4KA0A

Crystal structure of a putative thiol-disulfide oxidoreductase from bacteroides vulgatus (target nysgrc-011676), space group p21221
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
143
structure length
143
Chain Sequence
ASKLLPGQPAIDFEMLDVEGNVKHLADFKGKVIYIDLWATWCGPCIQESPAFEALGKKYVGKDIVFLPVSTDTTTKPWLRYLDGHKKELTQYHSNDVALKESWAIMYIPRFILIDKDFNIVNAYAPRPSSEEIGTLIDSVLNK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
source organism Bacteroides vulgatus
publication title Crystal structure of a putative thiol-disulfide oxidoreductase from Bacteroides vulgatus (target NYSGRC-011676), space group P21221
rcsb
molecule keywords Putative thiol-disulfide oxidoreductase
total genus 39
structure length 143
sequence length 143
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ka0A00
1ZMAA 1BAYA 3DKSA 4AJ6A 1J08A 2H6YA 1QXHA 1M99A 2A4VA 4V2MA 3PR8A 3HVSA 4BL7A 2LUSA 2C3QA 3TKSC 4N11A 4LLRA 4QQ7A 2YWMA 2PMTA 4KB3A 3G9BA 2HXKA 2NVLA 3QR6A 4P3YB 4EUYA 4OFNA 1V57A 4HS1A 4IBPA 2ALBA 1A0FA 5D73A 3BOAA 2PPTA 5ECIB 1GSEA 5G5FA 3TKRA 3H8QA 4IQAA 2ON7A 12GSA 3I9V2 4ZL9A 3M8NA 5HR0A 2N5FA 3D22A 2MMNA 1VF2A 7GSSA 1JZWA 3UIWA 4MF7A 4LA1A 1X5CA 2JU5A 4IELA 3TKSA 5DALA 1VRSD 1XWCA 1E6BA 3QMXA 3L4NA 3GH9A 3QAGA 4ULXA 2YV9A 2H71A 2I81A 2HSHA 1XCCA 11GSA 2DJ0A 4F0CA 2GDRA 1JHBA 1PA3A 4IHUA 4XHMA 1CQGA 5J3RA 2MYGA 1S3DA 1EP7A 2AJQB 2P5RA 3WGEA 1R7HA 3KP8A 1K3OA 2WDUA 1THOA 2AB6A 3M9JA 2X64A 1CQHA 5D93A 4WKWA 1ERTA 2VLTA 3ME8A 1ILOA 2L4QA 2OBIA 9GSSA 3KTLA 1C72A 2LRNA 4ECJA 2TRCP 2ZUPA 3NOFA 1W4VA 3E3EA 1GSUA 2LKUA 2CZ3A 2Z9SA 2C4JA 2CX4A 1XWAA 1X5DA 5D9TA 3GX0A 4DSQA 4KH7A 2V6OA 2HRFA 1Z6NA 2GSTA 3GYKA 1TDIA 1OC9B 3CRUA 1FAAA 2PWJA 3LXTA 1FVJA 5H5RA 4DSSB 1KEBA 1ERUA 1SL1B 3CSHA 3KJYA 1PMTA 3KGKA 4PNGA 1TRVA 4POKA 2IL3A 3Q74A 3TCOA 1VF3A 2A2SA 3TOUA 4POMA 3U5RE 1TU7A 3HZ4A 3DEXA 1OYJA 3IA1A 1M7TA 4GLTA 4IJ3A 1TRUA 3EVIA 5CO3A 5F8BA 2JZTA 4GWRA 5DDLA 1X9MB 4EC0A 1XVQA 10GSA 4HEA2 2LQQA 3M0FA 2PVOC 3CMIA 3LSZA 2NPBA 4TOPA 4RI6A 4Q5NA 2VL3A 3E9JB 2H72A 4BWQA 2LS5A 3TOTA 2I3YA 1GWCA 19GSA 1DBYA 2I4AA 3UAPA 4TR4A 1PQNA 2VL2C 2RUFA 4CDOA 1EWXA 3DGQA 1TW9A 2KLXA 3D4TA 2FWFA 1ZYQB 4KDXA 2XC2A 3GKXA 4MZWA 5COHA 2DSAA 2OADA 1K0DA 2VD1A 1QGVA 2YZUA 2AYTA 3TGZA 2WGRA 3D4MA 1JFUA 2VL2A 1T3BA 3US3A 2K9FA 1YF0A 5A4VA 3PGTA 2GZZA 4HQZA 4N30A 2VCQA 4MMMA 1T4ZA 4NHWA 1XZOA 3Q19A 5ID2A 4MF6A 4E8HA 1SENA 1SK1A 1WRYA 1J0FA 4L8EA 2VUPA 4MH3A 5AIVA 3LEFA 4K1FA 2VCVA 4PUFC 3TKQA 1OC9A 4K0NA 22GSA 3KD0A 3GKKA 4DSSA 4MABA 1EGRA 1ZYEA 5KEJA 1A2JA 2VM2A 1GSYA 2BTOT 5FT3A 3DXBA 3EURA 3FKFA 1F9MA 5AISA 2FWGA 2HZEB 3QFBC 3UVTA 3Q6OA 2M46A 3IR4A 5D9WA 2L5OA 2OA7A 1Q4JA 2FGXA 3HD5A 3A3TA 5ENUA 3UEMA 1BYEA 3C8EA 4FYCA 2LRTA 5DCGA 2B7JA 4HDEA 5B8BA 3NZNA 4TXOB 4OD7A 4CHSA 4OCFA 3GKMA 1XVWA 4E8EA 1KTEA 2OKAA 4FH8A 3HJMA 1KBNA 2MBTA 1JZDA 4N0ZA 5CRGA 4YQUA 1YZXA 2P5QA 5LCZA 1SKSB 3C1SA 2CAQA 2MMAA 4PGTA 2O85A 2H0IA 5JWOB 2F8AA 1YY7A 1AQWA 4NXIA 4IGJA 1YKAA 5F05A 3GTUB 5CRHA 1FG4A 3WGDA 3APSA 1TRWA 2QGVA 5A4WA 1U3IA 4J56E 1ML6A 1SK2A 5B6MA 4I6XA 2NBSA 3RBTA 4OWYA 2ES7A 3RHCA 1GTBA 4MA9A 3G7YA 2H1AA 3EWLA 2H0HA 3ZMLA 4JR6A 4EF0A 3IC4A 4KSOA 1EP8A 1WIKA 1B8XA 2FLSA 4TVEA 3F9UA 1SD9A 4OCEA 3UMAA 5ECPB 2VCZA 3F0IA 4TRXA 2JL4A 2QSIA 4V2LA 2VLUA 5IQYA 2H76A 4GSTA 4OO5A 1MD4A 3A2VA 5C04A 5GAND 1TOFA 3F3RA 2JACA 6GSSA 2C0FA 3ZFLA 2B1LA 1SKWB 2H19A 2IJYA 3TJFA 1ABAA 1F3AA 3DD3A 1AW9A 2GZPA 1GL8A 3TRQA 2LNTA 5HR3A 4RQXA 1TK5B 1B48A 3PH9A 1OKDA 1EEMA 2J9HA 20GSA 3S9FA 2F8FA 1Q98A 5DALB 3SBCA 1Z6MA 3ZTLA 4AGSA 3HVXA 5JCWA 1A8LA 1O8XA 3TKSE 2HZEA 5J41A 2DJ1A 2ZNMA 1FVKA 1Z9HA 2WFCA 4K6XA 3I69A 2GSQA 5JCGA 4F0BA 2GT5A 2F51A 3GMFA 3FW2A 2EC4A 5B8AA 1GNEA 3UVHA 5IMDA 1GLQA 4LL4B 2REMA 2VL9A 3DMLA 1R4WA 2OE1A 3P7XA 2FD3A 4IVFA 3CXGA 1YF1A 1FB0A 3E0UA 2KP1A 3CSIA 3CTGA 2L4CA 4KCEA 3MAKA 2H66A 3FK8A 3GTUA 4PQIA 3KMNA 2ON5A 3KH7A 1UN2A 1PKZA 3Q18A 4GF0A 4HQSA 4I2TA 5IMCA 2O8VB 5ECOB 1MDIA 3GUSA 1N8JA 2KUCA 1EOHA 2GQKA 2YCDA 3HCZA 1K0BA 4Q5QA 5IM9A 2B5XA 3A2XA 4TXVA 3L9UA 4OO4A 3KTBA 1EV4A 1O81A 1H4OA 3IXRA 2H6XA 1DE2A 5HR2A 2IMEA 3FR6A 3DRNA 2I1UA 2GS3A 2R6KA 1AXDA 4KW6A 2JZRA 5DJMA 3GL5A 1IYHA 5DAKB 5IPGA 3EE2A 3ERWA 2YP6A 1BG5A 2CAIA 3I43A 4NV2A 2XBQA 13GSA 2DLXA 4HI7A 3M1GA 2IWTA 5CREA 4MPFA 1BJXA 1USBA 5G1LA 2RM6A 5E59A 1Y6EA 1X5EA 3N9JA 4K2DA 1V40A 2WJUA 1UC7A 1AIUA 2PBJA 4ECCA 4WEYA 1PKWA 2H6ZA 4X43A 3QD9A 4ZXGA 1XBSA 5HFGA 1R5PA 2I9HA 1MEKA 1TKDB 2VAFA 2H70A 3MNGA 5A5KA 5F0GA 3KEBA 5H5SA 4MZCA 5G2ZA 1TI1A 3LQ7A 5G1KA 1T1VA 1NHYA 1WPIA 5DBQA 3DIEA 5CNWA 3EMXA 2R2JA 5AN1A 2KP2A 2LJKA 4GSSA 4IS0A 1KNGA 1EOGA 5LD0A 1GP1A 2V2GA 5CRWA 4ZB6A 4MJEA 4HJMA 3EYTA 5ID2B 2JADA 5J5NA 3F6DA 2LTKA 2YOIA 4NV5A 2L59A 4EL1A 1F6MC 3PINA 3FR3A 3CYNA 3KP9A 1QMVA 4PUAA 4GQFA 3VWXA 3GSSA 2JSZA 3IPZA 3QAWA 1X0RA 3UARA 1MDKA 2YANA 1R5AA 2GT6A 1SU9A 5D96A 1XW5A 3D5JA 2B7KA 2DIZA 1X9WB 1OC3A 1W89A 2H75A 5DAKA 2K18A 1OC8A 3GA4A 4Z7XA 1TRSA 5G30A 1GUKA 1ZOFA 4F2IA 3F4SA 2O89A 3IK9A 4XS1A 1WJKA 4H86A 1YEPA 5F06A 3QAVA 4ZBAA 1T7PB 1XXUA 3BBYA 4YAVA 2MMZA 2CQ9A 4G9HA 1RQMA 5DQYA 3G7JA 1HYUA 2PERA 1G7EA 2YJHA 4BPYA 4TR3A 1URMA 1ERVA 2RUEA 3K8NA 4ECIA 2FUG2 1NW2A 3BCIA 5FWGA 1NSWA 1AQVA 2VD0A 3EC3A 1MD3A 1GTAA 3IAM2 4YAPA 2H1GA 2QC7A 5EVOA 5ECQB 4XRAA 3UL3A 3TRXA 1ZGNA 2V32A 3VWUA 5IMAA 2IMIA 1ST9A 2H0GA 1ZCPA 1A2MA 4POLA 3HVVA 1WMJA 4IQ1A 2X8GA 4L5OA 1V2AA 5A4UA 3VURA 1V9WA 5INYA 3WYWA 2ZCTA 3GSTA 1TP9A 2CVKA 2JSYA 1FHEA 3FYGA 4O5RA 1Z3EA 1G7OA 2J23A 1YQ1A 4JBBA 3NIVA 3IAS2 2E2MA 3HHVA 8GSSA 2DIYA 3QDNA 1V98A 2XPEA 4X1UA 4K7OA 1MTCA 1TI3A 3L9VA 5DVBA 1HD2A 3C73A 1K3YA 2E0QA 3LFLA 1J9BA 1YJ6A 3CTFA 1OVNA 2K8VA 4L0WA 1K0NA 5EPFA 4RQRA 1K0OA 5J4UA 3SWLA 5CRDA 2LV3A 4EDZA 1DE1A 3KIJA 1T00A 2HRNA 2PN8A 16GSA 3H4KA 1XWKA 5KN1A 3WGXA 5C00A 3ZL5A 1PX6A 4HOJA 2LJAA 4NMUA 2DMLA 4MPGA 4HU7A 2B5EA 2KHPA 2N5BA 4MK3A 2L5LA 1PD21 3VWVA 5G5EA 4YQVA 5HFIA 2M72A 5E4WA 5JCUA 2VCXA 4N0VA 2DJKA 3ISOA 5KN0A 3TKPA 1B4PA 3BJ5A 5ECRB 4J57E 3QFAC 3ZMKA 5ECSA 2VM1A 2OJLA 2C0EA 2FWHA 4Q5RA 1K3LA 1IYIA 2C8UA 4ML1A 2YPMA 3FEUA 2V41A 1XPVA 2IMDA 3H1NA 2R3XA 5CP1A 3A2WA 3VPTA 2GSRA 3GFKA 1QFNA 1H75A 3KMOA 4KX4A 5B7CA 3AY8A 3TDGA 4L0UA 3P8WA 4ACSA 3ZVJA 2FNOA 2IFQA 4KCAA 5IOWA 4Q5FA 2PUKC 3VK9A 3VPQA 1XW9A 2B3SA 2LNSA 3I6AA 3FZAA 1U3AA 4ECBA 3OR5A 3RPPA 1WOUA 1AUCA 3VFIA 5D9VA 3GNJA 1BEDA 4NAXA 2HI7A 3ZRDA 5J9CA 1LJRA 4RI7A 2OBKA 2PU9C 14GSA 2NDOA 3N5OA 4KAEA 5L71A 2YN1A 3EU4A 2DJJA 5AIXA 5GSSA 1XFLA 2GSSA 1O6JA 3CBUA 2LEGA 2JZSA 5EY6A 1WWJA 4IJIA 5ECMB 5HQPA 5ECLB 2RM5A 3FHKA 4XTSA 2LJRA 2H1BA 3F4TA 1O85A 1TJDA 3L0HA 3P90A 2VCWA 3GIXA 1TK0B 1JZRA 4MJAA 1ZZYA 1B9YC 2H73A 5GAPD 5ECHB 1LU4A 4D73B 3HJPA 4I97A 3HA9A 5DQSA 1M9AA 3BCKA 1GLPA 4ISDA 1PGTA 1M2DA 3UOMA 1Z7RA 3ZLPA 4AF2A 3IK7A 3GH6A 2H74A 4NPBA 1M2BA 3UJ1A 4JU5A 1AQXA 2KOKA 4TR1B 1Y25A 4GSNA 1F3BA 5IIZA 1EEJA 3CRTA 4KE3A 5EL8A 2C0DA 3CSJA 3VLNA 4WBJA 3L78A 4OFTA 4PQHA 2PVQA 1A8YA 4RUVA 1OE7A 4HU9A 1G6WA 1Z7PA 1LBKA 1S3AA 1U6TA 3LYPA 4ZL7A 3WT1A 1WP0A 2HLSA 1GSSA 1U87A 4AJ8A 1QUWA 1FB6A 2A2RA 1T8EB 2YV7A 3C1RA 5ABRA 3HY2A 1YEXA 6GSUA 2VOCA 3RPNA 2DJ3A 2R4VA 4IP1A 1EGOA 2CA8A 1OKTA 2CX3A 18GSA 6GSYA 2O87A 1HNAA 3ZIVA 3TJBA 4HZ4A 2LSTA 6GSWA 2HNLA 3H79A 4MP4A 4IKHA 1YKCA 2PGTA 2XBIA 1SD8A 2B5YA 3GL3A 2AHEA 2FWEA 1AC1A 5LNKe 1PSQA 2C3NA 1GSDA 3KZQA 2O7KA 1GNWA 4YQMA 2HYXA 4LMWA 1RW1A 1M2AA 3C7MA 3HDCA 4O92A 1ON4A 4ML6A 1M0UA 1VGLA 4G2EA 2WZ9A 3LXZA 3TJGA 4BA7A 3IRAA 4N10A 4KNDA 1HQOA 4ZL8A 4BVYA 2YWOA 4LMVA 2WB9A 1E2YA 3FZ9A 3F3QA 3M9KA 3ZITA 3UBKA 5HR1A 2MZCA 3TJKA 4YH2A 3IBHA 3IHQA 2GQMA 4O7HA 4BVXA 5D8IA 1GUHA 4I8BA 2C3TA 4FIWA 2MBSA 1X9SB 4G19A 2R37A 4D73A 3O6TA 1T4YA 3GX8A 2FA8A 4F03A 4POBA 1ZL9A 4JEDA 1GSFA 4MF5A 3FR9A 1XW6A 1PL2A 3MSZA 4K9ZA 4HZ2A 3L9SA 1XOBA 1N2AA 5JWQB 5B6NA 4EDYA 2VLVA 3D21A 2V1MA 2L6DA 1SYXA 4TR1A 4ID0A 5CYYA 5IMZA 4ZBDA 3H93A 4ILFA 2BMXA 3KM6A 1TTZA 4DVCA 4MZBA 4MH2A 5GSTA 3M3MA 1GRXA 2HZFA 3LYKA 1ERWA 4KA0A 3RAZA 2R5GA 2OE0A 2IMFA 3WD6A 4NHZA 3ERFA 3DVWA 3O3TA 1SJIA 2C80A 2EIRA 2F9SA 2C0GA 4JR4A 2AAWA 4WXTA 3APOA 1SYRA 2FHEA 2E2GA 5IMVA 2AUVA 2F3MA 1RK4A 1SJ6A 1JLWA 1JZOA 1PL1A 1A0RP 4V2NA 1THXA 2P31A 2NTOA 3ED3A 2WS2A 1JLVA 1G0TA 1B4QA 3A5WA 2C1YA 3VI5A 3FRCA 2DJ2A 1MDJA 4EXJA 1S3CA 4EE0A 2M80A 4TKYA 3KXOA 3RDWA 5ELAA 3ZYWA 2HFDA 4KDUA 1VF1A 6GSTA 1U88A 3P2AA 4KSMA 1GUMA 3F4RA 4ZIJA 4K7IA 4I2UA 3ZIJA 4ZILA 2IMKA 1OAZA 6GSXA 5KN2A 1YDKA 2IIYA 2AV4A 4XS4A 2H30A 3F6FA 2HSYA 4XRDA 1WE0A 4GXZA 1PX7A 3KH9A 4WF4A 4XS6A 5J9BA 1O73A 3FZ5A 1PN9A 2HT9A 4IN0A 3GV1A 2DC5A 4ZB9A 1O8WA 4PXOA 2B6MA 1SK0A 4O32A 5H5QA 3TUEA 4KGIA 3WT2A 1QQ2A 3ZZXA 3IE3A 2LRCA 3O76A 1I9DA 4ZBBA 1GH2A 2TIRA 4PX1A 1BX9A 1FW1A 4EVMA 1AAZA 1GULA 2P0GA 3F8UA 2CV4A 3QCPA 3DWVA 1I5GA 2IFQB 2DMMA 4EKZA 1A23A 4G10A 4K7NA 4FYBA 4PURA 2YNXA 4DEJA 4GRFA 1Z5YE 3EMPA 3HJOA 3LG6A 1G6YA 3R2QA 2FCHA 4GTUA 1PRXA 4HUAA 2E7PA 2MMOA 3G7IA 3FZ4A 2GTUA 1UVZA 3F63A 4PNFA 4TW5A 3HZ8A 5ECNB 2IN3A 2H1DA 5IPHA 2VIMA 5ECKB 1TU8A 3ZVJD 3HXSA 4TN8A 4HJ2A 3W8SA 3GHAA 4F82A 1K0MA 1M9BA 3LJRA 3J7Yk 2GGTA 2HE3A 2IPAA 3HYPA 4LL1B 1V58A 2CVBA 5D9XA 4WETA 4GCIA 5GZZB 3LWAA 1FOVA 2YZHA 3QOUA 3LORA 5JWRB 3JCML 2RIIA 3TJJA 2BJXA 4GQCA 4TR0A 1UA5A 3FY7A 3VI7A 4IW9A 2V6KA 2OE3A 5F07A 4MJCA 1GSQA 2RLIA 1R26A 4BWSA 1B9XC 5G31A 2WCIA 2GVPA 2YJ7A 3MWHA 2EIQA 4PQ1A 3GRXA 3EU3A 4XCSA 2K8SA 4DSRA 1HNBA 2G0FA 1ACVA 2N5AA 4OMVA 1K0CA 1OE8A 1A24A 3ZREA 1K0AA 5CAXA 3APQA 2WULA 2GZYA 4WR5A 1SKRB 2FA4A 4FYUA 1EV9A 4CW9A 2CZ2A 3D0ZA 3W6GA 1XOAA 3MDKA 3BD2A 4MCUA 3TB2A 3TRPA 4WBRD 2X99A 4AJ7A 4KDYA 1NM3A 1SJZA 4ZB8A 1O7UA 4JE1A 2H01A 2QKEA 3W8JA 2G2QA 5HFKA 4J2FA 3UBLA 1FO5A 1GTUA 2DBCA 1F37A 1QK8A 5KN3A 4IP6A 3ERGA 3QPMA 3HKRA 4MDCA 5IOXA 2CVDA 1TXXA 1A2LA 6GSVA 1F2EA 1SL0B 1XIYA 1SL2B 2L57A 2VCTA 5IO2A 4XIHA 17GSA 5DJLA 4FO5A 4V1Ap 2FY6A 2WRTA 2H8LA 1HNCA 3LGCA 2YWNA 3ZFBA 3RHBA 4KUNA 2K6VA 4WR4A 2GLRA 3EINA 2YWIA 4K8MA 4K0GA 3IDVA 1XWGA 2X8CA 4I5QA 1DSBA 4V1Ag 5DCHA 2VO4A 3KCMA 5ELGA 2XHFA 3IV4A 1GTIA 4TXOA 3DVXA 3GN3A 4MJBA 1NHOA 2XPDA 3GURA 1TK8B 2LQOA 4X0XA 3D6IA 4QL7A 4L5LA 4WF5A 2X8HA 5AGYA 4QL9A 3IOSA 1BQ7A 2GQLA 1VF4A 2OACA 2CT6A 4OFMA 3J7Yb 2L6CA 3DYRA 4F9ZA 3VWWA 5FHIA 2EIOA 5IMFA 4EO3A 3U6VA 2B1KA 1EZKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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