4K7OA

Human peroxiredoxin 5 with a fragment
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
SAPIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTCSLAPNIISQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Comparing Binding Modes of Analogous Fragments Using NMR in Fragment-Based Drug Design: Application to PRDX5
pubmed doi rcsb
molecule keywords Peroxiredoxin-5, mitochondrial
molecule tags Oxidoreductase
source organism Homo sapiens
total genus 51
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2013-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4k7oA00
2YWMA 4JR4A 5B8AA 1ST9A 3UVTA 1O73A 3F4TA 4TR0A 1X5CA 4XRDA 4I97A 3P7XA 1SL0B 1AC1A 1F3BA 3ZMLA 3VWUA 4K8MA 6GSXA 4HQSA 6GSTA 2H0GA 2HE3A 1Y6EA 4H86A 2I4AA 3EINA 3N9JA 3GNJA 3S9FA 2PERA 3UEMA 3DVXA 1ZZYA 1VF1A 1E2YA 2EIQA 4P3YB 2E2GA 2H73A 2VOCA 3HY2A 3D4TA 2IMEA 1GSUA 4K6XA 1UN2A 3H79A 4HOJA 2X8GA 4EF0A 3EMPA 2CVBA 1PL2A 5JWOB 2F9SA 1U88A 1ZOFA 4EE0A 4AJ8A 4ML6A 3QAWA 2C3QA 2QC7A 5ELGA 1DUGA 3APQA 1Z9HA 4OO4A 5D8IA 2G0FA 5HFKA 5ECIB 1FOVA 6GSWA 3IBHA 2QKEA 4I5QA 2FWGA 2CV4A 1PKWA 3CSHA 3GTUA 3FK8A 5JCUA 6GSYA 2VL9A 2C80A 5AISA 4CDOA 2KOKA 3F6DA 3CMIA 1NSWA 1YEPA 3FHKA 1XWKA 3IDVA 5H5RA 4ID0A 2E2MA 4WR5A 1LU4A 2CVKA 4JRRA 1GLQA 3M0FA 4K0NA 4ZB9A 2Z9SA 3M3MA 2YN1A 5G1KA 1WE0A 3IA1A 3LWAA 2VLUA 5IMDA 1TRWA 3MNGA 2V32A 4LMVA 3R2QA 1SKSB 3ZVJA 3CSIA 1OKDA 2C4JA 4QQ7A 2G2QA 4L5OA 17GSA 3TOUA 4F2IA 3FZ9A 2VCVA 5INYA 5F05A 5DVBA 3EYTA 2F8AA 3IC4A 3HVSA 3FZ5A 2XBIA 3TB2A 2WCIA 2GSRA 2LQOA 2C0EA 3RBTA 1RQMA 3LYPA 4BPYA 2WFCA 2PMTA 4K0GA 3GL5A 2L6CA 1AQVA 4ISDA 2H1BA 3F4RA 4D73B 5C00A 2OA7A 1M0UA 1Z3EA 5AIXA 1GRXA 2FD3A 3TJGA 5GZZB 1PSQA 20GSA 1TJDA 2PWJA 3IAS2 2QSIA 1VF3A 1KNGA 5A4WA 1GULA 1Q98A 4XHMA 5L71A 2CX4A 3C73A 2F8FA 3QD9A 1JLWA 4G2EA 1TW9A 4XIHA 3GSTA 3D22A 1WRYA 1G0TA 22GSA 5DCHA 4I2TA 3APOA 5D9XA 2XPEA 4MZCA 1SJ6A 1TU8A 1XBSA 2RLIA 3PR8A 3C1RA 3QFBC 3NZNA 3IRAA 2DJKA 4ZB6A 2GDRA 1GSYA 3GKKA 2FWHA 2L5LA 1J08A 5IMZA 2JSYA 1SJZA 4BVYA 3A2WA 4MCUA 3Q18A 3VWWA 3O3TA 3VPTA 4HI7A 2CAIA 1Z6NA 2CT6A 4JE1A 3KH7A 4EDYA 5AIVA 5HFGA 5CP1A 2OE1A 1YDKA 1YJ6A 1ZGNA 14GSA 4PUAA 4NV2A 3ZREA 2P0GA 3ERWA 2TIRA 1BJXA 2JADA 2PPTA 2JACA 5ECSA 5HQPA 2GQKA 1PRXA 2FA4A 1R26A 4LLRA 3FW2A 1SD8A 3TDGA 3GKXA 4TR1A 3HZ8A 5FT3A 5IIZA 3QMXA 2YWIA 2JZSA 2H75A 4QL9A 1R5PA 3LORA 1NW2A 4DVCA 2M72A 1GNEA 1XWBA 5A4VA 1EEMA 1V40A 3QPMA 4AGSA 5KEJA 4GSSA 4GCIA 5IO0A 2X8CA 4XS1A 1EP8A 4ECIA 19GSA 2LKUA 2VCTA 1XWAA 1FB6A 7GSSA 3U6VA 3FYGA 1GSFA 1GSDA 1PMTA 5J5NA 2DJ0A 3WGEA 4YQVA 3KCMA 2FY6A 1SU9A 1PX7A 4KCAA 4ECCA 1V9WA 2OADA 1TP9A 4L0WA 4PXOA 1EOHA 4MLYA 1M2BA 2H66A 3LJRA 1NM3A 4KNDA 4G10A 3GKNA 3ERGA 3RHBA 4AJ6A 3TKSE 4V1Ap 2GT6A 1FW1A 2REMA 2PU9C 4KDYA 3U5RE 3ME8A 1KBNA 3ZITA 3LGCA 3QCPA 1K0DA 3FZAA 3GRXA 4N0VA 5DALA 4EL1A 3CSJA 1TXXA 2FUG2 2MMAA 4F82A 1B4QA 5CAXA 2VIMA 1XVWA 2HT9A 4CHSA 1J9BA 1ML6A 2LJRA 4LL1B 2M46A 4YQMA 2B5XA 3O6TA 4MF5A 2B3SA 2CZ2A 1OC9B 1YKAA 1EZKA 4MH3A 5AN1A 1H75A 2IL3A 1JLVA 1T4ZA 4PUFC 4TXOB 2LRTA 2H1AA 2PBJA 3WT1A 3VI7A 2C8UA 5D73A 4J2FA 1Y25A 2LV3A 1PKZA 1EEJA 4WF4A 1SD9A 4PX1A 3DRNA 2TRCP 3DGQA 3GA4A 2RIIA 1H4OA 1KEBA 2LSTA 3DEXA 1TK0B 1FG4A 2VLTA 5J41A 2XC2A 4Q5QA 3W8SA 1GNWA 3ME7A 1R7HA 1GP1A 2DBCA 4HZ2A 5G5FA 3FR9A 1V98A 2YCDA 2CQ9A 3E9JB 3QAGA 4XS4B 5HR2A 3ZIVA 4IW9A 2GT5A 1G7OA 3FR6A 3F63A 2HSHA 2H76A 4OD7A 1XXUA 3LEFA 2YOIA 5GSTA 1USBA 1XFLA 2LRNA 1PX6A 5KN2A 1WJKA 4XTSA 2HI7A 4KX4A 1DE2A 3GV1A 3G7JA 1RW1A 1WP0A 16GSA 1K3LA 2YV7A 4BWQA 5ECNB 2KUCA 4WKWA 4RI7A 4FH8A 1QQ2A 2GQLA 1A8LA 3GHAA 4KA0A 3F6FA 2GSTA 3GUSA 2EIOA 4V2NA 5CRGA 4ZB8A 2B6MA 5ID2A 1GSSA 2K8VA 4L0UA 1HNBA 1HYUA 2AYTA 4EVMA 4XCSA 2OJLA 2GGTA 2OACA 3C1SA 3I6AA 3L9VA 3HZ4A 3FRCA 3HJOA 1JZOA 3TJJA 5IQYA 2X99A 4V1Ag 4N11A 4WBJA 4ZIJA 5JCGA 2V41A 3KMNA 1GUHA 2X64A 5G1LA 3UIWA 4K7OA 3A2VA 1ERVA 1MDIA 2NDOA 1G6YA 2DMLA 5KN3A 2H6ZA 3LG6A 3GL3A 1DBYA 3ZTLA 2R5GA 5HFIA 3GKMA 2R37A 1W89A 3KP8A 2KP2A 5C04A 2WDUA 1Q4JA 2YZUA 4Q5RA 4F0BA 3H93A 1YEXA 4V2LA 2V1MA 2MBTA 4HJMA 1B4PA 4TR3A 1A2JA 1I9DA 1X5EA 4IHUA 4TW5A 3EE2A 3VLNA 1X9WB 2NTOA 1GTBA 4JBBA 3LXTA 2ES7A 2H19A 3BOAA 2H0IA 5H5QA 4OCFA 1XPVA 1I5GA 5EL8A 2E7PA 4L5LA 3DMLA 1ILOA 3D5JA 2TRXA 3UJ1A 3VI5A 1XVQA 1V57A 1OE7A 3Q19A 4FYCA 3LQ7A 1TK5B 4X1UA 5D96A 2FWEA 2DIYA 2O8VB 4MJCA 2VUPA 4FO5A 4DSSA 5ECHB 3GTUB 3BBYA 3DKSA 5JCWA 3UBLA 4I8BA 1K3OA 1ERTA 1XIYA 2PVOC 2VM1A 1Z5YE 1DSBA 4GTUA 2HYXA 5KN0A 4X43A 1O6JA 1S3CA 1LJRA 3F3QA 4NWYA 3N5OA 3F4SA 1K0OA 2OKAA 1XW9A 4HU7A 3E3EA 5ELAA 3L9UA 2VD1A 4K1FA 1K0MA 1SK0A 2O89A 1PD21 1XWCA 4LL4B 2R2JA 4K7IA 2B7KA 4NPBA 2OE0A 5ENUA 3BJ5A 3DIEA 2GSQA 4AF2A 1PA3A 4EUYA 4EO3A 3FR3A 1K0NA 3GX8A 2IIYA 2NPBA 2HLSA 2MBSA 3DWVA 4WBRD 5ECQB 1QFNA 5D9WA 4ECBA 1G6WA 2IPAA 4KGIA 4O92A 3MWHA 4KDXA 1B48A 2DIZA 2AB6A 3ZFLA 1AAZA 5IM9A 2B7JA 4KB3A 1GLPA 3IK7A 1ZCPA 1TRSA 1T8EB 2EC4A 3KIJA 2J9HA 3KZQA 1XCCA 2YANA 1OE8A 3VURA 5LCZA 4KAEA 4GSNA 2R4VA 2YWNA 3FZ4A 3SBCA 3L78A 3IK9A 2O7KA 3ZL5A 1VGLA 2P5QA 5B6MA 2DJ2A 3IR4A 4HDEA 4KE3A 1NHOA 2FLSA 2WZ9A 5F8BA 4RI6A 2L5OA 2VCWA 3A2XA 5DBQA 2AJQB 1BEDA 4E8HA 1W4VA 4IN0A 1Z6MA 5J4UA 1XZOA 3C7MA 3C71A 2VAFA 4MJAA 1GUKA 1GSEA 4FYUA 1O81A 4TRXA 6GSSA 2FWFA 2VCXA 3A3TA 2MZCA 2IWTA 3I69A 3KM6A 4ZBBA 1EGOA 4MA9A 2JZRA 3MDKA 2HSYA 3VWXA 1OC8A 4WXTA 2YV9A 5GSSA 4FYBA 1JZWA 4MDCA 2DC5A 3GH6A 1GUMA 4Q5FA 2O85A 1GTAA 5F07A 5DCGA 1A0RP 2PN8A 4TKYA 3W6GA 4MABA 2HZEB 2VO4A 3IV4A 1QGVA 4KW6A 3TJKA 3M9KA 4PNFA 2GTUA 1SYRA 1EP7A 1Z7RA 4AJ7A 1S3DA 2HZFA 3KTLA 2DJJA 10GSA 1K0CA 3P2AA 2H30A 5EPFA 3HVVA 1K0BA 4V2MA 8GSSA 2MMZA 2I9HA 4N30A 3M1GA 2C0FA 5CRWA 4PQ1A 2LNTA 4N10A 2RUFA 5DAKA 3C8EA 4OCEA 3TOTA 3HA9A 4X0XA 2DSAA 4IQAA 3O76A 2P31A 3E0UA 4KDUA 5ECKB 3LFLA 3JCML 1ABAA 3GSSA 1TI3A 2KP1A 1EV4A 1GL8A 1BG5A 3WD6A 3IOSA 1JZDA 4IS0A 5DQYA 3WGXA 1HD2A 3KD0A 3OR5A 4MPFA 1VF4A 4EDZA 3NIVA 3M8NA 2C0GA 3TRPA 1TRUA 2ZNMA 2FHEA 3GH9A 2JU5A 2ON7A 3KP9A 4IBPA 11GSA 1FO5A 5J3RA 2JZTA 2QGVA 4XRAA 4EXJA 1TTZA 3K8NA 1OC9A 2PGTA 4DSQA 1TRVA 2LS5A 4TVEA 4GQCA 3FY7A 1S3AA 4NXIA 2BJXA 2GZZA 4TXOA 1A2MA 2K9FA 4WR4A 1GTUA 4I2UA 4MF7A 1HQOA 2H6XA 5D9VA 3WT2A 5ECMB 5IO2A 4MJBA 3P8WA 2L6DA 4JZQA 3IPZA 4TXVA 1XW5A 3QFAC 4F03A 5D93A 3EVIA 5ECOB 6GSUA 2H1GA 1ZMAA 3EURA 5HR0A 4Q5NA 2VCQA 2XHFA 1JZRA 4OMVA 4IKHA 1YZXA 3UAPA 3GFKA 5DALB 2ALBA 4XS4A 2VD0A 3GN3A 2ZCTA 3F3RA 4JU5A 4OFTA 4F9ZA 1SYXA 1K0AA 1A23A 5ECPB 3CYNA 4QL7A 2H0HA 1UVZA 1BYEA 2C3NA 4ZBAA 1T1VA 2AAWA 5GAND 3HCZA 4BL7A 3G7IA 5DDLA 4O7HA 4KUNA 4ILFA 4ULXA 3EMXA 4ZL8A 12GSA 2K8SA 1AIUA 2XPDA 3IXRA 1IYIA 3L0HA 3KGKA 2IFQB 1M99A 2EIRA 1SENA 5IPHA 1AXDA 4Z7XA 4J57E 5HR3A 2H70A 2WULA 2MMOA 4WEYA 1N2AA 3H4KA 4J56E 4MF6A 2E0QA 4POBA 3HDCA 2CX3A 1VF2A 2XBQA 3UOMA 3DVWA 2FCHA 4PQIA 2R3XA 1CQGA 18GSA 4NV5A 4MP4A 1F3AA 5FHIA 1A8YA 3L9SA 2HNLA 3W8JA 4TOPA 3MAKA 3RPPA 2H01A 4POMA 2WGRA 3HXSA 5IMVA 4EC0A 4IJIA 3DYRA 2CA8A 4OWYA 1ZL9A 3ERFA 2I81A 5F0GA 1YY7A 1HNAA 5ECLB 2AHEA 4IGJA 2LEGA 2H8LA 3TRQA 3ZZXA 2N5BA 2A2SA 1O8XA 1MD4A 2H1DA 2KHPA 2BTOT 1EGRA 4OO5A 2NBSA 3ZFBA 2FA8A 3CXGA 4HJ2A 4LMWA 4HZ4A 4KCEA 1E6BA 3EC3A 2LTKA 2WRTA 2V6OA 3BD2A 3Q74A 1MTCA 5ID2B 1F9MA 1M9AA 1MDKA 2NVLA 2L4CA 2VL3A 4ECJA 3ISOA 3TKSC 3ZRDA 1X9SB 4IP1A 5DQSA 3Q6OA 1FVJA 1YKCA 1OAZA 1QUWA 2H74A 4I6XA 1GH2A 3V1WA 1OYJA 1V2AA 2RUEA 1EWXA 3J7Yb 3QDNA 1T3BA 3P90A 3D4MA 4IJ3A 5J9BA 2OBIA 5CNWA 2YZHA 2H72A 2I3YA 2RM6A 1T4YA 5EVOA 1B8XA 5JWRB 3F0IA 1JFUA 4TR4A 3BCIA 4CW9A 4BWSA 2IMFA 2GSSA 4NAXA 1X9MB 3GIXA 4GWRA 2C3TA 3MSZA 1SL2B 3ZMKA 2AUVA 2L57A 2F3MA 4KH7A 1U6TA 3BCKA 3AY8A 3D21A 1YQ1A 2VL2C 1BX9A 1QMVA 5IPGA 1M9BA 3QAVA 5G5EA 3TKRA 2ZUPA 3RPNA 4WETA 2LRCA 2L4QA 1GWCA 2IJYA 3NOFA 3WGDA 1EV9A 2L59A 3LYKA 1U87A 4BA7A 5GAPD 1T7PB 1THXA 3TGZA 3TCOA 1N8JA 2MYGA 2YJ7A 4MJEA 4G9HA 5G2ZA 4DSSB 1TU7A 1ERWA 3KEBA 1ERUA 1AQWA 2O87A 3A5WA 4D73A 4HS1A 4KSMA 1IYHA 1BAYA 2IMIA 3KTBA 2H6YA 3CTFA 3EWLA 1K3YA 2D2ZA 3FKFA 5CYYA 1SL1B 5IOXA 1YF0A 1FHEA 4GF0A 3PINA 3CRTA 3LSZA 4GSTA 4XS6A 2WS2A 4ZXGA 1XOAA 3GX0A 3L4NA 3US3A 1TDIA 4G19A 3VFIA 4K9ZA 5G30A 4BVXA 2CZ3A 3CBUA 3QOUA 3RHCA 2N5FA 2YPMA 1QK8A 2OBKA 1FAAA 4ZBDA 5KN1A 4OFNA 1XOBA 5A5KA 2YP6A 1OKTA 2AV4A 1U3AA 3HHVA 4ACSA 4WF5A 4ZILA 4YAPA 4MH2A 1QXHA 4POKA 4PNGA 5LNKe 1GTIA 3DD3A 13GSA 3F8UA 2RM5A 3IAM2 4RQRA 2A2RA 2GZYA 5HR1A 3CRUA 3UARA 1WIKA 1X0RA 3SWLA 4GQFA 3UVHA 2JSZA 3UMAA 1SK2A 2HXKA 1JHBA 1WOUA 3WYWA 3DXBA 3UBKA 4TN8A 3TUEA 2B5EA 3KMOA 1C72A 2HZEA 4YQUA 2B1KA 3TKPA 5ECRB 1XWGA 2LUSA 3APSA 4PGTA 4EKZA 3ZYWA 1AW9A 2VLVA 1MEKA 2VM2A 2R6KA 3KH9A 3VK9A 3PH9A 1MD3A 1HNCA 1J0FA 4LA1A 4F0CA 1A0FA 3LXZA 1DE1A 4IP6A 2A4VA 1VRSD 1PN9A 4HUAA 4NHWA 1OVNA 5E59A 4IVFA 1EOGA 2HFDA 1RK4A 5G31A 5F06A 1WWJA 1YF1A 2B5YA 1O7UA 1U3IA 2YNXA 3FEUA 4RUVA 6GSVA 4PQHA 2P5RA 3GMFA 1UA5A 2GQMA 3HJMA 1O85A 2BMXA 4O5RA 2GVPA 2C1YA 2DJ1A 4E8EA 4K7NA 2X8HA 5DJLA 3HJPA 4IQ1A 2I1UA 1B9XC 5ABRA 1TK8B 1X5DA 2JL4A 4IELA 3M9JA 4JR6A 1Z7PA 2MMNA 5DJMA 1TOFA 5CRHA 3QR6A 9GSSA 1R4WA 3RAZA 5J9CA 1FVKA 1SKWB 4L8EA 4TR1B 4YAVA 4ML1A 5IMCA 5COHA 1UC7A 3KJYA 3CTGA 3TJFA 4PURA 3D6IA 5H5SA 3ED3A 5FWGA 4DSRA 1F6MC 1FB0A 2GS3A 2M80A 5B8BA 3HYPA 3ZVJD 1R5AA 4POLA 5DAKB 4MZWA 2CVDA 3EU4A 2GLRA 1SK1A 1CQHA 3TRXA 1T00A 2F51A 3D0ZA 1THOA 3GURA 3I43A 1BQ7A 4GXZA 3H1NA 2HRNA 5B7CA 3TJBA 1XW6A 5LD0A 1TKDB 1AQXA 3TKSA 3ZIJA 3I9V2 1AUCA 3G7YA 4ZL9A 4YH2A 2PUKC 1A2LA 1PQNA 1A24A 1WPIA 1PL1A 3UL3A 4GLTA 2B1LA 4MK3A 5D9TA 3HKRA 5AGYA 2LJAA 2WJUA 2CAQA 2IMDA 2K6VA 2V6KA 2YWOA 2DLXA 3GYKA 2DMMA 3VWVA 2HRFA 2OE3A 2LNSA 2LQQA 1MDJA 5A4UA 2GZPA 2V2GA 3TKQA 2IMKA 4HEA2 1KTEA 2H71A 2FGXA 4O32A 2ON5A 1ACVA 2WB9A 1LBKA 3EU3A 1ZYEA 3PGTA 4JEDA 3KXOA 4KSOA 4MZBA 2FNOA 5IOWA 2VL2A 4MPGA 3IHQA 4HQZA 4N0ZA 2IFQA 1WMJA 5IMFA 1SKRB 1F2EA 3ZLPA 1TI1A 3HD5A 5CREA 2N5AA 2C0DA 1ZYQB 4MMMA 4NMUA 3VPQA 5CRDA 1M2AA 3G9BA 2IN3A 3F9UA 1F37A 1GSQA 1M7TA 2LJKA 2VCZA 1NHYA 5E4WA 4DEJA 4RQXA 4OFMA 1G7EA 1B9YC 2DJ3A 4ZL7A 4NHZA 2KLXA 4FIWA 2PVQA 4HU9A 2J23A 5B6NA 4GRFA 2YJHA 5EY6A 5IMAA 3J7Yk 1PGTA 1SJIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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