4D73B

X-ray structure of a peroxiredoxin
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
175
structure length
170
Chain Sequence
DLIPNVKVMIDVRNMNNISDTDGSPNDFTSIDTHELFNNKKILLISMPGAFTKMIPGYEEEYDYFIKENNFDDIYCITNNDIYVLKSWFKSMDIKKIKYISDGNSSFTDSMNMLVDKSNFFMGMRPWRFVAIVENNILVKMFQEKDKQHNIQTDPYDISTVNNVKEFLKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Plasmodium Falciparum Antioxidant Protein Reveals a Novel Mechanism for Balancing Turnover and Inactivation of Peroxiredoxins
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Plasmodium falciparum
molecule keywords 1-CYS PEROXIREDOXIN
total genus 57
structure length 170
sequence length 175
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2014-11-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4d73B00
4CHSA 1RW1A 2CT6A 2PU9C 4BL7A 1TTZA 1FB6A 1V98A 14GSA 4IS0A 4V2MA 3UBKA 3QCPA 1E6BA 1DE1A 1VRSD 4EF0A 5HFGA 3UARA 3PINA 3KP8A 3ZREA 4GLTA 2VD0A 4XIHA 2PERA 2EIRA 1KNGA 2FWEA 3N9JA 1X9MB 3IXRA 4PQHA 3GYKA 2K8SA 3PH9A 4FH8A 5G31A 3ZVJD 2RM6A 3SBCA 1PN9A 5CRDA 3NOFA 2CQ9A 2EC4A 4PNFA 4I2UA 4JRRA 3HD5A 1OAZA 2YZUA 2HT9A 4V1Ag 1JZRA 4L0WA 3WD6A 4G19A 2V2GA 5JWRB 1IYHA 4E8HA 2QSIA 3EC3A 2AHEA 2RUFA 6GSUA 3FRCA 5HFIA 4K0NA 1DE2A 4DEJA 2IPAA 2AV4A 2NPBA 5ID2A 5J5NA 4JZQA 1PQNA 1SL1B 1AW9A 1ABAA 4AJ6A 2L5OA 4ZB8A 5B7CA 1X9SB 1HNCA 2R3XA 3IR4A 1U3AA 3A2WA 1TI3A 2RUEA 1SL2B 2LRTA 1Z6NA 3TJKA 3TRPA 4MPGA 4ZL7A 1SU9A 4PQ1A 3CSJA 1WP0A 4WBJA 1GUKA 1S3CA 1LU4A 3HCZA 3E0UA 2WDUA 3L78A 1NHYA 2ON5A 3I69A 2RM5A 2PBJA 1A0FA 3CRTA 1GTUA 5IOXA 4HU9A 1SKRB 2LTKA 2RIIA 2XPEA 5ID2B 4KCAA 2OBKA 2H30A 2K6VA 2I4AA 3I6AA 1Z5YE 5JCUA 3G7YA 1HQOA 1W4VA 3US3A 2MMAA 3KP9A 3KIJA 1DUGA 3L9VA 1XPVA 5KN0A 2XBIA 4GF0A 1QMVA 2I1UA 3VURA 2WB9A 5CRGA 4N0VA 2LQQA 1EV4A 5IMVA 1ZZYA 2MBTA 1TRVA 1NM3A 5CAXA 5DVBA 5A4UA 4BVYA 3IV4A 3FEUA 2LRNA 1SENA 2A2RA 4V2NA 2DMMA 3Q6OA 2F9SA 1JHBA 1YF1A 5AGYA 2PVQA 5F06A 3ZRDA 4MA9A 3SWLA 2GTUA 3ZLPA 1O6JA 1BEDA 5J41A 4EDZA 12GSA 2HZEA 2HXKA 4KH7A 3UMAA 2V32A 2KP2A 1EOGA 1SK2A 4OWYA 1ZL9A 3UJ1A 3CSHA 2N5BA 2CAIA 3EWLA 1XWBA 5ECIB 1THOA 2AYTA 2I9HA 5IIZA 1MDKA 2B5EA 4G2EA 2I3YA 2C3TA 3AY8A 1XOAA 3VPTA 1QXHA 5ECSA 1ZGNA 2VIMA 1TI1A 5CO3A 4IN0A 1B9XC 1FVJA 2GGTA 1MD4A 3GX0A 1K0CA 5G1KA 5D96A 1A23A 4TVEA 2HZEB 1HD2A 2K8VA 4MF5A 3FYGA 2H0IA 2ZCTA 1XVQA 1TJDA 2KOKA 3EYTA 1TW9A 2B6MA 2EIQA 1K0BA 3G7JA 2B3SA 3M9JA 3LG6A 5ECKB 3CTGA 4MF7A 1AXDA 3DVWA 3RDWA 10GSA 4QQ7A 2KUCA 1G7EA 4MPFA 4IKHA 3M1GA 1GSFA 4OO5A 1J08A 1LBKA 1PL1A 2LQOA 3ZIJA 2IMEA 1USBA 4V2LA 5IPGA 1AIUA 1ZMAA 4HS1A 3E3EA 1XW9A 1K0DA 3LGCA 4FIWA 1M9AA 2H01A 3APSA 2H6ZA 4MCUA 2GS3A 1AQXA 5FWGA 4POMA 2YJHA 6GSVA 4LL4B 2GLRA 1OKDA 3FZ5A 1PKZA 5F0GA 2BJXA 2DLXA 4TR1A 3HZ8A 2N5FA 2OJLA 1T3BA 4MP4A 1AC1A 4DSQA 3F4SA 1GUHA 4NHZA 4DSRA 5DDLA 3GH6A 4MMMA 2M46A 1TK8B 1Z7PA 5IOWA 4Q5FA 3FR3A 3C7MA 3WT2A 19GSA 3KH7A 1ERVA 3BBYA 3EMPA 1UC7A 4L0UA 2F51A 4RI7A 1QFNA 4RUVA 3IC4A 3IBHA 2DJ1A 2R2JA 3F6DA 4YQMA 1QUWA 3L4NA 1G7OA 3HYPA 4N30A 1UN2A 4ML6A 4IW9A 3DD3A 3VPQA 4L5LA 1M2AA 5KN2A 1OVNA 3HXSA 2E2GA 1WIKA 2VCXA 2YANA 1GNEA 3BJ5A 3TKRA 2M80A 4TXOA 1GUMA 4IHUA 4GWRA 4EC0A 2TRCP 2FLSA 4XRDA 5F05A 1FAAA 4J57E 3ZYWA 4NPBA 1YZXA 1SK1A 1ZCPA 3NZNA 5HQPA 1S3DA 4GXZA 4OFTA 2HE3A 1RK4A 2H72A 3IE3A 3ZTLA 3IPZA 1XFLA 3LFLA 3F8UA 4N11A 1TRSA 3GL5A 3D22A 1PL2A 2B1LA 1N2AA 1GULA 3L9UA 3Q19A 5GZZB 2JZTA 1XWGA 3P7XA 3R2QA 3RHBA 4BPYA 2JU5A 2H6XA 4K2DA 2MZCA 4L8EA 1A24A 1EWXA 4MABA 1ON4A 1U87A 1T4YA 2PMTA 4WEYA 2DMLA 4AJ8A 1OE8A 3P90A 2LRCA 1X5DA 1FB0A 4ZL8A 4BWSA 2OKAA 3QAWA 2C0FA 5HR1A 4AF2A 4Z7XA 3TDGA 2X64A 4GTUA 5H5RA 2WGRA 2DJKA 13GSA 3KM6A 3WGDA 2ES7A 1K0MA 4WF4A 4IP6A 2FY6A 2OADA 1F6MC 2V1MA 3U6VA 3H1NA 5GSTA 4FYCA 5JCWA 2XPDA 4HJ2A 4ZIJA 3GV1A 2H74A 3BCKA 5JWOB 5HR2A 2GQLA 1NW2A 2HSHA 5GAND 2JSYA 4X0XA 1AQVA 3IAS2 2NTOA 1BQ7A 1EP8A 2MMZA 1V57A 5INYA 4O7HA 1GRXA 4X1UA 1PGTA 3Q74A 2NVLA 1TXXA 3FZ9A 1O8XA 5IMDA 5KN3A 3ZFBA 3I43A 1UA5A 1J0FA 3KZQA 2FGXA 5ECPB 3UAPA 1WMJA 3DEXA 2DIYA 3N5OA 4MZCA 4HQZA 1KEBA 2YWMA 2H1AA 3GUSA 4LMWA 3F4RA 2FUG2 2D2ZA 5CRWA 3UVTA 1V58A 3GSSA 3L0HA 2TIRA 5ECOB 2H70A 4LL1B 5DQYA 1H4OA 3TKSE 4HZ2A 1XW5A 1F9MA 3G7IA 4ZB9A 5G5EA 4GSTA 1DBYA 2YCDA 5B6NA 3TKQA 3HZ4A 3EU4A 2P31A 3ZL5A 5IQYA 2IN3A 1YKAA 2JL4A 3TB2A 2HRFA 3GNJA 3DGQA 4N0ZA 2OBIA 4EDYA 2DJJA 3GH9A 4KDUA 2GSSA 4HJMA 3F3RA 3D0ZA 1T1VA 2C0GA 4MJAA 3KMNA 5EL8A 4XS6A 4K0GA 5GAPD 3GRXA 2VOCA 4JR6A 2DJ3A 3EU3A 4PUAA 3Q18A 5CRHA 2IL3A 2YP6A 5DQSA 1ERUA 5ABRA 3MDKA 3FZAA 3F3QA 2F8AA 2GZYA 4MJCA 2AUVA 1OC9B 1FHEA 2Z9SA 5JWQB 3DWVA 3P8WA 3LYKA 3EINA 4MH3A 4K7OA 1XWCA 4JR4A 2QGVA 4D73B 3ZMLA 2C3QA 1B48A 6GSXA 1PSQA 2B5YA 3GTUA 1O81A 5CP1A 2J9HA 4MJEA 1SJZA 2IWTA 2VL3A 1QGVA 1TU7A 1ZYQB 3C1RA 4IJIA 11GSA 3LQ7A 2DJ2A 4FO5A 5G5FA 3KTBA 3DRNA 1TOFA 5CYYA 2HZFA 2H19A 1A2MA 2IMDA 1EOHA 2V6KA 4YQVA 3NIVA 4MZWA 4ECBA 4ILFA 2JACA 2X99A 4JEDA 2QKEA 2GQMA 1HYUA 1XOBA 2HNLA 2WULA 4F2IA 1SD9A 3ED3A 2FA4A 4J56E 3UL3A 1SKWB 1YEXA 9GSSA 3FR6A 1JZWA 1N8JA 2H66A 4KDXA 4OD7A 2YOIA 2NDOA 3TOTA 1GSSA 3GTUB 2REMA 4IELA 2P0GA 4ECIA 1VF1A 1YEPA 2A2SA 6GSYA 1GTIA 2DC5A 5G2ZA 3WGXA 4OFMA 1W89A 1GNWA 2H76A 4POKA 2VCTA 3LWAA 4ZBBA 2YWIA 1XWKA 3GL3A 3HKRA 4MJBA 1JLWA 3TCOA 5H5SA 4HUAA 2E7PA 2C80A 2L6CA 1VF4A 1JFUA 1WWJA 3GURA 2LS5A 3TGZA 3BD2A 1I9DA 3TJFA 2C1YA 3L9SA 2DSAA 3HJMA 4H86A 4XS1A 3KD0A 3A3TA 5G1LA 1BJXA 3ZMKA 4XCSA 3LXZA 1TRUA 1NSWA 4O5RA 5DAKB 4ZBAA 1VF3A 4NWYA 1M2DA 2VM1A 3FHKA 4IVFA 4O92A 2LKUA 4WKWA 1URMA 1XZOA 4F82A 4TKYA 3MSZA 2DJ0A 1Z6MA 4NV2A 3TUEA 3UVHA 3ERWA 4NAXA 1U6TA 3QD9A 4K7NA 4KCEA 3FKFA 3ME7A 1GSQA 3ISOA 5LNKe 4TW5A 3FY7A 3W8JA 1YDKA 1A2JA 3UBLA 3HJPA 3GKKA 2GT6A 4QL7A 5ELGA 3DXBA 2N5AA 2F3MA 1MEKA 2B1KA 3D21A 1TU8A 2WCIA 3IOSA 3KH9A 2GSTA 5H5QA 2DIZA 4LLRA 4PURA 4WR4A 2YNXA 3DKSA 2VAFA 1XW6A 3C8EA 4KNDA 3VWUA 1EV9A 4ZXGA 4G9HA 4DSSA 3RAZA 2VCQA 4EO3A 5B8BA 4RQRA 1X9WB 3C1SA 1GL8A 22GSA 4ECCA 1GSEA 5D73A 3HA9A 2CVBA 5E59A 3FK8A 3H4KA 2IFQA 1PA3A 4FYUA 2F8FA 5J9BA 1PX6A 1M0UA 3HVVA 5AIXA 2IMFA 5ECQB 3QAVA 1O7UA 2IIYA 3VWXA 1HNAA 4YAVA 5HFKA 4CW9A 2PUKC 4TOPA 3ZIVA 5F07A 4IBPA 1R5AA 1BX9A 3TJGA 5ELAA 4Q5NA 4HQSA 4KUNA 4OCEA 2YN1A 3APOA 3I9V2 4DSSB 1T4ZA 1FO5A 4TN8A 1K0OA 1UVZA 1X5CA 1XWAA 3U5RE 3ZFLA 2OE0A 4TXVA 4NHWA 2MMNA 4MZBA 2H73A 4FYBA 1R7HA 1T7PB 2IFQB 3D5JA 3RPPA 2K9FA 4N10A 5GSSA 2PN8A 1Z7RA 2L57A 1YY7A 5IPHA 5HR3A 4YQUA 1K0NA 3A2VA 1NHOA 4TR4A 3DYRA 17GSA 2OE3A 4YH2A 1U88A 5DJMA 1K3YA 3EMXA 4EKZA 1XXUA 1R5PA 2R4VA 3F6FA 2JSZA 3QAGA 4K8MA 3CBUA 2FHEA 3FZ4A 3VI7A 1AAZA 5COHA 2H71A 5B8AA 5DBQA 5IMCA 4OFNA 1FOVA 3QPMA 3ZVJA 2O89A 3LEFA 1AUCA 5C00A 1K3LA 4POBA 2O87A 16GSA 1PX7A 5D9TA 5DALB 4EE0A 2IMKA 5IO0A 4MF6A 3IRAA 1ERTA 4YAPA 4HZ4A 1R26A 2PWJA 2KLXA 2YV7A 1X5EA 2R6KA 1TP9A 1YF0A 4F0BA 4HEA2 1B9YC 4K1FA 1A8YA 4HU7A 2OACA 2PPTA 2CV4A 3D6IA 4TRXA 4E8EA 4WBRD 5B6MA 2C8UA 2R5GA 3LSZA 1GWCA 3QR6A 1EGOA 2X8HA 1G6WA 2CZ2A 3UEMA 4L5OA 5AISA 2L6DA 5LD0A 1VF2A 3F0IA 3KMOA 4GQFA 5AIVA 3GA4A 4KDYA 4QL9A 5EY6A 1Z3EA 2K18A 4AJ7A 3K8NA 2LJAA 3LJRA 5A4VA 3LYPA 3EE2A 3OR5A 1R4WA 4GCIA 3KTLA 3CXGA 4OCFA 2KP1A 5A4WA 2J23A 5AN1A 1EP7A 1ZOFA 1M2BA 1CQHA 2HI7A 3J7Yb 2GZPA 2C3NA 1PD21 3UOMA 4P3YB 3M3MA 5ECHB 5C04A 5L71A 4HDEA 4EUYA 1DSBA 4ACSA 2VUPA 2CA8A 1F2EA 1JZDA 1ST9A 4NXIA 2L5LA 3HY2A 2C4JA 5ECMB 3IAM2 1O73A 3IHQA 4JU5A 3JCML 2B7JA 4J2FA 5DCHA 4ZB6A 5G30A 3GKMA 4KW6A 2V41A 2GSQA 4KSMA 5EVOA 1OC9A 2B7KA 1Q4JA 3F4TA 5KN1A 4IQAA 3GSTA 5J9CA 2ALBA 4KAEA 2CVKA 2P5RA 2C0DA 6GSWA 4D73A 2YWOA 3TOUA 1PKWA 4DVCA 1XBSA 1JLVA 4KSOA 3CMIA 4GSNA 1G0TA 2B5XA 7GSSA 1OC8A 1SJIA 5ECRB 3GHAA 2I81A 1BYEA 2CZ3A 4X43A 3GMFA 5J3RA 2FD3A 1SYRA 1EEMA 3VFIA 1M7TA 1EEJA 2GVPA 3CRUA 2TRXA 1O85A 2VL2A 4EVMA 2H6YA 3IDVA 2FA8A 2WJUA 4KGIA 1XIYA 2V6OA 2VCZA 1BAYA 3TRQA 4I5QA 3GN3A 3RBTA 3VK9A 3UIWA 4PNGA 1YKCA 4OO4A 4F9ZA 4OMVA 2H0HA 2X8CA 2OA7A 18GSA 3CYNA 5DJLA 2VLVA 2KHPA 3WGEA 2H1BA 3KCMA 1GH2A 2H75A 4TR0A 1V40A 3CSIA 3MWHA 4JE1A 3APQA 2GZZA 3TRXA 2WFCA 1WRYA 2LUSA 3BCIA 4I8BA 4HOJA 4XHMA 1OKTA 1XVWA 3WT1A 2JZSA 2H1GA 3TJJA 1SL0B 5ECLB 1GP1A 3S9FA 2E2MA 4KX4A 4ML1A 4PUFC 3D4TA 2XHFA 1MTCA 3LORA 3ZITA 4ZL9A 1X0RA 2BMXA 2VLTA 3KEBA 2LEGA 5DAKA 1V9WA 4GRFA 1F3AA 2VO4A 3ME8A 5CREA 2LJKA 2FWFA 1WOUA 4JBBA 1G6YA 3W6GA 2C0EA 3C71A 3QFAC 1ERWA 5IO2A 4NV5A 2JADA 3QDNA 4Q5QA 4PX1A 1TRWA 2GDRA 4IJ3A 1BG5A 3P2AA 3TKSA 2RLIA 3VWWA 1O8WA 2M72A 4ISDA 3HVXA 4BWQA 3IK9A 2CX3A 1MDJA 3F9UA 1SYXA 2O8VB 3H93A 2MYGA 1C72A 2LSTA 3TJBA 2VL9A 1SK0A 1U3IA 5EPFA 1B4QA 1GSYA 2NBSA 4I2TA 2GSRA 4LA1A 2LJRA 6GSSA 3PGTA 1B4PA 2G0FA 4K6XA 1MD3A 1B8XA 1PRXA 1Z9HA 2H0GA 5IM9A 2FWHA 5IMZA 2GQKA 3RHCA 2LV3A 4WR5A 2H8LA 2WRTA 2L59A 1Q98A 2XBQA 3DIEA 3H79A 3V1WA 4V1Ap 3KXOA 3QFBC 2EIOA 4ULXA 4ID0A 4HI7A 5D93A 1A2LA 1WE0A 3O76A 2LNTA 3KJYA 5FT3A 4MH2A 3ERGA 4RI6A 3GKNA 4BA7A 4BVXA 2X8GA 1FVKA 3IK7A 4WETA 1GLQA 1A8LA 4K9ZA 3A2XA 2HFDA 4NMUA 4GQCA 3J7Yk 3EVIA 4F0CA 1K0AA 1M9BA 3KGKA 2A4VA 4WXTA 1T00A 3MAKA 2ON7A 2YWNA 2PVOC 3H8QA 2H1DA 3HJOA 1FG4A 2YPMA 3DVXA 2OE1A 3G9BA 4KB3A 1VGLA 4CDOA 2FNOA 2AB6A 1HNBA 4KA0A 1CQGA 3VLNA 1S3AA 2JZRA 4I97A 3F63A 2YV9A 4EXJA 1EZKA 1QQ2A 3M0FA 1YJ6A 2VD1A 2O85A 3ERFA 2E0QA 3ZZXA 2QC7A 2WS2A 4K7IA 2VL2C 3FW2A 3W8SA 2R37A 2MMOA 2ZNMA 1WJKA 3VI5A 1PMTA 4RQXA 2YZHA 1THXA 2CVDA 3GX8A 3QMXA 2L4QA 3TKPA 3A5WA 2VCVA 2HSYA 1A0RP 4G10A 4TR3A 2FWGA 3HDCA 3O3TA 5A5KA 1TDIA 3QOUA 3C73A 5CNWA 2IJYA 3HVSA 4MK3A 1QK8A 3BOAA 2VM2A 1JZOA 1OE7A 3O6TA 5F8BA 1T8EB 2LNSA 2FCHA 5DALA 4O32A 4TR1B 4AGSA 1Y25A 4MLYA 3HHVA 2GT5A 1WPIA 1GTAA 3EURA 1F37A 1ML6A 3MNGA 2G2QA 4POLA 3RPNA 1KBNA 1SJ6A 5D9WA 3WYWA 4WF5A 1TK5B 1J9BA 4KE3A 1XCCA 1GSDA 1OC3A 5ENUA 2WZ9A 1GTBA 2IMIA 2CAQA 6GSTA 2MBSA 2AAWA 3GFKA 2YJ7A 5J4UA 3PR8A 4PGTA 1FW1A 1Y6EA 4LMVA 1GLPA 4PXOA 5D8IA 1E2YA 4EL1A 1M99A 2HYXA 3M9KA 2XC2A 4Q5RA 4MDCA 3IA1A 1IYIA 1V2AA 1F3BA 4GSSA 3TKSC 2HRNA 3CTFA 4XRAA 2PGTA 2ZUPA 3GKXA 4TXOB 3FR9A 4IGJA 1SKSB 5KEJA 4F03A 2P5QA 3VWVA 20GSA 1TKDB 4XS4A 5ECNB 1ZYEA 5FHIA 5JCGA 2CX4A 2BTOT 5LCZA 5IMFA 1KTEA 1I5GA 1GSUA 5IMAA 1EGRA 2L4CA 5HR0A 3GIXA 4ECJA 1ACVA 5DCGA 3D4MA 5D9VA 1LJRA 2HLSA 4IP1A 4XTSA 1YQ1A 1K3OA 1AQWA 2VLUA 4ZBDA 3E9JB 2AJQB 3M8NA 2DBCA 2O7KA 4ZILA 4IQ1A 1TK0B 1ILOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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