4K7NA

Human peroxiredoxin 5 with a fragment
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
161
structure length
161
Chain Sequence
APIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTCSLAPNIISQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comparing Binding Modes of Analogous Fragments Using NMR in Fragment-Based Drug Design: Application to PRDX5
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Peroxiredoxin-5, mitochondrial
total genus 51
structure length 161
sequence length 161
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2013-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4k7nA00
4XS4B 2GQMA 3GUSA 3C8EA 2FWFA 3UBLA 2H72A 2HI7A 2FGXA 2KHPA 2V6OA 1OKDA 4KUNA 5IMZA 3GKKA 3FZAA 2GZZA 1ERUA 1YQ1A 1BEDA 3DGQA 3GURA 1SL2B 1J9BA 8GSSA 2OE0A 1SKRB 1WJKA 1YF1A 1Y25A 3M0FA 3M9JA 5CRDA 2CVDA 5GAPD 1GUHA 4IP6A 5CREA 5ECQB 3BD2A 2DBCA 4F82A 1ZOFA 2AB6A 1FVJA 2H01A 4XS4A 2OJLA 1XBSA 5D8IA 2CZ2A 1MDJA 2FHEA 4JE1A 3Q19A 1Z3EA 2O89A 2IL3A 4MA9A 1TDIA 1DBYA 4RI7A 5GSSA 5ABRA 4XRDA 4ILFA 2B6MA 2I81A 2IFQB 1ML6A 3FR6A 3LG6A 4OFMA 2LTKA 2H70A 3H4KA 2YWMA 3Q74A 5J9BA 1G7OA 1C72A 3GL3A 5DBQA 2GSRA 3KMOA 2WB9A 1SKWB 1K0MA 3FEUA 2H8LA 1AIUA 1HYUA 1WWJA 1KEBA 1FAAA 4FIWA 3U6VA 4TR0A 4BWSA 4GCIA 4TXVA 4RI6A 1PL1A 2YV9A 1EGOA 4DSRA 4HS1A 9GSSA 1T3BA 3IA1A 1A23A 5ELGA 3L9VA 3CTFA 1T8EB 4DSSB 1MD3A 3QOUA 4EF0A 4EO3A 2FY6A 3BCIA 3UAPA 2C0FA 4L0WA 4MP4A 1XIYA 2ALBA 3TJBA 1A0RP 5GSTA 1JZWA 5CRWA 1TK0B 4NV5A 2VCVA 2DJ0A 3FKFA 1W89A 3KP8A 1CQHA 3GKMA 3PGTA 1FHEA 4IBPA 4BPYA 4V2NA 1Z9HA 2H71A 3Q6OA 4GLTA 3LORA 4DSSA 1F3AA 2VCZA 18GSA 3IXRA 2LS5A 1S3CA 1OC3A 4AGSA 4J2FA 4N30A 2VIMA 3VWWA 1GTIA 2C0GA 3TRPA 1VGLA 1EP7A 2PPTA 2RIIA 1VRSD 2LRCA 3EMPA 1XZOA 4EC0A 1O6JA 1EGRA 1FOVA 1NHYA 4KX4A 3CXGA 1V98A 2F51A 5DCHA 3IK7A 4JRRA 4KAEA 3N5OA 4G19A 5ECIB 3TB2A 2JSYA 2CVBA 3KD0A 3UL3A 1XFLA 4FH8A 3M9KA 4Q5QA 2L5LA 5HR0A 1ERVA 2VCWA 4KE3A 4NAXA 1JZOA 3GH9A 3ZIJA 2PERA 3LQ7A 1MEKA 5ID2B 3GFKA 2OKAA 3TUEA 2PMTA 5JCUA 3QAWA 2GGTA 2E2GA 3QR6A 1HNCA 4O5RA 2CV4A 4I2UA 2PN8A 2F9SA 2DJ2A 4TVEA 1U87A 1MD4A 2DSAA 4LMWA 5JWQB 1AXDA 3D4MA 4HJ2A 1SYRA 5KN3A 2LRNA 3IC4A 4ML6A 3D6IA 1K0BA 3GSTA 1TK8B 4XRAA 3HJMA 2RM5A 1G7EA 3IR4A 2H76A 4X0XA 4FYCA 1AQXA 1Z7PA 2XPDA 2MMZA 1NSWA 2E7PA 4HZ4A 2K18A 4D73A 1B4QA 1OC8A 2YNXA 2M46A 2WULA 1K0AA 3P8WA 1UA5A 3E3EA 1EWXA 4N0VA 4X1UA 4Q5NA 5EY6A 1WPIA 1F3BA 2LQOA 2RM6A 3PH9A 2HRNA 2R4VA 2KUCA 2I4AA 1SD9A 4G10A 1O8XA 4K0NA 2WS2A 1DUGA 1F2EA 3F4SA 1EP8A 2IIYA 3FHKA 3IAS2 3C71A 1XWGA 2L5OA 2HZFA 2GZYA 3NOFA 3FRCA 4IP1A 3J7Yb 1WOUA 2F8FA 2IJYA 3HCZA 2GS3A 3LWAA 1TKDB 2TRCP 1GWCA 4MMMA 1ERWA 2CVKA 4OO5A 2O87A 5EPFA 2LKUA 1GRXA 3WGXA 5CRHA 4ZB9A 4WBRD 4BA7A 5DVBA 4FYBA 5DALA 1T00A 5D93A 4IS0A 2RUFA 3LSZA 1O81A 3LXTA 3TKPA 2ES7A 4KH7A 4IJ3A 1WE0A 2IMEA 3HYPA 3QDNA 6GSXA 4N0ZA 4O7HA 2P5QA 1X5DA 3IOSA 2MYGA 1N2AA 1QFNA 4NHWA 1TJDA 2WCIA 4J57E 4MK3A 4K8MA 2FWEA 4IELA 4ZBBA 2VO4A 3DKSA 3L9SA 2JSZA 2N5BA 2GT5A 3ERWA 3F9UA 4OMVA 4RQRA 5G5FA 2OA7A 2FWHA 2YZUA 1OKTA 4WBJA 4JZQA 6GSSA 2H74A 2GT6A 3BOAA 1Z6MA 2CQ9A 2E0QA 3L0HA 2FNOA 2VOCA 2RLIA 3TOTA 4LL4B 4KNDA 2OBKA 2HFDA 1B9XC 2OE1A 4DSQA 5IMAA 2H0IA 2LEGA 3ZITA 1YEPA 4JU5A 4LA1A 5G1LA 1PA3A 4RQXA 2XBIA 4MPFA 2K8VA 2H30A 1YF0A 4CHSA 1EOGA 1LJRA 1M0UA 1PKZA 2J23A 2MZCA 3RAZA 4BL7A 4YQUA 4POKA 2YJ7A 4KB3A 2BJXA 2CX4A 3F3QA 4NHZA 1YEXA 5HR1A 2X8CA 1X9MB 2YOIA 4ECJA 4POLA 2R2JA 2VLVA 2Z9SA 2F3MA 3GTUB 2V6KA 2R6KA 2GZPA 4ECBA 11GSA 3VPTA 1QXHA 2P0GA 4MJCA 1W4VA 5CO3A 4K1FA 4OWYA 4HI7A 5GZZB 1Q4JA 2WDUA 4LL1B 2L6DA 1PL2A 1BX9A 2AHEA 1MDKA 3UVHA 4POBA 3GL5A 3FZ9A 4QL7A 3EE2A 1JLVA 5IIZA 3GTUA 1S3AA 4YQMA 5C00A 4ACSA 2IMKA 3ZREA 5ELAA 3WT2A 5ECOB 3LGCA 5H5QA 1GLQA 1OYJA 5A4WA 2C80A 3QFAC 2FD3A 1GP1A 1ZYQB 4HUAA 3ZMLA 3RDWA 1R26A 2KP1A 4KA0A 2H0GA 4TR4A 2YANA 3E9JB 2PGTA 5B8AA 3NIVA 1SJZA 2WFCA 4KGIA 4YAPA 1QQ2A 1AQVA 2GSQA 2BMXA 1K0OA 3DRNA 2HSHA 3F6DA 1X9SB 3VWUA 4PXOA 4AJ7A 3G7IA 4TXOB 3IE3A 5FHIA 5IPGA 4ZIJA 2IN3A 5CYYA 1A8LA 3DIEA 4X43A 2H1DA 3F3RA 3KM6A 4HQZA 1DSBA 5KN0A 1H75A 2L4CA 5H5SA 3HVXA 4MCUA 1TU8A 5CAXA 3KEBA 2YJHA 3HZ4A 1XXUA 2M80A 1O8WA 3GYKA 13GSA 4NWYA 3HKRA 2C3NA 2LQQA 3H93A 4ZL7A 4ML1A 5A4UA 3JCML 2MMNA 3TJKA 3LXZA 1BYEA 1O85A 4JEDA 4TOPA 1Y6EA 5AIVA 4IN0A 2YN1A 4PX1A 3UEMA 1TRUA 5LCZA 5CNWA 5INYA 4DVCA 4TR1B 5J41A 5EVOA 2VCXA 5CP1A 1RQMA 3W8SA 2VCTA 3HJOA 5AGYA 3MWHA 3KXOA 1XPVA 2A4VA 2G2QA 2YWOA 5F06A 2ZNMA 2IFQA 4PGTA 2AUVA 5G2ZA 1PMTA 5G30A 4GXZA 3IRAA 4JBBA 3WGEA 1BJXA 2LUSA 2H6XA 3VWVA 3EYTA 1PGTA 3D0ZA 2LSTA 1ABAA 3LYKA 2H0HA 1ACVA 1FG4A 2DMMA 1V57A 5IQYA 1GULA 4P3YB 2ON7A 1BQ7A 1GL8A 3ZIVA 4EUYA 4K7IA 1RW1A 1THOA 3KCMA 1U3AA 4I6XA 3J7Yk 4ECIA 4GRFA 5IM9A 4IHUA 3TRXA 3ISOA 3C1SA 1OE8A 3IV4A 3TJGA 4V1Ap 3RBTA 1EV4A 2FLSA 3IAM2 4OO4A 3EMXA 3D4TA 5D9XA 4KDUA 3F0IA 20GSA 4GQFA 4IGJA 1SJIA 2DJKA 3SBCA 4QQ7A 5ECHB 1A2LA 2O7KA 5DQYA 4GF0A 1JZDA 1Z6NA 4HDEA 2K8SA 4K9ZA 4WKWA 2NBSA 1UN2A 2LRTA 3VFIA 3US3A 2YP6A 2H19A 2PWJA 3FW2A 2B5XA 2AV4A 3A3TA 1X9WB 1JZRA 4MLYA 2GVPA 2JZSA 3GMFA 4I8BA 1ZCPA 2QGVA 4PURA 3KTLA 3D22A 3VK9A 12GSA 3C1RA 3HY2A 4TW5A 2VL3A 3F4TA 3TCOA 2KLXA 4NXIA 1J08A 3APOA 1BAYA 1T4ZA 5ENUA 3K8NA 2OADA 3H8QA 1SK1A 4K6XA 2N5AA 1TP9A 1TK5B 1HNBA 2JU5A 4IJIA 3TGZA 3ME8A 3H79A 3IBHA 3CSIA 3I9V2 4WETA 2OBIA 1A24A 2PVQA 3F6FA 5ID2A 4O32A 1K0DA 3CMIA 3BJ5A 3CSJA 4WF4A 4GSNA 1M2DA 4POMA 3WD6A 1AC1A 1XCCA 1TI1A 3BCKA 2JADA 4PNFA 3EVIA 4AJ8A 3QCPA 2HYXA 5JCGA 3MAKA 3P90A 1A2MA 4ZL9A 1T1VA 4K7OA 4I2TA 2G0FA 3KIJA 2VL9A 1ZMAA 4PQIA 5G5EA 2B7JA 3HJPA 1DE2A 3EINA 3VI5A 2YCDA 4ZILA 1SU9A 5D96A 3KH9A 1HD2A 1XW5A 2KOKA 1WRYA 3GX0A 2CT6A 1V40A 3HHVA 5DAKB 1SJ6A 3ME7A 2VCQA 2AJQB 2TRXA 1N8JA 1GSSA 4XTSA 3ZLPA 3D5JA 2CX3A 4HU7A 1SL0B 3L78A 1M9BA 2L4QA 2LNSA 5HQPA 1JFUA 1JHBA 3TOUA 3L9UA 1OVNA 3A2WA 2V32A 4F9ZA 1M2BA 1PX6A 3KH7A 3O76A 4WEYA 3CBUA 1DE1A 2NDOA 2K9FA 3LEFA 5ECKB 1TOFA 1GSQA 2MMAA 2B5EA 4NV2A 1CQGA 5DAKA 5A5KA 1EZKA 4ISDA 1WIKA 3GKNA 3VLNA 2JACA 2I1UA 4HQSA 1Z5YE 2HSYA 2LV3A 3ZRDA 3APQA 4H86A 2ZCTA 2V2GA 3GV1A 3UIWA 1ZL9A 1WP0A 4IW9A 2L57A 4IKHA 2C3QA 5F07A 4KDXA 5E59A 3O3TA 1FB6A 5IMCA 4MDCA 5IOWA 4E8HA 3A2XA 4PQ1A 1M2AA 1GTBA 4WF5A 2B3SA 4EE0A 4IQ1A 1HQOA 4GSTA 1GSDA 1ERTA 4Q5RA 2AAWA 3TKRA 3UOMA 5D73A 3CYNA 1SK0A 2H6YA 2XPEA 3TRQA 1PQNA 2XHFA 1M99A 1E2YA 3TJFA 1O7UA 2MBTA 1OC9B 1SL1B 1PKWA 1SENA 19GSA 3W6GA 1A8YA 1JLWA 5F0GA 1YKAA 2FUG2 1GNEA 2VUPA 2HE3A 3GRXA 3P2AA 3IHQA 1SK2A 1X0RA 3UJ1A 3C73A 2IWTA 2PUKC 5ECPB 4KSOA 3TJJA 1EV9A 2IMDA 5J5NA 2FCHA 3EC3A 4Q5FA 2D2ZA 2GQLA 1GSEA 3ZYWA 4HJMA 3P7XA 1SD8A 5B7CA 5IOXA 3FYGA 5J3RA 4OFTA 1FB0A 2HXKA 3M1GA 3ERFA 1U88A 3ZMKA 2RUEA 2VD0A 2B1KA 1LBKA 1FO5A 1AW9A 1ILOA 1IYIA 2IMIA 3KMNA 4N11A 3QD9A 4EDZA 1NW2A 3DYRA 1Z7RA 2VM2A 3VPQA 2X8GA 4G2EA 4K7NA 4K2DA 3HA9A 1A2JA 1PRXA 5COHA 5J4UA 2QC7A 1TRWA 2R3XA 3TDGA 5KN2A 3N9JA 4MZWA 1NHOA 2L6CA 4TR3A 3LFLA 4XCSA 4HOJA 1GNWA 5HFGA 3UARA 2VLTA 2GQKA 5B6MA 1PN9A 1TRSA 5KN1A 3FR3A 4EXJA 1B8XA 1ZZYA 2A2SA 5IO0A 2LNTA 2C3TA 3RPPA 1F9MA 1VF1A 10GSA 1M9AA 4YH2A 3GA4A 4MF6A 4F0BA 2NTOA 5FT3A 2B5YA 4RUVA 3C7MA 3GSSA 5J9CA 4BVXA 1IYHA 2X99A 1GSUA 3HDCA 5LD0A 2H1AA 1TW9A 1YKCA 1KBNA 4L5LA 1VF3A 1GUKA 2IMFA 3BBYA 5D9WA 1TTZA 1GH2A 4KDYA 2QKEA 5IMDA 3S9FA 3DEXA 5AISA 1FVKA 2ON5A 4TXOA 2DIZA 1QUWA 3CRUA 3ZVJA 3G9BA 3I43A 5KEJA 2L59A 1FW1A 5ECLB 1AAZA 5F05A 4V2LA 3ZZXA 2HNLA 4NPBA 4G9HA 3FZ5A 5ECMB 4EL1A 2GLRA 4KCAA 5DQSA 3GN3A 1O73A 2V41A 1XVWA 2XBQA 1MTCA 3GHAA 5AIXA 2H66A 4MH2A 16GSA 2PVOC 1YDKA 2CA8A 4PUAA 1THXA 4TR1A 1WMJA 1R5AA 3R2QA 2GDRA 2VAFA 2NPBA 3WGDA 2DJ1A 3VWXA 3TKQA 2LJAA 1T4YA 2CAIA 2H6ZA 4DEJA 2EIQA 1GTAA 2K6VA 1V58A 5JCWA 2WZ9A 3EWLA 1AUCA 1XW9A 4OCFA 3SWLA 1I9DA 3ERGA 4GQCA 4O92A 2OACA 2LJKA 2C4JA 5A4VA 4NMUA 3HVSA 3G7JA 2HZEB 5ECSA 1XOBA 3EURA 2EIRA 2XC2A 2YWNA 3ZFBA 3WYWA 3TKSE 1ZGNA 3G7YA 1AQWA 5G31A 1YJ6A 1TU7A 3EU3A 3L4NA 4EKZA 2C8UA 1K3OA 4V2MA 3RHCA 1PSQA 2VL2C 5HFIA 3DVWA 2DMLA 3TKSC 1UVZA 3KGKA 2HZEA 3OR5A 5G1KA 2JZRA 1I5GA 1YZXA 4ZBAA 2NVLA 2R5GA 4L5OA 4ZBDA 1K3YA 1G6WA 2HT9A 3E0UA 4ZXGA 4IVFA 6GSWA 2A2RA 1GSFA 4L8EA 3QAVA 3F63A 2H75A 1XWBA 5DJLA 3HVVA 2GSTA 4CW9A 5D9VA 1G0TA 1G6YA 6GSUA 4PQHA 1OE7A 1GSYA 3IDVA 2CZ3A 4TRXA 2X8HA 2F8AA 4N10A 3GKXA 4ZL8A 2FA4A 4PUFC 4D73B 4AJ6A 2DJJA 5E4WA 5ECNB 1U6TA 4YAVA 4F03A 2P31A 4XS1A 5FWGA 2JL4A 5B8BA 3IK9A 6GSTA 2C1YA 4MJEA 3ED3A 4V1Ag 2DC5A 2X64A 3CTGA 3V1WA 1TXXA 4ECCA 1USBA 1R5PA 2J9HA 1QK8A 2MMOA 3A2VA 3PR8A 4ULXA 3VI7A 1F6MC 4OD7A 2FWGA 5B6NA 4OFNA 2WJUA 1EOHA 1VF4A 4K0GA 2VM1A 1URMA 4JR4A 4ZB6A 4MZBA 3FY7A 4E8EA 2VLUA 1XWKA 2LJRA 2B1LA 2TIRA 2B7KA 3I69A 4TN8A 1XWAA 4WXTA 1A0FA 1T7PB 3DMLA 1S3DA 1HNAA 3FR9A 1UC7A 1H4OA 2EC4A 5HR2A 2OE3A 1B9YC 5DALB 3MDKA 1V9WA 3VURA 4FO5A 1GTUA 3CSHA 3KP9A 2IPAA 5L71A 3KZQA 5F8BA 4F0CA 3F4RA 2AYTA 1ZYEA 14GSA 4KCEA 1F37A 3CRTA 3MSZA 4MZCA 4WR4A 2C0DA 2M72A 3AY8A 3RHBA 4MF5A 2HLSA 17GSA 4AF2A 1X5EA 1NM3A 6GSYA 4XIHA 1ST9A 3ZL5A 2O85A 7GSSA 1GUMA 3IPZA 1TI3A 3ZTLA 5IMVA 4IQAA 5DDLA 4GWRA 2YZHA 3DWVA 1EEJA 5LNKe 3GX8A 3A5WA 4HZ2A 2H73A 3GNJA 3WT1A 1XWCA 4WR5A 5IO2A 3PINA 1M7TA 3QMXA 2V1MA 1ON4A 2DIYA 6GSVA 1QMVA 1KNGA 5ECRB 1MDIA 4MH3A 3RPNA 1B4PA 1QGVA 4MJBA 3GH6A 3ZVJD 4CDOA 2I3YA 2HRFA 4HEA2 4OCEA 2YPMA 2DLXA 4GTUA 4F2IA 2E2MA 2VL2A 4GSSA 1K3LA 1TRVA 2EIOA 2YV7A 2CAQA 4L0UA 3TKSA 2O8VB 4ID0A 5EL8A 2WGRA 1SYXA 3KTBA 4MPGA 5H5RA 4Z7XA 4XS6A 2C0EA 1KTEA 4MABA 3O6TA 1YY7A 1BG5A 5JWOB 5D9TA 3FK8A 2I9HA 2QSIA 4XHMA 1PD21 5IMFA 3U5RE 4BWQA 3NZNA 3I6AA 3QPMA 3MNGA 4MF7A 4EDYA 4KSMA 5AN1A 2FA8A 1J0FA 1U3IA 1R4WA 4KW6A 4J56E 1Q98A 1OC9A 3GIXA 3LYPA 3FZ4A 5CRGA 1R7HA 4LLRA 4I97A 1LU4A 2PBJA 1XOAA 1VF2A 2VD1A 5C04A 2REMA 5HR3A 1K0NA 1PX7A 1GLPA 1X5CA 4HU9A 3M8NA 3KJYA 4MJAA 4PNGA 5DCGA 2WRTA 1EEMA 1XVQA 2PU9C 5DJMA 1V2AA 4ZB8A 3W8JA 2P5RA 4YQVA 2GSSA 2JZTA 2R37A 3H1NA 4BVYA 2H1BA 3Q18A 3EU4A 3QFBC 3DD3A 3HD5A 3ZFLA 3DVXA 1RK4A 3F8UA 4TKYA 2BTOT 3HXSA 1E6BA 2H1GA 4QL9A 5HFKA 3LJRA 2GTUA 4EVMA 2KP2A 4FYUA 3APSA 1B48A 4LMVA 5GAND 3QAGA 2MBSA 3HZ8A 3UVTA 1XW6A 1OAZA 4JR6A 3DXBA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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