4DSSA

Crystal structure of peroxiredoxin ahp1 from saccharomyces cerevisiae in complex with thioredoxin trx2
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
174
structure length
174
Chain Sequence
DLVNKKFPAGDYKFQYIAISQSDADSESCKMPQTVEWSKLISENKKVIITGAPAAFSPTSTVSHIPGYINYLDELVKEKEVDQVIVVTVDNPFANQAWAKSLGVKDTTHIKFASDPGCAFTKSIGFELAVGDGVYWSGRWAMVVENGIVTYAAKETNPGTDVTVSSVESVLAHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Snapshots of Yeast Alkyl Hydroperoxide Reductase Ahp1 Peroxiredoxin Reveal a Novel Two-cysteine Mechanism of Electron Transfer to Eliminate Reactive Oxygen Species.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Peroxiredoxin type-2
molecule tags Oxidoreductase/transport protein
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 50
structure length 174
sequence length 174
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2012-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4dssA00
4OO5A 1X9MB 2OJLA 3A5WA 1TU8A 3UOMA 4LL1B 3TOTA 5G5EA 5HFKA 5JCGA 1YZXA 4JR4A 1F9MA 2H74A 3M1GA 3IAM2 5B8AA 4MZWA 2F9SA 4BWSA 3IXRA 1VF3A 2HE3A 2DLXA 3KZQA 4XS4B 3O6TA 3GL3A 2LS5A 3QOUA 2R3XA 3ZVJD 4ISDA 1BJXA 3HZ4A 3DRNA 1A2MA 3HXSA 4NV2A 5G2ZA 4XRAA 1OC8A 3GRXA 6GSSA 2HSYA 1V2AA 3HYPA 3VWWA 3TCOA 1XZOA 4HDEA 2K8VA 1LU4A 3TKSC 5CREA 5J3RA 4POMA 1V57A 5ECQB 6GSYA 4TR1A 2IJYA 8GSSA 1CQHA 2BMXA 5DAKA 1MDKA 1MDIA 4RI6A 2JACA 4EE0A 2J23A 6GSVA 5D9VA 1OAZA 1MD4A 4MF6A 1IYHA 1QXHA 3VI5A 5G30A 2VL2C 2DIZA 3F4SA 1A0FA 2H70A 2LKUA 2K6VA 3ZITA 5JCUA 3IV4A 4TR1B 2NPBA 3TUEA 1RW1A 1EP7A 4GXZA 2O87A 3ED3A 5DAKB 4HI7A 2GQMA 1GTIA 1O81A 1BQ7A 4JBBA 4YQVA 5GSSA 2H1AA 2PVOC 3EURA 2CVDA 4IS0A 2IFQA 1A8LA 4PNGA 7GSSA 1WPIA 2DJ3A 3D0ZA 3F4TA 3P7XA 4I8BA 1XOBA 5CP1A 1T00A 1XW6A 1V98A 2EC4A 2V2GA 1Z7RA 4ZB9A 4V1Ap 3VK9A 1E6BA 2QSIA 3US3A 2IFQB 4Q5QA 5COHA 4KA0A 1M0UA 1AQVA 2QGVA 3QAWA 3VPTA 1GRXA 1PN9A 5KN3A 1X5DA 2IIYA 5EPFA 4IHUA 2C0FA 3M8NA 1EP8A 3TJJA 4JR6A 4TN8A 1PSQA 5IQYA 3ZTLA 1DE1A 2ZUPA 4MF7A 2GGTA 2VCQA 1NW2A 3F3QA 1CQGA 1AQXA 4KUNA 3RDWA 2F8AA 2NTOA 2O89A 1EV9A 5F07A 4ZBBA 4WR4A 1TRUA 5IOWA 3APQA 4OCFA 3TJGA 3UL3A 4LL4B 4OWYA 2PN8A 4KCEA 2V32A 5IO0A 5JWQB 2FWFA 1RQMA 2X64A 4MABA 1EEJA 1MTCA 3FY7A 1JLWA 2TRXA 1BAYA 2OBIA 1GULA 2NVLA 3KEBA 1SD9A 1O85A 3V1WA 3ZRDA 4XRDA 1USBA 1M2AA 3LWAA 5IIZA 2LJKA 4G10A 2QC7A 3NZNA 3QAVA 4K9ZA 4PQ1A 3IA1A 4WF5A 1XW9A 3UARA 1TDIA 4DSSA 4GTUA 4KDYA 1JZOA 3LJRA 1GNEA 2NDOA 1GSDA 4KDUA 4RQRA 2FWEA 3DYRA 3GV1A 1T4YA 1OKDA 2MYGA 1OC9B 3GKMA 1UN2A 4ECJA 1Q4JA 2LRNA 1DBYA 1TW9A 1E2YA 1AUCA 2AV4A 3CSHA 3L78A 4K8MA 5ECNB 2OE0A 4PUFC 3M0FA 1V9WA 3UVHA 2DJJA 3OR5A 4MMMA 3ZL5A 3KP8A 2WJUA 3EE2A 3KIJA 4MJAA 2FWGA 2IMIA 5AIVA 1F3BA 3ISOA 2CZ2A 4LMVA 3DWVA 3R2QA 1M2BA 1WIKA 2C4JA 2YJHA 4V2LA 2YWIA 1FVKA 1I5GA 2GSQA 3RPNA 3DKSA 4TR4A 5ECSA 3NOFA 2GT5A 3RBTA 4DSQA 1K0OA 2LJRA 3EU4A 5FT3A 5B6MA 1XVQA 3HZ8A 3Q6OA 3UIWA 1ZMAA 1GTAA 2H1GA 5KEJA 1KTEA 1SD8A 3PGTA 2JADA 1T1VA 2C3QA 1R5PA 4KE3A 1XCCA 1A23A 1THXA 2PERA 3F6DA 1Z7PA 3TB2A 3DVWA 2IL3A 2I3YA 3GURA 2I4AA 1LJRA 1B48A 1GUMA 3GN3A 3ZVJA 1ERWA 3LGCA 3L9UA 4KB3A 1XXUA 4L0WA 2B6MA 3CMIA 3F0IA 1K0MA 2I1UA 2VIMA 2F3MA 4HQSA 4NWYA 5CAXA 2GQKA 6GSXA 4RI7A 2H6YA 3A2WA 1DE2A 1SL1B 4TOPA 4ECIA 1GUHA 4MH3A 5F06A 3HVXA 2VO4A 5IOXA 3LFLA 3DIEA 1O8WA 4IKHA 2N5BA 1QMVA 3IC4A 1W4VA 1M9BA 1SL0B 2ZNMA 2CA8A 1NM3A 2DJ1A 3KJYA 4GRFA 3FHKA 2HYXA 5J9CA 1SYRA 4J56E 2B1LA 4D73A 3LQ7A 1EOGA 2GQLA 2LJAA 4FH8A 1SKSB 4KH7A 1SK0A 4JU5A 4JE1A 3LYPA 3BD2A 2XPEA 3RPPA 2AHEA 1THOA 2IN3A 4NAXA 4BWQA 3FYGA 1HD2A 22GSA 4IW9A 4D73B 1R7HA 4WR5A 1R26A 5ID2B 3KCMA 4AJ6A 4FIWA 1G7OA 1YEPA 1ZOFA 4KSOA 3GH9A 3GMFA 3QR6A 1FB6A 1PL2A 3CRUA 4HOJA 1ERUA 2GZYA 1SU9A 4G2EA 3TJFA 1ABAA 2LTKA 1JHBA 5F05A 4IBPA 1ZCPA 3D5JA 5F0GA 2OACA 4MCUA 3I43A 4F0BA 1FVJA 2X99A 3AY8A 2DJKA 1XWKA 5F8BA 2MBTA 1PGTA 2F8FA 2B5XA 4MLYA 5FWGA 1QK8A 3P90A 3GA4A 4P3YB 3J7Yb 4DSRA 3KXOA 1PKZA 2IMFA 6GSWA 1GL8A 1KEBA 3VWXA 2CX4A 2C0EA 4K0NA 1H75A 3SBCA 3LEFA 2GLRA 5JCWA 4IQ1A 1A2JA 4CDOA 3DVXA 5CRDA 2B5YA 3N5OA 3L9SA 3TKPA 1TJDA 5IMVA 2LQOA 4IJIA 1SJZA 1VF1A 1XIYA 1OE8A 1XVWA 2LRCA 3L4NA 1PMTA 3GKXA 3VWUA 1WJKA 2XC2A 3DXBA 2L57A 3QAGA 1AW9A 2B1KA 1OKTA 3D4MA 3BJ5A 4ULXA 3TJKA 1R5AA 1Z6NA 1TKDB 5ECOB 3ZMLA 1TU7A 1ZGNA 4WBJA 2WFCA 3TRXA 1KNGA 4HZ4A 4NHWA 3IDVA 2OADA 1GTBA 2H30A 2VCTA 3QFBC 1V58A 3EMXA 5G1KA 3FEUA 3QD9A 3WYWA 2K9FA 1G6YA 2C0GA 2WB9A 2WGRA 1TRWA 3M9KA 4KDXA 2VM2A 2KP1A 3LSZA 2Z9SA 5B7CA 4OMVA 3ME8A 5ELGA 2L6CA 1QFNA 4TR3A 2M46A 2HZFA 2LNSA 4L8EA 3Q74A 2DSAA 2P5QA 4F2IA 1ML6A 2VUPA 1B9XC 2ES7A 2VLTA 2VLVA 4JRRA 2X8CA 1GLQA 1YKAA 1J08A 4K0GA 1M2DA 5IMDA 3F8UA 1K3YA 4NXIA 5CNWA 2YWOA 1GSQA 2MMNA 4HJ2A 3TKSA 2GZPA 13GSA 1WMJA 4KX4A 4GF0A 1XWGA 4POBA 1R4WA 2REMA 3GSTA 5C04A 5A4VA 18GSA 3F4RA 4GSTA 4EDZA 1VGLA 2LV3A 3EMPA 3PINA 2OBKA 2FA8A 5A4WA 1MD3A 2DJ0A 4OFTA 4O7HA 2YV9A 1GSSA 1A0RP 2VL2A 4LLRA 3TOUA 2P5RA 3EINA 4XHMA 11GSA 3HD5A 5LNKe 1EGOA 4GQCA 1NSWA 2K8SA 5ECKB 1VF4A 3ZFBA 4I97A 3BOAA 2CVBA 5AGYA 5H5QA 2O8VB 3KTLA 1LBKA 2FHEA 3GSSA 2O85A 1FOVA 1GSEA 1XWAA 3LXZA 2FCHA 4XIHA 4YQMA 1Y25A 2HNLA 2ZCTA 5GAPD 6GSTA 1FB0A 3GIXA 4IGJA 2PPTA 2MMZA 2H6XA 3HKRA 1J9BA 3GFKA 1OYJA 3RAZA 3TKSE 4J57E 3Q19A 4QL9A 5CO3A 3DD3A 3EVIA 1B8XA 3TKRA 2KLXA 3UAPA 1U3IA 1BYEA 2LEGA 3I6AA 1X5EA 5JWRB 1WRYA 5H5RA 2H75A 4WF4A 4IJ3A 3GX8A 3CRTA 5A4UA 4JZQA 2B7KA 1U88A 2C0DA 3DGQA 2ON5A 5DQSA 1JZDA 3UBKA 1SENA 1YDKA 2H0HA 10GSA 4ZL9A 1OC9A 3FZ5A 3H79A 1GLPA 1IYIA 5ELAA 3P2AA 4KAEA 5D9WA 4FYCA 2RM5A 4KSMA 1JFUA 3FR9A 1B4QA 5L71A 4ZXGA 3HVSA 3O3TA 3IR4A 2C3NA 2GS3A 4MJBA 3KGKA 3F6FA 5GZZB 5CYYA 2AUVA 5LCZA 3KMNA 2N5AA 4OCEA 3CTFA 3UJ1A 1K0NA 4O92A 5D93A 2G0FA 4K1FA 3W8JA 1S3DA 12GSA 2LRTA 5E59A 3W6GA 3HJOA 2R37A 1UC7A 3C71A 1SL2B 1WOUA 5C00A 1SYXA 2V41A 2GSTA 2LNTA 4K7IA 4I2TA 4HQZA 1ACVA 3PH9A 5IMZA 3A2XA 1TI1A 3WT2A 1U3AA 2D2ZA 2VCXA 2YV7A 2AYTA 1NHYA 2HXKA 1ILOA 4NV5A 1N8JA 2FGXA 4GCIA 1FO5A 4WETA 1I9DA 2H6ZA 3C7MA 3A2VA 2E2MA 5IPHA 2LSTA 1QGVA 2CV4A 4EL1A 1JZRA 2C3TA 2JL4A 1UA5A 1AC1A 4EVMA 4O5RA 1T4ZA 2OKAA 4G9HA 4HU9A 3WGDA 2IMKA 4TRXA 3PR8A 3RHBA 4HUAA 3GX0A 3IAS2 1FG4A 2JU5A 3MWHA 1AQWA 1ZYEA 2P0GA 5HR2A 4Q5RA 4HZ2A 5EVOA 1XFLA 5DALB 2WULA 2IMEA 3G7JA 3M9JA 2DC5A 4AGSA 2ALBA 2B5EA 4EO3A 3E9JB 4MJEA 2H73A 3IRAA 4V2MA 5D9TA 4RUVA 1SKWB 3GH6A 2V1MA 2R4VA 4K2DA 3VWVA 1Q98A 1SJ6A 2LUSA 3ERFA 3W8SA 3APOA 2DMLA 4YH2A 2CQ9A 4EDYA 5DVBA 1SJIA 3FR3A 4XS1A 2WZ9A 2AJQB 4PUAA 2XBIA 5EL8A 3MNGA 2YZHA 4MJCA 2GSRA 1MDJA 2H66A 3LG6A 4RQXA 2JZRA 3ZFLA 1AAZA 1O7UA 4OFMA 2GTUA 5ID2A 3LYKA 3IK9A 2MBSA 4F9ZA 3ZIJA 1W89A 1HNAA 4QL7A 3FK8A 3U5RE 1A24A 1WWJA 3JCML 4I6XA 2HRFA 4I2UA 3FZ4A 1EZKA 3CBUA 1F3AA 1GTUA 3S9FA 4E8EA 16GSA 2MZCA 4TR0A 1RK4A 3TGZA 3IE3A 3TDGA 1Z5YE 1K0AA 5J4UA 2YWMA 2G2QA 2YPMA 2NBSA 5G5FA 4V2NA 2GDRA 3UMAA 2VCVA 3H93A 4FYBA 3HJPA 4IP6A 4GSSA 4XCSA 3FZAA 1PKWA 2HZEB 3GL5A 4K7OA 2VLUA 3MDKA 2V6KA 1JZWA 1YEXA 5ECLB 4ML1A 4QQ7A 4PGTA 1B9YC 2M80A 4ECCA 2X8HA 3I9V2 4I5QA 2RLIA 2H0IA 4Z7XA 4L0UA 4XS6A 4LMWA 4IVFA 3LORA 2FA4A 5DCHA 4V1Ag 1PRXA 1ZL9A 4MDCA 2O7KA 2DJ2A 3D21A 2FD3A 1GNWA 1T7PB 1KBNA 1ZYQB 2H1BA 2L4QA 5DQYA 2RUEA 2E0QA 4OD7A 2TRCP 3LXTA 3VURA 3HJMA 2I9HA 2L4CA 3WT1A 5DDLA 4MF5A 1YKCA 1YJ6A 4F0CA 2VL9A 3SWLA 1VF2A 2EIQA 3L9VA 3NIVA 1SK1A 4N0VA 2TIRA 1BG5A 1HNCA 1YY7A 1XPVA 1S3CA 3EWLA 3VI7A 4N10A 2FNOA 5IMAA 2IMDA 1HNBA 3FW2A 4GLTA 3FR6A 5ABRA 4MK3A 1T3BA 2HT9A 2XBQA 1ERTA 4ZB6A 5GAND 2C1YA 3CSIA 4IQAA 4NPBA 2LQQA 2H72A 3FKFA 3ZREA 3J7Yk 2YOIA 2FWHA 1K3LA 1S3AA 2BTOT 1GSUA 4YQUA 5A5KA 4K6XA 3IHQA 4YAVA 2PBJA 2GZZA 3VFIA 4OO4A 1SKRB 4X0XA 5HQPA 1MEKA 1BX9A 3ERGA 3ERWA 5D73A 4L5OA 1J0FA 1ON4A 3MAKA 1N2AA 4YAPA 5HR1A 3CYNA 1PX7A 5HFGA 5IM9A 3KM6A 3EU3A 5HFIA 2QKEA 2A2RA 4LA1A 1EV4A 4MA9A 4MP4A 2V6OA 2C80A 5B8BA 3MSZA 3APSA 1EGRA 2VD1A 2FUG2 4TXVA 3QFAC 4TVEA 2H01A 1OVNA 5ENUA 3GUSA 1ZZYA 2HLSA 2R2JA 2MMOA 2DIYA 4OFNA 1X5CA 1K3OA 3O76A 3L0HA 1SK2A 2H8LA 3HVVA 1NHOA 4AJ8A 2H76A 2H0GA 1GUKA 3K8NA 1V40A 1QUWA 1GSFA 1TP9A 5D9XA 1PL1A 2L5OA 4MPGA 1K0DA 1T8EB 2A2SA 3WD6A 1AXDA 2OE1A 3TJBA 2VOCA 2L59A 4PQHA 3IK7A 2J9HA 2JZTA 1TOFA 3KMOA 4F03A 1U87A 3KP9A 2B3SA 4POKA 2R5GA 4MZCA 2EIOA 1UVZA 1FAAA 1PD21 3CXGA 1O73A 1EWXA 1Z6MA 4NHZA 2VAFA 3H1NA 4EUYA 1TK5B 2PGTA 4GWRA 1YQ1A 5E4WA 3EC3A 1FW1A 2WRTA 1HYUA 2N5FA 4TKYA 5KN2A 2E7PA 3ZIVA 3EYTA 4EKZA 2VCWA 5AISA 3WGEA 5IO2A 4MPFA 4GQFA 4HU7A 4DEJA 2PWJA 5INYA 2HI7A 3GKKA 9GSSA 1XBSA 3ZLPA 4AF2A 5DCGA 1TRSA 3GTUA 4ZILA 3TKQA 1DSBA 2AB6A 1TRVA 4Q5FA 4TW5A 3IOSA 2M72A 1Y6EA 1WP0A 4X43A 3GHAA 1A2LA 4IP1A 3KD0A 1OC3A 3C73A 2KUCA 5HR0A 2C8UA 3KH9A 3QCPA 2DBCA 5CRWA 4ID0A 1Z3EA 2L5LA 4O32A 2VL3A 3GTUB 5HR3A 2PVQA 1K0BA 4L5LA 1HQOA 5ECRB 3HA9A 4EXJA 1TK8B 2YWNA 3I69A 14GSA 5ECPB 3F3RA 4POLA 2YN1A 2IWTA 2RM6A 3RHCA 2KHPA 4N30A 1Z9HA 1PA3A 4KW6A 1WE0A 2MMAA 2GSSA 1GWCA 4JEDA 2YNXA 4MH2A 2PMTA 2CAIA 5H5SA 4BL7A 5G31A 1XW5A 2IPAA 20GSA 4DSSB 5GSTA 4PX1A 1PX6A 5D8IA 5KN0A 1EEMA 3GYKA 4HS1A 5KN1A 3KH7A 4ECBA 1G0TA 4WXTA 4FYUA 3QMXA 4E8HA 4GSNA 2R6KA 3HDCA 2AAWA 1GSYA 1EOHA 5CRGA 3D6IA 3ZZXA 1AIUA 1QQ2A 5DBQA 3IBHA 5IPGA 2F51A 4IN0A 1PQNA 2YJ7A 4X1UA 3G7YA 4N0ZA 2X8GA 4WKWA 1G6WA 5DALA 3DEXA 1XWBA 4WEYA 1FHEA 2CZ3A 2HSHA 4DVCA 4G19A 1TK0B 3CSJA 2VD0A 1TXXA 1X9WB 1O8XA 1JLVA 4ZB8A 2XHFA 4HJMA 4ML6A 4AJ7A 4N11A 1X9SB 4BVXA 4BA7A 4CW9A 1G7EA 3GKNA 6GSUA 3TRQA 3ZMKA 5G1LA 3F63A 1DUGA 5DJLA 5DJMA 1X0RA 4BVYA 4ZL8A 1H4OA 2PU9C 2PUKC 1XWCA 4MZBA 4KCAA 5D96A 4KNDA 17GSA 1GH2A 2CAQA 3E3EA 2JSZA 1K0CA 2GVPA 3VPQA 1TTZA 2BJXA 5IMFA 5JWOB 3HY2A 4PXOA 2JZSA 3U6VA 4TXOA 3H8QA 2FLSA 1TI3A 5J9BA 3UEMA 2YANA 2H71A 3N9JA 5EY6A 4ACSA 5LD0A 4H86A 1BEDA 2A4VA 2XPDA 1F2EA 2VM1A 4ZBDA 5AN1A 2EIRA 3BBYA 4K7NA 2OA7A 4BPYA 4NMUA 2HFDA 3E0UA 4PNFA 3TRPA 2HRNA 2ON7A 1GP1A 2WDUA 4TXOB 5J5NA 4F82A 3UVTA 5AIXA 5IMCA 4IELA 1VRSD 4Q5NA 4PURA 2KP2A 3H4KA 2L6DA 4CHSA 4EC0A 3QPMA 2YCDA 3UBLA 2HZEA 3GNJA 1M7TA 1XOAA 1F37A 5J41A 3ZYWA 3Q18A 5FHIA 2I81A 1YF1A 4KGIA 3BCIA 1C72A 4WBRD 1U6TA 3VLNA 3G9BA 2B7JA 2K18A 2FY6A 2KOKA 1M99A 5ECHB 3IPZA 3HCZA 2JSYA 2WS2A 4EF0A 5CRHA 3C1RA 2RUFA 1A8YA 3BCKA 2WCIA 3D22A 4FO5A 2P31A 1OE7A 2GT6A 2H1DA 3C1SA 3HHVA 1O6JA 2RIIA 3FRCA 4HEA2 4J2FA 1B4PA 5ECIB 1ST9A 1URMA 3D4TA 3G7IA 3QDNA 1ERVA 4ILFA 1F6MC 3ME7A 2DMMA 2E2GA 4ZL7A 3DMLA 4ZIJA 4PQIA 2YZUA 3F9UA 19GSA 2OE3A 3M3MA 5ECMB 3KTBA 1M9AA 3CTGA 2CX3A 2CVKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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