4AJ7A

Crystallographic structure of thioredoxin from litopenaeus vannamei (oxidized form).
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
MVYQVKDQEDFTKQLNEAGNKLVVIDFYATWCGPCKMIAPKLEELSQSMSDVVFLKVDVDECEDIAQDNQIACMPTFLFMKNGQKLDSLSGANYDKLLELVEKNK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Expression, Purification, Crystallization and X-Ray Crystallographic Studies of Different Redox States of the Active Site of Thioredoxin 1 from the Whiteleg Shrimp Litopenaeus Vannamei
pubmed doi rcsb
molecule keywords THIOREDOXIN
molecule tags Oxidoreductase
source organism Litopenaeus vannamei
total genus 36
structure length 105
sequence length 105
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.8.1.9: Thioredoxin-disulfide reductase.
pdb deposition date 2012-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4aj7A00
1SJZA 3ERGA 4J57E 1M0UA 2WULA 3NZNA 5B6NA 1KBNA 2H73A 4WR5A 3TOUA 3FY7A 4I8BA 3QAGA 1ML6A 2K8SA 3UBLA 1A2JA 4MABA 4JEDA 1I9DA 4J56E 3EU3A 2B6MA 4WEYA 4TXOA 3UJ1A 4MZCA 4NXIA 1A2MA 5ELGA 2FGXA 2VLTA 3VWUA 3ZMLA 4I5QA 6GSTA 3CTFA 4AGSA 4FO5A 5H5RA 1USBA 1E2YA 2DJKA 1TI1A 2R3XA 3F8UA 5F0GA 1SYRA 1XPVA 3GMFA 3KTBA 4HS1A 1X0RA 4XCSA 2JSYA 1FAAA 2GZYA 5G5EA 1OAZA 2XBQA 3CYNA 3DYRA 3D5JA 1TRSA 5HR1A 4NMUA 3FK8A 4GF0A 1U6TA 1EOGA 1M99A 1SK0A 3LEFA 4PQHA 5CRGA 1A0FA 1T4ZA 4P3YB 3W8SA 3F63A 4OWYA 5JCWA 4EE0A 4CHSA 5DQYA 2K6VA 19GSA 4IBPA 2IMFA 2AB6A 3WT2A 4WETA 4HU7A 4L0UA 4IJIA 3CTGA 3KIJA 2X64A 4PUAA 4WBRD 3F0IA 1OVNA 1SL0B 2JZRA 4OMVA 4N30A 3IE3A 2X8HA 2L6CA 1XFLA 2MBTA 1KEBA 4K1FA 1JZRA 3D22A 3W6GA 4GWRA 1XWAA 4ZL9A 2N5BA 1EGOA 5F05A 4DSSA 2VOCA 1ZGNA 4KSOA 2R37A 4OCEA 4IJ3A 3KJYA 2RM6A 1G6YA 2LRTA 1GLQA 3P90A 1U3AA 2AUVA 2MMAA 3TKSE 4ZBDA 4G10A 3UBKA 3C8EA 3ME7A 6GSWA 4MJBA 2OADA 3IAS2 3TJJA 1GUHA 3H4KA 3DVXA 1EEMA 4ZILA 4F2IA 3CSJA 5E4WA 1J9BA 3DXBA 2YP6A 1LBKA 3TKRA 5A4WA 4Q5QA 3QFAC 3TJKA 3HCZA 3DD3A 5KN0A 3M0FA 1XWKA 3GSSA 3UIWA 1WOUA 2NPBA 3GYKA 2C3QA 1FG4A 1ILOA 4F0BA 4GSSA 2VCXA 1SJ6A 3QDNA 1JZDA 1VF4A 2HZEB 4NV5A 2CAIA 2L57A 3UARA 2H0GA 2GSSA 5D8IA 4V2MA 1G6WA 2X8CA 2FA4A 1T1VA 2LQOA 1YJ6A 1M9AA 3WGDA 6GSYA 1X5EA 4XRDA 11GSA 4HZ2A 4IS0A 4KDUA 2J9HA 1K3YA 1MEKA 5IOXA 1H4OA 1MDKA 2GT6A 3F4SA 2OE3A 1K3OA 3LORA 3PR8A 3WYWA 4H86A 1TW9A 1GP1A 3BJ5A 5H5QA 3HVSA 5J9BA 2LRNA 3L78A 1XZOA 4X1UA 1XWGA 5CNWA 1Z3EA 1PL1A 2HRFA 1OC8A 6GSUA 1F3BA 3HVXA 4OFMA 2B3SA 3I9V2 1ERVA 5DBQA 1UVZA 1LU4A 1HD2A 1M2DA 4KB3A 4DVCA 3C7MA 4MPFA 5CAXA 1XVQA 1HYUA 4FYCA 5J5NA 1SKRB 2EIRA 3HZ4A 2HI7A 1GULA 1GSEA 2RLIA 4PXOA 4TXOB 3QOUA 1XOAA 1AQVA 3GH9A 5KN1A 3LQ7A 2EIOA 1BYEA 2CVKA 2YPMA 2R2JA 1S3CA 5A4UA 3ZTLA 3F6FA 1YDKA 3HDCA 5LD0A 3G7YA 4EUYA 3Q18A 4BVYA 4K9ZA 1F9MA 2A4VA 5KN2A 3ZFLA 1AW9A 1R5PA 2LUSA 2H1DA 2FWEA 2VCWA 3IBHA 3ZVJD 3E0UA 4J2FA 4V2NA 4F0CA 1TU7A 5GSSA 1K0AA 2O87A 5IMAA 4K7NA 4PURA 4KA0A 1GNWA 2IL3A 3F3RA 2DIZA 1NSWA 2K8VA 4JR6A 3TKSA 4TR3A 1AXDA 3CSHA 5DAKA 4L0WA 4L5LA 4RUVA 4TVEA 4F03A 7GSSA 3MAKA 3RPPA 1DE2A 1PMTA 1GSQA 3ZYWA 2OE0A 2K9FA 4ILFA 5E59A 2MYGA 1ZYQB 5HFKA 1Y25A 2DBCA 5IO2A 2GSQA 4OO4A 1XXUA 2G0FA 5H5SA 4AJ6A 2YANA 1R26A 1UA5A 2OE1A 2H01A 2AAWA 4DSSB 5G2ZA 3F6DA 1B4QA 2H66A 9GSSA 2HNLA 14GSA 4K7OA 3EMPA 1AQXA 1FO5A 3HY2A 1RQMA 4YQUA 2HYXA 3GKKA 5DCHA 2GLRA 1U3IA 2CQ9A 3TB2A 4PGTA 1PRXA 5GSTA 3M8NA 3TDGA 2QSIA 4XS4A 5G30A 4IVFA 4TR0A 4KX4A 3VLNA 4ACSA 3ERWA 3IR4A 4Q5NA 1PQNA 2LJAA 2PBJA 1M2BA 3D6IA 1ERUA 1JZWA 4MDCA 3APSA 1K3LA 3HJOA 1J0FA 3LWAA 4K0GA 2L5OA 4PNGA 2H30A 4XIHA 3IV4A 1T7PB 1H75A 1X9MB 4K2DA 1EZKA 4JU5A 2FWGA 3O76A 3QPMA 4V1Ag 4HUAA 1WMJA 5EVOA 1CQGA 1BJXA 1GTBA 1X5CA 4KW6A 2ZUPA 4OFNA 3BCKA 3I43A 4E8EA 5ID2A 5GAPD 4E8HA 5C00A 4KSMA 4IHUA 4FH8A 4EO3A 3FR3A 3IXRA 3UVHA 2QGVA 5JCUA 3U6VA 2VO4A 4K6XA 1EWXA 12GSA 1V98A 1Z9HA 3GV1A 5CRHA 2BTOT 2HFDA 3EWLA 4MP4A 2C8UA 1Z5YE 1YKCA 1EEJA 1ERTA 2B7KA 3US3A 3M9KA 4HZ4A 1XOBA 1K0NA 4TRXA 1AUCA 1FB0A 2YZHA 1SU9A 2RIIA 3GA4A 3GL5A 1WE0A 1QQ2A 3QD9A 3FZ9A 4KH7A 2VM2A 1AC1A 2VL2C 4BL7A 5CO3A 4MF7A 2WCIA 1TJDA 2YN1A 3LFLA 3MWHA 4POBA 2JU5A 5IMCA 2R4VA 2V6OA 4HQSA 4GQFA 2JACA 2C0EA 4XS1A 2E7PA 3PH9A 1EV4A 5HFGA 3Q6OA 1JLWA 2FWHA 2YNXA 1QXHA 1OC3A 3EE2A 2PN8A 3TCOA 1R4WA 3QAVA 4GTUA 3ED3A 1V2AA 3LXTA 2E2GA 1DSBA 4XRAA 3GKXA 4K8MA 2EIQA 3S9FA 2YJ7A 2J23A 3KM6A 2VD1A 4L5OA 4RQXA 3A2WA 1F6MC 1YF1A 2P31A 4ZB6A 4AJ8A 1XWCA 5ABRA 1TXXA 2DIYA 4DSRA 1RK4A 2XPDA 2ON7A 5DCGA 2FNOA 3ZIVA 4PQ1A 2M46A 5GZZB 4MPGA 3KMOA 3DVWA 3I69A 3ISOA 2JL4A 2G2QA 2KOKA 5DAKB 3R2QA 2C80A 3GRXA 3U5RE 4EXJA 4MF6A 1Z7PA 3KGKA 1TKDB 5IPGA 2MBSA 1V58A 3VWWA 4ZBAA 3DIEA 3CMIA 2PVOC 4JE1A 2O7KA 1VGLA 1R7HA 1YF0A 1T8EB 1WPIA 1YEPA 3HVVA 2O85A 4ZXGA 4BVXA 4EL1A 3W8JA 3D0ZA 3KP8A 5J4UA 5AIVA 4IN0A 3UEMA 2QC7A 4NV2A 2R6KA 3IPZA 4PX1A 2VUPA 5IMFA 1GUKA 1K0DA 3SWLA 5IO0A 3GH6A 2GSRA 1BQ7A 3VPTA 2HZFA 4MJAA 5D73A 3QCPA 2V2GA 2H71A 2WDUA 2LKUA 4MCUA 2CT6A 4CDOA 4N0ZA 1JZOA 3RAZA 8GSSA 3SBCA 1TU8A 1SL1B 4XS4B 3EMXA 2C4JA 5C04A 3WGXA 5ECRB 1AAZA 5B8AA 4ZBBA 3IHQA 3VURA 2NDOA 5KN3A 3LG6A 2WJUA 2H1GA 4BWQA 3C1RA 5EPFA 1EV9A 3QAWA 4GSTA 2DJ2A 2L6DA 1GH2A 3N9JA 1YKAA 1O85A 2YWOA 2L4CA 3HHVA 5G31A 2AHEA 2DJJA 3CXGA 4G9HA 1UN2A 4O7HA 1FOVA 3L9VA 1SENA 2FA8A 2VM1A 5IMDA 5CRDA 2IPAA 3M9JA 1K0BA 5EL8A 1YZXA 6GSVA 1VF2A 2I81A 1GLPA 1TTZA 3WGEA 1TK5B 2LJRA 2RUFA 4LMWA 3A3TA 4PNFA 3VI5A 5LCZA 1B9XC 2YV9A 4ECBA 3GL3A 2QKEA 1URMA 5A5KA 5ECSA 1A24A 3GNJA 2LV3A 5ECLB 3TJBA 4POMA 4GSNA 3UMAA 5ID2B 1OE7A 4Q5RA 2WGRA 3Q19A 4YQVA 1AQWA 1GSSA 3FRCA 4BWSA 1FB6A 2M72A 4GCIA 1N8JA 2F9SA 3A2VA 2VCVA 3KCMA 4QL7A 5COHA 2ZCTA 3BD2A 3L9SA 4YAVA 1GL8A 4NPBA 3KTLA 2O89A 4NAXA 3C71A 4JRRA 1J08A 3APOA 4KE3A 4KNDA 1V9WA 2FCHA 2H72A 4X0XA 1K0OA 2E2MA 1Z6NA 3MNGA 3ZVJA 3GKMA 5HFIA 5CREA 1WRYA 3FZAA 2GQKA 2N5AA 2VIMA 2I9HA 1O6JA 2IIYA 2YJHA 1T4YA 3HYPA 2LTKA 1B48A 4LA1A 5IPHA 1MDIA 2N5FA 3P8WA 2LNSA 3KZQA 4MH2A 4TOPA 5EY6A 2IWTA 3C73A 3C1SA 5INYA 4TW5A 4QL9A 3QR6A 2VL9A 4ZB8A 4IP1A 2F8FA 2PVQA 1ZL9A 2GQMA 2L59A 2ALBA 2A2SA 2MMZA 1OKDA 1XW6A 3ZZXA 1DE1A 2LQQA 2JADA 3A5WA 3VK9A 5JWOB 5DVBA 6GSSA 1B4PA 1GTAA 1B9YC 2FUG2 2LS5A 4N0VA 1TRWA 4KUNA 2XPEA 1NHYA 1O7UA 4BPYA 4EDZA 1F2EA 2H6YA 2OBKA 4KCEA 4IQ1A 2FLSA 5B8BA 1Q4JA 2CV4A 2NVLA 3HJMA 2OBIA 1T00A 3HD5A 1SK2A 1UC7A 2YWNA 4KDXA 2I3YA 4ZL7A 2GGTA 2HRNA 5F07A 2RUEA 4POLA 3VFIA 4OCFA 2H0IA 5LNKe 2KP2A 1HQOA 3UOMA 1BG5A 1ZOFA 3V1WA 2H6ZA 3UL3A 1SD8A 1YQ1A 2BMXA 4DEJA 2LJKA 1HNAA 4HEA2 4G2EA 2VLVA 3OR5A 5HR0A 3TUEA 2IMKA 4WR4A 3D21A 2JZSA 2RM5A 3KEBA 1QMVA 3CRUA 5KEJA 1EP8A 4IQAA 3G9BA 3VWVA 1GRXA 2A2RA 2YWMA 1N2AA 3DEXA 3A2XA 3I6AA 1PKZA 3IC4A 3GIXA 2F8AA 4LLRA 4XS6A 3IDVA 4MA9A 1ON4A 3H93A 4RQRA 2E0QA 17GSA 5IMVA 4F9ZA 1M7TA 3LJRA 2DSAA 1JHBA 5ECNB 3LXZA 3RBTA 5JWQB 1TRVA 5B6MA 3WT1A 4FYBA 4TR1A 4BA7A 5A4VA 4PQIA 4TKYA 3FR6A 3F3QA 6GSXA 4F82A 3ZMKA 1BEDA 3LYKA 4FIWA 4WKWA 3ZITA 4MMMA 5F8BA 2M80A 2FWFA 4L8EA 3CSIA 2H1AA 2Z9SA 4XTSA 4PUFC 3O6TA 4MZBA 1Z6MA 1VF3A 1BX9A 1XW5A 2CX4A 2ES7A 2P5RA 2CA8A 3M3MA 4ZIJA 1M9BA 1KTEA 3HZ8A 2B5XA 2HSYA 3ZRDA 2PPTA 3RHBA 3KP9A 5B7CA 3M1GA 1JFUA 1XBSA 1X5DA 5L71A 2CVBA 2VL2A 1TOFA 4HJMA 1XW9A 4O32A 1FW1A 2GSTA 4IGJA 2F3MA 1U88A 5IOWA 3F9UA 2HE3A 3HJPA 5DALA 4EF0A 1QFNA 3GX0A 2XC2A 4ECCA 4HQZA 5ECQB 1MDJA 1TDIA 2IJYA 3CBUA 1O73A 2X8GA 1U87A 3H8QA 1FVKA 3BCIA 3HKRA 2C3NA 5D9XA 4ML1A 2NBSA 2IN3A 2KLXA 4D73A 5AIXA 1SK1A 5HR3A 3DRNA 4DSQA 1QGVA 3HA9A 4ID0A 3NIVA 4X43A 3IAM2 1GWCA 3TKPA 2PWJA 2WS2A 2L5LA 5G5FA 4YAPA 1GUMA 5HR2A 3JCML 1PN9A 4LL4B 1GSYA 4GLTA 2I1UA 1TRUA 4AJ7A 1ERWA 1SYXA 2DJ1A 2CAQA 1GSUA 4YH2A 1R5AA 1FVJA 5CYYA 1NW2A 2C3TA 5IMZA 20GSA 1WP0A 1S3AA 3TJGA 4EKZA 1GTIA 4JBBA 3FZ5A 2AYTA 4I97A 2V1MA 2VD0A 2BJXA 2V32A 2HSHA 1ABAA 1DBYA 4GQCA 1VRSD 4NHZA 3UVTA 3DWVA 3ZREA 3E3EA 1OKTA 5F06A 5J3RA 1G7EA 1O81A 1F37A 2XBIA 1PX7A 1TK0B 3IA1A 1I5GA 4GRFA 3RHCA 2PUKC 4I6XA 1O8WA 5ECOB 2HXKA 4NHWA 3GSTA 1ACVA 5DQSA 2C0GA 2P0GA 1Y6EA 1Q98A 4MLYA 3EINA 1PL2A 4NWYA 2GTUA 3E9JB 3DKSA 1SD9A 2I4AA 2YCDA 2WZ9A 1SJIA 1QUWA 3UAPA 2MZCA 2WB9A 4EVMA 2H6XA 3IOSA 4CW9A 2HLSA 2AV4A 3RPNA 1IYHA 2VCTA 1LJRA 2PGTA 3FHKA 3P2AA 22GSA 1VF1A 4WF4A 3ERFA 3GTUA 1AIUA 4K0NA 1BAYA 1RW1A 1W4VA 5JCGA 2B5YA 5IM9A 1PX6A 3N5OA 3QMXA 2PU9C 2JSZA 2OA7A 4HJ2A 4IKHA 1GSDA 4HU9A 4KGIA 2CVDA 1K0CA 2PERA 5ELAA 1PSQA 4EDYA 2VCQA 4TR4A 5ECIB 1EGRA 4N11A 4V1Ap 5FT3A 4TR1B 1A8YA 4N10A 1SKWB 3HXSA 3FW2A 1A8LA 1B8XA 2GS3A 4OO5A 1PGTA 2H75A 3FKFA 1G0TA 5G1KA 3H1NA 2LSTA 2FHEA 1OYJA 4WXTA 1JLVA 5G1LA 1QK8A 16GSA 3F4RA 2C1YA 2GZPA 4ML6A 4POKA 3J7Yk 2IFQA 1PKWA 4RI7A 3TRXA 3D4MA 2TRXA 1CQHA 3TJFA 2CZ3A 2CZ2A 4LL1B 1G7OA 3APQA 4MH3A 1OC9A 4Q5FA 5CRWA 2DC5A 1X9WB 1WIKA 2V41A 3ZLPA 3LGCA 5D96A 5AN1A 1HNBA 2B7JA 2B1KA 2LEGA 2FY6A 2YV7A 2B5EA 3LSZA 2C0DA 2DJ3A 4OD7A 3LYPA 4O5RA 3EURA 3PINA 5DALB 1S3DA 1PA3A 4G19A 3RDWA 3DMLA 4KCAA 1TI3A 3G7JA 1XWBA 5AISA 3WD6A 1XIYA 3FR9A 3ZIJA 1SL2B 4I2UA 1V40A 4D73B 4MK3A 3EVIA 2AJQB 4WF5A 2P5QA 1THOA 2MMNA 2JZTA 3KXOA 3ZFBA 2GZZA 3FEUA 2LRCA 1GTUA 1NHOA 3D4TA 4MZWA 2LNTA 4TN8A 3GX8A 3IK9A 1DUGA 5CP1A 5J41A 3QFBC 4ULXA 4KDYA 2GQLA 1O8XA 5GAND 4GXZA 5DDLA 4OFTA 4Z7XA 2FD3A 1GSFA 3GFKA 2H76A 2B1LA 2TRCP 2H19A 2YWIA 3Q74A 3EC3A 5IIZA 2IMEA 4ISDA 3P7XA 2O8VB 1IYIA 3CRTA 4WBJA 2H0HA 2IMIA 3ME8A 3FZ4A 4ECIA 2H8LA 2V6KA 3H79A 1T3BA 2H70A 5JWRB 1PD21 1WWJA 4IELA 1YY7A 3KH9A 13GSA 1MD4A 2D2ZA 3TKQA 5AGYA 10GSA 5D93A 2WFCA 3TGZA 1M2AA 3GN3A 3BOAA 1C72A 2KHPA 3MDKA 2GDRA 4K7IA 2OACA 3KD0A 1GNEA 3TRQA 4JR4A 2VLUA 4HOJA 3EYTA 4ZL8A 5HQPA 5DJMA 1A0RP 1OE8A 4HDEA 3VPQA 5ECHB 1WJKA 2KP1A 5D9WA 1SKSB 1ST9A 3GUSA 2F51A 4YQMA 2NTOA 2CX3A 1ZZYA 4MJCA 3VWXA 5ECKB 2C0FA 3EU4A 1KNGA 2DJ0A 2IMDA 1W89A 1NM3A 2GVPA 1ZMAA 1MD3A 3TKSC 2KUCA 4EC0A 1A23A 1TP9A 5FHIA 3GTUB 3TRPA 3FYGA 1F3AA 4QQ7A 4IW9A 3G7IA 3L0HA 4MF5A 3BBYA 1YEXA 2TIRA 1MTCA 4RI6A 2VAFA 3IRAA 1XCCA 2ON5A 4ZB9A 2GT5A 3ZL5A 4LMVA 2VCZA 2WRTA 2ZNMA 1FHEA 2X99A 2VL3A 1THXA 1K0MA 2YOIA 1EOHA 1EP7A 3L9UA 1V57A 4AF2A 5DJLA 1XVWA 3F4TA 4HI7A 3GKNA 2HZEA 2K18A 2DMMA 2MMOA 2L4QA 2XHFA 3DGQA 3J7Yb 5D9VA 4IP6A 2PMTA 1X9SB 5ECPB 1TK8B 1E6BA 4FYUA 3MSZA 2DMLA 3GHAA 2HT9A 2IFQB 2OKAA 3O3TA 2OJLA 3PGTA 3GURA 5FWGA 4I2TA 1OC9B 5IQYA 1Z7RA 3TOTA 1ZCPA 3KH7A 3KMNA 4JZQA 2YZUA 4TXVA 2R5GA 1ZYEA 2H74A 5D9TA 5J9CA 4KAEA 5ENUA 2DLXA 3K8NA 4MJEA 4O92A 3AY8A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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