4V1Ag

Structure of the large subunit of the mammalian mitoribosome, part 2 of 2
Total Genus 25
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
25
sequence length
148
structure length
148
Chain Sequence
TARGTASRFLTSVLHNGLGRYVQQLQRLSFSLSRDAPSSRGAREFVEREVTDFARRNPGVVIYVNPRPCCVPRVVAEYLNGAVREESIHCKSVEEIAALVQKLADQSGLDVIRIRKPFHTDSPSIQGQWHPFTNKPTTLGGLRPREVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
publication title The Complete Structure of the Large Subunit of the Mammalian Mitochondrial Ribosome
pubmed doi rcsb
molecule keywords MITORIBOSOMAL PROTEIN ML37, MRPL37
total genus 25
structure length 148
sequence length 148
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
g PF05047 L51_S25_CI-B8 Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4v1ag00
3QD9A 4YH2A 3LYKA 1TXXA 4G9HA 3ZFLA 5F06A 3F63A 1ZGNA 1TOFA 5D8IA 1O8XA 4G19A 1ERUA 4HU7A 1XZOA 3F6DA 16GSA 1XPVA 5CNWA 2GT6A 4EO3A 2JACA 1GL8A 1U87A 4TXOB 2JL4A 2GLRA 4JBBA 3BCIA 4OO5A 3K8NA 3LGCA 1PKZA 2H66A 4HDEA 1Q98A 2EC4A 3CRTA 4XRDA 1F37A 2VUPA 4POMA 2G2QA 2P0GA 4ILFA 4TKYA 3G9BA 2HSYA 4I2UA 2HE3A 4ZILA 1EEMA 2DJJA 3M3MA 2DJ0A 4KX4A 2KHPA 4L8EA 1J08A 5B6MA 1ZL9A 2R6KA 4H86A 2LEGA 3LYPA 2H0HA 3M0FA 5GZZB 4ECCA 1T7PB 2OKAA 2LQQA 1FB6A 4MF7A 2PUKC 2GZPA 1SL1B 3VWVA 4LMWA 3FZAA 1X9SB 1A2MA 1Y25A 3P2AA 2GSRA 2WS2A 5HR2A 5IMFA 3ERWA 2YWMA 5ELGA 2C0GA 2R37A 1HYUA 4JEDA 3CBUA 2QC7A 4L0WA 5C04A 1M9BA 3TRQA 3PINA 3UARA 1JZOA 1RK4A 3QFAC 2JSZA 4NV5A 2I3YA 1PQNA 1MDKA 1C72A 3F4TA 4K6XA 3TKSC 3BD2A 1WJKA 3GKNA 2FLSA 2GVPA 1UVZA 1W89A 4EF0A 2JZTA 3LXZA 4YQUA 3FR9A 3EMXA 3ZYWA 2NVLA 2IJYA 3FZ4A 2XBQA 2DC5A 4DVCA 2HFDA 4MH3A 4Q5RA 3S9FA 2PVQA 1SJZA 2CAQA 4NAXA 3MNGA 2C80A 2YPMA 3GMFA 1GLPA 3GA4A 1AQVA 4V1Ag 4HEA2 3GNJA 4IJ3A 2MMAA 1UA5A 2V6OA 1USBA 4DSSA 3LJRA 1XBSA 1JZDA 1Z7PA 5LCZA 3M9KA 1Z5YE 3RPNA 1HQOA 5DAKB 1YJ6A 3ED3A 1FG4A 5ABRA 4WKWA 2L6CA 3N9JA 1SKWB 2LS5A 2YOIA 3O3TA 1KBNA 1YY7A 1WP0A 3DD3A 18GSA 1S3DA 4ID0A 2O87A 1AIUA 2FUG2 4TR1A 3DMLA 3VI5A 2VO4A 5IMZA 2B1LA 1KTEA 1DSBA 3TKQA 3KEBA 2OE0A 1GSFA 1GSSA 3VWWA 3EU4A 6GSWA 3WT1A 3HD5A 1XWKA 4WR4A 1YDKA 2CVDA 3ZZXA 3ZREA 1W4VA 4HJ2A 2H30A 1OKDA 4G10A 1Z9HA 4BVXA 4QL9A 1H75A 4RI7A 4GSNA 5CRHA 2HXKA 2YZUA 5KN0A 2L57A 5ECHB 4MA9A 4PQHA 1GSQA 3TGZA 3HYPA 2KUCA 3TUEA 5DCHA 3ZMLA 2GQMA 1O81A 1XXUA 5J4UA 4GQCA 5AGYA 1B9XC 2I1UA 2PN8A 4FH8A 3I43A 3F3RA 4V1Ap 3KGKA 1GWCA 3NOFA 3ZFBA 4MP4A 3L4NA 1QXHA 4RQRA 1H4OA 2DIZA 2H76A 3NIVA 2DLXA 1GTIA 2IN3A 3A5WA 1SK2A 4KDUA 3TJFA 4MDCA 2GSTA 1OE7A 1NW2A 3DRNA 3MWHA 2OADA 4IHUA 3FYGA 3GX0A 2VD1A 3C1SA 3L9UA 2C0EA 3HKRA 2E7PA 1M0UA 2GZZA 5ECPB 4N10A 2C3TA 3MDKA 1Z6NA 3GH9A 2P5QA 4X0XA 1AQXA 1T8EB 1XW6A 1A8LA 2P31A 2YWNA 1GUHA 5A4UA 3M8NA 2GTUA 3UVTA 1G6WA 4MK3A 3G7YA 4IW9A 4MZWA 3F3QA 5JWRB 3KTBA 2C1YA 1XIYA 5JCUA 5G5FA 3HZ8A 5HR1A 4X1UA 4RQXA 1V58A 2YCDA 1EEJA 2LNTA 2BMXA 2HZFA 2RUEA 1TI3A 4ZL8A 1TW9A 4OFNA 3VWUA 4HS1A 1DE2A 6GSXA 3L9VA 4G2EA 4MPGA 3RBTA 2O8VB 1JFUA 3GL5A 1M2BA 3KP9A 4N0VA 4QL7A 3FZ5A 4EDYA 1PA3A 2H1AA 1A0FA 2IFQB 3PH9A 2WB9A 3C7MA 3LORA 4GCIA 19GSA 2H72A 3TKRA 2V2GA 3TDGA 1ZZYA 5F07A 5G2ZA 4HQZA 1SKRB 2LNSA 1PRXA 2JU5A 1ZYQB 2K8VA 5ECIB 5EL8A 2MBTA 2PMTA 4OCFA 2PERA 4IJIA 1SYXA 1TU7A 1A23A 1M9AA 1PN9A 2HT9A 4F9ZA 1FAAA 5G1KA 1ERVA 3V1WA 2RLIA 2PGTA 4ECIA 2LTKA 4WR5A 2H74A 2MMNA 1FHEA 4KH7A 2N5AA 3Q74A 1PD21 2V1MA 2WJUA 4ZBBA 1DE1A 1SL2B 3VWXA 1A2JA 3HDCA 3WD6A 2QSIA 17GSA 5IMCA 4PXOA 4OD7A 4JR6A 4MCUA 3GL3A 2NPBA 2FGXA 3D0ZA 3CMIA 1R5AA 5IO2A 3O76A 3IC4A 4DEJA 3CXGA 3KJYA 4EUYA 3GV1A 2KP2A 4OFMA 2WGRA 3EVIA 4YAPA 2GZYA 1QQ2A 2HLSA 1J0FA 2VL2C 3KMNA 2DJ2A 3GURA 2QKEA 3IRAA 5JWQB 5IMDA 1K0BA 9GSSA 1X5EA 4MZCA 3J7Yb 1TU8A 1XVWA 2A4VA 3HVXA 1QGVA 4K2DA 4TXOA 2GGTA 2M72A 5AIVA 5GSSA 5B6NA 3CSJA 5EVOA 3FRCA 3H4KA 1VF3A 4ML1A 1PL1A 3F4RA 5IIZA 2CT6A 3GHAA 2VL3A 2J9HA 3IPZA 3GIXA 2RM6A 1BEDA 1M2AA 4NHZA 1WIKA 1PX6A 2OA7A 1SL0B 2DMLA 1GULA 4ECJA 4FIWA 1GUMA 3QAGA 1G7OA 3QDNA 3EURA 1TKDB 4HOJA 2DBCA 12GSA 1GTBA 2LQOA 3F8UA 4TR0A 3GH6A 4D73B 3VFIA 3P8WA 1V57A 4KSOA 5DJMA 4PURA 2VLVA 1SYRA 3HZ4A 1N2AA 1OC8A 4NV2A 1ABAA 5B8AA 1O7UA 1IYIA 3C71A 4Q5QA 1V98A 4NWYA 2CX4A 1G0TA 2LJRA 2C8UA 2YWOA 4IVFA 4XS4B 5G31A 2ZNMA 4WBRD 2WRTA 20GSA 1VRSD 3EC3A 4I5QA 4ZB8A 1CQHA 1TK8B 1BG5A 2PVOC 4F2IA 1BAYA 3OR5A 3EWLA 2H6ZA 3L78A 5DALB 2H0IA 4IBPA 2G0FA 2N5BA 1DBYA 3TKPA 5LD0A 4NPBA 4MF6A 2ON5A 2CVKA 3ERGA 1GLQA 1U6TA 5GAPD 3SWLA 1WPIA 5J5NA 1JZRA 5D96A 4KSMA 3D5JA 4AJ8A 5D9TA 4RI6A 4MMMA 2YV7A 4ZXGA 4NMUA 2B5EA 2V6KA 4YQMA 1R26A 3HJOA 4ZB6A 3M1GA 3D4TA 5DAKA 3VURA 1ZOFA 3HVVA 1ZYEA 1WOUA 1ST9A 2AB6A 4I8BA 4ZBAA 2OE1A 1BYEA 2OACA 1GNWA 3FK8A 1K3LA 1X5DA 2TRXA 3GRXA 4LL1B 3TOUA 4MJAA 4F0BA 3ZLPA 1U3IA 4V2LA 1ZCPA 3FR6A 4EE0A 1OAZA 3TKSE 2E2MA 6GSTA 3APOA 2HRFA 1QUWA 1EV9A 2X8HA 3F6FA 2OJLA 4AGSA 1MTCA 3C1RA 3HJMA 3TJGA 1IYHA 3BBYA 2H1DA 1UN2A 2I9HA 1M7TA 2IPAA 4POLA 4TW5A 4ZL7A 2K18A 5C00A 2EIQA 3GTUB 2I81A 4XS6A 1V2AA 5IOXA 1O73A 3C73A 3CTFA 3TKSA 3NZNA 5HFKA 5IOWA 1XWBA 1GH2A 3L0HA 2X8GA 5E59A 1SKSB 1OC9A 2M46A 1LBKA 4TOPA 3LSZA 4MJBA 1VF2A 1FVJA 4OMVA 4Z7XA 2ES7A 3IXRA 1K0AA 3QAVA 2DJKA 2X8CA 4E8HA 2XBIA 1EWXA 3WT2A 3UEMA 1X0RA 4I2TA 5DQSA 4AJ7A 4POBA 4HZ4A 3KD0A 4GTUA 4F03A 2AAWA 2LRCA 3GYKA 3GKKA 4MJEA 3VPQA 2IMDA 5AN1A 4GF0A 2YZHA 4GRFA 1HNCA 3FHKA 2WFCA 3UBLA 1K0MA 3HY2A 2YP6A 2R5GA 1RW1A 1TRUA 3TJBA 4YAVA 1GSEA 1HD2A 1K0CA 2LUSA 2NTOA 3DVWA 2LJAA 4GXZA 1FW1A 2J23A 2A2RA 5FHIA 2H1BA 4KCEA 4PUAA 3Q6OA 1WMJA 2B7JA 5H5SA 4KGIA 4WEYA 5JWOB 2KOKA 3KH7A 4F0CA 4TXVA 2GQKA 1B9YC 3H79A 1VF4A 5EY6A 5G5EA 2B5XA 3FEUA 5J41A 3DVXA 5G30A 2X99A 5ECNB 4P3YB 3E3EA 5KN1A 5D93A 2L4CA 1EP8A 2EIOA 4PGTA 1AUCA 5G1LA 2FWFA 4ECBA 3H1NA 3FKFA 3JCML 4HUAA 4PQIA 3UBKA 3KZQA 4FYUA 4TR4A 3W8SA 4BVYA 2MMOA 2H70A 1ON4A 5ECRB 3J7Yk 3ZIVA 3HCZA 2IMFA 2IWTA 1R5PA 4PNFA 3BOAA 5ECSA 3GX8A 4K8MA 2XHFA 4HU9A 3G7IA 6GSVA 3R2QA 1WRYA 3GSTA 1V40A 2C4JA 3H93A 5GAND 1OE8A 3G7JA 1PL2A 3KMOA 5HFIA 5JCGA 2RUFA 5IQYA 2HSHA 3TRPA 4JU5A 3RHBA 4HQSA 2FA4A 3UOMA 5F0GA 4POKA 3FR3A 3MAKA 1EZKA 4PNGA 3TJJA 3EU3A 3IR4A 2BTOT 3I6AA 2F8AA 3VPTA 2X64A 5HR3A 3IOSA 2DSAA 2K6VA 4L5OA 1YKCA 3DWVA 4IKHA 4Q5FA 3LWAA 2KP1A 1GNEA 2HYXA 4IS0A 5D9WA 3DXBA 1O85A 4GSSA 2HZEB 4XS1A 6GSUA 2ON7A 2GSSA 2E2GA 2WDUA 3O6TA 1B4PA 1X9WB 3ZIJA 1VF1A 1WE0A 4LMVA 2Z9SA 5IMAA 1TDIA 3ZTLA 3LQ7A 3RPPA 5GSTA 1A2LA 4FYCA 3ZITA 4TRXA 2VCXA 3US3A 1OKTA 2AV4A 4AJ6A 4XIHA 4EDZA 1SK0A 2I4AA 4K1FA 4KCAA 1XW5A 3KXOA 3WYWA 4CHSA 1BQ7A 4GQFA 3EE2A 5CRDA 2A2SA 1PGTA 2VD0A 2MYGA 4KW6A 2YV9A 1F6MC 5A4VA 3SBCA 1EP7A 3CYNA 1MD3A 4PX1A 2L6DA 4LA1A 2CAIA 2AJQB 5J9CA 4BPYA 4EL1A 3WGEA 3ME7A 4L0UA 4D73A 5E4WA 1GSDA 5D9XA 1XWCA 2DJ3A 3ZRDA 1JHBA 3PGTA 2C0DA 3D21A 4KB3A 4ZB9A 1SJIA 2E0QA 1GSYA 3C8EA 2CVBA 4IN0A 2H6YA 1UC7A 5D73A 5ECOB 3F0IA 3MSZA 2PWJA 2FD3A 5ECMB 1PX7A 1WWJA 1DUGA 2WCIA 5HFGA 2V32A 3IAM2 4F82A 3ISOA 4XS4A 3TRXA 2OE3A 2CA8A 5IPGA 1Q4JA 3TJKA 3I69A 2BJXA 4OCEA 5H5QA 4I6XA 5CREA 2VCWA 5DALA 4N0ZA 1XW9A 1A8YA 3BJ5A 3VK9A 2VL2A 1YEXA 3AY8A 4IP6A 2B1KA 1TRWA 1TI1A 1HNAA 4CDOA 2O89A 1TJDA 4BWQA 1PMTA 5DJLA 5ID2B 3U6VA 2MBSA 1FOVA 1OVNA 2IL3A 2VIMA 4MPFA 3A2VA 4JRRA 2GQLA 1S3CA 2K8SA 4O32A 5ENUA 1HNBA 4ZL9A 1ZMAA 2WZ9A 4XTSA 4BL7A 2GDRA 2FNOA 1AQWA 4MF5A 2JZRA 3E0UA 4XCSA 3CSIA 1SENA 5H5RA 3Q18A 2MZCA 1JLVA 5DDLA 3W8JA 5CRGA 1ILOA 2O85A 5KN3A 4IQAA 1U88A 3KP8A 1LJRA 2DIYA 4J57E 4WETA 5INYA 3D6IA 3GFKA 5EPFA 3QOUA 2FY6A 3D4MA 4JR4A 1ERWA 2M80A 3DKSA 4WF5A 3GTUA 4MH2A 1A24A 3ZL5A 1TRVA 2H71A 3U5RE 3FW2A 2K9FA 1YF0A 1F3BA 2IMKA 3HXSA 1S3AA 6GSYA 4K9ZA 1THOA 1E6BA 3IK9A 3ZMKA 3A3TA 4IELA 2GS3A 8GSSA 3QFBC 4KAEA 3TCOA 2FWEA 5HQPA 5COHA 2LSTA 1G6YA 4XHMA 2IMIA 3GSSA 2R4VA 2LRNA 3IDVA 2F3MA 4L5LA 3GUSA 1SK1A 3IHQA 2JZSA 1BX9A 4JZQA 3CTGA 3WGDA 2H8LA 4ML6A 4EXJA 3IE3A 3F9UA 4MABA 1YEPA 4KDXA 1Y6EA 3IAS2 4KNDA 2VAFA 1B8XA 1Z7RA 1O8WA 5L71A 5JCWA 1T1VA 2HNLA 1XOBA 1MD4A 3UJ1A 1YKAA 4NXIA 4TR3A 4K7IA 2OBKA 3ZVJD 5FT3A 1VGLA 3QMXA 1SD8A 1OYJA 1TK5B 3WGXA 1B48A 3DGQA 1MDJA 2C0FA 2H19A 4I97A 3P7XA 2YJ7A 4K0GA 2ALBA 4NHWA 4K7NA 3RDWA 3RAZA 2H01A 5LNKe 4Q5NA 2HI7A 4O92A 1AW9A 1I5GA 1JZWA 1XWGA 4PUFC 5IMVA 1EV4A 1J9BA 1NHOA 3KH9A 5CRWA 5ELAA 5DBQA 5A4WA 2MMZA 4KA0A 3UIWA 4KE3A 2H73A 1EGOA 2LJKA 4GSTA 1YF1A 2PPTA 3VI7A 2VCTA 3GKXA 3Q19A 1K0DA 2XPEA 1SD9A 1M2DA 3TOTA 3A2XA 2F8FA 2TRCP 1TP9A 1T3BA 3H8QA 3P90A 1YZXA 1MEKA 3GN3A 1GTUA 2XC2A 1TK0B 5CAXA 1EOHA 4AF2A 3HA9A 3IK7A 2AUVA 1NM3A 4MZBA 2QGVA 3VLNA 4N11A 4KUNA 3CRUA 2CZ2A 3IV4A 5FWGA 4DSSB 4K0NA 4BWSA 4E8EA 4GLTA 4GWRA 3UVHA 1GRXA 2R2JA 3CSHA 1I9DA 1E2YA 1OC9B 14GSA 2N5FA 2VM1A 1EGRA 2HRNA 2F51A 2AHEA 2EIRA 7GSSA 4WXTA 2TIRA 4JE1A 2VM2A 3L9SA 2CV4A 2NDOA 2RM5A 4TR1B 1LU4A 4ACSA 1B4QA 1F2EA 2IFQA 2H1GA 4ULXA 1SJ6A 4QQ7A 1GSUA 4O5RA 3UL3A 3DYRA 10GSA 3LFLA 2HZEA 3ERFA 1URMA 1XFLA 4YQVA 1PKWA 2CQ9A 1XCCA 3KIJA 2PBJA 5IO0A 4IP1A 5DVBA 4MJCA 3APSA 2B7KA 4OO4A 3EMPA 2GSQA 1K0NA 4FO5A 4V2MA 1F3AA 4FYBA 1XOAA 4RUVA 1U3AA 2LV3A 4OFTA 4O7HA 3FZ9A 1SU9A 4J2FA 1QK8A 5J3RA 2D2ZA 2VLTA 3KCMA 4X43A 1Z6MA 4IQ1A 4KDYA 2C3NA 2R3XA 3E9JB 1K3YA 1QMVA 3HJPA 3QR6A 3GKMA 2L59A 5B8BA 1RQMA 1JLWA 4IGJA 1G7EA 2VL9A 1AC1A 3QAWA 5IPHA 2XPDA 3HVSA 3N5OA 1R4WA 4LLRA 2GT5A 1X9MB 2L5OA 3ZVJA 1V9WA 4ZIJA 3F4SA 2OBIA 5ECKB 5J9BA 2AYTA 2DJ1A 3W6GA 2H6XA 1GUKA 2VLUA 3APQA 1MDIA 1ERTA 2FWGA 2V41A 2YN1A 4DSRA 4DSQA 5ECLB 4EKZA 1R7HA 1O6JA 4HI7A 2LKUA 1PSQA 5D9VA 2H75A 2VCZA 1TRSA 3I9V2 1FVKA 2B3SA 1AXDA 2P5RA 2VCQA 2VCVA 3RHCA 3A2WA 2RIIA 5CO3A 1KNGA 3UMAA 2LRTA 5A5KA 4TN8A 1GP1A 5DCGA 1TTZA 1EOGA 4OWYA 4CW9A 2REMA 5KN2A 1X5CA 3DEXA 4ISDA 1Z3EA 3KTLA 5CP1A 3PR8A 3UAPA 2FA8A 3D22A 3KM6A 2YANA 4WBJA 1N8JA 1XWAA 3IBHA 5ID2A 2O7KA 4BA7A 1FO5A 5B7CA 5F8BA 2ZCTA 3M9JA 4HZ2A 1AAZA 2VOCA 4PQ1A 2CZ3A 2B6MA 1T00A 1K0OA 3BCKA 1M99A 1CQGA 3LG6A 2C3QA 2WULA 1QFNA 5F05A 3HHVA 4ZBDA 1T4YA 2FCHA 2B5YA 3EINA 4MLYA 2KLXA 1A0RP 4TVEA 3EYTA 3FY7A 1NHYA 5HR0A 2JADA 3DIEA 4EVMA 5AIXA 2YWIA 4HJMA 4N30A 3LEFA 4WF4A 11GSA 3QPMA 1F9MA 1OC3A 2PU9C 13GSA 3TB2A 2FWHA 1BJXA 3ME8A 5DQYA 2CX3A 22GSA 2IIYA 5CYYA 5KEJA 5AISA 1KEBA 4J56E 2H0GA 4K7OA 1NSWA 1XVQA 3QCPA 3LXTA 2F9SA 6GSSA 2L4QA 2NBSA 1T4ZA 4V2NA 2YNXA 1GTAA 1K3OA 2ZUPA 1ML6A 2IMEA 4XRAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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