4FYBA

Structural and functional characterizations of a thioredoxin-fold protein from helicobacter pylori
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
161
structure length
161
Chain Sequence
IDKKSYAGLEDVFSDNKSISPNDKYMLLVFGRNGCSYCERFKKDLKNVKELRDYIKEHFSAYYVNISYSKEHDFKVGDKNNEKEIKMSTEELAQIYAVQSTPTIVLSDKTGKTIYELPGYMPSTQFLAVLEFIGDGKYQDTKDDEDLTKKLKAYIKYKTNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and functional characterization of HP0377, a thioredoxin-fold protein from Helicobacter pylori
pubmed doi rcsb
molecule keywords Thiol:disulfide interchange protein (DsbC)
molecule tags Oxidoreductase
source organism Helicobacter pylori
total genus 57
structure length 161
sequence length 161
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13098 Thioredoxin_2 Thioredoxin-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4fybA00
3GTUB 2H8LA 1LU4A 1V9WA 1JLWA 2I9HA 1T4YA 1GSEA 1T7PB 1GTUA 4K6XA 3VPTA 3HZ8A 2YJHA 2R3XA 2IJYA 1U6TA 5GZZB 1GSQA 1JHBA 9GSSA 3RAZA 2CZ2A 4HOJA 5DQYA 2DMMA 3HXSA 4GF0A 2EIRA 1AC1A 1ACVA 4KUNA 2N5AA 4OWYA 1JZDA 4E8HA 3L9SA 2H1AA 4Q5RA 2HRFA 1OVNA 1AXDA 2R5GA 1NW2A 3ZVJD 1X5DA 3GL3A 3ZREA 2MMOA 1QGVA 5AIVA 3IBHA 1GRXA 2P31A 1A8YA 1XFLA 1OC8A 2VCQA 10GSA 2F9SA 4JE1A 2AAWA 4MJEA 1EGRA 3HZ4A 2B7KA 4J2FA 1WRYA 1VF2A 4KSOA 3VURA 20GSA 2JZTA 4RQXA 5A4WA 1S3AA 1S3DA 3D4MA 2V32A 2MBTA 1EEJA 2AV4A 3VWXA 1O85A 3F3RA 2LUSA 4NWYA 4LLRA 1ZL9A 4JEDA 2DC5A 1YKCA 1GSDA 3WT2A 4V1Ap 4G10A 2ON7A 1ERWA 2F8AA 1XWAA 5DAKA 4IP1A 4TXOA 1Z9HA 3VWWA 1MEKA 4MJBA 3BBYA 4GLTA 1I5GA 5J9BA 2YV7A 2C0GA 4LL4B 3VWUA 1A24A 5G31A 1IYIA 2AJQB 5L71A 1N8JA 5D8IA 3HJMA 2FGXA 1TK0B 2WS2A 4WR4A 3CRUA 4NV5A 4QQ7A 4F82A 3EWLA 1QUWA 2VAFA 4FYUA 5H5SA 2CVBA 1S3CA 3F8UA 1FG4A 4DEJA 3QPMA 3GRXA 2O7KA 4IW9A 2J9HA 2C4JA 4JR6A 4MZWA 3GNJA 3TDGA 1SKSB 3TJJA 5KN3A 4POBA 2O8VB 2OADA 4TR4A 4XIHA 2CZ3A 2M46A 3PGTA 2LRTA 1SENA 4PQHA 2AUVA 2L6DA 1FAAA 1PX7A 3DYRA 3US3A 1UC7A 3MAKA 4DSSB 2E0QA 4MPGA 2PMTA 2X8CA 1WIKA 2VM2A 1DE2A 1ZOFA 5GSTA 2VLVA 4MZBA 2GQLA 2LSTA 2OE1A 2VL9A 5HQPA 5ELGA 1X9WB 2B3SA 1A2LA 4MK3A 1SK2A 4TR1B 3UVTA 1ON4A 3KXOA 5ECMB 2YP6A 1JZWA 4MPFA 5AGYA 3KH9A 5IPGA 2GSQA 2H30A 1B8XA 2GQKA 2QC7A 1GLPA 2PVOC 1SK1A 2DJKA 5CO3A 4TRXA 2GTUA 3EVIA 3F0IA 3UJ1A 1MDIA 1BAYA 1A2MA 3LSZA 1GSSA 4WBRD 1WMJA 3VPQA 1EOHA 2WJUA 2AB6A 3EU4A 1XW5A 5D9VA 3L9VA 1TK5B 3LGCA 3M0FA 2YWMA 1PKWA 3GSSA 2TIRA 3CSIA 4MCUA 5A4VA 1HNBA 1NHOA 1SJZA 1SK0A 3GA4A 4ZB6A 4X1UA 3MNGA 2O85A 2M80A 3RDWA 5EVOA 2WDUA 2LKUA 3LWAA 5INYA 3F4TA 2YWOA 4Q5QA 1YEPA 3IXRA 2LS5A 5CP1A 2LQOA 1TU8A 2L5OA 2H73A 1W4VA 5IMDA 3P90A 4HQZA 1Z6NA 2NPBA 3KH7A 2GT6A 3FZ5A 1X5EA 4AF2A 3QAGA 1U3AA 1ZCPA 1F6MC 3KP8A 1MDJA 2VCXA 4F03A 1TU7A 3QMXA 3IK7A 1XXUA 4KCEA 1V40A 1Q98A 1VF3A 4MJAA 1WPIA 1A0RP 4V1Ag 3RBTA 4ID0A 1GTBA 4MH2A 5F8BA 5D9XA 3GH6A 2IL3A 2VIMA 5ID2A 2R6KA 2X99A 1K0MA 2YOIA 1TDIA 3L9UA 3VFIA 2H70A 1W89A 1ML6A 5B6NA 3KMOA 5IMVA 3W6GA 1FVJA 4X0XA 3DKSA 3DD3A 2R2JA 1A23A 2L4QA 2C1YA 5CRWA 3EC3A 5GSSA 1TK8B 5F05A 3HYPA 5LD0A 2B1KA 5DCHA 2A2SA 5JWOB 1QK8A 4ML1A 2FD3A 3NOFA 2TRCP 3UL3A 1GULA 5ENUA 4BA7A 4IJIA 1M9BA 4JR4A 4N0VA 3KJYA 2F51A 1AQWA 2DJ1A 5DALB 3WGEA 5IMCA 1E2YA 3D4TA 1EV4A 3TJKA 2MBSA 3BD2A 3F9UA 3HY2A 1X9SB 5ECOB 2HSYA 3DGQA 4WBJA 4XS1A 1DSBA 4KAEA 4XS4A 1JZRA 2HYXA 4K7OA 3ZVJA 3I69A 1AIUA 1XWBA 1XWCA 3F6FA 1AAZA 2YV9A 1X5CA 1Z7RA 2IMIA 2CVDA 1BX9A 4BVXA 2HZEB 2B5YA 2FHEA 2HI7A 2CQ9A 3HD5A 5IIZA 2PGTA 4XS6A 1PA3A 3KCMA 1NHYA 3IV4A 4KCAA 2K18A 2WB9A 1MDKA 2HE3A 2P0GA 1WJKA 2PN8A 4NPBA 2GGTA 1Z7PA 2IFQB 3C71A 2LQQA 2LEGA 2B5XA 2GSSA 2NVLA 3QD9A 4TN8A 4EUYA 1BEDA 4HUAA 2H0IA 3EE2A 5GAND 4HZ2A 1V98A 2YZHA 3FZ9A 5H5RA 2R4VA 2E7PA 1M2DA 2H1GA 4NAXA 3QFBC 2DBCA 3V1WA 2H6XA 3GSTA 3CTFA 3MWHA 4RQRA 1G6YA 4KNDA 4HDEA 5FWGA 1TXXA 1G7OA 2JL4A 3GKKA 3LYKA 2X64A 3TKSA 1T4ZA 2AYTA 1GWCA 2MZCA 3ZFBA 4GRFA 3L0HA 5EPFA 3W8SA 2YWIA 3VWVA 1I9DA 3ME8A 3R2QA 1SU9A 1OE7A 4O7HA 4NV2A 3ERGA 1LBKA 4WEYA 5E59A 5ECNB 4EE0A 2KOKA 3DWVA 3ZIVA 1F3AA 4L5LA 1NM3A 2V41A 4HU7A 2GQMA 3GKMA 4EKZA 3TKPA 4K0NA 4ZL7A 1QFNA 2FWEA 2BTOT 3SWLA 1PSQA 4G2EA 3HJPA 2FA8A 4Q5NA 3SBCA 2G2QA 3A2VA 3P8WA 2NBSA 3GX0A 5DQSA 4ULXA 3FRCA 3KGKA 5EL8A 2HT9A 3UMAA 4TKYA 4QL9A 4GQCA 3UBKA 2GZZA 4G19A 5HR2A 2WULA 3UEMA 5DAKB 6GSYA 1TI3A 1USBA 5H5QA 2GVPA 3P7XA 2H1BA 1ZGNA 4KW6A 2WGRA 4ECIA 2RLIA 4EDZA 4FYBA 2VL2A 3O6TA 2CAQA 1SD9A 3KMNA 5AN1A 4GQFA 3M9JA 2H0GA 3FK8A 4YH2A 2H74A 2L59A 4L5OA 2OACA 2TRXA 4JU5A 4JBBA 3LYPA 3D22A 2K8VA 4V2MA 4K7NA 4IKHA 1YKAA 1HD2A 5DVBA 5F07A 3ERWA 4I5QA 5HFGA 1DE1A 5IM9A 2P5RA 2JU5A 4ECJA 4TW5A 3H4KA 4GCIA 5IOXA 5ECRB 4IJ3A 3QDNA 1BJXA 12GSA 4OMVA 13GSA 5AIXA 1O6JA 3VK9A 2C0DA 1GTIA 2HSHA 3CXGA 1SL2B 1FB6A 2FWHA 3WGXA 2PUKC 1MD3A 1YY7A 1EGOA 4KA0A 4POMA 4YAPA 3M3MA 5J41A 3IHQA 1THOA 4AJ6A 4K0GA 4OCFA 1E6BA 2OA7A 2KLXA 2C3TA 4PUFC 1O7UA 3LEFA 4D73B 4OO5A 2V1MA 1A2JA 1K3OA 4F9ZA 6GSXA 2OE0A 2C3NA 1YDKA 2L4CA 1Z3EA 5CRGA 4TVEA 2JZRA 1VGLA 1VF4A 1ABAA 1H75A 3L78A 2QSIA 2CX4A 4GSSA 2DIYA 4NXIA 5ECSA 3LXZA 1YF1A 2NTOA 4K7IA 5IO2A 3IAS2 4K2DA 1AW9A 5DCGA 3S9FA 4IQ1A 1YQ1A 1EZKA 1ZMAA 2N5BA 3W8JA 2ALBA 3F4SA 2FWGA 4EXJA 4QL7A 5ECQB 1TJDA 1M99A 4WKWA 2V6KA 5B6MA 1TKDB 4ECBA 4KB3A 4Q5FA 2YWNA 3H8QA 2GT5A 4KSMA 1XWGA 2D2ZA 4YQVA 5E4WA 1Q4JA 2WZ9A 5DJLA 4G9HA 4HS1A 3TB2A 3WGDA 3EURA 4I2TA 1GSFA 1WWJA 1OAZA 4OFNA 2VCWA 4KDXA 3NZNA 3KEBA 4PQIA 1GUMA 1AUCA 3C1RA 3CRTA 2IMDA 3RPPA 2N5FA 1T00A 3APSA 3A3TA 3QOUA 3TKSC 3D6IA 4HEA2 2EIQA 2JSYA 3TRXA 4ZL9A 4LL1B 3QR6A 2GLRA 1NSWA 1CQHA 1R5PA 2WCIA 5FHIA 2L5LA 4HQSA 2PPTA 4OO4A 4KH7A 5ID2B 3LXTA 2EIOA 4F0BA 3H79A 2C8UA 2OBKA 3GFKA 4ZB9A 1M2AA 5KEJA 4WF4A 2FLSA 3TCOA 1M7TA 1TTZA 4IP6A 1AQXA 4NMUA 1GLQA 5ECIB 3HVSA 1FO5A 1SJ6A 1R26A 2B1LA 3IR4A 3KM6A 4CDOA 3ZMLA 3HCZA 4ZBBA 3L4NA 4MF5A 4GSNA 3GV1A 2P5QA 4X43A 4YQMA 5CNWA 2A4VA 3N9JA 3HJOA 2IWTA 2QGVA 1XIYA 3Q19A 2O89A 1O8XA 2JSZA 2O87A 3BJ5A 2YCDA 5B7CA 3GIXA 4IGJA 2M72A 2I4AA 5D96A 1CQGA 5C00A 4GTUA 2YJ7A 1Z6MA 2KP2A 1G6WA 3U6VA 3U5RE 4POKA 4PNGA 3EMXA 2XHFA 4FH8A 2ZCTA 1KBNA 1SKWB 1AQVA 3QCPA 1V57A 3DVWA 1C72A 5IMAA 2VLUA 2VL2C 3ZL5A 1HYUA 4XS4B 3FKFA 2IPAA 5J9CA 2CA8A 4DVCA 1GTAA 2Z9SA 4EDYA 3PH9A 1KEBA 3G7IA 1XW9A 1TRVA 4XRDA 4OD7A 1G0TA 4JRRA 1K3YA 1QQ2A 3D21A 1K0NA 1Y25A 5CYYA 3Q6OA 4PUAA 3LORA 3FR6A 1WOUA 4ZL8A 1K0OA 3FR9A 5F0GA 1ZZYA 3DXBA 3FW2A 2EC4A 5CRDA 3ZMKA 2OBIA 3FYGA 1YEXA 3QAWA 3LFLA 1PKZA 2B7JA 1O81A 1SYRA 1GL8A 1B9XC 1XPVA 4ZB8A 2X8HA 4PX1A 2HZFA 1B4PA 3GUSA 2B5EA 1XVQA 1FB0A 4KX4A 4PQ1A 3TKSE 1URMA 3GX8A 5ECKB 3O3TA 3KTBA 2FUG2 1YZXA 1ERVA 1SL1B 1OC9B 5ELAA 3E0UA 2DJ2A 1GSYA 3D5JA 3NIVA 1OYJA 2C0FA 4WETA 2GS3A 2B6MA 4MZCA 2MMNA 2IMKA 2FCHA 3RHBA 1VF1A 3I9V2 2K6VA 5FT3A 3IE3A 3FZAA 3M8NA 5J4UA 1V2AA 1F37A 5ECHB 2I1UA 1M2BA 2NDOA 1O73A 3GMFA 1BQ7A 2FA4A 3IPZA 5CREA 5GAPD 4P3YB 4L8EA 3APQA 4HU9A 2VOCA 1UA5A 3GURA 2VCZA 3TJFA 2LRNA 1FVKA 3IOSA 2CT6A 5HR0A 1XVWA 1JFUA 2VD0A 4XCSA 5ECLB 2VL3A 3CMIA 1SJIA 4F2IA 5LCZA 4JZQA 1UN2A 3C1SA 2LNTA 3ZRDA 4MABA 2DLXA 4XTSA 4PGTA 4ACSA 3LQ7A 1F2EA 3H1NA 4J57E 4BL7A 4RUVA 4LA1A 2BJXA 4N30A 3UAPA 2ZUPA 2I81A 2H6ZA 3BOAA 4TXVA 3A5WA 5F06A 1TP9A 1K3LA 2HXKA 3FEUA 3PR8A 3IK9A 4N0ZA 5AISA 1GP1A 2K8SA 1OKDA 4EC0A 3TJBA 1FHEA 2DSAA 5JCGA 3ME7A 2HFDA 17GSA 4L0UA 1MTCA 4GXZA 3TKRA 4HJMA 4AJ8A 1M9AA 2H1DA 3HDCA 3CYNA 4I97A 5ABRA 4IVFA 1J0FA 2KP1A 2DJ0A 7GSSA 1PN9A 3KTLA 1WE0A 4EL1A 1KNGA 4TXOB 1K0AA 4EO3A 5G1KA 3TKQA 2VD1A 3PINA 4MJCA 3GTUA 1GUKA 3IRAA 1OE8A 4F0CA 4N10A 1K0DA 1XW6A 3APOA 3UBLA 3J7Yk 3DRNA 2GZPA 2MMAA 1QXHA 4K9ZA 1R7HA 3IDVA 1TW9A 2MMZA 2XPDA 1MD4A 1Z5YE 3D0ZA 5G5EA 4ZIJA 2YPMA 3ZIJA 3GYKA 5JCWA 3ERFA 4O5RA 3OR5A 3FR3A 3CSJA 1JLVA 4ML6A 4TR3A 4ZBDA 1J9BA 4LMWA 4FIWA 4POLA 5ECPB 3MDKA 2H6YA 4K8MA 1GSUA 1PD21 5D93A 2V6OA 4V2NA 1YJ6A 4BPYA 2C80A 1SL0B 3Q74A 3FY7A 3KP9A 4BWQA 3AY8A 5A5KA 2JACA 2ZNMA 5D9WA 4HI7A 2VLTA 3WD6A 5IO0A 1R5AA 3UOMA 1R4WA 1O8WA 3TJGA 3C8EA 4N11A 5D73A 2VUPA 3WYWA 3N5OA 1PL1A 1XZOA 2GSTA 5HFKA 4J56E 3F4RA 2KUCA 3QFAC 3HVXA 4IBPA 2JADA 3EU3A 2BMXA 3ZITA 4ISDA 4V2LA 5JCUA 1PGTA 3K8NA 3ED3A 2DJJA 2REMA 2DJ3A 4IQAA 1U87A 2H01A 5B8BA 1EP8A 1RW1A 3EINA 1U3IA 1ZYEA 3A2WA 3TRPA 2H0HA 3JCML 16GSA 2YANA 3A2XA 3ZTLA 1HNAA 1TRSA 4DSRA 5JWRB 2KHPA 2WRTA 3EMPA 2RIIA 3TOTA 2LNSA 4IELA 2VCVA 1GUHA 1EV9A 4GSTA 3UVHA 4D73A 2LTKA 4TOPA 1K0BA 1EEMA 3M1GA 4IS0A 4TR0A 2XC2A 3LJRA 4E8EA 1ZYQB 3J7Yb 3F6DA 1XOBA 4IHUA 1B4QA 5IMFA 3HHVA 4O32A 4AJ7A 14GSA 6GSVA 3TGZA 2J23A 1XCCA 4GWRA 3G7YA 4I2UA 2XBQA 4DSSA 5G30A 3TOUA 3E3EA 1SKRB 3H93A 3G9BA 2I3YA 4MH3A 1OKTA 5IQYA 1T1VA 1X9MB 4WXTA 2RUEA 3O76A 4TR1A 3ZYWA 3DMLA 5DDLA 4HZ4A 2YNXA 2FY6A 1V58A 1XWKA 4OFTA 1BG5A 4NHZA 2RM5A 2PVQA 2OE3A 4O92A 4OFMA 1GNWA 5JWQB 2PBJA 3VI7A 4MF7A 1YF0A 3ZFLA 1BYEA 1U88A 3GN3A 3HVVA 1K0CA 4CHSA 1DBYA 5COHA 5G5FA 2A2RA 1T8EB 1HQOA 3ZLPA 1G7EA 5CAXA 2CV4A 4OCEA 5C04A 2GSRA 5HR3A 3G7JA 1ST9A 3E9JB 1A8LA 6GSWA 4EF0A 3GHAA 5HR1A 4RI7A 2GDRA 2DMLA 5KN2A 3I6AA 3VI5A 3IA1A 5G2ZA 1THXA 2RUFA 2FNOA 4LMVA 2ON5A 1LJRA 1ERUA 1WP0A 3I43A 4YAVA 2QKEA 2IMEA 3DVXA 2XPEA 1JZOA 3F3QA 3IAM2 5CRHA 1B9YC 1OC3A 2VO4A 4EVMA 3KIJA 1EOGA 4IN0A 5J3RA 3BCKA 4MDCA 4CW9A 4XHMA 5KN0A 1M0UA 4L0WA 4BWSA 3TUEA 4KDYA 4ZILA 1B48A 4MF6A 3RPNA 4HJ2A 5DBQA 4KDUA 1RQMA 5LNKe 2XBIA 3P2AA 1T3BA 1SD8A 3LG6A 1TRUA 2H71A 2F8FA 2G0FA 3GL5A 2L57A 4MLYA 1PRXA 18GSA 4WR5A 6GSSA 2IMFA 1VRSD 1TOFA 5D9TA 2CVKA 4H86A 2RM6A 4ILFA 3IC4A 4WF5A 2C3QA 2GZYA 1X0RA 2PERA 1ILOA 3WT1A 1SYXA 5DJMA 6GSUA 2WFCA 1TI1A 2R37A 2VM1A 2LJAA 4DSQA 4BVYA 3KD0A 1H4OA 1IYHA 4Z7XA 4FYCA 3QAVA 2PWJA 1PL2A 1Y6EA 19GSA 1DUGA 4PNFA 2X8GA 2IN3A 4PURA 4ZBAA 5A4UA 4MP4A 1EWXA 4I6XA 3DIEA 3DEXA 3GKXA 1J08A 2LRCA 1ERTA 1PMTA 4KE3A 3RHCA 1GH2A 3TRQA 4AGSA 3MSZA 3CTGA 3HKRA 1FOVA 1KTEA 6GSTA 2LV3A 5DALA 2HLSA 22GSA 3FZ4A 5IPHA 2K9FA 1TRWA 3UARA 5J5NA 3F63A 1A0FA 2HNLA 2H75A 1PX6A 2L6CA 3GKNA 2AHEA 3FHKA 3EYTA 2HRNA 3CSHA 11GSA 2H19A 3KZQA 4FO5A 1RK4A 2OKAA 2H72A 2MYGA 3ZZXA 3UIWA 4NHWA 3GH9A 4KGIA 5G1LA 2IIYA 5KN1A 4K1FA 1QMVA 2LJRA 1XOAA 2FWFA 2PU9C 1PQNA 3ISOA 3Q18A 4YQUA 1HNCA 3BCIA 1N2AA 2LJKA 2HZEA 2YZUA 4PXOA 3CBUA 5HFIA 2C0EA 2YN1A 2ES7A 4RI6A 2CX3A 1OC9A 1XBSA 2F3MA 5IOWA 2H76A 5IMZA 1F9MA 3VLNA 8GSSA 3HA9A 2H66A 5B8AA 4ZXGA 2OJLA 4I8BA 4ECCA 5EY6A 1GNEA 1EP7A 1F3BA 2IFQA 3C73A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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