4MMMA

Human pdrx5 complex with a ligand bp7
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
SAPIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTCSLAPNIISQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comparing Binding Modes of Analogous Fragments Using NMR in Fragment-Based Drug Design: Application to PRDX5
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Peroxiredoxin-5, mitochondrial
total genus 48
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence C, E, G
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2013-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4mmmA00
1N8JA 2P5QA 2B7JA 1WMJA 2VM2A 4RQXA 2R2JA 2CQ9A 2VD0A 3G7JA 3TKRA 4GTUA 2HZFA 3QAVA 5D9TA 4PGTA 3TKQA 1XBSA 4K2DA 3ZTLA 2GZPA 3GKXA 4HJ2A 2HNLA 3ZVJD 2VCWA 3IE3A 4FYBA 1K0BA 1AXDA 2GDRA 2EIQA 3A3TA 2VOCA 3RPPA 3LSZA 5L71A 1JLWA 1U88A 2C8UA 2YNXA 4WXTA 3GTUA 4OO4A 1QFNA 4IKHA 1SJIA 2LNTA 2DJ1A 3HDCA 3D4MA 3GTUB 2VL3A 3CSHA 4IS0A 4MZWA 3ZMLA 2IWTA 4YAPA 2DSAA 6GSWA 2H6YA 3Q6OA 3KEBA 1K3OA 1JZRA 1WWJA 2KP2A 5D9VA 2LJAA 2GSQA 2G2QA 6GSXA 3PINA 1X5CA 3BOAA 2V41A 5B7CA 3APOA 4ZBDA 3C73A 4N30A 1U6TA 3GSSA 3UL3A 5B6NA 3KIJA 4XCSA 22GSA 1EV4A 2JSYA 3C71A 2OBKA 4WF4A 1GRXA 3LWAA 2N5FA 4KGIA 6GSUA 1PD21 4NAXA 1EOGA 4JU5A 4IJ3A 2PERA 2H01A 2WRTA 2P0GA 2ZCTA 3TKSA 1T1VA 4ACSA 1SKWB 1JZDA 2MBTA 2V1MA 3VPQA 4MCUA 4I8BA 2GZZA 1EEJA 1A23A 4G2EA 1DSBA 1GULA 1XOBA 1SD8A 1LU4A 4NXIA 2CX3A 2LJKA 4PQIA 2B5YA 9GSSA 2CV4A 4PUAA 4LMVA 1F3BA 2MMNA 5GZZB 1F2EA 1ST9A 2DJKA 1O8XA 3MSZA 5EL8A 3TRXA 1WPIA 3D4TA 3NOFA 3ZVJA 5CYYA 5CRGA 1T8EB 1GUKA 2HRFA 2MZCA 1U3IA 3GA4A 3EVIA 2MYGA 4KDUA 4HQZA 4ML6A 1K0AA 5DAKB 3RPNA 1JLVA 1ZMAA 1NSWA 4TKYA 3HVXA 2GSRA 2VL2C 1PX6A 3ME8A 3P2AA 1M2BA 4KX4A 3HA9A 1FG4A 4MABA 2XHFA 3CSJA 2FLSA 3FEUA 1Z6NA 2L5OA 2L6DA 4AF2A 2OKAA 3M9KA 1PSQA 1V40A 1SL0B 2V2GA 2R4VA 5DJLA 1EZKA 3L78A 2YJHA 3KGKA 4PURA 2AUVA 1PL1A 5ECPB 2X8GA 1ZYQB 1V58A 4HS1A 5FHIA 4ZB9A 3UVHA 1I5GA 2NTOA 4GSTA 1G6YA 2C3NA 2TRCP 1FW1A 3FR3A 4WETA 3FRCA 5ENUA 1EOHA 1WP0A 5ECMB 4MZBA 2H1BA 1Z5YE 2H66A 3WGXA 4TRXA 1GLQA 3P8WA 3NZNA 2B5XA 1GTBA 3GMFA 1E2YA 1XWAA 3GH9A 4KSMA 1DE1A 5F06A 2WJUA 5D9XA 4FIWA 2HYXA 5GAPD 2H6ZA 3F6DA 2HT9A 5D96A 2GSTA 1OC9A 3F63A 2VUPA 4N10A 1SKSB 5EVOA 3TKSC 3O3TA 4TVEA 5G5EA 1TKDB 2YPMA 1OC9B 5ABRA 1F3AA 3GV1A 4DSSA 4ZBBA 2MMAA 3TB2A 4IVFA 4JR6A 3CTGA 2ON7A 4GCIA 3KP8A 1O7UA 4KCEA 4KW6A 4AJ6A 4GQFA 1TOFA 4DSSB 3A5WA 4AJ7A 4XS6A 1S3CA 4K0NA 5G5FA 2DMMA 2FWGA 1KNGA 6GSYA 3DRNA 2VLVA 4DEJA 4HU9A 4LLRA 1BX9A 3HYPA 1A0FA 1EGOA 1XOAA 2E0QA 4L0WA 2GLRA 2IPAA 1GSUA 2HFDA 1CQGA 2YZHA 2GTUA 1UN2A 1BQ7A 1M2DA 5ECIB 5F07A 1GSSA 3FZ5A 1U87A 1AQXA 1G6WA 2LRCA 3IBHA 2H1AA 2E2GA 5HFGA 1PL2A 4YQMA 2EIRA 1ON4A 1T7PB 2AV4A 5H5SA 2JL4A 2VCZA 1I9DA 2K18A 17GSA 1NW2A 5JWRB 1FVKA 1GTIA 1R7HA 2JZTA 1OVNA 4WKWA 2OE1A 2YWIA 1A8YA 2I3YA 1BYEA 4EKZA 5B8AA 12GSA 4NV5A 5IO0A 5J41A 3ERFA 3LORA 3MWHA 2K8VA 1DE2A 4Q5RA 1H75A 1A24A 3QFBC 2MMOA 3GNJA 5A5KA 2AJQB 5IM9A 4O7HA 3S9FA 4XS1A 4NHWA 4KE3A 4ZL8A 5IMVA 4V1Ag 4WBRD 1S3AA 2PBJA 2HI7A 4BWSA 2CAQA 5CREA 4MJBA 4WR5A 3KCMA 1TU8A 4IQ1A 5FT3A 4MJEA 5DCHA 5CNWA 1QMVA 1C72A 1XW6A 2LUSA 4HQSA 2CA8A 2PUKC 3GYKA 4GRFA 2H8LA 4JZQA 3ZZXA 5IMDA 2RIIA 2YWNA 1U3AA 3TGZA 5GSSA 2O7KA 3ZRDA 4O5RA 2PU9C 1YKAA 3TJGA 5D9WA 4OCFA 3IA1A 1ZOFA 2BJXA 5LCZA 2NVLA 4KCAA 4LL4B 1EP7A 1TI1A 2O89A 2VIMA 3TOUA 3QR6A 1BG5A 1GP1A 1MEKA 1V98A 3GN3A 3HXSA 3VK9A 5ECRB 2HSHA 4HJMA 1F9MA 3VI7A 2DJ0A 2MBSA 2J23A 1SK1A 4K1FA 3H8QA 1VF3A 3JCML 3HZ8A 1PQNA 3TJBA 5DQSA 2KP1A 1M9AA 2IN3A 4Q5NA 1IYHA 3HJOA 3GX0A 3KM6A 4LA1A 3LYPA 4K7IA 2M72A 3KZQA 5GAND 1X9MB 1GSDA 2H0HA 2LSTA 2DJ2A 1QGVA 1SJZA 3HKRA 3QAWA 4J57E 3VWUA 4ZB8A 1TRSA 1ZYEA 3KH7A 4Q5QA 3LFLA 4XIHA 4MP4A 3FY7A 2WGRA 2ZUPA 5HQPA 3N9JA 5J4UA 2ES7A 2RLIA 10GSA 2VM1A 4TW5A 4YAVA 3C1SA 4BWQA 1URMA 2NPBA 2H76A 3A2WA 1GTUA 3VWVA 2I9HA 3FR6A 2X64A 3VWXA 3F6FA 4K0GA 3DXBA 1J9BA 1XCCA 4F03A 2O85A 1JHBA 2YV9A 1QXHA 4GWRA 3EU3A 3UARA 4ZXGA 3RAZA 4D73B 7GSSA 4CHSA 4F0BA 5LNKe 4IP1A 2JADA 3DEXA 4FH8A 3W6GA 3ZREA 1X0RA 1YEPA 1VF4A 4DVCA 1O85A 3C8EA 2L57A 2VAFA 4KNDA 2H74A 1GTAA 3ZIVA 3E0UA 4DSQA 3DWVA 2F51A 2YN1A 3TJFA 1J0FA 4G9HA 2LNSA 1EWXA 5KEJA 1GNEA 1PKWA 4AGSA 5HFKA 1M0UA 3LGCA 5ECSA 1F37A 4V2NA 2FWHA 3KMNA 4LL1B 5LD0A 4F82A 2HXKA 2PGTA 3GX8A 4PQ1A 2FCHA 3IHQA 3UIWA 4E8EA 3DKSA 4X1UA 2DBCA 3ME7A 3PR8A 4XS4A 1XZOA 2QC7A 5E4WA 3HZ4A 2FD3A 3L9SA 2GT6A 4ECIA 4MLYA 1FAAA 4BL7A 5IMFA 3FR9A 2HSYA 2B1KA 1SL1B 1YJ6A 4XS4B 2B3SA 5KN1A 11GSA 2XBQA 2C0EA 4MJAA 2LRNA 3CTFA 3WGDA 1HNCA 6GSVA 4MF6A 1WOUA 2JU5A 1TTZA 4BVYA 1R4WA 3BBYA 2R3XA 3FW2A 5F05A 1ERUA 4POKA 1RK4A 4WF5A 5D93A 2EIOA 1THOA 3RDWA 4PUFC 3QCPA 5ID2A 4N0VA 1XWGA 4I2UA 2XBIA 1THXA 1N2AA 4RQRA 2F8FA 1X9WB 4IHUA 4ECCA 5ID2B 4NHZA 1YY7A 2CVBA 5DAKA 3IV4A 4J2FA 3IPZA 1YZXA 3G7YA 2KLXA 1SYXA 2OJLA 2ON5A 3CYNA 4ECJA 5ECQB 2XPEA 1ZCPA 1JZOA 3I6AA 1VF1A 3ZFBA 1ERTA 2C0DA 2CZ2A 3APQA 1OYJA 3QAGA 5J9CA 2H71A 1K0DA 5DVBA 2GSSA 4KAEA 3GL5A 4FYCA 2LRTA 5AISA 4NWYA 3CRTA 2VLUA 4NV2A 5AIVA 5JCUA 2YWMA 2F3MA 2H73A 5F0GA 1T4YA 19GSA 5IPHA 5EY6A 3HHVA 1CQHA 2WZ9A 2OE0A 14GSA 3PGTA 3GURA 3FZ4A 1FVJA 2TIRA 1R5AA 3HJMA 5A4UA 1ZGNA 1LBKA 5DALB 2CZ3A 3UOMA 2KUCA 3QDNA 3P7XA 4MJCA 1FB6A 5JWQB 5B6MA 5IIZA 2OADA 2VL9A 1SU9A 3P90A 4XRAA 2GVPA 3MNGA 3TRPA 2HE3A 4K7NA 4EE0A 1Y25A 1MDJA 4JBBA 4V1Ap 3W8SA 3R2QA 3O6TA 5D8IA 3TOTA 1Z3EA 1B9XC 5KN0A 2GS3A 3EYTA 3UJ1A 1Y6EA 5HR0A 3FK8A 1IYIA 4J56E 4PXOA 5G31A 5ECLB 5AN1A 1XVWA 3H1NA 4MF5A 3IDVA 4HUAA 1MD4A 2YOIA 4N0ZA 4HOJA 2C80A 2A2SA 3EE2A 3ZITA 5IPGA 2L59A 1HD2A 4PX1A 3E3EA 2VCVA 4KUNA 3WT1A 5INYA 5DBQA 3GSTA 2JZRA 1XPVA 1O8WA 4POMA 3VURA 1SENA 1TRWA 3LYKA 2VCXA 2C1YA 4XRDA 4RI7A 3TRQA 3F0IA 3BCKA 1SL2B 3ZMKA 4KH7A 4EDZA 2O87A 1ABAA 2REMA 1OE8A 1ZZYA 2E2MA 2QKEA 3M9JA 4HI7A 2P31A 1QUWA 4PNGA 2K8SA 3ZFLA 2DJJA 2DIZA 3VI5A 3F9UA 1B9YC 2QSIA 2N5BA 2Z9SA 1XWCA 4TR4A 1RQMA 2AB6A 1XFLA 3UBLA 4GXZA 1OE7A 1QK8A 2LQQA 1ACVA 2YZUA 1GH2A 4GSNA 3TUEA 1AUCA 1S3DA 3GUSA 13GSA 1K3LA 2GQLA 1K0OA 4KDYA 3SWLA 4K8MA 2AHEA 4CDOA 1EGRA 4KSOA 2B6MA 1FO5A 3DMLA 1R5PA 4POLA 3KP9A 2ALBA 4GLTA 4E8HA 3LXZA 3M3MA 2XC2A 3IC4A 2PN8A 3TJJA 2FWEA 1RW1A 3GFKA 20GSA 2V6KA 1B48A 5DQYA 3KMOA 4IELA 3HJPA 4F2IA 3ISOA 1GNWA 4EUYA 1HNBA 3DYRA 1W4VA 2I81A 5JCWA 3NIVA 1FHEA 2MMZA 4OMVA 1X5DA 3UMAA 3IR4A 3F3RA 3QD9A 2L6CA 1TDIA 1G7OA 4BVXA 3BJ5A 4MK3A 3IK7A 3WGEA 16GSA 3D6IA 4AJ8A 2WB9A 5JCGA 1Z7PA 1SK0A 3EC3A 2RUFA 2V6OA 1PGTA 4G19A 4MPGA 5IMZA 1PKZA 5FWGA 3CRUA 4POBA 2C3QA 2H6XA 4MF7A 5DJMA 4WR4A 3UBKA 5CAXA 1XXUA 1LJRA 5HR3A 1A8LA 1H4OA 2IFQA 2F8AA 1USBA 4MDCA 1XIYA 3H4KA 2H72A 3J7Yb 2FA8A 2ZNMA 1AC1A 5DCGA 2HZEA 2GGTA 2IFQB 5H5QA 4OO5A 2CVKA 2OBIA 3VLNA 4ISDA 3HCZA 2TRXA 2FWFA 2FUG2 5D73A 1OKTA 2JACA 1GSEA 3LG6A 4MH3A 3IAM2 2HZEB 2G0FA 4L5LA 4ML1A 3A2VA 5G30A 2FNOA 4ID0A 3WD6A 3A2XA 3GHAA 1VGLA 4ZIJA 5CRWA 3IOSA 1K0NA 4ZILA 3J7Yk 4RUVA 4IQAA 3UAPA 3TCOA 4YQUA 5IMAA 2PPTA 1B8XA 1O6JA 2K6VA 2PMTA 2H1DA 3UEMA 5IOWA 3LQ7A 2A4VA 2FHEA 3TJKA 3PH9A 2X8HA 4BA7A 1TK5B 1TJDA 5J9BA 5AGYA 3APSA 4FYUA 1EP8A 2IMIA 1A2LA 1UA5A 3GKMA 4MPFA 3FZAA 1PMTA 4GSSA 4X43A 3QOUA 4YH2A 5IOXA 3ZIJA 1YF0A 3BD2A 4PNFA 1XWKA 4MA9A 4K9ZA 3VWWA 4L8EA 4D73A 5CRDA 5G1KA 4I5QA 1TP9A 2H1GA 2R5GA 1EV9A 1VF2A 4HU7A 1WIKA 2WFCA 2WDUA 2YJ7A 3ED3A 3CMIA 1PRXA 2A2RA 1BEDA 3MDKA 4IBPA 1YEXA 4EDYA 2VL2A 3G9BA 1K0CA 5F8BA 4BPYA 4HZ2A 5KN3A 1HQOA 4CW9A 5AIXA 2AYTA 4EF0A 2BTOT 1XW9A 3FKFA 1Z7RA 4JE1A 1K0MA 4QL7A 2YV7A 1G7EA 1OC3A 4HDEA 5E59A 2CX4A 5IQYA 4TR3A 1TK0B 3RHBA 3EMXA 2OACA 3GKNA 1OKDA 4H86A 3WYWA 1OAZA 1B4PA 5KN2A 4JRRA 2NDOA 3L0HA 1GL8A 4ECBA 4EO3A 2GT5A 3CSIA 4X0XA 1SJ6A 1UC7A 4V2MA 1DBYA 3FHKA 2O8VB 1SK2A 3M1GA 1HYUA 2YANA 2V32A 5HR1A 5IMCA 1MDKA 1TRUA 4FO5A 4QL9A 1X9SB 2KHPA 4P3YB 1Q4JA 1KEBA 2OA7A 4ZL9A 5CO3A 3GIXA 3GRXA 2L4QA 3Q74A 2JZSA 1XVQA 1YQ1A 6GSSA 1WRYA 2YP6A 4ZBAA 4EL1A 2CVDA 2HRNA 1E6BA 3V1WA 3ZL5A 1SKRB 2WCIA 3M8NA 1AIUA 3F3QA 3HVVA 1AQVA 2CT6A 2X8CA 1JFUA 1AAZA 4XTSA 1R26A 2AAWA 2LEGA 2DC5A 5GSTA 3QFAC 2LQOA 3KH9A 2R37A 2PWJA 1W89A 4V2LA 2K9FA 3EWLA 4TXVA 5ECOB 3N5OA 1Q98A 3QPMA 1NHOA 3H93A 2PVOC 2FA4A 2P5RA 2H75A 5G1LA 1M2AA 2FGXA 1ZL9A 1KTEA 1NHYA 2RM5A 2YCDA 3L9VA 5JWOB 3H79A 3BCIA 2M80A 5DALA 4NMUA 2GQMA 1ML6A 1GSFA 3GH6A 1G0TA 2KOKA 2LV3A 3IRAA 1O73A 1NM3A 5A4VA 3SBCA 2C0FA 2X99A 5ECHB 2CAIA 1Z6MA 4KB3A 5H5RA 3EINA 3KTLA 4EC0A 2LKUA 2H0IA 3LXTA 1BAYA 1WE0A 3TDGA 1MTCA 4IP6A 2WS2A 4KA0A 4I97A 1J08A 3E9JB 3DIEA 3VFIA 1F6MC 3RHCA 2VO4A 3C1RA 2WULA 5C04A 4YQVA 4F0CA 1V9WA 2H19A 1TXXA 5CP1A 4XHMA 4O32A 2IMEA 2PVQA 2C3TA 1T00A 2JSZA 4JR4A 3KTBA 3D22A 4ZL7A 1SYRA 3GKKA 5J3RA 4OCEA 3IK9A 3Q19A 2H70A 1WJKA 1V57A 4MH2A 1FOVA 2IMFA 3KXOA 4OWYA 1K3YA 5ELAA 4EVMA 3EMPA 4NPBA 4Q5FA 4HEA2 4G10A 1A2JA 3I9V2 5COHA 3EURA 5HFIA 2I4AA 2VCTA 4DSRA 1PN9A 18GSA 1GUHA 1KBNA 2RM6A 4K6XA 3ERGA 3C7MA 1AQWA 1FB0A 1YF1A 1X5EA 4IN0A 1MDIA 3DVXA 2N5AA 2DMLA 2C0GA 4PQHA 1UVZA 3WT2A 5ELGA 3D0ZA 2J9HA 4TR1A 4IJIA 3US3A 3I69A 1EEMA 3ZLPA 2DLXA 3KJYA 4TR1B 1XWBA 4IGJA 1PX7A 1TW9A 5EPFA 4OD7A 2B1LA 5ECNB 2XPDA 2E7PA 1DUGA 4OFNA 5B8BA 3FYGA 2DIYA 2M46A 5DDLA 2DJ3A 3F8UA 1GWCA 4WEYA 4JEDA 4L0UA 5J5NA 1O81A 2IL3A 2L5LA 3QMXA 1M7TA 2RUEA 3L4NA 2NBSA 4Z7XA 4ZB6A 3K8NA 1TK8B 3RBTA 4WBJA 1A0RP 4K7OA 1M9BA 2QGVA 3HY2A 5C00A 3O76A 3DGQA 4ILFA 5G2ZA 4ULXA 4I2TA 1TI3A 4MMMA 3W8JA 3F4SA 2I1UA 1VRSD 5HR2A 3F4TA 4IW9A 2VD1A 3HD5A 3CBUA 3IXRA 4TOPA 2FY6A 4MZCA 3I43A 2LJRA 4GQCA 3Q18A 4TR0A 4N11A 5A4WA 1JZWA 1YDKA 3TKSE 2F9SA 3F4RA 4I6XA 4OFTA 3U6VA 2L4CA 1TU7A 3LJRA 4OFMA 3M0FA 3LEFA 2GZYA 1GSYA 1AW9A 1YKCA 4GF0A 2R6KA 4TN8A 3ZYWA 1ERWA 5ECKB 3OR5A 1A2MA 2B7KA 1TRVA 4HZ4A 2LS5A 4TXOA 2D2ZA 1V2AA 3ERWA 3KD0A 3D5JA 2HLSA 3HVSA 1ILOA 3TKPA 2IIYA 4L5OA 4TXOB 1BJXA 2GQKA 1T4ZA 2IMDA 8GSSA 3VPTA 3L9UA 1HNAA 2IMKA 2C4JA 3D21A 2YWOA 3GL3A 1T3BA 4F9ZA 2EC4A 4LMWA 3G7IA 2B5EA 1B4QA 1M99A 3IAS2 3EU4A 3CXGA 2BMXA 1SD9A 2VLTA 3FZ9A 1GUMA 5IO2A 3MAKA 4KDXA 2H0GA 1QQ2A 5CRHA 4QQ7A 3U5RE 2LTKA 2IJYA 4O92A 4EXJA 3DVWA 2VCQA 4RI6A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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