4OWYA

Crystal structure of ahp1 from saccharomyces cerevisiae. investigating the electron transfers.
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
174
structure length
169
Chain Sequence
DLVNKKFPAGDYKFQYIAISQSDCKMPQTVEWSKLISENKKVIITGAPAAFSPTCTVSHIPGYINYLDELVKEKEVDQVIVVTVDNPFANQAWAKSLGVKDTTHIKFASDPGCAFTKSIGFELAVGDGVYWSGRWAMVVENGIVTYAAKETNPGTDVTVSSVESVLAHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Ahp1 from Saccharomyces cerevisiae. Investigating the electron transfers.
rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords Peroxiredoxin type-2
total genus 45
structure length 169
sequence length 174
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2014-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4owyA00
5D93A 1T00A 1SJ6A 1X9MB 1G7OA 4AJ6A 4GWRA 1AQWA 3FHKA 3E0UA 3GL5A 4AJ8A 1YF0A 3UARA 2B6MA 3ISOA 4GSTA 3FYGA 3GTUB 3WT1A 3CYNA 5HR2A 1X0RA 1W4VA 2H0GA 1Z3EA 3KIJA 2N5BA 3F3QA 2L6CA 3KZQA 1SJIA 4V2MA 1AXDA 3EWLA 1H4OA 2IMDA 1MEKA 2LKUA 4HJMA 4I6XA 4XS6A 3ZMLA 1V58A 2BTOT 3BD2A 2L5OA 4N0VA 3F8UA 5EY6A 2LSTA 3LWAA 5HFGA 3PR8A 5AIXA 1M9AA 2VD0A 5ECOB 2FLSA 1SU9A 2EIRA 3ZYWA 3F3RA 3HCZA 2YWNA 2E2GA 2P5RA 1FVJA 2I9HA 3LSZA 2VCZA 4F0BA 4ECJA 2ALBA 5B6MA 2V41A 1SYXA 4K9ZA 3L9SA 4ML6A 4LLRA 2MYGA 3GFKA 4WR5A 4IJ3A 4IS0A 2CVKA 3C1SA 2TRXA 4JBBA 1VF4A 2VLTA 2DJ2A 3VWWA 1XZOA 4EKZA 5D9VA 1TTZA 4TOPA 5IMAA 5IMDA 2DBCA 4ZL7A 3IR4A 3VURA 1T8EB 2RM6A 3IAM2 3BOAA 2PWJA 1GTBA 2GGTA 3ME8A 3ED3A 3QMXA 3UJ1A 2VCQA 5G30A 3TOTA 2QC7A 1WMJA 3GKMA 1A24A 2AHEA 3LORA 1ERTA 3P7XA 2C0EA 3FR6A 4JR6A 1SL1B 1GTIA 1QUWA 1QFNA 2C0GA 4AJ7A 5G2ZA 2DMLA 2VM1A 3DGQA 3TJFA 3TKPA 1YJ6A 3D4MA 3ERWA 5HFIA 5B8BA 5LCZA 4PNFA 2AB6A 3F4RA 5ELGA 3TUEA 3LG6A 2PUKC 4EDZA 5B6NA 3SWLA 1JFUA 2JU5A 2PMTA 2DIZA 3KMNA 2GZPA 1EOHA 5KEJA 3FR3A 4POLA 3HXSA 1J9BA 4YQVA 1TRVA 2VCVA 1THXA 2X8CA 4KCEA 1SENA 2B7JA 4KH7A 6GSYA 1XWKA 1OE8A 5IOXA 3O6TA 1XW9A 2HNLA 5B8AA 3ME7A 4XS4B 2IIYA 2YWMA 2J9HA 2IFQB 5AIVA 1JLVA 1THOA 2KLXA 3VI7A 1J0FA 1GTAA 2VM2A 5GAPD 4IN0A 4K0NA 4JRRA 3U5RE 1GSUA 3HVSA 3CXGA 5JCWA 2N5AA 1B8XA 1KEBA 4ZB6A 3TRXA 1V9WA 2MBTA 4PX1A 5GSTA 3ZLPA 2VL9A 4KGIA 1DE2A 1OC3A 4Q5QA 1K0OA 2XHFA 2H30A 1PKZA 2F8AA 5FWGA 3TJJA 3UIWA 1O8WA 4IVFA 1OC8A 4OO4A 5AN1A 4TXVA 4ZBAA 2I1UA 2FGXA 2LS5A 1LBKA 3C73A 4PQ1A 2CZ2A 2YPMA 5COHA 1JZWA 2H75A 1PA3A 3FZ4A 3G7IA 1R5PA 3RAZA 4RUVA 2L5LA 2DC5A 1GRXA 1E2YA 3GA4A 2DJ0A 5ECNB 1SL0B 2OE0A 4EL1A 1LU4A 1X9WB 4LMVA 2NDOA 2D2ZA 4PQIA 1EWXA 4ML1A 1WJKA 4POBA 5ECLB 4MH3A 1QMVA 5HR1A 5DJLA 1GSDA 4MPGA 1V2AA 2GS3A 3W6GA 4LL4B 17GSA 4GTUA 3VPQA 2OKAA 22GSA 3WGEA 3V1WA 3HJMA 4F03A 4MCUA 4MDCA 2LNSA 1Y25A 3F4SA 5A5KA 3CBUA 1F2EA 4FIWA 2MMAA 1ERUA 1SYRA 4J56E 2K6VA 1ML6A 2NVLA 4MK3A 2OBIA 1S3CA 2VOCA 4P3YB 4NHWA 4OCFA 5ECMB 3IBHA 3CSJA 4IW9A 1Z6NA 1X5DA 2AUVA 3HDCA 2YV7A 4PURA 1SKRB 4QL9A 1FVKA 3IPZA 1K3YA 1TRSA 4GQCA 1YZXA 4WBRD 2DSAA 4HDEA 3F4TA 5ID2A 1PL2A 1TU8A 4EO3A 5DDLA 3D21A 4POKA 2JSYA 1A0FA 3IAS2 1F3AA 1SK2A 1QGVA 3PH9A 2A2RA 4I2TA 3TKSE 1EGRA 3UVHA 3GKKA 2H1DA 2F9SA 4BWQA 1XIYA 1ABAA 1YQ1A 1ZGNA 4ZBBA 1TK0B 2YV9A 2FNOA 2IFQA 3M9KA 2IWTA 2I4AA 3DVXA 4YAPA 1VRSD 2WRTA 4PGTA 3FK8A 1BYEA 3TOUA 3IOSA 4HU9A 2PBJA 2WULA 1UN2A 4D73A 1PKWA 5IMFA 2BMXA 4KB3A 5EPFA 2CT6A 2IJYA 3FZAA 1TJDA 4HQSA 2HZEA 4JZQA 2FWGA 5H5RA 4L5OA 2YANA 1K0CA 2V32A 3LEFA 1DSBA 2ES7A 3IC4A 5HQPA 1T7PB 1MDJA 5DBQA 3LFLA 4J2FA 18GSA 5ECIB 1XXUA 3GKXA 2RIIA 2F3MA 1MDKA 2H1AA 4KE3A 3KEBA 3KXOA 5F0GA 3GN3A 2H0HA 2GT5A 2KOKA 2V6KA 4GXZA 2HSYA 1RK4A 2CV4A 4ZIJA 2HFDA 1WOUA 4ILFA 4O7HA 3E9JB 2KHPA 5ECKB 3US3A 2P0GA 3ZTLA 1AUCA 4BA7A 2N5FA 4ECCA 4K7OA 3DYRA 3QAGA 5J4UA 1O81A 3RPNA 3RBTA 1GNWA 3QR6A 4FYUA 2YN1A 1DBYA 1URMA 3CMIA 2FD3A 4MP4A 1OC9B 3DVWA 2H8LA 1XBSA 1S3DA 4O92A 3IA1A 2O89A 5DAKB 4MA9A 2BJXA 1FW1A 5IO0A 3HVVA 1EV9A 4OWYA 3BCIA 1AC1A 1QXHA 3D5JA 1DE1A 3QDNA 1JHBA 3A2WA 1K0BA 4L8EA 3TRQA 1B9XC 2GSRA 3GIXA 2DJKA 3M9JA 1YDKA 1XVQA 3L0HA 2M80A 1FAAA 4OCEA 4RI7A 3S9FA 4V2NA 5AISA 3IK7A 5D9XA 3FR9A 4X1UA 4OFMA 1T3BA 2B5EA 3EU4A 2IMKA 2VUPA 1TRWA 4ZL9A 3LYPA 1NW2A 2B3SA 1PL1A 4HI7A 5KN1A 3W8SA 2NTOA 4BPYA 14GSA 1BG5A 2K9FA 2M46A 1R4WA 4ZILA 3E3EA 3DKSA 3ZL5A 6GSXA 1HD2A 3KJYA 4TR3A 2X8HA 4IJIA 3QPMA 5J3RA 2H0IA 6GSSA 2ZNMA 2DJ1A 2LNTA 4MZBA 1HYUA 4FO5A 3MWHA 2I81A 2YOIA 3QFBC 3R2QA 3HYPA 2E2MA 1HNAA 1GUKA 3UMAA 1PGTA 2RUEA 5ECHB 3VLNA 2K8VA 3TJBA 1OVNA 7GSSA 5J41A 1PMTA 2NPBA 2XBQA 2JZSA 4F0CA 4LMWA 2FA4A 4TVEA 2R6KA 1FB6A 2AJQB 4F82A 2C0DA 3ZRDA 3RPPA 5ENUA 1YEPA 1WRYA 4PQHA 2H74A 4V2LA 1V57A 1NSWA 1J08A 3OR5A 3APQA 2FWHA 3EINA 5E59A 2PN8A 4CW9A 1USBA 2K18A 4TXOB 1Y6EA 4KA0A 3L4NA 1TK5B 2WDUA 4ZB9A 1FO5A 3VWXA 1AQVA 2H6YA 5LD0A 1XWBA 1GUHA 3GRXA 3RHCA 4V1Ag 4FYBA 2GQKA 2JSZA 1GSSA 1A23A 3D22A 4GQFA 5DAKA 1T1VA 4BL7A 3EC3A 3H93A 4PXOA 5HR0A 4TR1B 3A2XA 4GSNA 2FWEA 4IBPA 3FY7A 2GZYA 1AAZA 1EEMA 1UVZA 2TRCP 5GSSA 2M72A 5C04A 5A4VA 3F6FA 5LNKe 4MZCA 3I69A 2QKEA 2L4QA 1IYHA 1EOGA 6GSTA 1A0RP 3BCKA 1U3IA 4K6XA 3WGDA 1V40A 1M2BA 4XTSA 2H1BA 1O73A 4KDUA 1O8XA 1A8YA 4NV5A 1ZL9A 1B4QA 2C1YA 3F6DA 2YWIA 1ZMAA 4MPFA 2Z9SA 2G2QA 1W89A 3TDGA 1KTEA 5IPHA 1SD8A 3G9BA 2IN3A 2YZUA 3KGKA 1XOBA 1EZKA 1T4YA 2H70A 1TDIA 1H75A 4ECIA 2VL2C 3QAWA 1K0MA 6GSWA 4XIHA 4DSQA 3APOA 1OAZA 3LXTA 4HJ2A 4Z7XA 4NHZA 5IOWA 2X99A 1A2LA 5IMCA 3GTUA 1U87A 3ZZXA 2FCHA 1TOFA 4JR4A 4OMVA 3C71A 1GSFA 3A2VA 2NBSA 2VCXA 1TP9A 4WF5A 3FKFA 2OA7A 1UC7A 2HT9A 4F9ZA 3M3MA 2YJHA 3A5WA 2MMNA 3ZIVA 3KM6A 4GLTA 3ZITA 2OJLA 1A2JA 1RQMA 2F51A 2ZCTA 4J57E 3NZNA 5KN0A 1NHOA 2J23A 2VIMA 2IMEA 1GL8A 2CA8A 4MJBA 3EMPA 4MLYA 1EP8A 1IYIA 3L78A 4K7IA 4K8MA 3GL3A 5HFKA 4MJCA 2YP6A 5CYYA 3LJRA 3N9JA 2B5XA 4TXOA 2R3XA 2CAQA 1RW1A 5CRGA 1R26A 4ZL8A 5F05A 1ZYEA 3IK9A 3KP9A 2HI7A 3C1RA 1Z9HA 5L71A 3DWVA 1MD3A 3GHAA 19GSA 2KP1A 3K8NA 2RM5A 4GF0A 1FG4A 2H6XA 2H76A 5CP1A 1Q4JA 4E8EA 2AAWA 1ZOFA 2R4VA 2A2SA 4DSSB 2I3YA 3GH6A 1XFLA 1OYJA 2L6DA 1TK8B 1X5EA 3DXBA 5DALB 1GSQA 3HJPA 2V6OA 3A3TA 5INYA 3H1NA 4X0XA 2KP2A 1JZDA 1DUGA 2LQOA 2H72A 4KAEA 1XWGA 2PVQA 1VGLA 2FWFA 1XCCA 5D9WA 1FHEA 2VO4A 3EYTA 5AGYA 3KTBA 5KN3A 3GH9A 3MAKA 5DJMA 1ON4A 3GURA 4N30A 3WYWA 4XS4A 1MTCA 3GKNA 3M8NA 2MMOA 5IQYA 4L0UA 4KSMA 3IDVA 2VL2A 3QFAC 5FHIA 4TW5A 3FZ9A 2XBIA 3FW2A 4V1Ap 1PSQA 4XHMA 4RI6A 2C8UA 3KCMA 2H73A 1TU7A 1EEJA 1GNEA 1M2DA 3TB2A 4DSRA 1NHYA 2LJRA 5ECQB 3ZIJA 4WXTA 5DVBA 2X64A 4MF7A 2HYXA 1VF1A 3PGTA 4ID0A 3TKQA 1GSEA 5KN2A 1EGOA 3CTFA 3DEXA 1O6JA 2HRFA 1U88A 5G31A 2GTUA 2CZ3A 3W8JA 3EMXA 5J9BA 1PN9A 1UA5A 2OE3A 4LL1B 4Q5FA 4OO5A 1M9BA 1A2MA 4I97A 4MJAA 3ERGA 1Z5YE 1YKCA 5G1KA 3WT2A 2WGRA 4EF0A 4H86A 4Q5NA 3LXZA 2DMMA 1CQHA 2QSIA 2JL4A 4WKWA 1WIKA 3F0IA 4ZB8A 1K0DA 2IMIA 3SBCA 1ERWA 4ZBDA 5FT3A 4NV2A 5ECRB 3CTGA 2CVBA 1EP7A 5CAXA 3QD9A 4X43A 1XOAA 2EC4A 3HVXA 4OFTA 3VWUA 1ZYQB 5D8IA 3IHQA 4ISDA 1YY7A 2YCDA 2LQQA 4EDYA 1E6BA 1GH2A 4CHSA 4IGJA 3FEUA 5A4UA 3P8WA 4N0ZA 1I9DA 2VCTA 2CX3A 4E8HA 4L5LA 3U6VA 2WJUA 3CRUA 1MDIA 1VF3A 2VLUA 3F63A 4RQRA 1B4PA 3MNGA 2E7PA 4NPBA 1SD9A 3KD0A 3C7MA 4TR0A 2AYTA 2E0QA 2EIQA 2YZHA 12GSA 8GSSA 2HXKA 4MF5A 1ZCPA 3P90A 2H6ZA 5IIZA 2MMZA 4L0WA 2WCIA 1PD21 3LGCA 4MH2A 11GSA 1XPVA 4I2UA 4MZWA 1TI3A 2XPDA 5IM9A 4G2EA 5CREA 4GSSA 4HOJA 2PGTA 2L57A 2H01A 3TKSC 1WE0A 1GSYA 2VLVA 2DJ3A 1ERVA 3EURA 2EIOA 3IE3A 2LEGA 1X9SB 5ABRA 4NMUA 4OFNA 5GZZB 3FRCA 1K0NA 2WFCA 5J9CA 3DIEA 3I43A 1TKDB 4IQAA 4TRXA 2IL3A 2HLSA 2JACA 1K3OA 3VK9A 4XRAA 3TRPA 1R7HA 1SJZA 3TCOA 4N10A 10GSA 5D73A 3L9VA 2ON7A 2LUSA 2VCWA 4ULXA 5CRDA 3UVTA 2PU9C 4GRFA 1BAYA 3KTLA 1GP1A 1BX9A 1B9YC 16GSA 5H5QA 3GX8A 3EVIA 4Q5RA 1OKDA 1K3LA 1X5CA 1JZOA 2GDRA 9GSSA 3EE2A 3D6IA 1EV4A 4MABA 3TJGA 2LRCA 3D4TA 1TI1A 2HRNA 3G7YA 1OC9A 1GWCA 3DMLA 4YQUA 4FH8A 1TW9A 1KBNA 3GUSA 4HZ4A 2VD1A 3GNJA 2REMA 2VAFA 2LRNA 5CNWA 1XVWA 4EUYA 20GSA 4F2IA 4KDXA 1PRXA 3UL3A 2JZTA 4QL7A 3GSSA 4AF2A 2JADA 3WD6A 1FOVA 2O7KA 3GMFA 4PNGA 2C3QA 1MD4A 1PX6A 1AQXA 2YJ7A 4EC0A 3KH9A 4G19A 3KMOA 3LYKA 4QQ7A 4XS1A 1SK1A 1JLWA 3H4KA 3APSA 4MMMA 3I6AA 1Q98A 3VPTA 1XWAA 1YF1A 4KX4A 3HA9A 5DCGA 3P2AA 1Z6MA 3Q74A 2GSQA 5ID2B 5C00A 1N8JA 3TKRA 4G10A 3UEMA 2DIYA 5IO2A 2QGVA 6GSVA 1GLQA 5GAND 4N11A 1GLPA 4YAVA 2P31A 2V2GA 5CRWA 2RLIA 3HZ4A 4IHUA 2YNXA 1WPIA 2B5YA 1M99A 2H66A 4EXJA 4HQZA 2B1LA 4O32A 2FY6A 2PVOC 2LJAA 3VFIA 4CDOA 4YQMA 5F07A 3TKSA 3ZVJD 3IRAA 1GUMA 2GLRA 1M7TA 3J7Yk 1AIUA 4KCAA 1ACVA 2AV4A 5J5NA 2XC2A 3L9UA 5D96A 4D73B 4IP6A 3JCML 2HE3A 2OE1A 3C8EA 5H5SA 4KDYA 1SKWB 1BJXA 4K2DA 3J7Yb 1SL2B 3LQ7A 1F9MA 2HZEB 1S3AA 5JWOB 4IQ1A 3FZ5A 4DEJA 4MJEA 2C4JA 4IELA 4OD7A 1HNBA 3DD3A 4NWYA 1A8LA 2PERA 2CX4A 3Q6OA 1SKSB 4BWSA 5HR3A 4WBJA 5G5EA 5CRHA 1O7UA 4BVYA 2LTKA 1C72A 1WP0A 3KP8A 4JE1A 4POMA 3NIVA 2B7KA 1WWJA 4HUAA 4IP1A 4DVCA 1QQ2A 3HJOA 4PUAA 4JU5A 2WZ9A 2V1MA 1M2AA 4NAXA 5DQYA 3CSHA 2C0FA 3M1GA 2WS2A 4WF4A 3ERFA 3H8QA 2FUG2 4G9HA 2OACA 2LJKA 3KH7A 1OE7A 3HKRA 2DLXA 4TR1A 4RQXA 2K8SA 3O3TA 4KNDA 1O85A 2X8GA 3I9V2 3UAPA 5F06A 2CVDA 4WR4A 4KW6A 3O76A 4XCSA 1ST9A 5F8BA 2F8FA 1K0AA 4KUNA 3G7JA 1VF2A 4HU7A 3H79A 4O5RA 1CQGA 1R5AA 4YH2A 1Z7RA 1G6WA 1V98A 3UOMA 4NXIA 3HHVA 4GCIA 1HQOA 2H71A 3IXRA 2C80A 1JZRA 3NOFA 1TXXA 4I5QA 2R5GA 6GSUA 1PQNA 1U3AA 1Z7PA 5ECPB 3RHBA 3HZ8A 2G0FA 5IMVA 1GTUA 1N2AA 2H19A 3WGXA 4IKHA 3QOUA 5DCHA 3DRNA 2GQMA 1XWCA 3VI5A 2L4CA 1SK0A 2WB9A 3D0ZA 4JEDA 2IMFA 3Q18A 3F9UA 3ZFBA 4K0GA 3TGZA 1G6YA 4EE0A 3MDKA 4KSOA 4ACSA 4TN8A 4EVMA 2LRTA 4ECBA 2O87A 4I8BA 2C3TA 1G7EA 4MF6A 2DJJA 2MBSA 2HSHA 1M0UA 2OADA 1NM3A 3GYKA 2R37A 2GSTA 5G1LA 2FA8A 2XPEA 2KUCA 2LV3A 3IV4A 2GZZA 3ZREA 2PPTA 4LA1A 1PX7A 2GSSA 1F3BA 1ILOA 3M0FA 2MZCA 3QAVA 3EU3A 2O85A 1AW9A 1FB0A 3UBKA 4K1FA 3BBYA 1TRUA 2H1GA 5JCUA 3CRTA 1I5GA 5EL8A 4AGSA 2HZFA 5D9TA 3GSTA 2B1KA 3GV1A 3RDWA 2RUFA 4HZ2A 5EVOA 1T4ZA 3MSZA 3HY2A 2VL3A 2JZRA 3TJKA 4DSSA 3CSIA 4HEA2 5G5FA 1BQ7A 5DALA 2GVPA 1YEXA 5JWRB 4WETA 5A4WA 2R2JA 5CO3A 2ON5A 4WEYA 5JWQB 1QK8A 13GSA 4PUFC 1OKTA 1GULA 2GQLA 4TKYA 5IMZA 2CAIA 5ECSA 1F37A 5E4WA 3ZFLA 2YWOA 3ZVJA 3BJ5A 1F6MC 1LJRA 2C3NA 5JCGA 2FHEA 2P5QA 1B48A 3PINA 2L59A 1ZZYA 4FYCA 3UBLA 2IPAA 2CQ9A 5IPGA 3QCPA 1XW6A 5ELAA 1U6TA 4ZXGA 3ZMKA 1YKAA 2TIRA 4TR4A 4HS1A 1XW5A 1BEDA 4XRDA 2ZUPA 1KNGA 1G0TA 1HNCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
How to cite