L4NA 5KN1A 3HYPA 2H1DA 5HQPA 2M80A 2VM2A 3TJGA 1YF1A 3ZMLA 4D73B 2GGTA 3QR6A 3TJFA 4KDXA 5FWGA 5G30A 2PVOC 2WCIA 2GLRA 3MDKA 5DQYA 1ACVA 3ERWA 3HXSA 5IMCA 2VM1A 4MZBA 2FLSA 5KN3A 4ML1A 1BAYA 1U88A 3GFKA 2H73A 1OC3A 4PNFA 1AQVA 4ZL8A 1KTEA 2LV3A 2O85A 3DD3A 1XW6A 4BPYA 2GT6A 3A2VA 3I43A 5GAND 4IS0A 4ZBAA 4NHZA 3EMXA 4GLTA 1E6BA 3FHKA 1G6WA 4K6XA 1ZYEA 2JSYA 2PMTA 4HOJA 1TK8B 3ZYWA 1LU4A 5EVOA 2CAIA 3HZ8A 4IQ1A 3GTUB 4EE0A 3EC3A 2IL3A 1XW9A 1XWCA 5G1KA 3HDCA 2L5LA 5JWOB 1JLVA 4JE1A 5CRGA 2OADA 3TGZA 2IMDA 2H1AA 3VPTA 19GSA 2YWNA 4XIHA 2V41A 4I97A 5ID2B 5ABRA 2CA8A 1A24A 1B9YC 5KN0A 3O6TA 1GSQA 4BVYA 1R5AA 1G7EA 1OC9B 4YQUA 3E9JB 1HNAA 3GYKA 4OO5A 2DJKA 3FR9A 1OKDA 2DIZA 5ENUA 2YWIA 1GLQA 4K2DA 2H75A 2LJKA 5A4UA 1O6JA 6GSUA 4MPFA 1T1VA 2LSTA 1GP1A 4L0UA 1WPIA 4N0VA 4O5RA 3RHCA 1E2YA 1M0UA 5IIZA 5AISA 2RIIA 3TJJA 3F0IA 4IKHA 4ZL7A 1PL2A 4IP1A 5B8AA 2VD1A 5IM9A 3UARA 1TOFA 3ZITA 4G19A 3F8UA 1U6TA 2VLUA 2GQLA 1ABAA 3LXTA 2TRCP 1PX7A 5E59A 2MMAA 1XXUA 5D9XA 1BQ7A 2L57A 4QQ7A 2LEGA 2XBIA 5KN2A 2LS5A 1F3AA 5DALA 5B7CA 1T00A 4NHWA 4I8BA 4I2UA 4KDUA 2CX3A 1AUCA 3RDWA 2LJRA 3O76A 2J23A 1O7UA 2ALBA 2IJYA 3MNGA 3GKMA 1K0OA 3FZAA 2XBQA 3NOFA 2IFQA 1AQXA 1C72A 2L59A 1TK5B 1WJKA 2IPAA 3Q18A 4AJ7A 3IRAA 4JU5A 3W6GA 1K0AA 1CQHA 1DBYA 4GSTA 3P8WA 1MDIA 1YZXA 4KSMA 1ST9A 1UA5A 3GKXA 2H74A 4MF7A 1HNBA 5AIVA 3SWLA 3QAVA 3DEXA 1PD21 2V6OA 1QGVA 2B5YA 2FA8A 5B8BA 1A8YA 3UVHA 17GSA 1YF0A 2RLIA 1F6MC 5G31A 5DALB 3IOSA 1N2AA 5B6NA 3GKNA 2HYXA 2H6XA 1GSEA 4NAXA 1TU7A 3QD9A 2N5AA 1GUMA 1QFNA 2OBIA 2WULA 2DIYA 2L4QA 1ZGNA 1M9BA 3F4TA 5IMZA 4YQVA 1FHEA 1UC7A 16GSA 3ZTLA 3P7XA 1G0TA 3M8NA 4V2MA 2IN3A 4YH2A 4BVXA 3LYKA 2OE1A 5G2ZA 1R7HA 3UMAA 3ZLPA 1DUGA 1LBKA 4YQMA 4PQIA 4E8EA 1WE0A 2VL2C 1S3CA 5D93A 4ZB8A 4WKWA 3HHVA 4PQHA 3CRUA 1HNCA 2LNSA 5AN1A 3KM6A 2VO4A 4KGIA 3WGEA 1VRSD 3FZ4A 4ID0A 1WIKA 1PN9A 2Z9SA 1YDKA 3LWAA 5HR1A 3HVVA 2YWOA 4ZB9A 5JWRB 3HJMA 6GSWA 4N11A 5A5KA 2B7KA 2KP2A 1WOUA 4K8MA 4RQRA 5HFKA 2C3QA 4TR3A 4IN0A 3GIXA 4G2EA 2RM6A 1EP8A 1TXXA 5DCGA 3F4SA 2MMZA 1X9MB 3N9JA 1O8WA 4TN8A 5CNWA 4MJBA 4OFMA 5AGYA 5IMFA 2EIRA 3SBCA 3WGXA 3KJYA 1K3LA 5CAXA 1Z9HA 2H70A 2CVKA 1V9WA 2GQKA 4OD7A 2B5XA 3KCMA 2F9SA 1Q4JA 2P5RA 3HJPA 2E0QA 1XWBA 4FH8A 2HRNA 4ACSA 1K0NA 2QKEA 3G9BA 9GSSA 4RQXA 4HUAA 3VLNA 3QMXA 4TR1A 4X43A 4ZBBA 4XTSA 2B1LA 2VIMA 3QFBC 2H6ZA 2CVDA 4GSNA 1JHBA 2MZCA 4IW9A 4V1Ag 4K7NA 4MP4A 1BX9A 4YAPA 3QOUA 1XOAA 2TRXA 2C4JA 1B48A 2VOCA 2K8VA 2VLTA 1GSUA 3CYNA 4DSSA 1U87A 3PINA 1GNWA 4I2TA 1U3AA 1QQ2A 2HRFA 5D9VA 3VK9A 3DGQA 2WB9A 1V2AA 3IR4A 3TKRA 3QPMA 2HSYA 3F4RA 3H93A 1DE1A 2XPEA 3L9UA 2GSRA 2DJ0A 3UAPA 2LUSA 3K8NA 2VCXA 4WBRD 2YZHA 1AIUA 5ECHB 1ERTA 2GT5A 1X9SB 1ZMAA 2GZZA 3DWVA 4N30A 2H1GA 1J08A 4HDEA 4NPBA 2H8LA 2QC7A 3VFIA 5JCWA 3APQA 3FY7A 1N8JA 4NMUA 3IV4A 3TRXA 2OBKA 4XS6A 1JZRA 2E2GA 2HXKA 4D73A 4JZQA 1FG4A 2GDRA 5LD0A 2IMKA 2QSIA 1XCCA 1VF2A 2JU5A 1SL1B 1Y25A 5LCZA 1O81A 3ZIVA 1EP7A 2P0GA 2V6KA 4PQ1A 1F37A 4H86A 2A2RA 4POKA 1TJDA 3L78A 5IMVA 1TP9A 3UVTA 5G1LA 3IHQA 4BL7A 4EL1A 4HS1A 4KCAA 2KUCA 1HQOA 3ZREA 2B7JA 5HR0A 3L0HA 5ECRB 2DJ2A 2I4AA 1J0FA 2DMMA 3QFAC 3EURA 5JWQB 1U3IA 4CW9A 2VL3A 4LMVA 4O92A 2M46A 3DRNA 1V57A 4KNDA 2JADA 4JR6A 3CTGA 1URMA 3GTUA 1VF4A 3KTBA 3ME7A 4V2NA 2B6MA 4V1Ap 2I9HA 1S3AA 4QL7A 3TKQA 5AIXA 3H79A 1OE7A 1THOA 2F8AA 3TOUA 4OCEA 2L4CA 4TOPA 5CP1A 2L5OA 3LFLA 2H72A 2MBTA 4WR4A 5ID2A 2DJJA 3KZQA 3BCIA 3GRXA 1O85A 3FR6A 4MABA 5D9TA 4L5OA 3R2QA 3Q74A 1OC9A 4CDOA 4FIWA 4PX1A 2R4VA 4AJ6A 3ZFLA 2H71A 2VCQA 3ZVJA 3D21A 2CQ9A 4Q5QA 2CVBA 2HLSA 2FY6A 3CXGA 3HD5A 2N5BA 2DJ3A 3FEUA 1R4WA 2KP1A 4L0WA 2LTKA 5DAKA 3KP8A 1OYJA 2VUPA 2BJXA 4IGJA 1XWAA 5E4WA 2CX4A 3EINA 4MH3A 2DMLA 4X1UA 2BMXA 4F0BA 3Q19A 2MYGA 2F3MA 1ZZYA 3KH7A 1EV4A 4HJ2A 2PBJA 3GH6A 2ON5A 2K9FA 2FWHA 3LYPA 1ERUA 1PKZA 1T7PB 4G9HA 4KAEA 1K0DA 1GRXA 4IJ3A 5HFGA 1J9BA 3TRPA 3EWLA 5GZZB 2GZYA 5FHIA 1Z7RA 5CYYA 4MZWA 3APOA 4RI6A 6GSTA 4EDYA 6GSVA 4E8HA 1S3DA 1MDKA 2XHFA 1ZOFA 4EUYA 1MEKA 5DAKB 1TDIA 2J9HA 5H5RA 2O7KA 2IMEA 4ZXGA 3IBHA 3GSTA 1HYUA 6GSSA 3D6IA 18GSA 2AB6A 2FWEA 3MAKA 3RPPA 1SL2B 5ELAA 2AAWA 2AV4A 2PGTA 2G0FA 4LLRA 1EEMA 1GSFA 5GSSA 2JZTA 2C0DA 3PGTA 2IWTA 3E0UA 1YJ6A 5KEJA 1GUKA 2KLXA 2PVQA 3F3RA 3WT1A 4ZILA 3BCKA 4FO5A 3KTLA 3DVXA 1TU8A 4KA0A 3GN3A 1PX6A 2YV9A 2XC2A 2EIQA 5LNKe 1M9AA 4JRRA 2X99A 1OVNA 2AUVA 2R2JA 1YKCA 5CRDA 4BWQA 3ED3A 1W89A 1DE2A 1NHYA 3D0ZA 5DQSA 4MJAA 5F05A 4HQSA 3GNJA 5IOXA 3RPNA 1RK4A 1M2AA 2IMFA 3F63A 5ECKB 3DVWA 5J9BA 1SJIA 5JCUA 1EGRA 3M0FA 3VPQA 1VF1A 4IP6A 1R26A 3EMPA 1JZOA 4J2FA 1SKSB 5FT3A 3OR5A 2OKAA 2X8HA 1M99A 2KOKA 2R3XA 3GURA 1K0BA 1TI3A 4K1FA 1GSYA 1X9WB 2CZ2A 1JZWA 1XZOA 1ZCPA 2X8CA 3DKSA 5C04A 4JEDA 4TXOB 1TI1A 3KP9A 2H76A 4EDZA 4K7OA 5A4WA 1YQ1A 3C7MA 4XCSA 5ECSA 3PH9A 1R5PA 4K7IA 3VURA 5D9WA 22GSA 1OC8A 2OJLA 3KGKA 2CAQA 1F9MA 2HI7A 1BYEA 4MDCA 2A4VA 4KH7A 2ZCTA 2VAFA 2C0FA 3VI7A 3ERFA 14GSA 1XOBA 1VGLA 1YKAA 1GH2A 1OE8A 1X5DA 1MD3A 2FD3A 4JR4A 1EOHA 5GSTA 2VCVA 3NIVA 2PERA 3S9FA 1A2LA 4EC0A 1VF3A 3M9JA 1SL0B 1M7TA 1DSBA 4ZL9A 1SKWB 4X0XA 1AQWA 1W4VA 2YP6A 1T8EB 4PURA 4PUFC 1B8XA 2G2QA 3EU4A 4MJCA 1Z7PA 4AJ8A 2NVLA 2CZ3A 2OACA 4DSRA 3TRQA 1FB6A 1B4PA 3CSIA 3EVIA 2PN8A 3H1NA 2PUKC 2C80A 1NW2A 3FR3A 1FB0A 2YPMA 1I9DA 2TIRA 4PGTA 3GL3A 1M2DA 3CMIA 4MJEA 1PGTA 4HI7A 4O32A 3V1WA 3HVXA 1PL1A 2I1UA 3F6DA 2P31A 2HT9A 3TJKA 3F3QA 2EC4A 3JCML 1K3YA 1K0CA 3KIJA 5F07A 5IQYA 3EE2A 1PA3A 1PMTA 2H0IA 3VWVA 3EU3A 3GL5A 3IK7A 4OWYA 4XHMA 3C71A 2GQMA 2DC5A 4IJIA 2ZNMA 4DSQA 1PQNA 2GS3A 4GXZA 3FK8A 2JSZA 3HJOA 1X5EA 2H19A 5A4VA 1KNGA 3TKSA 5CRWA 3RBTA 4IVFA 4ULXA 3DYRA 4L5LA 4GTUA 1F3BA 4XS4A 4EF0A 5J9CA 1WP0A 1PRXA 4KUNA 4PUAA 5DDLA 3BD2A 1M2BA 3J7Yk 4YAVA 3M3MA 2HE3A 2C3NA 3P90A 4OCFA 11GSA 1G6YA 3D4MA 2YNXA 3LSZA 3LJRA 2VCTA 4G10A 4GCIA 2C0EA 2E2MA 2NBSA 3QDNA 4XS1A 5J3RA 5G5FA 2MMNA 2FUG2 1Z6MA 4MPGA 4IELA 3WGDA 4LMWA 1USBA 4WF5A 5DJLA 3GSSA 4Q5NA 1XWKA 2OE3A 1WRYA 2WGRA 3HCZA 3GX0A 3CSHA 2V1MA 3M9KA 4XS4B 4J56E 4KE3A 3RHBA 2WJUA 2F51A 5ECNB 2WRTA 1SJ6A 4F9ZA 3MSZA 3TCOA 3WD6A 4XRDA 1PKWA 1TTZA 1T3BA 1FAAA 4FYUA 1LJRA 1XVQA 1GNEA 3G7JA 1QMVA 2YV7A 4POBA 3UL3A 1Y6EA 3ZVJD 2D2ZA 1NHOA 2C0GA 4DVCA 2JZRA 3TKPA 4HQZA 2E7PA 4NV2A 2VCWA 2QGVA 5ECIB 3CBUA 2B3SA 4MA9A 1KEBA 1V58A 3WYWA 1XIYA 3RAZA 1GTUA 3AY8A 2LRNA 5HR3A 3DMLA 2HZEB 2PU9C 3FZ5A 4POMA 1RW1A 2ON7A 5IPGA 5J5NA 4F03A 4WETA 3GV1A 5CRHA 2DSAA 3FYGA 3VWXA 4ZBDA 1AW9A 5ECOB 1JLWA 3N5OA 1WWJA 5DJMA 1EGOA 2ES7A 3M1GA 1TRWA 2YWMA 2AJQB 2H0HA 1Q98A 2YN1A 1SKRB 2NDOA 3W8JA 5F8BA 1BG5A 1K0MA 2HNLA 1V40A 2OA7A 6GSYA 4ISDA 1XFLA 2O87A 3IA1A 2GVPA 3A2WA 3QCPA 2LJAA 5J41A 4POLA 5IOWA 3GKKA 2VL2A 4PXOA 4V2LA 1UVZA 4I6XA 3IK9A 2PWJA 4ZIJA 3DIEA 3FRCA 3P2AA 2YZUA 4K0NA 2MBSA 1OKTA 3FW2A 3APSA 1SJZA 5INYA 4MZCA 4O7HA 4GQFA 2X64A 3IXRA 2VCZA 2X8GA 2WFCA 3A5WA 7GSSA 1A8LA 5D96A 1ZL9A 4ECBA 3TKSC 4MK3A 4IBPA 1BJXA 5EY6A 1TK0B 3BJ5A 1V98A 5DBQA 2H1BA 2LQOA 3HKRA 4XRAA 4JBBA 8GSSA 1YEXA 4BA7A 3J7Yb 2O8VB 1MDJA 4MCUA 2LRTA 1SENA 4FYCA 4TR0A 3LG6A 4NXIA 1T4YA 4DEJA 1SYXA 3O3TA 4MH2A 2I81A 2DJ1A 2L6CA 3GX8A 2B1KA 3U5RE 3ISOA 3BBYA 3KMOA 5L71A 1F2EA 2JL4A 4AGSA 1ML6A 2IIYA 2HFDA 2CT6A 3LXZA 2N5FA 2OE0A 4KCEA 3W8SA 2YANA 4HZ2A 3UOMA 2L6DA 3EYTA 3CTFA 2K6VA 1SU9A 4WBJA 3US3A 1EV9A 2AHEA 4WEYA 3TB2A 1PSQA 4RUVA 1ERWA 1FOVA 1THXA 3ZFBA 3A2XA 1B4QA 4TXOA 1ON4A 2DLXA 4GQCA 5F06A 3IE3A 3QAGA 4N0ZA 5IMDA 2A2SA 4EVMA 1SD9A 2H0GA 2K18A 1GWCA 2NTOA 3I6AA 1O8XA 2REMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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