4AJ8A

Crystallographic structure of thioredoxin from litopenaeus vannamei (partially reduced).
Total Genus 35
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
35
sequence length
105
structure length
104
Chain Sequence
MVYQVKDQEDFTKQLNEAGNKLVVIDFYATWCGPCKMIAPKLEELSQSMSDVVFLKVDVDECEDIAQDNQIACPTFLFMKNGQKLDSLSGANYDKLLELVEKNK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Expression, Purification, Crystallization and X-Ray Crystallographic Studies of Different Redox States of the Active Site of Thioredoxin 1 from the Whiteleg Shrimp Litopenaeus Vannamei
pubmed doi rcsb
molecule keywords THIOREDOXIN
molecule tags Oxidoreductase
source organism Litopenaeus vannamei
total genus 35
structure length 104
sequence length 105
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.8.1.9: Thioredoxin-disulfide reductase.
pdb deposition date 2012-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4aj8A00
3GNJA 1Y25A 5DJLA 3PINA 1YY7A 5D96A 5JCWA 2H0IA 1EGRA 2XBQA 4EVMA 3LQ7A 2VLVA 1BYEA 2VO4A 3IAM2 4KCAA 1PRXA 3TB2A 2DJ2A 2FLSA 3GFKA 2H0GA 1PD21 4GCIA 1MDKA 1R7HA 1WMJA 3KMNA 2GDRA 1TP9A 2JSYA 2GSRA 3HKRA 4F0CA 1USBA 1S3AA 2DC5A 3KIJA 5B6NA 4KSOA 3TJBA 3BJ5A 2C0GA 3BOAA 1PX6A 4V2NA 2FGXA 4BWSA 4ZB6A 1OC3A 2XPDA 3ZYWA 3TUEA 4IQAA 3LYPA 3M9KA 5JWRB 4YQUA 2PU9C 5J9CA 11GSA 5D9TA 1T1VA 5GAND 4KW6A 2YZHA 3G9BA 1QK8A 3G7JA 2PWJA 4ZILA 4E8HA 6GSVA 3FY7A 5DAKA 1MTCA 2FWFA 3TOTA 5CYYA 2AAWA 3HHVA 4D73B 1V98A 2L6DA 4MP4A 2V6KA 5ECOB 5G31A 3C8EA 1MDJA 4IN0A 3IC4A 1GULA 4HJ2A 5E4WA 6GSXA 3A3TA 2YV9A 3RHCA 2PN8A 2IMFA 1WRYA 2D2ZA 3H93A 3VK9A 1ZYQB 1J0FA 1FHEA 3ZLPA 5KEJA 2AJQB 1M9BA 4BWQA 2E7PA 1EEMA 2X8HA 3D22A 2H30A 1RW1A 4QL7A 4AJ8A 2IMKA 5EVOA 1XWGA 2FD3A 4IKHA 1ST9A 1MD4A 4HUAA 1HD2A 3KMOA 3ERFA 3VLNA 4K7NA 1EOGA 4YH2A 2C0EA 3P8WA 3M3MA 6GSTA 1YDKA 2N5FA 3UL3A 3FZ4A 2LQQA 1AQXA 1TRSA 4TVEA 4WR5A 3LGCA 1OE7A 1B4PA 3GL3A 1LU4A 2GT6A 4EO3A 1RQMA 1AXDA 4IP6A 3IV4A 1HYUA 1XOAA 1GNEA 4HOJA 4KUNA 4WXTA 4GLTA 3KM6A 3ZL5A 3HYPA 2O8VB 3GURA 3CBUA 1O6JA 4PQIA 2B7KA 4RI7A 2O85A 3CTFA 3GH9A 3G7YA 1X9SB 4XS6A 2TIRA 3HJMA 1WJKA 5D93A 6GSUA 4ECCA 3TKSC 3APSA 1JZRA 4PNFA 1A23A 2MBTA 3QFBC 5G30A 3KTLA 1QQ2A 1ZZYA 5D73A 3ISOA 3GUSA 3UMAA 2A2RA 4TN8A 1SU9A 2H1DA 1N2AA 2YJHA 1EGOA 1GL8A 4F9ZA 3DIEA 2VD1A 3FEUA 1SK2A 1PX7A 3I9V2 2XPEA 4TR1A 1I9DA 3WT1A 2VL2A 3C1RA 3MSZA 4YAVA 4QQ7A 3GL5A 4I97A 4EKZA 1UN2A 2MYGA 2E2MA 3HD5A 2YCDA 5DVBA 4XS4B 4ZBBA 7GSSA 3FZ5A 1ERWA 4IJ3A 2DJ3A 1FG4A 5HFGA 10GSA 1YKCA 5ELAA 4OCEA 3QR6A 4GQFA 3GKKA 3L9SA 5C04A 1Q4JA 2PGTA 4PGTA 1DE1A 1TK0B 2E0QA 2GVPA 4FIWA 1TRUA 2YWMA 1K3OA 1K3YA 4CDOA 1DUGA 2A2SA 4DSSA 3LXZA 1YEXA 4K0GA 1SJIA 1SD9A 1BAYA 2GQLA 2YPMA 1LJRA 1H4OA 2ON7A 4POLA 3DMLA 3K8NA 2QKEA 5ECKB 5IM9A 1O8XA 4TXOA 2OE1A 4HEA2 1XPVA 3D21A 3I69A 3N5OA 1A2MA 1NSWA 1WWJA 2MBSA 2B5XA 2J23A 2NVLA 5G5EA 5JWOB 1EP7A 4KAEA 22GSA 2LEGA 4EE0A 4MCUA 1R26A 3ZZXA 4OO5A 1GSUA 1AQVA 2AUVA 1CQHA 4JEDA 2FUG2 2LJAA 3UARA 2JL4A 2CA8A 3FR9A 4AJ7A 1B4QA 3WGDA 4N30A 4MJAA 3O3TA 4G19A 3EC3A 5DAKB 4P3YB 3C1SA 4OCFA 3I43A 4RQRA 2J9HA 3VI7A 1LBKA 2JACA 1F37A 3FZAA 2H66A 4K2DA 4Q5NA 3UBKA 1ON4A 1XFLA 1W4VA 5IQYA 1A0FA 2JZTA 2AHEA 4K7IA 3US3A 4F0BA 1T4YA 2IFQA 18GSA 3FKFA 5B6MA 1FB0A 1M9AA 2IMDA 2P31A 4HQSA 4L5OA 3HA9A 2L57A 2DJ1A 3IA1A 1PGTA 2C1YA 4MPFA 3KTBA 3CTGA 2QC7A 4MA9A 1RK4A 3EINA 1V57A 3P90A 2V6OA 2H1AA 4DSQA 1Z6MA 1KNGA 2JU5A 3F4RA 4TW5A 2KLXA 9GSSA 3SBCA 1C72A 4WF4A 4ZBAA 4GSSA 2E2GA 3RBTA 1NHOA 1GTBA 3TRPA 4MJEA 1X9WB 4MMMA 2LRCA 3BCKA 4L5LA 3Q18A 2YN1A 3ZIVA 3KH7A 3DGQA 3QOUA 1YJ6A 1AW9A 1URMA 2O89A 1U6TA 1ABAA 3KP9A 4X43A 3VWWA 4NMUA 1TU7A 3PGTA 2GSSA 5GAPD 5AISA 4E8EA 1WOUA 3QD9A 2K8VA 2B5YA 3HCZA 3HXSA 4HS1A 2P0GA 1OKDA 2IJYA 4X0XA 5AN1A 4XS1A 5G1KA 1MEKA 2H70A 1PQNA 1JFUA 1KTEA 1GUKA 1OC9B 4KB3A 5HR1A 4BA7A 3DEXA 4GXZA 1TTZA 3QFAC 3EE2A 3CMIA 4IELA 5D8IA 2HE3A 3UJ1A 2OJLA 3ZIJA 3G7IA 4ML1A 4TR1B 4MJBA 2F3MA 1G6WA 2VOCA 1GSFA 1S3DA 1OE8A 1F3BA 1G0TA 3TOUA 2QGVA 1U3IA 1UC7A 2CX4A 3SWLA 2AB6A 3TCOA 3TJJA 5L71A 1QFNA 1VGLA 1M0UA 2OADA 4O32A 2L5OA 2LRTA 2CV4A 2HSHA 3ZITA 4O7HA 2YZUA 1QGVA 1EV4A 5CAXA 5IOWA 1O7UA 2BJXA 3GA4A 3WD6A 4BVXA 3J7Yk 4GSTA 3BD2A 3KJYA 1T3BA 5FWGA 3UAPA 3ZVJD 2M80A 2WS2A 1EEJA 14GSA 2FHEA 2WJUA 4AGSA 5JCGA 2IPAA 2OBIA 1AAZA 4KNDA 3GKXA 4OO4A 1B9XC 4PQHA 3FZ9A 3TKSE 4ML6A 3C73A 1YF1A 3FR6A 2DMMA 2H8LA 1SD8A 1TXXA 5CP1A 5IMAA 2X8GA 2I4AA 2H76A 3RDWA 3W8JA 5IMVA 1K0MA 1THXA 1TK8B 4MPGA 4KDYA 1HNBA 1O81A 4V1Ag 6GSWA 2H0HA 4ECJA 4POKA 3R2QA 1SL1B 1F9MA 2B6MA 1GUHA 2H74A 3HVXA 5CNWA 3QDNA 1GSEA 1U88A 5CRGA 4XRDA 4AJ6A 3LFLA 1F3AA 2LKUA 3APQA 4KGIA 1SJZA 1V9WA 3OR5A 5DALB 5EY6A 1T7PB 1GLQA 1TW9A 4G10A 1EOHA 1A2JA 5D9VA 3RHBA 2H75A 3L0HA 1XWBA 4MF6A 1HQOA 2LS5A 2R2JA 3ZRDA 19GSA 3LG6A 2GGTA 3IPZA 4JR4A 5DQSA 1HNCA 2CVBA 1A0RP 1X5DA 1GSSA 2O87A 3LEFA 3D5JA 1U3AA 2VAFA 1H75A 1VF2A 4EF0A 5ECHB 1O8WA 3EYTA 2KP2A 5B8AA 4HJMA 1ZGNA 2LNTA 4KSMA 2RM6A 4V1Ap 1Z9HA 1V2AA 4XIHA 1TKDB 1M2DA 1NHYA 5JWQB 4I8BA 3QPMA 4LMVA 1QXHA 2RUFA 2YP6A 2CVDA 2MMOA 1ZMAA 3KH9A 5CRDA 3IXRA 2HLSA 2R6KA 2HT9A 3EWLA 2L6CA 2KHPA 4FH8A 3RPPA 4L8EA 2N5AA 4AF2A 1K0OA 3ED3A 4PUAA 1YZXA 3HY2A 1PL1A 4JR6A 5G1LA 3VPQA 13GSA 1Z7PA 2LV3A 2CZ3A 1PA3A 5IOXA 3M1GA 1K3LA 2CVKA 3VWVA 1V40A 3L9UA 2JZSA 1X5CA 2CX3A 4IHUA 5CREA 1GSDA 1F6MC 3FRCA 1XW6A 1JLVA 1YQ1A 1E6BA 2GQKA 3UIWA 2GSQA 1TK5B 2IN3A 5ID2B 1TI1A 5ECLB 3QAWA 2CQ9A 5IIZA 2AYTA 4YQVA 4G2EA 4MZWA 2YWIA 1X5EA 4ZIJA 2DMLA 5J3RA 3IHQA 1XW5A 1IYIA 5HR2A 3FYGA 3NZNA 4ZB8A 4F2IA 3GTUB 3DRNA 2CT6A 2HI7A 3TGZA 5J5NA 1TOFA 1WPIA 1A2LA 17GSA 3DYRA 3EMPA 3E0UA 5F0GA 3RPNA 2VCTA 4TR3A 2LTKA 1DSBA 1YF0A 2PVQA 4KA0A 1J08A 2EIRA 3ME8A 2DJJA 2HZEA 3ZMLA 4BVYA 3F6DA 3F8UA 4OFNA 4ZBDA 2IMEA 3BCIA 1OKTA 1T8EB 4ZL8A 4V2MA 2H01A 1EWXA 3HZ8A 2DIYA 2VCVA 1DBYA 3KCMA 5EPFA 2IWTA 4IBPA 1O73A 1XCCA 3H8QA 2FA4A 2JSZA 4IS0A 2BMXA 3DVXA 4L0UA 2F8FA 4BPYA 1PSQA 3H79A 1SL0B 3A5WA 4NHZA 4WF5A 4NHWA 2C3TA 3HVVA 4JZQA 1B8XA 3GSSA 2H71A 3IRAA 3APOA 3EU4A 4HU7A 4WETA 1EV9A 1Z7RA 4EXJA 3DD3A 4TOPA 4POBA 2OE3A 1PMTA 3V1WA 5LCZA 5A4UA 5F06A 1W89A 1FB6A 1M7TA 1Y6EA 1GTAA 4RQXA 5H5QA 1KBNA 5ECIB 2REMA 4D73A 1Z5YE 2VL3A 5DCGA 1UVZA 3LWAA 1VRSD 3M9JA 4TR4A 3C7MA 2X64A 2K9FA 4LLRA 3IR4A 4DSRA 2C4JA 4N11A 5ECSA 5KN0A 3F6FA 2AV4A 3ERWA 2C80A 3TKSA 4GRFA 4MABA 1O85A 3A2XA 4PX1A 3GRXA 3M8NA 1G6YA 4JU5A 4FYCA 2EC4A 3CRTA 2VM1A 3HJOA 1TDIA 4DVCA 1J9BA 2L4QA 2VLUA 4K6XA 3FHKA 2YOIA 5LNKe 2GT5A 5ECNB 2GS3A 3GYKA 1MD3A 5F8BA 4YAPA 2HYXA 4Q5FA 3H4KA 2PUKC 3W8SA 2EIQA 2LNSA 1AQWA 3BBYA 2ON5A 2GLRA 2FY6A 2C3NA 2L4CA 3GMFA 4RI6A 3DKSA 4FO5A 5HR0A 4K8MA 3P2AA 1Z6NA 3CSIA 2B1KA 3ZMKA 2I1UA 1FAAA 5F05A 2C0FA 5DJMA 5D9WA 5G2ZA 3NOFA 3D4TA 3C71A 3IK9A 4IVFA 5D9XA 5DQYA 1JZOA 2MMNA 4GTUA 2L59A 2MMAA 1E2YA 3FW2A 2DJ0A 3W6GA 3A2VA 2VCXA 2ZUPA 2GZZA 3Q19A 3UVHA 2H1GA 2G0FA 2GZPA 2OE0A 5INYA 1ZCPA 1V58A 2V1MA 1NM3A 3VI5A 3ZREA 2YANA 2YNXA 1XW9A 4XCSA 1GTUA 1XZOA 5HFKA 1A8LA 3WGEA 5GSTA 5HQPA 3E3EA 2VCQA 1BG5A 5EL8A 1GNWA 4XS4A 1XWKA 4ACSA 4KE3A 6GSYA 2X8CA 4LL4B 2XC2A 1BQ7A 1SYRA 2GZYA 5ECPB 4DSSB 4MF5A 2DIZA 1ILOA 3Q74A 5A4WA 1BX9A 4GSNA 4F03A 3KEBA 3HJPA 4MLYA 1SK0A 4TXOB 1K0CA 2HXKA 4HI7A 2IMIA 2TRXA 4GWRA 4QL9A 1CQGA 1K0NA 2P5QA 3D4MA 3D6IA 5ECMB 3P7XA 1K0DA 4YQMA 1N8JA 5ECQB 1M99A 2WGRA 3IBHA 2F8AA 4JBBA 5E59A 5ECRB 5HFIA 1T4ZA 2FWGA 3DVWA 4JRRA 4XTSA 2VL2C 2DJKA 5ABRA 1Q98A 2WB9A 1AC1A 3EMXA 2NDOA 3AY8A 2I81A 2C3QA 5DDLA 1UA5A 1GSQA 12GSA 1A8YA 3F0IA 1SKRB 4MJCA 2VIMA 3O76A 3VURA 2ALBA 3MAKA 2B7JA 5HR3A 3TRQA 1GRXA 1SK1A 2FA8A 3O6TA 4MZCA 3J7Yb 3GN3A 2K18A 3CYNA 3F9UA 2H6XA 2NBSA 4IJIA 1MDIA 1FVJA 1IYHA 2CZ2A 1GUMA 2IFQB 4H86A 4HDEA 2B3SA 3L4NA 2KOKA 4PXOA 1TJDA 2B1LA 4K0NA 4Z7XA 4PUFC 4WKWA 1B48A 2JADA 1QUWA 4PQ1A 2GTUA 1SYXA 5DCHA 5JCUA 1FO5A 4OFTA 4GQCA 2FWEA 4L0WA 4K7OA 5C00A 4LL1B 5J9BA 4EDZA 1WP0A 1YEPA 1B9YC 4CHSA 2WRTA 2YWOA 3HDCA 1NW2A 4EL1A 3TKPA 2LJKA 2NTOA 4ISDA 5IMFA 3VPTA 3EVIA 1OVNA 2WULA 3IK7A 4GF0A 2V32A 1XWCA 4OD7A 3UEMA 4MK3A 3EURA 2P5RA 3S9FA 4HU9A 1FOVA 4PNGA 2R3XA 1JZWA 4K9ZA 4JE1A 2O7KA 3ZFLA 2V2GA 3UVTA 2PMTA 2R37A 16GSA 4LMWA 4POMA 5AGYA 1XOBA 3QAGA 2HZFA 2VUPA 1XBSA 3KP8A 1OC8A 1SL2B 4XRAA 3TJGA 1ZYEA 2VL9A 4HZ2A 2RIIA 4HQZA 4MDCA 4BL7A 1G7OA 2G2QA 3TKRA 1TRVA 2QSIA 5AIVA 3GSTA 5J4UA 3GX0A 1TI3A 3JCML 2R5GA 3H1NA 1XIYA 2TRCP 3LJRA 5G5FA 4I2TA 2LSTA 3TKQA 4PURA 1ZOFA 1WIKA 3CRUA 3LSZA 4FYUA 3EU3A 4TXVA 2PERA 2H1BA 4FYBA 1EZKA 1EP8A 4J57E 3F3RA 2VD0A 1TRWA 3PH9A 5KN3A 4KDXA 2B5EA 1I5GA 1K0BA 2DLXA 4OMVA 3E9JB 2OACA 3M0FA 1R5PA 5IMCA 3U6VA 1OC9A 4KH7A 1JZDA 1XXUA 3LORA 2F9SA 2NPBA 3KZQA 1QMVA 3MNGA 3Q6OA 3TRXA 2M46A 3F4SA 3F4TA 4KX4A 1BEDA 2I9HA 3TDGA 4ZB9A 1PN9A 4TRXA 1T00A 1K0AA 2FWHA 8GSSA 3TJKA 1XVQA 1ML6A 3F63A 4K1FA 3ZFBA 5FT3A 1X0RA 3GV1A 3L78A 3VWUA 2L5LA 2KUCA 4ZXGA 1M2AA 3LYKA 2H6YA 2CAIA 2LRNA 3MWHA 1GH2A 3ZVJA 3VWXA 2WDUA 4MH2A 2FNOA 1X9MB 4ULXA 1R5AA 1M2BA 2N5BA 4WBRD 3ZTLA 1AIUA 1PKWA 2ES7A 5CO3A 3A2WA 4J2FA 1VF4A 4X1UA 1ERTA 3I6AA 4O92A 4MF7A 5AIXA 1JHBA 2RM5A 4WEYA 2F51A 1GSYA 2HFDA 2LQOA 4IGJA 5IMZA 3WT2A 1A24A 2BTOT 1Z3EA 2VCWA 5A5KA 1HNAA 3LXTA 1R4WA 4Q5RA 5ENUA 2GQMA 1VF3A 2VLTA 5DBQA 3IDVA 2PPTA 4NAXA 3HVSA 5CRWA 3ME7A 3KXOA 4WBJA 4ID0A 2ZNMA 1FW1A 5ELGA 4EUYA 2EIOA 4I5QA 4WR4A 2WFCA 4N0VA 2K8SA 1GWCA 1S3CA 1G7EA 2DBCA 4OFMA 3IAS2 1AUCA 1SENA 2Z9SA 2ZCTA 3GHAA 3QCPA 4J56E 3WYWA 2YJ7A 1SKWB 1GP1A 4NV5A 4RUVA 4F82A 4OWYA 5KN1A 4DEJA 5GSSA 5F07A 6GSSA 3KGKA 20GSA 3CSJA 2YWNA 2YV7A 1JLWA 2IL3A 2LJRA 5COHA 4TR0A 2IIYA 1YKAA 1VF1A 3GKMA 5B7CA 2MMZA 5B8BA 5DALA 2OKAA 1FVKA 3PR8A 1GTIA 2PBJA 3TJFA 3CXGA 1XWAA 5IMDA 3N9JA 2DSAA 5H5SA 3HZ4A 3CSHA 5GZZB 2XBIA 4N0ZA 3U5RE 4ZL9A 2LUSA 4LA1A 4KCEA 1KEBA 5IO2A 1DE2A 1OYJA 1OAZA 4NV2A 2GSTA 2HSYA 2VM2A 4ECIA 1F2EA 5CRHA 4MH3A 3DWVA 2KP1A 3IOSA 2H6ZA 2RLIA 3DXBA 4O5RA 4NPBA 3ERGA 5LD0A 5IO0A 3D0ZA 2FCHA 4ECBA 5IPGA 3KD0A 2VCZA 2WCIA 2H73A 5IPHA 4IP1A 2A4VA 2HRFA 5H5RA 2H19A 2R4VA 4MZBA 4I6XA 2MZCA 2C8UA 2H72A 4Q5QA 1GLPA 5FHIA 2PVOC 3QMXA 1THOA 1SJ6A 2WZ9A 3QAVA 1ERUA 1U87A 2OA7A 4IW9A 1PL2A 4ZL7A 4XHMA 3UOMA 2HRNA 2JZRA 3FK8A 3MDKA 3GH6A 1ERVA 3RAZA 1BJXA 1XVWA 3FR3A 1PKZA 2X99A 2K6VA 4G9HA 3VFIA 1SKSB 3GX8A 5KN2A 3NIVA 4IQ1A 1ACVA 2C0DA 2RUEA 2OBKA 4NWYA 4ILFA 4N10A 5ID2A 5J41A 2HNLA 4EC0A 2M72A 2V41A 3L9VA 3UBLA 1WE0A 3GIXA 3IE3A 2I3YA 4I2UA 4V2LA 4HZ4A 4NXIA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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