4XRA | Genus

Total Genus 60

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	60
sequence length	168
structure length	168
Chain Sequence	SLINTKIKPFKNQAFKNGEFIEVTEKDTEGRWSVFFFYPADFSFVCPTELGDVADHYEELQKLGVDVYSVSTDTHFTHKAWHSSSETIAKIKYAMIGDPTGALTRNFDNMREDEGLADRATFVVDPQGIIQAIEVTAEGIGRDASDLLRKIKAAQYVAAHPGEVCPAK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__370891608145334__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__370891608145334__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4XRA/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__370891608145334__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"370891608145334","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4XRA/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__370891608145334__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00cd73adecd8c5636aebd1/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00cd73adecd8c5636aebd1/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00cd73adecd8c5636aebd1/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00cd73adecd8c5636aebd1/pdb.gz): 975 ms

reading 168 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

168 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 20 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:167});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
publication title	Salmonella typhimurium AhpC T43S mutant rcsb
molecule keywords	Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
total genus	60
structure length	168
sequence length	168
chains with identical sequence	B, C, D, E
ec nomenclature	ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date	2015-01-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00578	AhpC-TSA	AhpC/TSA family
A	PF10417	1-cysPrx_C	C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4xraA00

2JU5A 4AJ8A 1R7HA 5HR0A 4ZL9A 1XVQA 1DUGA 2KLXA 2IMFA 2O89A 4K0NA 4DSQA 4YQUA 1XVWA 4L0WA 4LMWA 4KCEA 3QMXA 2E2MA 1J9BA 2LNSA 4ZBDA 4ECCA 1A24A 3ME8A 1AQXA 3KJYA 4V1Ag 2JSYA 3GURA 4WF5A 3LQ7A 2MBSA 3HKRA 2N5BA 2GS3A 4XRAA 3FEUA 4CHSA 4IW9A 1TRUA 1USBA 4I97A 2MMAA 4JEDA 1RQMA 4F82A 2X64A 3M8NA 3ZIVA 5JCWA 1Z6MA 4TXVA 3KTLA 4OD7A 3HA9A 4ACSA 4PQIA 5KN1A 5DALA 1GNWA 1F6MC 3GKNA 3N9JA 3FY7A 3ZVJD 3FRCA 1ZYQB 2H0GA 5CAXA 3IHQA 2OBIA 1B48A 3GSSA 1KTEA 3H1NA 1BX9A 1XFLA 3VWWA 2DMLA 3IV4A 4TR1B 5IPHA 2RM6A 3IR4A 3ZMLA 3GKXA 2C3NA 3KMOA 2C3QA 4F03A 2C1YA 4LA1A 2LRNA 2WDUA 4XCSA 3GIXA 2ALBA 1DE2A 2XPEA 5EL8A 4KDYA 1ZMAA 1NSWA 1M0UA 2F3MA 5E59A 4F0BA 4F2IA 3LSZA 1HNBA 1G0TA 4OFMA 4Q5FA 1SJ6A 2J23A 5EVOA 1BYEA 3QAGA 3GHAA 2YV7A 1THOA 1ZYEA 4HQSA 1F9MA 1PRXA 3TKSE 3US3A 3J7Yb 5IMVA 4JZQA 2A2SA 1OKDA 3EC3A 3QOUA 3WGEA 2GDRA 4V1Ap 3H4KA 5ECIB 3L0HA 5DBQA 4GTUA 5LD0A 1V40A 3KD0A 1ST9A 2MYGA 3HHVA 4HQZA 1M99A 2A4VA 3CSHA 1ZL9A 2QC7A 4KNDA 2FA8A 3TKSC 2IL3A 3CSIA 3NIVA 5IIZA 2LV3A 4MP4A 1DBYA 4IBPA 1SYXA 3Q74A 5DCGA 2G0FA 1JLVA 2CX4A 2HZFA 4POMA 1AUCA 1HNCA 5A4WA 1TRWA 2ES7A 2WS2A 14GSA 1X5CA 4PGTA 5J9CA 2YWIA 2HZEA 3LYKA 4MF6A 1S3AA 4MK3A 3GUSA 2JADA 3DYRA 3CRTA 3P90A 2IIYA 3RHCA 2AAWA 2IFQA 4NPBA 1SL1B 4YAVA 3E0UA 1T3BA 4OMVA 2AUVA 5D8IA 2K18A 1R26A 1GTBA 2F8FA 4GXZA 3GN3A 4ML1A 1J08A 2WFCA 2CAIA 4K1FA 2B1LA 2DBCA 2R5GA 2PVOC 4IQAA 5AGYA 2X99A 4ULXA 4FH8A 2DJ1A 3BCKA 1AC1A 5C04A 4GCIA 3GA4A 3PH9A 4EVMA 3D4TA 4MPGA 2JACA 2L4QA 3EMXA 3QPMA 2HT9A 2YANA 5COHA 3DXBA 1K0CA 1GWCA 2H6ZA 4ECJA 5J3RA 1SD8A 3G7YA 4TXOB 5B6NA 5B7CA 1XW5A 3IOSA 5IO0A 5ECHB 2LNTA 1XOBA 1ZOFA 4J56E 1ERTA 4HU9A 1GULA 4MMMA 6GSWA 3TKQA 2O85A 4FO5A 2DJ3A 4HEA2 5IPGA 1WJKA 2HZEB 5F8BA 1WWJA 4TR3A 2JZTA 1XCCA 1XWBA 2JL4A 1XWKA 4O92A 3VFIA 1VGLA 2IFQB 4YQMA 4OCEA 2L5OA 1PA3A 2CQ9A 1U3IA 2VL3A 2C8UA 2B5EA 2E2GA 3N5OA 3KZQA 2GT5A 2G2QA 3ZLPA 2X8GA 3ZITA 4FIWA 1I9DA 1VF1A 2EC4A 2V41A 2REMA 2B7KA 1EGRA 1ML6A 1SK1A 1U87A 2PERA 4POKA 3GKMA 1A2MA 1WRYA 4HDEA 1TTZA 2DJKA 2PGTA 4KE3A 4IJ3A 1PSQA 1MD3A 1G7OA 4ZB6A 2XHFA 2FWHA 2O8VB 2EIQA 5DJMA 2VCZA 2LSTA 4HZ4A 1FG4A 6GSVA 1MDIA 3CRUA 5DVBA 2GSRA 2WULA 22GSA 2YWNA 3VURA 4BL7A 2LUSA 2F51A 3IBHA 2RIIA 3SBCA 2DC5A 2LKUA 4EE0A 2H8LA 4XRDA 1F3BA 3D21A 1QQ2A 3LEFA 1K0OA 4V2LA 2V6KA 5B6MA 3S9FA 2VO4A 1SYRA 5GSSA 3ERFA 2H72A 1QK8A 2GZZA 4BWQA 3QDNA 5CRWA 1K0AA 1GSQA 1K0BA 1ERWA 4WF4A 3H79A 2ON7A 2NTOA 4GSNA 1YKCA 1K3LA 1PL2A 2IN3A 1X5DA 4NAXA 2CZ3A 3UVTA 4V2NA 5FWGA 4TOPA 4EC0A 2CVKA 1F2EA 4ECIA 3GRXA 3M3MA 3M1GA 3PGTA 4DSSA 2A2RA 4RI6A 3ZMKA 1PL1A 4EDZA 1UVZA 4P3YB 2V6OA 3ED3A 1V58A 1XW6A 5DDLA 2PMTA 4TW5A 1GNEA 4K7IA 1GH2A 4G9HA 3QR6A 5E4WA 1ZCPA 2C80A 4KAEA 1FOVA 1B4PA 3WGXA 3KP8A 2C0GA 4MH2A 1SL0B 3RPNA 1T00A 4NHWA 1V98A 2PBJA 3RAZA 1T8EB 4RQXA 3I43A 1HD2A 2V1MA 5HFIA 4L8EA 3FK8A 4JR6A 3UBKA 1XOAA 2YV9A 2KOKA 2PU9C 4LL4B 1QFNA 2AB6A 3D4MA 5J9BA 3LORA 1EZKA 3C8EA 3EU3A 1SJZA 3M9JA 5ECOB 3U5RE 2VCXA 4IP1A 4K2DA 3UL3A 3C71A 3F4TA 4EO3A 4QL9A 1N2AA 2AV4A 5IMZA 1WIKA 4EXJA 2CV4A 3F0IA 2IMEA 5HR1A 3F6DA 2FA4A 3MSZA 4IP6A 1E6BA 3KP9A 3DGQA 2RUFA 2GZPA 1OC9A 4PQ1A 2L6CA 3UEMA 1O73A 2I1UA 3A2WA 4HZ2A 4N30A 3HZ4A 4DSSB 1WPIA 4IQ1A 3W8SA 4OCFA 3F3QA 5G5FA 4ZBBA 2V2GA 3E9JB 2L57A 3FR6A 3H8QA 2MMNA 5JWOB 1SL2B 3QD9A 3FR3A 4WBJA 4PX1A 1F3AA 1XIYA 3RPPA 5CREA 1PKZA 3TDGA 2VLUA 4ILFA 5HFKA 2GQLA 2CX3A 5DQSA 3D22A 2LQQA 2VM2A 2Z9SA 3IE3A 3BBYA 4XS1A 1AQWA 3HZ8A 1HYUA 1X9WB 3EYTA 3KM6A 1LJRA 1Z9HA 4I6XA 1QUWA 4XTSA 3I69A 1FO5A 3LG6A 5H5SA 5ECMB 4CW9A 2ZCTA 2OADA 3P8WA 3F6FA 1GSEA 3DMLA 1URMA 2GGTA 1JLWA 2CVBA 4N11A 3DVXA 2RLIA 5INYA 5HQPA 4BPYA 2PN8A 1PQNA 1VF4A 1YEPA 1YZXA 2C0FA 2OE1A 5EY6A 3C73A 4POLA 2XBQA 1Y6EA 3F9UA 2DIZA 3WT2A 2HSHA 2VD1A 2NBSA 1EOHA 1XWAA 3UAPA 3IRAA 3C1SA 3QFBC 1XBSA 2X8HA 1VRSD 4F0CA 4TN8A 3QAVA 3JCML 1MD4A 3R2QA 3P2AA 1TI3A 3QAWA 2K9FA 3LGCA 2V32A 4DEJA 1BQ7A 1SK2A 3BD2A 5D93A 4EL1A 4GLTA 2OACA 4TRXA 2YN1A 5KEJA 5DALB 3TJJA 1QXHA 4KGIA 3L9SA 3VWXA 1EV4A 3SWLA 3H93A 3DEXA 3ZVJA 3ZFLA 1CQGA 1VF2A 3GSTA 1PMTA 4F9ZA 1M7TA 3HCZA 3DKSA 1YF1A 2GT6A 4PNGA 1H4OA 5ECQB 4J57E 4MF5A 4PNFA 2VL2A 1GSFA 3PINA 4N10A 5CRHA 1R5PA 1GRXA 5HR2A 6GSSA 4KB3A 2H30A 1SD9A 2TRXA 3GX0A 2GZYA 5CNWA 3A2XA 2IJYA 1OC8A 5GZZB 3GV1A 1PKWA 2LS5A 3EURA 3KH9A 3CSJA 4FYUA 2IMDA 3KXOA 3C1RA 1GTUA 2FHEA 1HQOA 3OR5A 3BOAA 1UN2A 4NXIA 3TOUA 4G2EA 4KH7A 5IOWA 4MA9A 2HNLA 3M9KA 1FW1A 2YJHA 5ID2A 1MEKA 2XPDA 2LJRA 5G5EA 2HLSA 2IPAA 3AY8A 5DCHA 2FNOA 4RUVA 3TJBA 3HXSA 1M2DA 4TKYA 4X43A 2R6KA 2CT6A 5LNKe 5KN0A 4KUNA 1A2LA 2GSSA 3IK7A 4BA7A 2F8AA 3HVVA 4KX4A 1OVNA 4FYCA 4ZIJA 4MJEA 1WE0A 2L59A 1TKDB 1IYHA 1AQVA 4ID0A 1TRVA 2EIOA 2VCWA 1N8JA 3CBUA 4K7NA 2I3YA 2LEGA 2JSZA 4LL1B 4JBBA 4GSTA 4GWRA 3UIWA 2DJ0A 3HJMA 3J7Yk 5DAKA 3RDWA 2AHEA 2ZUPA 1EP8A 4MZBA 2FWEA 2FY6A 1X9SB 5J5NA 1C72A 3WD6A 1BG5A 2WZ9A 5KN3A 3CMIA 1Z7RA 1R4WA 4ZXGA 1MDJA 4V2MA 19GSA 1SKRB 1O8XA 4K6XA 2VLVA 2GSTA 1PX7A 4EKZA 1FHEA 1KNGA 2LJKA 2P31A 3BJ5A 1U6TA 2P5QA 1OAZA 1NM3A 4L5LA 3GTUA 2GQMA 5HFGA 2YOIA 2OKAA 2JZSA 5JWQB 3FYGA 4MZCA 1NHYA 6GSUA 4J2FA 3D5JA 3GX8A 3TUEA 1A23A 1JZWA 5D9VA 2K8VA 4IHUA 1W89A 5DJLA 2XC2A 3HYPA 5GAPD 3LYPA 1GL8A 3M0FA 2I9HA 5IOXA 3GYKA 2GSQA 3FZ5A 3G9BA 2LQOA 2YJ7A 1QMVA 2CAQA 2C4JA 2FD3A 4H86A 2FWGA 1F37A 3APQA 1SK0A 3PR8A 2IMIA 3W8JA 1TW9A 4MJBA 1A8LA 1K3YA 1J0FA 5EPFA 4BVXA 2E0QA 3ZZXA 1M2BA 1TP9A 2GTUA 1I5GA 1RK4A 2L5LA 2PPTA 1XWCA 1EGOA 1DSBA 1AW9A 2LTKA 5D9XA 4IS0A 2DIYA 5G30A 1Q4JA 5FT3A 3ZYWA 4FYBA 1YKAA 2NPBA 2P5RA 5DAKB 3DWVA 1LU4A 4OWYA 2H1DA 5G2ZA 4BWSA 3LXZA 1FVJA 1AAZA 2B5YA 3NZNA 3ZREA 3VK9A 3GH9A 2MBTA 2H76A 2NDOA 3MNGA 5F05A 3EWLA 3L9UA 3VI7A 13GSA 2GLRA 2C0DA 3HJPA 3D6IA 3C7MA 3HD5A 4ISDA 5ENUA 2AYTA 7GSSA 5DQYA 3VPTA 3UOMA 6GSYA 2B5XA 1GUKA 2CA8A 2DJ2A 5B8AA 3A2VA 5GSTA 4IN0A 4Z7XA 3Q19A 2DJJA 5FHIA 5J4UA 1YF0A 4ZB9A 2H0HA 5A5KA 2HXKA 1YJ6A 5IO2A 3VI5A 2L6DA 3DIEA 4POBA 4K9ZA 4DVCA 4GQCA 1CQHA 4KSMA 4I2UA 1V9WA 3ME7A 1JFUA 5C00A 2HYXA 1GTIA 1VF3A 2VCTA 2C3TA 2H71A 3GNJA 3IAS2 2OE0A 1TK5B 3IPZA 4KCAA 4IJIA 4JR4A 4Q5NA 5CO3A 4NV5A 4HJMA 2P0GA 3GL3A 5JCUA 2HI7A 4X0XA 3Q18A 2KUCA 3L78A 4KA0A 2CZ2A 1SKWB 3ZRDA 1GTAA 1XW9A 5AIVA 3KH7A 3O3TA 2KP2A 1A0FA 3APSA 4TR0A 3UMAA 2H01A 5L71A 4EF0A 3GMFA 4NMUA 2H19A 2BJXA 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 1PGT A;  2B3S A;  3GTU B;  1PN9 A;  1Z5Y E;  4L5O A;  5F0G A;  2PUK C;  4WR5 A;  3UJ1 A;  2QA1 A;  5JCG A;  3TKP A;  5ELG A;  5D9T A;  18GS A;  1K3O A;  3LFL A;  4TR4 A;  11GS A;  1WOU A;  1G7E A;  3TCO A;  1AIU A;  4KW6 A;  2FUG 2;  4RI7 A;  2HE3 A;  3HVS A;  3KMN A;  3ZTL A;  3TRX A;  3VWV A;  4EUY A;  3GKK A;  2RUE A;  2H1B A;  2B6M A;  1UC7 A;  1B8X A;  5IMF A;  1SEN A;  12GS A;  1EOG A;  5A4V A;  4BVY B;  3NOF A;  3W6G A;  2HRF A;  2QA2 A;  1EWX A;  1O85 A;  3L9V A;  3TKR A;  1FB0 A;  1M2A A;  2VM1 A;  2JZR A;  2N5A A;  4AGS A;  4TVE A;  4GQF A;  1DE1 A;  3RHB A;  5D73 A;  4ZL8 A;  4YAP A;  3D0Z A;  2DMM A;  5ABR A;  1Z3E A;  3K8N A;  2C0E A;  4MH3 A;  4CDO A;  1YY7 A;  1ILO A;  3O6T A;  4IKH A;  2GVP A;  1K0D A;  2AJQ B;  2K8S A;  5G1K A;  3LJR A;  2DKI A;  1SKS B;  1BJX A;  3APO A;  1O7U A;  4TR1 A;  1GSS A;  1GUM A;  4YH2 A;  8GSS A;  4HU7 A;  4XS6 A;  3EIN A;  2YWM A;  5ECS A;  1UA5 A;  3RBT A;  4K8M A;  1XZO A;  3CXG A;  4IEL A;  3ISO A;  1MTC A;  3TB2 A;  3TOT A;  1V2A A;  3L4N A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4XRAA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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