4FYCA

Structural and functional characterizations of a thioredoxin-fold protein from helicobacter pylori
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
DKKSYAGLEDVFSDNKSISPNDKYMLLVFGRNGCSYCERFKKDLKNVKELRDYIKEHFSAYYVNISYSKEHDFKVGDKNNEKEIKMSTEELAQIYAVQSTPTIVLSDKTGKTIYELPGYMPSTQFLAVLEFIGDGKYQDTKDDEDLTKKLKAYIKYKTNLSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and functional characterization of HP0377, a thioredoxin-fold protein from Helicobacter pylori
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Helicobacter pylori
molecule keywords Thiol:disulfide interchange protein (DsbC)
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13098 Thioredoxin_2 Thioredoxin-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4fycA00
1SK1A 1PKZA 2DC5A 3C7MA 4MH2A 4Q5FA 1UA5A 3MWHA 3G9BA 5IMVA 1SJZA 1B8XA 2BMXA 3DMLA 5J4UA 2H6YA 2HLSA 4CW9A 1IYHA 3VI7A 3DRNA 2NPBA 2H01A 3WT2A 1MD3A 5ECOB 2VAFA 3LWAA 3GRXA 1SKWB 3QOUA 3ZREA 1XPVA 2YZHA 3GSTA 4E8HA 1XCCA 3APSA 1QGVA 2JZSA 4IJIA 1A2MA 1TU8A 7GSSA 1FAAA 3H8QA 4IP6A 1X9MB 1W89A 5DQSA 2B6MA 2K18A 4TXOB 2OBKA 3NZNA 3N5OA 2AAWA 3H79A 2VCTA 1TKDB 4EL1A 1HNBA 4WR4A 3IBHA 3W8JA 2B5XA 4MMMA 3TCOA 1KNGA 2M72A 3GFKA 4OCFA 1WMJA 1A2JA 1TI3A 1PSQA 4LMVA 3GKXA 1YY7A 5D9XA 3QAGA 5DCGA 4JEDA 3HJMA 1G6WA 2CAIA 3I43A 2AHEA 4TXOA 2ON7A 2C3NA 2MBSA 3VFIA 5IO0A 1V40A 1FW1A 1V98A 1WRYA 4OD7A 2CX4A 4GTUA 3UJ1A 3MSZA 3IE3A 2WDUA 1YKCA 1GSQA 2LRCA 5D73A 2F8AA 3KP9A 4V1Ap 4HEA2 4TOPA 2YJHA 1O85A 1S3CA 3H4KA 1OC3A 2QSIA 5JWRB 3QCPA 1XVWA 3Q19A 3DGQA 5ECQB 1TW9A 2DJ3A 2EC4A 4TKYA 3O76A 1SK0A 2H6ZA 4XHMA 1SL1B 1QQ2A 3MNGA 1THXA 3J7Yk 2WZ9A 1TRWA 5D9TA 2OE1A 3TDGA 1ZCPA 5DJMA 3KH9A 5H5RA 2GT5A 3WGEA 3F4SA 2FWHA 3UEMA 1T00A 1WIKA 2MMNA 2J9HA 3D21A 1GSSA 1F9MA 2VLTA 3MDKA 2PVQA 5DAKB 2V2GA 4FYBA 4FYUA 2LJRA 2DJ2A 1PQNA 1F3AA 4JR4A 4KE3A 1R26A 1U6TA 2YWMA 4XS6A 3KM6A 3NOFA 1ERWA 1SD8A 1ERVA 5ECNB 3VWVA 4K7IA 2FWEA 3US3A 1GUMA 4FIWA 2FNOA 2YJ7A 4F9ZA 2VLUA 4TW5A 2CVDA 3ZIVA 2HFDA 2L6CA 4ZBDA 2VLVA 5IIZA 4POMA 1UVZA 3ZMLA 2C1YA 1TK0B 3EINA 4TR3A 1YF0A 3IA1A 5DAKA 1N8JA 2R2JA 4NAXA 4PUFC 3CRUA 5C00A 1EGRA 2V1MA 4HS1A 2H0IA 2H74A 3LORA 4L8EA 5GAPD 4MDCA 3ED3A 5E59A 2KOKA 2YWIA 5ELGA 2VOCA 5J5NA 3ERWA 4KDUA 3E3EA 3C1SA 3F4TA 1AQXA 1O81A 22GSA 2OE3A 4DSRA 2GSTA 3UBKA 2GZZA 2C0GA 4EKZA 4GQCA 4I2TA 2ZCTA 2LSTA 5JCWA 3TJFA 4POKA 2OJLA 3RHCA 3HVSA 3LG6A 4EF0A 1QK8A 3LGCA 1ZMAA 1UN2A 5ECKB 4NMUA 4EDZA 4ILFA 4JZQA 2V32A 1X5EA 2C3TA 1JZRA 1AUCA 4L5OA 2MZCA 4OO5A 5D9VA 5AIVA 2F9SA 4MJAA 3TJKA 4ZL8A 2IMKA 2QC7A 4I8BA 3BJ5A 1PX6A 4WEYA 3TRQA 1Y6EA 5AISA 2XBIA 3EU3A 3G7JA 1YDKA 4MF6A 5CRHA 2B5EA 4KSMA 1XFLA 3P2AA 3GA4A 2LJKA 1H75A 5CRGA 3TKSC 4PGTA 4XRDA 4V1Ag 1DSBA 4KAEA 3ZFLA 1HNAA 4O32A 3ZMKA 2MBTA 5IMZA 5D8IA 5DVBA 5G30A 5LD0A 3ZL5A 5DQYA 1EGOA 2H75A 3TKSE 2H30A 3D4MA 5IM9A 2O8VB 1O8WA 3TKSA 5GSSA 2VL9A 1LJRA 2FCHA 2DMLA 2DJ0A 4EXJA 1NHYA 1OC8A 2RIIA 2H1AA 3A3TA 3FZ5A 1VF4A 4K1FA 3ZITA 4MA9A 3FZAA 4YAPA 3H93A 3KGKA 1ZGNA 2RUEA 1BG5A 3GV1A 1U88A 3ZVJA 1F3BA 1GSYA 2YNXA 2HZFA 2NDOA 4E8EA 2YV9A 3P90A 4Z7XA 1YQ1A 1ZYEA 5A4VA 4GF0A 1KTEA 1XW5A 1G6YA 9GSSA 2EIOA 4MPFA 1PRXA 3IV4A 1V2AA 4ZB6A 3VI5A 1BEDA 3ZLPA 4F2IA 1LU4A 1XWBA 1YEPA 2IMFA 4IHUA 2O89A 2ALBA 2FA4A 3FR9A 6GSWA 1V58A 1PKWA 1OE7A 1DE1A 4OMVA 3TJJA 1PL2A 16GSA 5CYYA 3WT1A 3CSHA 2IPAA 1AAZA 3MAKA 14GSA 1BX9A 2RM5A 3N9JA 4XS4A 2YOIA 1J08A 3H1NA 2L5OA 2WRTA 4ISDA 1YEXA 3FW2A 3FZ4A 2H0HA 4IW9A 5IQYA 4QL7A 3ZRDA 3DYRA 5H5SA 5FT3A 1FHEA 5ECLB 4EE0A 1GRXA 3UAPA 1FO5A 4OWYA 3EMPA 3EC3A 3HVXA 3L9UA 2F8FA 1X9SB 1TRUA 4OFTA 4MPGA 2LQOA 5LNKe 1B4PA 4BL7A 3I6AA 3RBTA 10GSA 2IN3A 1V57A 4RI7A 5ELAA 4O92A 2PPTA 4ZB8A 1C72A 4HU9A 2G2QA 3GYKA 1JZOA 4HZ2A 2A2SA 1Y25A 4LA1A 2C4JA 1XW9A 4LLRA 1TTZA 5CP1A 1H4OA 2YZUA 5ECHB 2G0FA 2B5YA 2MMZA 4OFNA 1YZXA 4K8MA 3K8NA 4OCEA 5G1LA 1F2EA 1Z9HA 3DXBA 2EIRA 2GQKA 13GSA 1A0RP 1SKRB 1K3YA 3KEBA 3DWVA 1ZOFA 4MZWA 2CZ3A 3P8WA 4OO4A 3U5RE 3C73A 3ZTLA 2R3XA 5A4UA 1MEKA 4NV5A 3IXRA 1M7TA 4K7OA 3KP8A 1WPIA 3G7IA 4NHZA 2H1BA 4K2DA 2VD1A 4EDYA 1SYXA 3S9FA 3QR6A 2OACA 2L57A 2AJQB 1VF1A 4KW6A 4IJ3A 3RHBA 2RLIA 3PH9A 3IPZA 3HXSA 2XPEA 3V1WA 6GSTA 1GUHA 1CQGA 4ML1A 3HKRA 3DD3A 1FOVA 1F37A 3M9JA 4GSTA 3TRXA 2XPDA 1AIUA 2VL3A 4PURA 1EP7A 18GSA 3EURA 2WULA 5EY6A 1OYJA 2OKAA 3F0IA 3KD0A 5HR2A 4BPYA 1ACVA 4AGSA 2YWOA 3ZFBA 3GKMA 3ME7A 4IBPA 2NBSA 4DVCA 1AW9A 1O73A 1MDIA 2LQQA 1B4QA 2WB9A 1OVNA 4TXVA 1IYIA 1B48A 4DEJA 4X1UA 4XIHA 2IWTA 5HR0A 2I4AA 6GSVA 4N30A 1GULA 3GKKA 2HRFA 1AQWA 3C8EA 4TN8A 3LSZA 3HZ8A 1SJIA 5JCGA 1JHBA 2JSZA 5F05A 2RM6A 3F6DA 2OE0A 3FEUA 5ECRB 3FY7A 3F3QA 1E2YA 4NV2A 2H1GA 2BTOT 3SWLA 4Q5QA 1WOUA 3D0ZA 1M9AA 1THOA 2CZ2A 2K6VA 2PN8A 3J7Yb 4HUAA 4LL1B 5ENUA 3UARA 5IPGA 3CMIA 5A4WA 5AIXA 1VRSD 2YPMA 2H66A 1Z6MA 2VCZA 2I1UA 3WGDA 1OC9A 1XWCA 3W8SA 3GIXA 3CSIA 4PQ1A 4XRAA 4MJEA 5F06A 4WXTA 1T1VA 1A8LA 3HVVA 5B6MA 5G1KA 2CAQA 4PQHA 3GN3A 2M80A 1TXXA 3LQ7A 1XZOA 3L0HA 3IDVA 1VF3A 2X99A 4F0BA 1DUGA 2GZYA 4LL4B 2P5RA 3UL3A 5LCZA 1T8EB 2C0EA 6GSUA 3CTFA 1MD4A 2V6KA 1NW2A 3GNJA 3L78A 2WS2A 1K0DA 3Q18A 1FVKA 5GZZB 1U3AA 4G19A 1I5GA 3D4TA 3WGXA 1U3IA 3TJGA 4MJCA 2FA8A 2N5AA 4JE1A 4KSOA 4KCEA 1YJ6A 3HD5A 1WJKA 1ST9A 2L4CA 5KN0A 1ILOA 3GH9A 1RW1A 4ULXA 2KLXA 1GTBA 3F63A 5KN2A 3A2WA 1K0AA 4G10A 4J57E 2LKUA 1SL2B 1KBNA 4I97A 1Z3EA 1ERTA 4HOJA 2WFCA 2B7KA 2K9FA 1X0RA 4YQVA 2HT9A 3KJYA 4WETA 1GTIA 1BAYA 3FRCA 3BD2A 4D73A 4KDXA 1NSWA 1K0MA 1ZL9A 2XBQA 1DE2A 5ECPB 1EZKA 3QAVA 4ZB9A 1J0FA 3EYTA 2M46A 3KTBA 4TVEA 2LRTA 1AQVA 2GSRA 1TU7A 3ERGA 2LJAA 2N5FA 4FYCA 1TOFA 1GLPA 2KHPA 2P31A 1TK5B 3L9SA 8GSSA 2E2MA 2XC2A 4KUNA 2V6OA 3KXOA 2HSYA 1FB6A 4ECIA 4GXZA 2LUSA 4JBBA 11GSA 3IHQA 3Q74A 5AN1A 3M9KA 1XXUA 3UOMA 4TRXA 2VUPA 1SK2A 1BJXA 4GQFA 1K0BA 3IC4A 2L59A 3DKSA 5F0GA 2J23A 3DVWA 3UBLA 3U6VA 1DBYA 1ZZYA 1SENA 3CRTA 2GSQA 3BBYA 2R5GA 4BVYA 1XWAA 12GSA 1R5AA 4KGIA 5IMCA 1OAZA 5IMFA 4ZBBA 3VWXA 4GSNA 2GLRA 3FK8A 5ID2A 3F9UA 4TR4A 3A5WA 5JCUA 4MZBA 1GWCA 2AV4A 4MK3A 3LXTA 3PR8A 3L4NA 1USBA 5B7CA 4QL9A 4MJBA 2DMMA 1K0CA 3ZYWA 5IOWA 5CRWA 3VWWA 3A2XA 1SD9A 1FVJA 4PUAA 4GWRA 5IOXA 5ABRA 2A2RA 1XW6A 5GSTA 4TR0A 2DIYA 1GTAA 1K3OA 1OE8A 3IK9A 4XS4B 4L5LA 4NWYA 2GT6A 5J41A 2FWFA 2X64A 4WBRD 4ZL7A 3BCIA 6GSYA 5J9BA 1A23A 1EOHA 1R5PA 4IS0A 3CXGA 5ECIB 2O85A 3Q6OA 4ECJA 2C0DA 3CSJA 1HYUA 1A0FA 3GL3A 3VK9A 1FB0A 3LFLA 2HE3A 4HJ2A 1G0TA 2BJXA 2WGRA 1GL8A 4O5RA 2HXKA 4F0CA 5CO3A 1KEBA 3VLNA 1BYEA 1ML6A 2CVBA 2K8SA 2YP6A 3D6IA 3QPMA 2CV4A 2GQMA 4MH3A 3HYPA 4XCSA 1ON4A 2H0GA 4X43A 4KB3A 1K0NA 4DSSB 4IGJA 2PU9C 1A8YA 3GX0A 1GTUA 2PBJA 1ZYQB 5F8BA 1EV4A 2GDRA 1SKSB 1PMTA 4K0NA 2HRNA 1EEJA 2VL2C 3JCML 3LYPA 4NPBA 2VCWA 4AJ6A 4IQAA 1X5DA 4V2LA 2JSYA 2WJUA 3RDWA 4DSSA 4K6XA 2PERA 3FKFA 1M0UA 4FO5A 5COHA 4WBJA 3ME8A 1Z6NA 2HNLA 2OADA 4YQMA 6GSSA 3CYNA 2VL2A 1M2AA 5DALB 3D22A 1M2BA 3O6TA 2IMDA 2F3MA 4KDYA 4TR1A 1JLVA 1JLWA 3HA9A 4LMWA 1X9WB 4NHWA 1XOBA 2OA7A 3KMNA 5KN3A 5IMAA 1GP1A 1NHOA 2R4VA 1TI1A 1JZWA 1VGLA 4G2EA 2O7KA 2E0QA 1ABAA 1Z7RA 1QFNA 3R2QA 5FWGA 4MP4A 5DALA 3KCMA 3GTUB 1WP0A 2B1KA 2DJKA 5G5FA 1XIYA 3RAZA 2REMA 4HI7A 1TRSA 2GZPA 2H73A 4RQRA 1N2AA 3TB2A 3TOTA 4BVXA 2JU5A 2QKEA 1O7UA 3FYGA 1XBSA 3EMXA 3DEXA 4MLYA 4IELA 4O7HA 5C04A 5DJLA 4AJ8A 3LYKA 4ML6A 3QFBC 1M9BA 4WF5A 3HHVA 3HJOA 2FHEA 2N5BA 2PMTA 3EU4A 1FG4A 2VM2A 4EUYA 2FY6A 4WKWA 5DBQA 1HNCA 3GTUA 2VCQA 2LNTA 4K9ZA 2CVKA 17GSA 5INYA 5EL8A 4ZIJA 3EWLA 2LV3A 4F03A 3UVTA 3A2VA 3QMXA 3P7XA 4GSSA 3GSSA 3GX8A 2DJ1A 3E9JB 4POBA 2KP2A 1TP9A 1Q98A 3GH6A 4MF5A 3CTGA 2L5LA 4JR6A 5J3RA 1SJ6A 1OC9B 2GVPA 5KN1A 4GCIA 1AXDA 1W4VA 4EC0A 4HQSA 1G7OA 1M99A 3M8NA 3RPNA 1RK4A 2LTKA 3ISOA 4HDEA 2LRNA 2JL4A 2FD3A 4BWSA 2AUVA 4AJ7A 3UVHA 5G5EA 3KH7A 2CQ9A 3GL5A 1EOGA 4WF4A 2KUCA 3G7YA 3IRAA 1EEMA 5DDLA 3ZIJA 1GSEA 2I9HA 2MYGA 1R7HA 4L0WA 1QXHA 4N10A 1S3DA 1HQOA 1M2DA 4CDOA 2NTOA 5G2ZA 2ZUPA 4PXOA 6GSXA 1TJDA 5HFIA 2FUG2 1B9XC 2C3QA 4RUVA 3KZQA 2PWJA 1GSFA 2X8HA 2Z9SA 4EVMA 1SU9A 4MABA 1E6BA 2IMEA 1GUKA 3TOUA 4N11A 1URMA 4HU7A 2HSHA 19GSA 3ERFA 4KA0A 2NVLA 4PQIA 1AC1A 3F4RA 4WR5A 2FGXA 2VIMA 2RUFA 2VO4A 3IK7A 2H1DA 1PD21 4ID0A 4ZXGA 1QMVA 2D2ZA 3BCKA 3M1GA 1PN9A 1PGTA 5HR1A 1B9YC 2B7JA 2CA8A 4Q5RA 2F51A 4YQUA 3F3RA 4ECCA 1O8XA 5B8AA 3TJBA 4D73B 5IPHA 1YKAA 4MF7A 4X0XA 1Z7PA 3LEFA 1J9BA 2DBCA 2L6DA 2H71A 1JZDA 4RQXA 3TKRA 5JWQB 1U87A 5DCHA 4KCAA 2HYXA 1Q4JA 4K7NA 2HI7A 1S3AA 3PINA 4XTSA 4FH8A 1GLQA 4OFMA 2ZNMA 3APQA 3KTLA 4J2FA 2IJYA 3F6FA 4ACSA 5IO2A 2O87A 3UIWA 5FHIA 1TK8B 2DSAA 3O3TA 2IFQB 2L4QA 2YV7A 3VURA 3TKPA 3VPTA 3OR5A 5HQPA 5D9WA 5A5KA 2TIRA 4PX1A 2H8LA 1SL0B 1QUWA 1GSUA 1CQHA 4PNGA 1A2LA 2JADA 2QGVA 2LEGA 3HY2A 1OKDA 5JWOB 2PGTA 5ID2B 4CHSA 4KNDA 2H72A 4KH7A 5CRDA 20GSA 2IFQA 4AF2A 3SBCA 2B3SA 3QFAC 1O6JA 3TUEA 1YF1A 3IOSA 5HR3A 5HFGA 4HQZA 3LXZA 2TRXA 2H76A 1OKTA 3BOAA 1EP8A 4Q5NA 4EO3A 3HDCA 5EVOA 4I2UA 2R6KA 4IP1A 1WE0A 5D96A 1T4ZA 1MTCA 4JU5A 5KEJA 2CT6A 2B1LA 2GGTA 5L71A 3LJRA 2CX3A 2C0FA 4JRRA 3FHKA 1GNWA 1NM3A 2KP1A 3GURA 5G31A 2JZTA 2ON5A 3GUSA 5B8BA 4P3YB 3C1RA 2VD0A 3M3MA 3TGZA 2GS3A 4IKHA 4L0UA 3FZ9A 4BA7A 3RPPA 5EPFA 3W6GA 4BWQA 1R4WA 4V2MA 1PX7A 2VCVA 5AGYA 3GKNA 4V2NA 1F6MC 1EV9A 2WCIA 2IMIA 2MMOA 2H70A 3AY8A 5E4WA 4H86A 1LBKA 3I69A 1A24A 4J56E 4IQ1A 4I5QA 4N0ZA 3VPQA 5CAXA 2I81A 1UC7A 1K3LA 2YANA 3KIJA 2FWGA 1GH2A 3D5JA 4HZ4A 5HFKA 2GQLA 2DLXA 4KX4A 4XS1A 3IAS2 2DJJA 1WWJA 4MCUA 1SYRA 5CNWA 3ZZXA 1K0OA 2X8CA 1TDIA 3NIVA 1V9WA 1PA3A 2H19A 3DVXA 2GSSA 5ECMB 2V41A 4F82A 4GRFA 4RI6A 2GTUA 2VCXA 3QAWA 2E7PA 1ERUA 1XWKA 1X5CA 1XVQA 3PGTA 3TRPA 2EIQA 2YWNA 2DIZA 1TRVA 3UMAA 1GNEA 1Z5YE 3QD9A 4DSQA 5CREA 4GLTA 2K8VA 3VWUA 1T4YA 3M0FA 4NXIA 3GMFA 2IIYA 2IL3A 2R37A 4TR1B 4POLA 2LNSA 3EE2A 2VM1A 2AB6A 4HJMA 2YCDA 2YN1A 2C8UA 4YAVA 3HZ4A 5D93A 3WD6A 3CBUA 1I9DA 2E2GA 2P0GA 2TRCP 3C71A 3F8UA 3IAM2 5J9CA 5F07A 5ECSA 2HZEB 2MMAA 1G7EA 3I9V2 3WYWA 3APOA 2I3YA 1XWGA 1EWXA 3ZVJD 1MDKA 4I6XA 1BQ7A 1JFUA 2A4VA 5IMDA 4IN0A 5H5QA 1MDJA 1GSDA 2X8GA 5B6NA 4YH2A 3GHAA 4G9HA 2PUKC 2P5QA 5GAND 2FLSA 3EVIA 1HD2A 4K0GA 4ZL9A 3IR4A 2XHFA 4QQ7A 4MZCA 2H6XA 3TKQA 2AYTA 1XOAA 4ZILA 1T7PB 2PVOC 1RQMA 3DIEA 2HZEA 2JZRA 3L9VA 1T3BA 1VF2A 4PNFA 4ECBA 3KMOA 3HJPA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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