4V2NA

Crystallographic structure of thioredoxin from litopenaeus vannamei: radiation damage effect at 85 mgy, focused in disulfide bonds
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
105
structure length
104
Chain Sequence
MVYQVKDQEDFTKQLNEAGNKLVVIDFYATWCGPCKMIAPKLEELSQSMSDVVFLKVDVDECEDIAQDNQIAMPTFLFMKNGQKLDSLSGANYDKLLELVEKNK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Studies Evidencing the High Energy Tolerance to Disrupting the Interface Disulfide Bond of Thioredoxin 1 from White Leg Shrimp Litopenaeus Vannamei.
pubmed doi rcsb
molecule keywords THIOREDOXIN
molecule tags Oxidoreductase
source organism Litopenaeus vannamei
total genus 37
structure length 104
sequence length 105
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.8.1.9: Thioredoxin-disulfide reductase.
pdb deposition date 2014-10-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4v2nA00
2VL9A 1B4PA 1CQGA 1NM3A 4N0ZA 4WR5A 3RHBA 4ECBA 3GL3A 22GSA 5A4VA 1QUWA 5JWQB 3N5OA 14GSA 4JR4A 2VO4A 3BBYA 12GSA 4JR6A 2B5EA 5JWRB 4MDCA 4L0UA 4MABA 5D9XA 5CREA 1OC9A 2WGRA 1TJDA 4I2TA 2L4QA 3C7MA 1GLPA 1SK1A 3GMFA 2AYTA 3ZMLA 1OE8A 2CAQA 1A0RP 3C1RA 4G19A 1HNAA 2B1LA 3TOUA 1M2BA 1M2AA 2LQOA 1QQ2A 1YEPA 4L5OA 4HDEA 1VGLA 2I4AA 3FY7A 4XS6A 4JZQA 1BQ7A 4HI7A 4TR1B 1XWCA 4POLA 2H71A 2YWNA 5COHA 3ZTLA 2CX4A 3LSZA 2FWFA 2LJRA 2XBQA 1V57A 19GSA 1HNCA 3KIJA 5IPHA 3QDNA 5B7CA 1XPVA 1SKSB 4PNFA 1K3LA 1F3AA 4GCIA 1U87A 2B3SA 4GQFA 3TOTA 3PGTA 2M72A 4K0GA 7GSSA 4ZIJA 4K7IA 1USBA 2WB9A 1QFNA 4AF2A 3MDKA 1Q4JA 1Z5YE 1TU8A 4KSOA 1A2MA 2DSAA 4WEYA 2I1UA 1GRXA 5DAKB 1JLVA 1U3IA 2FWGA 2XPEA 2K6VA 3LWAA 3BD2A 2GLRA 2PWJA 3GSTA 4ZILA 2C3TA 5CNWA 4QL9A 5B8BA 3IR4A 3L4NA 3APOA 1OC8A 2GT6A 1EP8A 5ECHB 4V1Ap 3ZMKA 5JCUA 2H0HA 2VD1A 3U5RE 2F8FA 4HZ4A 1T1VA 3KH7A 4I2UA 1PL1A 3APQA 4G10A 6GSUA 1GSFA 3UMAA 2PVQA 1B9YC 2WULA 1YEXA 4GSNA 5G5EA 3ZYWA 3A3TA 5KEJA 2GQKA 2NBSA 4ML6A 3FKFA 3M0FA 2Z9SA 4Q5FA 3HJMA 1YKAA 2GVPA 3EC3A 5GSSA 3KCMA 17GSA 1HD2A 1TI3A 2C0GA 1GSDA 2L6DA 2HSHA 1VF1A 2E2GA 2LV3A 1TK5B 4F82A 1SYRA 1T00A 2O85A 1YJ6A 4IELA 1I9DA 2H1GA 4XS4B 4TN8A 1RW1A 3CRUA 1AIUA 3E0UA 3VURA 1TRUA 1UN2A 1GTUA 4BWQA 3KXOA 4MJCA 3QAVA 1X5CA 3FZ5A 4DSSB 2IMDA 18GSA 1TW9A 4FO5A 2EIRA 3M3MA 1A23A 6GSXA 5CRDA 4N11A 1EGOA 2AV4A 4K7NA 3FEUA 3LEFA 1X9MB 1K3OA 4DVCA 2E2MA 5ECRB 4EF0A 3KEBA 5DQSA 5GAND 4MJBA 2GS3A 1PMTA 2MYGA 2QGVA 2YZUA 2ALBA 4K2DA 4ZBBA 1PX6A 3GTUA 4PQHA 2O7KA 5FHIA 1G0TA 3UIWA 1FO5A 3IAM2 4OMVA 3IHQA 5GAPD 3E9JB 1F6MC 3FW2A 5IMDA 2VAFA 1GSSA 2O8VB 1SK2A 4KA0A 2FWHA 5GZZB 5F06A 2HNLA 3VI7A 3J7Yk 1KEBA 3Q6OA 1XOBA 3VFIA 2CVBA 1PRXA 3QOUA 4ID0A 2YCDA 3P8WA 1HYUA 4TR1A 3KD0A 4HS1A 1VF2A 3F63A 3VK9A 4FYCA 4G9HA 3JCML 4PURA 1XCCA 1TK8B 3GSSA 2VUPA 1SYXA 2JACA 4RQXA 4EO3A 1ACVA 3P7XA 2L5OA 5ECNB 4JU5A 1MDIA 2N5BA 2C4JA 5G1KA 2FHEA 4WF4A 3VWXA 4Q5NA 3C8EA 1K0OA 4PNGA 1H4OA 5HR1A 3TJGA 2A2SA 2GSQA 2OBIA 3WT2A 3LGCA 2CVDA 4MA9A 5EPFA 5ECSA 4XCSA 2WS2A 3PH9A 1WP0A 3TKSC 2FCHA 2GSSA 1THXA 3GKXA 1QGVA 2LS5A 3TGZA 2KLXA 2CVKA 5IOWA 1EP7A 1U6TA 2C8UA 1PGTA 4LL1B 4MP4A 3WGXA 1ON4A 4NV5A 2IN3A 4FIWA 4ECCA 2LKUA 4K7OA 4XRDA 1Q98A 3GV1A 3ZVJA 5D9WA 3NOFA 1G7OA 1DE2A 2LRNA 3GH9A 1AQXA 2ZNMA 3QAWA 2H74A 3MNGA 4DSRA 4Q5QA 3CSHA 3FR3A 2VCXA 5EY6A 3RDWA 3ZIJA 1IYHA 3HZ8A 1MDKA 2P5RA 3IV4A 4J57E 5EVOA 5H5SA 3IPZA 5IO2A 2AUVA 2HYXA 2JL4A 1XW5A 1A2JA 2GT5A 2GZZA 3QAGA 5D96A 4JE1A 3PR8A 3L9VA 5J41A 5G31A 3WT1A 4CHSA 2YPMA 4L5LA 1FB6A 1K0DA 5CRGA 2XHFA 3F6FA 1ERWA 4ML1A 5IMAA 11GSA 2LSTA 5IMZA 3BCKA 4OFMA 6GSSA 2HE3A 5ENUA 1BEDA 2R5GA 4HJMA 2V6OA 3TJBA 4ZL7A 3W6GA 3VLNA 1VF3A 4MH2A 1Z7RA 4V1Ag 2FNOA 3R2QA 3IA1A 2DLXA 2D2ZA 5G1LA 2H6XA 13GSA 4YQMA 2YZHA 5JCGA 1EEJA 2VL2C 3M9KA 1KBNA 2K8SA 3EVIA 1GUKA 3FZAA 4WBJA 4CDOA 2I9HA 3FZ9A 3KMNA 2H8LA 4XS1A 2YWIA 2X8HA 4POBA 2OJLA 2OADA 2EIOA 2X99A 3NZNA 2M46A 3O3TA 1JZRA 2A2RA 3HY2A 1JFUA 3J7Yb 1Y6EA 2IMEA 2L6CA 3BOAA 1TK0B 1AC1A 4POKA 3Q74A 3GKMA 2MBTA 2KP1A 2M80A 2CZ3A 5ID2B 4F03A 1X5EA 2VOCA 2PMTA 1URMA 2VCVA 2HFDA 2VCZA 5DVBA 4ISDA 4GWRA 3GA4A 4OWYA 3KTLA 1O7UA 3GL5A 4G2EA 4AGSA 4ILFA 4ZXGA 3HKRA 5IMVA 1ABAA 3QD9A 4I5QA 2VM2A 1IYIA 1TRVA 3IK9A 3ZRDA 2B7JA 2YWMA 1BX9A 3ERWA 2NPBA 1FG4A 2H19A 4H86A 4KSMA 3CTGA 3DMLA 1O81A 1WIKA 2VD0A 2LEGA 1R7HA 1ZCPA 1T7PB 2TRXA 5LD0A 1A2LA 3F9UA 5HQPA 3CYNA 2J23A 2WZ9A 3GRXA 4GRFA 2GDRA 3TRQA 5DALB 2CZ2A 4F0CA 2H73A 1DBYA 2LTKA 1G6WA 1W89A 1O73A 4N0VA 1MTCA 1JZOA 4KE3A 3QFBC 2F8AA 4TR4A 1XVQA 3GHAA 4IW9A 4WETA 2X64A 2VCQA 3GKNA 2OE3A 2LRCA 3UOMA 1GL8A 2IMFA 1XW6A 3H4KA 1GULA 1O85A 2R6KA 1SJ6A 5D9TA 3M9JA 3Q18A 4NMUA 5ABRA 2DIYA 1OKTA 2IJYA 4X1UA 2L5LA 2F3MA 1PX7A 2JZTA 4KNDA 4HU9A 2RM5A 4TR0A 2B6MA 3GN3A 1K0NA 5ECMB 2A4VA 3I9V2 1XZOA 2CV4A 3IRAA 4XTSA 1FB0A 5EL8A 1I5GA 1ZGNA 3GKKA 1LBKA 2N5FA 2ZCTA 4OCEA 1ZYEA 4ECIA 3HHVA 2YV9A 1LJRA 3IC4A 4OCFA 3U6VA 4KUNA 4P3YB 1MD3A 4NV2A 3APSA 3KMOA 3EYTA 2JSZA 5HFIA 3EINA 2H6ZA 1F9MA 2I3YA 1CQHA 2FA8A 1M9AA 2VLVA 3H8QA 3RAZA 3SBCA 4POMA 1THOA 2QC7A 4I6XA 5H5RA 1Z6MA 6GSVA 1AUCA 2LJKA 3DVXA 3QMXA 4KB3A 3CMIA 1YQ1A 1YZXA 3FK8A 5AGYA 2WRTA 4LLRA 5LNKe 5IM9A 2RUEA 2WFCA 4KDXA 5B6NA 1SL1B 4TXOA 1K3YA 5CAXA 1OE7A 3C73A 4JEDA 2IPAA 4YH2A 3KH9A 1S3DA 3VI5A 4MCUA 2J9HA 2BJXA 4GF0A 2WCIA 3LQ7A 4KDYA 3G9BA 2AHEA 1J0FA 1EEMA 2C80A 4I97A 1OVNA 3TKSA 1BJXA 3ME8A 5DBQA 1XVWA 1EV9A 2B5YA 4Z7XA 4IQ1A 3DXBA 1ST9A 4WBRD 3TJJA 2ZUPA 4O5RA 2KP2A 1EOGA 2REMA 5G30A 2CA8A 2YV7A 2XC2A 1V98A 1EZKA 4K9ZA 2G2QA 4MLYA 1XFLA 2IIYA 5E4WA 1T4YA 4WXTA 3RPPA 1DE1A 5B8AA 2H1AA 1JZWA 5D9VA 4IP6A 4AJ8A 3HDCA 5IO0A 2F51A 3TCOA 4KCEA 1K0CA 5DALA 3M8NA 2MMNA 2V41A 1EWXA 2GQLA 3IK7A 1XWAA 3OR5A 2OE0A 3IBHA 2JADA 5CRHA 3A2XA 2H66A 3ERGA 2GQMA 1X9WB 3UEMA 3WGEA 1MEKA 3Q19A 1FHEA 4LA1A 4EL1A 3ZIVA 1SJIA 3UVHA 4EUYA 5E59A 2PPTA 2C0DA 2HRNA 3ZFLA 4AJ7A 5A5KA 3GX8A 3HVSA 4IBPA 2LQQA 1DUGA 1A24A 3A2VA 5HFKA 4YAPA 4V2NA 4NAXA 4QQ7A 1XWKA 2VL2A 1SKRB 5KN1A 2PGTA 1A8YA 2H76A 2JSYA 3GUSA 4IN0A 3A5WA 5DAKA 2H0IA 1TP9A 1Z7PA 2MZCA 1R26A 4KW6A 4TVEA 6GSWA 1RQMA 3ZVJD 3UAPA 5ELAA 4DSQA 2CQ9A 3F3QA 3EMXA 3GX0A 2FGXA 1YF1A 3DRNA 3WD6A 3TKPA 1ZL9A 2DIZA 3L9UA 1O8XA 3PINA 1GP1A 2H72A 3ZREA 2ON5A 4EC0A 4MF5A 2V32A 2FD3A 4KH7A 1ERVA 2MBSA 3V1WA 1U88A 5ELGA 2DJKA 2MMZA 1MD4A 3W8SA 2HSYA 2DJJA 2FY6A 4HQSA 6GSTA 2VL3A 2BTOT 3MSZA 2HZFA 5C04A 4XS4A 1FW1A 1ZOFA 4MJEA 3WGDA 2HZEB 3IXRA 2YN1A 3LXTA 4IS0A 1HQOA 5DJLA 3DVWA 3L9SA 1G6YA 5IPGA 1VF4A 4HOJA 3DEXA 4X43A 4DSSA 3SWLA 1PKWA 5KN3A 1VRSD 3GFKA 3HVVA 5IMFA 4KCAA 5J5NA 3F6DA 1AQVA 2ON7A 3ZL5A 2G0FA 4HJ2A 10GSA 1DSBA 2GZYA 3UL3A 2X8GA 1SL2B 4BA7A 1BG5A 1U3AA 4MZWA 1YKCA 1F3BA 4L0WA 5F8BA 2FUG2 4MZBA 5H5QA 5ECQB 1BAYA 1ZMAA 1WE0A 1JLWA 4ZL9A 4KX4A 3RPNA 5ECOB 1RK4A 4EDZA 1PSQA 2GTUA 1MDJA 3KP8A 1KTEA 1GUMA 3TKRA 1A8LA 1K0MA 4FYUA 2C1YA 2V2GA 1R4WA 5CRWA 2P5QA 3F8UA 4TOPA 2DC5A 1J9BA 2OACA 2JU5A 1F2EA 2OKAA 3IAS2 4HQZA 4MPFA 4X0XA 1TOFA 5AIVA 5LCZA 1Z6NA 2CX3A 2K9FA 2H0GA 4IGJA 4LL4B 2B1KA 3ZITA 2KHPA 2V1MA 1GLQA 4ZB6A 6GSYA 2HT9A 3H79A 2RIIA 4IP1A 3W8JA 5IIZA 1TU7A 2PN8A 5J9BA 5DCHA 3WYWA 2O89A 2C3NA 3G7JA 3D4MA 2XBIA 4L8EA 4ZB8A 1XWBA 5J9CA 1FVKA 1SU9A 3VWWA 3I43A 4K8MA 2DMLA 1ML6A 3QCPA 5FWGA 3ISOA 4K6XA 1E6BA 5IMCA 4GLTA 3TJFA 2IMKA 4WR4A 1SJZA 4OFNA 3F0IA 3GTUB 3TJKA 5JCWA 8GSSA 3C1SA 1ERUA 1NW2A 1R5PA 1F37A 2F9SA 3A2WA 3DD3A 3ERFA 2DJ3A 3KP9A 1AW9A 1UVZA 2H01A 4OFTA 3ZLPA 4IQAA 3IDVA 4AJ6A 4TXVA 2IL3A 4YAVA 2VLUA 5ECKB 2C3QA 3LFLA 1SK0A 2VM1A 3K8NA 1X9SB 2LUSA 2DBCA 2L59A 3D5JA 1GSUA 4GSSA 2GGTA 2VLTA 1EGRA 4D73B 2JZSA 4TW5A 3EU3A 1GNEA 3GYKA 4J56E 2O87A 1S3CA 4EE0A 2OE1A 2BMXA 5ECIB 2WJUA 3LORA 4BVYA 2DJ2A 2KUCA 4DEJA 2B5XA 3BCIA 4YQVA 3M1GA 3HCZA 1V58A 1WJKA 3G7YA 4MK3A 3IOSA 2PBJA 2HZEA 3KGKA 4IVFA 1WRYA 3F4RA 1K0BA 4PQ1A 1NHYA 3CTFA 1UC7A 5KN2A 1M7TA 2R4VA 1SENA 1OAZA 2LNTA 1OKDA 2RUFA 4KDUA 3HJPA 4XIHA 2I81A 3FYGA 2YJ7A 4KGIA 4O32A 3CSJA 1T4ZA 1O6JA 5G5FA 4MF6A 2L57A 1NHOA 2C0EA 1V40A 1XOAA 3RBTA 1GH2A 3EWLA 1K0AA 5L71A 4YQUA 4MH3A 3C71A 3I69A 3TB2A 3FZ4A 3HZ4A 2YOIA 3AY8A 4RQRA 2QSIA 2H1BA 3P2AA 2DMMA 5C00A 3TDGA 4IKHA 5CO3A 4MPGA 3HVXA 2WDUA 3IE3A 5B6MA 2LJAA 2C0FA 2EC4A 2IWTA 3N9JA 1TRSA 4NHZA 4GQCA 4PUFC 3L78A 4PUAA 1OYJA 3E3EA 4JRRA 1TXXA 4ULXA 5CYYA 3TUEA 1XW9A 4MMMA 3EU4A 3F3RA 5HR2A 3TRPA 1JHBA 3CRTA 5ID2A 3HD5A 3HA9A 2HRFA 2AJQB 4GSTA 1J08A 3KZQA 1ILOA 1SL0B 3FR9A 4IJIA 3US3A 2PVOC 1YY7A 1SD9A 1ZZYA 3GH6A 4KAEA 5INYA 4LMWA 2YP6A 1EV4A 2GSRA 4V2MA 2E0QA 2DJ0A 3VPQA 5D93A 1S3AA 5AIXA 4IHUA 4PX1A 4PGTA 3DKSA 3LXZA 2RM6A 4MZCA 2FWEA 4CW9A 2HXKA 2L4CA 4TKYA 3KJYA 4Q5RA 1QMVA 2TRCP 2H1DA 1X5DA 1TRWA 5D8IA 3G7IA 3UVTA 2JZRA 1O8WA 5GSTA 1E2YA 5FT3A 4QL7A 1V2AA 3S9FA 3TKQA 4ACSA 3BJ5A 2K8VA 3DGQA 4NWYA 1GTBA 4HU7A 2V6KA 5AN1A 1WWJA 2OBKA 3CSIA 4TRXA 3RHCA 1WPIA 5F07A 1ZYQB 1XXUA 1PKZA 4HZ2A 4BL7A 1YF0A 4MJAA 1PL2A 2PUKC 2PU9C 1W4VA 2H6YA 2NTOA 1GUHA 2IFQB 4K1FA 5JWOB 3ZZXA 5DQYA 2H70A 1QXHA 4ZBDA 4OO4A 1B8XA 2PERA 2GZPA 2YWOA 4OO5A 4FH8A 3D22A 3GNJA 2HLSA 1SKWB 5D73A 2E7PA 2VCTA 1PD21 1M2DA 3QPMA 1GTAA 4RI6A 1N8JA 1AXDA 1PN9A 5DDLA 3GIXA 3HJOA 5A4UA 1TDIA 3I6AA 1M0UA 4V2LA 1V9WA 2NVLA 4XRAA 4D73A 1EOHA 5CP1A 3VPTA 3ME7A 3GURA 1X0RA 1TI1A 4FYBA 3QR6A 4PXOA 2KOKA 4IJ3A 4NPBA 5F05A 2FLSA 3TKSE 1WMJA 2NDOA 2YNXA 3KM6A 4NXIA 5IQYA 2QKEA 1OC9B 5ECPB 1LU4A 2CAIA 3DWVA 1B48A 2R37A 1BYEA 1AQWA 2AAWA 4BVXA 2LNSA 1PA3A 3MAKA 1R5AA 3O6TA 2P0GA 3QFAC 9GSSA 1H75A 3ED3A 1M99A 3CXGA 4BPYA 5DJMA 4ZBAA 4RUVA 3VWVA 1TTZA 4EDYA 4O7HA 1GSEA 5ECLB 1SD8A 5IOXA 1T8EB 4J2FA 3D6IA 3HYPA 3ZFBA 2EIQA 2X8CA 3LJRA 4ZL8A 4OD7A 4XHMA 2DJ1A 1XWGA 1KNGA 1FAAA 1B4QA 3UBKA 2K18A 3EE2A 1FOVA 1PQNA 3UBLA 1JZDA 3LYKA 3O76A 1AAZA 3EMPA 2VCWA 4E8EA 5KN0A 1ERTA 5G2ZA 3L0HA 3F4TA 2VIMA 2R3XA 1FVJA 4O92A 5AISA 3LG6A 2CT6A 4HUAA 3LYPA 3HXSA 1XBSA 3H93A 2LRTA 2MMAA 2H75A 1Z3EA 3DIEA 4EXJA 4F2IA 2OA7A 1OC3A 3VWUA 4WKWA 3EURA 5HFGA 1T3BA 2B7KA 1Y25A 4BWSA 4JBBA 4RI7A 1HNBA 3FHKA 1A0FA 3MWHA 3KTBA 2YJHA 3DYRA 2P31A 1N2AA 4EKZA 20GSA 2IMIA 4GXZA 1GNWA 2AB6A 1Z9HA 1GWCA 4NHWA 1GSQA 1XIYA 3NIVA 2GSTA 1B9XC 4PQIA 5F0GA 2YANA 2FA4A 1M9BA 16GSA 4WF5A 5DCGA 4N10A 1YDKA 4I8BA 3FR6A 4N30A 4TR3A 4EVMA 4LMVA 4F9ZA 4ZB9A 2ES7A 4MF7A 5J3RA 2MMOA 2HI7A 3UARA 4GTUA 1QK8A 5HR3A 3FRCA 1GSYA 3H1NA 4HEA2 5J4UA 3D21A 1G7EA 3F4SA 4F0BA 1GTIA 4TXOB 2TIRA 2H30A 1NSWA 2R2JA 3D0ZA 1UA5A 2RLIA 2IFQA 2XPDA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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