4EKZA

Crystal structure of reduced hpdi (abb'xa')
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
476
structure length
469
Chain Sequence
HHSSGLEVLFQGPGSDAPEEEDHVLVLRKSNFAEALAAHKYLLVEFYAPWCGHCKALAPEYAKAAGKLKAEGSEIRLAKVDATEESDLAQQYGVRGYPTIKFFRNGDTASPKEYTAGREADDIVNWLKKRTGPAATTLPDGAAAESLVESSEVAVIGFFKDVESDSAKQFLQAAEAIDDIPFGITSNSDVFSKYQLDKDGVVLFKKFDEGRNNFEGEVTKENLLDFIKHNQLPLVIEAPKIFGGEIKTHILLFLPKSVSDYDGKLSNFKTAAESFKGKILFIFIDSDHTDNQRILEFFGLKKEECPAVRLITLEMTKYKPESEELTAERITEFCHRFLEGKIKPHLMSQELPEDWDKQPVKVLVGKNFEDVAFDEKKNVFVEFYAPWCGHCKQLAPIWDKLGETYKDHENIVIAKMDSTANEVEAVKVHSFPTLKFFPASADRTVIDYNGERTLDGFKKFLESGGQDGA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural insights into the redox-regulated dynamic conformations of human protein disulfide isomerase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protein disulfide-isomerase
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
total genus 123
structure length 469
sequence length 476
ec nomenclature ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date 2012-04-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF13848 Thioredoxin_6 Thioredoxin-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ekzA04
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ekzA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ekzA03
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ekzA02
4IJ3A 2FUG2 4ECIA 5IO2A 1SJIA 1AQVA 4G19A 3EVIA 4F0BA 4I6XA 3JCML 2I4AA 4MCUA 4GXZA 4ILFA 5DCHA 2VL2A 2DJ3A 5DJLA 1MEKA 3F0IA 2WULA 2XBQA 2FCHA 3KEBA 4BL7A 3ED3A 4HDEA 1HNCA 2OKAA 2LSTA 3IK7A 2JU5A 5A5KA 2VLTA 1JZOA 1K0NA 1XWKA 3KTBA 4N30A 5ECPB 5CREA 1MDJA 1AQXA 5JWRB 4F0CA 4O92A 3TJFA 4K2DA 2MMOA 1TOFA 2IMFA 2VL2C 4I2UA 2VOCA 1PRXA 3F3RA 2AV4A 3GH6A 2LV3A 2WZ9A 3C1RA 3J7Yb 4FO5A 4AF2A 4BVXA 4OMVA 2FA8A 5DJMA 4KA0A 2HE3A 4G2EA 5HR3A 3UVHA 2HZEA 1UN2A 3HJPA 5IO0A 2R37A 4YAVA 3LG6A 1VF1A 1JZWA 3A5WA 2F8FA 2YJHA 4N0ZA 4MZWA 1K0OA 1NHYA 4KNDA 2C1YA 3GSSA 2KLXA 3RAZA 3LEFA 4PQIA 1U6TA 3IR4A 2IMEA 2P5RA 3PH9A 3LFLA 1PX7A 5KN1A 3HKRA 1FB0A 5F07A 3D0ZA 1X0RA 5ECHB 3VI5A 5JCWA 1OE7A 2RM6A 5CRDA 4MZBA 5A4VA 5D9VA 3CSIA 4GSTA 1TKDB 1AXDA 3F4RA 4J56E 2C3QA 2Z9SA 1C72A 4AGSA 5AN1A 1O7UA 4YQUA 1OC8A 1YJ6A 3MSZA 3KH9A 1Q4JA 10GSA 4MJAA 2TRXA 3HCZA 2M72A 6GSXA 4MK3A 1PL2A 1V2AA 1JLWA 2IFQA 5GZZB 3FW2A 2LQQA 1V9WA 1K0DA 2CX3A 1B4QA 3P7XA 4KB3A 1TI3A 5IIZA 1NM3A 1E2YA 2E2MA 2YZUA 3FR3A 4MF6A 1F9MA 4YH2A 1PL1A 1ON4A 4L8EA 4N10A 1XFLA 1X9SB 3DXBA 2GT6A 5ECNB 3EURA 4BWSA 1BG5A 3F3QA 3QAWA 2R6KA 1R7HA 1F3BA 5B6NA 1YF1A 2H73A 1SYRA 3G9BA 1K0BA 5C04A 3EE2A 4IQ1A 1ML6A 4H86A 1XPVA 3TJKA 1F2EA 2YPMA 5E4WA 4CW9A 2GSRA 2PUKC 3APQA 4MJBA 3WD6A 3WGXA 4BVYA 3MAKA 1ZOFA 2L57A 1THXA 4V1Ap 4KGIA 2PERA 1AAZA 1DE2A 4YQVA 2GVPA 1SKRB 3DRNA 5AIVA 1GTIA 3GURA 3WGEA 3E3EA 3N9JA 2VLVA 4TOPA 1U3IA 3DVXA 2PMTA 1V57A 5AIXA 3FYGA 2GSQA 2ON7A 2IJYA 2L5LA 1J0FA 4BPYA 2H71A 3GV1A 4O7HA 1SD8A 4WBJA 4JBBA 3ZIJA 2GZPA 4MABA 1T1VA 1SJZA 1EWXA 2WJUA 1A24A 2LS5A 3DGQA 2O85A 3F4SA 5DCGA 2VD0A 4MPFA 3O6TA 5B8AA 1PQNA 1XOAA 2XC2A 3V1WA 2LRTA 1TTZA 3TJJA 1FO5A 13GSA 4I97A 3I43A 4MJCA 4BA7A 2PBJA 1GULA 4MDCA 2VL3A 4MA9A 5DQSA 2AJQB 2XHFA 3ZITA 4KE3A 4PNGA 5HR0A 5IMDA 2GQMA 4K8MA 3PR8A 1PD21 1WP0A 4Q5FA 1WRYA 2J23A 2RLIA 4EVMA 4YQMA 5JWOB 4XIHA 1HYUA 4Z7XA 4OO5A 4XRAA 1XWAA 1ZGNA 5AGYA 2HRNA 2DIZA 2GZZA 3LXTA 1FAAA 3CTGA 3CYNA 14GSA 2VIMA 1O73A 2B1KA 1TK8B 2EIQA 6GSVA 2PGTA 4RI7A 2VLUA 5CAXA 4TN8A 2CQ9A 2H75A 4DSSB 1YY7A 1M9AA 3VPTA 2IIYA 2LEGA 4LLRA 4V2MA 1BEDA 1OC9A 1THOA 3HY2A 1AUCA 4RQXA 2GSSA 5GAPD 3VLNA 1WE0A 3N5OA 3LYPA 5FWGA 1S3CA 4Q5NA 4GSSA 4QL9A 3VK9A 2CVDA 3CMIA 4WKWA 4EL1A 1XVQA 3WYWA 5ECKB 2CZ3A 1WJKA 2K18A 3QFAC 2AUVA 3I9V2 4LMWA 5JWQB 3F63A 1YKCA 3FZAA 3IA1A 4WEYA 4AJ7A 3VWWA 3NZNA 3S9FA 1M2AA 1AC1A 1HNAA 3IHQA 4QL7A 1O81A 1O6JA 1ERWA 4OFNA 1GUMA 1XW5A 1OC9B 1M0UA 3TRQA 3EINA 1XVWA 5INYA 1V58A 3FKFA 5G30A 3BCIA 4ZBAA 4JEDA 3VI7A 3UEMA 1SL2B 1TXXA 4HI7A 1G7OA 2DJ2A 3GTUA 3O76A 3RPNA 1HD2A 2HT9A 1JZDA 1GSQA 5ENUA 5KN0A 2YJ7A 1TW9A 3RBTA 4N11A 3KGKA 4XS4A 2CT6A 2JZRA 1ERUA 5FHIA 1WOUA 1XWGA 2B1LA 2PPTA 5G2ZA 5HR1A 3TKQA 1GUHA 4HJMA 1E6BA 3Q6OA 2H8LA 4K6XA 3TKSA 2PVQA 17GSA 4JR6A 1TP9A 1GSDA 1OKTA 3O3TA 4WR5A 3QAGA 1CQGA 1O8WA 4WETA 2V32A 4AJ6A 4EKZA 4EDZA 3R2QA 1Z5YE 2VCQA 3IBHA 2I9HA 3TKSC 1U88A 2VCVA 2A4VA 2RM5A 4PX1A 1Z9HA 2R2JA 2VAFA 2YWMA 3GTUB 1EP7A 5ECIB 3LORA 2HNLA 3NOFA 4NPBA 2KOKA 2VL9A 3GSTA 3IXRA 2YWOA 3ME8A 3VWUA 4XS4B 2FNOA 2DJJA 3HVSA 3ZZXA 3TRXA 4KCEA 4ML1A 4JZQA 1GNWA 4NHZA 4WF4A 1F3AA 4ZL7A 4GCIA 3KZQA 2OE0A 4GQCA 8GSSA 1SKSB 4P3YB 3M0FA 3WT2A 3GKNA 1LJRA 2MBTA 2HFDA 4TVEA 2QSIA 1VF2A 4KSOA 4NWYA 4K7OA 3ZREA 2B7KA 3RDWA 2X99A 2AB6A 3GN3A 1JFUA 5A4UA 1MD4A 2PVOC 2O87A 2NVLA 4OCEA 2OACA 5IM9A 2RIIA 3KP9A 4GLTA 2E2GA 1GWCA 3DIEA 2OE1A 4MMMA 1M7TA 3UL3A 2C8UA 1JLVA 1EGRA 3IRAA 1GH2A 2H1BA 4TR3A 4ZBDA 1W4VA 1A0FA 1PKWA 3L9SA 1XWCA 2L6DA 2G2QA 2DJ1A 1AQWA 1B48A 3Q19A 2VM1A 1KNGA 1TJDA 5G1KA 2FGXA 1DBYA 5IMAA 5GSTA 2DJKA 4GTUA 4IELA 4DEJA 5DALA 2DIYA 2HXKA 4ZBBA 2DMLA 1G7EA 2HZEB 2KUCA 5DQYA 2VO4A 3FEUA 1XCCA 5DBQA 1YEXA 2C3NA 4NV2A 3F9UA 4JE1A 2HZFA 2FD3A 4TW5A 4WR4A 5KEJA 1QGVA 2N5AA 6GSSA 2NDOA 2LKUA 3ZYWA 3DMLA 3DWVA 1GSYA 1MDKA 3OR5A 2G0FA 1BJXA 3Q18A 1QFNA 2JZTA 2OA7A 1T8EB 1X9WB 3TCOA 5ELGA 3TRPA 4HUAA 3FZ4A 2H1GA 5IMFA 1HNBA 1BYEA 3TKSE 3LWAA 4GWRA 5D96A 1T00A 1ERTA 3F8UA 3UAPA 5ID2A 1SK0A 4NMUA 1MD3A 1Q98A 3PINA 1GSEA 3ZFLA 2WDUA 2J9HA 1M9BA 2LNTA 5DALB 3P90A 1NSWA 2MYGA 1YQ1A 2CVBA 5ECMB 2GLRA 3IOSA 3TKPA 2ZCTA 5G5FA 4FIWA 2H1AA 4IN0A 3GKKA 4RI6A 5EPFA 3LXZA 3HD5A 3U6VA 1PSQA 2CA8A 2I3YA 3EYTA 2JL4A 4KX4A 3TB2A 2MMNA 1UVZA 1WMJA 2B5YA 2IFQB 3CXGA 5JCGA 5H5QA 4ACSA 4D73A 1OE8A 5ID2B 3HZ4A 4HZ2A 1OKDA 3IK9A 3ZIVA 2ZNMA 2C3TA 1ABAA 1VRSD 4PQ1A 5A4WA 2GT5A 2GQKA 2VUPA 1FHEA 2EIOA 1FB6A 2ZUPA 4EXJA 1GSUA 2LJKA 3J7Yk 1GTUA 1FG4A 2ON5A 2MBSA 3VWXA 1YDKA 1I5GA 3F6FA 1HQOA 1F6MC 3IC4A 3M3MA 2YN1A 1H4OA 2H0IA 1AIUA 2IMKA 1RQMA 2GDRA 4FYBA 1TRVA 4RUVA 2H70A 2P31A 3BJ5A 1WWJA 4G9HA 3CBUA 2H6XA 2FY6A 1G6WA 4D73B 3ZTLA 3APSA 1FVKA 2NTOA 2B3SA 2C80A 2AAWA 4L5LA 4KUNA 5HFGA 5ECOB 1S3DA 3HHVA 3MNGA 4OCFA 1CQHA 4L0UA 4TR0A 4O32A 3IPZA 4HZ4A 3VWVA 4G10A 2C0EA 3LQ7A 2FWGA 2RUEA 2YCDA 4I2TA 3M9KA 5B8BA 3W6GA 3DEXA 1FW1A 19GSA 1XXUA 2IN3A 3GMFA 3GX8A 4X43A 3ERGA 1T4ZA 1BAYA 4OO4A 3E9JB 2WB9A 1J08A 1VGLA 3M8NA 5E59A 4K0NA 5DAKA 3KH7A 2AHEA 2OBKA 2TRCP 2V6KA 4F03A 4K9ZA 1USBA 4PGTA 1WIKA 1JHBA 4OFTA 1A8YA 2GZYA 1TRWA 3BD2A 2H6ZA 4JR4A 3I69A 4JU5A 4FYCA 3WGDA 2R3XA 4PXOA 3FZ5A 4HOJA 1K3LA 4ID0A 4JRRA 3CRTA 2M46A 3ZLPA 4ZL9A 4MZCA 3SBCA 4KCAA 5D9TA 4HU7A 2ALBA 1XBSA 4IVFA 3VURA 5ABRA 4N0VA 4E8HA 2CAIA 5F05A 2OE3A 3WT1A 1SD9A 2F51A 4LA1A 1T4YA 2N5FA 2MMZA 1ST9A 3G7IA 2BMXA 5IQYA 3P8WA 1GL8A 1OAZA 2JADA 1ZYQB 4EUYA 3BOAA 3HJOA 1XIYA 5DVBA 3EMXA 4K0GA 5J5NA 5LCZA 1SU9A 2I81A 1M2DA 2HSYA 3DKSA 1H75A 4ECBA 4DSQA 2XPDA 1SENA 2IMDA 2LRNA 2FWEA 3US3A 1A2MA 2X8CA 1QMVA 4F2IA 1QUWA 3FRCA 1EZKA 1KTEA 2NPBA 4GSNA 4F9ZA 3H4KA 3IAM2 2H74A 4ZB6A 2GTUA 5EY6A 1UC7A 3EU3A 4XTSA 1XW9A 4OWYA 3GL5A 5J4UA 3UJ1A 1ZYEA 4HU9A 4NXIA 3LSZA 2QKEA 1XZOA 2GS3A 4I5QA 4XCSA 1GTAA 3FR6A 3TKRA 3CTFA 3RHCA 3VFIA 5CRHA 4TXOA 5CRGA 5HFIA 2DJ0A 3D21A 3E0UA 3H79A 2A2SA 2GSTA 1QXHA 1V98A 1GSSA 4CDOA 4WF5A 3A2XA 3ZVJA 2B6MA 2WCIA 6GSYA 4KDYA 1M2BA 2FLSA 3DYRA 1XWBA 1X5DA 2OBIA 1NW2A 2VCXA 3HJMA 4MJEA 4TRXA 5LNKe 1VF3A 4MPGA 1ERVA 3NIVA 3QPMA 3IAS2 2CX4A 4EDYA 4MF5A 2VD1A 3KCMA 2XBIA 1K3YA 4ECJA 1YF0A 5EVOA 3TJGA 5IOXA 5J3RA 4OFMA 4POBA 2LUSA 3GA4A 1PKZA 1OVNA 3C8EA 2O8VB 3QFBC 1U87A 4TXOB 4Q5RA 2L4QA 3L9VA 2KP1A 3UARA 5HQPA 2E0QA 2FHEA 3UOMA 2C4JA 4TR1A 3IE3A 4NHWA 4PUFC 2IMIA 1T3BA 5IPGA 1SYXA 2YV9A 2V1MA 1G6YA 1EEJA 2YNXA 3ZMKA 3F4TA 4V2NA 4KAEA 2C0FA 2JZSA 2LRCA 1BQ7A 4MH3A 2V2GA 2N5BA 5IMCA 3UBLA 1Z7PA 3KMNA 2FWHA 3M9JA 7GSSA 4POMA 4YAPA 5HR2A 2OJLA 3ERWA 3LYKA 1M99A 2HI7A 4V2LA 3Q74A 3ERFA 3DVWA 3GX0A 5D9WA 3TOTA 5G31A 3H8QA 2L5OA 2WFCA 4Q5QA 2I1UA 3KJYA 1R5AA 3FHKA 2K8SA 2VCZA 1ILOA 1XOBA 1A23A 2YWIA 3I6AA 5CP1A 3VPQA 3HVVA 4TR1B 1TI1A 3ZL5A 3RHBA 4IHUA 4WBRD 2AYTA 1X5CA 4GQFA 2TIRA 2F9SA 1S3AA 3ME7A 4CHSA 5GSSA 5J9BA 3D6IA 5LD0A 1EV9A 5F06A 1SK2A 2F8AA 3K8NA 3GH9A 3TGZA 1FOVA 1A2LA 1Z6NA 2WGRA 2JSZA 3GHAA 4HS1A 2FWFA 5CYYA 6GSUA 2FA4A 4DSRA 4K1FA 5G1LA 5EL8A 5CNWA 6GSTA 2LQOA 2K9FA 2P0GA 3C73A 2DBCA 5IPHA 3TOUA 1DE1A 1B8XA 5AISA 2PU9C 3F6DA 5J41A 1Z7RA 3G7JA 3D4MA 4IBPA 4J2FA 2F3MA 2MMAA 4PNFA 1TRUA 2H01A 1N8JA 1N2AA 4NV5A 1NHOA 5F8BA 3L9UA 16GSA 1EOGA 4LL1B 5L71A 3GFKA 1SKWB 1KEBA 6GSWA 1LBKA 4RQRA 2H19A 2O7KA 4EE0A 2HLSA 2HSHA 3HYPA 4ISDA 2HYXA 2DC5A 1EV4A 5D9XA 4XS1A 2LJAA 2NBSA 5H5SA 4HEA2 3DD3A 4MF7A 2B5XA 4NAXA 5KN2A 3EC3A 1TU7A 1Y6EA 4ZB9A 4FYUA 1R4WA 4O5RA 3ISOA 3L4NA 1RW1A 3APOA 3MWHA 2VCTA 4L0WA 1G0TA 1U3AA 1K0MA 2B5EA 4XHMA 1OC3A 2KHPA 1URMA 3HDCA 3QD9A 4OD7A 5IMZA 5ECQB 2C0DA 2H76A 2DMMA 3TJBA 3GYKA 2CVKA 2VCWA 2C0GA 4ZILA 5GAND 4ECCA 5DDLA 2QGVA 2H72A 2H0GA 11GSA 1Z6MA 1SL1B 3QDNA 1QK8A 1ZMAA 3FZ9A 3GUSA 2YANA 3D5JA 4ZL8A 1B9YC 3KD0A 1XW6A 1EP8A 1MTCA 1TU8A 3KXOA 4FH8A 4TR4A 4TXVA 1I9DA 2YZHA 2H30A 3U5RE 2EIRA 2R5GA 1TDIA 1SK1A 1X5EA 1T7PB 1QQ2A 3UMAA 3CRUA 5KN3A 5G5EA 3C1SA 1Y25A 5ECSA 1K0CA 4K7NA 2CV4A 3QAVA 3IDVA 4WXTA 4IP6A 3L0HA 2IL3A 5ECRB 4MP4A 4EO3A 2BJXA 1Z3EA 4IQAA 3A3TA 3H93A 1GLQA 2M80A 4PURA 2KP2A 1EOHA 4HJ2A 2LNSA 5HFKA 1K0AA 2B7JA 3PGTA 3C71A 3ZFBA 3A2WA 4ULXA 3CSJA 5D73A 1PA3A 2YWNA 2K8VA 2LJRA 1DUGA 1GRXA 3QCPA 4GRFA 1GSFA 3UIWA 3ZVJD 1GNEA 3QMXA 1IYIA 3L78A 5D93A 4V1Ag 3HA9A 3GL3A 1YKAA 3KMOA 1EEMA 2BTOT 2D2ZA 2GGTA 3KIJA 1GLPA 5J9CA 3TUEA 3EMPA 1VF4A 2HRFA 3AY8A 2EC4A 5CRWA 4BWQA 4IP1A 1KBNA 1OYJA 1ZZYA 4DSSA 3GRXA 3KTLA 5C00A 3W8JA 1O8XA 2IWTA 2MZCA 2K6VA 4QQ7A 2RUFA 2X8HA 1K3OA 4ML6A 3GNJA 4POLA 2OADA 1PN9A 3CSHA 1R26A 2PN8A 4IJIA 2QC7A 2X8GA 4KH7A 4ZXGA 20GSA 3TDGA 3W8SA 1TK5B 1O85A 4I8BA 3EWLA 3FY7A 1TRSA 5IMVA 3GKMA 3KP8A 3D4TA 5COHA 2JSYA 5IOWA 4POKA 2LTKA 4MH2A 3G7YA 2X64A 2REMA 1LU4A 5CO3A 3P2AA 3QOUA 2PWJA 3H1NA 2O89A 5B6MA 9GSSA 3HZ8A 1B4PA 3UVTA 1R5PA 2L4CA 1TK0B 2WRTA 2V41A 2H66A 2DSAA 2R4VA 2YP6A 1PGTA 3HXSA 1SL0B 1GTBA 1B9XC 4XRDA 4LL4B 5H5RA 2H6YA 3C7MA 1GUKA 1F37A 3LJRA 3ZRDA 3ZMLA 3KM6A 4HQSA 1AW9A 3UBKA 1DSBA 4ZB8A 2DLXA 1WPIA 5DAKB 2XPEA 1A2JA 4KW6A 1X9MB 3EU4A 3FK8A 3MDKA 4DVCA 4L5OA 3M1GA 18GSA 4MLYA 2YV7A 1A0RP 2H0HA 3HVXA 4PQHA 4XS6A 1YZXA 2GQLA 2L6CA 5B7CA 1ZCPA 4X1UA 5D8IA 4PUAA 4KDXA 12GSA 1RK4A 2CZ2A 5FT3A 2CAQA 3SWLA 3D22A 1A8LA 4TKYA 3A2VA 2A2RA 4EF0A 4K7IA 2JACA 4J57E 1SJ6A 2V6OA 2H1DA 2YOIA 2WS2A 1W89A 2P5QA 4X0XA 4IW9A 3QR6A 5JCUA 1IYHA 4IS0A 1V40A 5ELAA 4KDUA 4KSMA 1FVJA 3GIXA 2VM2A 3RPPA 4IKHA 1YEPA 4GF0A 1J9BA 1BX9A 4ZIJA 1MDIA 4HQZA 4EC0A 3GKXA 1EGOA 22GSA 2IPAA 5F0GA 3BCKA 4E8EA 3FR9A 1JZRA 3IV4A 4F82A 1ACVA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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