4DSSB

Crystal structure of peroxiredoxin ahp1 from saccharomyces cerevisiae in complex with thioredoxin trx2
Total Genus 29

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
29
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
MVTQLKSASEYDSALASGDKLVVVDFFATWCGPSKMIAPMIEKFAEQYSDAAFYKLDVDEVSDVAQKAEVSSMPTLIFYKGGKEVTRVVGANPAAIKQAIASNV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH2 (32-47)EMPTYAH1 (8-16)S4 (75-80)TIV1 (17-20)TI2 (48-51)S2 (21-27)TI3 (57-60)TI1 (28-31)TIV3 (72-75)S3 (51-57)TI4 (58-61)AH3 (62-68)S5 (83-89)O1 (90-92)AH4 (93-102)S1 (3-5)Updating...
connected with : NaN
publication title Structural Snapshots of Yeast Alkyl Hydroperoxide Reductase Ahp1 Peroxiredoxin Reveal a Novel Two-cysteine Mechanism of Electron Transfer to Eliminate Reactive Oxygen Species.
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase/transport protein
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords Peroxiredoxin type-2
total genus 29
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4dssB00
2CZ2A 1GTUA 3W8SA 10GSA 1U87A 2VLUA 5B6NA 2NTOA 3IHQA 4WF5A 2GQLA 2WDUA 2FLSA 2OADA 4V1Ag 4NAXA 4I2UA 4FIWA 1QUWA 5ECMB 4V2NA 4PQIA 2LNTA 5AGYA 6GSVA 4HDEA 2CT6A 4TR1B 4TVEA 2XPDA 2MZCA 2OJLA 4NXIA 4ECIA 4HOJA 3PR8A 4XS1A 5ECOB 1EEMA 1YKCA 2JZRA 2O89A 3MDKA 3GTUA 2K6VA 4HS1A 1Z6NA 1QXHA 2VLVA 1PD21 4FYBA 1TRWA 4XTSA 4CHSA 4PX1A 2IJYA 1V57A 2YZHA 4EDZA 2DLXA 3FKFA 4OFNA 4J56E 1GSQA 5ECRB 1XIYA 2XBQA 3WGDA 3TJGA 2X8CA 5ELAA 3RBTA 2GSQA 3GKKA 2E2MA 5IOWA 2FA8A 3KCMA 1O8XA 2VL3A 4ULXA 1K0NA 3QFAC 4G2EA 5JCWA 1Z9HA 3E9JB 3M3MA 2G0FA 3DYRA 4HJ2A 1V40A 2AAWA 4OFMA 5J9CA 4JR6A 2AYTA 2H70A 2P0GA 3G7JA 1VF3A 4ZL8A 5HR1A 3TJJA 4WBJA 2DBCA 2L4CA 4XS4A 1GULA 2C80A 2C4JA 1EZKA 2H1BA 3DEXA 2P5QA 2L4QA 2EIOA 3KEBA 2NVLA 5AIXA 1EOHA 1TP9A 1XOAA 2HLSA 1M2DA 3U5RE 1THXA 3TJBA 4IS0A 2H19A 3EMPA 4TW5A 2H1AA 3FEUA 2LRCA 1MTCA 3KH7A 1GNEA 3F4SA 3IAS2 3KXOA 4TR4A 2VCTA 2L5LA 3GUSA 4TOPA 1R7HA 4N10A 1X9SB 3JCML 4JE1A 4ECJA 4JEDA 3RDWA 4GSNA 1V2AA 2X8HA 1OC9A 3S9FA 2PUKC 4IELA 4XS6A 5HFGA 3QPMA 4G10A 5KN2A 2M80A 1M2BA 4GQFA 3IK9A 20GSA 4XRDA 1VF1A 3TDGA 4F0BA 4ZIJA 3HJMA 5HR0A 3ZLPA 3EWLA 3CSHA 2H6ZA 3BD2A 1EEJA 1PX7A 2H6XA 4O5RA 2YANA 1N2AA 1AC1A 2DJ2A 2WS2A 1AXDA 3CRTA 3G7YA 1YEXA 3RHBA 5ECQB 4L0UA 4ZBDA 1ZCPA 5IMZA 3I69A 2VLTA 4I2TA 3L9VA 3MNGA 4KDYA 4EF0A 1TU8A 3HJPA 2LJAA 3KIJA 9GSSA 3IBHA 1OKDA 2LSTA 1YDKA 4L8EA 4FO5A 2HRNA 5D73A 1A0FA 4POBA 1YY7A 1JZDA 1NHOA 4MDCA 4MJBA 2IFQB 5DVBA 3HVXA 1LU4A 2FNOA 5LD0A 3HKRA 4IQ1A 3IXRA 2YWMA 1QGVA 1RQMA 3DKSA 3LG6A 3KM6A 4NMUA 4I97A 2D2ZA 1FO5A 4DVCA 1XWKA 2L6CA 4ZB9A 3ZYWA 4ZBAA 5GAND 5D93A 1T1VA 4KGIA 5ECHB 1TK0B 2O7KA 1BJXA 2MMOA 4HJMA 3GYKA 3D6IA 1EOGA 5DQYA 5A4UA 2HSHA 1Y25A 4OO5A 1GSYA 5C00A 3MWHA 4KCAA 1A2JA 1B48A 4YQVA 2I1UA 1HNCA 1GRXA 3FHKA 2I4AA 3LSZA 6GSWA 3QFBC 2G2QA 1KNGA 2FGXA 2HE3A 4AF2A 2F9SA 1TRSA 4WETA 2TRCP 1HNAA 3W8JA 1WOUA 2LV3A 5FWGA 4EXJA 2ZCTA 4EVMA 3J7Yb 1ERVA 3LYKA 1A23A 5CRDA 4WEYA 3C7MA 1T3BA 3N5OA 1OC3A 2BMXA 1GSFA 2A2RA 4RI6A 1MD3A 2GSSA 5IMFA 1WMJA 3GIXA 2H76A 1GSDA 2IWTA 1JZOA 3EINA 3ZL5A 2R4VA 4H86A 2GT5A 2JL4A 2LUSA 3H79A 5B6MA 2K18A 1USBA 1XZOA 3FW2A 5IMCA 4F0CA 5F0GA 3F0IA 1ZYQB 3TJFA 2RM5A 2AB6A 1GUKA 2LS5A 1LJRA 3DVWA 3Q19A 3H4KA 3ZTLA 1XPVA 1XCCA 3I43A 2R5GA 1C72A 3IE3A 1ERUA 2H1GA 3TRXA 2XC2A 1B4PA 1G6YA 5L71A 1AQVA 1Z7PA 3IC4A 1NHYA 3A5WA 1ML6A 1Z5YE 1ZMAA 3O76A 2GGTA 3MAKA 2VCXA 3E0UA 2IMDA 5IM9A 2CAIA 5D8IA 3VPTA 4F03A 3KD0A 2DIZA 3UIWA 4K6XA 3R2QA 3D22A 5IO2A 1K0OA 3LYPA 2H8LA 3QAWA 2H72A 4YH2A 3EYTA 4XHMA 2YPMA 3P7XA 2O8VB 2C3TA 2B5EA 2GT6A 3UAPA 4YAVA 1O8WA 4X1UA 4MJEA 3LGCA 4RUVA 1TTZA 2IIYA 4PUAA 2KUCA 4MK3A 3I6AA 3IA1A 2KHPA 1PKZA 3CBUA 8GSSA 3HDCA 3C1SA 3KGKA 2OE3A 1URMA 3WD6A 1X5DA 2RUFA 1WP0A 2DMMA 3QR6A 1WPIA 2DSAA 1AW9A 1XFLA 2CVBA 2VL2C 4KDXA 1EV4A 1EWXA 2NDOA 4DEJA 5KN3A 4HI7A 5IQYA 1JLWA 1I9DA 3LXZA 2DJ1A 2YNXA 1SK2A 2VCWA 2PGTA 4GQCA 2PN8A 4WBRD 1GH2A 5GSTA 1OKTA 1OAZA 1E6BA 1SK1A 4ILFA 4LL4B 3TOTA 4LA1A 4OMVA 2LRTA 2NBSA 4NHZA 1UC7A 4JBBA 2J23A 3APOA 2JZSA 3HY2A 1SENA 3F4TA 1G7OA 1QK8A 3US3A 1PL1A 3P90A 1WRYA 4XS4B 3RPPA 4KE3A 3DXBA 3LWAA 2L57A 3GH9A 3DIEA 5CNWA 3TKSA 5J4UA 3VWUA 4BA7A 5D9TA 2C0EA 2FWEA 2RUEA 1LBKA 1GLPA 3DWVA 1M7TA 1HNBA 2CVKA 2AV4A 4DSRA 1F3BA 3ERWA 1A2MA 3UBKA 3GV1A 3TUEA 2C3QA 2B5YA 2H74A 4PUFC 4EDYA 3CTFA 3BCKA 3HYPA 1XWAA 2GZZA 4AJ8A 1K0DA 3CMIA 3AY8A 1G6WA 3DD3A 4XCSA 5DAKA 1MDIA 1OC9B 1ZGNA 5J5NA 2CVDA 4WF4A 3L9SA 5H5RA 4HU7A 5HR3A 3UEMA 2LQQA 2M46A 3KMOA 2A2SA 4PURA 4TRXA 2X64A 1W4VA 4HZ2A 1YKAA 4POKA 2BJXA 2TRXA 3GX8A 1O85A 2V6OA 1DBYA 3L9UA 4GF0A 4FH8A 3V1WA 2FWGA 1SYXA 1NW2A 1JFUA 4DSQA 4MZWA 3GFKA 2H6YA 1GUHA 2H75A 4TN8A 3M0FA 2CAQA 5A4VA 1XW5A 1JLVA 1M0UA 3DMLA 2L6DA 1M99A 4PXOA 2PERA 3ED3A 3BBYA 1SJZA 2E2GA 3FZAA 4K8MA 4MH2A 4EC0A 2R3XA 3J7Yk 3C1RA 2N5FA 1EV9A 3QMXA 1WIKA 3TKRA 5F06A 2YP6A 1FG4A 2FUG2 3GSSA 2LNSA 4YQMA 4POMA 4BVYA 3MSZA 1V98A 4V2LA 4IW9A 2B1KA 3VLNA 5IO0A 1OE7A 2YV7A 2DMLA 3GH6A 1M9BA 1ACVA 7GSSA 2AUVA 1A8LA 3LEFA 2GS3A 5G5FA 2VOCA 4J57E 2N5BA 4MF6A 2V41A 4IHUA 3PGTA 2YWOA 3FZ9A 3WT1A 2O87A 3CRUA 4JRRA 4PQ1A 2HNLA 5DDLA 3I9V2 4E8EA 1PRXA 2H0HA 4FYCA 1CQHA 1S3AA 1VGLA 2A4VA 1MDJA 5DQSA 1SL2B 2YZUA 1O73A 1PKWA 3GKXA 3HD5A 1ERWA 3EE2A 2OACA 5GAPD 4IJIA 1SKRB 4MMMA 3GN3A 1J0FA 5AISA 3IDVA 3P8WA 4MF7A 4NHWA 2VL9A 4HQSA 4LMVA 18GSA 3EMXA 1AQWA 2KOKA 2LEGA 3UMAA 3F6FA 3NIVA 3EC3A 2VCZA 1Z7RA 5F8BA 3QAVA 5IMVA 1K0MA 3NOFA 1PGTA 5F05A 2R2JA 2C3NA 3VWWA 5HFKA 4WKWA 2JSYA 3GRXA 4NV5A 1K3LA 3LORA 2GSTA 4K9ZA 2YJHA 4DSSA 3DGQA 2H0IA 4EE0A 5ENUA 2JACA 2HI7A 1FAAA 1U88A 1VF2A 1GP1A 1K3OA 1BEDA 4F82A 1K0BA 1ZYEA 5AN1A 3Q6OA 1F37A 2VO4A 4XIHA 1T00A 4KH7A 3DRNA 4N0VA 2QGVA 3O6TA 1R5PA 3ZRDA 4KB3A 4Q5QA 4XRAA 3GL5A 1XXUA 3G9BA 6GSXA 3GNJA 2PU9C 1SJ6A 2K8SA 3H1NA 2EIRA 2GTUA 4J2FA 3C73A 1S3CA 1R26A 4CW9A 1GLQA 17GSA 3HJOA 2X8GA 1O6JA 5DALA 1XWGA 1B9YC 1OC8A 3KTLA 4N11A 5FT3A 1TRVA 4ZILA 2HSYA 5KEJA 4F9ZA 2GSRA 1F3AA 5GZZB 1T8EB 3D0ZA 1SK0A 4E8HA 3IRAA 5ECIB 1GSSA 4RI7A 1XWBA 3U6VA 4KUNA 1YF0A 3KJYA 2L5OA 3HXSA 2GQMA 5B8BA 2ALBA 4K0GA 3F3RA 2PPTA 2EC4A 2HZFA 4BVXA 2H71A 3W6GA 13GSA 3FZ5A 3UL3A 3ISOA 5ECKB 1FVKA 1XW9A 2M72A 2OE1A 1AIUA 2B6MA 3RAZA 3VI5A 1FHEA 1UVZA 4I5QA 1ST9A 4K1FA 2H30A 22GSA 4MPGA 4ECCA 2WFCA 5HQPA 1UA5A 1TDIA 2LKUA 1HQOA 11GSA 3TB2A 1PA3A 4IVFA 4POLA 4MJAA 3APQA 5CP1A 3TCOA 4KDUA 1FB0A 2HT9A 4Q5NA 4HU9A 1GUMA 1QQ2A 4MZCA 1X0RA 2V32A 3QDNA 4K2DA 5DAKB 2R6KA 5EL8A 2OA7A 1W89A 6GSTA 5EY6A 5ABRA 1R5AA 3LXTA 4KSOA 4TKYA 3HVVA 4WXTA 4IBPA 2F8AA 4IJ3A 3EURA 3H93A 2H0GA 4HEA2 2NPBA 2KP2A 4I8BA 1O81A 5INYA 4MJCA 3QCPA 3UBLA 1PQNA 2KP1A 1VF4A 1XBSA 1H4OA 4MPFA 4WR5A 3GL3A 2WGRA 5DJMA 4L0WA 1IYIA 3QD9A 1DE2A 1BX9A 4HQZA 2MYGA 5IMAA 3SWLA 1TK8B 4KX4A 3A2VA 2JADA 1XOBA 4MLYA 4GSTA 3BJ5A 3HVSA 4JU5A 1QFNA 4KAEA 1GNWA 3GSTA 3QOUA 3IK7A 1HYUA 3FRCA 4OWYA 5JWOB 1K3YA 4MP4A 1U3IA 5CRGA 3ZZXA 4K7IA 4EKZA 4I6XA 4OO4A 2ZUPA 5J3RA 19GSA 3ZIVA 2IMEA 4G19A 4O32A 16GSA 2H1DA 4GCIA 3WGXA 5J41A 1A24A 1ZL9A 4GSSA 2VCQA 3TOUA 4ISDA 2IMFA 3UJ1A 1H75A 1V9WA 2LQOA 2CX4A 3TJKA 3FYGA 2B3SA 1F2EA 4MABA 3VWXA 4GTUA 1OYJA 3VURA 2JSZA 1J9BA 1J08A 5G31A 6GSSA 1E2YA 1F6MC 2C1YA 3GKMA 1RK4A 2GVPA 1SKSB 2EIQA 3PINA 4X43A 3HHVA 3C8EA 1A0RP 2OKAA 1TJDA 2B7KA 5DCHA 1SJIA 2ZNMA 3L78A 4D73A 4AJ7A 5JCGA 3TGZA 3GA4A 2HZEA 2VD1A 4IKHA 1YEPA 2X99A 4IP6A 4YQUA 4ZL7A 2DIYA 3FY7A 1T4YA 3HZ4A 2PBJA 4N0ZA 5COHA 4L5LA 1DE1A 6GSYA 3KH9A 5KN0A 3EVIA 3GMFA 4IQAA 5HR2A 4YAPA 5JWRB 5J9BA 4K0NA 2DJ3A 3TKQA 4P3YB 4QL9A 1EGOA 4GWRA 4Z7XA 4V1Ap 1KBNA 5G1LA 2GZPA 1X9WB 3ZREA 2VIMA 3F8UA 2IN3A 3ZMKA 4TXOA 3P2AA 3ZFBA 4TXVA 3LJRA 2RLIA 1OVNA 1UN2A 1BQ7A 3HZ8A 4IP1A 5ID2A 2C0FA 4DSSB 2JZTA 5CRWA 5CAXA 2LJKA 4MF5A 2ON7A 2DJKA 5LNKe 3D5JA 2REMA 1VRSD 2L59A 1AAZA 5DCGA 2XHFA 5CO3A 2AHEA 1TU7A 4ZB6A 2VL2A 5IMDA 2IMKA 1YZXA 3KZQA 1FOVA 1GTAA 5ECSA 2VD0A 1U3AA 5B8AA 3H8QA 3WYWA 2OBKA 1TXXA 3KP9A 3ZMLA 3HA9A 2OBIA 1JZRA 3FR9A 2KLXA 5C04A 1YQ1A 2JU5A 1PMTA 4OCFA 2H66A 2V6KA 1NSWA 2WZ9A 3C71A 1I5GA 1X5EA 2QSIA 4FYUA 3VI7A 5IIZA 5A5KA 2CZ3A 1YF1A 5EPFA 4N30A 2K8VA 5DALB 5HFIA 4PNFA 2FWFA 3UOMA 3NZNA 3VK9A 5ECLB 1A2LA 3D21A 1TKDB 4KCEA 4PGTA 3TKSE 3L4NA 5FHIA 3F63A 2I9HA 3LFLA 3CSIA 2I3YA 2CV4A 2WULA 2XBIA 5DBQA 1SD8A 4ACSA 3ZIJA 2B7JA 1JZWA 2B5XA 2J9HA 1MD4A 2YN1A 2WRTA 3Q18A 4ZL9A 2GDRA 1Y6EA 4PNGA 4KW6A 3ME7A 4O92A 1SL0B 3E3EA 1KTEA 3BCIA 1ZOFA 1Z6MA 1X5CA 2K9FA 1XVQA 2E7PA 2VM2A 4ID0A 2GZYA 5D9VA 4EUYA 1WWJA 3ME8A 2HFDA 4IGJA 1BG5A 3ERFA 1B8XA 4LL1B 2P5RA 2VUPA 2C0GA 3GKNA 4CDOA 1JHBA 1GTBA 4TR1A 1XW6A 3CXGA 3TKPA 4O7HA 1FW1A 1ERTA 4MZBA 4BL7A 4ECBA 4MH3A 1A8YA 3CSJA 2C0DA 3FK8A 1RW1A 1R4WA 2E0QA 4IN0A 4OCEA 3L0HA 5D9WA 2YWNA 3IV4A 3G7IA 4OFTA 1X9MB 3IR4A 2R37A 3A2WA 4LMWA 2DC5A 5D9XA 3O3TA 1K0AA 2PMTA 1OE8A 1ABAA 1TI3A 2FHEA 1TW9A 2RIIA 2FCHA 2YJ7A 3K8NA 1T7PB 2F8FA 2VM1A 1PSQA 1XWCA 2O85A 5KN1A 2CA8A 1MEKA 4F2IA 1GWCA 2B1LA 1TOFA 4GRFA 2V1MA 3EU4A 2LRNA 4OD7A 1T4ZA 4HZ4A 1EGRA 3CTGA 2MMNA 1IYHA 4LLRA 3D4MA 4KSMA 2V2GA 4GXZA 1BYEA 4JR4A 3D4TA 2N5AA 4WR4A 3KMNA 2ON5A 1TK5B 1V58A 5F07A 1AQXA 1GSUA 3TRPA 1FVJA 4NWYA 1FB6A 1F9MA 2IPAA 3GURA 2Z9SA 5ECPB 1SL1B 3BOAA 4EL1A 2PWJA 3N9JA 2IMIA 2VCVA 3TRQA 3M8NA 1ZZYA 1M9AA 2QKEA 3HCZA 3Q74A 5GSSA 1SYRA 3GX0A 1EP8A 3RHCA 2QC7A 3VWVA 4ML1A 4TR0A 5G30A 5AIVA 1U6TA 4NPBA 4MA9A 1TRUA 4KA0A 2YOIA 2CX3A 2DJJA 2FD3A 4Q5RA 2MBTA 3TKSC 4AGSA 5IPGA 4HUAA 12GSA 5H5QA 1HD2A 2LJRA 5E4WA 3M9KA 3UARA 5CYYA 1SU9A 2FWHA 3DVXA 2VAFA 2GLRA 1S3DA 3WT2A 3PH9A 3VFIA 1WE0A 5EVOA 5DJLA 2LTKA 1GSEA 4X0XA 4D73B 3SBCA 3FR3A 1SD9A 2FA4A 3WGEA 2HZEB 3ZVJA 2YCDA 1SKWB 1AUCA 1ON4A 3FZ4A 5IOXA 2HXKA 2RM6A 1YJ6A 2BTOT 2TIRA 1DSBA 1NM3A 2IL3A 2FY6A 4ZB8A 3APSA 1TI1A 2ES7A 2I81A 3ZVJD 2YV9A 4QL7A 5LCZA 3IOSA 3A2XA 4JZQA 2IFQA 2YWIA 5IPHA 5JCUA 4BWQA 4RQRA 3EU3A 3F3QA 1PL2A 3LQ7A 6GSUA 2HRFA 2WJUA 3ZITA 1G0TA 2OE0A 3IAM2 2MBSA 2C8UA 4TXOB 2HYXA 2GQKA 1B4QA 3M1GA 1CQGA 2F3MA 5CREA 2CQ9A 3IPZA 4K7OA 4GLTA 5E59A 1G7EA 5ID2B 5ELGA 2H73A 2MMZA 1Q4JA 2WCIA 3GTUB 2MMAA 4PQHA 5A4WA 1B9XC 5JWQB 5G2ZA 2AJQB 3M9JA 5G5EA 4ZBBA 2XPEA 3VPQA 1ILOA 1EP7A 4ZXGA 1WJKA 4K7NA 3UVHA 4BPYA 3FR6A 14GSA 1MDKA 1QMVA 3QAGA 2PVQA 1GL8A 5H5SA 4Q5FA 3RPNA 4BWSA 3KTBA 4NV2A 1O7UA 4ML6A 1PX6A 1XVWA 1KEBA 5B7CA 1Z3EA 1N8JA 4EO3A 3GHAA 3F9UA 5D96A 1Q98A 2H01A 3CYNA 2WB9A 1PN9A 1GTIA 3UVTA 4QQ7A 4MCUA 1K0CA 4RQXA 4TR3A 3ZFLA 3OR5A 3F4RA 1M2AA 1BAYA 3ERGA 4G9HA 1THOA 5G1KA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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