4L0WA

Plasmodium yoelii prx1a modified at the n-terminus forms an artifactual octamer
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
173
structure length
173
Chain Sequence
YFQGQAPSFKAEAVFGDNTFGEVSLSDFIGKKYVLLYFYPLDFTFVCPSEIIALDKALDSFKERNVELLGCSVDSKFTHLAWKKTPLSQGGIGNIKHTLISDISKSIARSYDVLFNESVALRAFVLIDKQGVVQHLLVNNLALGRSVDEILRLIDALQHHEKYGDVCPANWQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Observed octameric assembly of a Plasmodium yoelii peroxiredoxin can be explained by the replacement of native "ball-and-socket" interacting residues by an affinity tag.
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Plasmodium yoelii yoelii
molecule keywords Thioredoxin peroxidase 1
total genus 53
structure length 173
sequence length 173
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2013-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4l0wA00
4K7OA 4LMVA 3GV1A 1URMA 2YWNA 4MK3A 3L9VA 3LORA 3E3EA 5B8AA 3TOTA 4I2UA 3M3MA 1T7PB 4HEA2 4WETA 3HDCA 3GKXA 2M80A 4ZILA 3IXRA 4PXOA 1PX6A 1GTUA 4F82A 2FWHA 2RLIA 5CYYA 4OCEA 3DKSA 3ZYWA 5IMCA 4XHMA 4V1Ap 1Z6MA 2ZNMA 3TKSC 1AUCA 4V2NA 2KUCA 2PVOC 1U3AA 2HSHA 5IQYA 3KP9A 3D0ZA 1K0DA 1BQ7A 2H01A 3J7Yb 5LCZA 5D93A 3LYKA 1RW1A 3HVVA 3TJJA 3G7YA 3V1WA 4ZL8A 2FHEA 1JFUA 2GTUA 3L0HA 4ULXA 4YQUA 2E2GA 3HVSA 2V2GA 2HXKA 5D9WA 3QMXA 4O5RA 4EC0A 1PN9A 5IM9A 2AV4A 4HS1A 1OC9A 5HQPA 1SK2A 5DCGA 2X8HA 2HLSA 3GL3A 1T4ZA 3HYPA 1OC8A 4PQ1A 4ECIA 4NHWA 2OACA 3L78A 3ZMLA 3I6AA 5ECKB 2DJ2A 3WGXA 4E8HA 4KCEA 3I69A 1VF1A 1TW9A 2O85A 2I9HA 6GSVA 2AYTA 2F9SA 5L71A 5AN1A 3D4MA 5ECSA 2I3YA 2OJLA 5JWOB 3U5RE 5DQSA 4IN0A 3P8WA 1XWCA 4HU7A 3BOAA 14GSA 2CA8A 22GSA 1PA3A 4QL9A 3F0IA 1OC3A 4ZB8A 3KTBA 2X8GA 2R6KA 5IO0A 1R7HA 5ELAA 2H73A 1H75A 2X8CA 4Z7XA 4IJIA 3LXTA 1Z6NA 5ECNB 1TK5B 5IO2A 1O8WA 1THOA 1SJZA 4PQIA 3UEMA 3ZVJA 4NAXA 2V6KA 1TRWA 3RDWA 1V98A 2JSYA 1JZOA 1OKTA 1GSQA 3KMNA 4N30A 3W6GA 2HT9A 3DWVA 2VL2A 2CAIA 4MJBA 4BVXA 2X99A 2EC4A 3GKMA 3ED3A 4OFMA 3HHVA 4JE1A 4POMA 4JBBA 5HR2A 3P2AA 3IAS2 1K0OA 4TVEA 3GX8A 2XPDA 1X0RA 2IMKA 3LSZA 1B9XC 1SK1A 3ZITA 2GS3A 2C0GA 1K0CA 1ZYQB 1MTCA 1WJKA 2AAWA 1Z9HA 4AJ6A 4J57E 5J9CA 1XWBA 1B8XA 1TP9A 3TKPA 5JCUA 4KCAA 3F4TA 2H8LA 5C04A 2YZUA 1EGOA 2OE0A 4K0GA 2V41A 1SYXA 2VD1A 1HNCA 4LLRA 5GZZB 1AQWA 3BBYA 3VI5A 3ZFBA 1N8JA 2PBJA 3DMLA 1PL1A 4WBRD 17GSA 1HD2A 1MD4A 3QR6A 2R37A 3NOFA 5B8BA 4MPFA 2H6ZA 3EURA 1SL0B 4FO5A 2G2QA 5H5QA 1QFNA 3ZMKA 5LNKe 3CRTA 4IGJA 2DMLA 4IP6A 4PX1A 3R2QA 1SL2B 2RUFA 1WRYA 1F6MC 4JR4A 4K7NA 1FAAA 3HCZA 1QGVA 2NTOA 5D9TA 3CSIA 2P5RA 3D22A 3TRQA 1F3BA 1S3DA 4TKYA 3DEXA 1OE8A 5CRHA 1GH2A 1R4WA 2DJ0A 5G31A 2LJRA 5ECMB 1GWCA 5DVBA 3S9FA 2H72A 3ZRDA 3UARA 3GKNA 2RUEA 2B5YA 1F2EA 1GUKA 2H1BA 2B5XA 1XW9A 2C3NA 4KNDA 5JCGA 6GSTA 2IN3A 1Z5YE 2RM5A 2HE3A 5E59A 4OO4A 1G6YA 4D73A 1UC7A 3WT2A 4EDZA 1WP0A 2CVBA 1TRUA 3EC3A 4X43A 1EEJA 2ALBA 5IPHA 4GRFA 2XC2A 1USBA 2YV7A 3LG6A 1A0FA 1M2DA 1ZL9A 3DYRA 1OYJA 6GSWA 2VUPA 2HZEB 2H76A 1XBSA 2XBQA 2TIRA 2L5LA 4LMWA 2B1KA 1F3AA 2OBIA 3IK9A 4POKA 2ZUPA 1M2BA 5A4VA 3W8JA 4FYUA 3TKSA 1C72A 4BA7A 4HJMA 4L0WA 1I9DA 4HZ2A 10GSA 1G7OA 2YNXA 5DBQA 4PNGA 5ECRB 1SKRB 1WIKA 3L9SA 1EZKA 1FVJA 2WRTA 2FA8A 2MMNA 1HQOA 3GH9A 3KD0A 5CRGA 2PMTA 2LEGA 4KDYA 4OWYA 2LS5A 5FWGA 2YN1A 4J56E 4ZL9A 2BMXA 1PKWA 3A2VA 4ECCA 3IBHA 2A4VA 1FOVA 5AIVA 2FLSA 1UN2A 5DJLA 3EU4A 1XPVA 2LTKA 8GSSA 1TDIA 2P5QA 2CZ3A 4ZBAA 3TUEA 3ZIJA 5IMFA 7GSSA 2DC5A 2EIQA 3NIVA 2VL3A 1E6BA 2EIOA 4L8EA 4KDXA 3RHCA 5HFIA 1DE1A 1KNGA 1FG4A 4EXJA 3KEBA 4O7HA 2H6XA 5DQYA 3LYPA 4TN8A 1J9BA 2PWJA 4XTSA 2GLRA 1YEXA 1N2AA 2WS2A 2B6MA 2JL4A 3ZIVA 1YJ6A 2IWTA 3C71A 1TK0B 1M0UA 2I1UA 3CMIA 5CP1A 1K3LA 3IDVA 1IYIA 1EOGA 1I5GA 4RI7A 1OAZA 3PINA 1NW2A 1ERUA 3HJOA 4KH7A 3GA4A 3VWUA 3EMXA 3H1NA 1V57A 2MBTA 3IA1A 3ZREA 4L5LA 1GSUA 5EPFA 2TRCP 2H0GA 3I9V2 4K1FA 2B7KA 5A4UA 1G6WA 3QDNA 3ZFLA 3J7Yk 3TJFA 16GSA 9GSSA 3BJ5A 2DSAA 3D21A 3VWWA 2OADA 3TOUA 2GQLA 2GZYA 1YZXA 4JU5A 1GUMA 1X5EA 2AUVA 2CAQA 2CT6A 1AIUA 1B4PA 4TR1A 3IE3A 4IW9A 4Q5RA 2ZCTA 4HOJA 1NHYA 5ID2A 4TXVA 2NVLA 2FA4A 2KOKA 4EVMA 4WF4A 1GNWA 20GSA 3QD9A 2VCTA 1XZOA 2PN8A 1GSSA 4MH3A 1M9AA 3Q19A 2R4VA 1O7UA 5DAKA 1YKAA 2X64A 3E9JB 2YWOA 2C3TA 1SENA 5G2ZA 2NBSA 2HYXA 5G5EA 1Q4JA 3EINA 2VM2A 4LL4B 2R2JA 3LQ7A 1XCCA 3EMPA 3FYGA 2E7PA 3GTUA 4KW6A 4L5OA 2H70A 5DJMA 2F8AA 4ECBA 5H5SA 2V1MA 3RBTA 1Y6EA 2C8UA 4EDYA 3LFLA 4YQVA 2LSTA 2CVDA 3GUSA 2F8FA 3GX0A 3UAPA 1U3IA 2AB6A 2VCZA 2N5BA 3F63A 2RIIA 2XBIA 2MMZA 2K8SA 4ACSA 4KX4A 3F3QA 4MH2A 1JZRA 1W89A 1GP1A 5G5FA 3BCKA 1FO5A 3QAVA 4XRDA 4RQXA 2MBSA 4I2TA 2GZPA 4GF0A 2FD3A 4NXIA 2J9HA 1XVQA 4WBJA 2NPBA 13GSA 3M0FA 1B48A 3APQA 1VGLA 3VI7A 4KUNA 1BEDA 1A8LA 2DIZA 3VWXA 4MABA 3F4SA 4N10A 5JWRB 2L57A 4MJCA 1X5DA 2CQ9A 4ZBDA 5IMAA 3Q6OA 4TR1B 1K0NA 2QKEA 3W8SA 1TXXA 4PURA 3APSA 1UA5A 5ID2B 4PNFA 2GSSA 4GCIA 4AGSA 1GLPA 4MDCA 2LRTA 3PR8A 2LNTA 5DAKB 1X5CA 2ON7A 3P90A 4HQSA 4TR3A 4WF5A 4NHZA 1CQGA 1Q98A 5KN3A 3IK7A 1NSWA 5D96A 3VFIA 3F4RA 1GTBA 4Q5QA 2CX3A 1A8YA 1XFLA 3UMAA 2G0FA 3GTUB 3JCML 4BWSA 1A2MA 1TI3A 4JRRA 3VK9A 3GHAA 2AHEA 4WR5A 1XOAA 1TRVA 3QFAC 2LUSA 3GL5A 5IIZA 3DIEA 2JU5A 5GAND 3EWLA 3PH9A 3WT1A 2IIYA 3M8NA 5EL8A 3ME8A 4TXOA 3TJKA 3CTGA 3FEUA 2OE1A 4IKHA 1AQXA 2I4AA 1XVWA 1M7TA 3E0UA 11GSA 4NWYA 5ECHB 5GSTA 1OC9B 1SU9A 4ECJA 5DCHA 1XW5A 4HUAA 3VURA 1TKDB 4GSNA 4ZIJA 4XIHA 2E2MA 2LJKA 3MDKA 4K7IA 2VOCA 2L6CA 4ML6A 3H79A 4GQFA 2PPTA 5B6MA 2FWEA 3GSSA 6GSUA 4PUFC 1ERTA 1X9MB 2LKUA 1X9SB 2B7JA 3O3TA 1EP7A 3LXZA 1BG5A 2CVKA 4MP4A 2GSTA 2VLVA 3WD6A 2GQMA 3O76A 4IHUA 5CO3A 4KA0A 3FHKA 4EE0A 3CBUA 1DUGA 1ACVA 2BTOT 3H8QA 4GTUA 2H1DA 1PSQA 4KAEA 2LQOA 5AGYA 2WZ9A 2OKAA 3IOSA 5A5KA 2VL9A 4EF0A 5JWQB 3RPNA 1OE7A 5DDLA 2IMIA 2L4CA 2XPEA 4MZCA 3TGZA 2O7KA 3FZ5A 5GSSA 1XXUA 1YQ1A 4WR4A 1J0FA 2CZ2A 2YJ7A 3UIWA 1Y25A 1XWGA 4ZL7A 1JHBA 4GXZA 1FHEA 1CQHA 1J08A 1XW6A 2FCHA 5CRDA 1M2AA 4GWRA 3OR5A 3HJMA 2FWFA 5CAXA 5HR3A 3KTLA 4TXOB 5ELGA 5G1KA 1AXDA 1XWKA 1PMTA 3GH6A 3KMOA 4WEYA 5IMVA 1QUWA 2VLUA 4K0NA 1TI1A 1TK8B 3M9KA 4F9ZA 1YF0A 4OMVA 1R5AA 1ERVA 2QC7A 4LA1A 5E4WA 2YOIA 1NM3A 3UOMA 3HY2A 1TU7A 4EUYA 2F51A 1V40A 2IFQA 3FZAA 2P0GA 2OA7A 2VCVA 1R5PA 1OVNA 1O8XA 3CSHA 1ZGNA 4PUAA 1QMVA 4CHSA 4KSMA 3FR3A 1T00A 18GSA 2BJXA 2O89A 2I81A 3H4KA 4BWQA 1GSYA 2GVPA 2FWGA 3UBLA 4L0UA 1KTEA 3DGQA 4QL7A 1H4OA 3HVXA 4MJAA 2JZTA 4I8BA 3VLNA 5HR0A 1T3BA 1XOBA 3KJYA 4BPYA 1VRSD 3F6FA 5D9XA 4ZB9A 1ZYEA 2NDOA 3C1RA 4OCFA 4IS0A 1FW1A 2TRXA 4XS4A 1GL8A 1PQNA 4MMMA 2H1AA 3TKQA 2JSZA 3FY7A 3KP8A 4P3YB 2L59A 1M99A 5B7CA 12GSA 3L9UA 2YPMA 1JLWA 4POBA 3ZLPA 3ZVJD 4EKZA 3FW2A 3WYWA 2IL3A 2H75A 6GSXA 2H74A 2C0DA 1XIYA 3HZ4A 5DALA 2N5FA 1T4YA 5F0GA 3DRNA 3DVWA 1ML6A 5ECQB 2K6VA 2K18A 1PX7A 3N5OA 4HQZA 3QFBC 1AW9A 3C1SA 4XRAA 1GULA 1A0RP 4D73B 1K3OA 1GRXA 3Q74A 3A5WA 3UVTA 5HFKA 2VIMA 1WE0A 5ENUA 1Z3EA 5H5RA 2GZZA 1A2JA 3KXOA 5ABRA 1R26A 2FY6A 3SBCA 4ID0A 4Q5FA 5J9BA 4BVYA 5EY6A 4POLA 1ILOA 4NV2A 2YP6A 1V58A 1T8EB 2LNSA 5COHA 1LU4A 3NZNA 1T1VA 1S3AA 5J41A 3IV4A 5ECPB 4DSQA 1ABAA 5C00A 4MZWA 3Q18A 1WMJA 3TJGA 4K2DA 4MF5A 3GRXA 2VCXA 4CW9A 5J5NA 2HNLA 4HZ4A 4YH2A 4Q5NA 2WCIA 3BD2A 3EU3A 4G9HA 1TU8A 3KH9A 2C1YA 5IMZA 4GSTA 4XS4B 4F2IA 1HNAA 1EP8A 1MDKA 4MLYA 2LJAA 2HZFA 2H71A 5LD0A 4IELA 4TRXA 2FNOA 3O6TA 4I97A 4ML1A 3QPMA 2VCWA 3IRAA 4DEJA 3G7JA 4FYBA 5D9VA 4JEDA 2CV4A 1JZDA 4FH8A 1TTZA 1TOFA 1BX9A 1VF4A 5DALB 2MZCA 5ECOB 1PRXA 5IOWA 1QQ2A 1K0BA 3WGDA 3C8EA 4X1UA 3TKSE 2KP1A 3ERFA 1SKWB 2JADA 3GNJA 1RK4A 3TRPA 3UBKA 1GNEA 1WOUA 4H86A 2IJYA 5F8BA 5HR1A 2PUKC 1EGRA 1ST9A 4O32A 1WWJA 3M9JA 2RM6A 2GQKA 3BCIA 3LEFA 2B5EA 3L4NA 3MAKA 4G19A 4N11A 4WXTA 2K9FA 2E0QA 2DIYA 3CYNA 2JACA 2L5OA 4IQ1A 5F07A 2GGTA 2J23A 5F05A 2HFDA 4IBPA 1MDJA 3D4TA 1GSFA 1NHOA 2K8VA 3CSJA 1YDKA 1PKZA 4GSSA 2C0FA 1JLVA 4ZB6A 2Z9SA 2P31A 3DVXA 2VD0A 3GMFA 6GSSA 1SKSB 4TOPA 2DJ1A 4I6XA 2VCQA 4TW5A 5J4UA 4G2EA 2JZSA 1F9MA 2KLXA 3VPQA 2H66A 1F37A 1O81A 5KN0A 4XS6A 4F0CA 2F3MA 1JZWA 4V1Ag 1W4VA 1YF1A 3TDGA 5B6NA 1A2LA 3GURA 2PU9C 3A2XA 4MF7A 5IMDA 3DD3A 2LRNA 3RAZA 5ECLB 5AISA 3HD5A 2GT5A 5D73A 2HRNA 3MNGA 3TJBA 3IC4A 1O73A 2WFCA 1M9BA 3FRCA 3APOA 3F9UA 4MA9A 2H6YA 4RUVA 1ZZYA 4NMUA 2KHPA 1AAZA 5EVOA 1MD3A 1SYRA 4AJ8A 1DSBA 4NV5A 1MDIA 1FB6A 4N0ZA 1A24A 2V32A 5G1LA 4G10A 3ERGA 2H0IA 3U6VA 1SJIA 2CX4A 2R5GA 3GYKA 2GSQA 3IR4A 1RQMA 4ZBBA 4ISDA 2IMEA 4E8EA 4V2MA 3IPZA 1DE2A 4MJEA 2H19A 3M1GA 2VAFA 5INYA 3CXGA 2QSIA 2XHFA 1UVZA 5J3RA 1BYEA 1SD9A 5F06A 3KM6A 5HFGA 1EV9A 1GSEA 1G0TA 2YANA 3D6IA 3LGCA 4JR6A 1DBYA 3TB2A 1YKCA 3P7XA 3D5JA 4CDOA 4MPGA 1ZOFA 1E2YA 4YAVA 1SK0A 1ERWA 3TKRA 3GKKA 5KEJA 4KGIA 4KB3A 4XS1A 1AQVA 3FZ4A 3GN3A 4HDEA 3G7IA 3MSZA 2HRFA 1ON4A 2H0HA 2HZEA 4FYCA 1MEKA 3QAGA 4V2LA 1EEMA 3UJ1A 2IMFA 4DSSA 2PVQA 4FIWA 3KCMA 3ZTLA 2WGRA 2DJJA 1FVKA 4GQCA 2A2SA 2C3QA 2PGTA 1X9WB 1THXA 3CRUA 2MMAA 5G30A 2C4JA 3UVHA 2LQQA 2VLTA 2VM1A 3C7MA 2DLXA 4MCUA 1LBKA 2H1GA 4PQHA 4OFNA 4HJ2A 1EV4A 4OO5A 1ZMAA 2B1LA 3IHQA 4ZXGA 1B9YC 2ES7A 2DJKA 4EO3A 3I43A 4N0VA 3ZL5A 2FUG2 2JZRA 2LV3A 5FHIA 3GFKA 5IPGA 2HSYA 3KH7A 2MYGA 4RI6A 4PGTA 3QAWA 3MWHA 3LJRA 4IJ3A 1Z7RA 2QGVA 3KIJA 1QXHA 3FZ9A 1K0AA 2IPAA 2B3SA 3AY8A 4IP1A 1AC1A 1KEBA 4DVCA 3DXBA 3US3A 3QCPA 2DJ3A 2YJHA 1HNBA 1WPIA 3G9BA 2KP2A 3SWLA 5D8IA 2GT6A 1OKDA 2YZHA 1A23A 4J2FA 1U87A 1ZCPA 3FK8A 3VWVA 3A2WA 3ERWA 1O6JA 3N9JA 4EL1A 3HKRA 1YEPA 5A4WA 3TRXA 4AJ7A 2EIRA 1TRSA 1HYUA 2V6OA 4JZQA 1KBNA 2L6DA 4I5QA 5FT3A 4K6XA 5AIXA 2O87A 3FR9A 4QQ7A 1QK8A 1PGTA 4DSSB 1IYHA 4AF2A 4MF6A 1SL1B 4MZBA 3EE2A 2N5AA 6GSYA 2VO4A 2H30A 2YV9A 1GSDA 4X0XA 5CNWA 1U6TA 4F0BA 2WDUA 2M72A 1GUHA 1TJDA 2IMDA 3C73A 3GSTA 3A3TA 1VF3A 5CRWA 2GDRA 1GLQA 2WJUA 3EYTA 2VL2C 4HU9A 4O92A 3ZZXA 3FR6A 2L4QA 4KE3A 2WB9A 3F8UA 4NPBA 1BJXA 2ON5A 1EOHA 3ME7A 2LRCA 3KZQA 4YQMA 2C0EA 1U88A 3PGTA 1GTAA 4K9ZA 3HJPA 3UL3A 1PD21 2WULA 1K0MA 1PL2A 3HZ8A 2OE3A 1VF2A 1LJRA 2A2RA 1V2AA 1K3YA 3WGEA 4TR4A 2OBKA 2O8VB 4TR0A 3K8NA 3ISOA 4GLTA 5KN2A 4WKWA 2GSRA 3QOUA 3RPPA 1V9WA 3KGKA 3TCOA 2M46A 4DSRA 4KDUA 2IFQB 3RHBA 4BL7A 3FKFA 2D2ZA 3VPTA 4K8MA 5IOXA 4LL1B 1SD8A 4IQAA 3HXSA 4YAPA 5JCWA 1FB0A 4F03A 4OFTA 3F3RA 1XWAA 2YWMA 1B4QA 1Z7PA 2FGXA 5ECIB 2YWIA 1EWXA 4OD7A 1YY7A 3F6DA 2PERA 2REMA 2YCDA 3EVIA 3IAM2 4ILFA 2R3XA 2HI7A 3GIXA 3CTFA 5GAPD 1O85A 19GSA 3H93A 1S3CA 2AJQB 2DMMA 2C80A 3HA9A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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