4CDOA

Crystal structure of pqbp1 bound to spliceosomal u5-15kd
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
171
structure length
150
Chain Sequence
MLPHLHNGWQVDQAILSEEDRVVVIRFGHDWDPTCMKMDEVLYSIAEKVKNFAVIYLVDITEVPDFNKMYELYDPCTVMFFFRNKHIMIDLGTGNNNKINWAMEDKQEMVDIIETVYRGARKGRGLVVSPKDYSPYPSPGAVLRANAEAS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mutations in the Pqbp1 Gene Prevent its Interaction with the Spliceosomal Protein U5-15Kd.
pubmed doi rcsb
molecule tags Cell cycle
source organism Homo sapiens
molecule keywords THIOREDOXIN-LIKE PROTEIN 4A, POLYGLUTAMINE-BINDING PROTEIN
total genus 47
structure length 150
sequence length 171
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02966 DIM1 Mitosis protein DIM1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4cdoA00
4KSOA 5CREA 5ECQB 5J9BA 2H1GA 2KOKA 5CRGA 3IHQA 1CQGA 2FHEA 3DGQA 1U6TA 1OKTA 2WGRA 1Z6MA 2DJ2A 2B7KA 1VF3A 3KH7A 2H74A 3C7MA 3IR4A 4LL4B 2DIZA 2MBTA 5H5RA 4IBPA 5IO0A 1N8JA 5AIXA 5ID2B 1QMVA 5IMCA 5JWRB 3C1SA 4TXOB 2DJ0A 2L4QA 5DALB 5ELGA 3LG6A 3Q18A 1B4PA 5ECMB 4MJEA 2EIQA 2H73A 2NPBA 3G7IA 1TW9A 1K0MA 1A0FA 2H66A 1XWCA 2E2GA 2DJJA 2ZCTA 3DYRA 2IMIA 1PX6A 2P5RA 4YAPA 3ERGA 4PNGA 4IKHA 4L0WA 4KDYA 5B8BA 1F3AA 2YJ7A 2EIOA 1AQXA 4Z7XA 3UAPA 1YZXA 4D73B 3LORA 1GSEA 3A5WA 1O73A 4NV2A 3G7JA 1ZYEA 3HZ8A 4ZB6A 2AYTA 2OACA 1WP0A 4P3YB 2LKUA 2WZ9A 1K0OA 4BVYA 2VOCA 2OKAA 1NM3A 4EDZA 1ERWA 3GL5A 3N9JA 2VCZA 3VPQA 1ERUA 2Z9SA 3UEMA 4ECJA 2LEGA 4CHSA 7GSSA 1Z5YE 1XFLA 4NV5A 1SJZA 3UBKA 1PN9A 3ZIVA 3KMNA 1FOVA 4MPFA 2HSHA 3HDCA 1TRSA 4IP6A 4QQ7A 1OVNA 4G19A 1XCCA 2PPTA 4L5OA 1SK2A 1XWAA 22GSA 4IP1A 4N10A 1QQ2A 3D6IA 2AJQB 4DEJA 1G7OA 2YJHA 3L9UA 2H6YA 5KN2A 4X0XA 4ULXA 2WULA 2QC7A 3ZZXA 4GQCA 4YH2A 4EC0A 2MMNA 4BWQA 1MDIA 1GSSA 5KN3A 3F0IA 1I5GA 1T7PB 3UARA 4JZQA 2YN1A 3EU4A 5KN0A 4RUVA 2DBCA 3FRCA 3TKRA 3P7XA 3CSJA 1O7UA 4MMMA 5GSSA 5KEJA 1OC9B 3ZLPA 4ZL9A 2LJRA 8GSSA 1A23A 2GSSA 1TI1A 3P2AA 5EVOA 4I5QA 12GSA 3TRXA 5A5KA 5DJLA 3HZ4A 4MJAA 1XPVA 5LCZA 1XW9A 3LYPA 2I4AA 1YY7A 4K0GA 3GTUB 4Q5RA 3FR9A 2X8GA 1N2AA 1ZOFA 4DSSA 1TU7A 4GRFA 3SBCA 3GH9A 1F3BA 5A4UA 2I3YA 3DVWA 3OR5A 2L59A 2CA8A 5L71A 2PN8A 3CMIA 5IMFA 2GDRA 1GLQA 1OKDA 1G7EA 2GSTA 1TTZA 1HNAA 3APQA 5B8AA 2NVLA 3Q6OA 5H5SA 4OCEA 1O81A 1OE7A 2VUPA 2X99A 3FZ5A 2RM5A 13GSA 4AGSA 1E6BA 1HNCA 1RQMA 5ELAA 2IFQA 2B5EA 3GHAA 4TR1A 3CRTA 3HVSA 1Z6NA 1R5AA 3GYKA 4KDXA 3A3TA 2VCXA 1TK8B 3DKSA 1GRXA 2FGXA 2L6CA 3UOMA 1SK0A 1M9BA 3KJYA 3L9SA 3VK9A 4RQRA 16GSA 4NAXA 3KGKA 5J41A 3VLNA 5HFKA 3IOSA 1R26A 3FZAA 3GX0A 2KHPA 4EF0A 2LQOA 1Q4JA 4MJCA 5CNWA 1H4OA 1V57A 1SKWB 1SL2B 3GN3A 1PA3A 4F9ZA 3F3RA 1JZDA 2V41A 2H72A 2AAWA 4NPBA 5E4WA 1HQOA 3LQ7A 2PERA 3LXZA 4L5LA 1Y25A 1WIKA 4K7IA 2VCQA 2B6MA 10GSA 3GSTA 2I81A 1HYUA 2BJXA 2IN3A 4N0VA 1A8LA 5B6MA 1YEPA 1YDKA 2LNTA 4MDCA 2OJLA 3FHKA 6GSWA 2DIYA 3ME8A 4X43A 2RLIA 1KNGA 2LS5A 3D21A 1K0NA 4HZ4A 4LA1A 2ZNMA 2R6KA 4WEYA 3TGZA 3WGEA 3UJ1A 2J23A 1XVQA 4JE1A 5GSTA 3D22A 5DQSA 2I1UA 2B3SA 2F8AA 3ERWA 1X9MB 4F03A 4GF0A 2REMA 3HJOA 2L5LA 5JCUA 4HQZA 2H19A 4NWYA 2FA8A 1GSQA 4LMVA 2YCDA 2WFCA 4PQIA 2VL2A 4MZBA 2H0IA 1TXXA 4TOPA 4WR5A 2H01A 3WYWA 3VFIA 5DCHA 5AN1A 2E2MA 3EE2A 1DSBA 3IAM2 2P5QA 2VLVA 5ECOB 3VI5A 3CXGA 4KGIA 2H1AA 3UL3A 2JSZA 1V9WA 1TK5B 5J3RA 4KE3A 3KEBA 3VI7A 4NXIA 2V6KA 2RUEA 2C80A 1K3LA 1SJIA 2WDUA 4WBRD 2GGTA 3QFAC 2FWGA 3FYGA 19GSA 4OWYA 5DAKA 5ECSA 1KEBA 4MF6A 3DXBA 4V2MA 3EMXA 2B1LA 1A0RP 3GX8A 1XBSA 5ECHB 3H79A 4G9HA 1PRXA 3UIWA 3O6TA 4FO5A 1EWXA 2H76A 4F0BA 2XHFA 1F2EA 5EPFA 3P8WA 1U3IA 2HLSA 4XS4A 1GUHA 2IJYA 2R3XA 5DJMA 4JR4A 1NHOA 2DLXA 3FK8A 3DRNA 4FH8A 2YPMA 2VCVA 1UVZA 4KDUA 4AF2A 2C0FA 5J5NA 3U5RE 1EV4A 4IW9A 1PL1A 3FY7A 5CRWA 1PKWA 3G7YA 3RBTA 2R4VA 2GQLA 5ECPB 3VWVA 2R37A 4KNDA 3VPTA 2M72A 1R7HA 3QMXA 3ZTLA 3TKPA 3HHVA 5G30A 2MYGA 3SWLA 1DUGA 2GQKA 3GMFA 4WXTA 4EL1A 2A4VA 3GIXA 3M8NA 1XOBA 4J56E 1SYRA 4TRXA 5CRDA 5A4VA 1F37A 2ON7A 2H75A 1NHYA 1Z9HA 3WT1A 4I2TA 3TJJA 5F06A 4HU7A 1TI3A 2K9FA 2PUKC 1FB6A 3QR6A 5IIZA 4LMWA 5D9WA 1WRYA 1FW1A 3TKSE 3PH9A 1EGRA 3ZL5A 1SKRB 1GTUA 2BTOT 1V98A 3IPZA 5G1KA 1AIUA 5AIVA 1OE8A 2PBJA 1SYXA 4PX1A 3IV4A 1AAZA 3C73A 1WJKA 2L5OA 1XXUA 2KUCA 1PD21 2VD0A 2HRNA 4MH2A 2IL3A 1HNBA 2C4JA 4OFTA 4IS0A 4EVMA 1EV9A 1URMA 5IPGA 5FWGA 4GSSA 4POMA 2C8UA 4YQMA 3GURA 3GV1A 2YV7A 2QKEA 1T3BA 6GSSA 3VWXA 1JLVA 4HS1A 4WETA 1A2MA 2KLXA 2L6DA 2X8CA 3A2WA 2VM1A 2R2JA 3FW2A 1K0AA 3FZ9A 1GH2A 2CVKA 1FVJA 2JU5A 1T00A 1V58A 2GT6A 5JCWA 4ID0A 1MD3A 3D5JA 2OBIA 3KZQA 4BPYA 2VO4A 3L9VA 3KCMA 1B8XA 2WCIA 1VF2A 4N30A 5D96A 5HR0A 1TDIA 1GNEA 2O87A 1S3CA 5D9TA 4HZ2A 3RPNA 2EC4A 2OA7A 3KTBA 2JL4A 1PSQA 1A8YA 3GFKA 4ECBA 3TRQA 3VWWA 1FVKA 4ZIJA 1VGLA 1T1VA 2WJUA 2DJ1A 3HYPA 5D9VA 3KTLA 4WR4A 1JZOA 2K6VA 2XBQA 2CZ3A 3KP8A 1O85A 4NHWA 2M80A 1XWKA 2JSYA 4TR3A 3ZMLA 3L0HA 2RIIA 5ID2A 1SKSB 2N5AA 4TXOA 1YKAA 5DALA 4EO3A 5LNKe 3CYNA 3LXTA 3ZFBA 3EURA 2ES7A 4V2NA 5CO3A 4KH7A 1JHBA 3NOFA 4LL1B 5F8BA 1O8XA 1PX7A 3HCZA 4EUYA 2H1DA 4ISDA 4TW5A 3EVIA 1WE0A 3GUSA 4OFMA 4HDEA 4RI6A 2N5BA 3TB2A 2LTKA 2R5GA 2C3NA 4QL7A 1PGTA 1TOFA 3M0FA 4GCIA 3QAWA 2VCTA 4KW6A 4K7NA 1EEMA 3DD3A 4QL9A 1RK4A 1EP8A 4MH3A 4PUFC 5CYYA 4ACSA 5KN1A 1PKZA 2VLTA 4POBA 4RI7A 4JEDA 4BWSA 3UVTA 3LJRA 4ILFA 2O85A 3V1WA 3ZVJA 1SU9A 5CRHA 2AV4A 2M46A 1B9XC 4BA7A 4HOJA 4ZB9A 1MTCA 1M2BA 1Q98A 1A2LA 3DWVA 3VWUA 1V2AA 4GWRA 2FY6A 2G2QA 4WF4A 2LQQA 4GSNA 4KB3A 3RHBA 1ZL9A 3QOUA 2HYXA 1LU4A 4HUAA 5ENUA 3C8EA 1AQVA 3S9FA 3CSIA 1FB0A 5ECKB 4PGTA 3CSHA 4JBBA 5DQYA 3TKQA 1SD8A 4BL7A 1GULA 4XCSA 2ZUPA 2GZPA 1WPIA 2HZEA 1C72A 3ISOA 2DC5A 1FAAA 3TOUA 3MDKA 2KP1A 3L4NA 4XRDA 2LV3A 5G5EA 2PVQA 2VIMA 3APSA 1ILOA 4MK3A 2JZTA 1K3OA 5CAXA 2CQ9A 1AQWA 3JCML 1M7TA 1GTBA 2MBSA 2IMFA 1F6MC 3UMAA 1XVWA 2K8VA 5G1LA 2LRCA 3ZMKA 4KA0A 4IELA 3DEXA 2AUVA 1FG4A 3UVHA 4HU9A 5ECIB 1VF4A 4MCUA 3D0ZA 2VL3A 3EMPA 3GSSA 5D73A 1M2DA 2CX4A 3HD5A 1DE2A 2D2ZA 2YZUA 2H30A 1QGVA 3GKNA 1OC8A 5JCGA 2P31A 2FA4A 4ECCA 3MNGA 3WD6A 1TJDA 3TKSA 4PQHA 2YP6A 4Q5NA 2DMMA 4J57E 1GSYA 4O32A 3LGCA 1S3DA 2VL2C 1M9AA 2LUSA 1MD4A 4FIWA 2GZZA 2DSAA 2H0GA 3ZITA 1AW9A 4TR0A 4PQ1A 3F3QA 2TRXA 3HKRA 4ECIA 4WF5A 3WGDA 2CZ2A 1TRUA 1K0CA 1U3AA 3K8NA 2PGTA 1X5CA 3H8QA 4ZB8A 4ZL7A 4OFNA 2LNSA 3Q19A 4E8HA 4CW9A 4IQ1A 4J2FA 4L0UA 4TXVA 5IMDA 1J9BA 1BYEA 4G2EA 4O5RA 3KH9A 3TOTA 4MF7A 3FR3A 2VL9A 2C3TA 1XW6A 1A2JA 3KIJA 2EIRA 1MDKA 1GTAA 1J08A 3ZVJD 3C1RA 2HRFA 4PURA 4V1Ap 4EKZA 3LFLA 3FZ4A 3O3TA 4MA9A 1GSUA 3FEUA 3PGTA 1EZKA 3HXSA 4XS6A 2B1KA 2OE0A 1G0TA 1TKDB 2V1MA 1V40A 2PWJA 2IIYA 2TIRA 1X9WB 1H75A 1BEDA 2IMDA 1GUMA 1GNWA 1K0BA 2X64A 1MDJA 3BBYA 4NHZA 4O92A 2XPDA 5H5QA 4MP4A 3CTGA 1VRSD 5DCGA 1IYHA 5IM9A 2O8VB 2A2RA 3IDVA 4Q5QA 1BJXA 1Z7RA 4K7OA 2V32A 2I9HA 5EL8A 3UBLA 3QDNA 5FHIA 3DVXA 2HZFA 1FO5A 1GSFA 1T4ZA 1T8EB 2E7PA 2HI7A 4AJ8A 5JWQB 3O76A 1K0DA 1DE1A 2H70A 2NDOA 1J0FA 2YOIA 2JADA 5DDLA 3IC4A 3I6AA 1DBYA 2WB9A 3TCOA 2RM6A 2GSQA 4OMVA 3H1NA 4XIHA 3HJMA 4IJ3A 5ECRB 4AJ7A 2CT6A 3TUEA 2FWEA 3RHCA 4O7HA 1E2YA 2FUG2 3F4RA 1OYJA 5HQPA 4KCEA 3IK7A 2YV9A 3C71A 3CTFA 1OAZA 4HQSA 3A2XA 4PUAA 3I9V2 1ST9A 4K8MA 1GUKA 1Z7PA 2NBSA 4ZILA 2NTOA 4I2UA 3M3MA 3QFBC 2CVBA 5LD0A 1GL8A 5IO2A 5ECLB 4GXZA 5IPHA 2WS2A 3D4TA 4FYUA 1O6JA 5D93A 4ML6A 4ZBDA 1W4VA 3TJFA 2HE3A 2QSIA 4HJ2A 4CDOA 1EOHA 4G10A 1SL1B 2PU9C 3M1GA 4HJMA 4TN8A 4PNFA 3J7Yk 3KM6A 17GSA 4WBJA 4BVXA 2P0GA 2YWOA 2VM2A 1XWGA 3W6GA 2HT9A 3CBUA 3E3EA 3GA4A 5DBQA 4IGJA 3F9UA 2H8LA 5E59A 5COHA 2HFDA 3DMLA 5ECNB 1AUCA 2V2GA 1WMJA 3W8SA 4XS1A 3ERFA 5C00A 3KXOA 1MEKA 1BX9A 5IMAA 1CQHA 5ABRA 2PVOC 1X5EA 4KSMA 1PMTA 4YAVA 1SD9A 2GVPA 3I69A 2JACA 3E0UA 1WOUA 3GH6A 2L4CA 5DVBA 3LSZA 3GNJA 1W89A 3Q74A 3L78A 3ZIJA 1QXHA 1BAYA 2F8FA 3BJ5A 4N0ZA 3F8UA 3ZRDA 4OD7A 1X0RA 4KX4A 1GLPA 1M2AA 2XC2A 1XZOA 1SK1A 5IQYA 6GSXA 5GAND 4K9ZA 4ZBAA 5G5FA 5HFIA 3WT2A 1HD2A 2XPEA 1XW5A 2G0FA 3EU3A 4HEA2 2E0QA 1YQ1A 2C0EA 1GSDA 4GLTA 4L8EA 2LSTA 4IN0A 3NZNA 3AY8A 1TK0B 4DSSB 2MZCA 4NMUA 1ABAA 2J9HA 4TVEA 2IMKA 1THOA 1SL0B 2X8HA 1OC3A 1VF1A 9GSSA 3M9JA 6GSUA 2H6XA 4DVCA 3TDGA 2HXKA 6GSVA 3IRAA 4TKYA 4XHMA 2AHEA 4XTSA 1GTIA 5B7CA 1WWJA 1AC1A 1TRWA 2BMXA 1JFUA 1THXA 3HVVA 1QFNA 4Q5FA 2IMEA 4KUNA 2KP2A 2MMZA 3F6DA 2GS3A 1KTEA 4E8EA 2HZEB 3IK9A 3P90A 1EP7A 3IE3A 3ME7A 2IFQB 5GZZB 3KD0A 4I97A 1GP1A 4D73A 4K1FA 4TR1B 3HY2A 2WRTA 1AXDA 11GSA 1S3AA 3RDWA 2H1BA 4ZL8A 4MLYA 2PMTA 3ZYWA 4EDYA 3A2VA 2XBIA 1U87A 3G9BA 4EXJA 1ZMAA 4F82A 2K8SA 2FWFA 5HR2A 2YWIA 1YEXA 2OE1A 2IPAA 1BG5A 2C1YA 3APOA 3IXRA 3TJGA 2C0DA 1UC7A 3RAZA 1ON4A 1M99A 20GSA 4PXOA 2GSRA 4MF5A 1LJRA 5G2ZA 6GSTA 1O8WA 5IOWA 3D4MA 3VURA 1TP9A 1G6WA 1ACVA 2QGVA 3HA9A 4GSTA 4I6XA 1ZGNA 3TRPA 3GRXA 3QAVA 5GAPD 1ZYQB 1IYIA 1ZZYA 4DSRA 3IAS2 4YQUA 3HVXA 3H4KA 3QD9A 2CX3A 3FKFA 2H0HA 1PL2A 2GT5A 1SJ6A 3FR6A 3MSZA 2VCWA 2F9SA 3TJBA 2CV4A 4EE0A 3J7Yb 4JRRA 3TKSC 2HSYA 2VAFA 4OO5A 3LYKA 3EINA 2LRNA 5EY6A 1OC9A 2N5FA 3ZREA 3BD2A 3H93A 4X1UA 1USBA 14GSA 3GKMA 2F51A 3R2QA 3N5OA 1JZRA 2V6OA 3ED3A 1QUWA 3WGXA 2LJAA 2O89A 3US3A 2IWTA 2B7JA 4HI7A 1QK8A 4GTUA 2GTUA 4H86A 3GTUA 1GWCA 4FYBA 3KP9A 4IVFA 2B5YA 2JZRA 1PQNA 3PR8A 1LBKA 2F3MA 5IMZA 3EC3A 3EWLA 3F4SA 6GSYA 3GKXA 1KBNA 1Z3EA 5IOXA 4MPGA 2JZSA 2DJ3A 3IBHA 4GQFA 1M0UA 3NIVA 3RPPA 1EEJA 5B6NA 2VD1A 4RQXA 1RW1A 2YWNA 2DMLA 3QCPA 2GLRA 2OBKA 4V2LA 1JZWA 4IQAA 5C04A 1YJ6A 3MAKA 3GL3A 4TR4A 5DAKB 1B9YC 4IHUA 1FHEA 1B48A 4POLA 2FD3A 2HNLA 1EOGA 2CVDA 4DSQA 4XS4B 3E9JB 5HFGA 1YF0A 5G31A 3MWHA 1EGOA 3W8JA 2YANA 4KAEA 2FNOA 3QPMA 4V1Ag 2MMAA 1G6YA 4YQVA 2ALBA 5AISA 1NSWA 1K3YA 3KMOA 1XWBA 2YZHA 2A2SA 3F4TA 4JR6A 4XRAA 4AJ6A 2ON5A 5CP1A 5D8IA 5AGYA 4IJIA 2C0GA 1YKCA 5INYA 3CRUA 4F2IA 5J9CA 5IMVA 4F0CA 2FLSA 1R5PA 4ZXGA 2O7KA 1TRVA 2C3QA 2MMOA 3F6FA 3QAGA 3PINA 4K2DA 4K0NA 5F0GA 2CAQA 1NW2A 3BOAA 5D9XA 1BQ7A 3I43A 1Y6EA 1ML6A 3GKKA 2H71A 1UA5A 1U88A 1YF1A 2VLUA 2GZYA 2GQMA 1A24A 1R4WA 1T4YA 1SENA 4OO4A 3U6VA 3HJPA 2TRCP 4K6XA 5A4WA 3LEFA 4POKA 4ML1A 5HR1A 2H6ZA 1ZCPA 4MABA 5FT3A 2YNXA 1I9DA 5JWOB 5J4UA 2OADA 3TJKA 5HR3A 18GSA 1JLWA 4WKWA 4FYCA 4JU5A 4ZBBA 4MZWA 2L57A 4N11A 4I8BA 4MZCA 1XOAA 1ERVA 2AB6A 4MJBA 1X5DA 4KCAA 5F07A 3F63A 1X9SB 3DIEA 3ZFLA 2YWMA 2FWHA 1XIYA 3BCIA 5F05A 1TU8A 2B5XA 2RUFA 2LJKA 2DJKA 4OCFA 2CAIA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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