4DSSA

Crystal structure of peroxiredoxin ahp1 from saccharomyces cerevisiae in complex with thioredoxin trx2
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
174
structure length
174
Chain Sequence
DLVNKKFPAGDYKFQYIAISQSDADSESCKMPQTVEWSKLISENKKVIITGAPAAFSPTSTVSHIPGYINYLDELVKEKEVDQVIVVTVDNPFANQAWAKSLGVKDTTHIKFASDPGCAFTKSIGFELAVGDGVYWSGRWAMVVENGIVTYAAKETNPGTDVTVSSVESVLAHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase/transport protein
molecule keywords Peroxiredoxin type-2
publication title Structural Snapshots of Yeast Alkyl Hydroperoxide Reductase Ahp1 Peroxiredoxin Reveal a Novel Two-cysteine Mechanism of Electron Transfer to Eliminate Reactive Oxygen Species.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 50
structure length 174
sequence length 174
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2012-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4dssA00
4OWYA 5B6MA 3D6IA 5D9WA 5F06A 1JLVA 3GNJA 2IMEA 5J5NA 2DIYA 9GSSA 4IS0A 1MD4A 3LG6A 5KN3A 2DBCA 2R37A 1ERVA 4POKA 3UVHA 3GYKA 3WT1A 3W8JA 5CO3A 1TOFA 4MJBA 4MDCA 1O8XA 3L78A 1F3AA 1RW1A 1Y6EA 3FKFA 3GKKA 3ISOA 1XW5A 3FK8A 1SK1A 2ZUPA 1KBNA 4ZB9A 2YANA 2YWNA 3GA4A 1PRXA 4I2TA 2ON7A 4HJMA 3FRCA 3EMPA 2YV7A 1YQ1A 10GSA 2YPMA 3RPPA 2R5GA 4N11A 4IQ1A 1M2AA 4J57E 2MMOA 2GZYA 3EU3A 1DBYA 1MDJA 1XW6A 3Q18A 3DWVA 3CRUA 4J2FA 4KSMA 1ZGNA 5ECNB 2AB6A 4DSSA 3AY8A 4KH7A 4KAEA 2OA7A 5IMVA 2KP2A 2H6XA 4LL4B 4POBA 1BX9A 3A2XA 3IV4A 1QUWA 1QMVA 4NXIA 4TW5A 1I9DA 3QFBC 4PUAA 1QXHA 5LD0A 4F9ZA 2C0FA 2TRCP 4E8EA 1M9AA 3KP8A 2LJRA 5IMFA 2VO4A 4F0BA 4G2EA 4MH3A 4ZL7A 1SL2B 1R5AA 5ECSA 5LCZA 3MAKA 4YQUA 4IP6A 3NIVA 2YZUA 5ECOB 3APOA 4K0GA 4MP4A 1YEXA 5H5QA 4DVCA 1YDKA 3PH9A 4MA9A 5ECPB 1ST9A 2L4CA 2PU9C 3GL5A 4MJEA 1FB0A 1TI1A 4HOJA 2H01A 2BJXA 1OVNA 2LTKA 5CP1A 2VCVA 4RI7A 5GSSA 4F82A 1A2MA 3E3EA 2LUSA 1SYXA 4I5QA 2H1BA 1OKTA 3ZTLA 1HNCA 3GSSA 4YH2A 3F3QA 2WGRA 4ECBA 2QKEA 1THXA 4GSTA 5IMAA 3QMXA 2AYTA 1OC8A 3D0ZA 4I6XA 5JWRB 1XPVA 3G9BA 2KLXA 3HVVA 3IK7A 3H1NA 3QPMA 3R2QA 5E4WA 2LQQA 1ERUA 2HLSA 1JZRA 4EVMA 2V2GA 3KJYA 5CNWA 1OE7A 2V1MA 5IMCA 5IOXA 2LJAA 3TOTA 2LV3A 3DVWA 4X0XA 3WYWA 2IMFA 2VLTA 4E8HA 1R7HA 2GSSA 1XWBA 4HUAA 3ZITA 2H1DA 5FT3A 1EGRA 2H1AA 2R2JA 4BVYA 1XVWA 2GQLA 1GUKA 4V2NA 4ZL9A 5D8IA 1TKDB 3LXZA 2J9HA 1WPIA 2WRTA 1UVZA 5D9VA 4JRRA 2H0HA 3TCOA 2CZ2A 2F8FA 1WWJA 1K0AA 2FLSA 2GS3A 4WF5A 4BPYA 2IFQB 2MMZA 3GH6A 5IO0A 3KP9A 2LRCA 1GTAA 1SKRB 3CYNA 5G31A 1IYIA 2XBIA 2YJ7A 2BTOT 1ZYQB 3IR4A 1GUMA 1UA5A 4TXOA 3Q19A 11GSA 2RUFA 5GSTA 4IN0A 4IJ3A 2EIRA 2VL9A 1U3IA 1XWGA 2XPDA 2K6VA 4OFNA 2DJ1A 1PKZA 5JCUA 5C00A 3WGEA 2C8UA 5ECLB 1E2YA 2YN1A 2FD3A 4GWRA 2JACA 3QCPA 4PQ1A 4ZB6A 3EVIA 4TVEA 1XOAA 1TXXA 5IOWA 4I2UA 5FWGA 3GMFA 3VWXA 3ZLPA 4EKZA 1EZKA 2JZSA 1BG5A 1WP0A 3FY7A 2OE3A 2K9FA 3I69A 3D4TA 4MJCA 3EMXA 3ZREA 1NHOA 2H19A 4GSNA 3BD2A 4IHUA 6GSUA 3UJ1A 3VWUA 3FZ9A 16GSA 3HVSA 2C4JA 4MH2A 1TU8A 1PMTA 2GZZA 4EE0A 4PX1A 6GSXA 4GRFA 4IGJA 1ZYEA 1K0OA 4O5RA 5EPFA 3EWLA 1R4WA 4AF2A 1J08A 4ECJA 2DMLA 4GQFA 1Z7RA 1V57A 7GSSA 1GSQA 3I9V2 5ECHB 5HR2A 4XS4A 3C8EA 5KN0A 2A2SA 4TRXA 4MLYA 4Q5NA 5ECRB 3HHVA 1SKSB 1GRXA 2OKAA 18GSA 2CZ3A 3UBLA 2VOCA 4GTUA 4LL1B 4V1Ap 2H71A 3TKSA 5HFKA 1ERTA 1M2BA 1SENA 1SJ6A 4KB3A 3GRXA 4EF0A 5F0GA 4XHMA 4RQXA 1EEJA 1YKCA 3C1SA 4NMUA 4X1UA 4TR0A 3HZ8A 3ZRDA 5G1LA 3RDWA 1CQHA 3QOUA 3TKSE 3KTBA 2MBTA 1UN2A 3I43A 4D73B 2DJ0A 1FHEA 4KDYA 3DKSA 4QL7A 4TOPA 4NHWA 2B1LA 2GTUA 2G2QA 1V2AA 2DIZA 1X9SB 4O7HA 2CAQA 1F9MA 2H73A 2ZNMA 3A2VA 2CA8A 5GAPD 3BBYA 4N0VA 2P5QA 4KNDA 6GSSA 4YAPA 1G7OA 1TDIA 2FCHA 4HS1A 1AIUA 4HEA2 4WR4A 1S3CA 1JFUA 2LJKA 5CRGA 1A0RP 1CQGA 3APQA 4KCEA 1GP1A 2I3YA 3HDCA 1GSUA 3G7IA 2LSTA 2GSTA 1FO5A 3DMLA 6GSYA 2PVQA 2OBKA 5CRWA 3GX8A 2GZPA 1YZXA 2C1YA 3IHQA 3EURA 5DALB 3C7MA 4HJ2A 1W4VA 1FVKA 1XCCA 1PD21 3GFKA 3VPQA 3CMIA 1SKWB 1OC3A 3UAPA 1SK2A 3F6FA 1H4OA 3IPZA 1OC9B 4Q5FA 3RHBA 1AQXA 3TRQA 5ELAA 3UL3A 4DSQA 3HCZA 1NSWA 2CV4A 4H86A 2F51A 2EC4A 2TIRA 1MDIA 3D4MA 1WMJA 3WT2A 4JEDA 1ZMAA 3CSJA 4MJAA 1JLWA 2L57A 1X5EA 3LXTA 3K8NA 1AQVA 3H8QA 1DUGA 4Q5RA 1B9YC 2X64A 3HYPA 4ZL8A 1Z6MA 3L9VA 5ID2A 1S3DA 1AAZA 2YNXA 3GUSA 1BJXA 1JZOA 17GSA 5DAKB 5H5RA 3H4KA 2KP1A 3FW2A 1PGTA 4KDUA 3IOSA 5CRHA 3P2AA 4HZ4A 1U6TA 3A2WA 2AV4A 1EEMA 2FY6A 1G7EA 2H76A 1QQ2A 1BYEA 3C71A 3W6GA 2WDUA 1ACVA 1A2JA 2C0DA 4ID0A 5IQYA 2HZEB 3G7JA 3LFLA 4L8EA 2LRNA 2CVKA 4AJ6A 3TGZA 4RI6A 3KD0A 4LA1A 1AQWA 1GSSA 1SD8A 5AIXA 2B5EA 4JR4A 1TTZA 3LQ7A 1NHYA 5CAXA 1N8JA 4DSRA 1O6JA 5IMDA 3TKPA 3TKRA 4ACSA 3TB2A 3HD5A 1ABAA 4ZBDA 3WD6A 3PINA 3FEUA 1GTBA 4IP1A 1AXDA 3LJRA 2H72A 1EP8A 3TJFA 1OYJA 1YJ6A 1RK4A 4V2MA 2AJQB 1SL0B 2FWGA 1G0TA 1X0RA 1B4QA 1K0BA 3GIXA 3IA1A 1JHBA 1USBA 3KEBA 3EU4A 3QAGA 4GF0A 4NPBA 6GSTA 3KM6A 3CTFA 1T8EB 3U5RE 1K0CA 1AUCA 2GGTA 3H93A 3KH7A 4L5LA 4K2DA 1YF1A 1B4PA 2K8SA 2L6DA 1ZL9A 4HZ2A 1O8WA 4GXZA 4CW9A 2WB9A 1XWAA 1Q98A 2J23A 4MF6A 1XXUA 1K3OA 1EOHA 2RM6A 2AHEA 2XC2A 5F07A 3FR3A 5G2ZA 2VL3A 2I81A 4AGSA 3ZVJA 2H30A 3UIWA 1M99A 4TR4A 1XZOA 1V40A 3VWVA 3IXRA 2VUPA 5E59A 3KMOA 4HI7A 5B8AA 2HZFA 5ENUA 4EDYA 6GSWA 2RLIA 3GL3A 3M0FA 2FHEA 3RBTA 3ZZXA 2LNTA 2FNOA 1GSDA 2HI7A 1EV4A 2H70A 2R6KA 1NW2A 5GAND 2WULA 3DRNA 3M3MA 3A5WA 5J3RA 5IM9A 4ILFA 2OADA 2B7KA 2OJLA 2GT6A 4ML6A 1UC7A 2FWFA 1X9MB 2HFDA 1PL2A 3DYRA 3RHCA 2M46A 3DVXA 3L4NA 1O7UA 2DMMA 1DSBA 4N0ZA 2Z9SA 3VLNA 1WRYA 1FAAA 2HRFA 2WZ9A 1LJRA 1WIKA 4PQHA 3QFAC 5FHIA 4RQRA 2E0QA 2MBSA 3KTLA 1TRWA 1FOVA 1EV9A 3UOMA 4X43A 3DIEA 1K3LA 2CT6A 2V6KA 13GSA 5IMZA 1G6WA 2B1KA 3MDKA 4F0CA 5A4VA 1KTEA 3UBKA 1GNWA 1AW9A 3D21A 2GQMA 3F4TA 3HJPA 3KH9A 5ECIB 3SWLA 1DE2A 2HT9A 3S9FA 2AAWA 3PGTA 2PPTA 3JCML 4G19A 1HD2A 3NOFA 5EVOA 2KOKA 3G7YA 4PQIA 5D93A 4WKWA 5HFIA 2QC7A 1U88A 4BVXA 2DJ2A 1HYUA 2G0FA 3FR9A 3VURA 4KE3A 2IMDA 5HQPA 3TJBA 2P31A 1O85A 1OC9A 2NVLA 2DJ3A 2GQKA 4YQVA 1ZOFA 2IPAA 4XTSA 5KN1A 4BWQA 1Z7PA 2GT5A 2N5AA 2CX3A 2IMKA 2EIQA 3L9SA 3FZ5A 2AUVA 3C73A 3GHAA 1J0FA 2VD0A 1GWCA 2JZRA 4N30A 4IVFA 1K3YA 3F63A 2NPBA 1Z5YE 3CTGA 3F0IA 3DGQA 1JZDA 3GURA 3DD3A 3LYPA 1A23A 1VF2A 3F4SA 4EO3A 3CRTA 1KEBA 1C72A 1K0NA 4GQCA 4LLRA 4PXOA 3J7Yk 3IAS2 3IE3A 3P8WA 1QGVA 2L4QA 2HNLA 5IPGA 1SD9A 2RM5A 1TI3A 3BCKA 3I6AA 3F4RA 2I1UA 5D9TA 2NDOA 3KMNA 4Q5QA 3HY2A 4JZQA 3IC4A 1Y25A 4JR6A 3V1WA 3EC3A 1HQOA 5LNKe 4TN8A 5JCWA 3WGDA 1Q4JA 3APSA 1MEKA 3BOAA 2N5FA 2X99A 2LS5A 2F8AA 1R5PA 1ON4A 2H6ZA 4YQMA 2LRTA 4OMVA 4EXJA 2TRXA 4QL9A 5CYYA 3L0HA 2HSYA 2FUG2 3D22A 1R26A 1XOBA 3P7XA 4EDZA 2MMAA 5A4UA 1T7PB 4JE1A 1QK8A 4N10A 3ZMLA 2QGVA 4GSSA 4ZIJA 3LEFA 1SJZA 2VCZA 14GSA 2GVPA 4KGIA 2A4VA 2JSZA 3US3A 2HSHA 5B6NA 4KUNA 1XWKA 4WETA 2FA4A 2H8LA 4I97A 1A24A 1ZCPA 4MZBA 4CHSA 4OO5A 3ZIVA 1NM3A 5HR1A 2P0GA 4OFMA 1TP9A 4ZBAA 2B5XA 3LSZA 3UARA 4K7OA 3GH9A 2X8HA 1VF3A 2V41A 4PNFA 2YWMA 4WEYA 4XRDA 4L5OA 5F05A 1BAYA 4MZWA 1GUHA 3F9UA 2DLXA 4ISDA 3TRPA 3IAM2 4IKHA 1TU7A 1G6YA 2VM1A 1PKWA 2C3TA 2H0IA 1VGLA 1N2AA 3ZMKA 3GN3A 1WE0A 2GDRA 2P5RA 4OCEA 1SK0A 1GH2A 3ZL5A 4XRAA 2F9SA 1U87A 2H6YA 2ES7A 2C0GA 3F8UA 1B48A 4PURA 2NTOA 3ME8A 1X5CA 2VLVA 3VWWA 3GKNA 1X5DA 4NWYA 1WOUA 3QAWA 1U3AA 2JU5A 4XIHA 2VAFA 1XW9A 2EIOA 4JBBA 4FO5A 1YEPA 4FH8A 3M9JA 3NZNA 2IFQA 5HR3A 5DCGA 2DJJA 4FIWA 3TOUA 5ABRA 4LMVA 4MPFA 3N5OA 1EP7A 19GSA 2IN3A 2FA8A 5ECKB 5KEJA 1EGOA 1TW9A 2VIMA 2I9HA 5B7CA 1T3BA 3DXBA 2C80A 1EOGA 1GSFA 4BWSA 1A0FA 4IJIA 5CRDA 3HJMA 3QD9A 2VLUA 1S3AA 5AGYA 5H5SA 2H74A 2K8VA 2RIIA 5DQSA 3QAVA 2A2RA 3GKMA 1SL1B 4JU5A 3KGKA 2HE3A 5A5KA 3H79A 4KDXA 4AJ7A 3FZAA 1V98A 2LNSA 4EC0A 4IBPA 1AC1A 4PNGA 1MD3A 5ECQB 5IPHA 4MF5A 2PWJA 2GLRA 1TK8B 1XFLA 2VCTA 5DJLA 1F2EA 5JWOB 4FYCA 3HXSA 4XS4B 2B6MA 3W8SA 4TKYA 1LBKA 2CVBA 2VCQA 4K9ZA 2GSQA 4IW9A 2XHFA 4BL7A 3ERWA 3TUEA 2JL4A 4DEJA 2DC5A 5AISA 1GSEA 3ZFLA 1KNGA 3ERFA 3O76A 2YCDA 2ON5A 3TRXA 2XBQA 5AN1A 6GSVA 5IIZA 2L6CA 1GTIA 4AJ8A 1OAZA 4PGTA 4NV2A 3KZQA 3O6TA 2M80A 4MMMA 5JWQB 4WXTA 4G9HA 5G5FA 2X8CA 4OFTA 2N5BA 2WS2A 3GTUB 2YWIA 3MNGA 1GLQA 3CSIA 4NAXA 2X8GA 1SYRA 2OBIA 5D73A 1FW1A 3TDGA 2REMA 3QDNA 1H75A 2H0GA 1K0MA 1YY7A 2MZCA 4K8MA 4TR1B 1Z3EA 4F03A 2WJUA 2FWEA 5G30A 4YAVA 3LORA 2FWHA 2YZHA 3RAZA 3PR8A 2YJHA 4ZB8A 2VCXA 8GSSA 4K1FA 3L9UA 4ZILA 4KW6A 2PVOC 5HFGA 3OR5A 2KUCA 4PUFC 1A8YA 2JZTA 2CVDA 1F37A 3LGCA 4POLA 4K7IA 4WF4A 5J9BA 3E9JB 3O3TA 3C1RA 2B7JA 3QR6A 4GLTA 4L0WA 3BCIA 2O8VB 4HQZA 4D73A 5B8BA 1FB6A 4NHZA 4ZXGA 2VM2A 3GX0A 4O32A 4MF7A 2CQ9A 2IIYA 4O92A 4V1Ag 3HJOA 5GZZB 1T1VA 5J4UA 3EINA 5A4WA 3VK9A 3CBUA 3TKQA 4ZBBA 3SBCA 1A8LA 4CDOA 4G10A 2O87A 1YF0A 4KCAA 2E7PA 2YP6A 3LWAA 3EE2A 4J56E 1GNEA 5C04A 1LU4A 4EL1A 3A3TA 1W89A 2QSIA 2V32A 4IELA 2DJKA 4XS1A 1IYHA 5INYA 4OCFA 2PMTA 2H1GA 2ZCTA 4MK3A 2YWOA 3E0UA 4ECCA 5ID2B 5DALA 3FHKA 2BMXA 4OD7A 2DSAA 2NBSA 2C3NA 1ERWA 22GSA 5J41A 3M9KA 5G1KA 2YV9A 1ML6A 5DJMA 3TJKA 2PBJA 3BJ5A 3FR6A 1I5GA 1TJDA 2IL3A 4FYUA 3HKRA 2O7KA 1M7TA 3HZ4A 3IK9A 2HRNA 3J7Yb 2CX4A 1OE8A 1ZZYA 5D9XA 1TK5B 2HXKA 2C3QA 1FG4A 2XPEA 1HNBA 2L5LA 5L71A 4WR5A 1GL8A 2L5OA 5IO2A 4F2IA 3DEXA 4DSSB 4HDEA 3ZVJD 4MCUA 2YOIA 5AIVA 3UVTA 5EL8A 4HQSA 5EY6A 1BQ7A 4KSOA 1M2DA 2GSRA 1Z6NA 3ME7A 5KN2A 2OACA 2H75A 5DAKA 2R3XA 1Z9HA 3UEMA 1TRVA 2OE0A 3UMAA 3Q6OA 2R4VA 1V58A 5DBQA 2VCWA 1RQMA 3ED3A 1XIYA 5HR0A 2B5YA 4NV5A 1MDKA 1VF4A 4QQ7A 3TJJA 3M1GA 2HZEA 1JZWA 1A2LA 2JSYA 4HU9A 4ULXA 1X9WB 4MPGA 3VI7A 3GKXA 2ALBA 2MYGA 3FYGA 2M72A 4P3YB 3MWHA 2CAIA 4V2LA 12GSA 1M9BA 1XBSA 2B3SA 4MABA 5COHA 1PA3A 1ILOA 5ECMB 1F3BA 3IDVA 1PQNA 2IWTA 1PX6A 5DQYA 1VRSD 4ECIA 3N9JA 3U6VA 1B8XA 5G5EA 4L0UA 1GSYA 3CSHA 1GTUA 2VD1A 3ZIJA 2D2ZA 4BA7A 4XS6A 1WJKA 1GLPA 2RUEA 3TKSC 1DE1A 3GV1A 2LEGA 1PX7A 1PN9A 3ZFBA 4GCIA 1EWXA 5ELGA 2F3MA 4TXVA 1XWCA 4XCSA 1BEDA 1PL1A 1T4ZA 3M8NA 4K6XA 5CREA 3F3RA 2LQOA 1TRSA 2WFCA 2JADA 5DCHA 2V6OA 2IJYA 3HVXA 1THOA 3GTUA 1O73A 1XVQA 3KCMA 3GSTA 1TRUA 3LYKA 3RPNA 1M0UA 2OE1A 2KHPA 2HYXA 1PSQA 3VFIA 1B9XC 1SJIA 1QFNA 5D96A 1YKAA 3D5JA 2FGXA 3MSZA 3ERGA 2O85A 2L59A 4KX4A 4TR1A 20GSA 2O89A 3CXGA 1OKDA 5JCGA 4I8BA 1K0DA 2WCIA 1MTCA 3FZ4A 4WBJA 3VI5A 3VPTA 4HU7A 1GULA 2MMNA 4MZCA 1TK0B 2H66A 4RUVA 4WBRD 3EYTA 1T4YA 2K18A 1FVJA 1SU9A 5DVBA 5DDLA 1V9WA 1VF1A 2PN8A 4Z7XA 4TR3A 3IBHA 4OO4A 4FYBA 4EUYA 3KIJA 4KA0A 4K7NA 2PERA 1HNAA 4TXOB 3F6DA 4K0NA 2E2GA 2E2MA 5J9CA 1T00A 4ML1A 3P90A 2IMIA 3HA9A 1F6MC 3Q74A 1E6BA 4LMWA 2PGTA 2VL2C 5F8BA 2LKUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
How to cite