4DSSA

Crystal structure of peroxiredoxin ahp1 from saccharomyces cerevisiae in complex with thioredoxin trx2
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
174
structure length
174
Chain Sequence
DLVNKKFPAGDYKFQYIAISQSDADSESCKMPQTVEWSKLISENKKVIITGAPAAFSPTSTVSHIPGYINYLDELVKEKEVDQVIVVTVDNPFANQAWAKSLGVKDTTHIKFASDPGCAFTKSIGFELAVGDGVYWSGRWAMVVENGIVTYAAKETNPGTDVTVSSVESVLAHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Snapshots of Yeast Alkyl Hydroperoxide Reductase Ahp1 Peroxiredoxin Reveal a Novel Two-cysteine Mechanism of Electron Transfer to Eliminate Reactive Oxygen Species.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Peroxiredoxin type-2
molecule tags Oxidoreductase/transport protein
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 50
structure length 174
sequence length 174
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2012-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4dssA00
3H79A 1PX7A 3UVHA 5ECPB 2DIZA 5EVOA 3KH7A 1FVJA 5D8IA 4CW9A 1CQGA 2LRCA 1JLWA 3TRQA 1Z6NA 1THXA 2FUG2 1B8XA 2C0DA 4OD7A 4N0VA 2V41A 3DMLA 4WF4A 5E59A 1QXHA 1X5EA 2PU9C 2WZ9A 3HJPA 3TUEA 2I9HA 3UEMA 5ECNB 3HJOA 2AV4A 3WGEA 1BAYA 4KGIA 1M2DA 1C72A 2XBQA 4TOPA 4IW9A 2FLSA 2TIRA 3DVXA 1TK8B 5CP1A 1A8YA 2C80A 2CX3A 4NWYA 1K0OA 5D9VA 4DEJA 3I69A 3LORA 2QC7A 3FKFA 3PH9A 1X9SB 3Q74A 2OE3A 5G30A 2YWNA 2QKEA 1SENA 4X43A 4ECIA 4KE3A 3DWVA 5ECOB 2GT5A 4QL9A 3KTLA 4POLA 4Q5NA 2PPTA 5DALA 1K3OA 4MPGA 4YQUA 2ON5A 3US3A 4YAPA 4IELA 3RHCA 2B3SA 1SK1A 2YPMA 2R6KA 3HVVA 2H66A 4XHMA 4EC0A 5CO3A 2O85A 1ZOFA 1FO5A 2NPBA 2CAQA 5LCZA 2AB6A 2H01A 1U3IA 5B8BA 1SKWB 1PL2A 1RW1A 3ERFA 3M8NA 3ZIVA 4HEA2 1DE2A 3DD3A 3W8JA 2F51A 4NV2A 4J57E 19GSA 2FCHA 14GSA 4XRDA 1E2YA 3G7YA 3ZYWA 2B7KA 2H0HA 4K7IA 4GQFA 1EP7A 3GV1A 5CRDA 4MCUA 4JR6A 2JSZA 4HQSA 5AIXA 2IMEA 1B9YC 1PA3A 2YWIA 2H70A 4N30A 1F3AA 5IMAA 4OFTA 1AQXA 4GXZA 4I2TA 3LXZA 3O3TA 3RDWA 1JHBA 4MF6A 3HXSA 1SJZA 2JZRA 5CNWA 5ECSA 1SYXA 2H19A 1LU4A 4ULXA 1V40A 3FZ5A 4K7NA 3ZITA 3ME7A 2N5AA 4O5RA 3F4RA 1X0RA 1HYUA 3Q18A 2DMLA 2VCWA 1VF2A 4RQRA 4WXTA 2VD1A 1HNCA 1GSDA 4I5QA 2YV7A 3HKRA 2CA8A 3EC3A 4WBRD 4TW5A 3IV4A 2AHEA 6GSSA 1BEDA 2JACA 1YJ6A 5A5KA 4G2EA 5CRHA 3VWUA 5IOXA 2H1DA 4BWQA 3L9SA 4POKA 1GTUA 1JZWA 1W4VA 1FAAA 4JRRA 3CRTA 1KEBA 2FWFA 4K0NA 4MABA 5JWOB 2FWEA 4LMVA 1H75A 2JSYA 5KN0A 1YKAA 2K6VA 5A4WA 5CRGA 1R5AA 2YWMA 3W8SA 3IAM2 3EWLA 2KOKA 3EURA 3KM6A 1K0AA 1EV4A 4MJEA 3GTUB 1V9WA 2QGVA 3QCPA 1F3BA 3DXBA 4WEYA 3UBKA 3BOAA 4DVCA 2K8SA 2LNSA 2YNXA 3HJMA 5FWGA 4XS4B 4HS1A 3ED3A 3L0HA 2H30A 3J7Yk 3C7MA 1YQ1A 1TU8A 1GNWA 3GIXA 4EO3A 2CZ3A 1GH2A 1XPVA 1R4WA 4CHSA 2X99A 5C04A 5IMFA 2N5BA 3GL5A 2B6MA 3FYGA 3QAVA 3TJKA 2WS2A 2V1MA 1WWJA 3JCML 5HQPA 3FZ9A 3GKXA 1HNBA 1V2AA 2MMNA 4JR4A 5DVBA 3FHKA 11GSA 1FB6A 1EEJA 4L8EA 3A2XA 3OR5A 1ACVA 2ES7A 1I9DA 4KUNA 4AF2A 1U87A 3KZQA 3P8WA 1GRXA 4BPYA 4NHWA 1M2BA 1VF3A 3J7Yb 4IJ3A 5HFKA 4PNFA 2LQOA 5JWRB 4DSSB 1SK2A 1Z7PA 1OC3A 2VOCA 2NTOA 3VI7A 2OACA 2KLXA 2C3TA 2C3NA 2ZUPA 4L0UA 4FIWA 3QR6A 4MJAA 2L57A 2B5XA 4I97A 1GTAA 1VF1A 5JCWA 3DRNA 4IP6A 1Q98A 1XWBA 3WGDA 5B8AA 1A0FA 3D0ZA 1JLVA 3QOUA 3HYPA 4PQHA 1OYJA 5ECKB 1TI1A 2GZPA 2E7PA 3H4KA 3KMOA 5ECQB 2IJYA 2F9SA 3IK9A 4K8MA 1GUMA 3ZRDA 3CSIA 2CV4A 3H93A 2V6KA 4HZ4A 1M99A 3D4TA 4JBBA 2HFDA 2H1GA 2DMMA 2GQKA 4MLYA 1JZOA 3W6GA 3TJBA 6GSVA 5JWQB 2L4QA 1O7UA 1R5PA 3TGZA 2VL9A 1R26A 1EV9A 2DJ1A 3KCMA 2V32A 3Q6OA 3O76A 4D73A 1OKTA 3EYTA 3KTBA 1FOVA 2XHFA 1XW5A 1TW9A 2VCQA 3VWXA 5IOWA 3VI5A 3DYRA 4HJ2A 2HT9A 2C8UA 2YP6A 4TXOA 5G5FA 5D93A 3BBYA 3HHVA 4J56E 4TN8A 2WGRA 3TKQA 3UOMA 1QUWA 4DSRA 5IO0A 3RAZA 2E2GA 1U88A 5L71A 1AUCA 17GSA 1U3AA 1GULA 5D73A 4X0XA 5LNKe 3QPMA 2WB9A 4NAXA 2HRNA 4POMA 3KGKA 1WRYA 2LSTA 4MF5A 5KEJA 1EEMA 1OKDA 1S3AA 3ZFLA 4LMWA 3GX0A 3GN3A 4F9ZA 2FHEA 3VK9A 1JFUA 1YF1A 2JADA 2A2SA 1TRWA 2HSYA 4Q5RA 2CVBA 1QK8A 1O8XA 2KP2A 4TR0A 1T7PB 4AJ6A 1TOFA 2LJRA 1BJXA 3H8QA 1ERTA 2OE1A 3TDGA 2IFQB 1WIKA 2GS3A 5ID2A 3HZ4A 4ML1A 2WCIA 1MD3A 2VCXA 1MDJA 3EMPA 3U6VA 2WDUA 5H5SA 3GKKA 1VGLA 1YZXA 3TCOA 13GSA 3M1GA 1YKCA 2PGTA 1Q4JA 4YQVA 3DEXA 1K0NA 3SWLA 3AY8A 2NVLA 1X9MB 1PQNA 5KN2A 1XBSA 2C0GA 2H0GA 2MMZA 4ZBAA 1ERUA 1FVKA 4V1Ap 5J5NA 2XPEA 2RM6A 3LXTA 4TR1A 2GQLA 1OE7A 3LEFA 3TKSC 1A24A 1Z7RA 3D6IA 2MMOA 4AGSA 1XOBA 1ABAA 2GT6A 1WP0A 3L78A 2L6DA 4E8HA 2A2RA 2E2MA 4MJBA 7GSSA 3P2AA 5ECIB 4XTSA 5KN1A 2VCVA 3FRCA 4NHZA 1PKWA 2LQQA 1XVWA 2REMA 4IJIA 3VPTA 1SD9A 1UA5A 3GSSA 4JE1A 2BJXA 2B5EA 3QMXA 3WGXA 3WD6A 2GGTA 1H4OA 2G0FA 2R4VA 4IVFA 5DAKA 1TRUA 1T4ZA 1AC1A 2K18A 4EUYA 4GTUA 3IRAA 4MP4A 4EVMA 6GSYA 1HQOA 4HZ2A 1TTZA 2VL2C 5ECHB 3P7XA 1EOHA 4ZB6A 2EIOA 10GSA 3CYNA 3APOA 4NMUA 4ZB9A 2LJAA 1BX9A 4I8BA 3GURA 2OADA 3KJYA 5CREA 3E9JB 1XFLA 2L4CA 4IBPA 2JZSA 3EU4A 1XXUA 4KCEA 4QQ7A 5COHA 3KP9A 2OJLA 1SYRA 1SL2B 1TXXA 3S9FA 4IQ1A 3N9JA 1SD8A 1XWAA 2EIQA 5LD0A 3HVSA 4MZWA 5B7CA 4KDYA 4WR4A 2EC4A 1K0MA 1V98A 1TK5B 4YQMA 1OC9B 2CT6A 5INYA 1QGVA 2IN3A 2YV9A 1W89A 2H1BA 2M80A 5ENUA 3KMNA 5G5EA 3FK8A 3QAGA 1QFNA 4K1FA 1ILOA 3UAPA 3FZ4A 3KIJA 3GL3A 5A4UA 4NPBA 3LSZA 1TRVA 5J9CA 5IIZA 4ZIJA 4L0WA 2RUEA 1G6WA 3ZL5A 2JZTA 3HD5A 2KP1A 2HZEA 2GTUA 2OE0A 3KXOA 1Y6EA 4EE0A 4K7OA 1EP8A 2MZCA 4JZQA 1G7OA 1MDKA 2IWTA 3RPPA 3QDNA 3GHAA 2PUKC 2LKUA 5ID2B 5C00A 2XC2A 3GMFA 4XCSA 1XCCA 3ERGA 4BVYA 1WE0A 1B9XC 4POBA 3LJRA 1RK4A 3UVTA 3LG6A 4GSNA 4RQXA 5IQYA 2KUCA 5E4WA 5D9TA 2MBTA 4XS6A 3MWHA 3HY2A 3ZVJD 1TJDA 3D4MA 1S3DA 4PURA 2LRTA 2GZZA 2VM1A 1PMTA 3IR4A 1M9AA 1ERVA 1EZKA 3D5JA 4YH2A 1T8EB 4TR1B 1T4YA 4ZB8A 1NHOA 4V2LA 1ZCPA 3RPNA 4NV5A 4GLTA 4HJMA 1GTIA 2P5RA 2TRCP 3UL3A 2RIIA 3WT2A 5H5RA 4K2DA 4Q5FA 5FT3A 1EOGA 1J9BA 2DC5A 1A0RP 5B6NA 1B4QA 4MH2A 3I6AA 3HCZA 4LL4B 2YJHA 5A4VA 1Y25A 3A5WA 3GKNA 4I6XA 4HU7A 4O7HA 2H74A 1GL8A 3CXGA 1F6MC 4NXIA 1SL0B 3KH9A 3IPZA 3IA1A 1A8LA 3QD9A 1TKDB 4KSMA 5IMDA 1E6BA 1XVQA 5DAKB 5IPHA 1XWCA 1J0FA 3EU3A 3MDKA 2I4AA 4HQZA 4RUVA 1MEKA 4MDCA 2JU5A 3VWVA 2KHPA 3FW2A 1AXDA 2DJJA 4MZCA 3UMAA 3P90A 2XPDA 1AQVA 1UN2A 3IK7A 2FY6A 4GSSA 4OFNA 5DALB 4EL1A 1DBYA 5CYYA 1WJKA 2D2ZA 1VF4A 5KN3A 3MAKA 2WFCA 1XZOA 4PQIA 3DVWA 4WF5A 1ST9A 5G1LA 2PBJA 4V1Ag 1LJRA 1QMVA 1NHYA 2GSTA 1GLQA 5DQYA 3ISOA 2HZFA 1O8WA 5F0GA 2ZNMA 3GRXA 2H1AA 2I81A 1G6YA 4LL1B 1LBKA 2LRNA 1XWKA 4WKWA 2O87A 2EIRA 2V6OA 1XWGA 4O92A 2O7KA 3F63A 5IMVA 2YN1A 4F82A 2FGXA 3FR9A 2DJKA 3IC4A 2LNTA 1RQMA 4KCAA 5EY6A 3GA4A 5AGYA 1GP1A 2AYTA 3H1NA 2HZEB 1PD21 2PVOC 5IM9A 4RI7A 4G9HA 4RI6A 3G7IA 3ME8A 5HR1A 3LQ7A 2OKAA 2IMDA 5G2ZA 3RBTA 1TRSA 5H5QA 5HFIA 1XW6A 3APQA 3I43A 4G19A 5CRWA 5DCHA 2LS5A 3M9KA 4MMMA 5EPFA 3ZVJA 3FEUA 4Z7XA 2C1YA 5FHIA 3PINA 3TB2A 2AUVA 1PX6A 5GSTA 5HFGA 4JEDA 2B7JA 2CZ2A 3HDCA 1KTEA 1SJIA 1V58A 4F2IA 1G0TA 4MA9A 2DLXA 3A2WA 2NDOA 3C1SA 4K9ZA 1K0CA 3WT1A 9GSSA 4F0BA 3HA9A 2AAWA 2IPAA 1I5GA 5ELGA 2GSRA 4JU5A 4XIHA 4CDOA 2NBSA 4KDXA 1GTBA 3A2VA 3C1RA 5HR0A 4BA7A 2VL3A 5D96A 4GQCA 1ZL9A 4G10A 3CSHA 2PVQA 4LA1A 4PXOA 4ZBDA 3MSZA 1BQ7A 2V2GA 3Q19A 3F6DA 4KNDA 2X64A 3EMXA 3F3QA 3FZAA 1KNGA 5IMCA 2K8VA 1GSEA 3QFBC 2OBKA 5ABRA 3TRPA 5GSSA 1ZZYA 2LTKA 1T3BA 2I3YA 1K3YA 2C3QA 1SKSB 3LFLA 4IHUA 1GNEA 3IE3A 4HU9A 1XW9A 4KX4A 3SBCA 1G7EA 4GRFA 1GUHA 1ZYQB 3VURA 2C0FA 1R7HA 5IPGA 3TJJA 1GSFA 4YAVA 3TKRA 2YZHA 4PUFC 4IGJA 3IDVA 1FG4A 8GSSA 1A2LA 1OAZA 4EKZA 4FYUA 3ZMKA 1WOUA 2RM5A 4MH3A 3ZMLA 4DSQA 3V1WA 4K0GA 2WRTA 5GAND 1NSWA 3KEBA 5DQSA 1IYHA 3TKSE 3IHQA 5J4UA 3M3MA 3G9BA 4WBJA 4KAEA 1QQ2A 3C71A 1K0DA 2FWGA 3GYKA 4IKHA 3UARA 3F6FA 2HYXA 3IAS2 1YF0A 3GFKA 4MPFA 1A23A 3TRXA 2VAFA 3TOTA 4OMVA 1NW2A 2DJ0A 4ID0A 1HNAA 1FB0A 1SJ6A 4ZXGA 5D9WA 1AW9A 2A4VA 1HD2A 2GSQA 3DKSA 4ECJA 4J2FA 4PNGA 3GTUA 4IQAA 4ECCA 1IYIA 1M7TA 2DBCA 2WJUA 2HE3A 3ZIJA 1X5CA 4XS4A 4KW6A 4TR4A 2DJ2A 3HZ8A 4H86A 1J08A 3O6TA 3M0FA 2B5YA 2HRFA 4PX1A 4GSTA 4ZL9A 3L9UA 1ML6A 2L5LA 5D9XA 4BL7A 2XBIA 4N10A 2VIMA 1USBA 3CSJA 2CVDA 1F9MA 1BG5A 4MF7A 3E0UA 2LUSA 3CTGA 3GNJA 4D73B 5GAPD 4KA0A 2FNOA 2R3XA 1GSSA 3BCKA 2ALBA 2JL4A 4HI7A 2H75A 1ZYEA 4HUAA 4TXOB 1THOA 1TK0B 2CAIA 5JCUA 1ON4A 1OE8A 3NIVA 5G1KA 2G2QA 3GSTA 4IS0A 4F03A 1GSQA 1VRSD 3GX8A 3L9VA 3KP8A 1DE1A 2N5FA 4KH7A 1O85A 2CVKA 2H0IA 3APSA 1WMJA 4OO5A 4DSSA 1ZGNA 4PGTA 4QL7A 1S3CA 2PERA 5JCGA 3I9V2 4OCFA 2GVPA 1B48A 2YWOA 5J3RA 1V57A 2MYGA 1FHEA 5IMZA 3D22A 16GSA 5F05A 2R5GA 2MBSA 3K8NA 4IN0A 1O6JA 3UBLA 3IXRA 1Z9HA 1DUGA 3DGQA 3IOSA 2VO4A 1ERWA 22GSA 2CQ9A 4EDYA 5HR2A 1AIUA 4ISDA 3M9JA 2RUFA 4FYCA 4MZBA 2P31A 3NZNA 6GSUA 4TVEA 4OCEA 1MD4A 3IBHA 3EE2A 4FO5A 2LV3A 2J9HA 2H6XA 2P0GA 4ML6A 3LYKA 3GUSA 2O8VB 3UJ1A 3NOFA 2H73A 3CTFA 5HR3A 2FA8A 2GZYA 3PR8A 3DIEA 1N8JA 2PWJA 3EINA 5ELAA 2B1KA 3EVIA 3VWWA 3LWAA 2HI7A 2ZCTA 3ZREA 4V2MA 1F37A 3ZZXA 4L5OA 2C0EA 1TP9A 1TDIA 2L6CA 1T1VA 2VD0A 3QAWA 3GH6A 1EGRA 2DIYA 4OFMA 2TRXA 2OA7A 2YZUA 1PRXA 3QFAC 3ERWA 2PN8A 6GSWA 2B1LA 1A2MA 1O73A 4KDUA 4WETA 5ECLB 5ECMB 1TI3A 3VLNA 4ZBBA 3C8EA 3WYWA 2VCTA 3TJGA 20GSA 4O32A 3UIWA 2OBIA 4BVXA 1U6TA 2HNLA 2IMFA 4FH8A 2YOIA 3A3TA 1YDKA 4V2NA 5DBQA 1B4PA 4KSOA 1PKZA 4ZILA 1MTCA 5B6MA 1O81A 3F8UA 1JZDA 2IFQA 4IP1A 2LEGA 3GKMA 1F2EA 3BCIA 4TRXA 3F9UA 3C73A 2L59A 3RHBA 1A2JA 1KBNA 2LJKA 2IMIA 2K9FA 3R2QA 1UC7A 3HVXA 4FYBA 4EXJA 5DJMA 2M72A 2IMKA 3F3RA 1M0UA 2VLTA 2R37A 1PL1A 1CQHA 4TR3A 2H71A 4K6XA 3TKPA 5CAXA 2E0QA 2IL3A 3D21A 4P3YB 1X9WB 2F8FA 5G31A 2GQMA 2H6YA 3FR3A 2CX4A 5DDLA 4GF0A 4EF0A 2IIYA 2J23A 2VCZA 3G7JA 3F4SA 2H8LA 1BYEA 1GUKA 2BTOT 2HLSA 2VM2A 3FY7A 2GSSA 5ECRB 4BWSA 18GSA 1DSBA 2AJQB 1YEXA 1ZMAA 3L4NA 3TOUA 2YJ7A 4XS1A 1K0BA 2HXKA 2MMAA 2X8CA 5AISA 1SK0A 1YY7A 5J41A 1XIYA 2F8AA 3TKSA 4WR5A 2FD3A 3CRUA 5DJLA 4E8EA 1JZRA 4OO4A 4N11A 3LGCA 2YCDA 1TU7A 4LLRA 3N5OA 3TJFA 4GWRA 4AJ8A 4I2UA 3CMIA 1UVZA 2DSAA 3CBUA 2GLRA 1EWXA 1YEPA 1AQWA 6GSXA 2VLUA 4HDEA 4MJCA 3LYPA 5DCGA 1EGOA 4OWYA 3ZTLA 4MK3A 4ECBA 4N0ZA 1Z6MA 4EDZA 1Z5YE 3VPQA 4GCIA 2P5QA 2R2JA 2O89A 3MNGA 4TXVA 5AIVA 1M9BA 4XRAA 2F3MA 2HSHA 2FA4A 2DJ3A 1M2AA 1PGTA 1GSUA 3PGTA 2BMXA 1WPIA 2PMTA 2VL2A 4ZL8A 1OC9A 1OVNA 12GSA 5F07A 1OC8A 5EL8A 1XOAA 2L5OA 3ZFBA 1SL1B 2X8GA 5AN1A 2H76A 4ZL7A 2WULA 4PQ1A 1T00A 3BJ5A 4ACSA 1GLPA 2H6ZA 4KB3A 2I1UA 4AJ7A 1SKRB 2H72A 5F06A 4L5LA 3U5RE 2FWHA 4HOJA 2YANA 1N2AA 1X5DA 3BD2A 2QSIA 4Q5QA 1K3LA 1NM3A 4ILFA 2Z9SA 4F0CA 4X1UA 6GSTA 2C4JA 3FR6A 1PN9A 3E3EA 5IO2A 2M46A 1FW1A 4PUAA 1URMA 2RLIA 2X8HA 5F8BA 1GWCA 2GDRA 1SU9A 3F0IA 5GZZB 3KD0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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