4K7IA

Human peroxiredoxin 5 with a fragment
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
SAPIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTCSLAPNIISQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comparing Binding Modes of Analogous Fragments Using NMR in Fragment-Based Drug Design: Application to PRDX5
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Peroxiredoxin-5, mitochondrial
total genus 50
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2013-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4k7iA00
1XW9A 1Q98A 2B3SA 3UL3A 4BPYA 4HZ2A 2A2RA 2FWGA 2FWHA 1XOBA 1SKSB 1K0OA 2GTUA 2GVPA 4K7IA 5G5FA 2O7KA 2E0QA 5G31A 5JCGA 3HZ8A 4GSTA 1DSBA 2KUCA 4K0GA 4MZBA 3KM6A 4ECBA 3UIWA 2GGTA 3TKRA 2H1BA 4K0NA 3H93A 1EP7A 1K0NA 6GSYA 1XFLA 3LYPA 2CZ3A 4PQIA 3GKXA 3ZRDA 3HD5A 4FIWA 4TXVA 4Z7XA 2PMTA 5IOXA 4KSOA 4PGTA 1K0CA 4KB3A 2FNOA 4KNDA 1GSFA 3FEUA 4K9ZA 2HXKA 5CAXA 4ZILA 3P7XA 1OC3A 4XTSA 3ZTLA 4ECCA 3Q74A 2LSTA 3GUSA 1HYUA 1MDJA 2X8GA 3VK9A 2LRTA 5D9TA 1K3YA 2MMNA 2LKUA 3GV1A 3HKRA 5KN3A 5EY6A 5F06A 2H6XA 2VOCA 2MBSA 1TK5B 4TW5A 4HI7A 1J08A 1WRYA 2CX4A 1USBA 4KW6A 1M99A 2JZSA 1FW1A 3KGKA 3IPZA 5G1LA 2DJ1A 2TIRA 2H0GA 1SL2B 4DSQA 2FHEA 4RQXA 1FVJA 3C7MA 1EEMA 1A0RP 2GQMA 4ML1A 1U87A 3BJ5A 2YWNA 5D9WA 5HFIA 4NMUA 5ECHB 3IRAA 4RI6A 4FYUA 2IMKA 2GZZA 2F8AA 2H30A 2R6KA 3TCOA 2VO4A 5COHA 2L6CA 1I5GA 5AISA 4NXIA 5JWRB 4YH2A 5A4WA 1B48A 1YQ1A 2VM1A 3M9JA 2LV3A 5IMAA 4I6XA 6GSXA 2L5OA 4WR4A 1SD9A 1T3BA 3F3QA 2LS5A 4KCEA 3HY2A 3MAKA 2H0HA 1SJIA 3FZ5A 1WP0A 4BL7A 2OJLA 2G0FA 1K3OA 4K2DA 1RW1A 3L4NA 1PN9A 2C3TA 1XWKA 5IOWA 3M0FA 2YWOA 3DVWA 1XBSA 2YNXA 4Q5NA 2O87A 2WCIA 1EWXA 4TR1B 5DVBA 1EP8A 2F51A 1GSDA 1UA5A 2JU5A 1GNWA 3TB2A 2VLVA 3VWUA 3ISOA 1M7TA 2C0DA 5IPHA 4TKYA 3L9UA 3GFKA 2I4AA 4ZB8A 3L0HA 2VM2A 3O76A 2R4VA 2RUFA 3LXTA 4XS4B 4IP1A 1HNCA 5DALA 3ZVJA 3ZFBA 2YP6A 4X43A 3SBCA 5INYA 2RUEA 3ME7A 1TJDA 4HS1A 2VL2C 1EGRA 2PERA 3MDKA 2TRCP 1GNEA 1GL8A 3M1GA 2A2SA 2DIYA 1WOUA 4LLRA 4TR3A 2B1KA 3L9VA 1M9AA 1EGOA 4KDYA 4MDCA 3F8UA 5ECLB 3KTBA 4N11A 4V2LA 2X64A 1ERUA 3A2XA 4KSMA 1VF1A 1G7OA 2K18A 4IJ3A 3UBKA 3DRNA 2AV4A 2B7KA 4F03A 3TUEA 5ECPB 2HSHA 2E2GA 2VCZA 1TK8B 4CW9A 1B9YC 2AJQB 5ECQB 4PNGA 2VD0A 1GSEA 1XPVA 4LL4B 2MZCA 3BCIA 2BTOT 2B5EA 2B5XA 4G9HA 1AQXA 1PRXA 3ZIJA 5DQSA 2WZ9A 1EV9A 3O6TA 2NBSA 4GSNA 2YV7A 5GSTA 3WGDA 1TRWA 4MMMA 1OKTA 3HDCA 2WDUA 3EU3A 5A4VA 5GAND 2YCDA 4MABA 1N8JA 3HVSA 1OAZA 3BD2A 3HJMA 4GLTA 2C3NA 4NWYA 2AHEA 4DSSA 2QSIA 1G6YA 2CVDA 3FR3A 3TKSA 1SYRA 2P31A 1JZOA 5L71A 4O7HA 5HFKA 4XIHA 4EC0A 3UVHA 4F82A 2ES7A 2C4JA 5AIXA 1NW2A 4ISDA 3I69A 2M46A 4GTUA 4KA0A 5CREA 1Y6EA 4BA7A 4NV5A 3HVXA 22GSA 3LG6A 4ZL7A 1YKAA 3BCKA 2YJHA 3WD6A 3ZFLA 3Q18A 2E7PA 2OE0A 4GQFA 1XWCA 1PKWA 1YEPA 4L0UA 4IS0A 3LQ7A 5FT3A 2I9HA 3D6IA 1QFNA 2ZNMA 3VI5A 1TU8A 1Z7RA 4XRDA 1Q4JA 1URMA 3HYPA 5HFGA 1F3AA 1YEXA 5D73A 1MD3A 19GSA 2NPBA 2O8VB 5JCUA 1NSWA 1TRVA 5J4UA 3PGTA 1YJ6A 2N5FA 2FA8A 2XHFA 3KP8A 4EO3A 1LBKA 5E4WA 4OFNA 3D5JA 4O32A 1FO5A 3LSZA 3RPPA 2DJ2A 5B8AA 5JCWA 3ZREA 2V32A 8GSSA 2QC7A 5ECSA 4L8EA 4MP4A 4IKHA 2GZYA 5H5QA 1AIUA 2H1GA 1A23A 1M2BA 1SKWB 3LEFA 3M3MA 3VPTA 4BWQA 2VCTA 3KP9A 4ZL8A 4IQAA 2PN8A 1E2YA 3HA9A 4Q5QA 1Z5YE 1R7HA 1O81A 1OE7A 5ECOB 4K7NA 2DMMA 5IMDA 2HYXA 3JCML 2QGVA 5JWOB 3RPNA 1G0TA 2IMIA 2GSTA 4MPFA 5IO0A 1FVKA 4TR4A 3TRQA 2YN1A 5EVOA 4TN8A 6GSWA 3QDNA 5DALB 1R4WA 1KBNA 2H0IA 2FA4A 2IMDA 1ST9A 4PQ1A 1F37A 3A2WA 1H4OA 4YAPA 2MMAA 2YANA 3F4RA 3EURA 3NOFA 4NHZA 3EMXA 2GDRA 3LWAA 2DJ0A 5CO3A 2EC4A 1R5AA 1ZMAA 2A4VA 4E8EA 4NAXA 1A2LA 1GTIA 3G7JA 1GUHA 4G19A 1GUMA 1M9BA 4RQRA 3ERFA 1ZCPA 2H01A 2CAIA 4ZXGA 5B7CA 2PU9C 3IC4A 3VLNA 1SL0B 5C04A 3Q6OA 4MH3A 2EIRA 4HEA2 5DCGA 5GAPD 1EV4A 1OKDA 4HJMA 3U6VA 3MNGA 4I8BA 3GYKA 5EPFA 3TJGA 4JU5A 13GSA 1W89A 2KHPA 2HE3A 5G1KA 3GH6A 1XZOA 2J23A 2FWFA 5CYYA 1ZOFA 2I3YA 4WXTA 1A24A 1EOHA 2K6VA 2GT5A 4LMVA 1ABAA 3TOTA 4HU9A 4WKWA 4DSSB 5CRHA 3IAS2 4QQ7A 3PINA 4GSSA 1T1VA 3DMLA 5J9BA 5J5NA 1JHBA 3TDGA 4ACSA 1TXXA 2YZHA 4MJCA 5JWQB 4HDEA 4AF2A 3M8NA 1FB6A 2RIIA 4OCEA 4TXOA 1K0BA 4GRFA 3TJFA 2FUG2 1W4VA 1OC8A 3UMAA 2H76A 2F8FA 4JR4A 5ECNB 3IDVA 2P0GA 1JZRA 5J9CA 2LQQA 3CSHA 2LJAA 5B6NA 3KMNA 1XIYA 1WPIA 4K6XA 4FH8A 1XWGA 3FKFA 1ERWA 3E9JB 1EOGA 4KH7A 2CVKA 4NHWA 1GH2A 4MZWA 1AC1A 3UVTA 1TW9A 4IW9A 2YWIA 2L6DA 5ID2A 5CRGA 3KJYA 3GL3A 2WULA 5E59A 2B1LA 2XBIA 4I2UA 1WMJA 2GLRA 1SK2A 4XHMA 4CDOA 6GSTA 1X5CA 1VRSD 4ZBDA 1JLWA 4MA9A 3IV4A 1THXA 3RHCA 5J41A 3TKPA 3GX0A 2V2GA 1V9WA 3KEBA 4PUFC 5G2ZA 2VL9A 3MWHA 4TOPA 1DUGA 2VCVA 3G7YA 1Y25A 1RK4A 1MTCA 5IPGA 1OE8A 1BX9A 2VAFA 2L4CA 3UARA 2B6MA 1T8EB 3QFAC 3F0IA 4YQVA 4E8HA 2FGXA 1PL2A 3QFBC 4ID0A 1XVQA 3CSJA 1QUWA 4JZQA 5CNWA 3KTLA 3EMPA 5F8BA 5A5KA 4POMA 2Z9SA 1K0DA 1PA3A 3EINA 1WWJA 2CAQA 1V40A 2JSZA 2PWJA 3F63A 1O8XA 3HXSA 4IQ1A 1SD8A 2JZTA 1ERTA 3GKKA 1WJKA 4D73A 4AJ7A 2H73A 1XWBA 5IM9A 2ON7A 2I81A 4POKA 5ELAA 1BAYA 3UEMA 6GSVA 5DAKA 2CVBA 2AUVA 1C72A 2H8LA 5FWGA 2H1DA 3TKSE 1TDIA 1M2DA 4F0BA 2PBJA 2PPTA 4WF4A 4NPBA 3APOA 1O6JA 4IELA 2JL4A 1F9MA 3LORA 5IMFA 3HJOA 4OO4A 2IPAA 1DE2A 1QGVA 2F3MA 1U6TA 2V41A 1X0RA 3FRCA 4ZL9A 3W6GA 4IGJA 4HU7A 2LRCA 5DCHA 2G2QA 1RQMA 2PUKC 1T7PB 1O8WA 2K9FA 1PX7A 5D93A 2N5BA 2OBIA 4IJIA 3KCMA 5ENUA 4MJBA 1V58A 3TRPA 3IHQA 3IK7A 2IJYA 5IMVA 1PGTA 5KEJA 3NZNA 3Q19A 3CYNA 3IA1A 4IN0A 4OFTA 4LMWA 3DGQA 3TGZA 3WGEA 3ZZXA 4MF5A 5FHIA 1SENA 5HR2A 2R2JA 5HR3A 3GRXA 1SJZA 1NHOA 4V1Ag 3J7Yk 5G30A 4JR6A 1SKRB 4PX1A 4MCUA 20GSA 2DBCA 4TXOB 3D4MA 1FAAA 5ECKB 4KCAA 1TRSA 2KP1A 3WYWA 2IIYA 1WE0A 2OBKA 4G10A 1EZKA 4DEJA 2YOIA 1ACVA 3V1WA 2MBTA 2DJJA 4HQZA 2DMLA 4K8MA 2VD1A 2GQKA 3HVVA 4ILFA 1TI1A 3SWLA 6GSSA 5HQPA 4X1UA 1U3IA 3BBYA 1YZXA 2CV4A 2WS2A 2O89A 3KMOA 1BG5A 1FOVA 2EIQA 5DBQA 3KH9A 3APQA 3C1RA 5ID2B 11GSA 1THOA 1AUCA 2DJ3A 3P90A 4OMVA 2GSRA 1YF0A 2XPEA 3FY7A 1MEKA 2JSYA 1SYXA 2ZCTA 1VF4A 2C0FA 2CX3A 3QD9A 5H5RA 4F9ZA 4EKZA 1XW5A 2PVOC 4AJ8A 2LNSA 2JACA 4CHSA 4PQHA 5ECRB 4ECJA 3O3TA 4MJAA 1CQHA 1ZZYA 5ELGA 3LJRA 2GZPA 3DWVA 4EXJA 3GIXA 2C8UA 4X0XA 3VWVA 4N0VA 4EDZA 3F6DA 4TR0A 2WJUA 1TU7A 1UVZA 1QMVA 4JRRA 2K8SA 3IAM2 1XCCA 5J3RA 1TP9A 2H72A 3ERWA 5KN0A 5LCZA 2IMEA 2HZEA 2ZUPA 4HZ4A 3BOAA 3CSIA 4AJ6A 3GL5A 4FO5A 4J57E 2C80A 1MD4A 1M2AA 1ZYEA 2R37A 1XVWA 1K0MA 2AB6A 2WGRA 3GSTA 1GLQA 2L4QA 3RBTA 3N9JA 3GKNA 1GULA 3QOUA 5DDLA 3EYTA 3NIVA 3ZITA 3ZL5A 1SK1A 1JZWA 1IYIA 2H74A 4JEDA 1T4YA 2FLSA 2DJKA 4IBPA 4V1Ap 3F9UA 5DAKB 3RAZA 4IVFA 4WBRD 5C00A 3GHAA 4BVYA 3C73A 3A5WA 3LGCA 3GX8A 4K1FA 5IQYA 4I97A 1B9XC 5DQYA 1AQWA 4GXZA 4EF0A 4MPGA 5GZZB 4TVEA 3EU4A 1YDKA 9GSSA 3ZMLA 4QL7A 1GTUA 2H19A 2WB9A 4XCSA 2VL2A 4IP6A 4KX4A 4ZBBA 2AAWA 1PSQA 3H8QA 2KLXA 2R5GA 1F3BA 5AIVA 3LFLA 3W8JA 4XRAA 2VUPA 4I5QA 2JADA 5ECIB 1BEDA 1TKDB 3FZ9A 3HJPA 3I6AA 4P3YB 3HZ4A 4L5LA 5KN1A 3AY8A 2VIMA 3MSZA 1SU9A 2WRTA 1BJXA 4POBA 1OYJA 3ZMKA 4PURA 2C1YA 3FHKA 4QL9A 1XWAA 2XBQA 2C0GA 2YV9A 3ERGA 1S3AA 4WF5A 4DVCA 3IE3A 4POLA 2CQ9A 2HI7A 2VLTA 5AN1A 3RDWA 3ZLPA 4O92A 3CRTA 4WBJA 1QXHA 3DVXA 1BYEA 2LJRA 2RLIA 4GQCA 3P2AA 4K7OA 4XS6A 4O5RA 3H4KA 4MH2A 2GS3A 3RHBA 1AAZA 2C0EA 3TOUA 3W8SA 1OVNA 3P8WA 1KEBA 3CXGA 1DE1A 4KAEA 4ZIJA 4KUNA 2HRNA 5A4UA 1A0FA 5DJMA 3TJKA 2JZRA 4WEYA 4YQMA 3D4TA 4G2EA 4EUYA 1V98A 3CTGA 3CMIA 1PD21 3GA4A 3FW2A 3FZAA 4FYBA 3U5RE 1V2AA 2LUSA 3K8NA 5IMZA 3OR5A 1QQ2A 3I43A 2EIOA 3DD3A 4N10A 3TKSC 4BVXA 2VCXA 5HR0A 4H86A 4PXOA 5LD0A 10GSA 1ILOA 5CRWA 1HNAA 1Z6MA 2BJXA 1ZYQB 5AGYA 3D22A 3TRXA 1DBYA 1FB0A 3QCPA 1JFUA 2R3XA 1NM3A 2AYTA 1AW9A 3VURA 4F2IA 3QMXA 4L0WA 1O85A 4NV2A 4IHUA 4V2MA 1CQGA 1FHEA 1X9SB 3UJ1A 3FR6A 2RM5A 1PKZA 3HHVA 2WFCA 4MF7A 4JE1A 5D96A 4LA1A 2IMFA 2X99A 3H79A 3GTUA 5HR1A 3C71A 1HD2A 2MMZA 4N30A 2HZEB 2LNTA 1GSYA 5B8BA 3PR8A 4GWRA 4GCIA 3CRUA 2E2MA 1XW6A 5IIZA 2PGTA 3TKQA 2KOKA 2HNLA 4EVMA 2OACA 2NDOA 2BMXA 3VPQA 2CT6A 1SL1B 3TJJA 5CP1A 4EDYA 2LRNA 2ALBA 3US3A 2YZUA 3C8EA 4PUAA 1GLPA 3TJBA 3DIEA 1ON4A 2OE3A 4MZCA 2OADA 3GMFA 4F0CA 2HFDA 1G6WA 1B4QA 4V2NA 5D8IA 2FD3A 4RI7A 4MF6A 2O85A 1GSUA 2NVLA 3IK9A 1S3CA 1AQVA 3EC3A 1OC9A 2PVQA 1Z6NA 2HLSA 1BQ7A 1J0FA 1U88A 1M0UA 1F6MC 2RM6A 3QPMA 3FR9A 1KTEA 3J7Yb 1MDKA 1X9WB 3WT1A 4J56E 1SJ6A 3A3TA 4PNFA 3VWXA 3D21A 4LL1B 2IN3A 2FCHA 1K0AA 2B7JA 3VFIA 1PQNA 5G5EA 4HUAA 12GSA 4OWYA 1ZGNA 2H75A 4WETA 5D9VA 1G7EA 4L5OA 1PL1A 2HSYA 4KDUA 1T4ZA 4KDXA 1LU4A 1ML6A 2J9HA 2LJKA 4EE0A 5B6MA 3F6FA 2DIZA 3QAGA 3LXZA 1IYHA 2VCWA 3DEXA 4HJ2A 1GP1A 4MJEA 1PMTA 1VGLA 3ME8A 5GSSA 4YAVA 1T00A 1J9BA 4Q5RA 1F2EA 3DXBA 2KP2A 1YKCA 18GSA 3ZYWA 1Z7PA 5ABRA 2LEGA 2F9SA 17GSA 1A8LA 1Z9HA 4OO5A 1TK0B 1YF1A 2IFQA 4DSRA 3F4TA 2CZ2A 5EL8A 5F05A 1B4PA 16GSA 1UN2A 3H1NA 2V6OA 2DC5A 2H71A 4I2TA 3QR6A 1TI3A 2XC2A 1A8YA 1U3AA 2DSAA 3VWWA 5H5SA 1Z3EA 2OA7A 1GSSA 1QK8A 3GURA 1O73A 4RUVA 3UOMA 3VI7A 5CRDA 1ERVA 4ML6A 7GSSA 1V57A 4BWSA 2FWEA 3EVIA 3S9FA 4ULXA 4ZBAA 2K8VA 2FY6A 1TOFA 2MMOA 1GSQA 2H6ZA 4N0ZA 4XS1A 1UC7A 4Q5FA 3PH9A 4OD7A 2D2ZA 1GWCA 2V6KA 3EE2A 2LQOA 1GTBA 2C3QA 3GH9A 2CA8A 2X8CA 1JLVA 1WIKA 3IBHA 3APSA 1NHYA 3DYRA 3EWLA 4MK3A 2VL3A 5ECMB 4KE3A 2P5QA 3E3EA 1EEJA 3A2VA 1LJRA 4TRXA 3DKSA 1SK0A 2MYGA 1FG4A 2V1MA 3I9V2 3LYKA 3GTUB 4JBBA 2ON5A 3GNJA 4HOJA 2OKAA 3KIJA 3G7IA 1JZDA 3F3RA 1X5EA 4ECIA 4ZB6A 4EL1A 6GSUA 2YPMA 1MDIA 2HT9A 2REMA 4OCFA 1H75A 2XPDA 1R5PA 1B8XA 2L59A 2H1AA 2P5RA 1XOAA 2DLXA 4ZB9A 1ZL9A 3GKMA 1XXUA 1TTZA 3HCZA 3WT2A 2H66A 2NTOA 4FYCA 3IXRA 2GT6A 2H70A 1VF2A 1X5DA 5F0GA 2X8HA 1HNBA 2GSQA 2HZFA 4AGSA 3M9KA 2VLUA 3CTFA 3KH7A 1OC9B 3ZIVA 4D73B 1HQOA 1K3LA 2M80A 1TRUA 2OE1A 3KZQA 2HRFA 1GUKA 1I9DA 2IWTA 1E6BA 2L57A 4WR5A 4KGIA 2VCQA 3E0UA 4YQUA 1R26A 2LTKA 4TR1A 1A2MA 1S3DA 1N2AA 2H6YA 4OFMA 1KNGA 3F4SA 5LNKe 1O7UA 14GSA 5DJLA 2IL3A 1A2JA 2N5AA 2L5LA 2YWMA 2GQLA 1X9MB 3GSSA 3N5OA 3C1SA 5IO2A 4XS4A 5IMCA 3L78A 2TRXA 3CBUA 3D0ZA 4GF0A 3L9SA 3UBLA 3FZ4A 4MLYA 1VF3A 3IR4A 3QAWA 3FYGA 2YJ7A 3KD0A 4J2FA 1AXDA 2GSSA 2M72A 3G9BA 3ED3A 3R2QA 1PX6A 4HQSA 3GN3A 3UAPA 2QKEA 1YY7A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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