4AJ8A

Crystallographic structure of thioredoxin from litopenaeus vannamei (partially reduced).
Total Genus 35
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
35
sequence length
105
structure length
104
Chain Sequence
MVYQVKDQEDFTKQLNEAGNKLVVIDFYATWCGPCKMIAPKLEELSQSMSDVVFLKVDVDECEDIAQDNQIACPTFLFMKNGQKLDSLSGANYDKLLELVEKNK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Expression, Purification, Crystallization and X-Ray Crystallographic Studies of Different Redox States of the Active Site of Thioredoxin 1 from the Whiteleg Shrimp Litopenaeus Vannamei
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Litopenaeus vannamei
molecule keywords THIOREDOXIN
total genus 35
structure length 104
sequence length 105
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.8.1.9: Thioredoxin-disulfide reductase.
pdb deposition date 2012-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4aj8A00
3F4TA 1B48A 4KDYA 1Y6EA 1ZOFA 2LTKA 1EV9A 1EEJA 2ZCTA 2GQKA 1ZCPA 5IM9A 2DBCA 1B9YC 2OJLA 2LEGA 3GH6A 4GXZA 4YH2A 4XHMA 2ZUPA 4N0ZA 3C8EA 4I2TA 5D73A 3JCML 5IPHA 5KN0A 1V2AA 4EC0A 2AUVA 3FEUA 1XW9A 4NV2A 4NV5A 2B6MA 2GT5A 4N11A 5EPFA 1AAZA 1Z7PA 3HDCA 3IXRA 3ZVJA 1SKSB 4MJEA 1XZOA 1ERVA 3FZ5A 1FO5A 1GLQA 3CTGA 1A2LA 5J5NA 3US3A 4PQ1A 4PNGA 3ZTLA 2HRFA 1PD21 5AN1A 2JADA 4GQCA 1A0FA 2OE3A 3F3QA 4LL4B 3UOMA 1Z5YE 1TXXA 4TKYA 1XVWA 4HEA2 1NM3A 4OCFA 2WS2A 3Q18A 4TW5A 4WBJA 3IK7A 3P7XA 1TP9A 3FY7A 4KDUA 2CZ2A 5ECQB 3LORA 3ME8A 1ZL9A 3KP9A 4NXIA 1ML6A 3CRUA 1TRSA 2OE1A 5D9TA 5IMFA 1GTBA 1SK2A 2H1GA 2V6OA 4KA0A 3ZFBA 1OC3A 4BA7A 1U3AA 2GSQA 2H1AA 2K9FA 4ECCA 4HQSA 1PX7A 1DSBA 1NHOA 1H75A 2H8LA 1BJXA 5D8IA 2WDUA 2I3YA 4HJ2A 1PN9A 4N30A 4ZB9A 2BJXA 3GL5A 3I43A 3ZVJD 2ES7A 1VF2A 3KZQA 5ECLB 2E2GA 3QFAC 1JZOA 4KSOA 5IO2A 4X1UA 1TI3A 5IMDA 4AJ6A 4DSSB 3HVVA 3IAS2 3EMPA 3W8JA 4OD7A 3A2XA 1JZRA 1NHYA 1BQ7A 3FRCA 2MBSA 1SL0B 3LWAA 3FZ9A 4IKHA 4P3YB 3UVHA 2H0HA 1GTIA 2FCHA 4DEJA 2M46A 5D9XA 1HQOA 2XPEA 3V1WA 5ECOB 3H4KA 2FA8A 5G5FA 3UMAA 2O7KA 1TJDA 3TRPA 2B7JA 1PGTA 4GTUA 4NPBA 4MZCA 1MTCA 3FKFA 4XCSA 3H93A 1YKAA 4D73B 2JZTA 2FGXA 2VM1A 3HJPA 3GH9A 2F3MA 2H1DA 2LKUA 4MDCA 4MZBA 1XW5A 2E2MA 5ECPB 4XTSA 4MH2A 1W4VA 4WETA 1SKWB 1OE8A 1EEMA 1R7HA 4EKZA 1K0NA 5L71A 2GLRA 3WT1A 3LSZA 1PKZA 1ERWA 4ZIJA 3CSHA 2FWEA 3EVIA 5ELGA 4V2NA 3RAZA 2VLVA 3M3MA 1PA3A 3EMXA 1SJ6A 3FK8A 3GURA 2HFDA 5C04A 2FNOA 4PUAA 5KEJA 2EIQA 1RK4A 4X43A 3APSA 4ZILA 4RI6A 2DMLA 2YP6A 3D0ZA 2JSYA 3I69A 4GWRA 5HFKA 1XOAA 2AHEA 3QPMA 5J41A 1SD8A 4AJ8A 1X5CA 1VGLA 5IIZA 2O89A 1ERUA 3LGCA 4I97A 4AF2A 3IC4A 3VWWA 4GSTA 2L4CA 2PGTA 1WIKA 1M0UA 5F05A 5ELAA 4IP1A 5DBQA 3IA1A 5IMCA 1K0DA 1GRXA 3Q6OA 2DC5A 3P2AA 4MMMA 4K9ZA 1CQHA 4F03A 1K3YA 2J23A 1CQGA 1NSWA 5JCUA 2YWMA 3FZAA 3TGZA 2EIOA 1DBYA 2IMDA 5DJLA 1XCCA 2VM2A 2HRNA 2CT6A 5CRWA 4ECIA 2H71A 3NIVA 5J9BA 4BWSA 2DJ0A 1WWJA 1LU4A 2DJ3A 3HKRA 3GIXA 2H01A 5JWOB 2A2SA 4MF5A 2MZCA 3IV4A 1Z6NA 5B6NA 1GNWA 5DQYA 1M2AA 1XW6A 2DJ1A 2GSRA 1V40A 4HZ2A 1O7UA 1SYRA 3LXTA 1XWGA 2NBSA 1MDIA 4XS6A 6GSSA 3IBHA 2YZUA 2BTOT 2MMNA 2LJKA 3KM6A 2DMMA 4JBBA 3BD2A 4HZ4A 3BCIA 4BL7A 4BVYA 5FT3A 2DSAA 1O8XA 1PMTA 4ID0A 4KSMA 3UAPA 1ZYEA 4I8BA 2B1KA 2PWJA 4JR4A 1ACVA 2I9HA 1EGOA 2R2JA 4IELA 3TRXA 3D6IA 1K0MA 3HD5A 1R26A 2LV3A 3EU3A 5HR3A 5LCZA 4ACSA 3ED3A 1JLVA 2PUKC 4HDEA 5A4UA 3J7Yk 3G7IA 4WR4A 2CA8A 3PGTA 4KB3A 3TKQA 3EYTA 3FR6A 2EC4A 2C3NA 4ZL7A 4NMUA 4KAEA 1TRWA 3ZLPA 2N5BA 13GSA 3HVXA 4GCIA 3CMIA 4FIWA 3D4TA 3D22A 1AQWA 3G7JA 4PXOA 3GKXA 1X5EA 3N9JA 4J56E 1EV4A 2R5GA 1YF0A 5DCGA 5B8AA 2FWHA 1TDIA 3QFBC 4XS4A 4G9HA 1UVZA 4TR4A 2YNXA 2HT9A 5A5KA 3GFKA 2NTOA 3KEBA 1XBSA 1XWKA 2XBQA 3UBKA 4YQVA 2P0GA 2PMTA 5AISA 2IMEA 3TKPA 3CBUA 1PL2A 2IPAA 1PX6A 2HZEB 5DCHA 1GSYA 3L9VA 3FYGA 3GX0A 3IK9A 1A23A 4MPGA 3DD3A 3UVTA 2GQMA 4WXTA 1B9XC 2AYTA 3TJBA 2C0DA 4ZL8A 3APOA 5GSSA 3F63A 1S3CA 2B5YA 1U6TA 3PINA 1VF1A 3IR4A 2GSSA 3F4SA 5C00A 4EVMA 2TRXA 2OBIA 4OO4A 4ILFA 2YN1A 1SL2B 2PPTA 2K8VA 3DXBA 1M99A 4HUAA 2C0FA 1QQ2A 5IMVA 2A4VA 3E3EA 3CXGA 4MABA 1ZYQB 2RIIA 3GL3A 1J08A 3QAGA 1U3IA 1O6JA 1M2BA 5EL8A 2HSHA 1F37A 4MZWA 1GSDA 2GQLA 3GMFA 2H19A 2PN8A 3FZ4A 3KH7A 2AV4A 2OE0A 4KX4A 3BJ5A 2IFQA 2QKEA 1TU7A 3WGDA 2PVQA 2QSIA 1FVKA 2LRNA 2I4AA 2FA4A 4G19A 1TK8B 3TJKA 1E6BA 3F6FA 4TR1A 1LBKA 2GTUA 1AXDA 3LXZA 2WZ9A 1GSUA 3BBYA 3D21A 1O85A 1KBNA 5D96A 3WYWA 1G6YA 4IP6A 1FB6A 2F8FA 3DYRA 3ZMLA 11GSA 3WGEA 1QGVA 5G31A 3RHCA 3D4MA 5HR0A 3QAVA 2LS5A 5DALB 3ZFLA 3ZZXA 3GUSA 2CX4A 5HFIA 2HYXA 2H6YA 4O7HA 3VI7A 1B8XA 1SU9A 2LRTA 2VCWA 2B1LA 2B7KA 1FW1A 4TR3A 4RI7A 5IO0A 3K8NA 3QCPA 5D9VA 4FYBA 4N0VA 5ECKB 1TOFA 2X8GA 2V41A 2HNLA 2VD1A 4QL7A 2O85A 4K7NA 1F3AA 5ECMB 3EC3A 3UEMA 14GSA 3TKSA 1X0RA 4RQXA 3IPZA 3HZ4A 4CW9A 4K7OA 1G0TA 4AGSA 2K6VA 5J9CA 3D5JA 3HVSA 1YY7A 3UIWA 1BEDA 5B8BA 5DJMA 3CRTA 1F9MA 1FB0A 2FWFA 1TW9A 1B4PA 2PU9C 4YQUA 2H6ZA 1WOUA 3H1NA 3LJRA 2TRCP 5JWRB 2F9SA 1XFLA 2GGTA 4HOJA 1R5PA 3RDWA 4LMVA 3TKSC 4KNDA 6GSYA 3F0IA 4KDXA 3ZRDA 4MJCA 2KHPA 4PGTA 2KUCA 2DLXA 4L5OA 3TJFA 2FY6A 2A2RA 3L78A 2RUEA 2YANA 2YWNA 3ZL5A 2HXKA 1T7PB 2OKAA 1M9BA 3HHVA 3C71A 4HU9A 3TJJA 2HZFA 1QFNA 2GVPA 1SL1B 2PBJA 4MF7A 4IJ3A 4KCAA 2JU5A 2YV9A 1GTUA 5DAKB 3APQA 3VWUA 2LQQA 2CX3A 1DE2A 5KN2A 2B5EA 1TTZA 4NHZA 1MEKA 4O32A 2YWOA 2IJYA 5AGYA 3EE2A 3KXOA 3W8SA 1MD4A 4TXOB 5CRDA 3GSSA 2K18A 4PUFC 1JFUA 3IHQA 4WEYA 3NOFA 1WE0A 1EGRA 5IQYA 4IN0A 1QXHA 4L8EA 2JSZA 4G2EA 4XS1A 1EP7A 2XBIA 5GAND 1MDKA 5FHIA 1WPIA 2DIYA 4EDZA 3DMLA 1XXUA 4I6XA 4G10A 1T4YA 4E8HA 5ID2B 4RQRA 1F3BA 2LUSA 3QD9A 1XWBA 3F9UA 4KH7A 3TKSE 1NW2A 3GSTA 2H6XA 1M2DA 1AW9A 3DWVA 1O73A 3C1RA 3M9KA 4Q5QA 5IMAA 1VF3A 2O8VB 3C73A 3Q19A 2B5XA 1JLWA 3F3RA 2QGVA 3BCKA 1BYEA 3I9V2 3ISOA 1SENA 2LJAA 3GTUB 1S3AA 1O81A 2G0FA 3EINA 4XIHA 4OFTA 2XHFA 1FG4A 4WF4A 2V1MA 1GSSA 4Z7XA 1GTAA 3MDKA 1E2YA 1GUHA 3TOUA 4PQHA 2DIZA 4DSSA 3MAKA 3KTLA 4MJBA 3G7YA 2CQ9A 2RM6A 4BVXA 1T3BA 2L4QA 2Z9SA 3VI5A 3M9JA 1Z7RA 6GSWA 2JZRA 1O8WA 1AQXA 5AIVA 5IOWA 3TOTA 2E7PA 4XS4B 2CZ3A 16GSA 2P5QA 3F6DA 2MYGA 1UN2A 1ON4A 4LMWA 4AJ7A 1G6WA 3ZREA 4ULXA 5G2ZA 3VK9A 2VUPA 5CO3A 1ZMAA 6GSVA 5CRGA 4KUNA 5F06A 4POLA 6GSTA 4D73A 4WBRD 1TK0B 3HZ8A 4O92A 1USBA 4QL9A 2IL3A 1YZXA 2H70A 2VCZA 2H1BA 5CRHA 1K0BA 2M72A 1PSQA 3TUEA 3EWLA 4I2UA 3KCMA 2X64A 2XPDA 2C3TA 2MMZA 2VAFA 3F8UA 4ZL9A 1WP0A 4TR0A 4GF0A 1DUGA 3O76A 4OCEA 5ECHB 2B3SA 5ECIB 1N2AA 2GS3A 1Q98A 1ZZYA 1N8JA 4IHUA 3GA4A 1GUKA 2XC2A 1V98A 10GSA 1UC7A 4LL1B 2OBKA 2LJRA 5F07A 5JWQB 4Q5RA 4RUVA 2GZZA 1GP1A 4LLRA 3A5WA 5B6MA 17GSA 2N5AA 1LJRA 2RUFA 3GN3A 4K1FA 1GNEA 1AQVA 4IS0A 3BOAA 4WR5A 3UJ1A 4V2LA 2F51A 2H66A 3LEFA 3I6AA 5B7CA 1OC9A 1QMVA 4EF0A 5ABRA 2HSYA 3SBCA 1HYUA 9GSSA 4K7IA 2O87A 2MBTA 4OO5A 4F9ZA 5JCGA 3KH9A 2KP2A 3VWXA 4F2IA 2AJQB 1JHBA 4OFNA 4IGJA 1YKCA 2H0GA 4ML1A 2ON5A 2H0IA 5INYA 4KCEA 1TK5B 2GSTA 2WULA 3IE3A 4TRXA 1X9WB 3GKNA 4FYUA 4ZBDA 1GWCA 1V58A 2YJ7A 3M0FA 4K6XA 5G1LA 1V57A 2D2ZA 1SKRB 3GKKA 1WMJA 3RHBA 3LG6A 1T8EB 2C3QA 3DIEA 5A4WA 3MSZA 1HD2A 3VPQA 3RPPA 2IMFA 5ECRB 5ECNB 2NDOA 1YEPA 1GULA 4POBA 4NWYA 7GSSA 2L5LA 2EIRA 2VLUA 3GYKA 4NAXA 3CSJA 1EWXA 4Q5NA 3GX8A 3QR6A 3GNJA 3U5RE 1GSFA 2WRTA 2N5FA 5HR1A 3L9SA 2CV4A 1PL1A 4MJAA 1F6MC 1SK0A 3U6VA 3TRQA 1T1VA 3AY8A 2L6CA 3L9UA 3E0UA 1QUWA 2OA7A 2AB6A 4J57E 2RLIA 1XWAA 1GSQA 1T4ZA 1J0FA 1A2MA 4V2MA 1X9MB 3IRAA 3QOUA 19GSA 1HNCA 5H5SA 4PURA 3HJMA 1THXA 3LYPA 3QDNA 4TN8A 1A8YA 4MCUA 2C4JA 3OR5A 2DJ2A 1PKWA 3E9JB 3N5OA 4MP4A 4ZB8A 1Z9HA 1PQNA 2YOIA 2VCTA 1T00A 2K8SA 4DSQA 3M8NA 2VOCA 3TB2A 1EZKA 1YF1A 1AUCA 5J4UA 4ECJA 2AAWA 4K8MA 5KN3A 2BMXA 3UARA 3ERGA 4IVFA 4V1Ap 4HJMA 1GUMA 1OAZA 4WKWA 1XOBA 2LRCA 5HFGA 3ZMKA 1GLPA 2C1YA 3CTFA 3Q74A 5EVOA 4MH3A 4N10A 3QAWA 4Q5FA 3G9BA 4ISDA 4WF5A 5A4VA 1AC1A 4IW9A 4LA1A 5DQSA 3RPNA 1G7OA 2IMKA 2HZEA 2H76A 1JZDA 3ME7A 1TRVA 3FR9A 3ZYWA 2MMAA 3UBLA 1K3LA 4TXVA 1HNAA 1ST9A 3GRXA 4K0NA 3DGQA 1BAYA 4BPYA 2YWIA 4H86A 1OKDA 2H72A 4YAPA 2QC7A 3P8WA 5F0GA 5CREA 5JCWA 4QQ7A 3O3TA 4JEDA 4X0XA 2P5RA 2FUG2 2WJUA 2OADA 1FHEA 4EL1A 3S9FA 4POMA 1WJKA 2L57A 5DDLA 3A2VA 1I5GA 2YPMA 1DE1A 4EDYA 3RBTA 3TKRA 2ZNMA 2H73A 1X9SB 1ILOA 1OVNA 4TVEA 2M80A 5G30A 4F82A 4ZBAA 2GZYA 3H8QA 3C1SA 2CVKA 4ZXGA 2WB9A 1EOGA 3WT2A 1HNBA 2L5OA 3KD0A 5ECSA 4ZB6A 5FWGA 1IYHA 1A8LA 2LNSA 1VRSD 5IOXA 4EUYA 1B4QA 1F2EA 1SYXA 3DEXA 4ECBA 4GRFA 3WGXA 3LQ7A 4FYCA 1XPVA 3IAM2 2R37A 1SK1A 2R6KA 1TKDB 4XRDA 5F8BA 3IOSA 2V32A 3HJOA 4FO5A 1S3DA 3KTBA 3VPTA 4F0CA 2DJKA 3O6TA 2VD0A 5GSTA 5GAPD 1KEBA 3H79A 4JE1A 4POKA 2G2QA 2IWTA 4MA9A 2LQOA 1W89A 1J9BA 2C8UA 1PRXA 3HY2A 1MDJA 4GSNA 1Y25A 1V9WA 5GZZB 4K2DA 2X99A 2I1UA 3CSIA 1XWCA 3MWHA 2R3XA 4MLYA 3KMOA 5DALA 4DVCA 8GSSA 3ZIJA 1URMA 1U87A 4YAVA 3QMXA 1GH2A 1ABAA 5CAXA 1TRUA 5D93A 1FVJA 1YDKA 1BG5A 2VCQA 2L59A 2JL4A 2GDRA 3L0HA 1QK8A 3C7MA 2V6KA 4K0GA 1YJ6A 2C0EA 2YCDA 5EY6A 1SJIA 3A2WA 3EURA 1YEXA 2CVDA 1I9DA 3DVXA 3FR3A 1ZGNA 4TOPA 5G5EA 3DVWA 2CAQA 1VF4A 3KGKA 4PNFA 3W6GA 4NHWA 4PX1A 1TI1A 5LD0A 2NVLA 2LSTA 5IMZA 1FAAA 2H30A 1OC9B 20GSA 2CAIA 1OYJA 1SJZA 1BX9A 1A0RP 1X5DA 2RM5A 3FHKA 3PH9A 1FOVA 2GT6A 3NZNA 1C72A 3HXSA 1JZWA 3WD6A 3A3TA 1OKTA 1XVQA 2IIYA 4JU5A 1THOA 2H74A 2IN3A 4O5RA 1K3OA 2V2GA 3VFIA 5CP1A 2J9HA 3ZIVA 4HS1A 3LYKA 2VIMA 4L5LA 5DAKA 3DRNA 3CYNA 3TJGA 2R4VA 4GSSA 2F8AA 3L4NA 2CVBA 5HQPA 1KTEA 1EP8A 2KOKA 1K0AA 4IJIA 3VURA 2HI7A 4OMVA 3SWLA 1H4OA 4TXOA 4IQAA 2FLSA 1RQMA 5COHA 1MD3A 1U88A 1EOHA 2VCVA 4IBPA 2GZPA 2HE3A 2X8CA 2MMOA 3VLNA 2PVOC 3FW2A 2YV7A 2JACA 3UL3A 2E0QA 2FD3A 4XRAA 2JZSA 1YQ1A 2TIRA 4I5QA 1GL8A 5E59A 1TU8A 5CNWA 2ALBA 2IMIA 5ID2A 2KLXA 5J3RA 1GSEA 6GSXA 3J7Yb 5E4WA 4OWYA 3MNGA 4CHSA 4OFMA 5CYYA 1KNGA 3ZITA 4F0BA 1Z6MA 1AIUA 3IDVA 2VCXA 1OC8A 4MF6A 1R5AA 3HCZA 4KE3A 3DKSA 3HYPA 3KJYA 1G7EA 3GTUA 3EU4A 4KGIA 2DJJA 1ERTA 1SD9A 2REMA 1RW1A 1R4WA 2IFQB 5DVBA 2C0GA 1IYIA 5KN1A 3VWVA 4EXJA 2VL2A 3ERFA 3R2QA 2X8HA 4DSRA 2VL3A 4KW6A 5LNKe 1M9AA 3GHAA 1UA5A 4HI7A 4CDOA 22GSA 2YJHA 3TCOA 3P90A 5ENUA 3KP8A 5H5QA 4BWQA 4TR1B 4JRRA 18GSA 3GKMA 2NPBA 4EE0A 2HLSA 5D9WA 4J2FA 4JR6A 5AIXA 4HQZA 4IQ1A 3TDGA 4GQFA 3ERWA 1WRYA 4E8EA 2WFCA 4L0UA 4V1Ag 5G1KA 1Z3EA 2L6DA 5H5RA 2VL2C 4ML6A 4HU7A 6GSUA 2WCIA 3KMNA 2VL9A 4PQIA 1M7TA 4JZQA 1A2JA 4MPFA 2FHEA 2C80A 4GLTA 1OE7A 5HR2A 4MK3A 2YZHA 2PERA 1Q4JA 2WGRA 3F4RA 3HA9A 2KP1A 2LNTA 4ZBBA 5IPGA 3M1GA 2OACA 4L0WA 1XIYA 2FWGA 1A24A 12GSA 2VO4A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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