5GAND

The overall structure of the yeast spliceosomal u4/u6.u5 tri-snrnp at 3.7 angstrom
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
140
structure length
140
Chain Sequence
ASVLLPQLRTGWHVDQAIVTETKRLVVIRFGRKNDRQCMIMDELLSSIAERVRNFAVIYLCDIDEVSDFDEMYELTDPMTVMFFYHNKHMMCDFGTGNNNKLNFIVDDKQEMIDILETIFRGARKNKGLVVSPYDYNHKR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transcription
publication title Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords U4 snRNA
total genus 37
structure length 140
sequence length 140
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-12-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
D PF02966 DIM1 Mitosis protein DIM1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5ganD00
5CREA 2L6DA 1ERVA 4HS1A 3EU3A 4KB3A 3DKSA 2IMDA 3ERGA 3LG6A 1M7TA 3FR6A 2C0EA 5JCGA 3UOMA 2R2JA 1T4YA 4HU9A 2YP6A 2H73A 1VF4A 2JZSA 4GRFA 5EPFA 4ECIA 2C1YA 4MLYA 5GZZB 2IPAA 5ECIB 3KM6A 1F6MC 4EVMA 5IMDA 12GSA 4I8BA 4GWRA 4J57E 1F3BA 5A4VA 2H72A 3WGDA 2F9SA 5L71A 3P90A 3P7XA 4DSQA 2K6VA 3TKPA 5D9VA 2LJRA 5G5EA 2YJ7A 1A2JA 1W4VA 1EP8A 5ECPB 4HZ2A 1GSUA 2L4CA 5DQYA 4IP1A 5DAKA 4GXZA 2OACA 2GLRA 5FHIA 3W6GA 3VFIA 3KMOA 5KEJA 1SJIA 2HE3A 5CRWA 1QXHA 2QSIA 2P0GA 1XW9A 3KJYA 2Z9SA 1U88A 3HVVA 2IMIA 2RIIA 3DWVA 1J9BA 3GN3A 3G7YA 1AC1A 3QR6A 5DCGA 5HFKA 6GSTA 4N0ZA 4ECCA 3GX8A 5LCZA 3WT2A 2X8HA 3FR9A 1YKAA 1LU4A 2F3MA 1TU7A 2GSTA 2O87A 2VO4A 5IOWA 4I6XA 4ID0A 1OE8A 4XS1A 4GSTA 1EEJA 3MAKA 1V40A 4PNGA 1V9WA 3Q74A 1OKTA 1B9YC 4JR4A 3BCKA 3P2AA 3TOTA 2GSQA 1HNBA 4ZL8A 2FWFA 3VWWA 2VD0A 2WFCA 3GTUA 5ECHB 2VD1A 4WXTA 5D96A 1TRVA 1XOAA 4HZ4A 1T4ZA 4ZL7A 1BEDA 1GULA 3L9UA 1S3AA 1OC3A 1F2EA 1ZYEA 2B1LA 4EF0A 4FYCA 2A2SA 5D8IA 2K9FA 2GZZA 2WGRA 2IFQA 2AHEA 1M9AA 1K0AA 3EWLA 4MJBA 5F8BA 3PINA 2PMTA 1FB0A 2AJQB 3H8QA 3CBUA 2FNOA 1FW1A 2V6OA 4MZCA 1NW2A 4POBA 17GSA 1A8YA 2A2RA 2WULA 4PURA 4CDOA 5ECRB 4RQXA 3C1SA 2MBSA 2PVQA 4F03A 4NV5A 2CZ2A 3ZFBA 5CRHA 1XVWA 4EL1A 2CQ9A 1MDJA 3APQA 4P3YB 2B3SA 3TRXA 6GSWA 2H74A 3FZ4A 4J56E 4Q5NA 4TR3A 4WF4A 2YWOA 3LJRA 2IMFA 1U3AA 2M46A 3M3MA 2B5XA 2ZUPA 2DJ0A 4O7HA 3GYKA 5LNKe 3CYNA 1ZZYA 2ZCTA 3NZNA 1WP0A 1FVKA 2EIQA 3F3RA 3IXRA 3EC3A 3A2VA 1JZWA 3IR4A 5G5FA 3HJPA 3ERFA 3FW2A 3LGCA 2FWEA 4FYUA 1GSSA 3L4NA 3TJKA 4IQ1A 5DJLA 5AIXA 4F82A 1HYUA 4MABA 3TUEA 2CVKA 3F9UA 1GLPA 2DJ2A 3MNGA 3A5WA 2R3XA 1HQOA 2DMLA 4HJ2A 2CA8A 4IGJA 3A2XA 3GV1A 1SD9A 4QL9A 2MMZA 1NHYA 4MMMA 2FY6A 2I81A 1I9DA 5G31A 2IWTA 1K0MA 2H8LA 2C0GA 1W89A 3KMNA 1TRSA 4KAEA 3ZMLA 3DMLA 2XPEA 3CXGA 1ZYQB 3ZIVA 1BJXA 1JFUA 4K2DA 3W8JA 4WR5A 5G1KA 5AGYA 1GTIA 5J3RA 2V2GA 1AIUA 5HFGA 4IKHA 1TK0B 4KA0A 2DJ1A 3TKRA 5IMCA 1ZGNA 1AAZA 4EKZA 1X9WB 2MMOA 1GSEA 1DBYA 1K3OA 2LQQA 4KH7A 3L78A 3TKSA 1VF3A 3KZQA 2H76A 4IVFA 1A8LA 3CTGA 1CQHA 2DMMA 1XBSA 2L59A 2LRCA 4POMA 3HDCA 3E3EA 3QMXA 2DLXA 4LMVA 1XZOA 1JZOA 5JCWA 5IO2A 5F0GA 4K7IA 1PX6A 3DYRA 1OC8A 2NDOA 3L0HA 4RI6A 2X99A 2I3YA 3EMPA 1SJ6A 3DVWA 3HA9A 3GNJA 3ZITA 4V2NA 4AJ8A 6GSYA 4Q5FA 4G10A 3VLNA 2GZPA 1XWAA 5A5KA 5J4UA 1NM3A 3CRTA 1T3BA 4TR1B 3GKNA 2CX3A 4MDCA 3EINA 1WJKA 1WMJA 2OBIA 5KN0A 1XFLA 3HZ8A 2R4VA 5DVBA 4LL4B 4HQSA 1JLVA 1PSQA 3HD5A 2JU5A 1GNWA 3ME7A 3FYGA 4FYBA 1ON4A 1OAZA 2NTOA 3M8NA 3D6IA 2H1GA 13GSA 2QGVA 3GSSA 4MF7A 4HUAA 1UN2A 2NVLA 2VCXA 4ZIJA 4MF5A 1O8WA 3IHQA 2FGXA 2IMKA 1X9SB 2I4AA 3L9VA 2AUVA 1ERUA 3FKFA 3GTUB 1A23A 4ECJA 2REMA 3ZMKA 4FO5A 1OC9B 5E4WA 2FWHA 5F06A 1ST9A 4F9ZA 4GSNA 3Q18A 1LJRA 5ELAA 4IJIA 4ULXA 1YF0A 2IFQB 4KE3A 5IPGA 2TIRA 2TRXA 2C3QA 4TRXA 1UC7A 4K8MA 2V6KA 1TU8A 1TJDA 3M9KA 3KEBA 5H5SA 1OKDA 2PVOC 7GSSA 2L4QA 3TJFA 1KTEA 2O89A 1K3LA 5C04A 5AIVA 1FO5A 2B1KA 1BG5A 1PMTA 4TXOB 3BD2A 2C0DA 3M0FA 4IHUA 1BQ7A 3TKSE 3IDVA 2VLVA 4OFNA 3LWAA 5JCUA 4X43A 2P5QA 5DBQA 4POKA 1WOUA 1SYRA 2HXKA 2OA7A 1GL8A 5ELGA 3I43A 3PGTA 1TP9A 3GURA 3D4TA 5JWRB 1YQ1A 4MPGA 5JWQB 5ID2B 1U87A 2YCDA 1R7HA 2DJKA 1SD8A 3VPQA 3J7Yb 1SYXA 5IOXA 1BAYA 4XHMA 3VK9A 1EOGA 1PD21 2GSSA 2YPMA 1OYJA 4WR4A 4E8HA 2YZHA 4PUFC 1ERTA 2AAWA 4XTSA 1SL1B 5D73A 3IPZA 1JZRA 5ECKB 2VL2A 1XXUA 4ZBBA 3LYKA 3NOFA 2D2ZA 4N30A 2H1DA 3ZTLA 1G7EA 1LBKA 2FWGA 2KUCA 3EYTA 4OO5A 4XRAA 4JZQA 3TJGA 4MK3A 1M99A 1F37A 5GSTA 5E59A 1M9BA 2E0QA 1QQ2A 2K8VA 2LNTA 1ML6A 1BYEA 4ISDA 2GGTA 5D9TA 4LLRA 3EE2A 4TR1A 4KSOA 2ZNMA 3QPMA 2VAFA 2JSZA 1V57A 3C1RA 3IK7A 2AV4A 5EVOA 4YAPA 2HLSA 4QQ7A 11GSA 1TRWA 1K0DA 3CMIA 3IOSA 1B4PA 1GUKA 3ZZXA 4ML6A 2C0FA 5LD0A 20GSA 3UIWA 3DXBA 1X9MB 4MCUA 2JACA 3IV4A 3UL3A 4OFTA 2VUPA 1GLQA 4LMWA 3D5JA 5CO3A 2LJKA 3KD0A 3C71A 1PL1A 4I2UA 4V2LA 4YAVA 2RUFA 3W8SA 2YWNA 2VIMA 2O8VB 2X64A 3GA4A 5G30A 2KLXA 5ECOB 3IC4A 3UBKA 3CTFA 5CRGA 3ME8A 1OC9A 3KGKA 4EUYA 1Z9HA 4CHSA 5D9XA 2OBKA 1GP1A 5AISA 1HD2A 2OADA 1R26A 2MBTA 1SKWB 4OWYA 4V1Ap 3BCIA 3QAVA 3EU4A 3FZAA 3GH6A 3C8EA 4WETA 5IPHA 5ECQB 4MH2A 2GQKA 3GKMA 5HR1A 1AQWA 1C72A 4F0BA 3WGEA 4WF5A 1KBNA 3G7IA 4HDEA 2WCIA 3LYPA 2HSHA 1TKDB 2P31A 6GSXA 4MJCA 4TXOA 1SL0B 1VF1A 3KTBA 3F6DA 1XCCA 4NAXA 1XIYA 3KH9A 4E8EA 1GSYA 3O76A 5HFIA 3HVXA 4ACSA 2C8UA 3TRQA 1PX7A 3ZVJA 1QK8A 3Q6OA 3M9JA 3UAPA 3N9JA 3G9BA 5D93A 1QUWA 1X5EA 2YOIA 5ID2A 2O85A 4GCIA 2RUEA 2FCHA 2A4VA 3PR8A 3HCZA 4HQZA 2PN8A 1MDIA 2EC4A 2LEGA 3IAM2 5HQPA 1KEBA 3VURA 4KDYA 2LSTA 16GSA 2RLIA 4V2MA 3FHKA 4LL1B 5J41A 4TW5A 2BJXA 1YDKA 1TK5B 2H75A 2AYTA 3ISOA 2H6ZA 2R5GA 1FOVA 1SK1A 1B48A 1X5CA 5EL8A 2GT6A 4NWYA 1EEMA 3HKRA 1Z5YE 3F4TA 2FLSA 4L5OA 3CSJA 1DUGA 1TTZA 2H71A 1EP7A 1Q4JA 4QL7A 3J7Yk 1J0FA 1V2AA 3HVSA 1HNCA 4BWSA 2M72A 1XWKA 4GLTA 1Y25A 1TOFA 3F3QA 4PUAA 2LRTA 4AF2A 2E7PA 2DBCA 1GTBA 1O85A 2LS5A 9GSSA 10GSA 2C3NA 4HEA2 1PN9A 4I2TA 2GZYA 2C80A 4O32A 1Z3EA 2H30A 1T1VA 2X8CA 4G9HA 1ZOFA 1J08A 5INYA 5COHA 1XWCA 2PWJA 5IMAA 4XS4B 2MYGA 4WEYA 3TDGA 2K8SA 3QCPA 1M0UA 4MF6A 1MEKA 1T8EB 3MDKA 2DSAA 3BBYA 1XWGA 2H70A 2YWMA 2IJYA 3ZVJD 1JHBA 2L5OA 3BOAA 2JZTA 3AY8A 3C7MA 4X0XA 1O81A 3DD3A 5ECSA 4HU7A 8GSSA 4GQCA 2KOKA 4IJ3A 1GUMA 1O7UA 1TXXA 2R6KA 4TXVA 1WPIA 4JRRA 2I1UA 1NHOA 2PUKC 1RW1A 3CRUA 3TOUA 1Z7PA 2CVBA 2KP2A 1S3CA 1ZL9A 2YNXA 5IMFA 4IN0A 2HRNA 5CRDA 1EGOA 4ZXGA 1SJZA 3MSZA 3RDWA 5IMVA 1K0NA 1GTUA 4TVEA 1EWXA 2OE0A 2GSRA 2DJJA 3ED3A 3LEFA 5ECNB 2GQLA 4KUNA 3GL3A 4PQ1A 1RQMA 3GHAA 2WRTA 3F6FA 3KP8A 2H19A 2H0IA 1M2DA 3S9FA 2IL3A 5KN3A 4OD7A 2HT9A 3QFAC 1A0FA 2E2GA 3HY2A 5ENUA 3L9SA 4L5LA 2ON7A 3O3TA 1VRSD 4GTUA 4OCFA 1T00A 3GUSA 1IYHA 3GMFA 1FVJA 1M2AA 2O7KA 4OCEA 1Z6MA 2G2QA 3TKQA 4L0UA 4PX1A 1A24A 1EV4A 4JEDA 4EXJA 2YZUA 3KH7A 4G19A 1URMA 4X1UA 2KHPA 2RM5A 1A0RP 4HJMA 3TJBA 3EVIA 2C4JA 4PQIA 2V32A 4O92A 1FB6A 4BVYA 4KCAA 2GS3A 5ECMB 4TKYA 1GSFA 3G7JA 4XRDA 5A4WA 1U6TA 3GH9A 5IO0A 2LRNA 4IBPA 5FWGA 4FIWA 4K6XA 3C73A 4MP4A 2EIRA 2E2MA 3F63A 6GSSA 1XW6A 2VLUA 3GIXA 2CV4A 2OKAA 2YANA 1MTCA 4ECBA 2KP1A 4AGSA 3H1NA 4J2FA 1ERWA 3EMXA 2J9HA 2B5YA 1WIKA 3DIEA 3GRXA 2N5AA 4JBBA 3A2WA 4XS4A 3I9V2 5HR0A 1ZCPA 1E6BA 4MH3A 3QOUA 1TI3A 2EIOA 1OE7A 4WBRD 5J9BA 3VI7A 4KW6A 1H4OA 3HJOA 5GSSA 1ILOA 2CAIA 3ZFLA 1FG4A 2VCTA 4HOJA 2V41A 2FA8A 2DJ3A 3FZ5A 2GQMA 3DEXA 3GFKA 2HRFA 1K0OA 4RUVA 1SKSB 4KDXA 5A4UA 5DJMA 6GSVA 3F0IA 3GSTA 5KN1A 4N10A 2PPTA 2XC2A 4I97A 1GTAA 4XS6A 3UVHA 2NBSA 4NPBA 3H93A 2XPDA 3FRCA 2BTOT 1PKZA 1SK0A 2HNLA 1JZDA 2QKEA 3FZ9A 1QFNA 3GX0A 1NSWA 1N2AA 1KNGA 2VCQA 1JLWA 1PGTA 4O5RA 2H66A 2R37A 1OVNA 3KP9A 3D4MA 4YH2A 3HHVA 4H86A 5DALA 4L8EA 3RHBA 3KTLA 4K0GA 4MZWA 3VWVA 3ZREA 4KGIA 1B4QA 1B9XC 3I6AA 5EY6A 3KXOA 1AUCA 4BA7A 3UBLA 2VM1A 1FAAA 19GSA 18GSA 2JL4A 1SU9A 5F05A 2BMXA 1AXDA 1O6JA 4LA1A 2C3TA 1THXA 4TR0A 2WS2A 1YEPA 2B7KA 2LQOA 5B6MA 5J9CA 3DRNA 3I69A 3UJ1A 4RQRA 1Z7RA 2JSYA 4ZB9A 1H75A 2RM6A 3SWLA 5FT3A 3D21A 4KCEA 1S3DA 3DVXA 3SBCA 2B6MA 4JR6A 4PQHA 2OE3A 3N5OA 3RAZA 2NPBA 3FY7A 2H01A 4TR4A 3TRPA 3IK9A 4GSSA 4Q5RA 4IQAA 1F9MA 1PQNA 3E0UA 3A3TA 1K0BA 1A2LA 2G0FA 3E9JB 2M80A 1Y6EA 1GRXA 3O6TA 4L0WA 3FK8A 5B7CA 1XOBA 1YEXA 3FR3A 1DE2A 2ON5A 1EOHA 1AQXA 3TB2A 2WB9A 2F8AA 2HFDA 4V1Ag 1R4WA 5ECLB 3LORA 1YJ6A 4POLA 1U3IA 5DQSA 5IMZA 3WD6A 2XHFA 3WT1A 3HXSA 1ABAA 4DEJA 1IYIA 4IW9A 1G0TA 3TJJA 5GAPD 4K1FA 1QMVA 2L57A 3IA1A 3UVTA 2IN3A 4JE1A 3ERWA 1YZXA 2B7JA 1PA3A 2FD3A 2PBJA 5IM9A 3DGQA 2FUG2 1SKRB 1ZMAA 1XWBA 2CAQA 2N5BA 1CQGA 1B8XA 4WBJA 3TKSC 1GUHA 2ALBA 2HZEB 1WWJA 3QD9A 4EO3A 5H5QA 2VL3A 4XIHA 1XW5A 5F07A 3ZYWA 4ZB6A 4K7OA 2PU9C 5DDLA 1A2MA 3IBHA 2H6YA 5HR2A 3VPTA 2YN1A 5KN2A 1EV9A 1TDIA 1N8JA 4BVXA 2MZCA 2LKUA 2MMAA 1GH2A 2TRCP 1AQVA 14GSA 1WE0A 1G6WA 2B5EA 3UARA 3D0ZA 3HJMA 1MD3A 5CYYA 3F4SA 4NXIA 1K0CA 3VWXA 3KIJA 1X5DA 5CAXA 4ZL9A 4F2IA 4TOPA 4OFMA 3UEMA 2CX4A 3PH9A 4PNFA 2P5RA 4IELA 2OE1A 1RK4A 2QC7A 2HYXA 1YF1A 4ML1A 2GDRA 3Q19A 3GKKA 1EZKA 5HR3A 1F3AA 1UVZA 2LUSA 2VLTA 2LTKA 4ZILA 2K18A 3LXTA 2CZ3A 3VWUA 4DSSB 4EC0A 4IS0A 1ACVA 2YV7A 4K0NA 3APOA 3K8NA 2HI7A 3F4RA 4D73B 3GKXA 1YY7A 4OMVA 2DC5A 4YQMA 1MDKA 4FH8A 4WKWA 1GSQA 2VCZA 1PL2A 2GVPA 1Q98A 4N0VA 4NV2A 1EGRA 2JZRA 5DCHA 2X8GA 2FA4A 5B6NA 2XBQA 3U5RE 3RPPA 1G6YA 3IRAA 3ZLPA 2XBIA 4K9ZA 1GWCA 3D22A 1O8XA 3IAS2 5AN1A 2VM2A 4EDYA 2L5LA 1QGVA 3RBTA 2CVDA 2VOCA 2YJHA 3U6VA 3M1GA 2AB6A 4OO4A 3FEUA 2H0HA 4AJ6A 5J5NA 3ZRDA 1TW9A 1VGLA 2GT5A 4I5QA 3MWHA 4BPYA 4ILFA 4HI7A 3R2QA 3EURA 5GAND 3QFBC 1BX9A 3F8UA 4ZBDA 1WRYA 5DALB 2N5FA 4G2EA 4YQUA 1USBA 2PERA 2IIYA 2I9HA 3CSIA 2MMNA 3P8WA 1DSBA 5DAKB 3H79A 3GL5A 3LFLA 1SENA 1YKCA 3ZL5A 2PGTA 4PXOA 1V58A 3NIVA 5IQYA 3RPNA 5C00A 1PKWA 5G1LA 3RHCA 4YQVA 3APSA 2WZ9A 3HYPA 1K3YA 4KSMA 2FHEA 22GSA 4MJEA 5D9WA 4JU5A 3QAGA 5CNWA 2HZEA 4GQFA 4KX4A 3BJ5A 2VCWA 1UA5A 1G7OA 4NHWA 4IP6A 2VL2C 1T7PB 3LXZA 5H5RA 2YWIA 4XCSA 3QDNA 2WJUA 4NMUA 1GSDA 2CT6A 4TN8A 3UMAA 4N11A 4NHZA 1SK2A 3KCMA 1TRUA 4MZBA 1XPVA 2H1BA 2GTUA 4DSRA 3WYWA 1GNEA 2V1MA 1THOA 4KDUA 2LJAA 5ABRA 2LV3A 3V1WA 1VF2A 3TCOA 5CP1A 3JCML 5B8BA 1PRXA 4CW9A 3VI5A 4EE0A 2HSYA 4DVCA 2OJLA 1FHEA 3CSHA 4Z7XA 3HZ4A 3LQ7A 4RI7A 1Z6NA 2F51A 1MD4A 4PGTA 1V98A 2ES7A 1SL2B 4BL7A 4F0CA 5JWOB 6GSUA 2F8FA 3LSZA 4MPFA 3H4KA 1I5GA 2LNSA 1M2BA 4Q5QA 2DIYA 4GF0A 4EDZA 3IE3A 5B8AA 2VL9A 4DSSA 3ZIJA 1O73A 1TK8B 2VCVA 1R5AA 2HZFA 2H6XA 1HNAA 2DIZA 4D73A 1AW9A 2H0GA 1R5PA 1X0RA 4AJ7A 2L6CA 1E2YA 5IIZA 2IMEA 4BWQA 1XVQA 3OR5A 1DE1A 4MA9A 3TGZA 3WGXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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