The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
99
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structure length |
97
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Chain Sequence |
QGILSLALKDKAALYSAYMPFVKSGGIFVPTPKRYMLGDEVFLLLTLPDSSERLPVAGKVVWTTPAGANRAAGIGVQFPDGPEGEAVRNKIETLLAG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural polymorphism of c-di-GMP bound to an EAL domain and in complex with a type II PilZ-domain protein
doi rcsb |
| molecule keywords |
Putative uncharacterized protein
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Xanthomonas campestris pv. campestris
|
| total genus |
21
|
| structure length |
97
|
| sequence length |
99
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-05-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF07238 | PilZ | PilZ domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | predicted glycosyltransferase like domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4P00 A; 3CNR A; 4HG6 A; 4I86 A; 4RT0 A; 4FOU C; 4RT1 A; 3KYF A; 2GJG A; 5EJL A; 5EJZ A; 2RDE A; 2L74 A; 5EIY A; 1YLN A; 5KGO A; 4XRN A; 3DSG A; 5EJ1 A; 3KYG A; 5KED A; 4P02 A; 1YWU A; 5KEC A; 4F48 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NTP A; 3GY2 A; 4A6L A; 3SNE A; 3ZZ8 A; 2LEL A; 2PKA A; 1UHB A; 1WTH D; 3OU0 A; 1N8O B; 1A5H A; 2B7D H; 2NU0 E; 1SGT A; 2L74 A; 3M36 A; 4ISN A; 4Q80 A; 1O5C B; 1LPK B; 2C8Y B; 1LO6 A; 3ZZA A; 2R0L A; 1GJ5 H; 1T8N A; 1RIW B; 2BLV A; 2CHA B; 2XXL A; 4E05 H; 1W11 U; 1FY4 A; 4LK4 A; 1P9S A; 4R0I A; 1IQM A; 4F48 B; 3LDX H; 2GV7 A; 1KXB A; 1GBD A; 1MD8 A; 2OD3 B; 3BTM E; 3ELA H; 1O2H A; 5F53 A; 3A8A A; 1ANE A; 1P2Q A; 3MQK C; 1YPH C; 2GP9 B; 1JXP A; 1GDQ A; 3OTP A; 1NFX A; 1WV7 H; 1TPA E; 1AZ8 A; 2Z7F E; 3MOC A; 2BY9 X; 3RMN H; 3HK6 B; 1IQN A; 1O3A A; 5BPE A; 2ZDM A; 1HIA B; 2QYI A; 1WXR A; 1LTO A; 1HNE E; 1GJ6 A; 2F83 A; 1NES E; 4K1S A; 2THF B; 1ZLR A; 3OSY A; 2A1D B; 2JH0 D; 4H6T A; 4MNV A; 3OY6 U; 4ZH8 A; 4YOG A; 4NG9 H; 3SOS A; 2WPK S; 3LIW A; 2JET C; 1NZQ H; 4DCD A; 3AK5 A; 3BG8 A; 1GJC B; 3UOU A; 1ELC A; 1C2F A; 3OEH D; 2M2A A; 1QL8 A; 2BD7 A; 2WYG A; 3HGP A; 3M5L A; 1UTM A; 2AIP A; 1MQ5 A; 3W95 A; 2ZDN A; 1XX9 A; 1SLX B; 4LZ4 B; 1TOM H; 1VJ9 U; 1P02 A; 1TWX B; 2ZEC A; 2ZTX A; 1HJA C; 1NC6 A; 1KXE A; 1EAU A; 1FUJ A; 4XDE A; 1EJA A; 1ZJD A; 3VGC B; 1K22 H; 1ARC A; 2FI3 E; 3DSP A; 3RML H; 1EP5 A; 1CBW B; 2GCT B; 1OP0 A; 3A7Y A; 3MU4 A; 1C5S A; 4B2B A; 8KME 2; 1AVX A; 1MTN B; 3SV6 A; 1HAH H; 2BY7 X; 4CRD A; 1ZOM A; 1MAY A; 4U2W A; 3MTY A; 3SI4 H; 2UWP A; 4NA8 A; 1QJ7 B; 1P09 A; 1TRY A; 3Q76 A; 1QZ8 A; 1LQE A; 1AVW A; 1QFK H; 2TGP Z; 1EB1 H; 1ZSJ A; 1WQV H; 1HAX B; 2Q6F A; 1QA0 A; 2ZU1 A; 3LGV A; 1NBM D; 3Q3Y A; 4Y79 A; 1TNL A; 3PYH A; 2HNT E; 2GT7 A; 1GJD B; 3T27 A; 2Z3C A; 3WY8 A; 1CHG A; 1RD3 B; 1QB1 A; 1YM0 A; 4H42 U; 3T2N A; 5HMA A; 5BRR E; 3H7T A; 1IHS H; 1Y5A T; 3TIU A; 2A5K A; 1V2U T; 5F8X A; 4ISH H; 3VPK A; 3RU4 T; 1H9I E; 1YLD A; 1UO6 A; 1HGT H; 4CR9 A; 3SJ8 A; 1S6F A; 1TOC B; 1QTF A; 3D62 A; 4MNX A; 2O9Q A; 3A89 A; 1PPF E; 3PRO A; 1SOT A; 1E1Q D; 4ZRO A; 2QAA A; 4NA7 A; 4IMQ A; 4AN7 A; 2OXS A; 4O3T A; 2KCA A; 1KLJ H; 1QNJ A; 2XCN A; 2KCP A; 1TBZ H; 2HVX A; 1O5D H; 1O5A B; 2YMS C; 3EE7 A; 3E3T A; 3N7O A; 1RS0 A; 2BB4 A; 5T6G A; 2Z9G A; 2AH4 X; 2WUC A; 2BDY A; 3SN8 A; 1CSO E; 1C5X B; 2ZU3 A; 2QXJ A; 3TVJ B; 4ABE A; 1VGC C; 1ELA A; 1A0J A; 3CNR A; 2ZP0 H; 2GTB A; 2PP6 A; 3OYP A; 1MD7 A; 1S84 A; 5C2Z A; 2EQN A; 3A84 A; 1C1V H; 3UTU H; 5DP7 A; 1K1P A; 3KCG H; 1GBT A; 4IS5 A; 3PTN A; 1O2J A; 2ZTY A; 3F9E A; 1KYN A; 1BML A; 3P8F A; 3B23 B; 3CS0 A; 1IQK A; 1LQD B; 2WV5 A; 3DA9 B; 4UFF H; 1HXE H; 1GVZ A; 2F9V A; 3TH3 H; 2FM2 A; 5A2M H; 1O3E A; 5HGG A; 1O39 A; 4AFQ A; 1GJA B; 1C1Q A; 1C2D A; 4BXW A; 4I7Y H; 2H9E H; 4B6E A; 2KCO A; 2WPL S; 5JBB S; 4Y8Y A; 1OWK A; 2BDA A; 4Y0Z E; 1TFX A; 1TPP A; 3GS9 A; 2A4Q A; 3KEE A; 3SQH E; 3LJO A; 1ZRB A; 3LGY A; 1CGI E; 5E2O A; 5CDF E; 1ESB A; 3EQ0 H; 1GHB G; 2ANK H; 3I29 A; 1AY6 H; 4U01 A; 4CH2 B; 1DE7 H; 1OWD A; 3QZR A; 4X8S H; 3GDU A; 2ZDL A; 1GDN A; 2M5T A; 4FUC A; 3MU1 A; 4Y8X A; 5IK2 D; 2V3H H; 1N8O C; 3D23 A; 1TQ7 B; 1OYQ A; 1NRO H; 3W1E A; 1O3N A; 2AIQ A; 3PMJ A; 3LGU A; 3KQE A; 1GI6 A; 3RLY H; 4BAM B; 4JZI A; 3TH2 H; 1Y3U A; 4FVB A; 1MQ6 A; 4X1S U; 4UE7 H; 3QLP H; 1L1J A; 2OIN A; 3WWF A; 4CRE A; 2CHA C; 1DVA H; 1MUE B; 2UUF B; 4D76 A; 3A8B A; 1HAP H; 2CN0 H; 3UY9 A; 1G30 B; 2UWO A; 5TCC A; 4WY3 A; 3PMA B; 1K9O E; 2ZHF H; 2BDC A; 3EYD A; 1V2R T; 1C5R A; 2HGT H; 1AGJ A; 2PKS B; 1ZPC A; 2PFE A; 5K0H A; 2GZ8 A; 4Q63 A; 1AD8 H; 4AYV B; 3A82 A; 1V2L T; 5DP8 A; 3E1X B; 1IQG A; 2AGG X; 1Y3W A; 3GY6 A; 3SNA A; 3RXU A; 1ANB A; 2XTT B; 3MNB A; 4CRB A; 1TRN A; 2VWN A; 1AVG H; 4NCY A; 1D3Q B; 2UWL A; 2ZDA H; 1UTL M; 1RXP A; 1XXF A; 1C5P A; 1E37 B; 3LON A; 4Y11 E; 1ZHR A; 2XBW A; 2GMT C; 2Z9J A; 5C17 A; 1QHR B; 5JDU B; 3O8R A; 3UPE A; 5DG6 A; 5FAH A; 4XOJ A; 3SV2 H; 2DUC A; 3BTW E; 3WWB A; 2H6M A; 1TPO A; 4GHT A; 1TGN A; 3MH6 A; 2ASU B; 1KXA A; 2BD9 A; 3U8O H; 1UTP A; 3A83 A; 3M5N A; 2ZFR H; 1P2M A; 3EDX B; 4OS4 A; 1EPT B; 1Z6J H; 1TON A; 2XC0 A; 2O8M A; 5EQQ A; 1SQT A; 1CBW C; 1UVS H; 4FUF A; 2GCT C; 1DLE A; 4ABI A; 1YPJ H; 1MTN C; 2KAI B; 4ASU D; 1EJN A; 1ZPB A; 4BTU B; 1A46 H; 2ZG0 H; 1A5I A; 1F2S E; 2Z3E A; 3C27 B; 1Y3X A; 5C3N A; 2BDH A; 2XBX A; 1M9U A; 1IHT H; 1H9H E; 3AVZ A; 1RTK A; 2W7U A; 2WPH S; 3O8C A; 1BA8 B; 2ZFQ H; 4X6O A; 5F03 A; 5LPE A; 5L2Y H; 5HM2 A; 2EC9 H; 5FXL A; 3GY7 A; 4IBL H; 3E90 B; 5DPA A; 2VIN A; 1W2K H; 5EXM A; 1Z8G A; 4Q4L A; 2G5V A; 2QN5 T; 2BX4 A; 5KGO A; 1W0Z U; 2CMY A; 1T31 A; 1DUE A; 1ZMJ A; 1WAY B; 4DJZ B; 1CT0 E; 2OBQ A; 2QF4 A; 2R0K A; 7GCH G; 1FY8 E; 3MNX A; 1KLI H; 1FAX A; 4TWW A; 3BTG E; 1SC8 U; 4P00 A; 3TK9 A; 1YY3 A; 5F6M A; 1QBN A; 2A4G A; 2GJG A; 1GJB B; 3T5F H; 1AWF H; 4ABF A; 5DGJ A; 3GDS A; 3R0F A; 4E06 H; 1GHA G; 5HIZ A; 1GJ7 B; 4NFF A; 2RDE A; 2FTL E; 4DOQ A; 2VWO A; 3SQE E; 1T8M A; 2KCY A; 1SGF G; 2TRM A; 1UTJ A; 1O5G H; 1FPH H; 1NU9 A; 4QT8 C; 1C2M A; 1EB2 A; 3SOR A; 5L6N H; 3SHC H; 2F4L A; 2PTN A; 1HDT H; 4YT7 H; 4I33 A; 2J98 A; 6GCH F; 4EST E; 6CHA C; 1IQJ A; 2GDD A; 2FIR H; 4M9F A; 5T6F A; 1TGB A; 4FUI A; 1QGF A; 2WHX A; 3TJN A; 3UIR A; 4JCN A; 5J4S A; 2QIQ A; 1D9I A; 1OPH B; 1W0K D; 4AZ2 B; 4FUE A; 3OEE D; 4VGC B; 3GCT F; 2ANM H; 1Y8T A; 2ZGX H; 1FIW A; 3KQB A; 1IQI A; 1BHX F; 2SNW A; 1GBE A; 1UTQ A; 1SHH B; 4K1T A; 1KLT A; 3MH7 A; 3PWC A; 3SU6 A; 2VID A; 3TGK E; 3SBK A; 3JZ1 B; 3PLK A; 3DUX H; 2ZA5 A; 3LC5 A; 2KR7 A; 3ATI A; 2HLD D; 1C2H A; 4WME A; 1O3C A; 3I77 A; 3L33 A; 3MH5 A; 1C1R A; 5EJL A; 1GBF A; 3BEF B; 1Z8R A; 1W14 U; 2J38 A; 5JB8 S; 2VJ1 A; 1TNK A; 2P8O B; 1EAS A; 1GPZ A; 1ZZZ A; 2F9N A; 9EST A; 1C2E A; 3V13 A; 5A0C A; 2GT8 A; 3FAO A; 9LPR A; 2BYA X; 1G3D A; 3PV2 A; 3TPI Z; 1SFQ B; 2V35 A; 1SGI B; 4HG6 A; 4I8J A; 3SGB E; 1OKX A; 1SMF E; 1YPE H; 2FOC A; 4FU9 A; 2FOE A; 5AFY H; 1C1N A; 1SI5 H; 4Z0K A; 1BTU A; 2A2X H; 2QY0 B; 1O36 A; 1EKB B; 1O3K A; 2J92 A; 5FX6 A; 3QGJ A; 4NGA H; 5PTP A; 1EAW A; 2JJ2 D; 3E16 B; 4K8Y A; 4CHA B; 2C8W B; 2FOM B; 3ZVF A; 3KF2 A; 2I6S A; 1LHC H; 1Y59 T; 4FUG A; 1CU1 A; 4DY7 B; 1CA8 B; 3P8N A; 2Y82 A; 2FLR H; 3LH1 A; 1ZJK A; 1WCZ A; 1ORF A; 3F0O A; 4RI0 A; 4UD9 H; 3E6P H; 4JZF H; 3MWI U; 1UJ1 A; 2BOH B; 2Z94 A; 3LKW A; 3UFA A; 5CHA B; 4FXG H; 4GPG A; 2P94 A; 1DDJ A; 4YLQ H; 1EZS C; 1O3M A; 3GY3 A; 5GJ4 B; 4TWY A; 2LP6 A; 4RKJ B; 1YCP H; 3A7X A; 5DP6 A; 3SJI A; 4PRO A; 3FOA A; 5FX5 A; 3A87 A; 3TNT A; 1FDP A; 3F6U H; 1HYL A; 4GAW A; 5EPN A; 1WYK A; 3QGN B; 2EST E; 2P59 A; 1SGR E; 1ZYO A; 1THR H; 1ETR H; 3LC3 A; 1BTY A; 3VEQ B; 2ZPS A; 1A7S A; 4CBN A; 2SNV A; 2V7Q D; 2ZPR A; 1TE0 A; 1EPT C; 2WPJ S; 1DWE H; 1F92 A; 3ZV9 A; 5DN6 D; 1UVO A; 1CHO G; 4K2Y A; 3QO6 A; 1BBR E; 1O2M A; 2A4O A; 1FI8 A; 2VIQ A; 3W94 A; 1EZX C; 3STI A; 1WQS A; 1AB9 C; 4X1R U; 4TT3 D; 1O30 A; 2BXU H; 3K6Y A; 1GJ4 H; 1EOJ A; 3TNS A; 2ZFT A; 4Z6A H; 4J1Y A; 1ZTK A; 2NU2 E; 2IJO B; 1GVL A; 2J94 A; 2JDI D; 2SGF E; 2SGD E; 4ZAE A; 2ZDV H; 3RM2 H; 3RXP A; 1S6L A; 3SUG A; 1AHT H; 1BT7 A; 2PLX A; 3ATW A; 1IQL A; 4TPI Z; 4GCH F; 3ZZ3 A; 4NIY A; 3OTJ E; 1UK4 A; 1K28 D; 2WYJ A; 3M5M A; 3C1K A; 3N7D A; 1ZSK A; 4BTT B; 1HAG E; 3M5O A; 1O3J A; 3AW0 A; 8EST E; 1EP6 A; 2QV1 A; 5DO4 H; 1MZA A; 4BAQ B; 2HNT C; 1HJ9 A; 1LKA A; 2Y5G A; 3F68 H; 4JYU H; 2XRC A; 1DPO A; 4LXB H; 1ANC A; 1G2L A; 3SNB A; 1MH0 A; 3GYL B; 1GMC F; 1CVW H; 2PSX A; 5C1X A; 3T29 A; 2D2D A; 1LHF H; 2XWB I; 5A0B A; 3DSO A; 2O8U A; 1UHB B; 1AN1 E; 5C0T A; 2J97 A; 3S0N A; 1EJM A; 2ODY B; 3SV7 A; 3U1I B; 1BTP A; 2B0F A; 4WXI A; 4ABG A; 5G4B A; 2LPR A; 1FMG A; 5LPR A; 1AKS A; 1O33 A; 2ZPQ A; 1SL3 A; 5EOD A; 1Q31 A; 3DFL A; 3ZZ6 A; 5L2Z H; 3BIV H; 6LPR A; 2TBS A; 1NO9 H; 3MNS A; 2FZZ A; 4I8K A; 1GBK A; 4VGC C; 3MU5 A; 1C4U 2; 1C2I A; 3PMH B; 3TK5 A; 1GHB F; 2O8W A; 3Q77 A; 3SJO A; 2K0Q A; 2OUA A; 3RDZ A; 3T62 A; 3RXO A; 3S7K B; 2OTV A; 5DP5 A; 4ZHA A; 2XND D; 4ZMA H; 1S6H A; 2SGQ E; 3QN7 A; 1TMT H; 3FKS D; 1RFN A; 1GI3 A; 3TJV A; 4MG3 A; 2C8X B; 5LH8 A; 3M3T A; 1C5U A; 3ZZD A; 4ABH A; 3EAJ A; 1Q2W A; 3MO6 A; 5C1U A; 2FYR A; 1HIA A; 1O2I A; 2FWW A; 3NXP A; 1YCP K; 1DXP A; 1Y5U T; 1W7G H; 2P8O C; 1WDI A; 3KQ5 A; 1E1R D; 1AFE H; 1PPE E; 3B9F H; 2EI6 A; 1DM4 B; 1WSS H; 2FEQ H; 2UUY A; 3ZVG A; 2STA E; 8GCH F; 2XWA A; 3M3V A; 3SGQ E; 2XBV A; 2ZU2 A; 3F0P A; 1EZU C; 3SO3 A; 1YBW A; 3M35 A; 4M7G A; 1CE5 A; 1X7A C; 4FOU C; 3N99 A; 1P03 A; 5EOK A; 1C5V A; 2PSY A; 2QXI A; 3DT0 H; 4MLF B; 1GHV H; 5JPM H; 3QDZ B; 1Z8I B; 4CHA C; 3URE A; 1WUN H; 1U6Q A; 5FPY A; 4XD7 D; 5AVD A; 4WMF A; 2CV3 A; 1W12 U; 4Y8Z A; 1QUR H; 5EJ1 A; 5I25 A; 2C93 B; 1SGC A; 1P12 E; 2WIN I; 5EU8 A; 2A7J A; 1UTN A; 1RTF B; 1QQU A; 3IIT A; 1SQA A; 3K9X B; 4Q7X A; 3RC4 A; 1JBU H; 1TQ0 B; 1DFP A; 5T6D A; 1HCG A; 2TGA A; 3RXV A; 1L1N A; 2BD8 A; 1O37 A; 3BTK E; 5CHA C; 2VWM A; 3OAA D; 3A86 A; 3TJO A; 1BQY A; 5EJZ A; 3E91 A; 1GDU A; 3PM3 A; 3Q3X A; 1HV7 A; 1XKB C; 1SLV B; 1SKY E; 2IJD 1; 2VBC A; 3VB4 A; 1P01 A; 3VXE H; 1BIT A; 2FLB H; 1GG6 B; 1YPM H; 3TIT A; 4MPV A; 2ODP A; 1GCD A; 1W13 U; 1LHG H; 1NRP H; 1C5W B; 2A5I A; 2AEI H; 3NWU A; 1TAL A; 1GI9 B; 2Y80 A; 3PB1 E; 2C90 B; 2GKV E; 2ZHD A; 3A85 A; 3I78 A; 3SYJ A; 1FX0 B; 1KY9 A; 4D9R A; 2ZI2 H; 1COW D; 1E79 D; 4GCH G; 1BUI A; 2EI7 A; 2TGD A; 4X2V A; 5AF9 H; 1FV9 A; 2DE8 A; 2W6I D; 1V2O T; 1VIT H; 3SU0 A; 1B0F A; 1TX6 A; 3G01 A; 4J2Y B; 3RP2 A; 1TMU H; 1KTT B; 1V2P T; 4JK5 A; 1BBR H; 2PR3 A; 3RXI A; 2BX3 A; 1C9T A; 4OS1 A; 5A8Y A; 4XFQ A; 1O38 A; 1GVK B; 2BZA A; 1ABJ H; 3F9G A; 3PRB A; 1KXD A; 2BD4 A; 1P2N A; 5JYI A; 3RXH A; 1BDA A; 1NS3 A; 2YNA A; 4Y10 E; 4D8N A; 2GZ7 A; 1IAU A; 1AWH B; 1GMC G; 1BB0 B; 1EQ9 A; 1GHY H; 1TIO A; 1UTO A; 7GCH F; 1BMA A; 2ZZU H; 1C5Z B; 2BQW B; 2QXG A; 2DE9 A; 2HPQ H; 3SU3 A; 2FMJ A; 1CQQ A; 3BTE E; 1O2P A; 2K1Q A; 1B5G H; 4A7I B; 3RXJ A; 2J9N A; 5E0J A; 1GHA F; 1P2O A; 1SGF A; 4Y6D A; 3P92 A; 4RT0 A; 3RMM H; 1F5K U; 2PHB A; 4IMZ A; 3F3B A; 2ZHQ H; 6EST A; 4SGB E; 4INH A; 3QZQ A; 4LOY H; 2NU3 E; 2BDG A; 3AW1 A; 3VG8 A; 1AUT C; 1K1L A; 1ZGV A; 5HIY A; 4B73 A; 4XRN A; 3GYM A; 5GCH G; 5HXF A; 2V6N A; 4AOR A; 2XBY A; 4CR5 A; 2VWL A; 3UQO A; 1O2T A; 1XKA C; 1HAY B; 3R3G B; 2R2M B; 3VXF H; 2BM2 A; 3D65 E; 1MAB B; 1W8B H; 2KX4 A; 3BF6 H; 3GCO A; 2BLW A; 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