4DSRA

Crystal structure of peroxiredoxin ahp1 from saccharomyces cerevisiae in reduced form
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
174
structure length
174
Chain Sequence
DLVNKKFPAGDYKFQYIAISQSDADSESCKMPQTVEWSKLISENKKVIITGAPAAFSPTCTVSHIPGYINYLDELVKEKEVDQVIVVTVDNPFANQAWAKSLGVKDTTHIKFASDPGCAFTKSIGFELAVGDGVYWSGRWAMVVENGIVTYAAKETNPGTDVTVSSVESVLAHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Peroxiredoxin type-2
publication title Structural Snapshots of Yeast Alkyl Hydroperoxide Reductase Ahp1 Peroxiredoxin Reveal a Novel Two-cysteine Mechanism of Electron Transfer to Eliminate Reactive Oxygen Species.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 51
structure length 174
sequence length 174
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2012-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4dsrA00
1M9BA 2VM1A 3ZL5A 10GSA 1PL1A 2TIRA 2B6MA 2WDUA 1WPIA 4AGSA 3BBYA 1X9WB 1O7UA 5AGYA 2YN1A 1B9YC 1T4ZA 1OC9A 1OKTA 4MABA 4V1Ag 3ZREA 5ABRA 4TR0A 3E3EA 5A5KA 3TUEA 4OO5A 1THXA 4L5LA 4HQSA 2IWTA 1N2AA 3P2AA 4IJ3A 4JE1A 5JCGA 3G7JA 1GH2A 4O92A 4KW6A 2NBSA 2FY6A 3TKQA 3ZLPA 3GTUA 3U6VA 2C0DA 4POBA 2CAQA 4TXOB 1VF4A 3WYWA 5KN3A 4GSTA 4MCUA 2IMEA 1DUGA 3GSSA 5GSTA 2DIYA 2CZ2A 1GTBA 1HYUA 3P90A 4IP6A 1GRXA 4NMUA 1HQOA 3C73A 2FA8A 3LORA 2REMA 4WETA 2M80A 2C0FA 4IN0A 3ZRDA 4F0CA 2YV7A 3WT2A 4TR1A 3M1GA 1NM3A 3DIEA 1SENA 3ZITA 1S3AA 3KZQA 1TK8B 1OC8A 3A2VA 4H86A 4EC0A 2C3TA 3FZ4A 3HD5A 4DSSB 1M7TA 2FHEA 3TB2A 1GSQA 1A2LA 4ULXA 3EINA 1FB6A 1K0MA 4PNGA 4XRAA 5LD0A 1ZCPA 2OKAA 3PR8A 3APOA 2AUVA 2P5RA 1XWKA 1R26A 4EUYA 1TI1A 4PNFA 4WKWA 3HZ4A 4GRFA 1JZWA 1GLPA 2CA8A 4OFMA 1MEKA 1ERTA 1Z3EA 2DJ2A 2FLSA 4QL7A 1U88A 4ECIA 1EOHA 3KM6A 3SWLA 2ON7A 3KXOA 1ILOA 4KB3A 5ECLB 4MJBA 2ON5A 2BJXA 3VI7A 2DJJA 3BJ5A 4K7IA 3UVTA 3WGDA 2WCIA 2NVLA 3ZFLA 2KP2A 1V57A 4DSRA 3M9JA 4BWQA 3IAM2 3FZAA 3L9VA 3HY2A 2F8FA 3IBHA 1B4PA 1C72A 3UMAA 1O6JA 4XIHA 1SL2B 1PKZA 3CRTA 4EVMA 2KOKA 2X99A 4KDXA 2MMNA 1KNGA 3QMXA 2F51A 4N0VA 4WF5A 3GKNA 1OE7A 5G5FA 3GA4A 5D73A 2B5EA 3C7MA 1OKDA 2YNXA 4N11A 1XXUA 4PXOA 2IMIA 4YH2A 4JU5A 1AW9A 3UVHA 4IVFA 1A2JA 3NOFA 2LV3A 2C0GA 2WGRA 1FG4A 2JU5A 2JACA 2Z9SA 5J9CA 5IM9A 3H1NA 1XOAA 2DBCA 3L9SA 2N5BA 1QQ2A 3TCOA 3CSJA 3F4RA 3DXBA 4IQAA 5G2ZA 3VPQA 5J4UA 2VL2A 1ZMAA 4P3YB 3GMFA 3GIXA 5D9VA 3UARA 2CAIA 3QFAC 2JL4A 2LKUA 1ERVA 2YWOA 4YQUA 4FH8A 3EWLA 1JZOA 4K0GA 1SYXA 5DCGA 5B6MA 1FO5A 3ERWA 5F06A 2I3YA 5IMCA 1T8EB 2F8AA 4PQIA 2XBQA 1ST9A 19GSA 2L5LA 2VO4A 2B5YA 5L71A 1K0DA 20GSA 2JSZA 2LEGA 1UN2A 3DGQA 3PINA 2LQOA 1SYRA 1M99A 1E2YA 3GL5A 4TXOA 2GT5A 4O32A 2VL9A 4TRXA 2V1MA 2VCVA 5JWQB 3FZ5A 2J23A 3FY7A 2VM2A 2AYTA 4K2DA 4D73B 3HZ8A 2XC2A 3DMLA 2GZYA 2FGXA 3MNGA 6GSVA 2NPBA 3KGKA 4HJ2A 1GSYA 4V1Ap 1NHOA 1XZOA 4MF7A 1X5CA 3CTFA 4X1UA 1FVKA 1EZKA 1GSDA 4FYUA 4HQZA 1KTEA 1EV9A 2RM5A 5F8BA 4L8EA 1TW9A 7GSSA 2YJ7A 3CTGA 1ML6A 2YWNA 2PERA 4I2UA 1PX7A 1THOA 2IMDA 4TOPA 2MYGA 4DSSA 1EGOA 2H1DA 3TKPA 2PVOC 1XIYA 2TRCP 1QFNA 4RUVA 4NV2A 2H73A 4RQXA 14GSA 3F9UA 2L6DA 3KEBA 4QL9A 1YEXA 3A3TA 3DEXA 4NPBA 3ZZXA 3M9KA 4JR4A 1UC7A 1R5AA 2WB9A 1GWCA 2O85A 2B1KA 2CVDA 2K8VA 2IN3A 1J0FA 4KH7A 17GSA 3WT1A 5H5QA 3LJRA 2K8SA 2H6XA 2IJYA 2X8CA 3ME7A 1TU8A 1X5EA 2B1LA 3IOSA 1SK2A 2E2GA 1GUHA 1FHEA 4K6XA 4OO4A 1F3BA 5GAND 2VCQA 1XWGA 2HZFA 2HNLA 4OCEA 1SK1A 3F4TA 6GSTA 2VLVA 3LQ7A 2VCTA 3U5RE 2B7JA 1XWBA 1BYEA 2YANA 2CX3A 2GZZA 2V41A 3CSHA 5HR3A 2YV9A 1SD9A 4GF0A 4GSSA 1SL0B 1DE2A 3E0UA 2C0EA 2YWMA 1EP8A 1R7HA 2CVKA 3QD9A 4MZCA 2G0FA 3GYKA 2HYXA 4MLYA 1PX6A 1SKRB 2GS3A 3RPNA 2VIMA 5ECNB 1O8XA 5DALB 1YF0A 3LG6A 4X0XA 5CREA 4EDZA 3UBLA 1V40A 2MBTA 3F6FA 1TTZA 1AC1A 1Z7PA 3IXRA 4V2MA 2QKEA 2O7KA 4GLTA 1O8WA 4XRDA 2X8GA 3L0HA 5AIVA 3TJJA 2OBIA 2YZUA 3F4SA 2VD0A 1T7PB 4EXJA 3H93A 5DQSA 1A8YA 4ECCA 1QMVA 3E9JB 3F3QA 4ZXGA 2KLXA 2HXKA 2PPTA 1IYIA 1Y25A 2LJRA 1M2DA 3TRQA 2KP1A 3GSTA 5IMFA 2A4VA 1WE0A 2H66A 6GSSA 2FA4A 1URMA 2WZ9A 1HNBA 3GX8A 1E6BA 4KX4A 2QC7A 3TKSA 4XS1A 1XCCA 4POLA 3A2WA 1WP0A 1W4VA 5ID2B 4WR5A 1GL8A 2C1YA 4NAXA 4F03A 1TK5B 3RHCA 2HZEB 5EVOA 3EVIA 5B7CA 2H0HA 2IIYA 2WRTA 3APSA 3TJGA 2XBIA 1GNEA 3RDWA 4D73A 2L5OA 3Q18A 4EO3A 4L5OA 3VI5A 2P0GA 2OE0A 3GH9A 4KGIA 1A23A 2H19A 1TRVA 2PN8A 2TRXA 4E8HA 2CVBA 2HSHA 4KA0A 4K1FA 1WJKA 1MTCA 4I6XA 2CQ9A 5ECOB 1QUWA 2YWIA 4MPFA 1ZYQB 4LMVA 2R6KA 5A4UA 4KDUA 2V32A 2H75A 2VLUA 3DKSA 4G2EA 5KN0A 1EOGA 4MZWA 2HRNA 2ZCTA 4POMA 4YQMA 2LUSA 4KUNA 5IOWA 4J2FA 2C4JA 3UEMA 3F8UA 4TN8A 1YF1A 3JCML 4MH3A 3J7Yb 1MDKA 2L6CA 1T1VA 1XVQA 1EV4A 2VD1A 2YP6A 3HVSA 1YKCA 3F6DA 5CNWA 4AJ6A 4Z7XA 3HXSA 1F6MC 3HDCA 1EEJA 5JWRB 3IK9A 3RAZA 1VGLA 1WRYA 18GSA 4MP4A 3UL3A 1ZZYA 3I9V2 2P5QA 5HFKA 4AF2A 5ECRB 5INYA 2GSRA 3KH7A 13GSA 3US3A 3FYGA 2DMMA 2LSTA 1AAZA 4XCSA 2OA7A 4MPGA 4KCEA 1JLWA 4EE0A 1AQVA 1U3IA 1Z7RA 1XVWA 2RUEA 2ALBA 3MWHA 3BCKA 2E0QA 1PMTA 3TKRA 2CV4A 2WJUA 4XHMA 3HKRA 4EF0A 1JHBA 2QSIA 1MD4A 4J56E 1F9MA 3QAWA 4MZBA 4PGTA 1R4WA 1XWAA 1AUCA 2LNTA 3VWXA 4O5RA 1NHYA 2C80A 2OE3A 5CAXA 1EEMA 3EMPA 3NIVA 3FR3A 1BG5A 5H5RA 1ERUA 3G7IA 2H30A 4JR6A 4LL4B 2I1UA 4NWYA 1TP9A 3ED3A 1Z5YE 3DYRA 1PKWA 2H70A 2XPDA 3LXTA 1OE8A 1JLVA 5D9TA 3O6TA 1KEBA 2F9SA 3IAS2 2H74A 4YAVA 4I2TA 2DIZA 1PRXA 5AISA 3A5WA 3TDGA 4IW9A 1YZXA 2H0GA 4MDCA 4ACSA 2AJQB 2MBSA 6GSYA 1BX9A 1SKWB 1OYJA 1PN9A 3MSZA 4GWRA 2LS5A 5DDLA 1X0RA 1K0BA 5CO3A 1GULA 4DSQA 2O89A 1ZGNA 5ELAA 4E8EA 1G7OA 3UBKA 4I5QA 1VRSD 4IP1A 1M0UA 3V1WA 1GP1A 1EP7A 3VK9A 1USBA 3H4KA 2FWHA 1K3YA 5F07A 3LYPA 1SK0A 2GT6A 5GSSA 5ID2A 3D4MA 2BTOT 5DVBA 2OACA 3TRPA 4TR4A 2LRTA 3CRUA 5IMDA 3KMOA 2HZEA 1V2AA 4ECBA 5DJMA 2L59A 2A2RA 2DLXA 2AAWA 3DRNA 2JZTA 3WGXA 1SU9A 4F0BA 3M0FA 1TK0B 4MMMA 3FKFA 1H75A 3DWVA 3FR6A 4FYCA 3KJYA 3WGEA 3M3MA 1FAAA 5EPFA 5KN2A 5EY6A 1O73A 2H6YA 3HJPA 1XFLA 2OBKA 1BEDA 1Z9HA 3DVXA 2PVQA 2V6KA 4JBBA 2HRFA 1XPVA 3LWAA 2GZPA 2AB6A 4ID0A 3OR5A 3GKXA 2YZHA 4PURA 3ERGA 3SBCA 3C1RA 4YAPA 2IMKA 1OC3A 3VURA 4EKZA 4ZB6A 1FB0A 3EC3A 4HEA2 4O7HA 3ZMKA 4F9ZA 5DQYA 2G2QA 3CBUA 3FZ9A 3QCPA 1LBKA 4PQ1A 5ENUA 3TJKA 5HFIA 1QGVA 1VF3A 4ZB9A 2O87A 1GSSA 3L4NA 4QQ7A 1DE1A 4AJ8A 2VCXA 4MF6A 1TKDB 1A8LA 2GSTA 5CRGA 2V6OA 4IKHA 4XS4B 1GSEA 1V58A 5G31A 2GSQA 3RPPA 2F3MA 3LEFA 6GSUA 5KEJA 1XBSA 5B6NA 5D96A 4MJEA 3Q74A 3DVWA 4LL1B 2FWFA 3LYKA 3QAVA 2ZUPA 2L57A 2PBJA 4ZBAA 2JZRA 3FR9A 4WR4A 4EL1A 4X43A 1S3DA 4RQRA 4ZL7A 2KHPA 2LQQA 4HI7A 2YOIA 3CMIA 4LA1A 4CW9A 1GUKA 5B8AA 4KSMA 1Q4JA 1HD2A 2VL2C 2PGTA 1X9MB 1B9XC 2MMZA 2DSAA 2VUPA 4MK3A 4Q5FA 1JFUA 5ECHB 5HFGA 5G1LA 2DC5A 2HE3A 5IPHA 4WEYA 6GSWA 1X5DA 1O81A 3BCIA 1N8JA 3D6IA 1H4OA 4K9ZA 4KDYA 4KE3A 3IV4A 2R3XA 2H76A 3DD3A 5GZZB 1GSUA 3GFKA 1ACVA 1QXHA 4RI6A 1XW6A 2LRNA 2K6VA 2PMTA 3IDVA 2LTKA 5ECMB 1MDJA 2WS2A 1V9WA 3EU3A 5LNKe 1AQWA 4KCAA 1WMJA 2N5AA 3IRAA 1BAYA 2JSYA 2K9FA 3NZNA 4TXVA 4POKA 4JEDA 1Z6MA 2D2ZA 3H8QA 2FNOA 3HVXA 4HU7A 5ECKB 2EIRA 3KP9A 1YKAA 5A4VA 1IYHA 1U3AA 1XOBA 2H72A 4KSOA 4ZBDA 2I9HA 3N9JA 1SJ6A 3FEUA 12GSA 1B48A 2J9HA 3PGTA 2X8HA 5H5SA 2B5XA 3TGZA 4WXTA 3FK8A 5CP1A 1A2MA 2IFQB 5IOXA 2KUCA 1RW1A 4OFTA 3D21A 1MD3A 3J7Yk 5EL8A 1DBYA 1F37A 2HI7A 3QDNA 1Q98A 2XPEA 3VWWA 4L0UA 1K3LA 2YCDA 2B3SA 3F0IA 2DJ1A 22GSA 4NHZA 1AQXA 5IPGA 4HZ4A 1TRSA 3UOMA 2AHEA 4JRRA 3KP8A 3KIJA 1FOVA 3EE2A 3L9UA 3FW2A 2R4VA 3KCMA 5COHA 1A0FA 2GVPA 3HJOA 3UIWA 2H8LA 3ZIVA 1HNAA 3M8NA 3EMXA 8GSSA 1Z6NA 1V98A 5A4WA 1X9SB 4ZL9A 5IIZA 5D9WA 4HUAA 4BL7A 4OCFA 2L4CA 5J41A 5GAPD 5DJLA 2VCZA 4ILFA 3Q6OA 1GTUA 3ZVJD 3GKMA 1PGTA 2E7PA 1GLQA 3GURA 1TJDA 2WFCA 2BMXA 3N5OA 1BQ7A 3IC4A 5J3RA 2WULA 3IK7A 1SKSB 1Y6EA 1K3OA 5B8BA 3VWUA 4GQFA 3ZVJA 4XS4A 3GV1A 3LSZA 2I4AA 5C04A 4JZQA 1S3CA 3GX0A 4I97A 4MA9A 3HYPA 1HNCA 2JZSA 1YJ6A 5F0GA 2C8UA 4N30A 2H6ZA 3VFIA 1CQHA 1R5PA 2H01A 2VLTA 4F82A 3KTLA 2H0IA 3FRCA 3EURA 3KH9A 4Q5RA 3P7XA 2GQKA 4WF4A 1FVJA 1TRUA 5E4WA 1TXXA 1EWXA 1NW2A 2R5GA 4PUFC 4OMVA 4HOJA 3LGCA 4NHWA 1GUMA 2AV4A 1PL2A 2NTOA 3LXZA 3EU4A 11GSA 4XS6A 1VF1A 2MMAA 2GGTA 2ES7A 2EIOA 4IJIA 4FYBA 2ZNMA 1K0AA 4MJAA 3G9BA 4ML6A 1W89A 5JCUA 2QGVA 5F05A 4K8MA 2DJ0A 2LNSA 2PWJA 3GUSA 3CSIA 1T4YA 5LCZA 3HA9A 2M46A 3D4TA 1TU7A 4GQCA 4TKYA 5DAKB 3C8EA 1LJRA 5ECSA 3TKSC 3C71A 4OFNA 1WIKA 1SD8A 3APQA 1ZOFA 5IQYA 3ZTLA 2OE1A 5DALA 1WOUA 2H1GA 2CZ3A 4F2IA 2FCHA 3GH6A 4BA7A 2LJKA 1A24A 2GQLA 3CXGA 1KBNA 1B8XA 3EYTA 3WD6A 5FT3A 1ZYEA 2PUKC 2H1AA 1PQNA 2YPMA 4XTSA 3GL3A 4MF5A 2EC4A 3ZYWA 4GSNA 3TRXA 3R2QA 2L4QA 1MDIA 3QR6A 4HJMA 2JADA 4ISDA 1M2AA 1SJZA 3W8SA 3QPMA 3VWVA 2FUG2 3A2XA 4ZB8A 3F63A 4GCIA 3IE3A 3BOAA 2I81A 5D9XA 4BWSA 1M2BA 1G7EA 4ZIJA 5AIXA 2HSYA 2IFQA 3D22A 4GXZA 4N0ZA 1UVZA 3O76A 3H79A 1ON4A 2RM6A 1U6TA 2IMFA 4G10A 5JCWA 4TR3A 2GLRA 4LLRA 1ZL9A 2VCWA 3RHBA 2FWEA 1A0RP 4DVCA 3TOTA 4N10A 5C00A 2CX4A 3W8JA 3AY8A 4ZL8A 4KNDA 1SL1B 5ECIB 4PQHA 4EDYA 4BVXA 5J5NA 3QAGA 3GN3A 3LFLA 4MH2A 5CRHA 9GSSA 1GTAA 2GTUA 3GRXA 5FWGA 4CHSA 3W6GA 3C1SA 5CRWA 1JZDA 2R2JA 3VPTA 5CRDA 3Q19A 4BPYA 2DMLA 2N5FA 2OADA 4RI7A 4HU9A 4IQ1A 3QOUA 6GSXA 3BD2A 4IBPA 1YEPA 1PSQA 1OVNA 1OC9B 5IO2A 3IR4A 3ME8A 2R37A 5ECPB 3KTBA 3MAKA 2YJHA 3PH9A 3F3RA 2RIIA 1GTIA 1DSBA 3ERFA 5IMVA 5J9BA 4IELA 1RK4A 1XWCA 1YQ1A 2LRCA 2RLIA 1BJXA 3TJFA 1FW1A 1G6YA 3FHKA 1G0TA 2GQMA 1J08A 1PA3A 3TOUA 1NSWA 5HR0A 2LJAA 3GTUB 2A2SA 5HR2A 4AJ7A 2HLSA 1O85A 3D5JA 4LMWA 4OD7A 1EGRA 3I6AA 1I9DA 3ZMLA 3CYNA 1WWJA 5D8IA 1CQGA 2DJ3A 2XHFA 3GKKA 3G7YA 3MDKA 1RQMA 1TRWA 4G9HA 2P31A 4I8BA 2O8VB 5G30A 3TKSE 4V2NA 1K0NA 3QFBC 4TR1B 1K0CA 1UA5A 2VOCA 4NXIA 1GSFA 5ECQB 3VLNA 2PU9C 2VL3A 4J57E 5IMAA 4YQVA 4K0NA 4OWYA 1T3BA 4FIWA 1G6WA 2VAFA 2GDRA 2MZCA 4ZBBA 1TOFA 3KMNA 4Q5NA 1AIUA 4BVYA 1M9AA 4IHUA 4ECJA 4ZILA 2FD3A 4DEJA 4K7NA 5DAKA 5CYYA 2K18A 4IGJA 3L78A 2EIQA 5G1KA 5ELGA 3S9FA 4TVEA 2NDOA 5DBQA 1J9BA 5AN1A 1JZRA 5IO0A 3HJMA 2OJLA 4GTUA 2RUFA 4NV5A 2H71A 3IPZA 2HFDA 4Q5QA 3HHVA 2HT9A 3K8NA 1K0OA 2H1BA 4WBJA 4L0WA 3I43A 2MMOA 4HDEA 2GSSA 4TW5A 1U87A 1XW9A 4HZ2A 2X64A 5HR1A 4KAEA 3HCZA 1GNWA 3KD0A 4V2LA 1YDKA 5KN1A 5D93A 5HQPA 1QK8A 1B4QA 5FHIA 1T00A 3ZIJA 2M72A 2B7KA 4CDOA 1AXDA 3ZFBA 4WBRD 3P8WA 1I5GA 4HS1A 1ABAA 16GSA 3HVVA 1F3AA 1XW5A 2E2MA 1SJIA 1TDIA 4K7OA 3UAPA 2V2GA 5IMZA 4PX1A 2IL3A 3O3TA 4FO5A 3RBTA 5E59A 2CT6A 1TI3A 1OAZA 3GHAA 3UJ1A 3IA1A 2DJKA 1PD21 4PUAA 5G5EA 1LU4A 1F2EA 4ML1A 1ERWA 2IPAA 3ISOA 1VF2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
How to cite