4DSQA

Crystal structure of peroxiredoxin ahp1 from saccharomyces cerevisiae in oxidized form
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
174
structure length
174
Chain Sequence
DLVNKKFPAGDYKFQYIAISQSDADSESCKMPQTVEWSKLISENKKVIITGAPAAFSPTCTVSHIPGYINYLDELVKEKEVDQVIVVTVDNPFANQAWAKSLGVKDTTHIKFASDPGCAFTKSIGFELAVGDGVYWSGRWAMVVENGIVTYAAKETNPGTDVTVSSVESVLAHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Snapshots of Yeast Alkyl Hydroperoxide Reductase Ahp1 Peroxiredoxin Reveal a Novel Two-cysteine Mechanism of Electron Transfer to Eliminate Reactive Oxygen Species
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords Peroxiredoxin type-2
total genus 50
structure length 174
sequence length 174
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2012-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4dsqA00
4L0UA 1KNGA 5FWGA 3H8QA 3IAS2 1T4YA 4Z7XA 2HZEB 5ABRA 3HYPA 1BAYA 1EEJA 1V40A 4TXOA 3NOFA 2WB9A 2FLSA 3I9V2 2L5LA 3UOMA 4ZBBA 2JZTA 2V41A 3KMNA 5IMVA 5J3RA 2CX3A 4ISDA 4I5QA 1PN9A 2L6DA 1ZYEA 1DSBA 2LKUA 3IK7A 3ED3A 1XIYA 4KX4A 3C1SA 4GF0A 1WPIA 1Z6MA 2DIYA 2VM1A 3GTUB 2KP1A 1ZCPA 2QKEA 2H72A 3KTBA 2NVLA 2ES7A 1R5PA 2DJJA 3APSA 4EO3A 5J9CA 2FUG2 4TR1A 5ECHB 3M9KA 3EU4A 3P7XA 1O8XA 1AW9A 3OR5A 3FY7A 2LUSA 4MK3A 5HR3A 5HFKA 3IOSA 4OO4A 2JADA 5GZZB 2H74A 2E0QA 5D9VA 3HHVA 1J9BA 2WGRA 4ZILA 2LRNA 1YJ6A 2OKAA 1M0UA 2FWHA 5JCGA 3HA9A 2O7KA 1FHEA 1XXUA 4NHWA 1AQVA 2GZZA 3GA4A 4MMMA 3KP8A 1XPVA 3FR9A 1ZZYA 3QR6A 2N5BA 1BJXA 2LJAA 2GQLA 4IJIA 3F63A 5J41A 3HJOA 4HEA2 4GRFA 2GSRA 4IN0A 2EIQA 3KTLA 5IOXA 2OE1A 4ECIA 4N30A 1MDKA 2IPAA 2X8GA 3CTFA 4CDOA 6GSYA 4J2FA 3FZAA 2YV9A 1FVJA 2XHFA 5DALA 1AAZA 5ECRB 1T8EB 4KW6A 2CA8A 19GSA 5GSSA 2KP2A 1OKDA 5IMCA 2AHEA 1SK0A 2RM5A 1WOUA 1Z5YE 3IE3A 4J57E 2YZHA 1EOHA 1XVWA 1Z7PA 2MYGA 4GSNA 3F4TA 1TTZA 2H6XA 1SD9A 2YPMA 2H0GA 3F9UA 2VO4A 1MDIA 2P31A 4POLA 2VCZA 3FW2A 2HT9A 2YV7A 1LU4A 4NHZA 1TP9A 4NV5A 3F4RA 3LORA 4ULXA 4BL7A 1A8YA 2B1KA 2E7PA 5KN0A 3TKQA 2DMMA 4OO5A 2I81A 2R3XA 1M2DA 3LFLA 2KUCA 2MMOA 3ZVJD 1A23A 4HQZA 4I2UA 1O6JA 4ML6A 2MBSA 1SKRB 1GUHA 2VUPA 5F05A 4ACSA 2JZRA 4X43A 2BTOT 4IW9A 3D21A 3DVWA 1GRXA 5IOWA 1E6BA 3GNJA 4WKWA 4WXTA 3CBUA 3D4TA 3MWHA 1EV4A 4YAPA 3ZFBA 2WS2A 5ECQB 3A5WA 4IJ3A 3UEMA 3HDCA 4EVMA 1F6MC 1PQNA 4OCEA 3QD9A 1O7UA 1WWJA 2MZCA 5ECNB 3KGKA 6GSTA 1K0AA 3DGQA 4PQIA 1QMVA 3D0ZA 2XBIA 6GSUA 5GAND 2LS5A 2I9HA 4BWQA 16GSA 3MDKA 1PGTA 17GSA 3M8NA 3P2AA 3KP9A 4XS6A 1URMA 2H66A 2R6KA 3KCMA 4NV2A 3HVXA 1ILOA 3KH7A 4EF0A 3UIWA 1GSFA 2JZSA 2NTOA 1XOBA 1V58A 1OAZA 1JZOA 3C8EA 4PX1A 2XPEA 2CT6A 1I5GA 2YP6A 1SK1A 2IMIA 5ECKB 3KD0A 3BCKA 1UA5A 1ZL9A 4JE1A 2H0IA 1A2JA 2REMA 1K3OA 1QUWA 4MZCA 5D8IA 4XIHA 5HQPA 2DJ0A 5CP1A 1FW1A 6GSVA 1J0FA 1ST9A 4EXJA 4QL7A 1SK2A 3IBHA 1OC8A 2IL3A 1WMJA 4ZL8A 5J5NA 2HFDA 5CRHA 3C7MA 3DRNA 1XWKA 1X5EA 2HYXA 5B7CA 4ZB8A 4KH7A 3TRPA 1B4PA 3A2VA 4FYCA 5D93A 3DEXA 1G0TA 1XW5A 3UBKA 1SL2B 4WEYA 2RLIA 2K18A 4H86A 3SWLA 3QFBC 5AISA 3QOUA 3C1RA 2WDUA 1X9WB 5JWOB 2K6VA 1FAAA 3VWVA 1YF0A 4MPGA 1XWCA 3ME8A 4F0BA 5ECMB 2VD1A 3BD2A 1RW1A 3S9FA 3ZRDA 1AXDA 1I9DA 5A4VA 1ZGNA 2LRTA 4I6XA 1S3CA 3IPZA 3GKKA 1ZOFA 2GGTA 4ECCA 2A4VA 3Q74A 3CXGA 3DYRA 3LYKA 4TKYA 2AAWA 2EIRA 5DBQA 2WULA 1NW2A 3WGXA 2IN3A 3ZMKA 3EWLA 3J7Yb 4F03A 2RUFA 2HRNA 3J7Yk 4QL9A 3QFAC 1K0DA 1X0RA 1E2YA 5HFIA 3L78A 5KN3A 2PPTA 2EC4A 3GURA 2HZFA 1X9SB 1JLWA 5HR0A 2AB6A 3EC3A 1BX9A 4E8HA 3F0IA 1N8JA 1ZYQB 2G0FA 3GKMA 4MF7A 4ML1A 5ID2A 5DJMA 5LD0A 2C4JA 4POMA 2CV4A 2VD0A 3VI5A 5H5RA 3VWXA 5IMFA 4D73A 3Q18A 10GSA 4MZBA 3BCIA 4ZBDA 3KMOA 5ECIB 3IC4A 1EWXA 2A2RA 3EYTA 2FGXA 3CMIA 5IPHA 5FT3A 3FRCA 2DJ3A 4ZBAA 1U3IA 6GSSA 1PSQA 4LMWA 5H5SA 4WBJA 2FHEA 2YWMA 3IV4A 3UARA 2B1LA 3TDGA 1MTCA 1M7TA 4TRXA 1N2AA 2ON7A 4LL1B 3LG6A 3GHAA 2IMFA 2VM2A 2DJ2A 9GSSA 4HI7A 4GQFA 1F37A 4NPBA 1X9MB 3KH9A 1EEMA 1TK8B 4EDYA 2MBTA 3HXSA 4K2DA 2H0HA 2H1DA 2N5AA 1T4ZA 3TJGA 4PUFC 1EP8A 2RIIA 1WIKA 3RHCA 4XCSA 1TOFA 1B4QA 3ZIVA 3NIVA 4X0XA 3FK8A 5JCWA 1Z6NA 3D5JA 3A2WA 5CREA 3WGDA 4TW5A 3IDVA 1PMTA 2GDRA 1VRSD 3GIXA 4Q5NA 1G6YA 1THXA 4LMVA 2BJXA 2WCIA 2GT5A 2H75A 4KAEA 1SKWB 2C0FA 2CAIA 3GX8A 2VLUA 5JWQB 3TJFA 3D4MA 4TXOB 3TOUA 3P90A 1LJRA 1SL0B 5DAKA 2KHPA 4X1UA 4GSSA 2IFQA 3GX0A 3N5OA 2PERA 1PD21 5KN1A 4BWSA 2YN1A 3QAVA 3BJ5A 4HZ2A 5J9BA 1A2LA 5ENUA 4XTSA 3G7YA 3GUSA 2B7KA 1UN2A 4MH2A 3GKNA 4KNDA 3R2QA 4TR1B 2B5YA 3LXTA 1YEPA 4PNFA 5IMZA 1QQ2A 1BQ7A 2VAFA 4DSQA 3L9UA 2VCTA 5G5EA 2H1AA 1GLQA 2YCDA 4L0WA 3GL3A 5HR2A 1EOGA 3PGTA 1R7HA 1PKWA 3GH9A 1O73A 3TKPA 2C8UA 2VCVA 4E8EA 1A0RP 1NM3A 5F8BA 1Y6EA 2YOIA 1GSSA 2PVOC 1YKCA 5DJLA 2E2GA 2RUEA 1AUCA 2NPBA 1F2EA 3HY2A 4HQSA 1HD2A 4DSRA 3MAKA 4FO5A 4JR4A 2F51A 2IWTA 5B8BA 4PQHA 3W8JA 4L8EA 5F06A 11GSA 5D73A 4ZB9A 5B6NA 1XZOA 3TJKA 3LYPA 4ZB6A 1K0BA 1O8WA 1YKAA 4I8BA 3FZ4A 4KDUA 4EKZA 2VL3A 3Q19A 4ZL7A 5DALB 2HE3A 1AQWA 5G1KA 1W89A 3GSTA 5FHIA 2H8LA 4KB3A 3H4KA 1FG4A 1K0NA 3TOTA 1HNAA 3WT1A 2C1YA 2AYTA 1F3AA 2DJKA 2V2GA 1XFLA 1TI1A 1JZRA 1YQ1A 2JSYA 3JCML 3MNGA 1T1VA 2GTUA 2MMNA 2H30A 1EGRA 5DCGA 4BVYA 4MJEA 3ERGA 3HVVA 3ZTLA 3TGZA 1XWGA 2AV4A 5F0GA 2R4VA 2P0GA 1OC3A 1V2AA 1ACVA 1FB0A 2B5EA 3F4SA 4N10A 3TKRA 2V32A 3ZYWA 1QGVA 1VF1A 3ZVJA 4IHUA 3QMXA 4ID0A 5E4WA 2IIYA 1IYIA 1EP7A 3ISOA 1SJ6A 2IJYA 4N0ZA 1R26A 1BG5A 4JU5A 4IP1A 2OBKA 4L5OA 1K3LA 1BYEA 4J56E 5H5QA 1AQXA 4BVXA 8GSSA 1B48A 5INYA 4PUAA 1F9MA 5JWRB 2J9HA 5KEJA 2O85A 3M3MA 3AY8A 2EIOA 4EL1A 2L4CA 4RI7A 1OYJA 3EURA 4KCAA 1V57A 4FYBA 1OKTA 4MPFA 2V6OA 1ERVA 2DBCA 5G2ZA 4MCUA 2X99A 2B6MA 2A2SA 3LEFA 2RM6A 5ECLB 3F3RA 2OE3A 3EE2A 2C3NA 4NXIA 1MDJA 3QAWA 1J08A 3M9JA 5KN2A 3ZREA 4KDYA 4MF5A 1XCCA 4DEJA 1SJZA 3LJRA 3QAGA 2H6YA 2H76A 4EE0A 1M9AA 4DSSA 2YWNA 4HU7A 5AGYA 4G9HA 3HCZA 2M72A 4OMVA 1NHYA 2H73A 2WJUA 4Q5QA 4WBRD 3D22A 4BPYA 2HSYA 4K6XA 5C00A 3VPTA 1OVNA 3HD5A 3DMLA 3FKFA 1ML6A 5E59A 1MEKA 1GH2A 1GSDA 3KM6A 3M1GA 4PGTA 1G7OA 1PL2A 1G7EA 3O3TA 5A5KA 4HZ4A 1SD8A 1CQHA 1FVKA 1O81A 1VF4A 4XRAA 2MMZA 1GTIA 2WFCA 4P3YB 3UBLA 1M99A 4EC0A 1PA3A 3GH6A 1GL8A 4FYUA 2B5XA 1K0CA 3DKSA 4HU9A 1XW9A 3UAPA 2J23A 4TVEA 3IAM2 4MJCA 3G9BA 1PX7A 3D6IA 2R2JA 3HKRA 3E9JB 3IK9A 3GFKA 2GVPA 3I6AA 2OACA 3EMPA 2F3MA 5AIXA 5EPFA 1CQGA 1TRVA 5EY6A 3TKSE 3L9VA 3G7JA 5DVBA 1Z3EA 1OC9B 1GNWA 3IR4A 3IRAA 4OFTA 5ECOB 1BEDA 1GNEA 3V1WA 2LNTA 3TKSA 2GT6A 1RQMA 5L71A 2F8FA 4JR6A 2X8HA 4HS1A 4BA7A 2ZUPA 3GL5A 4JZQA 4OFMA 2K8VA 1SJIA 1WJKA 2LQOA 5ECPB 2CVBA 1S3DA 1Z9HA 5AIVA 1RK4A 1PKZA 1Q4JA 1JFUA 4WF4A 2HLSA 1AIUA 2F8AA 3DIEA 1GSUA 2D2ZA 5ID2B 1JZDA 3GYKA 4HJ2A 18GSA 4D73B 5D9WA 1TRWA 1TU8A 2VOCA 3U6VA 4MZWA 2E2MA 4HOJA 3EU3A 3HZ4A 2VLTA 4KSOA 4KCEA 2OBIA 4GXZA 2H1BA 5G1LA 2LV3A 3ZITA 2C0EA 4TOPA 2L57A 2IMDA 4LLRA 3GSSA 1THOA 2YANA 2QGVA 1U3AA 2TIRA 4MF6A 2R5GA 1TKDB 1USBA 1GUKA 4POBA 4XS4A 5GSTA 1ERTA 4OFNA 4AJ6A 2H6ZA 4ZXGA 1YEXA 2FA4A 4I97A 1ERWA 4AJ7A 1EV9A 1M2AA 2FWFA 3WGEA 4MA9A 4TR3A 1GUMA 3L9SA 3RPNA 2DC5A 2LEGA 3A2XA 3TUEA 3VWWA 3IA1A 3FYGA 1HNBA 2JSZA 7GSSA 3FEUA 2LQQA 5F07A 1Z7RA 2V1MA 1VGLA 4O32A 2OE0A 1A8LA 4V1Ap 2GQMA 3EMXA 2P5RA 1TK0B 2FWEA 3LXZA 4AGSA 4JEDA 2FY6A 1S3AA 1SYXA 2GS3A 3P8WA 2AJQB 1NHOA 5EL8A 2CQ9A 1T7PB 1TXXA 2JACA 3KXOA 1U87A 2X64A 4KA0A 1HQOA 2G2QA 1TW9A 2NDOA 4LA1A 4N11A 2FWGA 5A4UA 1F3BA 20GSA 6GSWA 5ELGA 2PUKC 4EDZA 3F6DA 5IIZA 2WZ9A 4I2TA 3GKXA 5HFGA 5DAKB 2YJHA 2CAQA 2HZEA 1R4WA 2DLXA 5C04A 3O76A 4OWYA 3UMAA 2IFQB 1SYRA 5CRGA 4MH3A 3F3QA 3KJYA 13GSA 4GTUA 2B3SA 1SU9A 3PINA 2HNLA 3TJBA 2GLRA 2I1UA 2P5QA 3GTUA 2X8CA 1JHBA 4WR5A 4GWRA 3IHQA 3BOAA 3QDNA 2V6KA 4YAVA 1GSQA 1T3BA 1YZXA 5CAXA 3VWUA 4YQUA 2OA7A 1PX6A 5IO2A 3US3A 2QSIA 4YH2A 4IELA 5DQYA 5G5FA 3WT2A 5ECSA 3PH9A 3EVIA 14GSA 3GN3A 3ZIJA 4WETA 2VCWA 1V98A 2XPDA 5J4UA 2GQKA 1A2MA 4ILFA 3DWVA 3TRQA 4K1FA 2YWIA 3TKSC 3E3EA 1PRXA 2ON5A 4FH8A 2DSAA 4IQAA 1KTEA 2NBSA 2ZNMA 4ECBA 3DXBA 1IYHA 2Z9SA 2H70A 2YZUA 3UL3A 5D96A 3ZLPA 2L59A 4EUYA 4POKA 4NWYA 1DUGA 2CVDA 4IQ1A 3H1NA 5IMAA 4YQVA 2LSTA 4KE3A 4YQMA 3QPMA 1MD3A 4GLTA 3UVTA 4QQ7A 2QC7A 4NAXA 5G30A 2PGTA 3FZ9A 3BBYA 1GLPA 1XBSA 2BMXA 4WR4A 1ERUA 3NZNA 3VFIA 2XBQA 3CSJA 5ELAA 2I3YA 1DE2A 4HUAA 1UVZA 2C0GA 1SKSB 1FB6A 1QXHA 4IP6A 2C3TA 3M0FA 4KSMA 2GZYA 2FCHA 2OJLA 1OE8A 1X5DA 4RQRA 2YNXA 2O89A 5IMDA 4NMUA 2H71A 3RDWA 3FR3A 3CRUA 4GSTA 3UJ1A 1X5CA 3HJMA 3K8NA 1VF2A 3LWAA 4V2NA 3C73A 3VLNA 5LCZA 1FOVA 1DBYA 2N5FA 3ZFLA 4G10A 1B8XA 5CO3A 3SBCA 3UVHA 3GMFA 1TDIA 5IQYA 4O92A 2KLXA 2H19A 1GSYA 4K7NA 4KDXA 2YWOA 1W4VA 4ZIJA 1YF1A 2GZPA 3LGCA 4F0CA 1XW6A 2VL2A 3WD6A 1XWBA 4V1Ag 2PU9C 1EGOA 4XHMA 4TXVA 4N0VA 3L4NA 22GSA 4F2IA 4OCFA 5CRWA 4TN8A 2R37A 1H75A 3HZ8A 5IM9A 5CNWA 4PXOA 3ERFA 4CHSA 2LJKA 4GQCA 5IO0A 3MSZA 2M80A 3FR6A 3VPQA 1GWCA 3ERWA 3RHBA 3KEBA 2WRTA 4PNGA 2GSQA 4Q5RA 3CRTA 3EINA 4O7HA 4V2LA 3ME7A 2B7JA 4IVFA 5A4WA 5D9XA 2HXKA 1JZWA 1TRUA 3W6GA 5JCUA 1KBNA 4DSSB 1HYUA 2JL4A 2ZCTA 5GAPD 1MD4A 3KIJA 4MJBA 1VF3A 4O5RA 4KUNA 3C71A 1TU7A 2I4AA 2OADA 4RI6A 4AJ8A 1JLVA 2VLVA 1G6WA 3KZQA 1YDKA 2VCQA 3CSIA 3LQ7A 1WP0A 2L4QA 5CYYA 3IXRA 4L5LA 2PMTA 3WYWA 4G19A 2PBJA 2M46A 12GSA 3CTGA 5HR1A 2FD3A 4TR0A 3QCPA 2PWJA 1C72A 2LTKA 1SENA 2DMLA 2TRXA 3RBTA 3O6TA 4V2MA 1DE1A 1YY7A 1XWAA 4JRRA 3H79A 1GULA 1QFNA 1UC7A 2DIZA 4IKHA 1LBKA 5COHA 4ZL9A 3HJPA 3FHKA 4RQXA 4CW9A 3APQA 1A24A 1Q98A 2C3QA 1A0FA 3HVSA 4KGIA 5LNKe 2CZ3A 2HRFA 3FZ5A 1O85A 3TCOA 4PQ1A 5DDLA 3GV1A 5DQSA 4IGJA 2XC2A 4HJMA 2JU5A 2L5OA 3H93A 6GSXA 4ECJA 2MMAA 3TRXA 1WRYA 4OD7A 2H1GA 1GSEA 5D9TA 1OC9A 5B8AA 3F8UA 3DD3A 1M9BA 4MDCA 1Y25A 1KEBA 1U6TA 2IMEA 3RAZA 2CVKA 4LL4B 3W8SA 3GRXA 2GSTA 2AUVA 4RUVA 1XOAA 2K8SA 3N9JA 1U88A 1NSWA 3Q6OA 2FA8A 1AC1A 4IBPA 1TK5B 2VL9A 3I69A 4AF2A 3RPPA 1EZKA 4K9ZA 2YJ7A 4FIWA 4DVCA 2IMKA 1M2BA 2F9SA 4MJAA 2L6CA 4XS1A 5IPGA 4TR4A 4Q5FA 1TJDA 1V9WA 1R5AA 3VI7A 2CZ2A 3VK9A 4XRDA 5G31A 1TRSA 1WE0A 2TRCP 2GSSA 5EVOA 4K7OA 1XVQA 2VL2C 3G7IA 4K0NA 5CRDA 1GTAA 3F6FA 2O87A 4MABA 3APOA 4WF5A 3VURA 4GCIA 4F82A 2DJ1A 2PN8A 4JBBA 3A3TA 2VCXA 4XS4B 1K3YA 1GTUA 4F9ZA 1GP1A 3ZMLA 3LSZA 2O8VB 3I43A 4K0GA 1GTBA 3ZZXA 2HI7A 2C80A 4HDEA 5DCHA 2LJRA 4IS0A 3TJJA 1ON4A 2FNOA 4PURA 5B6MA 2CX4A 1K0OA 1B9YC 2K9FA 1FO5A 2KOKA 1T00A 1HNCA 3E0UA 1B9XC 2VIMA 1H4OA 1PL1A 2LRCA 4K8MA 1OE7A 2C0DA 1QK8A 3CYNA 2ALBA 1K0MA 2H01A 3U5RE 3TB2A 1TI3A 3CSHA 2HSHA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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