4K7NA

Human peroxiredoxin 5 with a fragment
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
161
structure length
161
Chain Sequence
APIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTCSLAPNIISQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Comparing Binding Modes of Analogous Fragments Using NMR in Fragment-Based Drug Design: Application to PRDX5
pubmed doi rcsb
molecule keywords Peroxiredoxin-5, mitochondrial
molecule tags Oxidoreductase
source organism Homo sapiens
total genus 51
structure length 161
sequence length 161
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2013-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4k7nA00
2GQLA 4JR4A 1BEDA 3HVSA 5LD0A 2AYTA 2KP2A 5AISA 4YQVA 1UN2A 2E2MA 2L59A 3HCZA 2GSQA 1TW9A 3QDNA 4Z7XA 3G7IA 2J23A 4PX1A 2R5GA 5ABRA 3Q6OA 4I8BA 4TR0A 2RM6A 5A4UA 1KBNA 2H6XA 1O8XA 5ECQB 4KSOA 1XFLA 4HJ2A 1TU8A 4Q5RA 3VWXA 2HZEA 2GZPA 5CRGA 2C4JA 3W8JA 4L0WA 5LCZA 4LA1A 1NM3A 3F0IA 5GSSA 4NMUA 3M0FA 1V57A 2KHPA 4XS4B 3IV4A 2MMOA 5GAPD 1TRUA 2V2GA 3KZQA 4K1FA 5CNWA 1MTCA 1O81A 3VPQA 3ED3A 4AJ8A 4JU5A 4MJEA 2VL2C 4NHZA 1T4ZA 4WBJA 2VD1A 2LSTA 2WGRA 3UEMA 4LMWA 3ZFLA 5KN0A 4K0NA 2OA7A 4V1Ap 5DDLA 4FO5A 2VL3A 2H01A 3QAGA 3MAKA 1U3AA 5B6MA 3IA1A 1USBA 3L9UA 3ERGA 3IR4A 4GWRA 4G9HA 2P31A 1ERWA 5G1LA 3H4KA 4KDYA 2XC2A 2PBJA 1KEBA 3R2QA 1T4YA 3VWVA 3LORA 4IP1A 1OC9B 3HZ4A 3GMFA 1VF1A 3FYGA 1AQXA 1A23A 4PXOA 3DMLA 1R26A 1FVJA 4MABA 4ECIA 2YN1A 4ECBA 4MDCA 3L78A 5L71A 4KE3A 4ZBAA 5IOWA 4OD7A 3H93A 4OCFA 2KLXA 1GTAA 1UA5A 4TVEA 4L0UA 5D9VA 3A2VA 4TN8A 4PURA 3F4RA 1E6BA 2ON5A 2Z9SA 1DSBA 4IHUA 4MCUA 2H70A 5AGYA 3ZZXA 3CXGA 1WWJA 2YV7A 3AY8A 1JLVA 3QMXA 3GKMA 3ZTLA 1R5AA 3FK8A 1SKWB 2C0FA 2K8VA 4MH2A 3L9VA 4YQUA 3TCOA 4V2MA 3KP8A 1FOVA 1AUCA 2CAIA 5ECNB 4TR1A 3ZVJA 1X5EA 2FHEA 4GTUA 3M9KA 1AXDA 3D22A 3ZYWA 2WZ9A 1DE1A 5IMVA 1CQGA 2H76A 1V40A 3GV1A 2R4VA 4LMVA 3UBKA 2C80A 1SENA 3NIVA 1YKAA 3HA9A 1GTUA 1ML6A 1WIKA 3KM6A 1O8WA 2CQ9A 2F51A 2REMA 3UVTA 2R6KA 1G6WA 2H75A 3BCIA 3Q74A 2FUG2 5J5NA 1EWXA 2OKAA 2LNTA 3BD2A 5CAXA 3FY7A 5F06A 5FHIA 4EVMA 4QL7A 2FWGA 4OCEA 1OKDA 3VI7A 2CAQA 3HYPA 4WXTA 2WULA 1TOFA 1GNEA 5IMZA 2IFQB 1VRSD 3IK7A 5ECRB 4RQRA 1EV9A 1ST9A 6GSYA 3RDWA 4PNGA 1M2DA 1N2AA 1SJIA 5HFKA 1G7OA 3VURA 5D73A 4F2IA 4FH8A 2LTKA 3UJ1A 3NZNA 4NV2A 2GGTA 3ZREA 2HSHA 2H72A 4ZXGA 3DKSA 3RHBA 1F9MA 4J56E 1JZOA 4EDYA 2HZEB 4GSNA 4EL1A 1X0RA 3LGCA 4WF4A 3KEBA 1QGVA 2C0DA 3WT2A 2PERA 4DSRA 2R3XA 1B4PA 1S3DA 3TKQA 2H0HA 4WETA 2H1GA 2LV3A 1WJKA 2X8GA 4TW5A 5IMFA 3FZ9A 5CRWA 1BAYA 1W4VA 1A24A 4IQ1A 1A8LA 3QR6A 2AB6A 3E3EA 2M72A 3GKNA 2HYXA 3A2XA 4XHMA 3M8NA 4WEYA 1NHYA 3CSIA 2HSYA 4ILFA 4IELA 3TB2A 1GWCA 2WCIA 1JHBA 3ME8A 2BTOT 1PD21 2N5BA 2ES7A 1GSQA 2HI7A 2HRFA 6GSXA 2C3QA 1TU7A 4TR4A 2EIRA 2VIMA 2I9HA 2OBIA 3ZRDA 3HKRA 1PSQA 4PQHA 1BG5A 2PU9C 4BL7A 4K2DA 3L9SA 1O85A 4PQ1A 1ERTA 2H8LA 1XIYA 2VLUA 14GSA 3FRCA 5G31A 4LL1B 2GLRA 1KTEA 3P90A 4KUNA 2LEGA 3H1NA 4IVFA 1S3AA 1EV4A 4F82A 4QL9A 5D9TA 2LRCA 5CREA 2VCTA 5JWQB 2NVLA 5J4UA 5HQPA 3UIWA 2O8VB 5J9BA 1Z7RA 2I1UA 4K8MA 1EEJA 4OMVA 4AGSA 3KIJA 3LFLA 4EE0A 1PX7A 4FIWA 4KNDA 1GH2A 2JU5A 1YEPA 2H19A 3NOFA 3GX8A 4IS0A 1XOAA 2A4VA 1GSSA 4TR1B 2IMDA 1GUHA 2EIQA 2FA8A 2FGXA 1H4OA 2YWIA 5JWOB 5ECKB 4ZIJA 2I3YA 4MF7A 2KUCA 2H71A 5IMCA 2G0FA 1PRXA 2MMNA 3IPZA 1X9MB 4LLRA 1A2MA 3L0HA 4KSMA 4ZB9A 5DQSA 2GZYA 4QQ7A 1Q4JA 1DE2A 1FVKA 4G2EA 2PWJA 1ILOA 4KW6A 2X99A 4ML1A 2NDOA 3QCPA 5J9CA 2L6DA 3IDVA 1GSYA 2B1KA 3A2WA 5IPGA 2WB9A 3L4NA 1QQ2A 4ZBBA 4GRFA 4WR4A 4ZBDA 5AIVA 3F63A 4GLTA 1ZGNA 4POLA 16GSA 3LWAA 2FWFA 3IE3A 2F8FA 3ZMLA 3VK9A 5F8BA 2YWNA 1F2EA 1TK5B 2OBKA 1ZYQB 3GNJA 1U87A 3BJ5A 3EMPA 1T00A 3VFIA 4ZILA 1LJRA 2B6MA 2IIYA 1R7HA 4IKHA 2LQOA 2LUSA 1K0DA 2LRNA 5EPFA 3CSJA 4O5RA 4MZWA 1PQNA 2FD3A 1EP7A 5KN2A 1Z7PA 2FY6A 4LL4B 2V32A 3HJMA 2JZSA 2E2GA 1K0NA 2ZNMA 1WOUA 1DUGA 3TKSE 4CW9A 4YH2A 5G2ZA 1F3AA 5JCUA 5D9XA 4I2UA 2MBTA 3PH9A 4TXVA 1AW9A 1BX9A 1CQHA 4F9ZA 5DJLA 20GSA 1EOHA 5C00A 8GSSA 5F05A 2B1LA 5DAKA 1K3OA 3WT1A 3DD3A 5ECHB 2MZCA 3QFAC 2R2JA 2WRTA 3LQ7A 2L4QA 1A8YA 3G9BA 3WGEA 4D73A 3P8WA 1JZRA 2C0EA 3EURA 1Q98A 2H0IA 3M9JA 3TJJA 4L5LA 3APOA 3TOUA 1XW9A 3TRXA 3M3MA 4ZB8A 4NPBA 2PUKC 4N11A 5ECMB 4IGJA 3G7YA 4HQSA 4F0CA 4P3YB 1R4WA 3WGXA 4ML6A 4N30A 1XVWA 2H0GA 3G7JA 2CX4A 2LJAA 5HR0A 2H74A 4MK3A 1TI1A 3U6VA 1PL2A 1QUWA 3GKXA 1OYJA 3DVXA 2B7KA 4EDZA 3DVWA 3W8SA 3TJFA 5IM9A 3DEXA 1WE0A 2L6CA 5CP1A 4PQIA 2IMEA 4MPFA 2DJ2A 2V41A 1I9DA 4KH7A 3EU3A 1BJXA 1O7UA 9GSSA 1FAAA 4K9ZA 2TRXA 3I9V2 5KN3A 3C1RA 2GS3A 1XW6A 1FG4A 3ISOA 4BWSA 3GSTA 2AJQB 3WYWA 3FW2A 2YNXA 3U5RE 5B8BA 1QMVA 5DCHA 1J08A 3LG6A 2FCHA 4HDEA 3GRXA 1TTZA 1ABAA 1K0BA 1VF3A 1OE7A 2NTOA 4XRDA 2LKUA 3ZLPA 3SWLA 1GNWA 3IBHA 4DSSA 2LJKA 1M2AA 2H73A 2WFCA 1TI3A 2P5QA 2LRTA 2CA8A 4GCIA 2ALBA 4KDUA 1OC3A 2PVOC 2LS5A 3TJBA 1GRXA 3D4MA 4WF5A 4GXZA 1TP9A 3MDKA 2JL4A 4KAEA 3QD9A 4F03A 4V2LA 3DWVA 2B5YA 3FR3A 2F9SA 3LJRA 3VPTA 4K7IA 4WBRD 3KP9A 3UL3A 4XCSA 1TXXA 5LNKe 4GQCA 5IO2A 2K8SA 1VF4A 3GUSA 3TJKA 2RUFA 4HUAA 1ZCPA 3DRNA 2DLXA 1K0AA 3KMOA 2BJXA 4OFTA 1AC1A 4CHSA 2B3SA 2LQQA 4GF0A 5JCWA 1XWCA 3EMXA 4POBA 3FZ5A 4FYCA 1QFNA 3ZITA 1FW1A 3D21A 1MDKA 2LNSA 3MWHA 4OFNA 1SJZA 2IMIA 1XOBA 5FT3A 1SK2A 3EWLA 1K3YA 2I81A 3RAZA 4EKZA 3IOSA 4DVCA 3GL5A 1M7TA 1Z9HA 3C8EA 2DJKA 1EEMA 1XBSA 3PINA 3FKFA 3TKPA 1GULA 1K0OA 1TRWA 3Q18A 4XS1A 2YANA 3S9FA 4G10A 3KTBA 4HJMA 1B8XA 2H1AA 2PPTA 4MJBA 1TJDA 1WPIA 2VL2A 2FWHA 2H1BA 1WP0A 2DIZA 11GSA 3RPPA 5EVOA 2V6KA 3ERWA 2K18A 1U6TA 1BQ7A 3HD5A 1GSUA 3TRPA 3C71A 1PGTA 5B7CA 5DAKB 3IHQA 3F9UA 1TRVA 4D73B 1J9BA 5HR2A 5GAND 1A0RP 4X43A 1DBYA 1OC8A 1H75A 4BVXA 2AUVA 2IMKA 3TRQA 2CT6A 1XXUA 3FEUA 4HI7A 3UMAA 5FWGA 22GSA 2AHEA 1PKZA 4K7OA 3I69A 3FZ4A 2YWOA 3LXTA 1ERUA 4IJ3A 2X64A 1U88A 2VD0A 3EINA 3TKRA 4G19A 3GA4A 13GSA 1XPVA 1M9BA 4HZ2A 4NWYA 1ZZYA 1HNBA 2KP1A 3GHAA 2HZFA 3F4SA 4O92A 3QOUA 2J9HA 4KA0A 19GSA 3D0ZA 1MD3A 4ID0A 3CTGA 4RI7A 2G2QA 5ECIB 1ON4A 2D2ZA 3P7XA 2OACA 3DXBA 4ZL7A 2N5AA 3HJOA 5D96A 1XW5A 1THOA 2GVPA 1K0CA 2XPEA 5A4VA 2FLSA 3ZVJD 2EIOA 4TRXA 1XWKA 1IYIA 1I5GA 4IBPA 2YJ7A 4I6XA 1XWGA 4ISDA 3GH9A 5COHA 4KB3A 2YJHA 2NPBA 4TKYA 3WGDA 1SU9A 2HRNA 3O3TA 4JBBA 3F4TA 4DSSB 3P2AA 4GQFA 1VF2A 2C1YA 2DMMA 2LJRA 2B7JA 3I43A 1R5PA 4NAXA 2L5OA 1LU4A 1EP8A 5JWRB 3F3QA 4CDOA 3EVIA 1Z5YE 4E8EA 4JE1A 1GUMA 3IRAA 1O73A 5IMAA 1UC7A 2GT5A 1YF0A 5DJMA 1Z6MA 2XHFA 2O85A 3IAS2 2OADA 3E0UA 1AIUA 2VUPA 5H5QA 1LBKA 1SD8A 5JCGA 1G6YA 3KJYA 3DGQA 3FZAA 4OO5A 4I97A 1ACVA 1WMJA 3BBYA 2HNLA 4HOJA 5F0GA 1F37A 4POKA 5DVBA 4RI6A 3J7Yk 6GSUA 2C3NA 2H1DA 3ZIJA 5KEJA 2CZ3A 1ZOFA 4KX4A 4BWQA 6GSSA 5HFIA 3HDCA 2IMFA 3TGZA 1Z3EA 4JEDA 2XBQA 4WR5A 4JR6A 2IL3A 1PA3A 5IIZA 4AJ7A 4NXIA 1T3BA 1FB6A 1URMA 5DALA 4O32A 3CRTA 2HFDA 4MZCA 1MDJA 2HLSA 2ZUPA 2JADA 5INYA 2F3MA 1HNAA 2WJUA 2PGTA 2PVQA 2GDRA 1SKRB 4E8HA 2H6ZA 1V9WA 5ECPB 3ZIVA 3N5OA 1GSFA 3CRUA 1RQMA 2DIYA 2O7KA 4FYUA 1HNCA 4BPYA 1F6MC 2C0GA 2M80A 2FWEA 2H66A 1HQOA 4OFMA 2EC4A 3GH6A 4JRRA 4TXOA 1OVNA 1Y25A 1EGRA 3N9JA 1B9XC 18GSA 3H8QA 2HT9A 4X0XA 3HY2A 2QKEA 3CBUA 17GSA 5DCGA 4KCEA 4GSSA 1G0TA 1J0FA 2JZRA 2OJLA 2JSZA 4MLYA 1JFUA 2CVBA 1V2AA 2YOIA 4RQXA 5GSTA 1B48A 4N0ZA 3A3TA 2QC7A 3KCMA 1RK4A 2QGVA 4K7NA 1SL2B 10GSA 2BMXA 4ZB6A 3GURA 1IYHA 2GSTA 1QK8A 5CRDA 2B5EA 4OWYA 2C3TA 3D6IA 3C7MA 4I5QA 2L4CA 1NSWA 5EY6A 1K3LA 4FYBA 5ECOB 4YQMA 1SL0B 5B6NA 1TDIA 2XBIA 3UAPA 1SJ6A 3DIEA 1TK0B 1AAZA 1GP1A 3CMIA 3RBTA 5A5KA 2X8CA 3QAWA 3GL3A 5GZZB 4KCAA 3C73A 2YP6A 3F6FA 4H86A 3ZL5A 1OE8A 2NBSA 3KGKA 4MF6A 4DEJA 3LSZA 3IC4A 5D93A 1FO5A 1UVZA 5D8IA 3VLNA 1GSDA 3VI5A 4BA7A 2A2RA 2DBCA 2DC5A 2DMLA 2GTUA 1Y6EA 1XZOA 3EC3A 5HR3A 4EXJA 1W89A 1EZKA 3ZFBA 4K6XA 2HE3A 4MP4A 1GLPA 3TJGA 4IN0A 3TOTA 3F8UA 2RIIA 3CSHA 3IXRA 4WKWA 1PL1A 2OE0A 4HS1A 2DJJA 1M0UA 4EC0A 2N5FA 5HR1A 3APSA 4Q5QA 4IP6A 2P0GA 4PUFC 6GSTA 1FB0A 3UOMA 5F07A 1E2YA 2FA4A 4HZ4A 1ZL9A 5G5EA 5ECSA 1M9AA 2DSAA 4ULXA 3JCML 2IWTA 1TK8B 4KGIA 5ID2A 2YZUA 4KDXA 4V1Ag 5H5SA 2E0QA 2DJ3A 3C1SA 1QXHA 2H30A 4XTSA 1SK1A 1YF1A 5A4WA 4N10A 4YAPA 2MMZA 4IW9A 1OKTA 5DQYA 1K0MA 1KNGA 4HU9A 2YWMA 5D9WA 2MBSA 4MZBA 3M1GA 3HXSA 3LXZA 2VCVA 3UARA 3F6DA 4AF2A 1FHEA 3GN3A 3LYKA 1SK0A 1YDKA 5DALB 2CVKA 1B9YC 1AQWA 5DBQA 1SKSB 3CTFA 4MPGA 1BYEA 1YKCA 3UVHA 1U3IA 3SBCA 4Q5NA 1SYRA 3K8NA 1X5DA 3KH9A 4POMA 1MEKA 3PR8A 4EF0A 3QFBC 2C8UA 3TUEA 3DYRA 5CYYA 1S3CA 1N8JA 1YQ1A 3QPMA 4PNFA 3HZ8A 4MH3A 4K0GA 1X9WB 4MA9A 3EU4A 3TKSC 2GQMA 4TOPA 4OO4A 2WS2A 3GTUA 6GSVA 2GZZA 3KH7A 3KXOA 1MD4A 4TXOB 3GX0A 3TDGA 3MNGA 2YV9A 3QAVA 3I6AA 1ZYEA 5IMDA 3E9JB 3KTLA 4Q5FA 2OE3A 4L5OA 2PMTA 3GYKA 3HVXA 1JZWA 1YEXA 4MJCA 1A2LA 5E4WA 1A0FA 2MMAA 4HU7A 3O6TA 4MF5A 4V2NA 3BCKA 1B4QA 4BVYA 4J57E 1G7EA 1VGLA 3ZMKA 2KOKA 1ZMAA 5G1KA 2VLVA 3GIXA 2VCXA 2PN8A 3V1WA 2ZCTA 4PGTA 4HQZA 2RUEA 5IQYA 4EO3A 4N0VA 1ERVA 4XS4A 1GTBA 2CV4A 5IOXA 4TR3A 1THXA 3RPNA 2ON7A 2IJYA 5B8AA 3ERFA 1GLQA 3KMNA 1A2JA 1O6JA 2JZTA 3PGTA 2VCZA 3APQA 1X5CA 1NW2A 3BOAA 3FR9A 5ELAA 3D5JA 3HHVA 3H79A 1PMTA 2JSYA 2VLTA 2P5RA 2YCDA 2L57A 4ECCA 2VM2A 3F3RA 2DJ1A 2K9FA 1YY7A 1T8EB 4PUAA 1SYXA 3A5WA 2AAWA 2GT6A 3FHKA 1PX6A 1C72A 1GSEA 7GSSA 3EYTA 1XCCA 1XVQA 4ECJA 3CYNA 2CX3A 5HFGA 1TRSA 2RM5A 6GSWA 1OC9A 4GSTA 2VCWA 5EL8A 1EOGA 2VAFA 2WDUA 5CRHA 5IO0A 1M2BA 2X8HA 2CVDA 2IN3A 4MMMA 1X9SB 1YZXA 4NHWA 2YZHA 4NV5A 4L8EA 1GL8A 5J41A 2MYGA 2R37A 4RUVA 4YAVA 5KN1A 2GSRA 2GSSA 2GQKA 2L5LA 2VM1A 2HXKA 4XRAA 1GTIA 5G5FA 2V6OA 4EUYA 2B5XA 4J2FA 1JLWA 1M99A 5C04A 1WRYA 4ZL9A 3VWUA 2E7PA 3EE2A 3LYPA 1XWAA 3WD6A 2QSIA 3O76A 2JACA 3HVVA 3LEFA 3UBLA 2YPMA 2TRCP 4MJAA 3RHCA 5E59A 1HD2A 5ID2B 4ACSA 1PKWA 5J3RA 4IJIA 3MSZA 2OE1A 4XS6A 4I2TA 1Z6NA 4DSQA 3Q19A 1YJ6A 5CO3A 1V98A 2A2SA 5ECLB 2VO4A 2O89A 5G30A 2TIRA 3GSSA 1V58A 3OR5A 5AIXA 2M46A 1HYUA 5ELGA 4O7HA 2VCQA 5AN1A 1SL1B 3D4TA 2V1MA 4F0BA 1PN9A 3GFKA 4ZL8A 2DJ0A 3IAM2 3J7Yb 3HJPA 1EGOA 3TKSA 2I4AA 3KD0A 3US3A 1SD9A 1AQVA 5IPHA 4XIHA 1RW1A 3FR6A 2VL9A 5H5RA 1F3BA 1NHOA 2K6VA 3W6GA 1T7PB 2O87A 2CZ2A 12GSA 1OAZA 4IQAA 2F8AA 1XWBA 4AJ6A 4X1UA 2VOCA 5ENUA 2RLIA 1MDIA 3GKKA 2IPAA 2IFQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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