4K9Z | Genus

Total Genus 35

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	35
sequence length	141
structure length	141
Chain Sequence	ASKLLPGQPAIDFEMLDVEGNVKHLADFKGKVIYIDLWATWCGPCIQESPAFEALGKKYVGKDIVFLPVSTDTTTKPWLRYLDGHKKELTQYHSNDVALKESWAIMYIPRFILIDKDFNIVNAYAPRPSSEEIGTLIDSVL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5894791389979135__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5894791389979135__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4K9Z/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5894791389979135__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5894791389979135","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4K9Z/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5894791389979135__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0063013211b37b140fe443/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0063013211b37b140fe443/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0063013211b37b140fe443/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0063013211b37b140fe443/pdb.gz): 402 ms

reading 141 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

141 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 19 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:140});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Bacteroides vulgatus
publication title	Crystal structure of a putative thiol-disulfide oxidoreductase from Bacteroides vulgatus (target NYSGRC-011676), space group P6222 rcsb
molecule keywords	Putative thiol-disulfide oxidoreductase
total genus	35
structure length	141
sequence length	141
ec nomenclature
pdb deposition date	2013-04-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF08534	Redoxin	Redoxin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4k9zA00

3LQ7A 2ZCTA 1K3OA 3D4MA 2H8LA 4IW9A 3UMAA 4PNFA 2J9HA 4V1Ap 3F63A 1TK8B 1ML6A 6GSXA 1EGRA 1PD21 2GSTA 2DBCA 5H5RA 4XS6A 2GQMA 7GSSA 2DLXA 3EC3A 3LFLA 2WGRA 2H66A 1EV4A 5ID2A 2L5LA 1TRVA 5A4VA 2C80A 3DXBA 1OC8A 3FZAA 3MWHA 1JLVA 2LV3A 1GTIA 2OA7A 3BD2A 3UBKA 5D96A 1V58A 2P5RA 3AY8A 2ON5A 1Z5YE 1T7PB 1TRSA 4MLYA 1ILOA 1XFLA 5CAXA 2F8AA 3EWLA 4GSNA 3HZ8A 3KZQA 1EZKA 2IPAA 1K0BA 2DJ2A 3VK9A 1NHOA 3EINA 3HKRA 1EGOA 2E7PA 3UL3A 1TI3A 2K9FA 1W4VA 4WKWA 4TR3A 4ZL8A 1VF4A 1XVWA 4NWYA 1X5EA 3LSZA 1X5CA 2VL3A 8GSSA 1BEDA 4G9HA 3NIVA 4E8HA 3RDWA 4PQIA 2EIQA 4FO5A 2I1UA 3U5RE 3EU4A 4MJBA 3P2AA 5B7CA 2JU5A 3K8NA 3ZLPA 4G10A 4X1UA 4AJ8A 4BWSA 3HHVA 4OCEA 4BA7A 4F82A 17GSA 2MBSA 1M99A 2H71A 4WR5A 1KTEA 4N0VA 3EVIA 2H74A 2MZCA 4XS4A 4DSSB 3F9UA 1TKDB 2AB6A 5E59A 4BL7A 2B6MA 1GLQA 2DC5A 3UARA 3VFIA 1FW1A 1PX6A 1EWXA 4I2UA 2PU9C 5CRGA 2BTOT 3D5JA 4ZB8A 5KN3A 1XWBA 2LSTA 1GL8A 3F4RA 3KM6A 1O8XA 4O5RA 2KLXA 2LNTA 5ECRB 2MMZA 4I5QA 2LQOA 1GSSA 3ZTLA 4GQCA 4HS1A 2PMTA 3L9VA 3EE2A 5A4WA 4EUYA 1PA3A 1S3CA 1G0TA 3G7IA 1K0MA 5JWOB 3L9UA 1ZMAA 1IYIA 2YP6A 5ECOB 3RPPA 1RK4A 3LJRA 3ERFA 2BJXA 4ZL9A 1Q4JA 2GQKA 4QL9A 1PN9A 3DKSA 2YWIA 2ALBA 2P31A 3GRXA 5IM9A 2FGXA 2XBIA 1FOVA 2V32A 4KCAA 4NV2A 4MF7A 1WP0A 4K9ZA 2C0EA 1RQMA 2XPEA 3DWVA 1GUMA 2GZZA 1QGVA 2C3TA 2C4JA 2RUEA 9GSSA 4QQ7A 5IIZA 5L71A 3CSIA 2OE0A 6GSSA 1V57A 1OKTA 3MSZA 2M72A 2RUFA 1X9SB 3S9FA 5HQPA 1C72A 2B5EA 4WF5A 10GSA 2A2RA 2FA8A 4BWQA 5B6MA 1XVQA 2YANA 3O76A 4P3YB 1TTZA 4WBRD 4MMMA 3ZL5A 2HNLA 1W89A 1Z9HA 4GLTA 3KH7A 1XPVA 2NDOA 3EURA 3IV4A 3LYKA 1U87A 2O8VB 3GHAA 2VLUA 4WETA 1TRUA 4CHSA 3TKPA 2IN3A 1XBSA 2VCTA 4EO3A 3APSA 3KP9A 2ES7A 2HZEB 4ACSA 2R5GA 1JFUA 1U3AA 1AW9A 3I69A 3TJBA 3UAPA 5GSSA 1PX7A 2RIIA 1XWAA 3NZNA 4JBBA 5D8IA 1HNBA 11GSA 5ECQB 5COHA 3GURA 2H70A 2MMNA 1M2DA 2VL9A 1GTBA 2I9HA 5AIVA 3SWLA 2CX3A 4DSSA 4J57E 1GSUA 5DJMA 3RHCA 1VF1A 1QUWA 4HJMA 2MMOA 1SL0B 2PWJA 4JR6A 1R5AA 3F6FA 4FIWA 3NOFA 4MJAA 5D9VA 5CRWA 5DBQA 3IXRA 4ULXA 1FG4A 5J9CA 4HUAA 4K7NA 2PGTA 2VLTA 1TW9A 2Z9SA 1K0OA 3UEMA 5DQSA 4K0GA 1R4WA 4J56E 5J9BA 2IMEA 3FYGA 1XOBA 5CRDA 16GSA 4D73B 3HCZA 1G7OA 1WJKA 3L0HA 1GLPA 4KE3A 3ERGA 1GTUA 3HVXA 1FVKA 1F2EA 2WULA 1K0NA 2KP2A 2PUKC 4KCEA 5DJLA 2IFQA 2B7KA 4LL1B 3CYNA 2YN1A 2PVOC 5CO3A 5H5SA 1VF2A 2OBKA 2HZFA 2LJAA 4Q5RA 2CAQA 3KMOA 2GT5A 4ZBBA 3GV1A 1SJ6A 5F0GA 1H75A 3TKSC 1DE1A 3Q19A 3P90A 3SBCA 2YZHA 3GIXA 3IA1A 5F06A 2V1MA 5FWGA 5ENUA 1SYRA 3TDGA 4MPFA 4JU5A 4TR0A 5J41A 2KOKA 5J5NA 4NV5A 3BCKA 1YJ6A 5D9WA 3GN3A 3TKQA 3CTGA 4HI7A 2CZ3A 4ZB6A 2ZNMA 3CXGA 1HYUA 3QFAC 1V40A 4MH3A 5G1KA 5C00A 2JL4A 1B9XC 4ISDA 3DYRA 1XOAA 2VL2C 3DIEA 4KA0A 1EP7A 2G0FA 1ABAA 3APQA 3FR3A 3O6TA 1S3AA 3GTUB 3ZIVA 2FUG2 3ZYWA 3TJJA 1OYJA 5B8AA 2L57A 3H79A 3DRNA 3I6AA 4PUAA 2FA4A 3IDVA 3FKFA 3M9JA 2LNSA 1ZOFA 4BVYA 1GUHA 1R26A 1A2LA 3G7JA 3F8UA 2X8GA 3WYWA 4JE1A 4ZIJA 4I6XA 3IC4A 3GKXA 4TR1B 1FHEA 2RM5A 3H8QA 3TJKA 4IJIA 1BYEA 4Q5QA 1WRYA 2FWGA 2AAWA 2LJRA 5B8BA 1ERVA 2N5BA 4EE0A 3M1GA 5F8BA 2H72A 3IK7A 3FY7A 2IMKA 4N10A 1T4YA 3RHBA 4PXOA 2H1DA 3QDNA 1EV9A 1DUGA 1WIKA 6GSYA 5D73A 3TUEA 3VI5A 4F0CA 1AC1A 2GGTA 2HT9A 1KBNA 2N5FA 5KEJA 3ZFBA 4OO4A 3ERWA 5G5EA 1G7EA 4HQSA 2PBJA 1YKCA 1OKDA 5G5FA 2A4VA 3ISOA 4BPYA 3IAM2 2NPBA 4I8BA 5G30A 1BX9A 3HJOA 4QL7A 2XHFA 2FD3A 4IQ1A 2X8CA 4OFMA 1PRXA 1KEBA 1VRSD 3W8SA 2JADA 3M0FA 4RQRA 6GSWA 2REMA 5ECIB 3BBYA 3F4SA 4ZXGA 1F3BA 2C0FA 3TKRA 1U88A 1XW5A 4K2DA 2O89A 4OD7A 2CVKA 1OC9B 2HSYA 1FB6A 3OR5A 3BOAA 2O85A 4EC0A 4RQXA 4IGJA 1O8WA 2PN8A 4ML1A 3DMLA 4KSMA 5IMFA 1PGTA 3UOMA 2QGVA 1O73A 2VUPA 4HU7A 2CVBA 2K8VA 4V2NA 4IELA 1NSWA 5JWRB 2H76A 4KUNA 19GSA 1M7TA 3QOUA 3IPZA 3GA4A 5HFIA 1SK2A 4KGIA 2F8FA 2AUVA 4YQMA 4V2MA 4MJCA 3KP8A 1GSDA 2YWNA 4ZB9A 1K3LA 1THOA 3ME8A 1J0FA 1WWJA 1XIYA 4GTUA 1X0RA 5CREA 2F9SA 3GSTA 1PMTA 1EEMA 1ERTA 5CYYA 5LD0A 4GSSA 4POKA 4WEYA 2YJHA 4WBJA 4PQHA 5J3RA 3R2QA 1B9YC 1YEPA 4NHZA 1EEJA 1GTAA 1MDIA 4XRDA 4KAEA 1WPIA 4O32A 4NHWA 4HZ4A 2QC7A 3DVWA 3ZITA 4ILFA 4V1Ag 5EPFA 5ABRA 3L9SA 1V98A 2H1BA 3M3MA 4IP1A 1SJIA 1DBYA 4ECCA 2RM6A 4O7HA 4MCUA 3J7Yk 4HZ2A 1A2JA 5G2ZA 6GSTA 2N5AA 2VLVA 5DCGA 1V2AA 3IRAA 4AJ7A 1BQ7A 2L5OA 2QSIA 2C8UA 4MP4A 4IVFA 3HVVA 1YEXA 3KCMA 1M9AA 2XPDA 3IR4A 3F6DA 2H19A 1XXUA 6GSUA 2FLSA 1X9MB 2GSRA 1QQ2A 1EOHA 2O87A 2OE3A 4IS0A 5ECNB 2WS2A 2FCHA 2DJJA 5DALB 1T4ZA 4K8MA 2KHPA 2B7JA 5ECMB 2JZSA 4IKHA 1DE2A 1GSYA 3CMIA 2GSSA 2H0GA 2TIRA 3APOA 1IYHA 2LTKA 4POMA 3ZFLA 4Q5FA 4ECBA 2YNXA 1FB0A 1N2AA 2YOIA 1ON4A 5IO2A 1BJXA 2V6OA 1M2AA 2BMXA 4MZCA 1TJDA 2GTUA 4K6XA 5F07A 22GSA 3FEUA 2JSZA 5E4WA 4AGSA 2OJLA 3IE3A 1TU8A 1SENA 3LYPA 3GKMA 3A2XA 3KEBA 1R7HA 1I9DA 1A8LA 1A2MA 1OC9A 2IIYA 4HU9A 4HQZA 2CQ9A 2OADA 3RAZA 4PX1A 1DSBA 1U6TA 2JZTA 2IMIA 2GQLA 3TJGA 1QXHA 5KN2A 5GAPD 2J23A 4RI6A 4POBA 4PGTA 3KIJA 1XZOA 4ML6A 4GWRA 2VM2A 3UVHA 3M8NA 1JHBA 3VI7A 4IHUA 1YY7A 3PR8A 2WCIA 3I43A 1MDKA 2WFCA 5ELAA 4HJ2A 3IK9A 5IPGA 1O6JA 2YJ7A 3G9BA 1QMVA 3C73A 2WB9A 2HYXA 4KDUA 1WMJA 3C1RA 4K0NA 4YAPA 2C3NA 4KX4A 4AF2A 2FWEA 4KNDA 4RUVA 2OBIA 4FYCA 1F37A 2X64A 1SKRB 1GSEA 5AISA 2XC2A 3QAGA 1SKWB 1ZZYA 2DJ3A 2I4AA 1JZDA 1NHYA 2CT6A 1UN2A 4NPBA 1R5PA 1ERWA 1LBKA 2CAIA 3P8WA 3I9V2 2D2ZA 3ZZXA 1SYXA 1F3AA 5D9TA 4MA9A 5IO0A 4MH2A 2L59A 3HZ4A 5ID2B 1Z6NA 2RLIA 2CV4A 3ZVJA 4N0ZA 3D22A 5IOWA 1SKSB 1J08A 3LWAA 1YDKA 1E2YA 2E2GA 1HNAA 3ZIJA 1GWCA 1YF0A 5ECLB 3CBUA 3N9JA 4TOPA 3GNJA 3P7XA 2B1LA 2XBQA 1GSFA 2ZUPA 3IBHA 3TRPA 5LNKe 3HDCA 1XWGA 2FNOA 5ECSA 5DAKB 5DALA 1UC7A 3VWUA 4EKZA 1QFNA 4ZBDA 2F3MA 3HXSA 1ACVA 3VLNA 3FR9A 2ON7A 4KSOA 1M9BA 2DJ0A 4YQUA 1M2BA 2EIOA 3CRTA 3ME7A 2O7KA 2L4CA 4OCFA 5ECPB 2GZYA 1SK1A 1K0AA 3G7YA 2C0GA 3HD5A 2LQQA 1ZYEA 4Q5NA 4ZILA 3ZREA 2VCQA 1CQGA 1J9BA 1TDIA 2M80A 3LGCA 1PKZA 4TXOB 4K1FA 1QK8A 2VCXA 4GCIA 3E3EA 3TGZA 1T8EB 3N5OA 5DQYA 3TB2A 4OMVA 3A2WA 2H73A 4XS4B 4PUFC 5CNWA 3C1SA 3VPTA 2KP1A 3ZVJD 5LCZA 2YWOA 1X5DA 2CVDA 2LRTA 2P5QA 4XIHA 2FWFA 4PNGA 14GSA 4CDOA 5HFKA 5HR1A 2YPMA 2KUCA 1GNWA 2YZUA 5ECHB 2YWMA 4F2IA 4J2FA 1AQWA 4LLRA 3F0IA 2HZEA 2HXKA 3FR6A 1LJRA 3MDKA 4DSRA 1G6YA 2HSHA 4TVEA 2I3YA 4IJ3A 1B48A 2NBSA 2DIZA 1EP8A 1XCCA 3KGKA 5CP1A 1MEKA 3BJ5A 4L0UA 4TW5A 2GSQA 4PQ1A 1SJZA 3VWXA 1TP9A 3TOUA 3CRUA 3PINA 4OFTA 3H4KA 1AQVA 4TRXA 2AJQB 2V41A 3F4TA 4LMVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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