4MMMA

Human pdrx5 complex with a ligand bp7
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
SAPIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTCSLAPNIISQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comparing Binding Modes of Analogous Fragments Using NMR in Fragment-Based Drug Design: Application to PRDX5
pubmed doi rcsb
molecule keywords Peroxiredoxin-5, mitochondrial
molecule tags Oxidoreductase
source organism Homo sapiens
total genus 48
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence C, E, G
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2013-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4mmmA00
1JFUA 1W89A 5HR2A 4G9HA 1F2EA 2IMDA 4XS6A 5DALA 16GSA 1K0NA 1X9WB 5JWQB 4POBA 1JZDA 1T7PB 4IW9A 4G19A 3DKSA 2PPTA 2OA7A 1YQ1A 2GZPA 4XS4B 2CV4A 4MCUA 1Y25A 3MSZA 2H6YA 4QQ7A 3F63A 5A4WA 2LQQA 3FZ5A 1Y6EA 3KD0A 2C0GA 4KCEA 3DXBA 3VWVA 1Z9HA 2YWMA 2JZSA 3IXRA 2B3SA 2NBSA 3KGKA 1XVWA 3FR9A 2CX4A 3TB2A 2IMEA 4TOPA 1VF2A 5ABRA 1YKAA 2BJXA 5ECOB 2LNSA 1A0FA 1NSWA 4EF0A 4BA7A 1PGTA 4HEA2 3ME7A 5CO3A 4PURA 5KN1A 5CNWA 1EEMA 4JU5A 5KN0A 1BX9A 4JR6A 4XRDA 4IN0A 2VL2C 4GXZA 1O81A 3DGQA 4RI7A 1ERTA 4CW9A 3PINA 1N2AA 1TRVA 5D9WA 4V2LA 5J41A 4WF5A 5DCHA 3DWVA 3GL5A 2JADA 2AJQB 4MZBA 2P5QA 3KXOA 4MMMA 2HFDA 2EIOA 2LRCA 5IPHA 1TXXA 2EIRA 3P8WA 2B7JA 3C7MA 4MJBA 4PGTA 3ERGA 4DVCA 1HNAA 1TKDB 1K0BA 3M8NA 3QFAC 2CAQA 5AIXA 4ML6A 1R5AA 4L5OA 3TJGA 4KX4A 3RHCA 5FT3A 2H8LA 1MDJA 1YZXA 2H66A 1R26A 2HZEA 5G5EA 4ML1A 1SU9A 3HCZA 2DIZA 4G2EA 4FYBA 3WGDA 1ABAA 4EC0A 3VWWA 6GSTA 3KP9A 2JL4A 2H1GA 1BG5A 4BWQA 1WP0A 4I5QA 2DBCA 5IMAA 1SD8A 3F9UA 2YWNA 4HOJA 5J5NA 3PR8A 1AQXA 3CRTA 2H0HA 1I5GA 3GMFA 3C71A 4K0GA 2TIRA 3C73A 4FO5A 1MDKA 1MEKA 4Q5FA 2E7PA 5ECRB 2Z9SA 5CRGA 1NHOA 2H74A 3F4SA 3CYNA 1FOVA 2VCXA 3GNJA 5E59A 2DJ3A 4I8BA 3RPNA 5ECKB 3ZTLA 1K3LA 1SL2B 1GUKA 4K7NA 4H86A 4GQCA 4Q5RA 4ECCA 4TVEA 4N0ZA 2X8GA 1SD9A 3C1SA 2C0FA 4D73B 2EIQA 2J9HA 3DVWA 1ZCPA 4DSRA 5ELGA 2LJAA 3FZ4A 2MYGA 5B8BA 3ZITA 3CBUA 2FWGA 5D9VA 1B9YC 1JLVA 4Q5NA 4HQSA 4F82A 3W8SA 1XWCA 1XXUA 2K8SA 5J4UA 4EE0A 5F06A 4LMWA 2GQLA 1T1VA 1N8JA 4OWYA 4E8EA 3IE3A 3DD3A 1GSSA 1SK1A 3UBKA 3UIWA 2YJHA 1SKRB 3FKFA 4LL4B 3DYRA 2LTKA 1YF1A 3IRAA 4ZXGA 3QAVA 1K0DA 2BMXA 2CZ3A 2PVQA 1TI1A 2X8HA 3SWLA 1U87A 4BL7A 4PNGA 2R2JA 2C1YA 4DEJA 3DIEA 4WXTA 3LYPA 3FRCA 1WRYA 2FY6A 2B7KA 1GTBA 1Q4JA 4KNDA 3LWAA 1XW6A 1TRSA 3TOTA 4AJ6A 1EWXA 4OCFA 4K7IA 3QR6A 6GSVA 3GKNA 2WCIA 5ID2B 1K3YA 2LJKA 2B6MA 4HQZA 3EU3A 2NVLA 4K8MA 1SYXA 1U6TA 3O76A 3L78A 1T4YA 2YZHA 3S9FA 2DC5A 2ON5A 3EMPA 2GSRA 1S3CA 5IOWA 1SK2A 5H5QA 3BJ5A 1HNBA 4O32A 2L4QA 2VCWA 3CTGA 4MZWA 5IMVA 2L6DA 2R3XA 4GLTA 4HDEA 1X5EA 2X99A 3GFKA 5JWOB 1ERUA 2O89A 1K0MA 2GT6A 3CSHA 1BAYA 1OC8A 4IJ3A 1ZZYA 1HD2A 4XS4A 2OBKA 3GSSA 4NPBA 4F0BA 1C72A 2JACA 3KEBA 4IJIA 3RAZA 4EXJA 1GSUA 4HI7A 5IM9A 10GSA 1T4ZA 4KAEA 3TJKA 4HU9A 1V57A 3N5OA 1ZGNA 3LYKA 4KGIA 4N30A 4TKYA 1Q98A 3ZFBA 4ZB9A 5IMCA 3DEXA 3VPTA 2RIIA 2XBIA 3UVHA 1A2LA 1SJIA 5IMZA 4V2MA 2YANA 2QSIA 2HYXA 4KSOA 1B4PA 11GSA 1PL1A 4GCIA 1M7TA 2F8FA 1XPVA 1XZOA 1ZOFA 2FWHA 4PUAA 2GDRA 3ERWA 2ZUPA 2VD0A 3G7IA 3UOMA 3QCPA 2FHEA 2KLXA 2OE3A 14GSA 5B6MA 2MMOA 3F8UA 3HDCA 4IQ1A 3TDGA 2CQ9A 2H6XA 2L57A 1GNEA 4KW6A 3IBHA 3MAKA 4IELA 2VD1A 5HFIA 4JZQA 2OE1A 5G2ZA 3IPZA 1A2MA 1YDKA 3O6TA 5COHA 3TJFA 4ACSA 2IPAA 1XBSA 2LRTA 4OFTA 4YQMA 2HNLA 3TOUA 4L5LA 2FA4A 4MPFA 4EDYA 1YF0A 5CRHA 4OO4A 3Q18A 5CREA 5CRDA 5D9XA 2PU9C 3EMXA 1OKDA 2HRNA 1QUWA 3WT1A 4ECIA 3K8NA 3MNGA 4Z7XA 1A23A 2VL2A 2PMTA 3GN3A 2YWIA 1B9XC 2E2GA 2A2RA 2A2SA 5EPFA 1IYIA 4OFMA 3TKSE 4ZILA 1EP8A 1GLPA 2DJ0A 4K7OA 1TDIA 1QGVA 3E9JB 5F0GA 1AQVA 2OE0A 2PERA 5JCUA 1FVKA 1TRWA 1HNCA 3GA4A 3TKSC 1V2AA 1FO5A 3QPMA 3L9SA 3F6DA 3HJOA 1WIKA 3QD9A 1GLQA 1F37A 4YH2A 5EY6A 1OAZA 3E3EA 2H30A 3W8JA 2OBIA 3ZYWA 5ECSA 3TKRA 3GTUB 5DCGA 1PMTA 3WT2A 5ECLB 2IJYA 3LXTA 2PGTA 3TRPA 4JE1A 4POKA 1GSYA 2IMFA 3F3RA 4TR1B 4DSSB 2FWEA 1ZYQB 1QQ2A 3NIVA 2DMLA 1XWGA 1XIYA 3PH9A 1JLWA 4D73A 4HZ2A 3WYWA 4V1Ag 2LQOA 1B48A 5J9BA 1XWBA 2R37A 3A2VA 2IMIA 1W4VA 3HVXA 1ERWA 1PKZA 1SL1B 4WF4A 2I1UA 5DAKB 2XPDA 1O6JA 3UAPA 2VM1A 1XVQA 2CVBA 2VLTA 4Q5QA 2DMMA 3A5WA 2O85A 1Z6MA 1H75A 2WRTA 3LEFA 1Z7RA 3FZAA 4ZB8A 3F0IA 5ECHB 1B8XA 2PBJA 2E0QA 5DBQA 1X0RA 4F0CA 3HXSA 2VOCA 2GSSA 5G5FA 1DBYA 4AJ7A 3KTLA 3IK9A 5GSTA 1B4QA 2C8UA 1TK8B 3UJ1A 2GGTA 4OMVA 5B7CA 3TRXA 2PN8A 3GKMA 3C1RA 1SL0B 2GQMA 4YQVA 3EYTA 3VPQA 4YAVA 1ERVA 2LRNA 5ID2A 4TXOB 5ENUA 1ON4A 4IKHA 4IVFA 4KH7A 2P0GA 4NMUA 4PQIA 1GSQA 2MBSA 2PVOC 2R6KA 4OFNA 3TJBA 4E8HA 5J3RA 4F03A 3UL3A 1T00A 4MA9A 2JSYA 1AXDA 3GH6A 2GZYA 2YOIA 4LMVA 1EGRA 3LSZA 2DLXA 3D21A 2MBTA 2H76A 4PX1A 3KMNA 1USBA 5H5RA 1TTZA 1RW1A 2LEGA 5JCGA 1ZYEA 2GZZA 4GTUA 2JZRA 3VFIA 3R2QA 4WBRD 2DJ2A 3FEUA 3L9VA 2YNXA 1OE7A 5D73A 2HT9A 4WR5A 2RUEA 3QDNA 1F6MC 3WD6A 2H0IA 2HXKA 5G30A 3EC3A 4AJ8A 5D93A 3US3A 3TRQA 3UEMA 2YJ7A 1OC3A 2YWOA 3ZRDA 3BD2A 3RDWA 2GLRA 1R5PA 3SBCA 2FCHA 5ECIB 3OR5A 2WGRA 4POMA 1URMA 4NWYA 5GAPD 2VCZA 4L8EA 1U3AA 1O8WA 1DUGA 2J23A 4FYCA 4KSMA 5INYA 2QKEA 1WJKA 3ZREA 3P90A 3KH9A 3UBLA 2F51A 4J57E 1QXHA 1XWAA 3EINA 3G7YA 2DSAA 2CVDA 3D4TA 1SYRA 3WGXA 5DDLA 1YY7A 2H6ZA 5EVOA 4AGSA 2OJLA 2XPEA 2FD3A 4N0VA 2V6OA 4GSTA 3IHQA 1J08A 2H1DA 3TJJA 1K3OA 2KUCA 1UN2A 3EE2A 1GTIA 1CQHA 1BYEA 3UMAA 3ZLPA 5HR0A 4IQAA 1XCCA 2OADA 2TRCP 1GUMA 4NAXA 1E2YA 1M0UA 3I9V2 2OKAA 1NM3A 2X8CA 3RBTA 1TRUA 12GSA 3HYPA 5HFKA 2L59A 3IV4A 3ME8A 1CQGA 3D0ZA 3LORA 5IO2A 4IGJA 4WETA 4V2NA 4L0UA 1Z6NA 2KOKA 4X43A 1VGLA 1GL8A 2WZ9A 3U6VA 1BQ7A 5JWRB 3GRXA 3ZFLA 2KP2A 2L4CA 2X64A 4JBBA 3APSA 1XOBA 1GTAA 5ECPB 2GQKA 4HZ4A 2IFQB 1SENA 3KP8A 1I9DA 4MF5A 2DJKA 3EVIA 3IC4A 3QFBC 1UC7A 1EGOA 1F3AA 3A2XA 2GVPA 3KZQA 3GKXA 3M3MA 3M9KA 3FK8A 6GSSA 3BCKA 5IMDA 3LQ7A 2ES7A 3ZIVA 3GTUA 5C00A 3Q74A 1GTUA 3JCML 4P3YB 4DSQA 1YEXA 3ZIJA 2PWJA 2CVKA 4TR1A 4DSSA 2G2QA 3NOFA 5ELAA 1M2AA 1K0OA 4MABA 2NTOA 2AV4A 3I6AA 1FAAA 1A0RP 4OD7A 5F07A 4JEDA 2HZFA 3Q6OA 5DAKA 5KN3A 3IR4A 2WULA 3ERFA 3QAWA 4KCAA 2YV9A 1PX6A 2WFCA 18GSA 2IL3A 4PUFC 2GSQA 2B1LA 5FWGA 3TKSA 2HE3A 4AF2A 2WB9A 4BVYA 6GSWA 3D4MA 1KEBA 3F3QA 9GSSA 1BEDA 1HYUA 3UVTA 1WMJA 4LL1B 3ED3A 1G7EA 2O7KA 5ECNB 2YN1A 1ACVA 2FNOA 3GL3A 3HJMA 2LUSA 4I2UA 5F05A 3APOA 1X9SB 1GULA 1ZMAA 3A2WA 2HSYA 4MK3A 4EVMA 4XHMA 3J7Yk 4TXOA 3IAM2 2FUG2 5G1KA 2H72A 3HZ4A 2C3QA 3E0UA 1OE8A 4MF6A 4TR3A 1PA3A 1GRXA 2HLSA 1K0AA 2I9HA 2VCTA 4CHSA 2MMZA 2A4VA 3VLNA 5DVBA 3FR6A 1V98A 1YJ6A 5G31A 1G6YA 2HRFA 3HKRA 1GUHA 4QL7A 4ULXA 4IHUA 2DIYA 4XCSA 4MP4A 5GZZB 1ML6A 3KJYA 1QK8A 4KDYA 3F4TA 3ZVJA 3HVVA 1LJRA 1NHYA 4MZCA 3CMIA 3GKKA 1RQMA 3TKPA 1HQOA 2F9SA 4KUNA 1NW2A 2HI7A 4GSNA 4TR4A 4JRRA 4K9ZA 1PSQA 1DE2A 3W6GA 4TRXA 5DQYA 1Z5YE 2B5EA 4RQRA 1KBNA 5KEJA 5DJMA 1O8XA 1SJ6A 5FHIA 5LCZA 2RUFA 4O92A 2GS3A 3M0FA 4G10A 2OACA 4ZIJA 1V40A 4X0XA 4XIHA 5D9TA 3KIJA 3HD5A 1XW5A 1MD4A 6GSXA 1ZL9A 5G1LA 2O8VB 3HA9A 4NXIA 1FB6A 4ILFA 1Z3EA 5IOXA 1OVNA 4BVXA 2IN3A 4QL9A 5CRWA 3HJPA 2H0GA 3KMOA 3F4RA 1F9MA 1AUCA 1G6WA 1U3IA 3A3TA 3EWLA 3CXGA 1M2DA 1M2BA 2HSHA 3O3TA 1XWKA 2VL3A 4FH8A 3IDVA 6GSYA 3H79A 1V9WA 3IA1A 1GSDA 1AIUA 3BBYA 3MWHA 2DJJA 3GSTA 1VF1A 5IO0A 2V41A 4I6XA 1TK5B 3EURA 4NHZA 2XHFA 2V2GA 4MH2A 1PX7A 2H75A 2C0DA 2NPBA 1TOFA 4NHWA 4ZBAA 5A4UA 1EV4A 4MH3A 2C3NA 4N11A 1AQWA 4BPYA 3HZ8A 2NDOA 2R4VA 4MDCA 3GURA 4GWRA 2LKUA 4ZB6A 2M72A 1J9BA 1V58A 4ID0A 3IOSA 4PXOA 4MPGA 1YEPA 4ZL8A 1A24A 3I43A 4O5RA 3UARA 1OC9B 1FVJA 2N5FA 2D2ZA 2FWFA 2RLIA 2YPMA 2K18A 5GSSA 2IFQA 1TI3A 4TR0A 1R7HA 1KTEA 3L0HA 2JZTA 5AIVA 4TW5A 3CSIA 2I3YA 3MDKA 3PGTA 2JU5A 3G9BA 1TP9A 4X1UA 1A2JA 4EL1A 2LJRA 3ZVJD 2V32A 5H5SA 1LU4A 3LXZA 4ZL9A 3DMLA 1JZRA 2I81A 4JR4A 3GV1A 4KE3A 3NZNA 1YKCA 3L4NA 5EL8A 5E4WA 2H1BA 1FHEA 2RM6A 1AC1A 2CX3A 1K0CA 5AISA 1AAZA 3GHAA 5DJLA 4EKZA 4F2IA 4PQHA 3FR3A 1FB0A 2YCDA 1PRXA 1BJXA 3VI7A 1PKWA 1GH2A 4I2TA 1T8EB 3HVSA 1G7OA 3GIXA 5D96A 3ISOA 3FZ9A 1A8LA 3DVXA 3D5JA 1GSFA 2FA8A 1EZKA 1KNGA 2I4AA 5DQSA 3DRNA 4GQFA 2VCVA 1ILOA 1OKTA 4I97A 1UVZA 1VF4A 3FW2A 2TRXA 4XS1A 1THXA 2DJ1A 2C80A 4N10A 4PNFA 5LNKe 2K9FA 2XC2A 3RHBA 3LGCA 1JZOA 5ECMB 5AN1A 1G0TA 2IIYA 2CA8A 2LNTA 2C3TA 2AYTA 4YAPA 5JCWA 4LLRA 1R4WA 4HJMA 1T3BA 2GT5A 4ZBDA 3KM6A 1XFLA 2IMKA 2KP1A 1JZWA 5DALB 1F3BA 4HS1A 5HQPA 4POLA 2M80A 3IAS2 5HR3A 4MJAA 2GSTA 3D22A 1TJDA 2YZUA 2V6KA 2VM2A 3HHVA 3GH9A 2H19A 1X5DA 3KTBA 4WKWA 1IYHA 4HUAA 2AUVA 3LFLA 1GNWA 2E2MA 2H1AA 1PQNA 4FIWA 2VAFA 1VRSD 1S3DA 4WR4A 3CTFA 4ECJA 4EO3A 1U88A 1SK0A 2R5GA 1EV9A 1WPIA 2H73A 3AY8A 1TU8A 4MJEA 2V1MA 2B1KA 1EEJA 2B5XA 3N9JA 2VL9A 3ZMKA 4ISDA 8GSSA 5IIZA 1PN9A 1TK0B 1TU7A 1THOA 2CZ2A 2AB6A 3CRUA 4IBPA 2VLUA 1MD3A 3C8EA 1M99A 1M9AA 2P31A 3IK7A 4GSSA 5KN2A 4K6XA 3GX8A 17GSA 2VIMA 4BWSA 2M46A 4LA1A 2PUKC 3FYGA 4YQUA 2JSZA 3LG6A 2ON7A 4OO5A 1SJZA 20GSA 5ECQB 2ALBA 5L71A 5IPGA 1O85A 2L6CA 1XW9A 2YP6A 3J7Yb 4EUYA 3TCOA 2YV7A 2N5BA 4ZBBA 2ZCTA 2FGXA 3G7JA 5IMFA 4HJ2A 5A5KA 4ZL7A 5AGYA 4WBJA 4TN8A 2H71A 2O87A 4TXVA 2LS5A 2H01A 2H70A 4MJCA 3FHKA 2AHEA 3V1WA 1WOUA 4HU7A 2C4JA 1EP7A 3L9UA 4K0NA 3ZL5A 4FYUA 1WE0A 4MLYA 2K8VA 1LBKA 2LSTA 5GAND 1XOAA 3QMXA 1AW9A 2HZEB 5CYYA 1MTCA 1OYJA 4J2FA 3H1NA 4MF7A 1GSEA 1X9MB 3VWUA 1UA5A 2QGVA 2N5AA 6GSUA 4EDZA 4IS0A 2WDUA 4F9ZA 5B8AA 2L5LA 4J56E 1J0FA 1DE1A 2WS2A 3P2AA 5D8IA 5B6NA 2EC4A 4O7HA 3RPPA 4IP6A 2VUPA 2AAWA 1GWCA 5C04A 3QOUA 4KDXA 4XRAA 3GX0A 3LJRA 5A4VA 3GUSA 2MMAA 4NV2A 1E6BA 3P7XA 4V1Ap 4KDUA 2F8AA 3GYKA 3KH7A 2KHPA 3BCIA 2WJUA 3QAGA 4PQ1A 4XTSA 2FLSA 2IWTA 3M1GA 4OCEA 2F3MA 1FW1A 1FG4A 1OC9A 3H4KA 1WWJA 1X5CA 4IP1A 4RUVA 1A8YA 3M9JA 3F6FA 3KCMA 4RI6A 22GSA 5CP1A 1PD21 5IQYA 2B5YA 3TUEA 1DSBA 4L0WA 2K6VA 1ST9A 2LV3A 4RQXA 3WGEA 2C0EA 1MDIA 3ZZXA 1EOGA 1EOHA 1VF3A 2VO4A 3TGZA 1Z7PA 2CT6A 2MZCA 3D6IA 19GSA 1H4OA 3EU4A 5CAXA 3TKQA 3U5RE 1SKSB 4KA0A 2MMNA 4K2DA 2L5OA 1QMVA 5LD0A 3VWXA 4CDOA 1GP1A 2G0FA 2VCQA 13GSA 3VURA 2P5RA 4NV5A 4KB3A 3VI5A 1TW9A 3I69A 3VK9A 4ECBA 5HR1A 1SKWB 2CAIA 1M9BA 3H93A 1S3AA 4GF0A 4WEYA 3HY2A 3Q19A 5HFGA 7GSSA 2ZNMA 1PL2A 5F8BA 5J9CA 1O7UA 2BTOT 2RM5A 2VLVA 1QFNA 2REMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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