4JU5A

Crystal structure of the dimeric form of the bb' domains of human protein disulfide isomerase
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
212
structure length
200
Chain Sequence
AATTLPDGAAAESLVESSEVAVIGFFKDVESDSAKQFLQAAEAIDDIPFGITSNSDVFSKYQLDKDGVVLFKKFDEGRNNFEGEVTKENLLDFIKHNQLPLVIEFTEQTAPKIFGGEIKTHILLFLPKSVSDYDGKLSNFKTAAESFKGKILFIFIDSDHTDNQRILEFFGLKKEECPAVRLITLEETAERITEFCHRFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural insight into the dimerization of human protein disulfide isomerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protein disulfide-isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Homo sapiens
total genus 56
structure length 200
sequence length 212
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date 2013-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13848 Thioredoxin_6 Thioredoxin-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ju5A02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ju5A01
5ENUA 3LFLA 4FYUA 2P31A 4HZ4A 2CV4A 3QAWA 3UJ1A 4MLYA 3IOSA 2H19A 4WR5A 3WT1A 4YAPA 1TRVA 1SJIA 4PQIA 4EF0A 2MBSA 3U6VA 4LA1A 2PGTA 4YQVA 2VOCA 3CTFA 2E7PA 5D9XA 2LV3A 1E2YA 2P5QA 3TJFA 2DJ0A 5B6NA 4BWSA 2C3TA 5CRHA 4LMVA 1OKDA 3DMLA 3I9V2 1GTBA 3ZFBA 1KTEA 1S3DA 2ZUPA 2LSTA 4OD7A 4EO3A 4RI6A 1FVJA 3KD0A 1PX7A 3HKRA 4OMVA 3CRTA 4L5LA 1ON4A 5EPFA 2G2QA 3W6GA 2YZHA 5IMAA 1J9BA 3QCPA 3BOAA 2GZYA 5DJLA 5HQPA 4KUNA 2CX3A 3GHAA 4XTSA 2V2GA 5G1KA 2JADA 4K7IA 2RUFA 1H4OA 4GSNA 1AQVA 3KMOA 2RUEA 4PNFA 4ZBDA 1Z7RA 1PRXA 1T1VA 4KX4A 4I2TA 3D0ZA 1YJ6A 4EDZA 2FWGA 2J9HA 3DEXA 4EE0A 3O76A 3SBCA 1HNBA 5G30A 4PXOA 3TJJA 2OE3A 2L6DA 6GSVA 3IBHA 3TUEA 2I3YA 3F6FA 1EEJA 4V1Ag 3VK9A 1ERVA 3IR4A 3G7YA 2VLVA 1JZWA 2VIMA 1AQXA 4WF5A 5J9BA 1UC7A 5EY6A 3EU4A 4XS1A 1FVKA 4K1FA 3TKPA 3LG6A 4HEA2 3KEBA 1G7OA 3PH9A 3F4RA 2VLUA 3DIEA 3ZYWA 2IMDA 2DJ3A 1URMA 3TRQA 1TK5B 1NHYA 4IHUA 5DALA 3DRNA 1O8XA 5JWRB 1JFUA 5DAKA 5IIZA 5ELGA 2N5AA 2GDRA 1I5GA 3HXSA 1AXDA 1PA3A 2GT6A 5GSSA 4P3YB 1Y25A 5D9TA 5CRGA 3V1WA 3GSSA 2R4VA 3KXOA 3E9JB 1AIUA 2IFQA 2LQQA 2FWFA 3BCKA 2YNXA 3UVHA 2FNOA 4JBBA 5COHA 1EZKA 1GLPA 3KCMA 1MTCA 1WE0A 2X8CA 5ECPB 4V2NA 1GRXA 5ECHB 1SENA 2Z9SA 3TRPA 3TCOA 1PQNA 3IK7A 3DVXA 3TKSE 4YQUA 2YZUA 2YOIA 4K2DA 5KN0A 3HHVA 3IAM2 3P2AA 1YKAA 4TXOA 4AJ6A 5E4WA 2L4QA 4IQ1A 2H76A 5CYYA 2YV7A 4ACSA 2HLSA 1WP0A 4AJ8A 5FT3A 1YY7A 2VAFA 3F0IA 3L0HA 2BMXA 3UEMA 3ED3A 1F2EA 4K6XA 2H75A 2IJYA 1Z7PA 4IS0A 5HFIA 5HR2A 5EL8A 1IYIA 3FK8A 4GWRA 1XOAA 4WKWA 5F05A 5G5FA 5A4VA 3Q19A 3FKFA 3FW2A 2WZ9A 3HCZA 5J4UA 4H86A 4EKZA 2B1KA 1A2JA 3M0FA 3A5WA 1T00A 1XZOA 4E8HA 4NV2A 4J2FA 2GZPA 4HUAA 1KBNA 5ABRA 5AGYA 2H1BA 2XPDA 5D93A 3P90A 3LEFA 3QDNA 3WGXA 5CO3A 4V2MA 2VCQA 3F3QA 2C0EA 1HD2A 2LEGA 4CHSA 1B48A 2ON5A 3GFKA 3EINA 1G7EA 5JCGA 1A2LA 2HZFA 6GSTA 3TJBA 2VCZA 2C8UA 4F03A 2C1YA 3M8NA 4MCUA 2MMZA 3W8JA 1SYXA 4HS1A 6GSSA 1GL8A 1OC9A 1Q4JA 2V6OA 4FO5A 4IKHA 3US3A 3VURA 1ZOFA 4YAVA 2CVKA 1K0BA 3VPQA 3KJYA 4TR0A 2DJKA 2ZNMA 4WETA 4Q5FA 2LNSA 2OJLA 2VCXA 4ECIA 2DIYA 1G6WA 1VF1A 4IP1A 2GLRA 2O89A 1WPIA 4N0VA 5J3RA 4ZL9A 3IK9A 2GQKA 5DQYA 3KP9A 4HJMA 5KN3A 4MDCA 5HFKA 3RDWA 4KDYA 3G7JA 2L5OA 1B4QA 3KTBA 3I69A 5IMZA 2PBJA 4EDYA 1EV9A 3GTUB 3GTUA 4AF2A 3GIXA 2LRCA 1O6JA 1U3AA 3GMFA 1V40A 1VF2A 4POBA 2B5EA 2CZ2A 2JZRA 4DVCA 2OKAA 5DVBA 3WD6A 1RW1A 2GQMA 1N2AA 1TDIA 2KUCA 1F6MC 3FY7A 4ML6A 1F3BA 2XC2A 1XW9A 3VWXA 2X8GA 3EMXA 3GURA 4DSSB 2ALBA 2TIRA 1MD3A 4DSSA 5IM9A 2NTOA 1PKZA 5DCGA 5HR0A 5F07A 2IWTA 2VD1A 3HZ4A 4HU7A 2VCVA 3KM6A 2DJ1A 1TRUA 3GL5A 4QL7A 4N0ZA 5IO2A 1EGRA 4MJAA 4BWQA 2LUSA 2H6XA 1JLVA 2FA8A 2DMMA 1F3AA 3GX8A 1TP9A 3F4TA 3QOUA 1X9SB 2V41A 2B7KA 2KHPA 1T4YA 3VI7A 1RQMA 3F3RA 3KH7A 3HVSA 2H66A 2WB9A 4F9ZA 1ZYQB 1QMVA 1YDKA 2DSAA 5AN1A 3ZVJA 1NHOA 2V6KA 4IQAA 4ZL8A 1JZOA 4WBJA 1W89A 5AISA 1V98A 2PWJA 1EOHA 4ZXGA 2X99A 4ILFA 5C00A 2R3XA 5G2ZA 4POLA 1DSBA 1ILOA 3FYGA 3D4TA 3L9UA 1M2AA 4HI7A 2XBIA 4I97A 4GF0A 1ZGNA 4KDXA 1O81A 3ZZXA 4LL4B 4MZBA 2K8VA 9GSSA 3C71A 1FO5A 1QQ2A 2R2JA 1BAYA 2I81A 3HJPA 2YANA 2ZCTA 1ERWA 3L4NA 2FA4A 5JCUA 3KIJA 4Z7XA 4IJIA 1QK8A 6GSYA 3FZ5A 3UIWA 4EXJA 1W4VA 4HQZA 3GX0A 2LJRA 2C3QA 3LXZA 3KGKA 5KN2A 3M9JA 1NW2A 6GSWA 1AUCA 4NWYA 1ZMAA 2HNLA 4I8BA 1GUKA 5JWOB 4L5OA 5D9WA 4K0NA 4YQMA 3QFBC 1WWJA 1DE2A 2HFDA 1TJDA 5H5SA 4ZIJA 2RLIA 5D8IA 3KTLA 3TB2A 2FWEA 3TDGA 4QL9A 2H1DA 2AAWA 1UA5A 2J23A 2H8LA 2GSQA 1BG5A 2CAIA 3GKMA 2MZCA 4F0BA 5JCWA 2VL3A 1A23A 4IGJA 3J7Yb 3H4KA 4KW6A 4TW5A 1A0FA 4KNDA 2L4CA 1SK0A 4K7NA 3HA9A 1ERUA 1S3AA 1GH2A 4XCSA 1ZCPA 3KMNA 4NHWA 3RBTA 2YPMA 1TU8A 1TRSA 2GTUA 4L0WA 1GNWA 3F9UA 3BBYA 4G9HA 3GSTA 1TTZA 4TOPA 4K8MA 3GL3A 3BJ5A 2M72A 4JR4A 3ZFLA 2X64A 1GSUA 4TN8A 5FWGA 4EVMA 5IOWA 2TRCP 2E0QA 10GSA 2E2MA 1FAAA 3A3TA 3TOUA 2H01A 1EP7A 16GSA 3GH9A 3GUSA 4L8EA 3TKQA 3DKSA 2XBQA 4MH2A 2QGVA 4FYBA 5ECLB 3TKRA 1A2MA 2LKUA 2RM5A 2OADA 1SU9A 5DALB 1ML6A 2JZTA 1R26A 4FYCA 5DAKB 1TW9A 1FG4A 4AGSA 4JE1A 3EE2A 4XHMA 2H0IA 3ERFA 3SWLA 1OKTA 2B5YA 5ECKB 3D22A 4L0UA 3GV1A 2YCDA 2CZ3A 4GXZA 3ZIVA 4MF6A 4E8EA 2IFQB 1WMJA 2LRNA 3FR9A 1I9DA 3IAS2 4KAEA 2HZEA 4TXVA 1SJZA 4TR3A 1SL2B 2HRFA 1GSDA 1U3IA 4HQSA 3EYTA 1XWGA 4D73A 3S9FA 3EC3A 3L9SA 2QKEA 3VWVA 3LQ7A 4Q5NA 4MABA 2WDUA 1O73A 1B4PA 3MNGA 3LGCA 2WFCA 2HYXA 3HDCA 5LNKe 2FLSA 3VWUA 1ERTA 2RM6A 2PU9C 4BPYA 2H73A 1Y6EA 3C8EA 1CQGA 3DXBA 2V1MA 1ST9A 4MZWA 4I5QA 4TXOB 1GP1A 4JRRA 2IMIA 2YV9A 1X5EA 3QPMA 1M9BA 4ECJA 1M0UA 1T8EB 1E6BA 2HE3A 2GQLA 3ZVJD 1GUHA 2FCHA 4TVEA 2K6VA 2CT6A 1TU7A 1Z3EA 1QFNA 2VD0A 4ZB8A 3MWHA 3ZL5A 2FUG2 1MDKA 1A24A 4O92A 1V9WA 4ULXA 2MYGA 3VI5A 3NIVA 5HR1A 2AJQB 5CAXA 4K0GA 4MPGA 1EEMA 1YQ1A 3TKSC 1PSQA 3QD9A 3UOMA 3H93A 4PGTA 2F51A 1VF3A 3RPNA 1C72A 3M3MA 3F6DA 3ZIJA 2LRTA 1OYJA 2M80A 1YF1A 1O7UA 3WGEA 3Q18A 4XIHA 4OFTA 2CVDA 4TR4A 2GGTA 3CSIA 4ECCA 1THOA 5CRWA 5B8AA 4FH8A 4JR6A 2R6KA 3EMPA 4GRFA 3QR6A 2REMA 3DYRA 4MH3A 1V57A 5G1LA 1OAZA 4EC0A 2O8VB 1TI1A 2A4VA 3D5JA 2H30A 2N5BA 3GKNA 4KA0A 3CYNA 5IMFA 1SYRA 3FZ4A 4WBRD 3E0UA 4ID0A 3ERWA 1GUMA 1SK2A 3VPTA 1GTIA 4F82A 2HI7A 4PX1A 1T7PB 3Q6OA 3ISOA 1ABAA 5ECRB 3HYPA 4K7OA 1MDIA 22GSA 1GSSA 1K0NA 3UBKA 3LYPA 3NOFA 3HJOA 1OC9B 2H1AA 3W8SA 2C0DA 5J9CA 2WRTA 4JU5A 2YP6A 4J57E 2XHFA 3IXRA 3APOA 19GSA 17GSA 1GNEA 4WEYA 2NPBA 4OFMA 2NDOA 6GSUA 3VWWA 1UVZA 4MMMA 4JZQA 1YZXA 1Z6MA 2F3MA 2QC7A 2DIZA 4OCFA 5A5KA 6GSXA 1XOBA 13GSA 3O3TA 3TJGA 2B7JA 2C4JA 5ELAA 2VUPA 3G9BA 4MF7A 3ZITA 3RPPA 1J0FA 2F8AA 2B5XA 3M9KA 1EOGA 4PUAA 1HYUA 3IHQA 1PX6A 4ML1A 4X1UA 4RQXA 3TOTA 1Z9HA 3EWLA 8GSSA 2CVBA 4RQRA 1QUWA 2H6ZA 5DCHA 3OR5A 4HJ2A 3IPZA 1DE1A 1ZZYA 1XBSA 4IVFA 1M99A 4F2IA 5INYA 2EIRA 5D9VA 3L9VA 3IDVA 2IL3A 4TRXA 3UBLA 5IPHA 4ZBAA 3ZRDA 5DQSA 2YWIA 1U88A 4N30A 1GSYA 2FY6A 1SD9A 1EGOA 4MJCA 2D2ZA 4TR1A 2C3NA 5J41A 5KEJA 2YWMA 2IIYA 3QAVA 2IMEA 4ECBA 4LLRA 4PUFC 1SL0B 5DDLA 4POKA 4O5RA 3HVXA 1Q98A 1VF4A 3G7IA 2AB6A 3EU3A 2BTOT 1X5CA 1A8YA 2JL4A 3UVTA 4HU9A 1EWXA 2H72A 1BQ7A 1OC3A 2N5FA 2P5RA 3IRAA 5CP1A 1AW9A 4YH2A 18GSA 2GT5A 1Z5YE 3H1NA 2WS2A 1GWCA 3MSZA 3EVIA 1ACVA 5H5RA 5KN1A 4OO4A 3DGQA 2VL9A 5GZZB 1U87A 1X5DA 1RK4A 1S3CA 1KNGA 3TRXA 3ZMLA 2V32A 3HVVA 2H70A 4G10A 2HRNA 4ZB6A 4X0XA 4IELA 5CRDA 3KP8A 2LNTA 2CAQA 4MJBA 2VM2A 2CQ9A 2DJJA 4RUVA 4KGIA 5D73A 1SJ6A 1VGLA 4ZILA 2VCWA 1K0OA 4IN0A 5ID2B 2GSSA 3FZ9A 5ID2A 4OCEA 3D6IA 5ECQB 7GSSA 1KEBA 3P8WA 4WF4A 1YF0A 3C1SA 2YN1A 4MPFA 3CTGA 3ERGA 4BA7A 5ECMB 1HNCA 3GKXA 4IBPA 3TGZA 5IQYA 1LJRA 2EIQA 2VL2C 4PNGA 1R5AA 2C0FA 5HFGA 2K8SA 3UMAA 5A4UA 2H0HA 3ME8A 2HXKA 1HNAA 2E2GA 2OBKA 3D4MA 2YWOA 3UL3A 5IMCA 2MMAA 3FRCA 2NBSA 2JACA 2QSIA 1B9YC 5G5EA 2AV4A 3QFAC 1LBKA 1NM3A 3EURA 5C04A 1G0TA 1X0RA 3N9JA 3FHKA 2BJXA 1GTAA 1BX9A 1XPVA 3P7XA 5IMDA 2DMLA 2H1GA 4OO5A 1XCCA 5ECSA 2VLTA 3RHBA 1K0AA 3PR8A 2FWHA 1XVWA 1A8LA 1OE8A 1VRSD 4JEDA 2GSTA 1SKRB 2AHEA 4MZCA 3AY8A 4GSTA 1AQWA 1V58A 1FW1A 2O85A 3FR3A 5ECIB 1IYHA 3CMIA 2XPEA 1XW6A 1GLQA 3LSZA 1WOUA 4OFNA 3F63A 4ISDA 2H74A 4I6XA 1B8XA 1ZL9A 1PN9A 1XW5A 3APQA 4KSMA 2DJ2A 3PGTA 3DWVA 2WCIA 1SKSB 3UAPA 2YJHA 1DUGA 1FB0A 4MJEA 4Q5QA 5IMVA 2IMFA 2K9FA 1TK0B 4BVYA 4O7HA 1USBA 4K9ZA 5JWQB 4AJ7A 2OBIA 4N10A 5GAPD 1EV4A 4QQ7A 1WRYA 1MDJA 1V2AA 3A2WA 3E3EA 1XWAA 1GTUA 1G6YA 3ZTLA 5LCZA 2M46A 5LD0A 1AAZA 3F8UA 2LJAA 3F4SA 2PUKC 1M9AA 1YEPA 4IP6A 2YWNA 4V1Ap 2VCTA 4ZB9A 4GQCA 2X8HA 2H71A 1DBYA 2L57A 2L5LA 1A0RP 3I6AA 3LYKA 1N8JA 4XS4B 5D96A 2JSZA 2GSRA 4XS4A 4G19A 2HZEB 1AC1A 3GNJA 4OWYA 1Z6NA 1K3YA 5AIVA 5B7CA 3IA1A 4D73B 2WGRA 2C0GA 2JSYA 5GSTA 3APSA 5F06A 1OC8A 4NMUA 4MK3A 1R4WA 3GA4A 1X9MB 4ZBBA 3TJKA 1XFLA 1YKCA 5ECOB 1O85A 2VM1A 1GSEA 2ES7A 2PERA 3QAGA 1PD21 3BCIA 1WJKA 3GRXA 1TK8B 1SK1A 2O87A 4FIWA 1XWBA 2A2RA 3D21A 4KH7A 4GCIA 2IN3A 1JZRA 1O8WA 1QGVA 2YJ7A 3LWAA 5IPGA 4PQHA 3FR6A 3QMXA 4MP4A 3WGDA 3N5OA 4KB3A 2MMOA 3Q74A 4NPBA 1T4ZA 4IJ3A 5DBQA 3FEUA 3GYKA 5F0GA 3FZAA 3O6TA 3CSJA 1WIKA 2ON7A 2I1UA 5L71A 2KP1A 3U5RE 2O7KA 1MEKA 3GH6A 2G0FA 4KSOA 3K8NA 2B6MA 1M2DA 3JCML 5IO0A 1THXA 3NZNA 3LORA 1NSWA 5A4WA 3ZREA 2LQOA 4IW9A 1JZDA 1R7HA 2GVPA 3HZ8A 12GSA 1BYEA 2AUVA 5AIXA 3C73A 2RIIA 4EUYA 4ZL7A 1JLWA 4XRAA 4XS6A 2MMNA 1K0MA 1SD8A 5HR3A 4G2EA 2VL2A 2NVLA 2VO4A 1M2BA 2DC5A 1U6TA 2KP2A 4LL1B 4X43A 1XWCA 4POMA 2A2SA 5B8BA 5GAND 1SL1B 2GS3A 3HJMA 1GSQA 4HDEA 1K3OA 2IMKA 3L78A 2LJKA 2I9HA 4CW9A 3WT2A 1ZYEA 3IV4A 1PKWA 4DSRA 2HSYA 2L6CA 5CREA 4KDUA 1B9XC 1GSFA 5IOXA 1PL2A 1K0CA 2OE1A 2B3SA 5DJMA 1TXXA 2H0GA 1XXUA 4PQ1A 2H6YA 3UARA 1F37A 3HD5A 1PGTA 5E59A 3MDKA 1XWKA 2FHEA 1TOFA 4KCEA 3CSHA 2KOKA 2IPAA 4RI7A 2OE0A 4NV5A 3RHCA 2JZSA 5G31A 4MF5A 3DVWA 3ME7A 5FHIA 2FGXA 2B1LA 2AYTA 4GTUA 1BEDA 2PMTA 3A2XA 3LJRA 2L59A 4WR4A 2PN8A 3VLNA 1YEXA 3LXTA 4KE3A 3IC4A 2F9SA 4EL1A 3C1RA 2F8FA 5H5QA 1R5PA 1GULA 1H75A 3MAKA 4N11A 2LTKA 2R37A 4V2LA 2FD3A 1J08A 3KH9A 1TKDB 2TRXA 3VFIA 4Q5RA 1SKWB 2EIOA 4KCAA 4NHZA 5J5NA 3PINA 5ECNB 2C80A 3GKKA 3R2QA 20GSA 4HZ2A 2P0GA 1FB6A 4DSQA 2PVQA 4CDOA 1OE7A 1LU4A 1HQOA 4GLTA 4NAXA 4NXIA 4MA9A 1TRWA 4TR1B 5F8BA 2K18A 2DLXA 3DD3A 3ZMKA 3CRUA 2CX4A 1CQHA 4BVXA 2HSHA 3HY2A 1K0DA 11GSA 3C7MA 1K3LA 1BJXA 4O32A 2JU5A 3CXGA 1OVNA 1T3BA 1FOVA 4GQFA 5B6MA 1XIYA 2KLXA 1PMTA 1XVQA 1EP8A 4J56E 3BD2A 3I43A 1MD4A 2PVOC 4TKYA 3M1GA 4GSSA 14GSA 2HT9A 2MBTA 2OACA 3H79A 2DBCA 3A2VA 4I2UA 2GZZA 2WJUA 1PL1A 4BL7A 2EC4A 2CA8A 2OA7A 3TKSA 4DEJA 4HOJA 3RAZA 3IE3A 2LS5A 2R5GA 3KZQA 3J7Yk 4WXTA 3WYWA 4LMWA 1QXHA 4F0CA 3GN3A 1JHBA 1UN2A 3CBUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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