4CDOA

Crystal structure of pqbp1 bound to spliceosomal u5-15kd
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
171
structure length
150
Chain Sequence
MLPHLHNGWQVDQAILSEEDRVVVIRFGHDWDPTCMKMDEVLYSIAEKVKNFAVIYLVDITEVPDFNKMYELYDPCTVMFFFRNKHIMIDLGTGNNNKINWAMEDKQEMVDIIETVYRGARKGRGLVVSPKDYSPYPSPGAVLRANAEAS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Cell cycle
molecule keywords THIOREDOXIN-LIKE PROTEIN 4A, POLYGLUTAMINE-BINDING PROTEIN
publication title Mutations in the Pqbp1 Gene Prevent its Interaction with the Spliceosomal Protein U5-15Kd.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 47
structure length 150
sequence length 171
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02966 DIM1 Mitosis protein DIM1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4cdoA00
3F6DA 2H75A 4MJBA 4NAXA 3KMOA 1E2YA 2BMXA 3VLNA 3APOA 4O32A 1Z7RA 2I4AA 2R6KA 4ZB8A 4HOJA 4N30A 3LEFA 1PSQA 4MZWA 2J9HA 4OMVA 5G5EA 3WGXA 3M9KA 2A4VA 1SU9A 2GQKA 1X9SB 6GSVA 5GAND 3QFAC 2OE0A 2IFQA 4JU5A 1AXDA 1R5AA 2R3XA 4MF6A 2VL3A 1BX9A 2CX4A 3TRPA 1O7UA 2H0GA 4ZXGA 4ECCA 1W4VA 2JACA 1DUGA 17GSA 4RQXA 4JZQA 3S9FA 5D9VA 3ZVJD 1BQ7A 18GSA 1XWGA 4MDCA 4P3YB 3KP8A 2YANA 4XS4B 1FG4A 4ISDA 1PGTA 4X43A 3RPPA 4EO3A 4N0ZA 3LFLA 4YQVA 4HZ2A 4YAVA 12GSA 4PQIA 1QMVA 3LGCA 2JL4A 4XCSA 5IQYA 2JSYA 4HS1A 3DEXA 5ECOB 2REMA 1AW9A 4EL1A 3A5WA 5CRGA 2V41A 1FHEA 1NHYA 4DEJA 1GSEA 3HZ4A 2VL2A 2P5RA 3Q6OA 3O76A 3W8JA 4IELA 1N2AA 1XPVA 1R5PA 1NHOA 2X8CA 1OC3A 5IMFA 4HJ2A 2ALBA 2J23A 2LNTA 1XW5A 2C1YA 2IMIA 4GSTA 3CSJA 5DALA 1SENA 3EU4A 4ZL8A 4IP6A 2E7PA 3QAWA 4ECBA 3TDGA 4AF2A 3KTLA 4ML6A 3CTFA 2AAWA 4Q5RA 1M2BA 5IOWA 1FVJA 2RM6A 2YJ7A 3K8NA 5G1LA 2C3TA 2GDRA 5CREA 4Z7XA 3LJRA 4RI6A 4RUVA 3R2QA 3H93A 5IMCA 4V2LA 4IQ1A 5F0GA 5LD0A 3IDVA 1U88A 1TK5B 3LXTA 3A2WA 2GT5A 2H71A 8GSSA 2Z9SA 4D73A 5AN1A 3GSTA 5A4UA 4MJEA 2VCZA 1JLWA 1HYUA 3ZIVA 2YZHA 1NW2A 1OKTA 4MJCA 2MBTA 1WOUA 4OCFA 4TXVA 4ZILA 1A8YA 3F63A 3QDNA 4X1UA 1T1VA 4POLA 4G9HA 2GSRA 4FH8A 2HFDA 2F3MA 2YPMA 1M2AA 3LXZA 3FW2A 4ZBAA 5B7CA 1ZZYA 4HQZA 1F6MC 2XC2A 4G19A 1XFLA 6GSYA 1EOHA 1GUMA 3TCOA 2HSHA 2YWMA 2V2GA 2CV4A 3IA1A 2WCIA 1LU4A 2FA4A 4Q5QA 1GSQA 1GULA 2BTOT 3WD6A 1CQGA 2PWJA 3TKQA 1OE7A 3TKRA 1FO5A 2VO4A 1PMTA 2GTUA 3HCZA 2FCHA 2WB9A 4K1FA 1Z3EA 2P31A 4MABA 5CO3A 5COHA 2H66A 1YQ1A 1X9WB 5ECSA 5LCZA 3VPQA 1PL1A 3H4KA 3VPTA 1K0NA 1FOVA 2VAFA 2IPAA 1HD2A 3UIWA 4WBRD 4KA0A 4GQCA 2IN3A 3LQ7A 1M99A 2CZ3A 5KN1A 2IJYA 5G5FA 3ME8A 2FHEA 5EVOA 3TRXA 4BA7A 2F51A 3A2VA 1F3AA 4KAEA 2YJHA 5ELGA 1XOBA 4FIWA 2M80A 2GVPA 4TR1B 1I9DA 2HI7A 2XBIA 2VUPA 4WR4A 1GSSA 3UMAA 1EP7A 4J2FA 4WBJA 2H6YA 3UBKA 2X8GA 4AJ7A 4MF7A 4N11A 3LWAA 4LA1A 1GP1A 2LV3A 2ZUPA 1GUHA 5B8AA 4FYBA 1A0FA 4GQFA 1JHBA 2KOKA 1RQMA 2VL2C 1LBKA 1W89A 4ECIA 1G6YA 5FWGA 2LSTA 5ECKB 2FWEA 1OC8A 16GSA 1K0MA 4PURA 2YZUA 2OE3A 3TKSA 2ON5A 2K6VA 3RBTA 3UEMA 3C8EA 1M7TA 3KCMA 4TVEA 1XZOA 3IK9A 5ECPB 1X5CA 2C80A 1ACVA 2YWOA 2PPTA 2V1MA 5ECMB 5ID2B 3DRNA 2M72A 2GQMA 4EF0A 1EV9A 1IYIA 1XWKA 4NWYA 4PNFA 1M0UA 3HZ8A 4GCIA 2A2RA 3F6FA 2LNSA 5B6MA 4V1Ap 5F06A 1O8XA 5ECQB 3O3TA 1ERWA 3DVXA 2DJ3A 1A2MA 2IMEA 1XW9A 2NVLA 1XBSA 4I5QA 20GSA 5J5NA 1BAYA 1SD8A 1GSUA 3L9UA 1FAAA 1ML6A 3ZREA 5G31A 3PH9A 3QAGA 5HQPA 4K2DA 1OC9A 2LTKA 2BJXA 3QOUA 4PNGA 2L4QA 1DE1A 3IBHA 2YWIA 5EPFA 3TOUA 5CYYA 1EEMA 4TXOB 3QD9A 1ZL9A 2VCVA 5JCGA 1F2EA 4KSMA 1Y25A 2O87A 2PVQA 2FY6A 1TP9A 3IV4A 1TU8A 5CNWA 2E2MA 1U3AA 2LQQA 2MMZA 5HR2A 1XWBA 1H4OA 2NBSA 4WKWA 3U6VA 2CAQA 3GKXA 1TRUA 4OFTA 1HNCA 1TRVA 4AJ8A 4XIHA 1GUKA 1YDKA 4ZL9A 5HFGA 1GTBA 2AUVA 3HXSA 5KN0A 3IK7A 2RIIA 4YQMA 4GLTA 4XHMA 1URMA 1ILOA 2JU5A 1ZYQB 1HQOA 2OBIA 1V40A 2WFCA 2LS5A 1SYRA 1A0RP 11GSA 5D96A 3BD2A 3VWXA 4K8MA 4L5LA 2H73A 3TJJA 2NPBA 1R4WA 5GZZB 3FEUA 4OO4A 5DAKA 2IFQB 5IPHA 4I2UA 2MYGA 1SK0A 4XS1A 1JLVA 4DSRA 1EGOA 4IP1A 4ZL7A 1TW9A 3QMXA 1FW1A 1V57A 1V9WA 4K7NA 1ZGNA 2RM5A 2HRFA 3UAPA 3SBCA 3GHAA 2DMLA 2F9SA 3UJ1A 2L4CA 1KNGA 2N5AA 1XOAA 1WP0A 3IE3A 1F3BA 2GT6A 2G0FA 2DC5A 3TJBA 1Z6MA 3TGZA 2P0GA 3V1WA 3BJ5A 3IAS2 2C0FA 2FLSA 3DKSA 4IS0A 5AIVA 1A2LA 5C04A 1USBA 3H79A 3TKSC 1NSWA 1EV4A 3HDCA 1Y6EA 4NXIA 1K3YA 3UVHA 3L9VA 1QK8A 3EURA 3P8WA 4JE1A 5IOXA 1YEPA 4POMA 4CHSA 3L0HA 4MF5A 4Q5NA 2GQLA 4K9ZA 1V2AA 1B48A 4ULXA 2ZCTA 2K18A 1A24A 3FZ4A 4L0UA 3C73A 2TRXA 4I97A 3GH9A 1GNWA 5KEJA 1HNAA 5IMZA 1AIUA 2R4VA 1B4PA 1JZWA 5E4WA 5J41A 3DWVA 5CP1A 3Q18A 3DYRA 1Q4JA 1PD21 4LMWA 3D6IA 2H0HA 1VRSD 2A2SA 3FYGA 3GN3A 3HJPA 3F8UA 3BBYA 1AQVA 2RUEA 1R7HA 4F9ZA 4HJMA 3ED3A 4GSNA 4ZB6A 4JRRA 4D73B 3VWWA 1M9AA 3I43A 1ZYEA 4MMMA 2I81A 1DBYA 3TRQA 2GZZA 2XPDA 1ZCPA 5A4VA 3F4TA 3IR4A 1XCCA 2HZFA 2N5FA 5F05A 3IAM2 5ECHB 2FWHA 4GF0A 2PBJA 4MZCA 2LRNA 3TUEA 4AJ6A 1BG5A 3RHCA 2WJUA 1A23A 1R26A 2VD0A 4O7HA 4MP4A 4O5RA 3QFBC 5IMDA 2AHEA 4X0XA 5CRWA 1B9XC 3M3MA 4NHZA 2H72A 4MH3A 4BWQA 4PUFC 1GRXA 1TRSA 2MZCA 1JZOA 2C4JA 2DJJA 5FHIA 3PGTA 3ZFLA 3U5RE 3FY7A 4HQSA 3HD5A 6GSXA 4JR6A 4K7OA 3EMXA 5CRDA 1SK1A 2B6MA 3LORA 1PX7A 3EVIA 2ON7A 1WE0A 2LJKA 4TRXA 3F9UA 2HZEA 19GSA 1F37A 2H1BA 1GH2A 2GGTA 4K6XA 3P7XA 4EUYA 4PX1A 4KB3A 3ISOA 1AQXA 2QGVA 4MZBA 4LMVA 3F4RA 2NDOA 3C7MA 3VURA 2PUKC 2YN1A 1OKDA 1OVNA 2B7JA 1YY7A 3MSZA 2L6DA 3VI5A 3E3EA 4O92A 5IMVA 2H70A 3E0UA 1GSDA 2F8FA 1NM3A 2H6XA 1VF2A 5HR3A 1XVWA 4IJ3A 4MJAA 3JCML 1ERUA 2GSTA 3ZMLA 2H8LA 1KEBA 4RI7A 5D93A 2H19A 3G7YA 3GMFA 3ZTLA 3M1GA 4LL1B 3NIVA 3HYPA 2EIQA 4OD7A 3GTUA 4GXZA 4JEDA 1Z7PA 4HU9A 1AQWA 3A3TA 4TKYA 2OE1A 1SKRB 3ZL5A 4WETA 2AV4A 3EE2A 1G7EA 1SJ6A 5GAPD 22GSA 2O8VB 2GLRA 5J3RA 5GSSA 4TR4A 5D9XA 3ZYWA 2CQ9A 3HJMA 3DMLA 3ZITA 5IIZA 3PINA 2O7KA 2R5GA 3GH6A 2C0DA 3RDWA 1PX6A 5D9WA 2HT9A 3EC3A 1PA3A 3DIEA 4HEA2 5DVBA 4IVFA 2VCWA 2H30A 2HE3A 4MH2A 2CZ2A 4K7IA 1EOGA 4GSSA 3NZNA 5AISA 3GSSA 1O81A 3D22A 1Z6NA 2PU9C 4H86A 3UARA 4EKZA 3GX8A 3HJOA 3IXRA 1MTCA 4I6XA 2CVDA 2ZNMA 1VF1A 1MDKA 3MNGA 1THOA 4EVMA 2E0QA 1IYHA 1EEJA 3UVTA 3I69A 1XXUA 1TI3A 2GSSA 4ML1A 4OWYA 1U3IA 4GTUA 2IIYA 2FNOA 1OC9B 2N5BA 4BWSA 2VL9A 2M46A 4KH7A 5LNKe 1GTUA 1PN9A 2C0GA 3IPZA 4ILFA 1WJKA 4TR3A 4YH2A 3FZ5A 4N10A 1AAZA 4LLRA 4V1Ag 4WEYA 3HVVA 3IHQA 1BJXA 4YAPA 4L5OA 1FB0A 5A4WA 1TRWA 4E8HA 2GZYA 2F8AA 4DSSA 1K3LA 2OBKA 4KDXA 1YKCA 1GLQA 5ECNB 3ERFA 3FR9A 2EIOA 4MA9A 2IMDA 2LKUA 5JCUA 1M2DA 5IM9A 3GFKA 5IPGA 4HI7A 2HXKA 1TK8B 5GSTA 4MCUA 2V6OA 4XRAA 3MAKA 4QQ7A 2YV9A 5B8BA 5FT3A 5H5SA 2JZSA 4FYCA 4KCAA 3J7Yk 3M9JA 3VK9A 2KP2A 3C71A 2B5EA 1X5EA 1K0OA 1TOFA 2QSIA 3TOTA 1QFNA 5ECLB 3EINA 3IOSA 3F0IA 2K8SA 2VCXA 3KH9A 1G0TA 4ID0A 3WYWA 2E2GA 5ID2A 1SKWB 1T3BA 5DAKB 4IBPA 3NOFA 3GV1A 4K0GA 2LJRA 3ME7A 3G9BA 3N5OA 4ZIJA 3M8NA 2VCQA 3TJKA 2WDUA 3GA4A 5H5RA 2IWTA 2D2ZA 4ZBBA 3GKKA 3KGKA 3CBUA 3RAZA 3GL5A 3TKPA 3FRCA 3DD3A 4PQ1A 2XBQA 1U6TA 4EXJA 2B3SA 3CTGA 3GYKA 1ON4A 3D21A 4WXTA 1WPIA 5F07A 5JCWA 1GTAA 1VGLA 3GRXA 5DJLA 1QQ2A 1CQHA 3VWVA 2VD1A 3I6AA 4PGTA 2G2QA 1YF1A 6GSWA 2K8VA 5C00A 1FB6A 3GIXA 3CRTA 2LEGA 2B1KA 1PKZA 2KLXA 4JBBA 4PUAA 2DSAA 1K0BA 1X0RA 2XHFA 2HNLA 1UVZA 4AGSA 2FWFA 2JZRA 5ENUA 2DIYA 2FA8A 1SL2B 3APSA 5DQYA 3GL3A 2OA7A 2DMMA 3GKMA 3P2AA 1SL0B 3J7Yb 2OACA 1J08A 4F0BA 4FYUA 5HFIA 2B5XA 1G7OA 2HRNA 4OO5A 5G2ZA 4NV2A 1EZKA 2X64A 1BYEA 3KIJA 1SJIA 3ERGA 2AB6A 5KN2A 2HLSA 6GSSA 2K9FA 3KXOA 2DJ0A 2C0EA 4F82A 2GS3A 4IKHA 1K3OA 1RW1A 3ERWA 4HUAA 3LYPA 2YNXA 5CAXA 5DALB 3QCPA 3M0FA 5ABRA 3VWUA 3AY8A 3KEBA 1SD9A 2MMOA 4KW6A 1YJ6A 1TK0B 3FR3A 2FUG2 5KN3A 3BOAA 4KGIA 2EC4A 1GTIA 3EWLA 3ZVJA 3G7JA 3EYTA 3HA9A 5JWRB 1A8LA 1J0FA 1PL2A 1SL1B 3MDKA 1MDIA 1XVQA 1SYXA 4FO5A 4CW9A 2DJKA 1SK2A 4KX4A 3F3RA 2IL3A 2H0IA 3FHKA 1B4QA 2OJLA 1V98A 1AC1A 1YEXA 4BPYA 5DDLA 5H5QA 13GSA 5A5KA 2YV7A 3EU3A 4EE0A 2ES7A 2IMFA 2LJAA 5G30A 4EDYA 1PKWA 5D9TA 1GSFA 3CSHA 2H76A 2LRTA 2MBSA 3GNJA 1XWCA 4F03A 3KM6A 1TKDB 3L9SA 1K0CA 4ZB9A 2HZEB 2VLVA 10GSA 1S3AA 2KHPA 4I2TA 2DBCA 4KDYA 3F3QA 4MPFA 4POBA 1FVKA 2AJQB 1N8JA 1WRYA 3LSZA 6GSTA 4BVYA 5HR0A 4IN0A 1OYJA 2C8UA 1YF0A 3SWLA 4XS4A 5D8IA 3G7IA 3Q19A 4XTSA 3QAVA 5EL8A 4TR0A 2JSZA 3FZ9A 4NHWA 3KJYA 5DCGA 3P90A 3L78A 2YCDA 2HSYA 2L57A 1C72A 1GSYA 3KH7A 1THXA 1TTZA 3ZMKA 5DCHA 5J9CA 3UL3A 4F2IA 4NPBA 1M9BA 3FKFA 2DIZA 1JZRA 2YP6A 4TOPA 2LUSA 4DVCA 3GTUB 2DJ1A 2IMKA 3W8SA 4GWRA 3CMIA 3VI7A 2QKEA 4GRFA 2H1GA 3W6GA 3US3A 4ACSA 1VF4A 1TU7A 4MPGA 1TXXA 3D4TA 1OAZA 4J56E 1ZOFA 3QR6A 2VOCA 2V6KA 7GSSA 5EY6A 5ECRB 4BVXA 2MMNA 1U87A 1X5DA 1EGRA 1O85A 1GWCA 1A2JA 2QC7A 5L71A 2R37A 1MEKA 3CYNA 1KBNA 5IMAA 1AUCA 1I5GA 1MDJA 3WGDA 1GLPA 4XRDA 4OCEA 2PGTA 4ZBDA 1O6JA 1JZDA 4WF5A 4MK3A 4HU7A 2H74A 1V58A 4K0NA 1DE2A 3DGQA 14GSA 1Q98A 1OE8A 3BCIA 1T7PB 2H1AA 2WGRA 2CVBA 2YWNA 4LL4B 3ZZXA 3LYKA 3CRUA 1ABAA 3VFIA 4KDUA 5IO0A 5ECIB 2DLXA 2R2JA 1LJRA 1WIKA 2B1LA 5JWQB 3GUSA 4TN8A 3HVSA 3KP9A 2PERA 2L6CA 3DVWA 1X9MB 3GX0A 5D73A 2I1UA 4WF4A 1Z5YE 3ZRDA 3MWHA 2WRTA 1H75A 3TB2A 1UC7A 3DXBA 1ERTA 1T8EB 3HHVA 2VM1A 3F4SA 3KMNA 4V2NA 1ZMAA 4IQAA 3CSIA 4DSSB 1T4ZA 2YOIA 1EP8A 3HY2A 3E9JB 1MD3A 1O73A 1VF3A 2H1DA 1Z9HA 4KUNA 2VLUA 1B8XA 2X99A 5JWOB 4KNDA 5INYA 2C3NA 4CDOA 4OFMA 5F8BA 2NTOA 3O6TA 3D4MA 4PQHA 4HZ4A 3UBLA 1XW6A 1B9YC 5HFKA 1GL8A 2TRCP 2PMTA 4QL9A 3L4NA 5DQSA 1S3DA 1PRXA 5CRHA 2WULA 4PXOA 4RQRA 3H1NA 4EC0A 2L59A 3Q74A 2L5OA 3A2XA 4WR5A 2CVKA 1GNEA 4J57E 3ZLPA 2FGXA 3D5JA 2I9HA 4POKA 4TR1A 1E6BA 5DBQA 4HDEA 2XPEA 1G6WA 1K0AA 1WMJA 3TJFA 3TJGA 1YZXA 1HNBA 3KZQA 2PVOC 3PR8A 1S3CA 2FD3A 1K0DA 2H01A 2VIMA 1J9BA 1QUWA 2WS2A 3GURA 2CA8A 4MLYA 3KTBA 4QL7A 1RK4A 2OADA 4NMUA 2OKAA 2I3YA 4KE3A 1XWAA 1WWJA 2JADA 1QXHA 1O8WA 2WZ9A 3TKSE 3D0ZA 2MMAA 2O89A 3CXGA 2EIRA 2CX3A 5ELAA 1ST9A 1SJZA 4G10A 5E59A 2KP1A 2CAIA 3WT2A 4E8EA 4XS6A 3WT1A 5J9BA 1XIYA 4TW5A 3C1SA 1T00A 3RHBA 3RPNA 2FWGA 4F0CA 2VCTA 3APQA 5AIXA 3FZAA 2V32A 2KUCA 3GKNA 2RLIA 1UA5A 4OFNA 4EDZA 2HYXA 2PN8A 2DJ2A 1T4YA 2GSQA 4KCEA 3BCKA 3I9V2 2B5YA 1TI1A 3FR6A 4L8EA 3C1RA 1TDIA 4NV5A 2AYTA 2RUFA 2O85A 4G2EA 2P5QA 4BL7A 4IHUA 1JFUA 4KSOA 1SKSB 5IO2A 1BEDA 2LRCA 1TJDA 4TXOA 3UOMA 2L5LA 1QGVA 1EWXA 3ZFBA 4I8BA 2C3QA 3ZIJA 1PQNA 3HVXA 2VM2A 6GSUA 4L0WA 1ERVA 2X8HA 4ECJA 4IW9A 3H8QA 5J4UA 3IC4A 5G1KA 1KTEA 1F9MA 2H6ZA 2CT6A 3HKRA 4Q5FA 2VLTA 3EMPA 3KD0A 3OR5A 3FK8A 9GSSA 5DJMA 4YQUA 4DSQA 4N0VA 3WGEA 1UN2A 5B6NA 1YKAA 2JZTA 2LQOA 4IGJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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