4AJ8A

Crystallographic structure of thioredoxin from litopenaeus vannamei (partially reduced).
Total Genus 35

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
35
sequence length
105
structure length
104
Chain Sequence
MVYQVKDQEDFTKQLNEAGNKLVVIDFYATWCGPCKMIAPKLEELSQSMSDVVFLKVDVDECEDIAQDNQIACPTFLFMKNGQKLDSLSGANYDKLLELVEKNK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYS1 (3-4)AH1 (8-18)S3 (53-58)S4 (76-81)TII'1 (18-21)TIV2 (80-83)TI2 (49-52)S2 (22-28)TI3 (58-61)TI1 (29-32)AH2 (33-47)TI4 (59-62)AH3 (63-69)S5 (84-90)AH4 (94-104)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Oxidoreductase
source organism Litopenaeus vannamei
publication title Expression, Purification, Crystallization and X-Ray Crystallographic Studies of Different Redox States of the Active Site of Thioredoxin 1 from the Whiteleg Shrimp Litopenaeus Vannamei
pubmed doi rcsb
molecule keywords THIOREDOXIN
total genus 35
structure length 104
sequence length 105
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.8.1.9: Thioredoxin-disulfide reductase.
pdb deposition date 2012-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4aj8A00
4Z7XA 16GSA 3QFAC 4KGIA 3HZ4A 2VCXA 4HU9A 2DJ2A 2PN8A 4OFNA 2V41A 3UARA 4NMUA 4OCEA 2B5YA 2CVDA 1G7OA 3UAPA 2VCWA 1M7TA 1Z6NA 3TRPA 5ID2B 2AYTA 4L0UA 2O89A 2WDUA 3ZLPA 5EL8A 3EWLA 4POKA 5IPGA 2MMOA 3UBKA 2L6CA 3IE3A 4XIHA 1B4PA 2I1UA 3WGXA 3ISOA 3RPNA 3CBUA 4HI7A 4NPBA 1TRSA 1M99A 1GLPA 3TRQA 5GAND 1GTAA 5E4WA 5CO3A 3EYTA 2C3NA 4GCIA 2IMKA 3MSZA 2EIQA 2HZFA 5DCHA 4CHSA 4KUNA 1HYUA 3UVTA 4TR3A 2FLSA 3C7MA 3FK8A 4BPYA 4YQMA 3KM6A 3KH9A 5IPHA 1FAAA 2DIYA 1PRXA 3M3MA 2E2MA 4DEJA 4F9ZA 2GT6A 3E0UA 3Q74A 1OE7A 4ZIJA 1NHYA 4XCSA 2DMMA 2P0GA 4WEYA 2QSIA 2K8SA 1WRYA 4MZBA 4I2TA 1R7HA 3IA1A 2H76A 3ZFBA 1YJ6A 2CV4A 5DJLA 4MJCA 4ZB8A 2OE1A 1ILOA 1F3AA 3TB2A 1SK2A 1YF0A 2CZ2A 3J7Yb 3KTLA 3MAKA 1THOA 1Z7RA 2LRNA 6GSYA 2WULA 3FYGA 1PX6A 1C72A 3G7IA 4IW9A 4EVMA 1TW9A 1DE1A 2PVQA 2H1DA 4ID0A 3HCZA 5C04A 2HE3A 1X9MB 1SJZA 3DWVA 1JLVA 2CX3A 3ZMKA 3I43A 3F9UA 1FHEA 3P2AA 1JZOA 5JWOB 5CAXA 5J4UA 3RAZA 1V57A 4OD7A 1OE8A 3VI5A 4PUFC 1XZOA 3F6DA 1JLWA 4NHWA 4K1FA 4KX4A 4ACSA 3UL3A 4BWSA 4GSNA 1QUWA 3FZ5A 5ELAA 6GSTA 3GL5A 2HFDA 2H6ZA 5G30A 2L6DA 3AY8A 4TXOB 1K3YA 4OMVA 5GSSA 2GQLA 4BVXA 2MMZA 3ME7A 4IJIA 5G1KA 5J9CA 5F07A 1XWBA 4OO5A 3VPTA 4ZL9A 1TI3A 2CT6A 4DSSA 3RPPA 4YAVA 5DVBA 2FA4A 2C8UA 5IIZA 3QDNA 1VF1A 5IM9A 3ZIVA 5G31A 5IO2A 4HZ4A 3ERFA 2H6XA 2P31A 4HDEA 5LD0A 5H5QA 4K8MA 5IMVA 3DKSA 2FWEA 4XS6A 3IDVA 5DQSA 4TR0A 2MMAA 1YKCA 1ON4A 4IN0A 2C3TA 1PSQA 4DSSB 1SYXA 1FO5A 1QXHA 3ME8A 4I5QA 4PNFA 4WBJA 4NV5A 2LQOA 5D9VA 1YY7A 2GZPA 2FGXA 1FVJA 2IJYA 4ECJA 2GS3A 5G5FA 2PBJA 3VFIA 1XWGA 1G6WA 2L57A 1CQHA 1GSFA 1QK8A 3H1NA 1OC9A 1TJDA 1HD2A 3ZFLA 5EVOA 4D73A 4TR1B 5HR0A 2H74A 1GL8A 1E2YA 4GSSA 3VK9A 1AUCA 3QD9A 2YV9A 1X5EA 2AB6A 1VGLA 2YN1A 4FYCA 2MBSA 2X99A 2KLXA 2M46A 1YEXA 2H1BA 5ELGA 1OC9B 1T4YA 2Z9SA 5IMCA 4BWQA 2EC4A 3RDWA 2KUCA 1GP1A 4KE3A 4J56E 3KZQA 1JHBA 4WF4A 1F37A 4J57E 5ECNB 3LSZA 2M80A 4F82A 5F05A 3GSTA 4OFMA 1V98A 1TK8B 1IYIA 2C4JA 2B3SA 2OBKA 4BA7A 1U6TA 1XVQA 1LBKA 6GSSA 4FO5A 1O7UA 2ALBA 4PUAA 3EU4A 3WT1A 3CRUA 1XW6A 4AJ7A 4GQCA 2LRTA 1EP8A 1K0BA 2JSZA 1U3AA 1KEBA 4K0NA 3ZRDA 2PPTA 3HJOA 2WS2A 4IHUA 4TN8A 4HJ2A 1NW2A 4FYBA 3FEUA 3A3TA 3HVSA 2C0DA 1A2LA 3Q6OA 2H30A 3D21A 5ECKB 4MH2A 4G10A 3QPMA 4F2IA 3TJJA 5AISA 4MMMA 2GZYA 4WF5A 2IN3A 3DGQA 1SKSB 1I9DA 4QQ7A 3GL3A 2LQQA 1PQNA 2IMIA 2GLRA 4I2UA 2YV7A 2BTOT 3P8WA 1SD8A 1T3BA 3M8NA 5A4VA 1FG4A 4N0VA 4JEDA 3F3QA 3HVVA 1EGOA 2R37A 3U6VA 3QAVA 1FOVA 1PD21 1N2AA 3KEBA 1SJ6A 3KMOA 2WCIA 2FD3A 4FIWA 1UN2A 2YP6A 3KXOA 4CW9A 5LCZA 3NIVA 3H79A 2VL2A 5A5KA 3P7XA 5D93A 1XCCA 3O76A 3UMAA 1BEDA 3LGCA 9GSSA 2OE3A 2AHEA 5JCUA 3EINA 3O6TA 1TXXA 19GSA 2CVKA 2VD0A 1PL1A 4G2EA 3S9FA 1UC7A 4MF5A 3TJGA 4CDOA 1S3CA 5IMZA 4N11A 2CQ9A 3ERWA 4MF6A 3M1GA 1XIYA 4ECCA 4EDYA 2BMXA 1F3BA 2VLVA 3H4KA 2VL2C 5AIVA 2NTOA 1T7PB 3I6AA 1NM3A 1OYJA 1EOGA 1ERUA 1EEJA 3DXBA 2KP2A 1TP9A 2H0IA 3IK7A 2HNLA 2ZNMA 4GLTA 3UJ1A 2GT5A 1M9BA 2V6KA 4IKHA 2XPEA 4IJ3A 2GSTA 1O81A 3EC3A 5DAKA 5H5SA 4EL1A 2IFQB 1ZZYA 3C1RA 2JZTA 2L5OA 4MDCA 5HFGA 2GZZA 3GHAA 2XBIA 4KDXA 4ZB6A 5KN1A 1M2AA 5G2ZA 1USBA 3HJPA 4ZBAA 1GLQA 3DVWA 5AN1A 5KN0A 1M2DA 1E6BA 1K0MA 2J23A 3JCML 2VCVA 5DAKB 2V2GA 3ZTLA 2C80A 3GIXA 1HNCA 3D4TA 2NBSA 2A4VA 3GRXA 1T8EB 2AUVA 5KEJA 1BAYA 2VM1A 3APQA 3ED3A 5D9XA 4OWYA 4YAPA 5D9TA 2H01A 3C8EA 4F0BA 3TKSA 3N5OA 3TGZA 3TJKA 2TRCP 2F3MA 3EU3A 5B6NA 2L4QA 2TIRA 3TCOA 1SJIA 4RQRA 4JRRA 3O3TA 5IOXA 3F4SA 2LNSA 4KNDA 3GTUA 4NAXA 3IRAA 4GF0A 3QFBC 4H86A 4XRAA 4O32A 1QGVA 2NVLA 2YPMA 4HZ2A 3TKSC 4JBBA 4E8EA 3FR9A 3TJFA 4ZL7A 1AW9A 3NOFA 2AJQB 3QMXA 3EMXA 2OKAA 2QKEA 5CRDA 2IWTA 1QQ2A 3DYRA 2R3XA 1A8YA 1W89A 4IQAA 1TRUA 3L9SA 3UIWA 1Z5YE 3PR8A 5ECIB 5A4UA 1SENA 1BQ7A 4HJMA 2WGRA 3GTUB 2FNOA 1TK0B 1T1VA 3GSSA 5J9BA 5B8AA 3TKQA 5C00A 1PL2A 3M0FA 3VPQA 3UVHA 1Y25A 3WGDA 4X43A 1XOBA 4IGJA 1WE0A 3M9JA 2E2GA 1TU7A 2HXKA 1NSWA 5EPFA 4TXOA 4IBPA 1TTZA 2KOKA 5HQPA 3GKMA 4HEA2 3WYWA 2HLSA 20GSA 5GZZB 2F8AA 4MH3A 4K9ZA 1BG5A 3G7JA 3ZYWA 2HT9A 2FWHA 4K7NA 2YWOA 1GSEA 4ML6A 3GH6A 2X8HA 4TR4A 4MF7A 1Y6EA 1WMJA 14GSA 2B7KA 4DSRA 2IMFA 2FA8A 2YOIA 3CRTA 18GSA 3G7YA 3J7Yk 2O85A 1K3OA 1K0AA 1B9YC 5LNKe 2LSTA 2ON5A 3IC4A 4JU5A 2A2SA 2IMDA 3F63A 1O85A 4KH7A 2JZRA 4K0GA 3APSA 3LJRA 1ERWA 3IHQA 2PVOC 2AAWA 4TXVA 7GSSA 2IMEA 3CSJA 2H66A 2DJKA 2K9FA 5COHA 2CX4A 2VM2A 4RUVA 4LA1A 13GSA 3VI7A 1XWKA 4MZCA 2MYGA 4TR1A 4ILFA 4L8EA 4KAEA 4YH2A 3LG6A 2CA8A 2B1KA 3ZITA 4KA0A 4PXOA 1XW5A 4X1UA 4IQ1A 1SKWB 4PGTA 2VCQA 2YWIA 2XBQA 1VF3A 3K8NA 2OADA 4ZL8A 1JFUA 3HYPA 4Q5QA 4PQHA 2RLIA 2FWFA 1O8XA 3IV4A 4L5LA 2G2QA 5DALB 1Z7PA 2GSSA 3VURA 1SK0A 4K7IA 2M72A 3UEMA 3CSIA 2VCZA 2OBIA 2GDRA 5GAPD 2B1LA 4JR6A 1PGTA 2TRXA 3BCIA 5F0GA 4ISDA 4LL1B 3Q19A 4KSMA 1A2MA 1GSDA 2F51A 4N30A 3LWAA 3HVXA 1HQOA 1WIKA 2H0HA 3KD0A 1VF2A 2L59A 2YWMA 2H8LA 3D22A 5F06A 4WXTA 1Z6MA 3QOUA 3CYNA 3G9BA 2L5LA 2YNXA 5KN3A 3ZVJA 2HI7A 3TJBA 4MLYA 4I6XA 2R5GA 1G7EA 5J5NA 4NXIA 2C0FA 5H5RA 3DVXA 1PKZA 2VLTA 1LU4A 2CZ3A 4PX1A 3GA4A 1Q98A 3IK9A 3F3RA 1GUMA 5D9WA 3IPZA 2DJJA 10GSA 2JSYA 1UVZA 3FR3A 3D6IA 1KTEA 2LUSA 1MTCA 4JE1A 4NHZA 3ERGA 1O73A 2LV3A 3TOUA 2DJ0A 4ECIA 2RIIA 5D96A 2P5QA 2V32A 3H8QA 3BCKA 1ZGNA 1MD4A 2WRTA 2C0EA 2H70A 4V1Ag 2JACA 1PN9A 3CXGA 1JZWA 2RUEA 1FVKA 1VF4A 1GULA 1X5DA 2L4CA 2E0QA 3A2XA 1EV9A 2DJ1A 1GSSA 4POBA 3DEXA 3LEFA 3VWXA 3U5RE 1AQVA 3Q18A 2OJLA 1LJRA 3CSHA 1MDIA 2J9HA 3CTGA 4IELA 5ECSA 3GV1A 2LKUA 4G19A 3LYPA 5A4WA 1XWAA 3EMPA 5IOWA 2F9SA 4ULXA 5CP1A 4POLA 3F8UA 1EZKA 2H71A 2MBTA 3IAS2 4IP1A 2DBCA 5IMFA 1EOHA 4J2FA 1O6JA 2O7KA 5IMDA 2RUFA 1MDJA 5B6MA 3KMNA 4I8BA 4QL7A 1OC3A 3QAWA 4AGSA 1GRXA 5DCGA 5JCWA 1FW1A 1HNBA 2DSAA 2CVBA 2BJXA 1PKWA 1DSBA 1BYEA 2YJHA 2PUKC 5CNWA 3A2WA 2DLXA 3APOA 4PNGA 4EKZA 3DD3A 2PWJA 1A24A 1ZYEA 1M9AA 3ZZXA 1Z3EA 3KP8A 2JADA 2I3YA 1QFNA 4MA9A 1YF1A 2WZ9A 1NHOA 5FT3A 4GTUA 1V2AA 4ZBBA 2XC2A 1XVWA 2IFQA 2LTKA 4MZWA 2GQMA 4EDZA 1ACVA 1F6MC 3ZREA 4TW5A 2VL3A 1IYHA 3HXSA 3HDCA 3R2QA 4POMA 4KDYA 2GGTA 2PERA 3BBYA 5INYA 4NV2A 1A0RP 2FY6A 2O8VB 1GSQA 3WT2A 5HR2A 1SL2B 1X0RA 1R5PA 1SL0B 2LRCA 3HZ8A 1EEMA 1Z9HA 2VL9A 3GKKA 2H19A 3F4TA 4MJEA 2HSHA 1ZMAA 5EY6A 2LJKA 5ENUA 1O8WA 4BVYA 5CRHA 1YDKA 1JZRA 3LXZA 5DDLA 5E59A 2WFCA 2NPBA 5J41A 3QR6A 2FCHA 1RW1A 1N8JA 2H1AA 2GSRA 5B7CA 3HJMA 4F03A 3GKNA 5FWGA 1J08A 4KW6A 4OO4A 1OKDA 2GQKA 3CMIA 2C0GA 4HUAA 2G0FA 4LMWA 1DUGA 3MDKA 4TOPA 3GX0A 1GTIA 3FKFA 2GSQA 3KTBA 5JWQB 2JU5A 3FHKA 1GSUA 2N5AA 1K0OA 4O5RA 1X5CA 4PURA 4GSTA 2XPDA 3KGKA 8GSSA 1EP7A 3GX8A 2CAQA 2ES7A 1GNEA 1G6YA 4PQ1A 2WJUA 2E7PA 3FR6A 2IL3A 3SBCA 5D73A 6GSWA 4N0ZA 1H4OA 2V1MA 1OAZA 4TRXA 1XBSA 5G1LA 5ECQB 1SD9A 1JZDA 1ERTA 2N5FA 1AQXA 3KCMA 3LYKA 2R4VA 3VWWA 4Q5RA 1TDIA 3HY2A 2VD1A 3WGEA 1TRVA 1G0TA 4O7HA 2ZCTA 1U87A 3PH9A 3QAGA 1AIUA 2YJ7A 4OCFA 1B8XA 2VIMA 3HD5A 3TDGA 1AC1A 3IOSA 1H75A 4MCUA 5B8BA 1XXUA 4WETA 2C1YA 4OFTA 4MP4A 3L0HA 2DIZA 3DMLA 5ABRA 1WPIA 1KBNA 5HFIA 2X8GA 1UA5A 2VLUA 1A2JA 4IS0A 12GSA 3TRXA 2RM5A 4ZBDA 4EO3A 2K18A 4RI7A 3A2VA 2OA7A 4WR5A 2I4AA 4KCAA 4HU7A 4V2MA 11GSA 2LEGA 3GURA 4AJ8A 4F0CA 1F9MA 3GYKA 4WKWA 2HSYA 1RK4A 2LJAA 5HR1A 1S3DA 1KNGA 1BX9A 2X8CA 4ZXGA 2EIRA 3GH9A 4K7OA 4XRDA 1GNWA 1YKAA 1A23A 3LXTA 3F0IA 3PGTA 4N10A 3DIEA 3RHBA 1ZOFA 1XPVA 3F6FA 4PQIA 1OVNA 5GSTA 1K0CA 1QMVA 1DE2A 3E9JB 2RM6A 2LJRA 4LMVA 2PU9C 4MPGA 1PX7A 3ZIJA 2HYXA 2A2RA 2F8FA 2JZSA 2HZEA 4IP6A 2GTUA 1ST9A 2OACA 4HQZA 2FUG2 1YZXA 4LL4B 4V2NA 1R4WA 1W4VA 1GTBA 3W8SA 1B48A 1ERVA 2K6VA 2CAIA 2MMNA 2YANA 4XHMA 1TKDB 3FRCA 2FWGA 5DALA 3IR4A 3L9VA 4I97A 4E8HA 1VRSD 2O87A 3TOTA 2QC7A 3HHVA 4GQFA 2HZEB 1B4QA 3RHCA 3P90A 4BL7A 3I9V2 1V9WA 2REMA 3EVIA 3D5JA 1TI1A 2YZHA 4TKYA 3KJYA 3L4NA 5HR3A 2I81A 3HKRA 1V40A 3IXRA 3GMFA 3W8JA 1ZYQB 4JR4A 5CRGA 3H93A 2EIOA 2ZUPA 1DBYA 1YEPA 1A0FA 2B7JA 4RI6A 1R26A 3A5WA 4L5OA 3VWVA 1T00A 1A8LA 4ML1A 4KB3A 1EGRA 1SKRB 4Q5NA 5CRWA 4YQUA 5DJMA 5ECHB 2N5BA 2YWNA 4V1Ap 1GH2A 1OKTA 3BD2A 3C71A 3KIJA 2DC5A 1TU8A 5J3RA 5DQYA 3LQ7A 3DRNA 2IIYA 4G9HA 5F8BA 4GRFA 1GSYA 2VO4A 1FB6A 4KSOA 4DSQA 22GSA 1SYRA 3TKSE 3W6GA 2KP1A 2DJ3A 4D73B 4GXZA 1TOFA 4O92A 1U3IA 6GSVA 2YZUA 4KDUA 5DBQA 3WD6A 1Q4JA 5ECRB 2K8VA 2D2ZA 3N9JA 4XS1A 3FY7A 1EV4A 3PINA 4MPFA 4ZB9A 3UBLA 2FHEA 4Q5FA 1J0FA 5G5EA 4TVEA 2NDOA 3C73A 2KHPA 4XTSA 1ABAA 2H72A 5IMAA 2AV4A 17GSA 4X0XA 4K6XA 1MDKA 5JWRB 4ECBA 4HQSA 1WJKA 1ML6A 5HFKA 1J9BA 1V58A 2DMLA 1OC8A 1AAZA 3TUEA 4XS4A 5ECOB 3VWUA 1XW9A 5ECMB 1SK1A 4WR4A 1M0UA 1PA3A 3ZMLA 3E3EA 3FZ4A 2H73A 4MJBA 4WBRD 4V2LA 2IPAA 4AJ6A 1AQWA 1I5GA 2LNTA 4L0WA 3BOAA 1X9WB 1CQGA 2VOCA 1MEKA 5AGYA 1GTUA 1R5AA 1F2EA 2H6YA 4QL9A 3ZVJD 4XS4B 3MNGA 3IBHA 3CTFA 3LFLA 6GSXA 4FYUA 1MD3A 1TRWA 4ZILA 1WOUA 2V6OA 3HA9A 3GN3A 4RQXA 1XOAA 3EE2A 3ZL5A 5CREA 5FHIA 4HOJA 3KP9A 4EC0A 4MABA 2HRNA 3RBTA 4AF2A 3F4RA 4GWRA 1GUHA 4EE0A 1YQ1A 1X9SB 5CYYA 4K2DA 2P5RA 3FZAA 4JZQA 1FB0A 1WWJA 1XWCA 3GFKA 3FZ9A 2VAFA 5IQYA 3OR5A 6GSUA 1WP0A 1B9XC 4NWYA 2MZCA 5IO0A 3I69A 4YQVA 1T4ZA 2C3QA 4FH8A 4P3YB 1TK5B 2PGTA 2B5EA 3IAM2 2R2JA 3TKPA 2H0GA 1AXDA 3UOMA 3L9UA 2JL4A 3EURA 1RQMA 4LLRA 4MK3A 1GUKA 1THXA 1HNAA 1EWXA 3C1SA 1ZCPA 3D4MA 1S3AA 3V1WA 5JCGA 4KCEA 1GWCA 2VCTA 2PMTA 2HRFA 3SWLA 1XFLA 2H1GA 2WB9A 1M2BA 3QCPA 1U88A 3NZNA 4HS1A 2B5XA 4EUYA 3BJ5A 2B6MA 2R6KA 3D0ZA 3MWHA 1K3LA 2YCDA 3L78A 3KH7A 2QGVA 3M9KA 4DVCA 1K0DA 1PMTA 3TKRA 5L71A 1URMA 4EXJA 3LORA 1K0NA 4MJAA 5ECPB 3GNJA 5KN2A 2OE0A 5ECLB 4IVFA 5AIXA 2LS5A 3FW2A 5ID2A 2I9HA 2VUPA 1SL1B 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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