4K9ZA

Crystal structure of a putative thiol-disulfide oxidoreductase from bacteroides vulgatus (target nysgrc-011676), space group p6222
Total Genus 35
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
35
sequence length
141
structure length
141
Chain Sequence
ASKLLPGQPAIDFEMLDVEGNVKHLADFKGKVIYIDLWATWCGPCIQESPAFEALGKKYVGKDIVFLPVSTDTTTKPWLRYLDGHKKELTQYHSNDVALKESWAIMYIPRFILIDKDFNIVNAYAPRPSSEEIGTLIDSVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a putative thiol-disulfide oxidoreductase from Bacteroides vulgatus (target NYSGRC-011676), space group P6222
rcsb
molecule keywords Putative thiol-disulfide oxidoreductase
molecule tags Oxidoreductase
source organism Bacteroides vulgatus
total genus 35
structure length 141
sequence length 141
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4k9zA00
1XW6A 4J57E 2XC2A 5ECPB 3I69A 4TR1B 3LWAA 3F0IA 3UJ1A 3HKRA 5CO3A 3C73A 5KN0A 1XFLA 1ERWA 2PGTA 3KMNA 2AAWA 1KEBA 3LQ7A 4O7HA 1WIKA 3TUEA 1R5AA 2DLXA 1ZYEA 2A4VA 3A2XA 3RBTA 4LMWA 3BCKA 1YJ6A 1MD4A 3R2QA 22GSA 3MSZA 1TRSA 2VLTA 5HFGA 1AQVA 2B5EA 2DJ2A 2H6XA 4EL1A 2FA8A 3IXRA 3UVTA 2DJKA 4GQCA 1I9DA 3QFBC 3L9SA 4KDYA 1HYUA 1Z7PA 1EGOA 2D2ZA 2JZRA 4O5RA 2L6DA 1XWCA 2TIRA 2I4AA 2HNLA 4D73A 4J2FA 2KUCA 2H1AA 2YWNA 3GX8A 13GSA 1TRVA 2LSTA 1C72A 1XW5A 3VI7A 4POKA 2HFDA 2ZNMA 3VWXA 1ST9A 3I43A 3RHCA 7GSSA 4HDEA 3I9V2 3MNGA 2C8UA 4GSSA 1FHEA 5LNKe 1NSWA 1B8XA 2VCQA 2DIZA 1GSQA 3IRAA 4ZBAA 4IP1A 3CSIA 4O92A 2K9FA 4RQXA 3M3MA 3U5RE 5IMCA 4HU7A 5GZZB 3VK9A 4TR3A 1DBYA 2HZEB 3EMXA 2WCIA 2F8FA 3CRTA 4OCFA 4L8EA 2IWTA 4Z7XA 3KIJA 2YPMA 3VI5A 2CX4A 2AHEA 4H86A 2B1KA 2A2RA 1XXUA 3HJPA 4ZL7A 3G7JA 5JCUA 2NPBA 3CTFA 4K7IA 2VOCA 4LL1B 1HQOA 2FY6A 3KP8A 4KUNA 4JE1A 3PINA 4NV5A 2GSSA 1AXDA 1GSEA 1XVQA 5D9XA 3MWHA 4K7OA 4L5OA 2PVQA 3VWUA 3FZ4A 1SD9A 2N5FA 3IV4A 2GVPA 3FY7A 2QSIA 1GL8A 1YDKA 14GSA 3W8SA 3D22A 5D9TA 1JZOA 4PUAA 4ZB9A 1TK5B 4ECCA 1OC9A 4P3YB 4KAEA 5CP1A 3P7XA 1K3YA 3SWLA 2CZ2A 5COHA 3ZL5A 1SK2A 1XW9A 3P90A 2JACA 1JLVA 5L71A 2R6KA 2P31A 3FRCA 2NBSA 2OJLA 2B7KA 4MDCA 3ERWA 1F37A 5AN1A 2YWOA 1X5CA 3GH9A 2FWEA 3LXTA 2H1BA 2KOKA 2H1DA 2JZSA 1ZCPA 3J7Yb 4TW5A 1MDKA 3GUSA 2H8LA 5ECOB 3DGQA 1G7EA 5ECRB 1TRWA 2IMKA 2VM1A 3RPNA 3TRPA 3I6AA 1U3IA 2VL3A 2BJXA 3FYGA 4X1UA 4MCUA 3PGTA 5G5FA 3TCOA 2X8CA 3KJYA 3VFIA 4YAPA 4OO5A 3NZNA 4GLTA 2B6MA 3ZMKA 1YEPA 2MZCA 4F03A 1N8JA 1A8YA 3HJMA 5HQPA 4YH2A 5FWGA 2HT9A 3D6IA 5JWOB 1SYXA 1EWXA 4KSMA 1QXHA 1VF2A 3KGKA 1KBNA 2YWMA 3F63A 3WGEA 3GL3A 4JBBA 1GTUA 4MH2A 1G7OA 3EINA 2IMEA 3GL5A 2X64A 1UA5A 1THOA 3M9JA 3ERGA 1BQ7A 5CRDA 4RQRA 3CXGA 5HR1A 1ZZYA 3UOMA 1SJ6A 1OKDA 1K0MA 1M9BA 1YKAA 2F51A 2H75A 1G6WA 2H6YA 1VF4A 1SJZA 4ML6A 3CSHA 3ED3A 5DJLA 3M8NA 2AUVA 1NM3A 4WEYA 1QUWA 1SL0B 4HQSA 5H5RA 1THXA 4N0ZA 3GHAA 4PQIA 5IM9A 2AV4A 1O7UA 3FR6A 2L6CA 4I2TA 3F8UA 2FNOA 5LD0A 4IHUA 3G7IA 4KGIA 2C3TA 4LL4B 2GZYA 2LJAA 2E0QA 2OBIA 5GAND 2IMDA 2ZCTA 3DEXA 2WRTA 2WB9A 3HVSA 5HR3A 5A5KA 5IMZA 2KHPA 4POLA 1USBA 2YCDA 3FR9A 3O6TA 2NTOA 2YNXA 4L5LA 2L4QA 1WMJA 1SK1A 3FZ9A 2XPDA 3ZZXA 1WOUA 4NMUA 4TR0A 4NHWA 4EXJA 3GKKA 4IELA 3LORA 4ID0A 3JCML 4YQUA 4N30A 1O8XA 4ECBA 2O7KA 4FYBA 3D4TA 5JCGA 2IMFA 3ZITA 4TR4A 2R2JA 2VIMA 4OO4A 2H70A 3GH6A 5LCZA 4OFMA 2RLIA 4K6XA 4OCEA 5AGYA 3EMPA 2DJ3A 4EC0A 2P0GA 1JLWA 3IAS2 4WF5A 3BOAA 1F3AA 3ZVJD 2YJ7A 5AIXA 2RIIA 2LRNA 4PUFC 4K8MA 4JEDA 4DVCA 5D9VA 2HSHA 2VO4A 1O73A 1X5EA 2VCZA 2ES7A 3GRXA 2WJUA 5E4WA 1TK0B 1V98A 5J9CA 3HCZA 3E9JB 1H4OA 3H8QA 4MJAA 2OE3A 3D5JA 3ZFBA 4YQMA 3W8JA 2CVKA 3TKRA 1AAZA 6GSWA 3AY8A 1U87A 3HJOA 1ON4A 2HLSA 3UVHA 2DIYA 3D0ZA 3CTGA 17GSA 5IMDA 5G31A 1Z6MA 3HDCA 4XS4A 5FHIA 2LUSA 3EURA 3TKPA 3RPPA 4X43A 5D9WA 5IIZA 4MPFA 3P8WA 1MD3A 4XTSA 3C1SA 3KH9A 4Q5QA 5IMFA 1SENA 1RW1A 2F9SA 5D93A 4POMA 1TI1A 5C04A 4IKHA 3C71A 3TKQA 2TRCP 4TVEA 4N0VA 4ISDA 2FCHA 4EF0A 1U6TA 4MJEA 3IA1A 5E59A 5IQYA 3ZIVA 18GSA 4K0GA 5DCHA 5DJMA 3ZREA 2G2QA 1MDJA 2X8HA 2CT6A 4JRRA 5G1LA 2OBKA 4CDOA 3L4NA 2H73A 4NV2A 4GF0A 2LKUA 1ZOFA 3GKMA 4KE3A 5ECMB 2DSAA 4EO3A 3HVXA 3DKSA 4FYCA 3F3QA 1TK8B 2F3MA 2GDRA 1Q4JA 3KCMA 2VCXA 5A4VA 4JR4A 4KSOA 4MPGA 4FIWA 1GRXA 1HNAA 5F05A 4ZILA 2HXKA 2IL3A 3TJGA 3VWWA 3LJRA 1GUHA 2E2GA 2H1GA 2BTOT 1JFUA 2KP1A 4BVYA 3O3TA 5JWQB 2FWGA 2K8SA 2JL4A 3APSA 3LYPA 2GZZA 2DJ1A 1UN2A 1VF3A 3GKXA 5A4UA 3SBCA 1PGTA 3KH7A 2OADA 1TW9A 3WT1A 1GUMA 3VPTA 2IN3A 3J7Yk 5EL8A 1YZXA 4JR6A 4TXOA 3KXOA 1FB6A 4MP4A 5HFKA 1TU7A 4FYUA 2G0FA 4LA1A 3G7YA 3EVIA 3TJJA 3NOFA 1V9WA 5IMAA 8GSSA 5F8BA 4K0NA 3IK7A 1Q98A 1WJKA 5CREA 2AJQB 2B7JA 1NW2A 1Y6EA 3IE3A 4ZL9A 1M2BA 3TB2A 2PN8A 3FZ5A 4JZQA 5CYYA 1Z5YE 2VLUA 2YANA 4WF4A 2IMIA 2YZUA 4ZXGA 4RUVA 4KDUA 4GWRA 4ZBDA 1FO5A 1UC7A 5DDLA 3A2WA 1DUGA 5CAXA 5D73A 5D96A 2V6KA 1GULA 1GSFA 2C3NA 3IC4A 5B8AA 5F06A 5ECNB 2VAFA 4PGTA 2C3QA 4OWYA 2FGXA 1XWKA 3FKFA 1KNGA 3EU3A 1YQ1A 1TRUA 2K8VA 5J5NA 4OD7A 4F82A 5ID2B 2HI7A 2E7PA 3US3A 2FWHA 1K0CA 3FHKA 1GSDA 2CZ3A 2YP6A 3IR4A 1FB0A 1SU9A 4IS0A 1PA3A 2O89A 1XPVA 3L0HA 2PWJA 4AJ7A 2YV9A 3ZFLA 3QOUA 1YF0A 4AJ6A 2MMOA 4NPBA 2EIQA 2J23A 3EE2A 3F9UA 3FW2A 4HI7A 4GTUA 3GTUA 2FWFA 3KD0A 1ZGNA 1F3BA 2YN1A 5ECSA 4IP6A 1PD21 1T3BA 5GSTA 3HYPA 4EVMA 2CVDA 2V1MA 2YZHA 1ML6A 3UMAA 3VURA 2PU9C 3U6VA 1SK0A 1Z6NA 2H71A 4MLYA 1FW1A 1OE7A 2DJ0A 2GT6A 3KEBA 3TDGA 3QFAC 3LYKA 1I5GA 3QAVA 1R7HA 1V40A 3KM6A 3ZYWA 5FT3A 9GSSA 2X8GA 1SKSB 19GSA 3GX0A 4MZWA 1EP8A 1JZRA 1H75A 1GTAA 2CV4A 2V2GA 1X0RA 2H0IA 3O76A 1M9AA 3H4KA 2I3YA 4KCEA 1GP1A 2CA8A 4D73B 1BYEA 1VRSD 5IMVA 5J3RA 2C0DA 3BCIA 3GFKA 1XOBA 4QQ7A 4ZB6A 3EYTA 2PVOC 1B9YC 6GSTA 3WD6A 3CMIA 4HJ2A 1SJIA 1OC3A 1B4PA 1TJDA 5AIVA 3QAGA 1EEJA 1LBKA 2KLXA 2E2MA 5B7CA 3RDWA 1ILOA 2R37A 5KEJA 1NHOA 4HEA2 4NWYA 1EP7A 3LXZA 3UBLA 3GYKA 3IHQA 5D8IA 4K1FA 3HHVA 3DIEA 1URMA 4MF6A 2LJKA 3HXSA 1S3AA 1ERUA 1O85A 1BG5A 2B5XA 3ME7A 1Z3EA 12GSA 3DVWA 2DMMA 4V1Ag 4HZ2A 2HSYA 1B4QA 1Z7RA 1K3OA 5ECIB 4IW9A 4BWQA 3GMFA 1GSYA 2LJRA 3LFLA 5J4UA 2YWIA 4WETA 4CHSA 1OC9B 5KN1A 4EDZA 3D4MA 3ZLPA 1YKCA 4MJBA 1AW9A 1T4YA 4FO5A 2WS2A 3ERFA 3TGZA 4GSTA 5B8BA 3ZIJA 3IBHA 3WYWA 2H74A 3H79A 2LRTA 1IYIA 1HD2A 2L5OA 3EU4A 3FEUA 5EY6A 1PQNA 5A4WA 1FAAA 5ELGA 5G30A 1G6YA 2GTUA 1F9MA 1VF1A 5H5QA 3DVXA 3IPZA 4GQFA 2FD3A 1Z9HA 2WZ9A 1EOHA 4MF5A 1J9BA 3TKSC 2CX3A 2TRXA 5HR0A 2R5GA 3IOSA 3UEMA 2HYXA 1ABAA 4MABA 3WT2A 1PL1A 1MDIA 1YF1A 2GQLA 1X5DA 1J08A 1M2AA 1PRXA 1GTBA 4PNGA 2XBQA 1DE2A 3M0FA 4BPYA 4PXOA 3KTLA 1CQGA 2AYTA 1TP9A 3D21A 1FVKA 4KCAA 1QK8A 2GT5A 5DALA 1A24A 4HS1A 2O87A 1PSQA 4HZ4A 3GSTA 2K6VA 3HZ4A 1SL2B 2FUG2 3F4RA 2CAQA 1XVWA 2R4VA 4KX4A 3QPMA 4O32A 2HZFA 5IPGA 1OKTA 1OE8A 4TN8A 2RM5A 1T4ZA 4GCIA 4MH3A 1FG4A 1EZKA 4TXVA 4KH7A 1HNCA 4WBJA 2XHFA 4G9HA 1M99A 1TOFA 3MAKA 4V2LA 5IOXA 2IJYA 3N5OA 5EPFA 2AB6A 2BMXA 2VCVA 4K7NA 3H1NA 2C4JA 3CRUA 5G5EA 4BL7A 2EIOA 2MMZA 2VD1A 4ZB8A 3BBYA 4KDXA 3Q6OA 1WRYA 1XIYA 4DSQA 1NHYA 4IJ3A 2MBSA 2WULA 3GIXA 3A5WA 3KMOA 2RUFA 3E0UA 1A0FA 1B9XC 2OACA 4MF7A 1K0DA 1DSBA 5DAKA 2F8AA 1M2DA 3TKSE 1G0TA 4IN0A 4TOPA 2V32A 2FA4A 2V41A 3DRNA 3GURA 2GSQA 3K8NA 1QQ2A 4OMVA 3HY2A 3RHBA 5ENUA 3TJKA 4Q5NA 4HUAA 2ZUPA 1OC8A 2CAIA 2OE1A 2VUPA 5J9BA 3ZRDA 1TTZA 2WGRA 1RK4A 4EDYA 3M9KA 2WDUA 4OFTA 1B48A 2GLRA 1T00A 1U88A 1EGRA 2X99A 2WFCA 1SL1B 2GS3A 3PH9A 3KZQA 1TXXA 2LEGA 3QDNA 1QFNA 2C0FA 1YY7A 2H0GA 2PBJA 3TOTA 4WBRD 4WR4A 4XCSA 2C1YA 1TKDB 1S3CA 4POBA 3TRXA 4L0WA 5KN3A 3C1RA 2XBIA 4MZBA 3Q19A 4QL7A 4XS4B 2HE3A 5KN2A 4F2IA 2PUKC 4PURA 5H5SA 3W6GA 5IO2A 3QCPA 2JU5A 5DCGA 1EOGA 1MEKA 1WE0A 2DBCA 3CYNA 4K2DA 3H93A 1EEMA 4AGSA 1A2MA 1XZOA 2MMNA 1AUCA 3IAM2 3GA4A 1VGLA 3DXBA 4PQHA 2O85A 2LQQA 3IDVA 1QGVA 2JSZA 4F0BA 2M46A 3F6FA 4YAVA 1BX9A 4ZL8A 5G1KA 1F2EA 2V6OA 2FLSA 4HJMA 1PKZA 4LMVA 4BVXA 3DWVA 1N2AA 3ME8A 5DAKB 3TRQA 4ILFA 4KA0A 4XRAA 1LU4A 3GSSA 3CSJA 1JHBA 4CW9A 3A2VA 5G2ZA 2YJHA 2H76A 4EKZA 1O81A 3LG6A 1R26A 2EC4A 4MK3A 4XS6A 4NXIA 2OE0A 1E6BA 4Q5FA 3VPQA 4ZBBA 1GH2A 1PX6A 1XWGA 1ZYQB 3QAWA 2L57A 4MZCA 5CRWA 1K0BA 4EE0A 4FH8A 1OAZA 2C0GA 2LS5A 4I97A 4IGJA 4PQ1A 4I8BA 10GSA 4I5QA 1M0UA 3APQA 2I9HA 3F3RA 3S9FA 4AF2A 5DBQA 3LEFA 1ACVA 2B5YA 3TJBA 4XRDA 3UARA 1A8LA 1KTEA 6GSUA 3HD5A 2QKEA 4YQVA 2R3XA 5F07A 3QMXA 1A2LA 4IBPA 4I2UA 3KP9A 1OVNA 3BD2A 4EUYA 2GZPA 3ZMLA 2P5QA 2OA7A 4TXOB 3GV1A 1TI3A 1ZMAA 1GWCA 2H19A 3APOA 1TDIA 3FK8A 2MYGA 2N5AA 2L4CA 1CQHA 1FVJA 3N9JA 4HOJA 3UL3A 1RQMA 5ECHB 5ECQB 3F4SA 4G2EA 4XIHA 2H72A 2GSTA 3RAZA 3TJFA 1XBSA 5C00A 3UAPA 5GSSA 2VCTA 4TKYA 4MJCA 2IPAA 4WXTA 3BJ5A 1V57A 1SD8A 2IFQA 2LNSA 3F6DA 4MMMA 1GSUA 5JWRB 2NVLA 3OR5A 1Y25A 3DMLA 2VD0A 4ECJA 4NAXA 5B6MA 1U3AA 3L9UA 5GAPD 3TKSA 4GRFA 3P2AA 3DYRA 3EWLA 3HA9A 2M80A 1R5PA 4ML1A 4KB3A 3VWVA 4RI6A 1AC1A 1AIUA 2PERA 4KW6A 2RM6A 1XCCA 1MTCA 2DJJA 1S3DA 3L78A 2LQOA 1O6JA 2EIRA 1PL2A 1JZWA 3G9BA 1F6MC 1AQXA 3GTUB 3WGXA 3GN3A 3FZAA 6GSXA 4G19A 2VCWA 1WPIA 2DC5A 1A2JA 3ISOA 2H6ZA 4DEJA 2NDOA 3Q18A 4V1Ap 2HRNA 1PX7A 1K3LA 4HU9A 2YV7A 3V1WA 3A3TA 3CBUA 4V2NA 4KNDA 1A0RP 5CRHA 2N5BA 4ECIA 4ZIJA 2GQMA 1XWBA 4Q5RA 5ECLB 3F4TA 1GNWA 2JZTA 6GSYA 3LGCA 1FOVA 5INYA 1GLPA 16GSA 1GNEA 1WWJA 4IVFA 4IJIA 3E3EA 2VL2A 3HVVA 5IPHA 4RI7A 4GSNA 1WP0A 4XS1A 3TOUA 5F0GA 1K0AA 2CQ9A 1OYJA 3ZTLA 1E2YA 2I1UA 1GSSA 2IFQB 2PMTA 5DVBA 1W89A 4IQ1A 5EVOA 3VLNA 1TU8A 20GSA 4WR5A 1ZL9A 1BEDA 6GSVA 1T1VA 2VM2A 2YOIA 3IK9A 1R4WA 5JCWA 1EV4A 1JZDA 2I81A 2K18A 3Q74A 3HZ8A 2LTKA 1XOAA 4ACSA 4DSSA 2RUEA 4GXZA 4J56E 3NIVA 3FR3A 4DSRA 5CRGA 3QD9A 2J9HA 1YEXA 3ZVJA 1LJRA 5IO0A 5IOWA 4TR1A 3MDKA 1HNBA 1M7TA 2MBTA 1IYHA 1PKWA 2FHEA 1T7PB 4NHZA 1T8EB 1V2AA 2P5RA 5HR2A 2C0EA 4PNFA 4V2MA 2H01A 2B1LA 1A23A 3M1GA 4K9ZA 3DD3A 3LSZA 1K0NA 3UBKA 2LRCA 11GSA 5B6NA 3C7MA 1EV9A 4X0XA 2GQKA 4F9ZA 5AISA 5DQSA 1ERTA 2LV3A 1GLQA 1X9SB 2IIYA 4HQZA 2DMLA 1AQWA 1GUKA 1SYRA 5CNWA 2OKAA 3EC3A 4E8HA 2L5LA 2REMA 2Z9SA 4BA7A 1SKWB 5ABRA 2B3SA 2JADA 2VL2C 2HRFA 2JSYA 2L59A 2QC7A 4TRXA 4E8EA 4L0UA 2ON7A 4G10A 2QGVA 4JU5A 4QL9A 3KTBA 1DE1A 2M72A 4WKWA 5ELAA 3UIWA 3WGDA 1SKRB 2VLVA 3PR8A 2GSRA 2A2SA 2ON5A 4BWSA 4ULXA 1ERVA 2H0HA 4LLRA 2MMAA 3C8EA 1X9MB 1QMVA 2PPTA 4I6XA 2O8VB 4MA9A 4PX1A 2CVBA 4OFNA 1UVZA 1XWAA 4F0CA 1O8WA 2XPEA 6GSSA 1PN9A 2KP2A 2HZEA 2VL9A 5HFIA 3GKNA 2C80A 1X9WB 1PMTA 3QR6A 4IQAA 2GGTA 5ID2A 4N11A 1BAYA 1GTIA 1J0FA 2H30A 1BJXA 4AJ8A 2LNTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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