4DSRA

Crystal structure of peroxiredoxin ahp1 from saccharomyces cerevisiae in reduced form
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
174
structure length
174
Chain Sequence
DLVNKKFPAGDYKFQYIAISQSDADSESCKMPQTVEWSKLISENKKVIITGAPAAFSPTCTVSHIPGYINYLDELVKEKEVDQVIVVTVDNPFANQAWAKSLGVKDTTHIKFASDPGCAFTKSIGFELAVGDGVYWSGRWAMVVENGIVTYAAKETNPGTDVTVSSVESVLAHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Snapshots of Yeast Alkyl Hydroperoxide Reductase Ahp1 Peroxiredoxin Reveal a Novel Two-cysteine Mechanism of Electron Transfer to Eliminate Reactive Oxygen Species.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Peroxiredoxin type-2
molecule tags Oxidoreductase
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 51
structure length 174
sequence length 174
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2012-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4dsrA00
2C3TA 3O76A 5COHA 1AAZA 1IYIA 2VL9A 2K8SA 2GSTA 3HJMA 4EC0A 3EU4A 1GRXA 2WCIA 4ECBA 1Z5YE 1M2DA 3P90A 2FWFA 1DE2A 3BOAA 2DIYA 3IBHA 4GLTA 2ZUPA 4IJIA 3KTBA 1O81A 2VCWA 5J3RA 4TR4A 3EMPA 2IMKA 3CYNA 3HZ8A 3JCML 5IO0A 2ALBA 3EURA 4TXOA 3FR9A 2K9FA 3D4TA 22GSA 3LFLA 4KW6A 4GF0A 1OAZA 4ZL8A 3RHCA 1PKZA 4YQUA 4OFTA 3J7Yb 3O6TA 2B5EA 3ERWA 4WXTA 2YZHA 2YWNA 5IMAA 4ML1A 2P5RA 4Z7XA 1I9DA 2D2ZA 4TW5A 4K1FA 5EPFA 1TRSA 3ZZXA 2CA8A 1S3DA 4NV5A 3OR5A 2LEGA 3VPQA 4NPBA 3C1RA 1O8WA 3HCZA 1AXDA 2OADA 3GL5A 1F3AA 1AIUA 2KHPA 1TTZA 1MTCA 3US3A 3RHBA 1FG4A 4I97A 3QPMA 3DIEA 3TDGA 2H0IA 2PU9C 3GTUB 4MZWA 3CBUA 1F2EA 2K18A 3L9UA 1HQOA 2HSYA 4MABA 2V41A 1ZOFA 2WS2A 3RPPA 4FYUA 3LYKA 1ZL9A 2XPEA 2AHEA 5GSSA 5IO2A 3W8SA 2G0FA 2WGRA 3VFIA 4ID0A 3FEUA 1H75A 2GQMA 2YNXA 3VLNA 3M0FA 1U3AA 1V98A 2YZUA 1FOVA 16GSA 3IOSA 4RQRA 2F51A 4V2NA 1TK0B 4PQIA 1B9YC 4XRAA 2LUSA 3DWVA 1SL0B 1ZMAA 1R5PA 4V2LA 3IV4A 2MMOA 4MF5A 1PX7A 3GSTA 5JCGA 4BPYA 4MJCA 4JU5A 4IKHA 1XW5A 2REMA 3U5RE 4KNDA 2DLXA 1E2YA 4NV2A 2X8HA 3H93A 2VAFA 2XBQA 4KB3A 3AY8A 12GSA 5DDLA 2FLSA 1NHYA 2IL3A 4MZCA 2TIRA 1XCCA 5B6NA 4G9HA 1SYRA 1QXHA 1W4VA 1YKCA 4ZBAA 3GA4A 4HU7A 3KXOA 3BJ5A 3E0UA 5H5RA 2GVPA 2MMAA 4YAPA 3A5WA 3HY2A 5H5SA 4KX4A 1WOUA 1VGLA 1ERTA 3MDKA 2DJJA 2C0DA 1V40A 1GL8A 3TKRA 1XWKA 5CRGA 1F3BA 3M3MA 1JLVA 2GT5A 2H1BA 4EO3A 2C0EA 5ECPB 1K0NA 3QMXA 2HT9A 1PMTA 4BWSA 2YANA 4MF7A 3F4RA 2CZ3A 1BYEA 5B8AA 1QFNA 6GSYA 3LYPA 4X1UA 2CX3A 5AGYA 2CX4A 2H30A 1A0RP 2B6MA 2CAQA 4TXVA 1GLQA 2HYXA 5IPGA 3QD9A 2IIYA 5ECKB 1SD8A 2EIQA 3W8JA 5ELGA 1BJXA 4NHZA 4OO4A 2MZCA 3GKNA 3C7MA 2KUCA 2GQLA 1W89A 5GAND 3F6DA 6GSXA 3A2XA 2HZEB 4IP6A 1EP7A 5HQPA 1O73A 4GSNA 1TXXA 3D6IA 4TKYA 3EVIA 4MK3A 1WRYA 3GX8A 2OE3A 1V9WA 1WMJA 3KP9A 4DSRA 1VF4A 3UVTA 2H0HA 2ON7A 1XPVA 3LEFA 4F2IA 2LRTA 1Z7RA 3F63A 1NM3A 1GTBA 5A4UA 4MH2A 1GUMA 3CSJA 18GSA 3BCKA 1ZGNA 3ZL5A 4ECJA 4QL7A 3MAKA 2OKAA 2C3QA 5D9TA 5KN2A 3QDNA 2QKEA 2FGXA 3GURA 2R2JA 4POLA 1YQ1A 4K7NA 5ID2B 4L0UA 1PA3A 5G2ZA 1EEMA 1Z7PA 3QFAC 2LQQA 1GH2A 1T7PB 4ZB6A 3VI7A 1YJ6A 5IMZA 1TRVA 4POMA 4GWRA 5G30A 2VLVA 1YY7A 1J0FA 1G6WA 2JZRA 3ERGA 9GSSA 4K7IA 4EVMA 4XCSA 2CVKA 3MNGA 2EIRA 3CTFA 1TRWA 4HJ2A 5EY6A 3KJYA 3TRPA 4EF0A 2VUPA 4TR1B 2V2GA 2B3SA 1MD3A 2H01A 4MJAA 3C71A 4ULXA 5J9BA 4LA1A 4OO5A 4ECIA 4KUNA 3D22A 3TKSC 3ZVJA 3VK9A 3TJJA 2H73A 2CZ2A 2ON5A 5HFKA 1TK8B 4N11A 3IC4A 4AF2A 1XW9A 1KNGA 1M2AA 3O3TA 2FA4A 2GLRA 2HE3A 1WWJA 3I43A 2XC2A 4DSQA 1GSFA 2M72A 2R6KA 1ML6A 4MP4A 4EDZA 5G1KA 2B5YA 2EC4A 2V32A 1QK8A 4OCFA 3UAPA 5DALA 2E2GA 1K0OA 3GV1A 1XOBA 1EEJA 1X9MB 3IK7A 1U6TA 1F37A 4BA7A 1I5GA 4AJ6A 3C1SA 4WF4A 1GWCA 3N9JA 1UN2A 4V2MA 1BG5A 4IBPA 4OFMA 5A4WA 4JRRA 2VL3A 3CRTA 2HRNA 2YV9A 1R7HA 4NAXA 2IWTA 1EOGA 2VOCA 5JWRB 2H66A 5DCGA 3GKKA 5A5KA 5B7CA 2R3XA 4ZXGA 2VCVA 5CAXA 4K0NA 4O92A 1EGOA 2O85A 3H1NA 5JWOB 3ZVJD 2PGTA 2HZFA 5ECIB 4RUVA 2LSTA 1UVZA 2R4VA 3HJOA 2IN3A 4TN8A 5DAKA 4KGIA 3ZREA 2E7PA 4MDCA 2C80A 5CNWA 3VURA 3APSA 2QSIA 4O5RA 5J9CA 2RUFA 4L0WA 3ZFLA 1EWXA 20GSA 2DMLA 2I1UA 4EL1A 4L5LA 1AW9A 1K0AA 1T4ZA 4N0VA 2LS5A 1K0DA 1MDJA 1OE7A 2LNTA 3DXBA 3F3RA 2LJKA 5CO3A 1X5CA 4OFNA 4HU9A 5HFGA 5D73A 3RAZA 1TRUA 3F0IA 3QCPA 1M7TA 4WBRD 3RBTA 1A24A 3NOFA 2DJ2A 1VF2A 2PBJA 5HR1A 5DBQA 2ES7A 2YN1A 2KLXA 4WETA 2O89A 3ZFBA 4CDOA 1GTIA 2C0FA 3GFKA 3M1GA 3F4TA 2KP1A 3TKSE 3WD6A 1THXA 2GT6A 4TXOB 5DVBA 3EE2A 4ACSA 1M0UA 5JCUA 2PMTA 3TRXA 2GTUA 3QOUA 1XIYA 1GSYA 1DUGA 2WB9A 5ECLB 2AJQB 5DJMA 4POKA 3D5JA 3GN3A 1ABAA 2FHEA 1VF3A 1JZRA 3Q74A 4OMVA 1FVJA 4BL7A 5CRHA 2R5GA 2KOKA 1B8XA 5ECNB 1FB6A 4OD7A 1FB0A 4DSSA 5INYA 3IAM2 3IA1A 2VL2C 2J23A 1S3CA 2DJKA 1R4WA 2OACA 1KEBA 3DVWA 1TI3A 2VCQA 3GX0A 5AISA 3LGCA 6GSSA 1M2BA 2IMDA 2PPTA 3PINA 3PH9A 1PKWA 1SK0A 5G5EA 1GNWA 5ECRB 1N2AA 4RQXA 1AQXA 1ERUA 1SK2A 3HKRA 4LLRA 5HR2A 3KTLA 2YJHA 4HOJA 4I5QA 5DCHA 1CQGA 2V6OA 2J9HA 4WKWA 2AAWA 2PERA 2WFCA 1R26A 3LXZA 2F8FA 2FNOA 5D96A 2F8AA 1A8YA 1AQVA 3A3TA 3VWWA 3LJRA 2IMIA 4JR6A 2H76A 4HS1A 2X8GA 5KN1A 4WR5A 3DGQA 4KE3A 1WE0A 4NMUA 3MSZA 2M46A 1T8EB 1ERWA 4IP1A 3ME7A 1YEXA 3CTGA 3GUSA 2HRFA 4PX1A 3VWXA 3KEBA 1F6MC 2CV4A 2XPDA 3HJPA 4K2DA 2I9HA 2N5BA 3DYRA 6GSTA 4PQHA 3QAWA 4MLYA 5C00A 2DJ3A 2C0GA 3DKSA 3SWLA 2R37A 3L78A 4IQAA 2CVBA 1SKSB 2B1LA 1LU4A 1C72A 2XHFA 5LNKe 2CQ9A 5ECSA 2E0QA 4AJ7A 3I9V2 1PQNA 2P0GA 1URMA 2IFQB 1TU8A 4K0GA 4JR4A 2GSQA 4OWYA 4TOPA 1GTAA 2DSAA 4KAEA 3DRNA 4YQVA 1AUCA 1VRSD 3KH7A 1SJ6A 1G0TA 1QGVA 4IELA 1SENA 5IM9A 3L4NA 2HNLA 1XVWA 3G7JA 4ILFA 2V1MA 3UJ1A 4GXZA 3FR3A 2XBIA 3KZQA 4GCIA 1GNEA 4F9ZA 5D9VA 5DQSA 1SKWB 1HNAA 4OCEA 1QMVA 4EDYA 3ISOA 5KN0A 4I2UA 2OBKA 3GIXA 4IQ1A 2GZPA 3HA9A 4WF5A 4X43A 4KCEA 1Z9HA 4GTUA 2LRNA 3ZRDA 2YV7A 1X9SB 3HD5A 1DBYA 1ST9A 2HSHA 3F4SA 1WJKA 4XRDA 1YDKA 1PL1A 3FYGA 4F82A 3EU3A 3APOA 8GSSA 4MPFA 4K9ZA 2VLUA 4KDXA 2AB6A 1A8LA 1OVNA 3BD2A 5F07A 1M9BA 4TRXA 5KEJA 1GUKA 3PR8A 5LD0A 2VM1A 2PUKC 3VWUA 5CRWA 3G9BA 3KIJA 4PURA 3UBKA 1OKDA 3M9KA 4TVEA 5CRDA 5D8IA 2C8UA 3IHQA 1SYXA 1HNBA 1U88A 4WBJA 3L0HA 5DQYA 2RM6A 3QFBC 3J7Yk 3GRXA 4TR3A 5G1LA 1TP9A 4KSMA 3F8UA 3GHAA 5AIVA 2GQKA 3TKPA 1K3OA 4PQ1A 3FHKA 1A2LA 2CVDA 3LXTA 4HEA2 2DJ1A 19GSA 1H4OA 1EGRA 4HUAA 4XS4B 3HVXA 1T4YA 4F0CA 3DD3A 11GSA 2P5QA 4D73A 2GSSA 4HDEA 2YP6A 2IMEA 4QQ7A 2H1DA 5D9XA 3Q18A 4IW9A 1OYJA 5IPHA 1GSUA 2AUVA 3P7XA 5ECHB 2JL4A 1KTEA 1ERVA 3F3QA 3EWLA 1SD9A 1KBNA 1J9BA 1OC9B 3WGDA 4J2FA 5H5QA 2OJLA 3FW2A 1YEPA 2CAIA 2OE1A 2C4JA 2F3MA 1JZOA 2EIOA 4CHSA 2B7JA 3TRQA 3FY7A 5AN1A 2H72A 2HFDA 2L6DA 4FO5A 2PWJA 2LJRA 1HNCA 1QQ2A 1MDKA 7GSSA 2JU5A 4E8EA 2DC5A 1JZDA 4N10A 4G10A 4MH3A 2CT6A 4BWQA 4PNGA 3FRCA 4WR4A 3WGXA 2A2RA 3WT2A 3FZAA 5DALB 2GS3A 1A2MA 3W6GA 2L6CA 5FHIA 2YWIA 4XTSA 1ZYQB 2H70A 3LG6A 4V1Ap 5E4WA 4XS6A 2WZ9A 2RLIA 3KH9A 2QC7A 3KMNA 4IGJA 1TW9A 2PVOC 2L4QA 3FZ4A 3KM6A 2PVQA 4IHUA 3M8NA 2RIIA 1B4PA 2C1YA 1ZZYA 3LWAA 4J56E 4KA0A 1B4QA 2YWOA 1U87A 1PGTA 1XZOA 3FR6A 3FZ9A 2PN8A 4MMMA 2O7KA 5C04A 1NW2A 1WPIA 4NHWA 2AV4A 2JSZA 4QL9A 2VLTA 1OC8A 5GSTA 2YPMA 2RM5A 4ZBDA 3Q6OA 2JACA 4ZILA 3BCIA 3TKSA 2A2SA 4XHMA 1Q4JA 4NWYA 3EMXA 1TI1A 2MMZA 4HQZA 3H4KA 1YF0A 2WJUA 3IAS2 3GKXA 4N0ZA 5ECQB 1XBSA 5DAKB 2H6XA 3UVHA 5ECOB 2IPAA 3HVVA 2VM2A 5IMFA 3IRAA 2HI7A 3GMFA 4YAVA 3ZYWA 1Z6NA 3TOUA 3VPTA 4J57E 3WGEA 4ZL7A 3TJBA 4FYCA 5JCWA 1VF1A 3IK9A 4F0BA 3GSSA 1TU7A 3KCMA 3GH6A 2N5AA 3SBCA 5A4VA 4EKZA 3CRUA 1ILOA 1K0MA 2H19A 1V57A 14GSA 2GSRA 1GSEA 3F6FA 4JEDA 1A23A 5ENUA 4GSTA 1T00A 1OE8A 2GZYA 1Z6MA 4G19A 1MD4A 2FCHA 3HVSA 5ABRA 1LJRA 2IJYA 3WT1A 2OBIA 5IIZA 3FK8A 3KP8A 3TOTA 1JZWA 1SL1B 1YF1A 1GSSA 4K6XA 3TJFA 3QAVA 4KH7A 2BMXA 2FUG2 5F06A 4ECCA 4O32A 4IS0A 2LV3A 2NPBA 2FWEA 3ME8A 1LBKA 5F8BA 4DEJA 1ZCPA 1G6YA 3A2WA 3WYWA 4DSSB 1X5DA 3DMLA 1CQHA 2AYTA 3FZ5A 5IMCA 2H1GA 1USBA 3ERFA 3UIWA 2O87A 5J4UA 3UBLA 3V1WA 1Q98A 3ZLPA 2F9SA 4KSOA 5CP1A 3GH9A 4GQFA 5FWGA 1ON4A 3GTUA 5HFIA 4I2TA 2TRXA 3EYTA 2LQOA 4I6XA 2H6YA 3F9UA 4MZBA 4YQMA 1GULA 1A2JA 1MDIA 5HR0A 2HLSA 1QUWA 4HZ2A 3ZIVA 3S9FA 4MPGA 3LORA 4KDYA 1K0BA 4RI6A 1X9WB 1F9MA 3U6VA 2KP2A 2NBSA 2NDOA 2FWHA 3TUEA 1AC1A 3D0ZA 4HZ4A 3QAGA 5FT3A 4MF6A 3QR6A 1O7UA 1MEKA 2X64A 3R2QA 1O6JA 1K3YA 1E6BA 2H71A 1XFLA 4MJBA 3ZIJA 4K7OA 2X99A 2G2QA 2JZSA 4HI7A 2H0GA 2VCTA 2H6ZA 4ML6A 1RK4A 3D4MA 3L9VA 2VCZA 3IR4A 1SL2B 2H1AA 2E2MA 3UOMA 1PN9A 2YWMA 1EZKA 4PNFA 4EXJA 5KN3A 5IOXA 2I3YA 2OE0A 1FVKA 2B7KA 2VL2A 1PL2A 1SU9A 6GSUA 3NIVA 4GSSA 2MYGA 5AIXA 1B48A 2B1KA 1EV4A 3GNJA 1GP1A 17GSA 2WDUA 4N30A 1FAAA 4BVXA 1TDIA 4GRFA 1YZXA 4V1Ag 2DBCA 2LKUA 2JSYA 4EE0A 1NSWA 2IFQA 2FY6A 2DIZA 3P8WA 1G7OA 3GKMA 3IXRA 3C73A 2MBTA 3TB2A 1TK5B 3K8NA 4JZQA 4ZL9A 3VI5A 10GSA 5F0GA 3ZMKA 1GUHA 6GSVA 1TJDA 2N5FA 1M99A 4YH2A 4Q5FA 3UARA 3P2AA 4FYBA 4NXIA 3ED3A 4ZIJA 2FA8A 3N5OA 4HQSA 1EOHA 4L5OA 2M80A 2HZEA 1PD21 4FH8A 3FKFA 3PGTA 1M9AA 4KCAA 3E3EA 3M9JA 4PGTA 4ZB8A 1HYUA 3TKQA 4K8MA 4XS1A 4HJMA 2H74A 2TRCP 4O7HA 1UC7A 5IMDA 2RUEA 3Q19A 1DSBA 2NTOA 4FIWA 6GSWA 5DJLA 1EP8A 3APQA 2DJ0A 1GLPA 2A4VA 1Y25A 2V6KA 2LNSA 4H86A 3H8QA 2LJAA 5CYYA 1DE1A 2GZZA 4Q5QA 2GDRA 4XIHA 1PSQA 2GGTA 2I4AA 1XOAA 5EL8A 3HDCA 4RI7A 3MWHA 3I69A 2I81A 5ID2A 2BJXA 1OKTA 2Z9SA 4F03A 4IN0A 2YCDA 1N8JA 2BTOT 1BAYA 4LMVA 3HXSA 1GTUA 2FWGA 1Y6EA 3DVXA 5HR3A 2WRTA 2LRCA 1WIKA 1U3IA 4P3YB 3LQ7A 4AGSA 2FD3A 1XWGA 5D9WA 4LMWA 1SK1A 1XWAA 13GSA 3LSZA 4I8BA 1JFUA 1SJIA 1IYHA 5JWQB 4E8HA 3KGKA 4D73B 3IDVA 1X0RA 3GYKA 4Q5RA 1ZYEA 1THOA 5B6MA 3E9JB 2ZCTA 2VCXA 4XS4A 5GZZB 4EUYA 2C3NA 1ACVA 2HXKA 3CXGA 3BBYA 4ISDA 4TR1A 1GSQA 3ZMLA 5J5NA 4G2EA 3KMOA 5EVOA 3NZNA 4ZBBA 2NVLA 4KDUA 2MBSA 4Q5NA 3CSIA 3H79A 1K0CA 2VIMA 1R5AA 1AQWA 2LTKA 3IE3A 1SKRB 1JLWA 1OC3A 1OC9A 1XWBA 4POBA 1G7EA 4AJ8A 1XWCA 1BQ7A 1WP0A 3UMAA 4LL4B 2K8VA 3EINA 3TCOA 5J41A 1TOFA 4X0XA 4BVYA 1Z3EA 3UEMA 1YKAA 1XXUA 3RDWA 3ZITA 1V58A 4PUFC 4DVCA 5IMVA 1BEDA 1J08A 4TR0A 1RQMA 1GSDA 2DMMA 2MMNA 2L59A 1SJZA 3L9SA 3TGZA 3CMIA 1XW6A 1T1VA 1TKDB 2H8LA 2JZTA 4GQCA 1HD2A 2WULA 2L57A 3D21A 3TJKA 5IQYA 5IOWA 1A0FA 1UA5A 2L5OA 2VO4A 3KD0A 5G5FA 3G7YA 2YJ7A 4MCUA 2IMFA 1PRXA 5D93A 4CW9A 4L8EA 1XVQA 2ZNMA 2B5XA 3HYPA 2VD0A 2X8CA 1EV9A 3HZ4A 3RPNA 2O8VB 3ZTLA 3VWVA 3DEXA 2JADA 3HHVA 3EC3A 5CREA 1BX9A 4JBBA 1V2AA 1K3LA 5L71A 4PUAA 3UL3A 4WEYA 5GAPD 1O85A 3A2VA 4IJ3A 1B9XC 5F05A 1PX6A 1FO5A 2YOIA 1FW1A 4PXOA 4ZB9A 2L5LA 4IVFA 5G31A 2L4CA 2P31A 3C8EA 3IPZA 4JE1A 1O8XA 3TJGA 1X5EA 1RW1A 5E59A 1S3AA 3CSHA 5ELAA 2QGVA 2VD1A 2OA7A 1NHOA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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