4K1F | Genus

Total Genus 66

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	66
sequence length	198
structure length	198
Chain Sequence	SCGNAKINSPAPSFEEVALMPNGSFKKISLSSYKGKWVVLFFYPLDFTFVCPTEVIAFSDSVSRFNELNCEVLACSIDSEYAHLQWTLQDRKKGGLGTMAIPILADKTKNIARSYGVLEESQGVAYRGLFIIDPHGMLRQITVNDMPVGRSVEEVLRLLEAFQFVEKHGEVCPANWKKGDPGMKPEPNASVEGYFSKQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__525550922473772__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__525550922473772__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4K1F/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__525550922473772__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"525550922473772","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4K1F/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__525550922473772__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Leishmania major
publication title	Structure-based discovery of the first non-covalent inhibitors of Leishmania major tryparedoxin peroxidase by high throughput docking pubmed doi rcsb
molecule keywords	Tryparedoxin peroxidase
total genus	66
structure length	198
sequence length	198
chains with identical sequence	B, C, D, E
ec nomenclature	ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date	2013-04-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00578	AhpC-TSA	AhpC/TSA family
A	PF10417	1-cysPrx_C	C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4k1fA00

1GUHA 4HU7A 1E6BA 1NW2A 1X9WB 3IK9A 4NPBA 5ENUA 3MDKA 3N9JA 2YV9A 1VRSD 2YCDA 4KH7A 2L6DA 2LQQA 2B7JA 1M99A 4I5QA 5ECSA 3UEMA 1X9SB 3KMOA 1WP0A 3DEXA 2QSIA 4TKYA 5ABRA 2E2MA 1FW1A 4GCIA 2GSRA 1TK5B 5AIVA 2OE3A 1O8WA 3ZYWA 3DRNA 5ECHB 3ZITA 3M9JA 3G7YA 5JWRB 2DSAA 1KBNA 4DEJA 1YDKA 2AV4A 5LD0A 3TKQA 2MZCA 3LEFA 1YZXA 4K7OA 3KD0A 5FHIA 4JE1A 2YWMA 3HZ4A 4XS4B 1NSWA 3QAGA 5ELGA 1TU8A 5D9XA 3FR3A 4MJBA 2I3YA 4EL1A 4O5RA 4GWRA 3JCML 3IDVA 2LNTA 1GTBA 3IPZA 2FNOA 2F51A 3DD3A 2HZEB 1ABAA 2YZUA 3DXBA 2VCQA 1FO5A 3MAKA 4ML1A 3L0HA 2DJJA 5LCZA 1RW1A 3GKNA 3QMXA 4ML6A 1GRXA 1OKDA 1Y6EA 3FY7A 3HDCA 4XS4A 1XIYA 1SD9A 2JSYA 2N5AA 4MP4A 3LYKA 5IMZA 4IJIA 4NWYA 4V1Ag 1HNBA 3TKSE 1Z7PA 6GSUA 4EDZA 1T3BA 4NV2A 1AQVA 3GV1A 5F06A 3O6TA 2JU5A 2HZEA 2LV3A 1KTEA 2DC5A 2TIRA 2NBSA 1ILOA 2WRTA 2G0FA 3BJ5A 1R26A 5G31A 3HD5A 3FRCA 2AJQB 1YKAA 1T00A 5DVBA 4YQUA 3ZMLA 2YWIA 3IOSA 1ZCPA 4KCAA 1K0AA 1GLPA 1F37A 2C0FA 4ILFA 3APQA 4CDOA 2C3TA 4N10A 5F05A 1TOFA 3W8JA 5G30A 3IBHA 2LQOA 1OC9B 3L78A 5HR0A 1AIUA 2GZYA 2HT9A 2JL4A 4ULXA 2C80A 2YP6A 2J9HA 3FZAA 5A4UA 1XFLA 2IMFA 3LG6A 3P2AA 4ZB6A 4MPFA 4WR4A 2OADA 1QK8A 2WCIA 3TB2A 4F03A 3PR8A 4FIWA 1N2AA 2P0GA 1EP7A 3TJBA 2VCWA 3M9KA 14GSA 5J41A 5KN0A 4ZIJA 4BWSA 4XRDA 1XWAA 2REMA 4K6XA 1MTCA 4HU9A 4EE0A 4BVXA 1OC9A 4NHWA 1N8JA 1BQ7A 2IWTA 3VWWA 1A0RP 2N5FA 3EYTA 2HLSA 3HJOA 1GL8A 1SK1A 2P5RA 4O7HA 1XPVA 2A2RA 1EWXA 3TRQA 3TDGA 1TDIA 2JADA 2AB6A 2OE0A 2VL2A 3GTUB 1M0UA 3FZ9A 3MWHA 1OYJA 3I69A 1WIKA 4TOPA 2OBIA 3VWUA 1XVQA 2L5LA 2L59A 4MK3A 5E4WA 4X1UA 5DQYA 1B8XA 3FR9A 4G19A 5CYYA 2O87A 5CRGA 4L0UA 16GSA 2XHFA 2C3NA 2H1GA 3GKMA 4Z7XA 4IHUA 1XWGA 3WYWA 3FKFA 3ERWA 2C0DA 2EIQA 1XBSA 1V9WA 3C7MA 3EU3A 1URMA 2M72A 3GH6A 3APOA 3CXGA 2FWGA 2AHEA 1HQOA 5HR3A 1XWBA 2NPBA 1AUCA 1I5GA 3HXSA 2N5BA 1EEMA 4RI6A 5IO0A 3LWAA 1OE7A 1A2JA 2H0HA 2IN3A 1QUWA 4MZCA 3Q19A 5CRWA 3IHQA 4HOJA 4KAEA 4G2EA 3RPPA 5JWOB 4FYCA 2HXKA 1R5PA 2B5YA 1J08A 1YQ1A 4IS0A 1OC8A 4KDUA 4Q5FA 3IV4A 3H79A 1PQNA 3ZZXA 4OD7A 1XCCA 2HFDA 1EV4A 2MBTA 4GLTA 4K1FA 1QQ2A 5ECLB 2K8SA 2CQ9A 3VPTA 5L71A 2VD0A 3UL3A 5G1KA 2LS5A 1Q98A 2K8VA 1WWJA 2WFCA 3VI5A 2FY6A 2TRXA 3D21A 3DYRA 2O85A 3PGTA 1A8LA 3WT1A 3CYNA 5CNWA 3TJFA 1M9AA 4E8EA 4BVYA 1FVKA 3M3MA 4YH2A 2P5QA 1Z6MA 2D2ZA 4HQZA 2R3XA 3M8NA 1K3YA 2HSYA 5A4VA 1CQGA 4WKWA 1GSEA 3D6IA 1H75A 3HVVA 2PPTA 4OMVA 4WR5A 2CAIA 3A2XA 1B9YC 4KDYA 6GSSA 2YANA 4TRXA 5G5FA 5ECQB 5G5EA 3W8SA 5H5QA 3HCZA 2LNSA 1ON4A 3G7JA 5INYA 2VCTA 1GSUA 4X0XA 3C71A 5J3RA 1Z9HA 2E7PA 4IBPA 11GSA 4Q5QA 3OR5A 2PVQA 4FYUA 1O6JA 3VFIA 3ME7A 4IJ3A 1GTAA 5IOWA 5IM9A 1XW6A 2CVKA 1EEJA 2NVLA 2VAFA 4XHMA 1UN2A 3ED3A 2MMZA 3LQ7A 3TKRA 1IYIA 1TRSA 4MDCA 4POBA 4HZ4A 5CRHA 3IR4A 4PUAA 4ECCA 3BCKA 3GUSA 4XCSA 1SU9A 3VI7A 4H86A 4YQMA 1K0NA 1WOUA 2FUG2 4JBBA 4EKZA 5ECNB 3CSJA 2LSTA 2XPDA 3A5WA 2GT5A 2C1YA 2R5GA 1WMJA 1TI1A 3LFLA 4GQCA 5EVOA 3UMAA 1GP1A 2R2JA 3S9FA 1R5AA 3E3EA 1ZGNA 3RHBA 5ECIB 1SENA 5IIZA 1R7HA 3KJYA 2X64A 2FA4A 4NXIA 2O89A 4TR0A 4MPGA 1SKWB 1DUGA 3HKRA 4F0CA 1EOGA 1A2MA 2WJUA 4KB3A 5ELAA 2VM1A 3F6FA 1SJ6A 2V6KA 4GSTA 5DAKB 2H6YA 4JU5A 1PKWA 4K2DA 1SD8A 2IMKA 2V32A 4TXOA 8GSSA 5HQPA 3UAPA 1K0BA 1SL1B 1IYHA 3KM6A 2WULA 2I9HA 3GX0A 22GSA 1W89A 4ZBAA 3D4TA 1K0OA 4TVEA 1W4VA 2VUPA 3EMXA 1ERUA 2E2GA 4MABA 4LL1B 4IKHA 1BJXA 4EDYA 1SL2B 2GS3A 1OE8A 1LJRA 5DAKA 1K0CA 2JSZA 3C73A 1NHOA 2LJAA 2PVOC 3F3QA 3TOUA 2H19A 3NZNA 1PRXA 1VF1A 5AISA 1TRWA 2KHPA 2VCZA 2J23A 2VCVA 4KNDA 1SJZA 2EIOA 2ON7A 2L4CA 1XWCA 5HFGA 2KP2A 3GL5A 1PX7A 2L4QA 3LXZA 4Q5NA 5HR2A 1PSQA 13GSA 3GA4A 5AIXA 1BYEA 2R6KA 1M2BA 1KNGA 3D5JA 5ECKB 2DMMA 2WZ9A 4TR3A 2YN1A 1GH2A 3UOMA 5HFKA 6GSTA 3BD2A 1GSFA 3UIWA 1DSBA 3KTLA 1VF3A 7GSSA 5ECRB 1QXHA 2FCHA 2WS2A 2QGVA 4IELA 3R2QA 3CTFA 2GSQA 1VF2A 2KOKA 2KLXA 3GRXA 4MLYA 3J7Yk 1FB6A 2HSHA 4J2FA 5DBQA 5KN1A 4PNGA 1TI3A 3UJ1A 2VL9A 2GT6A 1G0TA 2GDRA 4ECJA 2PGTA 4RUVA 1USBA 1PKZA 1ML6A 4J57E 1GSSA 2MMAA 2FLSA 2AYTA 3CMIA 4BPYA 1EV9A 2PMTA 4KX4A 3KZQA 5ECPB 5ID2B 2NTOA 2PWJA 3IAS2 1TW9A 2XC2A 4I8BA 4K0NA 4K0GA 4FO5A 4BWQA 5COHA 5D96A 2B3SA 1JHBA 1ERTA 3PINA 1EGRA 4O92A 4KW6A 2RUFA 1ZYEA 2A4VA 2B5XA 2ES7A 4YAVA 4WXTA 2YZHA 1B4PA 3HHVA 1GTUA 3TGZA 2OA7A 4HEA2 5F07A 2LRTA 4I2TA 5ID2A 1Q4JA 5KN3A 1YEPA 1B9XC 1U88A 3F4SA 3GFKA 3GL3A 4IN0A 4HDEA 1EP8A 1MEKA 2H76A 4TW5A 2MBSA 2H75A 3QOUA 4TXVA 4EO3A 2I81A 1GNEA 1X5EA 4MH3A 3TKSA 2H73A 4ZB9A 2HE3A 1CQHA 1O73A 3E0UA 4GRFA 3US3A 3ZFLA 4ZBBA 5CRDA 2FGXA 4Q5RA 3DKSA 4KCEA 5KEJA 3L9SA 2X8CA 3H8QA 2LJKA 1AAZA 2MYGA 4X43A 4KSOA 3GSTA 3LXTA 1NM3A 4KDXA 6GSVA 2ALBA 3DWVA 4GQFA 2IL3A 3LJRA 2CVDA 4NV5A 1V40A 3QCPA 4IQ1A 5C00A 4QQ7A 2EIRA 1SYRA 1U87A 5CREA 1GSYA 4IVFA 2VOCA 2OBKA 3HA9A 3TJKA 5D9TA 1SK2A 4QL7A 2RLIA 2TRCP 3EWLA 3QFAC 2DJ2A 3ERGA 5IQYA 1OAZA 2LRCA 3D22A 2WDUA 1R4WA 4N0ZA 4XTSA 4ZXGA 2CV4A 5DJMA 1T7PB 3C1SA 1SL0B 1UC7A 2PERA 3F3RA 1YF0A 2YJHA 4ISDA 5B8AA 2ZCTA 4K7NA 5GAPD 3F9UA 2RM6A 4JRRA 3TUEA 2EC4A 1BG5A 2GTUA 5CO3A 2DMLA 1GUKA 2H1DA 2V1MA 1HNCA 4CW9A 3LYPA 3M0FA 5F8BA 3O3TA 3GH9A 2FWHA 4AJ6A 3L9UA 3L4NA 1GULA 5DCHA 4WEYA 2R4VA 1GNWA 1FAAA 1GUMA 3UVTA 4G10A 4OCFA 3TRPA 2H70A 2VL3A 2CT6A 2V6OA 2DJKA 1RQMA 5IO2A 4GXZA 5G2ZA 1J0FA 1LU4A 4MJAA 4E8HA 1LBKA 2LRNA 1V58A 4CHSA 3I9V2 4KUNA 1ST9A 4MJCA 3AY8A 4ZL7A 4F82A 1M9BA 4IP6A 5IPGA 4DSSA 9GSSA 4GSSA 1T1VA 1M2AA 3ZTLA 4ECBA 1HD2A 3EURA 2V2GA 1QFNA 4PURA 1G6WA 4NHZA 4K7IA 2H30A 4LL4B 1S3DA 3KMNA 1U3IA 2IMIA 2ON5A 1TRUA 1YJ6A 1V2AA 4ZILA 1PN9A 3IE3A 3ZFBA 1I9DA 2DJ3A 2NDOA 4HZ2A 2IPAA 1S3AA 2VO4A 4L5OA 4RQXA 4HJMA 4EVMA 4N0VA 4ZB8A 2CA8A 1EOHA 2FD3A 1WPIA 1TU7A 2BTOT 2PN8A 3FZ5A 5B8BA 1U6TA 4I2UA 3TCOA 5B7CA 4J56E 1TTZA 5GZZB 2H8LA 18GSA 2OKAA 2IMEA 3IAM2 1MDKA 1A24A 1JZOA 1V98A 2VL2C 4HS1A 4POKA 4WETA 10GSA 20GSA 5DJLA 4OFNA 2CZ3A 3ZLPA 3D0ZA 2DJ1A 1F6MC 1EZKA 1F3BA 4PXOA 2GQKA 4XIHA 1BAYA 5KN2A 3ZIVA 4RQRA 3L9VA 1JZWA 5C04A 3I6AA 3SWLA 12GSA 4L0WA 3RDWA 2GZPA 2K6VA 1MD3A 3MSZA 3A2VA 2GVPA 2C4JA 3C8EA 5AGYA 5J5NA 1FG4A 2H72A 4EF0A 3GKKA 2F8FA 5A5KA 4TXOB 1FB0A 2XBIA 1B48A 4KSMA 5ECMB 1M2DA 1TK0B 3P8WA 1DE2A 3DGQA 2OE1A 4N30A 1GWCA 3H1NA 2H74A 2WGRA 1XZOA 3M1GA 1ZMAA 2V41A 4OWYA 4EC0A 3HYPA 1PL1A 1O85A 4MF6A 4HI7A 2B6MA 2IFQB 2R37A 5HFIA 1F2EA 3A3TA 2GLRA 2PUKC 1OVNA 1O8XA 1XWKA 5LNKe 2F3MA 4V2LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5H5S A;  1THX A;  1SKS B;  1T4Z A;  4O32 A;  4LMW A;  3I43 A;  2H71 A;  4LA1 A;  3PH9 A;  5D9V A;  3FR6 A;  1E2Y A;  3CTG A;  3E9J B;  4HQS A;  3FK8 A;  4PGT A;  3GHA A;  3H93 A;  4WBR D;  3ZVJ D;  4HUA A;  1Y25 A;  2Z9S A;  3TOT A;  1GSQ A;  3GMF A;  3GNJ A;  1TRV A;  3KH9 A;  3O76 A;  4V2N A;  4I6X A;  1M3I A;  3TJJ A;  3HY2 A;  2FHE A;  1XW9 A;  5H5R A;  3K8N A;  3KEB A;  1WE0 A;  4RI7 A;  3IC4 A;  4NMU A;  3IRA A;  3KP8 A;  2X99 A;  4OFT A;  2LKU A;  4DVC A;  4I97 A;  4LLR A;  4IQA A;  5B6N A;  3MNG A;  2YJ7 A;  3KGK A;  1XOB A;  1AQW A;  5IPH A;  1K0D A;  1THO A;  4MF7 A;  3RHC A;  3ISO A;  4JR6 A;  2LUS A;  4MCU A;  5CP1 A;  3IK7 A;  2VCX A;  4DSQ A;  1SYX A;  4PQH A;  2OJL A;  2IMD A;  4IP1 A;  2H1A A;  2CX3 A;  2DLX A;  2OAC A;  1PD2 1;  3F63 A;  4ZL9 A;  4EXJ A;  3SBC A;  3ERF A;  4WF5 A;  1QMV A;  5EY6 A;  1PA3 A;  3N5O A;  4YAP A;  2XPE A;  2L5O A;  1Z5Y E;  1NHY A;  4DSR A;  5J9B A;  2X8G A;  3WGE A;  4L5L A;  2B1L A;  2M80 A;  3KXO A;  1T8E B;  1HNA A;  1XW5 A;  1ZOF A;  4KE3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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