The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
|
sequence length |
86
|
structure length |
86
|
Chain Sequence |
SHMFTGLNTPSGVAVDSAGTVYVTDHGNNRVVKLAAGSNTQTVLPFTGLNTPSGVAVDSAGTVYVTDHGNNRVVKLAAGSNTQTVL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
De novo protein
|
| molecule keywords |
nvPizza2-S16S58
|
| publication title |
Crystal structure of nvPizza2-S16S58
rcsb |
| total genus |
12
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| structure length |
86
|
| sequence length |
86
|
| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-04-16 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5F53 A; 3WWB A; 3WWF A; 4ZCN A; 3WW7 A; 5CHB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3BTQ E; 4NWL A; 2BD8 A; 2J95 A; 1HJ8 A; 1NFY A; 1S82 A; 1HLT H; 1TNG A; 2QC2 A; 2VIV A; 2PSY A; 5FXL A; 2RDE A; 2FX4 A; 1FAK H; 1E37 B; 4K1S A; 3NWU A; 5FPY A; 1SVP A; 2ZGJ A; 1CGJ E; 1XXD A; 4NFF A; 3OY5 U; 4ABI A; 5EPN A; 3A83 A; 4WJG 2; 2WV5 A; 3SV6 A; 3E8L A; 1ELD E; 1TIO A; 2BOH B; 3N7D A; 2BX3 A; 2XYA A; 1O5F H; 1SGF G; 1OWJ A; 5CDF E; 1YLC A; 1O3M A; 1OYT H; 1K1J A; 3VXE H; 1TQ0 B; 2C8W B; 2K1Q A; 4GUX A; 3IG6 B; 4KTU A; 1GHB G; 1B5G H; 1PQ8 A; 2HPQ H; 2SNV A; 2VWL A; 1IQN A; 2WPM S; 3SV2 H; 5FAH A; 2FES H; 2PTN A; 3RDZ A; 4DY7 B; 1YPJ H; 1L4D A; 3A80 A; 1DAN H; 1AUJ A; 1V2V T; 1B0E A; 1EST A; 1EPT A; 3DA9 B; 1L1G A; 3KL6 A; 3QN7 A; 1O2N A; 1L4Z A; 2CK3 D; 2ZU1 A; 1GI8 B; 5B6O A; 1AD8 H; 2FMJ A; 1AFQ C; 3M61 U; 5I46 H; 1O2R A; 4Z0K A; 4LK4 A; 2GGV B; 3UOU A; 2WUC A; 2Y81 A; 3MI4 A; 1DPO A; 1SGN E; 2XRC A; 2F9O A; 1RIW B; 3M7T A; 4KKD A; 3RXC A; 1LHC H; 3SUG A; 4XBD A; 3TH2 H; 4ABH A; 1CT2 E; 1KTT B; 3B9F H; 2O8L A; 3KNX A; 1DST A; 1P06 A; 3JZ2 B; 4X1N U; 5HM9 A; 2ULL A; 2VJ1 A; 3BTW E; 1P2Q A; 4WWY A; 3LJO A; 1AND A; 1WXR A; 3SNE A; 3VB3 A; 2RG3 A; 2WIN I; 4ABE A; 4A6L A; 5DKM A; 3RU4 E; 1THR H; 3SUD A; 1DOJ A; 3MO3 A; 1A7S A; 1KSN A; 4GCH G; 1ZR0 A; 1YY3 A; 1KXE A; 5DP6 A; 3HGN A; 1G3C A; 1PQ7 A; 2F91 A; 1Z1I A; 2FOA A; 1RTK A; 4I8J A; 1KDQ B; 1P01 A; 2BDY A; 4ZMA H; 1GHW H; 1T8L A; 4ABG A; 2G5V A; 4YXW D; 1HAZ B; 2AGE X; 5AHG H; 2Z3C A; 1GMH G; 4X2Y A; 1ELV A; 1PPE E; 1YCP K; 3VGC B; 1J8A A; 1C5N H; 3SI3 H; 2KM0 A; 2A4G A; 3QX5 H; 1C2M A; 1KIG H; 2PWX A; 1XKA C; 2SGF E; 3V3M A; 2GMT C; 5FX6 A; 3ZYD A; 1E34 B; 1KDQ A; 1Q2W A; 1WUN H; 3N7O A; 3CS7 A; 2PW8 H; 1AFE H; 2W6I D; 2CF8 H; 3BEI B; 5E0G A; 1QGF A; 3SQH E; 3RXG A; 2NU3 E; 4OS5 A; 3QLP H; 1ELG A; 1GJ4 H; 2WSS D; 3ZVF A; 1GCD A; 1S85 A; 4ABF A; 3OY6 U; 1HAG E; 3WW7 A; 2O8T A; 3UNS A; 1TMB H; 1SFI A; 1TRM A; 3MU5 A; 1NRN H; 1QRX A; 1ZSK A; 3B23 B; 4Q63 A; 1P12 E; 2FTM A; 1O2K A; 1GBJ A; 1QL9 A; 2B9L A; 1NN6 A; 2WHX A; 1INC A; 1GI2 A; 3RMO H; 3ZV9 A; 3BIV H; 1VCW A; 3TK5 A; 1O2T A; 2WUB A; 2EY4 C; 1OP8 A; 2FTL E; 3UOP A; 1Q31 A; 1FN8 A; 1C4V 2; 3A82 A; 3A89 A; 5LPE A; 1SB1 H; 3Q00 A; 1UVU H; 3KYF A; 1C5V A; 3TGI E; 3E91 A; 3FKS D; 1E1R D; 4X6O A; 1A46 H; 3MOC A; 4UFF H; 4DT4 A; 5L2Y H; 3GCT G; 1GGD B; 2ZHD A; 3MU8 A; 3ZVA A; 1TON A; 1YKT A; 4Y7A A; 1UTM A; 2FX6 A; 1QJ1 B; 1SG8 B; 2QA9 E; 2BZA A; 3EA7 A; 4Y0Y E; 2P3U B; 2OC8 A; 3O8C A; 2BYA X; 3SZN A; 1TX6 A; 4BOH A; 4D7G A; 1XUI A; 1J17 T; 2EI6 A; 2EST E; 2BY8 X; 1KXC A; 3EST A; 1CSO E; 2ZCK P; 3GY2 A; 1W7X H; 1FLE E; 1UVT H; 3PWB A; 2ZHF H; 4MPV A; 2ZU4 A; 3UR6 A; 1RIW C; 2A5K A; 3RLW H; 1EXF A; 1O3F A; 5DP5 A; 2Z3D A; 1GHV H; 2LEL A; 1O3K A; 3TH3 H; 3VEQ B; 2PGB B; 1AGJ A; 3G01 A; 3AVZ A; 1G2L A; 4A1V A; 2TGP Z; 3A86 A; 2I6Q A; 4FUF A; 4ISN A; 2BQW B; 3RU4 D; 1FY8 E; 3PTB A; 1DM4 B; 3F9E A; 2F43 B; 3RML H; 1EAU A; 1T4U H; 4ZAE A; 3RC4 A; 1AZ8 A; 2FI3 E; 3F2H A; 1W10 U; 4U30 A; 3VB4 A; 4YZU A; 1GI5 A; 2GX4 A; 3C27 B; 1ZZZ A; 1NU9 A; 4MNX A; 1PYT C; 4I8G A; 1AY6 H; 4BTI B; 1TRY A; 2H5D A; 3UNQ A; 3ZVB A; 5K7R A; 5JBA S; 1GI7 B; 3M5M A; 2ASU B; 5A09 A; 1YM0 A; 1AVG H; 2KFW A; 1K22 H; 1TPA E; 3T5F H; 1TGS Z; 1WQV H; 4JZ1 A; 1H8H D; 5A0A E; 3LON A; 3UIR A; 1V2K T; 2K0Q A; 4FUE A; 2KX4 A; 3ATW A; 3A81 A; 2Y5G A; 4XE4 A; 1W0Z U; 1SQO A; 1F5L A; 2VGC B; 2P16 A; 3IWM A; 3QK1 A; 2FZZ A; 1ZPB A; 1V2O T; 4INL A; 1BMF D; 1BML A; 1FN6 A; 4HGC A; 1HJ9 A; 5H4I B; 3L6P A; 1BMA A; 1S83 A; 3EE0 B; 1E36 B; 1F5R A; 3A8B A; 3TLO A; 1GJB B; 1BB0 B; 1GJD B; 1O5G H; 1NY2 2; 2C90 B; 1K2I 1; 3URC A; 1D6R A; 4DT7 B; 2BM2 A; 2GCH G; 4YT7 H; 2FI4 E; 3PLB A; 3ZZ9 A; 4AFQ A; 3MMG A; 1O2Q A; 1YCP M; 2XBV A; 3PO1 C; 1GVZ A; 1MTU A; 3ATI A; 1QL8 A; 5JBC S; 1C1T A; 2WPK S; 3MH5 A; 4YT6 H; 1HNE E; 5EQS A; 3KEE A; 1AHT H; 1O3P B; 1OPH B; 3STI A; 5DGJ A; 1XX9 A; 4AGJ A; 3AK5 A; 1ZHP A; 1DS2 E; 4I31 A; 5ABW A; 2Q6D A; 4M9F A; 1PPZ A; 2QF0 A; 2BOK A; 1NPM A; 1TB6 H; 3DT0 H; 3SBK A; 2PKS B; 3QGN B; 5DO4 H; 4BTT B; 1EOJ A; 1ABI H; 1F2S E; 2ZI2 H; 1XUF A; 3M5N A; 5GCH F; 1TNL A; 1UTL M; 4X6N A; 4NIX A; 4YOI A; 1C5W B; 2C3S A; 3PV5 A; 4U01 A; 1OWH A; 3BG8 A; 1YPH C; 1JBU H; 2HRV A; 4R8T B; 5GXP A; 3E16 B; 2I6S A; 1L1N A; 1MCV A; 2B7D H; 2GCT B; 3I29 A; 4Q80 A; 4IC6 A; 2IOT A; 3VFE A; 3TJV A; 1DX5 M; 2WPJ S; 1GJC B; 3NCL A; 1KLI H; 5JB9 S; 2BD5 A; 3FVF B; 2BDG A; 4E7N A; 1COW D; 3Q3Y A; 5DPA A; 4BAO B; 1A0L A; 2XOK D; 4WMF A; 3E0P B; 1K0H A; 1B7X B; 4LXB H; 5C2Z A; 3AAU A; 1AN1 E; 2QCY A; 3GY5 A; 1QY6 A; 3BTT E; 1E1Q D; 4XBC A; 1AVX A; 2KZ4 A; 5E8E H; 1CHO G; 2R9P A; 3KQC A; 3RU4 T; 3RXV A; 2A7H A; 1W13 U; 3QUM P; 1DY9 A; 4K1T A; 1OS8 A; 1P2J A; 3P8G A; 1LDT T; 2A7J A; 3ATK A; 2R2W U; 4GSO A; 2AMD A; 5DP4 A; 1DT2 A; 4B6F A; 4AN7 A; 1MQ5 A; 4IN2 A; 5EQQ A; 4B76 A; 4AB8 A; 3F0P A; 1IHS H; 3KQE A; 2P3T B; 3SU6 A; 1FAX A; 2AGG X; 2GT8 A; 2HPP H; 2A4O A; 2VVU A; 2AER H; 5AFZ H; 3BTH E; 4ISI H; 3D49 H; 3HAT H; 3LGI A; 1TOC B; 1RGQ A; 2JH0 D; 1G3B A; 1Z8I B; 3BEF B; 1VCP A; 2PUQ H; 5HIZ A; 1O3E A; 4NSV A; 1AKS B; 4UEH H; 4CH2 B; 1O36 A; 3EQ0 H; 4D7F A; 2BD3 A; 1TPP A; 1QZ8 A; 4H42 U; 2FP7 B; 2BVR H; 2O8U A; 4IMZ A; 1NRP H; 1XM1 A; 4B2B A; 1LQD B; 3SZE A; 4CBN A; 1GPZ A; 5EQR A; 1A3E H; 4Y76 A; 1ELA A; 1FPC H; 1CT0 E; 5BRR E; 1Y5B T; 1SOT A; 3ZZ6 A; 4F48 B; 2UUJ B; 1BMN H; 5T1V A; 1AKS A; 1C1M A; 2QN5 T; 1G30 B; 3TJN A; 1OP2 A; 1ZTL A; 1D3Q B; 3MU1 A; 1S5S A; 1UCY E; 4X2W A; 2H9H A; 1Y8T A; 2HVX A; 2BD9 A; 3NK8 A; 2A0Q B; 3SU2 A; 1H8E D; 5C1X A; 1QIX B; 1V2R T; 3SV7 A; 2IJD 1; 2GVF A; 1MBM A; 1ANB A; 1CBW B; 1SQT A; 1DUE A; 2ZFF H; 1FI8 A; 3A7V A; 2FOH A; 2H2Z A; 1EKB B; 1AI8 H; 1GCT C; 5SGA E; 5EXM A; 1GVK B; 1LO6 A; 2UUF B; 2QE7 D; 3Q77 A; 5J4S A; 3KID U; 2EC9 H; 2A1D B; 2GCH F; 1XKB C; 2GCT C; 3IIT A; 1CGI E; 3T25 A; 1SOZ A; 3M36 A; 1DSU A; 4MQA A; 5LGO A; 3RC6 A; 3SOS A; 3Q3K A; 8GCH F; 4SGB E; 3F9G A; 2QF5 A; 1CA0 B; 5C5N A; 2FO9 A; 3KCG H; 3TGK E; 3PLK A; 2ALV A; 1Z8G A; 2PHB A; 3RXT A; 1V2J T; 2ZP0 H; 2C93 B; 2XWB I; 3MO6 A; 5EPY A; 3ZVD A; 2O9Q A; 1SMF E; 5HIY A; 3D62 A; 1E38 B; 2ANY A; 1AU8 A; 1K21 H; 3CP7 A; 2J2U A; 5F8X A; 3SV8 A; 3NZI A; 4K60 A; 1DLK B; 3S9B A; 3U28 C; 4U2W A; 2AH4 X; 2CF9 H; 3E3T A; 3LC5 A; 1A0J A; 1SQR A; 4X8U H; 3WWB A; 1OP0 A; 4IGD A; 1FON A; 2SGQ E; 1BTU A; 1IHT H; 2XTT B; 1OWE A; 4FVB A; 1VR1 H; 2A2Q H; 4Y0Z E; 2ZGH A; 1ETR H; 2BZ6 H; 2BDC A; 2M2A A; 2VU8 E; 3H09 A; 4X1R U; 1C5P A; 1Y3U A; 1TRN A; 1O2I A; 1LVO A; 1NC6 A; 1Z6J H; 3A7T A; 4PRO A; 4Y79 A; 3KYG A; 2FOG A; 2GJG A; 1MKX H; 1F0R A; 5B6L A; 1C1U H; 3OTJ E; 4LZ4 B; 1MQ6 A; 2AMQ A; 8LPR A; 2A31 A; 3ZZ5 A; 3UR9 A; 1LTO A; 1KXB A; 1MTW A; 4CR9 A; 2WPI S; 3MWI U; 1IQI A; 2VWN A; 3DSG A; 2HOB A; 5GJ4 B; 2G00 A; 1P57 B; 4DGJ A; 1QR3 E; 2UWO A; 1MTS A; 1O2J A; 1C5T A; 5EJZ A; 1PYT D; 5FPS A; 4CRA A; 1HFD A; 1IQJ A; 1BBR H; 2ZPQ A; 3U8R H; 3LIW A; 1AE8 H; 2OTV A; 1V2P T; 3F9F A; 4FU8 A; 3FP8 E; 1H8I H; 1ZPC A; 2BX4 A; 2ZDK A; 3UTU H; 4B73 A; 2FDA A; 2QAA A; 1BQY A; 2Z6B D; 3E6P H; 5FCR A; 3A7W A; 1ANE A; 2HNT F; 3EDX B; 4NFE A; 2ZTY A; 1YPE H; 3GOV B; 1GHA G; 2WV4 A; 1ZHR A; 1OOK B; 2WYG A; 2FOD A; 1CBW C; 4O97 A; 1FV9 A; 2PUX B; 3SU5 A; 1T8N A; 4NWK A; 4YOJ A; 3LPR A; 3PRD A; 1E35 B; 3M5O A; 4Y7B A; 1DWD H; 3KQD A; 4B71 A; 1HYL A; 1Y59 T; 3FFG A; 3RXJ A; 1XMN B; 2ZPR A; 2ZDV H; 2ZFT A; 1QFK H; 1EPT B; 1GBC A; 3V0X A; 1IQM A; 5CHA B; 1CA0 C; 3AW0 A; 3M3V A; 1DFP A; 1C9T A; 2GV6 A; 2JJ1 D; 1D9I A; 2ZKS A; 2OK5 A; 4MG3 A; 4DIH H; 5JBB S; 1PPH E; 2K8I A; 1KLJ H; 3QTV H; 2W7S A; 6GCH F; 1G37 A; 1DWB H; 2ZPS A; 1ELB A; 4RN6 A; 4FUH A; 1GI4 A; 2OBQ A; 3TK9 A; 1MU8 B; 2QXH A; 1LHD H; 1EJN A; 1EOL A; 4X8T H; 5FX5 A; 1C2G A; 1ESA A; 2FOF A; 2ZGC A; 5HGG A; 2CGA A; 4AC9 A; 3GCO A; 2UWL A; 3EYD A; 2L74 A; 1GJ6 A; 1J9C H; 1SLV B; 1UK2 A; 3KF2 A; 5CE1 A; 1CGH A; 3V7T A; 2VIO A; 1TYN A; 1ELE E; 3LJJ A; 1VIT F; 3P92 A; 1UO6 A; 3GY3 A; 1MZA A; 1MAX A; 1P10 A; 1SC8 U; 4BAQ B; 2F9B H; 4TT3 D; 1YPM H; 1ZGV A; 2BD2 A; 5C3N A; 1AWF H; 3KN2 A; 1CA8 B; 3ODD A; 3NKK A; 1GBI A; 2FWW A; 4YLQ H; 1SGY E; 1S6L A; 4OS7 A; 1RD3 B; 3GIS B; 1A5G H; 5A0C A; 4H6T A; 1ZLR A; 4XBB A; 2V3O H; 2P59 A; 2Y80 A; 1P0S H; 3FP7 E; 2EA3 A; 1FMG A; 2TGD A; 3GS9 A; 3P8F A; 4K2Y A; 2ZDA H; 1P3C A; 1F0U A; 3F3B A; 2XW9 A; 1ID5 H; 4QT8 C; 5EW1 H; 1GMC F; 2STA E; 3DCL A; 1ETS H; 4WF8 A; 2P8O B; 4ISH H; 1O32 A; 3U8T H; 7GCH F; 4VGC B; 2Z9K A; 4YTA A; 1GBE A; 1YLN A; 3Q76 A; 1JXP A; 2VH6 A; 1BBR E; 4O03 A; 3H7O A; 3OE7 D; 2HGT H; 4A1T A; 2G81 E; 1O35 A; 1YCP H; 1GHZ A; 4KTS A; 2ZTX A; 2CV3 A; 1BDA A; 2ZEC A; 3PTN A; 5F03 A; 5JB8 S; 3WY8 A; 3U8O H; 3LGV A; 2J9N A; 2A32 A; 2ANW A; 1NT1 A; 1NRR H; 1ARC A; 1C5Z B; 1Y3X A; 1UTO A; 2A45 B; 5F6M A; 3SHC H; 3BV9 B; 1S84 A; 4XDE A; 2C8X B; 2OQ5 A; 4JYV H; 2ZFP H; 3PMB B; 5T3H A; 1WU1 A; 3PWC A; 5E0H A; 2VWM A; 4ZHM U; 3TJU A; 1K1O A; 3DSP A; 1S6F A; 5KEC A; 4A1X A; 4OS1 A; 5HYO A; 3PV4 A; 1QL7 A; 3UQO A; 3SJO A; 1UTK A; 1C2I A; 4HFP B; 4J1Y A; 2BDI A; 4IW4 E; 3KQB A; 2LP6 A; 2QF4 A; 4ABJ A; 1LVY A; 3FAN A; 2H1U A; 5BPE A; 2IPQ X; 3TPI Z; 1EPT C; 2XNI A; 1ZTK A; 1U6Q A; 2V7Q D; 4BXS A; 3URD A; 1RTF B; 5CHA C; 2HWL B; 2JET B; 2J94 A; 1H9L B; 1WTG H; 1IAU A; 3GYM A; 4I33 A; 4TSF D; 1ZHM A; 4Y8Z A; 3SNA A; 2BQ6 B; 1EZQ A; 1SGQ E; 4XSK U; 3PB1 E; 2SNW A; 1GBA A; 1P04 A; 3QZR A; 3VB6 A; 1TAL A; 2BXU H; 1L2E A; 2WZQ A; 2OIN A; 4ISO A; 2QGR A; 2C4F H; 2J98 B; 3SND A; 2BVS H; 1N1L A; 1DUA A; 2ZHQ H; 1G3E A; 1XVO A; 2DE9 A; 3ELA H; 4UE7 H; 3M3S A; 4JZF H; 1YLD A; 1C1Q A; 2QXI A; 2F83 A; 4NIW A; 1A61 H; 5A8Y A; 2XBW A; 1QRZ A; 1T7C A; 4ZHA A; 2AHM E; 1GJ9 B; 2CN0 H; 3GCH B; 1C1W H; 1JRS A; 3KGP A; 1S81 A; 3F0O A; 1BOQ A; 3A8C A; 4OGX A; 3OFN D; 2HAL A; 5FBI A; 1AO5 A; 3RUO A; 2J98 A; 1GHB F; 1TNJ A; 3RXR A; 2BXT H; 1O37 A; 3TK6 A; 1SGE E; 2ZF0 H; 1PPB H; 1XUH A; 1QNJ A; 2Z9G A; 1TPO A; 5F8Z A; 4FET A; 4CRB A; 3RXK A; 4K69 A; 5EOK A; 1K1L A; 1TWX B; 1TBZ H; 3NXP A; 1EFR D; 1SLW B; 2JJ2 D; 1P8V C; 2C8Z B; 2TPI Z; 3S69 A; 2XBX A; 1HAP H; 3M3T A; 2P8O C; 1E79 D; 1NES E; 3JZ1 B; 2AGI X; 1TMU H; 4VGC C; 1ZSJ A; 2EQN A; 1TGC A; 1RRK A; 3MNS A; 1RFN A; 1NZQ H; 2QXG A; 5IYT A; 1C2F A; 1VGC B; 5DP7 A; 3DFJ A; 4XFQ A; 3ZZ4 A; 1MMJ N; 2BTC E; 1C2E A; 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