5D8IA

Engineering the species-specificity of an inhibitory antibody targeting a modulator of tumor stroma
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
237
structure length
237
Chain Sequence
LYSSSDPLTLLDADSVRPTVLGSSSAWAVEFFASWCGHCIAFAPTWKELANDVKDWRPALNLAVLDCAEETNSAVCREFNIAGFPTVRFFQAFTKNGSGATLPGAGANVQTLRMRLIDALESHRDTWPPACPPLEPAKLNDIDGFFTRNKADYLALVFEREDSYLGREVTLDLSQYHAVAVRRVLNTESDLVNKFGVTDFPSCYLLLRNGSVSRVPVLVESRSFYTSYLRGLPGLTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Overcoming a species-specificity barrier in development of an inhibitory antibody targeting a modulator of tumor stroma.
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Mus musculus
molecule keywords Sulfhydryl oxidase 1
total genus 77
structure length 237
sequence length 237
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.8.3.2: Thiol oxidase.
pdb deposition date 2015-08-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF18108 QSOX_Trx1 QSOX Trx-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5d8iA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5d8iA02
2JACA 4K9ZA 5DCHA 2R2JA 2GLRA 3C73A 3M8NA 3LGCA 3UVTA 4F9ZA 3M3MA 5AGYA 1YKCA 2ZUPA 2HLSA 2RLIA 1T4ZA 3FR9A 1JZRA 1R7HA 2PU9C 1EZKA 4WKWA 4FYCA 3H79A 2L57A 2H1BA 2WJUA 2YP6A 1YQ1A 2HRFA 3EINA 3GX0A 3GSTA 2ON5A 3VWXA 5HFGA 2P5RA 4HQSA 2OA7A 2L6DA 2RM6A 4N11A 2X64A 5EPFA 4ZB9A 4E8EA 4EUYA 5E59A 3WYWA 3KD0A 1ZOFA 1VF3A 2FUG2 3R2QA 5ECIB 2CQ9A 2H8LA 3FY7A 5B6MA 2E0QA 2VCQA 2YWOA 2AB6A 1BJXA 2J23A 5J5NA 5IPGA 5B8BA 2YJHA 1AIUA 3G7YA 1GTIA 4MABA 3LORA 2CAQA 2GT6A 4IQAA 2AUVA 3GNJA 2EIOA 2YOIA 4NV2A 2ZNMA 22GSA 1WWJA 3IK7A 3C71A 5A5KA 3QAVA 4MCUA 5IMCA 4DSRA 1M7TA 1YEXA 4OFTA 3LG6A 4K7NA 1K3OA 1XW9A 2E2GA 4NV5A 5E4WA 1E2YA 1XIYA 1YF0A 1XWCA 3CSHA 1Z6MA 1J9BA 3HHVA 4ECBA 2RM5A 2PGTA 3TKRA 2H1DA 1AQXA 2HZEA 4TVEA 4YH2A 1PMTA 2P5QA 5ECLB 4MK3A 1M2DA 3EWLA 4TXVA 5EL8A 5DAKA 1TTZA 1R5PA 5KN2A 10GSA 2H0GA 3UVHA 3IV4A 4Q5QA 2G0FA 2IFQA 1K0AA 2GSQA 16GSA 18GSA 2LQQA 4IJIA 1Z6NA 5DJLA 4BWSA 3VI5A 3UBLA 4JBBA 2KUCA 3FEUA 3FKFA 2PMTA 3VWWA 1GH2A 5INYA 4Q5FA 3G7JA 3CMIA 3VWUA 5KN1A 3GTUA 1B8XA 2AYTA 1SYXA 2M46A 2DJ0A 4PNFA 1THOA 4OCFA 1JZWA 3JCML 2H76A 3H1NA 5ECMB 5ELGA 1GSUA 3NIVA 3LSZA 5J41A 3FW2A 4K2DA 3TRXA 4BA7A 4TR3A 2TRCP 2IMFA 2WRTA 3F8UA 4NWYA 4MDCA 3WT2A 3QD9A 3TKSA 17GSA 1V57A 2H72A 3DVXA 1SJ6A 3IR4A 4XS4B 4AJ7A 1J08A 5D9XA 3D4MA 4NMUA 5ECOB 2RUFA 3F0IA 3KIJA 5CYYA 3DKSA 3HVVA 3D22A 4D73B 3FHKA 1M9AA 1AW9A 1FW1A 4IGJA 1TXXA 1V98A 2C3TA 5B7CA 2KOKA 5IO0A 4KSMA 1MD3A 1OE7A 3UMAA 1M2AA 4Q5NA 5DALA 4EVMA 2RUEA 1YDKA 4KDXA 1JZDA 2GQKA 4NHWA 2GZPA 3TRQA 4POKA 1K0OA 3FR3A 1EEJA 1G7OA 1A0FA 5IOXA 1XBSA 4WXTA 3E3EA 4ACSA 5G5EA 1A8LA 6GSSA 3GA4A 3TUEA 2GZZA 2DIZA 4IJ3A 1EOGA 4GTUA 4POLA 2V1MA 2OKAA 5DQYA 5G1KA 1TKDB 3W6GA 2DMMA 5A4UA 1J0FA 2H1AA 4N0VA 4TR4A 3KJYA 2VCZA 2DJKA 3WT1A 5D9WA 1F37A 2A4VA 2YJ7A 1PL2A 1MD4A 4ECIA 5J4UA 3FRCA 3KM6A 3F4RA 2DJ3A 1RQMA 1SD9A 2CVDA 3TKSC 3CTGA 4OWYA 4EF0A 1ZYQB 2K18A 4ULXA 4ID0A 2DJ2A 5ECNB 3LXZA 3WD6A 4WR5A 1OKTA 4WETA 2GVPA 4FYUA 2QC7A 2YPMA 1DBYA 1UVZA 2HSHA 5B6NA 4MH3A 3GL3A 2WGRA 4MH2A 5J9CA 2IFQB 3BD2A 5G31A 4RQRA 3EURA 2BTOT 3P90A 5CAXA 5ELAA 5DDLA 2CAIA 2DLXA 4POBA 13GSA 1SKSB 3CSIA 1QMVA 1R26A 2DSAA 4MJAA 4GCIA 1HQOA 2FA4A 3ZYWA 4IS0A 3K8NA 1TRVA 2GS3A 4TRXA 1UN2A 3UL3A 5L71A 1T4YA 2LRTA 2EC4A 5FWGA 1AXDA 4V2NA 1O8WA 1YEPA 2HE3A 3KH7A 4J57E 1IYHA 3DMLA 1XWKA 1HNAA 4RQXA 1NSWA 1PSQA 4K8MA 5AN1A 2PERA 5KN3A 1FHEA 4NXIA 3E0UA 4WR4A 4WBJA 3N9JA 2GQLA 1V2AA 3F6DA 5ECKB 5F07A 1Y25A 4IP1A 1GTUA 1JZOA 1VF2A 2YZHA 4V1Ap 5KN0A 3TJJA 2VLTA 3UIWA 1A24A 4TR1A 1FG4A 5IM9A 2E2MA 1EP8A 1NHOA 2VL2A 2WDUA 4HDEA 1DE1A 1KTEA 1C72A 2ZCTA 1ON4A 3ZRDA 1LU4A 1GSQA 4GSTA 3CRTA 3F63A 3IK9A 3MAKA 2YN1A 1JLVA 1B48A 2VD0A 1X9SB 3KH9A 2ALBA 4FH8A 4JR4A 5GSTA 2M80A 2O8VB 3EC3A 1B4PA 1G7EA 2ON7A 2FWGA 3GFKA 5HFIA 4GWRA 4HJ2A 1ML6A 1A2MA 2H01A 2I1UA 1PKZA 2AV4A 3MDKA 3CTFA 4TXOB 4L5OA 5CRGA 1ACVA 3IXRA 3TDGA 2HXKA 2CZ3A 2LTKA 2WCIA 3EU3A 5DCGA 5H5SA 1T3BA 3D5JA 4QL9A 2JSYA 1M99A 2I4AA 2IMIA 2OE3A 2MMAA 3APOA 4IN0A 1JHBA 5GAPD 1GLQA 1KNGA 2B5EA 2VD1A 5H5QA 2H71A 1SYRA 5CRHA 1U88A 1X5EA 3I69A 12GSA 5G1LA 2LS5A 4LLRA 2PBJA 2VL2C 2YNXA 1FOVA 3LYKA 1BG5A 1PD21 1PKWA 2H66A 4RI7A 2C3NA 1QFNA 4GLTA 6GSXA 2YWMA 5HR3A 4WBRD 5IQYA 4ML1A 2L6CA 1GWCA 4OFNA 3GKMA 3VI7A 3I43A 1GSSA 4IKHA 1RK4A 3QFAC 4JZQA 1BEDA 3M9JA 5IPHA 3M0FA 2MZCA 9GSSA 2LSTA 2VL9A 4XS6A 4V1Ag 1O7UA 2JZTA 4F2IA 1OC9B 3LJRA 4ZBDA 2PWJA 3IAM2 4I8BA 5GAND 3W8SA 3KMNA 3J7Yk 3MSZA 1U3AA 3PH9A 2XHFA 3CRUA 2C0GA 1AUCA 4G9HA 1XOBA 3C1SA 3HZ8A 4G2EA 3GKXA 1TOFA 1XW5A 5FT3A 2C4JA 2L5OA 4FYBA 3D0ZA 2FCHA 4KUNA 5EVOA 4MF7A 1EV4A 5HR1A 3ZFLA 1RW1A 1SK1A 3GV1A 2RIIA 4NAXA 1VF4A 1HD2A 4F03A 1WPIA 4DSSA 4JEDA 8GSSA 3DIEA 2VOCA 2OADA 4L0WA 3VPTA 1A0RP 2V6KA 3GYKA 1I9DA 3QPMA 2Z9SA 1SD8A 1ZL9A 3D4TA 2YZUA 1B9YC 1U3IA 5A4WA 2FLSA 4FIWA 3F3RA 1NW2A 2OE1A 2C3QA 1EEMA 2H19A 3O6TA 5CP1A 4PXOA 2L59A 2F9SA 1HNCA 1S3CA 2M72A 5CRWA 1X5DA 5G2ZA 2VCWA 2GSTA 4IBPA 3EU4A 4RI6A 3ZL5A 4EO3A 5JCUA 4I6XA 4ILFA 2LQOA 3BOAA 1EGOA 5JWRB 4PUAA 2B7JA 2HZFA 2VIMA 4KCEA 1SKRB 2GT5A 2X8GA 3MWHA 1G6WA 2VM2A 2IPAA 3A5WA 2BJXA 3FZ9A 4BVYA 1URMA 2AJQB 4NPBA 3TGZA 3P7XA 2D2ZA 3ZTLA 3C7MA 3A3TA 3UBKA 2YCDA 2O85A 4X1UA 3ZVJA 3GRXA 2A2RA 3HY2A 1NM3A 4EC0A 5HR2A 3TCOA 3VK9A 5ECQB 3ED3A 1Z7RA 4GSNA 4CHSA 1ERWA 2AAWA 4JRRA 1YY7A 4I97A 2K8VA 5DJMA 2HYXA 4PX1A 5C00A 5ECHB 3GIXA 5LNKe 4MJCA 4BWQA 5CNWA 1GP1A 2VCVA 1O73A 3HJPA 4NHZA 3QFBC 4G10A 4F82A 5ABRA 1M9BA 2VAFA 1DSBA 2MYGA 1O8XA 3GH6A 2V41A 1IYIA 3ZREA 3IE3A 1K0NA 3C1RA 2QGVA 2OACA 4PQIA 4HJMA 2LEGA 1ZCPA 4HOJA 2LRNA 3KMOA 4HS1A 2VM1A 3GMFA 1AAZA 4L0UA 4N30A 1ZZYA 2OBKA 1XW6A 5DVBA 3TOUA 1I5GA 3Q19A 2EIRA 4KE3A 4EE0A 1EGRA 2TRXA 2GTUA 2V6OA 4ML6A 2V32A 4BVXA 1ERUA 3SBCA 3E9JB 1Y6EA 3LWAA 2OJLA 1HYUA 4YQVA 2VLUA 4LL1B 4EDZA 1XFLA 1U6TA 4YAVA 1FB0A 2BMXA 2FNOA 2I81A 1GRXA 4ZL7A 2A2SA 2IMEA 4G19A 2QSIA 1OC3A 1FVJA 1USBA 4DSSB 3L9VA 5DQSA 3ZMKA 5C04A 2PUKC 4GF0A 3RPNA 3HKRA 1Q4JA 2PVQA 3D6IA 4HZ4A 4BPYA 1K0BA 4KDYA 2NPBA 1O81A 4I2UA 3DGQA 4ZB6A 1UA5A 1TJDA 4DSQA 5FHIA 3IOSA 3CBUA 1XWBA 3G9BA 2HZEB 3LYPA 4IQ1A 2FY6A 2XPEA 1Z3EA 4K0GA 4J56E 5DAKB 11GSA 1A8YA 2H0IA 2NTOA 1X5CA 3LEFA 2XC2A 3KP8A 4P3YB 1TI3A 4OO4A 3HJMA 3FK8A 1B4QA 2IMDA 2V2GA 5G30A 5D8IA 2LUSA 4OCEA 1SU9A 3U6VA 1EP7A 4JR6A 1PA3A 3L4NA 3UEMA 3Q18A 2F8AA 1QQ2A 6GSWA 1TU8A 6GSTA 1YF1A 3BCIA 3ME7A 3A2XA 4ZBAA 1JLWA 4ZBBA 4KNDA 4O7HA 2HT9A 2OBIA 1XOAA 4WEYA 4I5QA 3TJKA 3GTUB 1ZGNA 5ECPB 3HVXA 1THXA 4K1FA 1XVQA 3GN3A 2H30A 1PX7A 3VLNA 5IMAA 1R5AA 1SL1B 1XPVA 2MMOA 2WS2A 4ZB8A 1AQWA 2DJJA 1Z7PA 3KTBA 3F4TA 4ECJA 2NBSA 3KGKA 1WE0A 4TOPA 2GZYA 2E7PA 1GTBA 4ZIJA 5IOWA 1CQHA 5F0GA 2B5XA 2R6KA 4HI7A 3F4SA 3HJOA 2VCTA 3KP9A 2C1YA 2HRNA 2DIYA 3IAS2 4RUVA 3F9UA 3APQA 1S3AA 1GTAA 2TIRA 2IMKA 2FHEA 2LNSA 4I2TA 1HNBA 1MTCA 2B7KA 5ENUA 3KXOA 1GLPA 1F3BA 2CVKA 3HXSA 1K3YA 2H73A 1OC8A 1GL8A 3O3TA 5D96A 1LBKA 5GSSA 3KZQA 1PL1A 3TKSE 4LA1A 3F6FA 3KTLA 4J2FA 2FWEA 1EWXA 1S3DA 2X8CA 5DALB 2XBIA 2MBSA 4TW5A 4EDYA 3SWLA 1SK0A 3NZNA 4PGTA 1PRXA 1BQ7A 2YANA 3TKQA 1TK5B 3DVWA 3EVIA 2LJAA 4BL7A 3Q6OA 3IHQA 1TDIA 4IP6A 3QDNA 5KEJA 1Z5YE 4KA0A 4JE1A 1ZYEA 4MLYA 4AJ8A 2IL3A 1G0TA 1V40A 1PQNA 2F3MA 3C8EA 1F3AA 1TRUA 3ZIVA 2LJRA 3I6AA 4ZILA 4QL7A 1F6MC 1EV9A 3EMXA 2X8HA 3A2WA 3FZAA 3ISOA 3GSSA 3ZIJA 4OD7A 1WJKA 4K6XA 2KP1A 3M9KA 4HU7A 4FO5A 4MJEA 3HVSA 2PPTA 4HEA2 3VFIA 4GXZA 4MA9A 2F8FA 5DBQA 3CXGA 4MP4A 1K0MA 1ZMAA 5B8AA 2IJYA 4XIHA 1ERVA 3G7IA 4IVFA 3H4KA 1W4VA 3IBHA 2B3SA 3KCMA 2GSRA 2O7KA 5EY6A 4K7OA 1M0UA 1MDIA 2O87A 4HZ2A 1G6YA 1NHYA 3TB2A 1H75A 5D9TA 4KSOA 1U87A 4MMMA 3QMXA 4GRFA 2VUPA 6GSUA 3TJBA 4H86A 2O89A 1Z9HA 4MF5A 1TK0B 4CDOA 2LRCA 2JZSA 2VO4A 4AF2A 2VCXA 2PN8A 2FA8A 2L5LA 2PVOC 4XS4A 1OVNA 3RPPA 3W8JA 4PQ1A 5HFKA 4XCSA 2H74A 1QUWA 3L9SA 1MEKA 2LKUA 3EMPA 5G5FA 5IMZA 4D73A 2CZ2A 3WGXA 4MJBA 1XZOA 4KAEA 5F05A 3ERFA 3J7Yb 2IIYA 3NOFA 5LD0A 1F2EA 3P2AA 2B1KA 1FVKA 3BBYA 2JADA 5H5RA 4KX4A 1GUMA 1MDJA 2R4VA 3UAPA 2KLXA 5CREA 2ES7A 4O92A 1VF1A 2FGXA 2HFDA 2OE0A 4Z7XA 4TR1B 4XHMA 1XWAA 4LMWA 6GSVA 4KCAA 2CX4A 3RHBA 5JCGA 4E8HA 2HSYA 1WRYA 4OFMA 5IMDA 1ABAA 4MPFA 3EE2A 1PN9A 4IHUA 5D93A 2JL4A 2B5YA 2FWFA 2N5BA 2DMLA 4QQ7A 4YQMA 3VWVA 3UARA 4O32A 2C0FA 3QAWA 3GKKA 2GGTA 2VLVA 19GSA 4CW9A 2R3XA 3IDVA 1SKWB 2REMA 2K8SA 2C0DA 3IC4A 1GSEA 1AQVA 4DEJA 3MNGA 3TOTA 3ERWA 2H1GA 1GNEA 2CV4A 2YV9A 3M1GA 1T00A 1CQGA 5HQPA 3ZITA 1A2LA 4PNGA 4KH7A 14GSA 4N10A 1V58A 1XXUA 1A23A 4PUFC 1WIKA 3O76A 2H6XA 4V2LA 1WP0A 3VURA 1V9WA 3RAZA 4HUAA 5A4VA 3RHCA 3IRAA 5ID2A 1YKAA 5AISA 2J9HA 2QKEA 3QCPA 1T8EB 2L4CA 4ZL8A 3D21A 3HCZA 4DVCA 4LL4B 1VGLA 2VL3A 1O85A 5D9VA 2K9FA 2HI7A 2CX3A 1K0DA 1TRSA 4YAPA 3LFLA 3I9V2 5JWQB 2NVLA 2WFCA 5F06A 3H8QA 3QR6A 1EOHA 2LNTA 4JU5A 2IN3A 3IPZA 1H4OA 3LQ7A 3UJ1A 2GSSA 1XWGA 3CYNA 1QGVA 3F3QA 4TR0A 2IWTA 3Q74A 1OYJA 1UC7A 1Q98A 2CVBA 3ERGA 3TRPA 1TI1A 2XBQA 3FZ4A 3DRNA 5D73A 4XRAA 1WMJA 1SL0B 2MMNA 3FYGA 1OAZA 4V2MA 1VRSD 3L9UA 3FR6A 2F51A 4MZCA 5IMFA 4K7IA 5ECRB 1GNWA 2DC5A 1SJZA 2I3YA 3IA1A 2H70A 3L0HA 1E6BA 4XRDA 1T1VA 2CA8A 3H93A 4F0BA 4AJ6A 2K6VA 1QXHA 4PURA 2DJ1A 3PR8A 1PX6A 1YZXA 4TKYA 2C0EA 1ERTA 4POMA 4X0XA 4TXOA 3ME8A 3RBTA 4ZL9A 1K0CA 4TN8A 1GUKA 1TP9A 4K0NA 2H6YA 3DD3A 3GH9A 3AY8A 4HU9A 3ZZXA 4ISDA 3DWVA 1KEBA 1MDKA 4EXJA 1LJRA 3HZ4A 2GQMA 3RDWA 1R4WA 3GHAA 1F9MA 3DYRA 3LXTA 1BX9A 1GUHA 3GURA 2R37A 3WGDA 3N5OA 2LV3A 2B1LA 3S9FA 3QOUA 2AHEA 5JCWA 4GSSA 3V1WA 4WF4A 4PQHA 2P31A 1N8JA 3TJFA 2DBCA 2HNLA 4AGSA 1SENA 2NDOA 3FZ5A 2YV7A 2YWIA 1TW9A 1PGTA 1ILOA 1BAYA 2YWNA 3HD5A 4MZWA 3GKNA 1SL2B 4O5RA 4EKZA 1YJ6A 2EIQA 1X9WB 2JSZA 2C8UA 4XS1A 5GZZB 2R5GA 3GUSA 2X99A 4KDUA 3DEXA 1OC9A 3BJ5A 6GSYA 20GSA 5ID2B 1FO5A 1OE8A 4YQUA 1B9XC 3WGEA 2G2QA 5IMVA 2KP2A 5HR0A 4L8EA 4GQCA 4LMVA 2JZRA 3APSA 3QAGA 2H0HA 4XTSA 2C80A 5CO3A 5AIVA 3HDCA 1N2AA 3OR5A 2MBTA 2KHPA 3HA9A 2L4QA 1SJIA 1FAAA 3P8WA 1KBNA 2GDRA 4X43A 4ECCA 3VPQA 1TRWA 2H75A 2XPDA 4IELA 1M2BA 1GULA 1QK8A 1AC1A 1FB6A 4OMVA 3UOMA 4F0CA 1TK8B 2I9HA 4ZXGA 2N5AA 2LJKA 3PGTA 5JWOB 3ZMLA 5LCZA 4EL1A 1A2JA 1DE2A 1OKDA 2P0GA 4MPGA 3ZVJD 3ZLPA 3DXBA 5IIZA 3TKPA 2WZ9A 4MZBA 4KB3A 5AIXA 1TU7A 5F8BA 2MMZA 4WF5A 1T7PB 3ZFBA 2CT6A 3CSJA 3HYPA 1X0RA 1X9MB 1JFUA 1SK2A 5ECSA 1GSFA 1GSDA 1O6JA 2H6ZA 3L78A 3KEBA 2B6MA 4N0ZA 2N5FA 3A2VA 5CRDA 1XCCA 3TJGA 5IO2A 3U5RE 3US3A 1ST9A 1DUGA 2FD3A 5J3RA 1WOUA 5COHA 5J9BA 4L5LA 4KGIA 1W89A 1GSYA 1K3LA 3GL5A 1XVWA 3GX8A 4Q5RA 1BYEA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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