4K7NA

Human peroxiredoxin 5 with a fragment
Total Genus 51

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
161
structure length
161
Chain Sequence
APIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTCSLAPNIISQL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (7-8)TII1 (4-7)S8 (136-142)EMPTYTIV4 (132-135)O1 (10-12)AH1 (25-29)S2 (13-16)S3 (22-24)TIV1 (15-18)TI1 (18-21)TII3 (41-44)AH2 (45-64)AH3 (78-88)TIV6 (149-152)TII4 (90-93)S5 (69-74)TI2 (99-102)TIV3 (91-94)S7 (128-133)AH6 (154-160)TI3 (143-146)TI4 (150-153)AH4 (103-108)S6 (95-98)TII2 (29-32)S4 (33-39)AH5 (116-120)TIV5 (145-148)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Oxidoreductase
source organism Homo sapiens
publication title Comparing Binding Modes of Analogous Fragments Using NMR in Fragment-Based Drug Design: Application to PRDX5
pubmed doi rcsb
molecule keywords Peroxiredoxin-5, mitochondrial
total genus 51
structure length 161
sequence length 161
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2013-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4k7nA00
1GLPA 3ZYWA 2ON7A 1OKTA 17GSA 2LRTA 3LGCA 6GSXA 3HJPA 1ILOA 4NV2A 2C3TA 2LNSA 3KH7A 3FKFA 3GX8A 1EV9A 4KUNA 3EMPA 2GSSA 1T3BA 3IAS2 4OO4A 2C3NA 4IJIA 3KP9A 2OADA 2BTOT 1X5EA 3FZ4A 4KE3A 1XWCA 2WFCA 3W6GA 5D9WA 1A2LA 1MDKA 1T00A 2CVKA 1XCCA 2JZTA 2KLXA 1SD8A 3QPMA 2HLSA 5LD0A 3HVSA 5CRWA 5HFIA 5CP1A 1Z9HA 2IMIA 4F0CA 4BWSA 4MP4A 2VLVA 4I2UA 1ZCPA 3LXTA 5JWQB 2FY6A 2P0GA 4FIWA 2OACA 3LG6A 1MDIA 3AY8A 2N5FA 5DAKA 1KBNA 3LJRA 10GSA 4Q5FA 2VCZA 2N5AA 1K0DA 2IMFA 3M9KA 1WMJA 3L4NA 1ABAA 1Z5YE 2GT6A 5A4WA 4V1Ag 2PBJA 5G2ZA 2H1GA 2HYXA 4TW5A 3SBCA 3ZVJA 1GH2A 4JZQA 4CDOA 3ERGA 3CTFA 3ZZXA 3UJ1A 4XIHA 2VM2A 2I3YA 3HYPA 3EU3A 1Y6EA 3PINA 3ERFA 3QAVA 3MSZA 4POLA 5G31A 3MNGA 2ZUPA 5HQPA 2XPDA 4PGTA 5JCWA 3GKKA 4MPGA 5IPHA 4KCEA 2J23A 1TJDA 8GSSA 1R4WA 2OE1A 2D2ZA 3MDKA 1H75A 1JFUA 5D8IA 1G7EA 2IFQB 4HS1A 2EC4A 4MA9A 3TUEA 1I5GA 5L71A 5CO3A 1DUGA 5KN3A 3KH9A 1ZGNA 2BJXA 2DIYA 3D22A 3VLNA 1V40A 3GFKA 2ZNMA 2KHPA 4WKWA 5GZZB 3LFLA 3TKRA 1SL1B 2C1YA 3DEXA 3CRTA 4TXOB 4F82A 3K8NA 3IHQA 5EVOA 3FY7A 1NM3A 3E0UA 1PSQA 4V1Ap 1TRUA 3TJJA 4KW6A 1TU8A 4OFMA 1THXA 1ST9A 4I6XA 1HYUA 3H4KA 4IQAA 5ID2B 1GNEA 2FNOA 1XFLA 3P90A 1O81A 2CX4A 4FO5A 2MMNA 3IBHA 3GNJA 3LWAA 4K0NA 2CAIA 1X5DA 1JHBA 1ERWA 3QDNA 3GL5A 1TU7A 3KD0A 4DSRA 1SKSB 4OMVA 2H1AA 1HD2A 1VF1A 2BMXA 3L9UA 4D73B 1OC3A 5J9CA 5CNWA 5AIVA 5IOWA 1U6TA 1K0CA 2FWGA 5CAXA 3EE2A 2YV9A 1AXDA 4J2FA 2YANA 4PURA 1XWGA 3VPTA 2XHFA 3WGDA 3ZLPA 1J9BA 1EEJA 2E0QA 5AN1A 4KA0A 5INYA 1THOA 4ILFA 2LNTA 3DKSA 4BVYA 2L5LA 2VCQA 1RW1A 4BA7A 5DQYA 5IPGA 4MABA 3ZITA 5IO2A 3GMFA 11GSA 1HQOA 1IYIA 2CA8A 3A2XA 1YDKA 1SK1A 4FYUA 1MTCA 1SD9A 4F03A 1GTUA 2F51A 2VCXA 3TJFA 2FUG2 3M1GA 2DLXA 4AJ7A 1Z6NA 1AQVA 1K0OA 3UBKA 3GX0A 4YQUA 3W8JA 1FO5A 5HR1A 4MCUA 4ECCA 4EF0A 1H4OA 18GSA 2R6KA 3KZQA 2FWFA 3TKSC 2IL3A 4NV5A 1XW9A 4L5LA 1WP0A 2CQ9A 3GURA 2H6YA 1GSUA 3F63A 3FZAA 1QUWA 3GN3A 2JL4A 3EC3A 4RI6A 2DJ2A 3UAPA 3VFIA 2TRXA 4ISDA 3DXBA 4OWYA 2GS3A 2R2JA 1UC7A 4E8EA 3GYKA 3U6VA 2WULA 2X8CA 1MEKA 1AUCA 2LJRA 4NWYA 5B6MA 4K7OA 1PKZA 4JU5A 2OJLA 2K8VA 4CHSA 3QFBC 5HFGA 4XS4A 2CT6A 3LXZA 3FYGA 1USBA 4JE1A 5E59A 1OE7A 5HR3A 3D21A 1AAZA 2B1LA 3G7IA 2LQQA 5JWOB 1V58A 2C4JA 4EO3A 2VOCA 5D9VA 5GSSA 2LSTA 2OBKA 5ELGA 3IA1A 5IOXA 2YWMA 3E3EA 4AGSA 2IIYA 4I2TA 3EWLA 4PQHA 4O32A 4KAEA 1U3IA 2CVDA 2WGRA 3F9UA 4KNDA 3BBYA 3LYPA 3RHCA 5F8BA 2MMZA 4GWRA 3KCMA 1X0RA 1FAAA 3WT1A 1NW2A 2X99A 1RQMA 2DSAA 1Z3EA 2VCWA 4EDZA 1XOAA 4MJAA 4XCSA 5ECOB 2H19A 2L6CA 4G19A 4EXJA 2LJAA 1O8WA 4WF4A 4L5OA 1M9BA 3RHBA 5FHIA 4PQ1A 2WZ9A 4PX1A 2V6KA 2GZZA 2HZEA 4DVCA 4POBA 4HI7A 3TOTA 3ZFLA 5EL8A 4EUYA 1FB6A 5A4UA 3GKXA 5ELAA 4HQSA 4TR1A 4ZBAA 4DEJA 3D5JA 4BPYA 4I97A 3HY2A 4Q5NA 1B9YC 3CMIA 4L0WA 1DE2A 1KTEA 1URMA 3QD9A 4ML1A 2P5RA 3S9FA 2YP6A 4WR5A 3NZNA 3TOUA 3IV4A 2VUPA 1V98A 5D93A 1XPVA 3IRAA 3ZIVA 1UN2A 3A2VA 4XS6A 3CSHA 2H66A 4JEDA 4TRXA 1XW5A 5F0GA 1R5AA 1BYEA 2HFDA 5DALB 2VLUA 1JZOA 5AGYA 1EP8A 3FW2A 2PUKC 1G0TA 2B5YA 1WJKA 4JRRA 1GLQA 1O6JA 1PA3A 3CSJA 2HRNA 3KTLA 3QMXA 2RUFA 2JACA 3EYTA 4X0XA 3FR9A 1U3AA 5COHA 4HEA2 5IMAA 3A3TA 1K3LA 3TRQA 4N10A 2LQOA 3KEBA 4E8HA 5ECIB 1TDIA 3GTUB 4K0GA 3P7XA 1RK4A 4NAXA 1NHOA 1YZXA 5H5SA 4HUAA 4BL7A 3TJBA 2H1DA 5DBQA 4EKZA 5LCZA 4KSOA 1EOHA 2X8HA 4XS1A 5CREA 4IELA 1B48A 2DJ1A 1SK2A 4IBPA 1YEXA 1Q98A 2CV4A 3CRUA 2H8LA 2WRTA 3FR3A 3EINA 4HZ2A 5DCHA 1A24A 4NPBA 1JZDA 2LRCA 3IC4A 4Z7XA 2YPMA 3IAM2 4K6XA 4ID0A 1EWXA 2KP1A 3KM6A 4NXIA 3QOUA 4TN8A 1WRYA 2V1MA 1SENA 3VK9A 2E2MA 5DJMA 2H70A 3FR6A 5LNKe 2HXKA 4IP6A 4J56E 3GRXA 2FA4A 1N2AA 1W4VA 3DVWA 3DIEA 2PGTA 1R5PA 3EURA 1U88A 4V2LA 3ZREA 2IMEA 4KH7A 1G6YA 1F3AA 1XOBA 3FZ9A 4MF6A 1ZZYA 2H6XA 1UA5A 2IFQA 1G6WA 4QL7A 2QGVA 2AB6A 1FOVA 3M8NA 3LSZA 4XTSA 1YKCA 4AF2A 1XXUA 5A4VA 1TW9A 1TK8B 4TXOA 1DBYA 1N8JA 5D73A 4PNFA 3RPNA 1XVWA 5E4WA 1QK8A 5ECPB 5IMDA 3QAGA 2AJQB 2LTKA 4WF5A 2NBSA 1SU9A 4MZWA 3ME8A 4PUFC 2P5QA 4MK3A 2GGTA 4DSQA 4O5RA 4DSSA 2VO4A 1SYXA 3DWVA 3KGKA 5CRDA 4QL9A 6GSWA 3VPQA 1NHYA 5B8AA 1T4YA 1OC8A 3RAZA 1T7PB 1OVNA 3QCPA 5G5EA 2L6DA 3CTGA 1GSSA 5F06A 2WCIA 2GQMA 3WGXA 1TK0B 1A0RP 1OC9B 4X1UA 4EL1A 1B4PA 1TOFA 1GSEA 1SJZA 3UBLA 4YAVA 1ERUA 2YNXA 5J3RA 3ERWA 4MZBA 4D73A 3MAKA 3TJGA 2GZPA 16GSA 3CBUA 3L78A 4KDXA 1SK0A 3NOFA 1EEMA 2RIIA 2VAFA 2DJKA 3F4SA 2OE0A 2H0IA 4F2IA 5D9XA 4WBJA 4KB3A 3GL3A 2A2RA 1K3YA 3UEMA 3APQA 4PXOA 2XC2A 3IDVA 1QGVA 1PKWA 2GZYA 1XZOA 3M9JA 4G2EA 2HZFA 4MMMA 4IP1A 3TGZA 2K6VA 4OFTA 4EC0A 3HVXA 1X9WB 4RQRA 3UIWA 1QQ2A 2PWJA 4N0ZA 5IMVA 1OKDA 2JSYA 5ECHB 1TP9A 1GSYA 1ON4A 2RLIA 2FLSA 1T8EB 4K8MA 3HDCA 5H5QA 2ES7A 3LQ7A 2KUCA 4L0UA 1TRWA 2I9HA 5KEJA 2X64A 1BJXA 1YKAA 2I4AA 2M72A 3QFAC 2LJKA 3PH9A 3VWXA 5DDLA 4ZIJA 1YF0A 2VLTA 4ML6A 3IXRA 1MDJA 1M2AA 4PQIA 4QQ7A 5EY6A 1FVJA 5D9TA 2C80A 3HJOA 4HJ2A 5G1KA 3RPPA 4MJCA 3CYNA 4ZB9A 3O6TA 4ZB6A 5D96A 4ZL8A 1IYHA 3BCIA 3U5RE 1WPIA 3O3TA 1O85A 2E2GA 2HSHA 2OBIA 1Z7RA 3G9BA 3UMAA 2O85A 2MMOA 4WR4A 1GUMA 5F07A 2PPTA 5IIZA 4HOJA 1ZYEA 1HNAA 1BAYA 1X9SB 2IN3A 1B8XA 1PQNA 2MZCA 4TR3A 1F37A 4GQCA 2ALBA 13GSA 2GT5A 3IK7A 4NHWA 4MLYA 5HFKA 2XPEA 4LMVA 2VL2A 3WGEA 5B6NA 4K1FA 3A2WA 3ZMKA 5F05A 4ZL9A 4GSNA 2H71A 2GSRA 3KP8A 3KXOA 1M9AA 3TKSE 3C73A 2IWTA 3PR8A 2HSYA 1SL0B 3KJYA 2FD3A 1M0UA 2FHEA 2YJ7A 3DRNA 4ZBDA 1JZWA 1B4QA 2Z9SA 1HNCA 2YWOA 4ZBBA 2MYGA 3HZ4A 2GQLA 1OAZA 3I43A 1TI3A 1Z6MA 5ABRA 3J7Yb 3F0IA 2KP2A 4BWQA 1ERVA 1O8XA 2A4VA 4IN0A 3ISOA 1SJIA 3GIXA 4EE0A 4XS4B 2C0FA 3H1NA 2MBTA 2V32A 5KN1A 4Q5RA 2L4QA 2GDRA 2YWNA 4RI7A 3BD2A 1G7OA 3ZVJD 1GNWA 2H0GA 3TJKA 7GSSA 2H75A 1A0FA 2MMAA 2L5OA 3OR5A 4JBBA 2DBCA 2E7PA 3DD3A 3APOA 3J7Yk 1YF1A 2H74A 5HR0A 5J5NA 4AJ6A 5H5RA 5C04A 4OD7A 1K3OA 2CVBA 5ECQB 2WS2A 1V2AA 2MBSA 2M80A 3ZIJA 1PL2A 3ZTLA 1GTAA 4KDYA 3L9SA 1SYRA 6GSSA 4MJBA 1KEBA 3H8QA 1TRSA 3FRCA 1YY7A 3L9VA 4TVEA 3E9JB 6GSUA 4HDEA 2F9SA 2R5GA 4OO5A 5IMFA 4MH3A 2PU9C 4MF5A 1V57A 1VGLA 2HT9A 1MD3A 2GSQA 5GAPD 4JR6A 5DVBA 2LV3A 5J41A 1SL2B 3PGTA 3TRXA 5IMZA 3TB2A 4KGIA 5DALA 5ECKB 1PGTA 1F2EA 2EIOA 1EGOA 2LKUA 4IQ1A 2GSTA 4IKHA 2HE3A 2R3XA 3GSTA 3VURA 3GH9A 5IQYA 5C00A 2EIQA 2GTUA 2LUSA 3D6IA 2CAQA 3F8UA 3F3QA 3O76A 4X43A 4I5QA 4I8BA 2OE3A 3Q19A 1O7UA 2L4CA 4G10A 4G9HA 3C1RA 3GUSA 2F8AA 1KNGA 1XVQA 2IJYA 3GTUA 4O7HA 1PX7A 2C0EA 2VL9A 3F6DA 3C8EA 4MPFA 5FT3A 4IW9A 4NMUA 4LLRA 2WJUA 2VM1A 4J57E 5CRHA 2V2GA 1ACVA 1GTBA 5AIXA 1TTZA 1AW9A 3EU4A 1XWBA 5B7CA 2B6MA 3GA4A 4K9ZA 4ULXA 1PRXA 2B5EA 3ZL5A 2QKEA 1TRVA 4GQFA 1T4ZA 1BEDA 3GSSA 1EZKA 5ENUA 1OE8A 3GH6A 2CZ2A 3HKRA 3ED3A 2OKAA 2VD0A 4LA1A 1K0AA 3FHKA 5HR2A 4IVFA 4PUAA 4ECBA 4OCEA 2TRCP 1TXXA 3HD5A 2ON5A 5DJLA 1GRXA 2AAWA 3HZ8A 2B1KA 1CQGA 2JADA 5DCGA 4MZCA 3LEFA 2HNLA 2DIZA 4HQZA 1NSWA 2X8GA 2K9FA 3Q74A 1A8LA 2L57A 1B9XC 4RUVA 3IR4A 3C7MA 1JLWA 22GSA 2YZUA 1QMVA 4HZ4A 2V6OA 5DAKB 3IK9A 1F9MA 1GULA 1Q4JA 1Z7PA 3D0ZA 2PVQA 3FZ5A 2KOKA 1E6BA 3MWHA 2NVLA 2PN8A 1ZL9A 3F4TA 3HHVA 4GCIA 3KIJA 2YV7A 4XRAA 1X5CA 3VWWA 1ZMAA 2WDUA 3TCOA 3F4RA 4WXTA 3UOMA 1BG5A 4FYBA 2L59A 3FEUA 1WIKA 1M7TA 2H0HA 2O89A 1LU4A 2RM5A 2YCDA 1SJ6A 3P8WA 2J9HA 2YN1A 2F8FA 4LL1B 2YOIA 4HU9A 2N5BA 5ID2A 2OA7A 2JZRA 4RQXA 5ECRB 14GSA 2H6ZA 2P31A 3BOAA 2A2SA 3ZFBA 2H72A 1CQHA 5G30A 2YWIA 1OC9A 1T1VA 5ECSA 1AQWA 6GSTA 2LEGA 3BCKA 4KSMA 4FYCA 2NTOA 1FG4A 2FGXA 4EVMA 4F0BA 2LRNA 5G1LA 4DSSB 2NPBA 4HJMA 1GL8A 9GSSA 2B7JA 1F6MC 3TKSA 3KTBA 12GSA 4POMA 2B3SA 1PL1A 6GSYA 3D4MA 2G2QA 3RDWA 3UARA 1FW1A 4GLTA 3HVVA 3TKPA 3LYKA 1TKDB 5GAND 1K0MA 1BX9A 3SWLA 3JCML 2TIRA 2JU5A 4WEYA 2YZHA 2VCTA 5IM9A 1YJ6A 3GKNA 1GUHA 3VWUA 2VCVA 2I1UA 3GV1A 2K18A 1I9DA 3N9JA 2G0FA 4H86A 4K7NA 1AIUA 2PMTA 1J08A 1S3AA 3IPZA 4POKA 4XHMA 2V41A 3GHAA 4N30A 1GTIA 4YH2A 2IMDA 3IE3A 2PVOC 3DYRA 3P2AA 5JWRB 2C0GA 19GSA 3NIVA 1PX6A 4KCAA 4TXVA 1HNBA 5ECNB 2H73A 1AC1A 1GSFA 2EIRA 4ZL7A 2HI7A 4WBRD 4N0VA 1X9MB 2I81A 3VI5A 1LJRA 1S3CA 3VWVA 2GLRA 1ZYQB 1GWCA 1A8YA 3I9V2 2JSZA 2XBQA 1R7HA 3F6FA 1EOGA 1O73A 5DQSA 4O92A 4LMWA 4MF7A 4YAPA 4MH2A 2H01A 3HA9A 5FWGA 4P3YB 4MJEA 4YQVA 1F3BA 2FA8A 1MD4A 1LBKA 3H79A 4ZB8A 4ZXGA 3US3A 2AUVA 1GSDA 1YQ1A 3TRPA 1J0FA 4L8EA 4CW9A 1QFNA 2VL3A 4WETA 4ECIA 1WE0A 1PMTA 2PERA 5J4UA 1GP1A 2LS5A 2HRFA 4IS0A 3Q18A 1XIYA 4EDYA 4K7IA 4OCFA 2F3MA 2DJ0A 1SKRB 4V2NA 4GRFA 1GSQA 1VF3A 1YEPA 2C8UA 1PD21 3ZMLA 3HJMA 1JLVA 3I6AA 3CSIA 1SKWB 2GQKA 3W8SA 2XBIA 5G5FA 1EP7A 4TR4A 2H1BA 5JCGA 4GTUA 1VRSD 1ZOFA 2IMKA 5J9BA 2B5XA 3M3MA 5IO0A 4AJ8A 1PN9A 4IGJA 4XRDA 2DC5A 3DGQA 2QSIA 5ECMB 1UVZA 4LL4B 1V9WA 4N11A 1K0BA 4ZILA 1FVKA 2NDOA 4KX4A 4F9ZA 3A5WA 1XWAA 1EV4A 3HCZA 5CYYA 2C3QA 1S3DA 3KMNA 3QR6A 2VIMA 5CRGA 3UVTA 2FCHA 4GSSA 1K0NA 4HU7A 2JZSA 5A5KA 3M0FA 5KN2A 2H30A 2IPAA 4FH8A 5EPFA 3CXGA 2RM6A 4MDCA 3V1WA 3L0HA 4K2DA 4TKYA 1DSBA 1GUKA 4PNGA 3DVXA 3D4TA 3EVIA 1ML6A 3R2QA 4YQMA 1XBSA 3APSA 3RBTA 3WD6A 4NHZA 3FK8A 2AHEA 1AQXA 5ECLB 4ACSA 3UVHA 2YJHA 2DMLA 1A2JA 3WT2A 1JZRA 2O8VB 1A2MA 3ZRDA 4ECJA 2K8SA 3I69A 2R37A 1FHEA 2VD1A 3ME7A 1TK5B 1OYJA 1R26A 5AISA 1U87A 2DJJA 3TKQA 4BVXA 2DMMA 2CZ3A 2M46A 3H93A 2C0DA 2QC7A 3F3RA 3TDGA 1M99A 4Q5QA 2REMA 4GXZA 3C1SA 1TI1A 2DJ3A 4OFNA 1VF2A 3EMXA 3G7YA 1M2DA 6GSVA 5IMCA 2FWEA 1M2BA 1ERTA 2VL2C 20GSA 2CX3A 3DMLA 3N5OA 2O7KA 2HZEB 3WYWA 3LORA 2O87A 5GSTA 1XW6A 4TR0A 5JCUA 4GSTA 1DE1A 4TR1B 4GF0A 1A23A 3HXSA 4IHUA 1VF4A 2H76A 1C72A 2ZCTA 3G7JA 1WWJA 3QAWA 3GKMA 3IOSA 1WOUA 2FWHA 5KN0A 3Q6OA 2RUEA 2AYTA 3UL3A 4JR4A 3C71A 2WB9A 1BQ7A 1Y25A 3KMOA 1EGRA 5B8BA 4KDUA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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