4MMMA

Human pdrx5 complex with a ligand bp7
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
SAPIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTCSLAPNIISQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Comparing Binding Modes of Analogous Fragments Using NMR in Fragment-Based Drug Design: Application to PRDX5
pubmed doi rcsb
molecule keywords Peroxiredoxin-5, mitochondrial
molecule tags Oxidoreductase
source organism Homo sapiens
total genus 48
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence C, E, G
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2013-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4mmmA00
1BAYA 4RI6A 4PQ1A 1FVJA 2IPAA 1BJXA 4PQIA 4WKWA 1TRSA 5ECPB 4CHSA 1OC9B 3GMFA 4RI7A 1YF1A 3D0ZA 2AUVA 2YV7A 1W89A 4GF0A 3D6IA 2HZEA 3APQA 4XS6A 3F6FA 1PKZA 3C73A 5EL8A 2LJAA 13GSA 2H74A 6GSUA 1Z7RA 1XXUA 2L4QA 3NIVA 4F0BA 2YPMA 4TN8A 2R2JA 4V1Ag 2DLXA 4ZL8A 3TKRA 4XCSA 2TRCP 1WWJA 3SWLA 5ID2A 3GTUB 1YJ6A 1O73A 2QGVA 3I69A 3C1SA 2OJLA 2H19A 3I9V2 1I5GA 2YWOA 2AJQB 4X1UA 4FH8A 1K0OA 5IMVA 2A2RA 4KAEA 4TVEA 2I9HA 1BQ7A 2WZ9A 5B8BA 4KW6A 3TKSA 3AY8A 4G19A 4X0XA 4MH3A 4EL1A 1T4YA 4V1Ap 3TJFA 3RHCA 2B5YA 1EOGA 4WEYA 5IO0A 2B1LA 3IAS2 6GSWA 4N0VA 4HOJA 3BCIA 1OVNA 4K7NA 1ERWA 3L4NA 1H4OA 1ZOFA 2JADA 2DJ3A 2LEGA 3IAM2 3D22A 3L9VA 2CQ9A 3UAPA 1I9DA 5JWOB 1DSBA 4JU5A 1B8XA 17GSA 2WRTA 2XBQA 3GKNA 3I43A 3RHBA 2LNSA 3LSZA 2JACA 1MTCA 1S3CA 1GRXA 2XBIA 2O8VB 4K9ZA 3ZIVA 2H76A 3WGEA 1SYRA 4L0UA 4F9ZA 3RAZA 2IJYA 1SD9A 1WOUA 1O8WA 3GN3A 4O92A 20GSA 3UJ1A 2C0DA 1GSSA 1X5CA 2NPBA 1JLWA 3OR5A 2HXKA 3IHQA 2NTOA 18GSA 4MH2A 2DIZA 3TRXA 3A2XA 4HQZA 1VRSD 1VGLA 4KB3A 4MF5A 4BVYA 4O32A 4MF6A 4TRXA 1SYXA 4IJ3A 3KGKA 3CXGA 2X99A 3HHVA 1SD8A 1JZRA 2R6KA 2IMFA 5GAPD 3LFLA 4DVCA 2D2ZA 4TW5A 3DWVA 4GSNA 2H6YA 5D93A 3UARA 2KOKA 1ST9A 16GSA 4QL9A 3GIXA 2CX4A 1XOBA 2LS5A 2DJ1A 4YQVA 4DEJA 4MPGA 2N5FA 1ZGNA 4XS4A 4PQHA 5G2ZA 5ECOB 5IPHA 3F8UA 4E8HA 1O8XA 3ZRDA 2LRNA 2IMEA 1QUWA 3F63A 1XPVA 3R2QA 3ZIJA 4PNFA 5B8AA 2VO4A 4GCIA 3MWHA 4WBJA 2L6CA 4IQ1A 5ECKB 1G0TA 2ON7A 1DUGA 2JSZA 5CNWA 4Z7XA 4OWYA 6GSVA 2B3SA 5A4WA 4FYCA 3QAVA 3GX8A 3VFIA 14GSA 2LNTA 1JZWA 1G6WA 4AGSA 2EIRA 2Z9SA 2DJKA 4ACSA 5J9CA 4BWSA 1YEXA 1R4WA 1GUKA 3IK9A 5CRHA 3FR3A 1OC8A 4YAVA 5ELAA 1QFNA 5GSTA 3GURA 4K7IA 2V6KA 1DE2A 1LJRA 2H6XA 3FZ5A 2AAWA 2WCIA 2C0FA 1SK1A 2E2MA 1TK0B 3KEBA 3CRUA 2R4VA 1V58A 3VPQA 5DCHA 4L5LA 4ILFA 4ZBBA 4YQMA 2GT6A 3NZNA 1GSUA 4HDEA 4TKYA 1PRXA 1SJZA 5HFIA 4WR5A 2FHEA 3I6AA 1GLQA 4GSTA 4WF5A 1RW1A 2P0GA 3IBHA 1EOHA 2V41A 2XC2A 3D21A 5ENUA 1CQGA 4NMUA 2ON5A 1GSFA 3GH9A 4DSQA 5DCGA 2DJJA 4ECCA 3IE3A 3CSJA 4HZ4A 4ZB8A 1SKWB 1ZYEA 2HRNA 2F9SA 5IOXA 3L0HA 5FHIA 2OBIA 3KXOA 1DBYA 3TKSE 3ZLPA 3CYNA 1EEJA 1Z3EA 3ZREA 4G2EA 1JLVA 3FW2A 3HYPA 3Q18A 3GTUA 4ZB6A 3W6GA 4LMWA 2IFQA 4OFNA 3A5WA 4ECBA 1CQHA 4GLTA 3HY2A 4J57E 5JCUA 1JZOA 1OYJA 2CZ2A 4XRAA 2VAFA 1WP0A 4LL4B 1XWKA 3E9JB 1R7HA 3KD0A 1MD3A 1ZYQB 3BCKA 3FRCA 3IXRA 1M9BA 1GTAA 4NAXA 2H0IA 2DSAA 3UOMA 1BX9A 4XTSA 1DE1A 2RLIA 1QK8A 3IR4A 1B4PA 2PVQA 2PPTA 3ERFA 3QR6A 3EU3A 3LORA 4EVMA 5CAXA 4EF0A 1T7PB 1YDKA 2VL2A 2CVKA 2FWEA 2KLXA 2VM2A 2LV3A 2VUPA 2HRFA 4OCEA 1U3AA 4GQCA 1ACVA 4XS4B 2DBCA 2MBTA 3VWVA 1W4VA 2VL9A 1GULA 2A2SA 4N10A 5ECRB 2LSTA 2IN3A 3FZ4A 4GWRA 2DMLA 4CDOA 4Q5FA 1F37A 4MK3A 3J7Yk 2DC5A 4XHMA 1ZL9A 2H1AA 2FUG2 2GZPA 1B9XC 1X9MB 2N5AA 1PL2A 1FB0A 1XZOA 2LQQA 3VWWA 4DSSA 1B48A 1J0FA 1Y6EA 3IRAA 1QQ2A 4MP4A 4HJMA 1IYIA 1A24A 3EYTA 2FLSA 3HZ8A 2F8AA 4KDXA 6GSSA 2NDOA 2QKEA 4WR4A 3QOUA 2VCZA 3HVXA 5G1KA 3J7Yb 1RQMA 1HNBA 1TJDA 2OE0A 1YQ1A 3HZ4A 3ZMKA 2AHEA 1X9WB 4KGIA 5ECIB 3L9SA 2XPEA 4JE1A 3US3A 4IKHA 2VD1A 1M2BA 5KN1A 1TTZA 1V2AA 2M80A 1KNGA 4O7HA 3KZQA 3GUSA 1J9BA 2FD3A 1GUMA 3CSHA 3RDWA 1SKSB 2WULA 2PUKC 3EC3A 5JWRB 3QD9A 2GGTA 4K6XA 3EINA 1JZDA 3DGQA 3FR6A 3V1WA 3BJ5A 1SL2B 3W8SA 1GTUA 3BD2A 1URMA 3EE2A 3VURA 2KHPA 1A2LA 1MDKA 1E6BA 4HU7A 3D4TA 1AQWA 3ERWA 1U6TA 2B5XA 4KSOA 1M7TA 4AJ7A 3WT2A 1YY7A 1Q4JA 1K0DA 4MMMA 1UA5A 2HE3A 2YOIA 4IBPA 3KH9A 5ECSA 2I4AA 1UN2A 2E0QA 3PR8A 2MZCA 5F07A 2FA4A 3O76A 5CREA 1TKDB 1PSQA 3G9BA 2H1BA 5INYA 3GKXA 5DDLA 2IFQB 5AN1A 5IMAA 4GTUA 4EXJA 1TP9A 2K8VA 3VI5A 3P8WA 1GL8A 5ECLB 5ECMB 2DJ2A 4V2NA 2DJ0A 2JSYA 2RUEA 2YNXA 12GSA 1V98A 2MMAA 2V1MA 1TXXA 4ZB9A 1B9YC 3TUEA 1T3BA 4MJAA 3GX0A 3DXBA 2GZZA 1PN9A 1XWCA 2VL2C 19GSA 2TRXA 3GNJA 5IMZA 1XCCA 3IA1A 4AF2A 4N0ZA 5H5RA 1F2EA 3BBYA 5KN0A 1F9MA 2FWHA 5F06A 4RQXA 4F82A 4ID0A 3GKKA 3TKQA 1O6JA 3GH6A 1EP8A 2X64A 5CYYA 4BPYA 3HCZA 1ZZYA 4NHWA 2K9FA 4Q5QA 5DJMA 2RM5A 4JZQA 2DIYA 1VF4A 2R3XA 1GSEA 3FK8A 1ABAA 1FAAA 1M2DA 3KM6A 3LEFA 2CVDA 3Q74A 4DSSB 1K0CA 5J5NA 2YJHA 1JHBA 1PGTA 3CTFA 4HJ2A 3H4KA 3IOSA 10GSA 3A2WA 2B1KA 4HI7A 4FYBA 2CVBA 1K0BA 2VM1A 4IW9A 5E59A 4BA7A 4RQRA 3HJOA 1K0MA 2YN1A 2H8LA 3PINA 5EPFA 1SJ6A 3TRPA 4MA9A 1KEBA 1EWXA 5ECQB 2F8FA 2JZSA 3EMPA 1PD21 1MDIA 3QAGA 1K3YA 3KP8A 3QPMA 4JR6A 4PURA 5G1LA 1R26A 2O87A 4N11A 3ZFLA 2WS2A 4POMA 4OO5A 2JZTA 3VWXA 3MAKA 4NWYA 1U87A 4OFTA 3FKFA 2GSRA 3M1GA 1SK2A 3LWAA 2G0FA 3APOA 1Z5YE 2HNLA 3F4RA 3F3QA 1YEPA 1T00A 3KTBA 1XW5A 2C3TA 3GKMA 2OADA 3TJGA 4O5RA 1X0RA 3GSSA 3VK9A 4HUAA 3ZVJA 1FOVA 5LD0A 4V2LA 3GHAA 3HD5A 2GQMA 4MDCA 3GSTA 5IMDA 5G31A 1OC3A 2FA8A 2X8GA 3GA4A 3ISOA 3DMLA 1F3AA 1QXHA 4IN0A 2HI7A 1TK5B 3ZITA 2HSHA 1AQVA 4F2IA 3UVHA 2H1GA 1R5AA 1ERTA 2YCDA 4KUNA 1Z6NA 5CRDA 4F0CA 3ZYWA 5D73A 3ERGA 1XWBA 1FG4A 1XIYA 1VF2A 4IJIA 3WD6A 1BG5A 2H75A 5JWQB 1M99A 4ZL9A 2P31A 5CRWA 4ULXA 1TOFA 1ZMAA 2IMKA 1KBNA 1MD4A 4IP6A 2PBJA 3DD3A 3QMXA 5HFGA 4OCFA 1GSQA 2KP2A 5DVBA 4WBRD 3C71A 3LXZA 4L0WA 3C7MA 2OACA 2H01A 4QQ7A 4V2MA 3KIJA 4K8MA 3KP9A 4ECJA 1O7UA 1THOA 2VIMA 4HS1A 2PN8A 3G7JA 4CW9A 3PH9A 5B6NA 2K18A 5D9TA 1K3LA 4G10A 4BL7A 5G30A 4FIWA 1K0NA 1Z7PA 5H5QA 1EGRA 4I5QA 1OKDA 3IC4A 2CV4A 4EKZA 2C3QA 2ZCTA 3SBCA 1HYUA 4JR4A 5IPGA 1OE8A 4EC0A 1SL1B 2G2QA 1FB6A 5AISA 4TOPA 9GSSA 1G7EA 2ALBA 1EP7A 1TRUA 3DVWA 1IYHA 1J08A 4KCAA 4FYUA 1UC7A 5ECHB 1VF1A 5CO3A 2YJ7A 4P3YB 1K3OA 3C8EA 1ERVA 1O85A 1ZCPA 2XHFA 2GS3A 2VLTA 4YAPA 2VL3A 3ME7A 2C80A 3ZVJD 3EU4A 1YKAA 1B4QA 2YWNA 3GYKA 1QGVA 2F3MA 2VCQA 3G7IA 2I81A 1HQOA 3M0FA 1XVWA 4WF4A 4JBBA 1NW2A 4HU9A 2CAIA 1HNCA 5ECNB 2BMXA 1Z6MA 5F8BA 4NV5A 2HT9A 4KDUA 3H79A 2PWJA 1C72A 2VCTA 1ILOA 4D73B 2KP1A 4ECIA 4K0GA 1X9SB 4MJEA 2PMTA 3KH7A 4LA1A 2E2GA 4L5OA 4YQUA 1QMVA 1TI1A 2PVOC 3UBLA 4TXOA 4PUAA 3U6VA 4TR1B 3F6DA 3MSZA 3FEUA 5COHA 5HR1A 3DKSA 2HZFA 2CA8A 2EC4A 3TKPA 1MEKA 2R5GA 3TJJA 2I3YA 1GUHA 2GZYA 3DEXA 2K8SA 2M72A 4KDYA 3ZL5A 5ABRA 5HR3A 2WDUA 2QSIA 3L9UA 4ML6A 3WYWA 5EVOA 2KUCA 2GSSA 1T4ZA 3F9UA 2VCWA 2WB9A 3M9JA 3RPNA 5IMFA 1GNEA 4G9HA 2LKUA 4J56E 1ON4A 3FZ9A 2GQKA 2LUSA 8GSSA 2GSQA 1N2AA 2B5EA 2RIIA 1AIUA 2RM6A 1TRWA 4Q5RA 3A3TA 4ML1A 1XWAA 2JL4A 4KE3A 4ZILA 2F51A 4ZL7A 4JRRA 4EUYA 1EEMA 1VF3A 1XW9A 1TW9A 1OKTA 4GQFA 1GTBA 2CX3A 1F3BA 1TI3A 4IVFA 1SKRB 1JFUA 4EDZA 5KN2A 4H86A 3MDKA 2H71A 4MJBA 4NXIA 3CBUA 4KH7A 5IQYA 2NVLA 4KSMA 5GSSA 4HZ2A 1XBSA 4NHZA 5AIVA 2REMA 4POLA 3DRNA 2B7JA 1O81A 2MMNA 3KMNA 2H73A 2H0HA 5IO2A 2A4VA 1SK0A 3ZFBA 4EDYA 1WMJA 4I2UA 4MZCA 5DQYA 2IMIA 1EV9A 2YP6A 5GAND 3TJBA 4IHUA 2C8UA 2EIQA 2MBSA 3E3EA 4HEA2 2IMDA 4MLYA 1WRYA 2OKAA 3ZTLA 2K6VA 4ZBAA 2H1DA 3KMOA 2ZUPA 1FW1A 1PMTA 1ML6A 3CMIA 3H8QA 1XFLA 5D9WA 1A2MA 3G7YA 2FWFA 4KA0A 5FT3A 4DSRA 4IP1A 4GSSA 1AUCA 3HVSA 3F4TA 3P90A 5D9VA 2WFCA 4Q5NA 3LG6A 5J4UA 4GRFA 2HLSA 5HQPA 1WJKA 4K1FA 3GL3A 1XW6A 2RUFA 2PERA 3LYKA 4PX1A 1FHEA 3A2VA 4TXVA 2LRTA 4NV2A 4IQAA 1TK8B 1PX6A 3D4MA 4LLRA 5GZZB 6GSYA 2O7KA 3K8NA 3ZZXA 2H72A 1U3IA 1M2AA 1GSDA 1A23A 2FGXA 4IGJA 2JU5A 2C0GA 2YWMA 4KNDA 2VCVA 1X5DA 4BWQA 2WGRA 4MZBA 4IS0A 5D9XA 2YZUA 5KN3A 1Q98A 2BTOT 1XOAA 3HJMA 1Y25A 4TXOB 4PXOA 5J41A 2I1UA 3HJPA 3N9JA 5LNKe 2O89A 2FY6A 3ME8A 2B6MA 3EURA 2X8HA 1XVQA 4N30A 4MABA 3HXSA 2L59A 1GWCA 1EGOA 2FWGA 5B7CA 3P7XA 5C04A 1AXDA 5AIXA 1LU4A 3M8NA 2OE1A 2LQOA 2IIYA 4POKA 3LGCA 2L6DA 4QL7A 6GSXA 5A4UA 2C0EA 3U5RE 3EWLA 4OO4A 3EMXA 2L5OA 3H1NA 4TR3A 1BEDA 1U88A 4ZBDA 4X43A 2VOCA 5F0GA 2XPDA 1THXA 1G6YA 2GTUA 1T8EB 2HYXA 4AJ8A 3E0UA 2N5BA 2VCXA 1EV4A 3JCML 2LJKA 1YZXA 4TR4A 7GSSA 5J3RA 4MPFA 3F3RA 2L5LA 3LQ7A 1EZKA 1YF0A 2MMOA 1SL0B 1NHYA 4BVXA 4OFMA 4D73A 3M9KA 5A4VA 3KTLA 2B7KA 4RUVA 4NPBA 2WJUA 3QDNA 2H70A 5DAKB 2J9HA 2NBSA 3VPTA 3LJRA 2YANA 4TR1A 3WGDA 1T1VA 4EE0A 2YV9A 3EVIA 3APSA 4HQSA 3WT1A 3IK7A 3Q6OA 4JEDA 2PU9C 3CTGA 5IOWA 2X8CA 2QC7A 1HNAA 1A0FA 2IL3A 1ERUA 4PNGA 3PGTA 4I8BA 1OAZA 2CT6A 11GSA 5JCGA 3S9FA 2AB6A 1A8LA 1V40A 5DALA 3MNGA 5CP1A 3KCMA 1V9WA 5D96A 3TGZA 3H93A 4I6XA 3UMAA 2HZEB 2H0GA 2AYTA 5IIZA 2E7PA 4IELA 2ES7A 2GLRA 1H75A 2GDRA 5HFKA 4GXZA 1M0UA 2EIOA 4PUFC 1GH2A 3GV1A 1X5EA 4ZIJA 3VI7A 5LCZA 3DIEA 4L8EA 4WXTA 1FVKA 2OBKA 3O3TA 1A0RP 5ID2B 1N8JA 3GL5A 3FR9A 4AJ6A 3FZAA 3DVXA 4PGTA 3UIWA 3TOTA 2IWTA 3TRQA 5H5SA 5JCWA 2L4CA 1SENA 3ZMLA 1NHOA 2YWIA 3TKSC 5DBQA 1GP1A 1TU8A 3N5OA 5D8IA 4I97A 1UVZA 3TOUA 1V57A 4I2TA 5DJLA 4K7OA 4OD7A 1S3AA 6GSTA 2AV4A 4EO3A 1HD2A 1OC9A 5FWGA 3RBTA 4FO5A 3FYGA 3QAWA 5B6MA 1K0AA 3KJYA 2C1YA 1XWGA 5G5EA 4MZWA 5DQSA 5A5KA 2GSTA 5IMCA 4XIHA 3CRTA 1GNWA 2O85A 3RPPA 5KEJA 2GT5A 1AQXA 5CRGA 3NOFA 1MDJA 1WE0A 3Q19A 1GSYA 4KCEA 2BJXA 3HVVA 5G5FA 1AW9A 22GSA 1WPIA 3ED3A 3QCPA 1NM3A 3LYPA 4ISDA 5E4WA 4F03A 5HR2A 3IPZA 1A8YA 1OE7A 5EY6A 3HA9A 3D5JA 1WIKA 1F6MC 4YH2A 2V2GA 2CZ3A 4MCUA 3WGXA 1Z9HA 3CSIA 1A2JA 1PA3A 3TB2A 3HKRA 2ZNMA 2P5QA 4WETA 3BOAA 2MMZA 3IDVA 2TIRA 3TJKA 2LTKA 5ELGA 3W8JA 1KTEA 2PGTA 5HR0A 4POBA 4ZXGA 1TDIA 2GQLA 4MF7A 2JZRA 1PL1A 3O6TA 2LRCA 1PKWA 3VLNA 4LL1B 2YZHA 3GRXA 1SU9A 2LJRA 2VD0A 1BYEA 2VLUA 2CAQA 2HSYA 2M46A 3L78A 3UVTA 3TCOA 3F4SA 1E2YA 2H30A 4K2DA 1S3DA 4KX4A 5IM9A 4OMVA 3F0IA 5DALB 1LBKA 4XS1A 1GTIA 2OA7A 2FNOA 4K0NA 2FCHA 1YKCA 3QFBC 1G7OA 2H6ZA 3M3MA 3C1RA 2V32A 3DYRA 3GFKA 2C3NA 5J9BA 1TU7A 1AAZA 1USBA 5AGYA 4XRDA 1RK4A 2V6OA 3P2AA 2VLVA 2C4JA 3IV4A 1FO5A 2P5RA 4TR0A 3UEMA 5DAKA 4LMVA 3QFAC 1SJIA 1PQNA 1AC1A 3FY7A 4E8EA 2L57A 2HFDA 2GVPA 5F05A 3TDGA 2OE3A 3LXTA 1GLPA 2H66A 1R5PA 1NSWA 2DMMA 3HDCA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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