4K7OA

Human peroxiredoxin 5 with a fragment
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
SAPIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTCSLAPNIISQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comparing Binding Modes of Analogous Fragments Using NMR in Fragment-Based Drug Design: Application to PRDX5
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Peroxiredoxin-5, mitochondrial
total genus 51
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2013-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4k7oA00
2B5EA 2CVKA 5F0GA 1OC9A 1B4QA 2GZZA 2CAQA 2LNTA 5ELAA 4EF0A 2MYGA 2I81A 4WF4A 1THXA 1MEKA 1ON4A 1ERVA 3IDVA 1ZGNA 5KN3A 4ILFA 1G7OA 3C1SA 5DQSA 1PKZA 3BJ5A 3WT1A 2LKUA 3D21A 3HDCA 1U6TA 3GV1A 1B8XA 2LSTA 3FZ9A 4ZBAA 2C4JA 2G0FA 4ZILA 2LS5A 1SD9A 5AIXA 4KGIA 4PNGA 4K0GA 1TI3A 2C3QA 5EY6A 4GRFA 2FGXA 4XIHA 2XPEA 3TB2A 2LRNA 6GSYA 2IMEA 5EL8A 3KZQA 4OCEA 3KD0A 1MTCA 2H71A 5B7CA 2X8CA 3QCPA 3UBKA 2H8LA 1WMJA 2H1DA 3HJOA 5DCGA 2H0GA 3IK9A 3L9SA 3IK7A 2VCQA 3FZ5A 3TJBA 2MMNA 1XWCA 4YQUA 4KSOA 3F0IA 1SKSB 3IAM2 4O7HA 2R6KA 1G6WA 4ZL9A 4D73B 2O87A 1K0NA 2FA4A 5ECQB 1VF1A 4BVXA 4TR1A 3QDNA 2E2GA 2BJXA 5DALB 5CNWA 4HDEA 2JADA 1M9BA 2FUG2 3DIEA 4K1FA 1GUHA 2B5XA 4NMUA 3IAS2 17GSA 4IQAA 1UA5A 1FAAA 2HZEB 4PUFC 3VWWA 1SYRA 2DBCA 3KCMA 1GSSA 3CSJA 1XW6A 4NV5A 2FD3A 2FCHA 4HU7A 3LXZA 4QL7A 3QFBC 3DEXA 2PVQA 3IXRA 3RPNA 2OBKA 2LNSA 1TP9A 3R2QA 3UVHA 1B9XC 5CYYA 3AY8A 3EC3A 2C0GA 3EVIA 4H86A 1M0UA 3DWVA 3HD5A 5LCZA 3F6FA 2IPAA 3FEUA 1SL2B 4V2MA 1GTBA 4I8BA 3GFKA 1K0DA 4XTSA 2TRXA 1G6YA 2WFCA 3VWVA 2NTOA 4FYCA 2WS2A 2NVLA 3LGCA 4LL4B 3O76A 4AF2A 4MZWA 1O6JA 4KCEA 3GSTA 3G7JA 4Q5NA 2L6CA 4MJCA 1YF1A 3LFLA 4HEA2 2DJKA 2QKEA 4IVFA 4DEJA 4K7OA 1ERWA 4F0CA 3SBCA 3M9JA 1FHEA 1A0FA 2I1UA 2FWHA 3TOTA 1DE1A 3TKQA 3DMLA 3HZ8A 1X5CA 8GSSA 2L4CA 3QAWA 3ZIVA 1SL1B 4Q5QA 1UVZA 2YWIA 3FZAA 4XHMA 3UVTA 4JZQA 4DSRA 2VUPA 4TXOB 2VIMA 2YJHA 4K7NA 2IFQB 4ID0A 4E8HA 4PX1A 3FR6A 4F0BA 1OE8A 5A4VA 1QMVA 2I9HA 3GTUA 2XBQA 4TOPA 4KUNA 4IS0A 2HI7A 3QAVA 5J4UA 4MPFA 2R3XA 4GXZA 1Y6EA 4WEYA 2ZUPA 4KA0A 2GQLA 5ECRB 2A2SA 5G1LA 4TXVA 2FA8A 4KX4A 3MWHA 1XW5A 4GQCA 2F3MA 3DGQA 3W8SA 2DJ2A 3I9V2 3NIVA 4WR5A 3QAGA 5CRGA 5DAKB 2B1LA 4CW9A 1SYXA 2LJKA 3DVXA 2K6VA 2PU9C 1GNWA 1X9SB 2GTUA 2LV3A 3KP9A 4GF0A 3WGXA 1E6BA 2RM5A 4NXIA 3GNJA 4G19A 1WIKA 1FVKA 5LD0A 3RBTA 1YKCA 1TJDA 6GSUA 1PGTA 1M2BA 1SJ6A 2HNLA 3MDKA 2GSRA 2YPMA 3GIXA 1U88A 3IOSA 1BYEA 1U3AA 1SKWB 1GUKA 1GP1A 1XWAA 1YZXA 3KP8A 1YDKA 5ID2A 5B8AA 1URMA 3APOA 2J9HA 3D0ZA 4N0VA 2P0GA 4QL9A 4JEDA 3CYNA 3KJYA 1JZRA 5B6MA 2HRNA 1V2AA 2X8HA 2LRCA 3TJGA 2OE1A 1F9MA 1R7HA 6GSXA 1V9WA 1F3AA 3A2VA 3ERGA 1T00A 1Z7RA 4BWQA 1V98A 2YN1A 4JR4A 4ECCA 4F9ZA 2VL9A 1SK1A 2GT5A 3PINA 3TJJA 1AIUA 1AQVA 2CAIA 1PN9A 2DJ1A 2H1GA 3ED3A 3KTBA 1ILOA 3DVWA 1H75A 5G31A 2LTKA 1WE0A 2FLSA 2YJ7A 3KEBA 4HI7A 1VF2A 2XHFA 5F07A 3FKFA 2VAFA 5COHA 2P5QA 5H5RA 5KEJA 4MABA 1A8YA 3GKKA 3ZTLA 2V6OA 3GX8A 2VM1A 1OC9B 4N11A 1GSDA 1TK8B 2OJLA 4XS6A 4JU5A 5F05A 4OO4A 2IJYA 4MZBA 2ZCTA 4N30A 4E8EA 4MF6A 2IMIA 4HQSA 1TXXA 1NHOA 5F8BA 4TR3A 1GSUA 5DBQA 1R5AA 2ES7A 3FW2A 3E9JB 3TJKA 4XS4A 2VL3A 22GSA 1ZMAA 5IMAA 1ZZYA 3CBUA 3WGEA 2PPTA 3N9JA 2BTOT 4TKYA 5DVBA 1SKRB 4J56E 4KE3A 3U5RE 1K3YA 5KN1A 2DMLA 3EWLA 5FHIA 1USBA 3LEFA 2LQQA 3E0UA 1BEDA 2GZPA 4YAPA 2OADA 1FB6A 4K7IA 4OD7A 2L6DA 4AJ6A 2VCZA 1EZKA 2HYXA 3JCML 3TGZA 2CZ3A 5CRDA 2VD0A 3K8NA 1XVQA 4MJAA 2VOCA 2WULA 1S3DA 4X0XA 1QQ2A 4JR6A 5HFGA 3P8WA 4HOJA 2C1YA 1TK5B 3A5WA 3Q74A 1PL2A 4P3YB 2RIIA 4HJ2A 1PL1A 3ME7A 5ECKB 3HYPA 2PWJA 4GLTA 3G9BA 1EV4A 1QUWA 3WGDA 4IW9A 2C8UA 5ECOB 1ERUA 3GH6A 4TR1B 1OKTA 5D9XA 3C7MA 3F63A 1HNCA 1XZOA 4HUAA 3IC4A 2IMFA 5HR1A 2E2MA 3IV4A 2FWEA 2HSYA 4OMVA 5IMDA 6GSVA 1TRVA 4DSSA 3TOUA 11GSA 3F4TA 2D2ZA 1BJXA 1GSEA 3GHAA 4DSQA 1KBNA 2GZYA 2VLTA 2B7KA 5J5NA 4YH2A 2H1AA 3GYKA 2GGTA 1GSQA 2OE3A 2H1BA 4EL1A 2G2QA 4FYBA 1YF0A 2VCWA 3GUSA 5A4UA 5CREA 2MMAA 2N5FA 3F3RA 4RUVA 4DVCA 4AJ8A 3VWUA 2HE3A 3UAPA 1GLQA 3ZVJA 3A3TA 5G1KA 1X9MB 4JBBA 5AISA 2I3YA 3M1GA 3VPQA 3LYKA 2L5LA 4TR4A 1G0TA 2K18A 4MA9A 1GSFA 3LJRA 3IRAA 1K0MA 2WB9A 1QGVA 1K3LA 5EPFA 1RQMA 3HVVA 4OWYA 1T4YA 2V32A 1GLPA 1IYHA 1C72A 3ZYWA 3HJPA 1A2JA 2RUFA 2IMKA 3EURA 2MZCA 3FZ4A 3F8UA 3GL3A 4XCSA 1A2LA 4F03A 4KW6A 4Q5RA 2X8GA 1XWKA 3ZIJA 4MPGA 2GSQA 1PX7A 1TW9A 2R37A 5GAND 4RQXA 3L0HA 2VL2A 4GCIA 1Z6MA 3KGKA 3Q18A 4EO3A 5ECHB 4ML1A 4IQ1A 5JWQB 3EINA 4YAVA 2RLIA 4GQFA 3L4NA 4WF5A 2R2JA 5FWGA 2C0FA 1T8EB 3CSIA 3DXBA 2JZSA 5EVOA 4GTUA 5IOWA 2LQOA 2B6MA 4RI7A 3GTUB 1ACVA 1WOUA 2VCTA 2O85A 2MBSA 4EUYA 4HZ4A 5HR2A 1SJIA 2F9SA 1A8LA 2ALBA 2YWNA 2CA8A 2JACA 1PD21 1X0RA 5A5KA 2AUVA 4IBPA 1FG4A 5ELGA 2RUEA 4POMA 2AHEA 4FYUA 2EIQA 2GS3A 3ZFBA 5LNKe 2VO4A 5H5SA 4ZIJA 1XOAA 4IHUA 3VFIA 3NOFA 3GSSA 3UEMA 3LG6A 3UIWA 2A2RA 4HJMA 3IBHA 4OFMA 3C1RA 2XC2A 3FK8A 2O7KA 2EC4A 3P2AA 3CRUA 4EVMA 3TKPA 1XIYA 4MH3A 1K0OA 5DJMA 3GKMA 1HD2A 3RAZA 1NHYA 3TDGA 1O7UA 5AGYA 1PRXA 2H19A 1S3AA 3HY2A 4WR4A 2H30A 4MZCA 4ZXGA 4EDZA 4AGSA 1BG5A 5G30A 2H74A 5HQPA 4MH2A 2WJUA 1ZOFA 2CT6A 5ID2B 1A23A 5ENUA 1T4ZA 1YKAA 4I97A 2R4VA 2FWGA 2DSAA 2DC5A 3D4MA 1AXDA 2HXKA 3H8QA 2NPBA 3GRXA 1OKDA 4IP6A 2FWFA 2ON5A 3PR8A 1ZYEA 3ZZXA 4AJ7A 3VI5A 1VRSD 1N8JA 1BAYA 1AUCA 4EXJA 1MD3A 2VCVA 3FR9A 1V58A 2MBTA 3UARA 2CZ2A 4POKA 2DLXA 3F6DA 3CRTA 4TN8A 2M46A 1XBSA 1WWJA 3HA9A 3MAKA 1JFUA 2OKAA 3WT2A 1R4WA 3FR3A 1V57A 4MJBA 3ERWA 3J7Yb 1M9AA 3G7IA 2HFDA 2QSIA 5INYA 4HU9A 10GSA 3I69A 2PUKC 4X1UA 3W8JA 2O89A 4KDUA 3TKRA 3HHVA 1XWBA 1R26A 4MJEA 3F4RA 4EKZA 4ZL7A 3LQ7A 5ECNB 3GKXA 14GSA 1AC1A 1Y25A 5F06A 2M72A 2F51A 4IJIA 3CTGA 1SENA 1TRSA 2JL4A 1HQOA 4K8MA 3ZFLA 2OE0A 4ACSA 5IM9A 3BCKA 1QXHA 9GSSA 1H4OA 1YJ6A 2CV4A 2XPDA 1CQHA 4ZB6A 2AV4A 2A4VA 1Z6NA 1T1VA 16GSA 1XOBA 1MDIA 3UOMA 1QFNA 1OAZA 1NW2A 2HLSA 1OC3A 4KH7A 2JZTA 1SK2A 1OVNA 2YZUA 3APQA 4ZB9A 1TRWA 1O8XA 4XS4B 1EV9A 2IMDA 1Q4JA 1YEXA 3P7XA 4F2IA 1VF4A 5J3RA 2H73A 3F3QA 3F4SA 3BD2A 3GL5A 5CP1A 2B7JA 3EMXA 3QFAC 1EOGA 1GTIA 2ON7A 2NDOA 3EMPA 3RPPA 1WPIA 2JU5A 1NSWA 3IR4A 3APSA 4BWSA 1WRYA 4KSMA 5J9CA 4ULXA 1OC8A 3GX0A 4OO5A 3ZMKA 4KAEA 1Q98A 3EYTA 3TRPA 1MDKA 1YY7A 2DMMA 2YNXA 3O3TA 5KN2A 2F8FA 1FW1A 1T3BA 1J08A 1DBYA 4KB3A 2GQMA 2TIRA 3ISOA 3UBLA 4L0UA 3V1WA 4O32A 4MF5A 1HNAA 3QPMA 4TVEA 2H70A 5DCHA 4L5OA 4HZ2A 2KOKA 3C73A 4JRRA 3RHBA 3H4KA 3TKSC 3M3MA 3U6VA 4MDCA 4MF7A 3M9KA 1WP0A 4F82A 4PURA 7GSSA 1X5EA 4NHWA 6GSWA 1KTEA 3CTFA 5IMZA 4OCFA 4DSSB 1RW1A 4KDXA 4XRDA 2DIZA 3QOUA 3H93A 2H72A 1GSYA 1JLVA 1M2AA 2YWOA 2L5OA 1RK4A 4KDYA 5D9WA 3LWAA 2QGVA 2YZHA 3DKSA 3L78A 4O92A 1FOVA 2CX4A 2I4AA 3A2WA 5ECPB 1Z9HA 1EP7A 4Q5FA 3GURA 4NAXA 1TDIA 4N0ZA 4CDOA 4IP1A 4NV2A 5HR0A 3GKNA 1OE7A 1GNEA 2E0QA 2EIOA 2AAWA 4YQMA 3GN3A 2WCIA 4PGTA 2L4QA 1PMTA 1M99A 5G5FA 2DJ0A 3LYPA 3S9FA 2IWTA 3HJMA 2HRFA 3BCIA 3C8EA 1TU7A 4BA7A 3J7Yk 5IPHA 1W4VA 2PBJA 5JWRB 3RDWA 6GSTA 3EE2A 1W89A 3FRCA 1EEJA 3KMOA 5ECMB 1K0CA 1MD4A 2GSSA 4X43A 2VM2A 2AB6A 5IMCA 1JHBA 5GSTA 1B9YC 4ZBDA 2PERA 1GTUA 2DJ3A 1U87A 5J9BA 5DJLA 3ZMLA 4IELA 2TRCP 3M0FA 1Z3EA 2IN3A 2JZRA 2K8VA 1PA3A 1Z5YE 4LLRA 1TK0B 2AYTA 3C71A 1SK0A 3IA1A 1R5PA 4BPYA 1DUGA 3M8NA 1GULA 2E7PA 5JWOB 2CVBA 2YV9A 5J41A 5ECSA 4OFNA 3I43A 3P90A 3O6TA 3D5JA 2H6XA 4OFTA 4XRAA 5G2ZA 3UL3A 1BX9A 2LJAA 2HSHA 4K2DA 4L8EA 1PKWA 1I9DA 4PQIA 1THOA 1EWXA 2MMOA 3KIJA 3CXGA 1X5DA 2KP1A 3LORA 5CRHA 4PXOA 3A2XA 2X99A 5IMVA 5D73A 1F2EA 2H66A 5DQYA 3ME8A 1GTAA 2J23A 4ECIA 4QQ7A 2VCXA 1OYJA 2QC7A 1GRXA 3QR6A 4KCAA 1XFLA 1B48A 4JE1A 3H79A 2CQ9A 1FVJA 5IMFA 4L5LA 4O5RA 20GSA 5B8BA 4WBRD 1EGOA 4MMMA 18GSA 2PN8A 5CAXA 12GSA 3QMXA 1KNGA 1ABAA 4V2NA 4I5QA 2WZ9A 3CMIA 5JCUA 2OA7A 1ST9A 3VK9A 4IJ3A 3EU4A 1SU9A 3GH9A 2KLXA 4YQVA 3MNGA 1UN2A 13GSA 2C0DA 5E59A 1O73A 5CO3A 5L71A 2L59A 1ZL9A 2B3SA 1TI1A 2DJJA 4WBJA 4PUAA 3VURA 2FY6A 2XBIA 2FNOA 2GSTA 3TRXA 3IE3A 4PQHA 1PX6A 4WETA 4V1Ag 1TU8A 1PQNA 2VL2C 3TRQA 4EE0A 1GWCA 3BBYA 4LL1B 2P31A 3HXSA 4NPBA 1E2YA 4ZBBA 4ML6A 2H76A 2LRTA 4IKHA 4D73A 2MMZA 2OACA 2B1KA 4TR0A 4FIWA 3TKSE 5D9VA 4I2TA 3WD6A 4MK3A 1F6MC 2Z9SA 4BVYA 4POLA 4G9HA 2DIYA 3W6GA 5ABRA 1N2AA 1JZWA 2BMXA 3VWXA 2K8SA 5D8IA 3KH9A 5DALA 1DE2A 3WYWA 2JSYA 3ZREA 1YEPA 3SWLA 5KN0A 1LJRA 5H5QA 3TJFA 2VLVA 5G5EA 3PH9A 1K0BA 2GLRA 1IYIA 1U3IA 3PGTA 3UMAA 2HZEA 4PQ1A 4EDYA 2P5RA 2V41A 1X9WB 2F8AA 2LJRA 3HCZA 2LUSA 3QD9A 5AIVA 2GQKA 3Q19A 3L9VA 3D4TA 3GMFA 1DSBA 2C3TA 1K0AA 3EU3A 4LMVA 2R5GA 4EC0A 1AW9A 3Q6OA 4NWYA 1XW9A 1F3BA 5D96A 4FH8A 4TW5A 1ERTA 1GUMA 2KUCA 4G2EA 1O81A 5IQYA 1XWGA 3ZVJD 4MLYA 1EOHA 1SJZA 2PMTA 1XVWA 1EP8A 4K0NA 3OR5A 3LSZA 5GZZB 1BQ7A 5B6NA 1JZOA 3D6IA 3F9UA 5ECIB 3DD3A 3KM6A 1MDJA 2IIYA 1A2MA 1UC7A 4V1Ap 2NBSA 1YQ1A 3D22A 1CQGA 1A0RP 1FB0A 5A4WA 2L57A 1V40A 4LA1A 4WXTA 1TOFA 4KNDA 2AJQB 5DDLA 2GDRA 3KMNA 4IGJA 3IHQA 1M7TA 3FHKA 1SL0B 1M2DA 4GWRA 4HS1A 2KHPA 1LBKA 2LEGA 6GSSA 2GVPA 2N5AA 3IPZA 4LMWA 1K3OA 2CVDA 1JZDA 1A24A 4G10A 4TXOA 4IN0A 4Z7XA 2IFQA 3LXTA 5IIZA 4I6XA 1SD8A 2VLUA 1TTZA 5HFKA 4J57E 1ZYQB 2KP2A 2M80A 3KTLA 3HZ4A 3N5OA 5IO0A 2H0IA 3GA4A 3VI7A 5C04A 3ZITA 2V2GA 1TKDB 1HYUA 2PGTA 1EEMA 2FHEA 5JCWA 3DYRA 1HNBA 4MCUA 2IL3A 4ISDA 3KH7A 4ECBA 2ZNMA 1O85A 3ZRDA 4I2UA 3HKRA 4PNFA 1JLWA 2WGRA 1F37A 1GH2A 1O8WA 4GSTA 5HR3A 5E4WA 2YV7A 3UJ1A 2YOIA 5DAKA 5CRWA 2C3NA 2H6ZA 1WJKA 3TUEA 3ZLPA 2HT9A 3US3A 2YCDA 4BL7A 2PVOC 2RM6A 4POBA 3RHCA 3TKSA 2JSZA 1GL8A 4V2LA 2C0EA 1T7PB 2VD1A 5GAPD 3HVSA 1KEBA 2V6KA 4RI6A 4HQZA 2B5YA 1B4PA 5IOXA 3E3EA 5D93A 4K9ZA 3G7YA 3NZNA 1QK8A 2X64A 4NHZA 4K6XA 2YANA 3FYGA 1Z7PA 2GT6A 2K9FA 1FO5A 4J2FA 4ZB8A 2H01A 2N5BA 1TRUA 3MSZA 3TCOA 4N10A 3DRNA 5D9TA 2C80A 1XPVA 3KXOA 1XCCA 3L9UA 3VLNA 2EIRA 3I6AA 1XXUA 4ZL8A 4XS1A 3FY7A 3HVXA 1I5GA 3BOAA 3ZL5A 2YP6A 3H1NA 1EGRA 2CX3A 5C00A 5AN1A 1J0FA 4TRXA 4FO5A 1VF3A 1LU4A 5GSSA 2REMA 1VGLA 1NM3A 2H0HA 3VPTA 1G7EA 4GSSA 1S3CA 1AQWA 2H6YA 4RQRA 5JCGA 5ECLB 3ERFA 2HZFA 4L0WA 5FT3A 1ZCPA 1ML6A 1AAZA 19GSA 2YWMA 5HFIA 1AQXA 2OBIA 4ECJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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