5GAPD

Body region of the u4/u6.u5 tri-snrnp
Total Genus 36

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
140
structure length
140
Chain Sequence
ASVLLPQLRTGWHVDQAIVTETKRLVVIRFGRKNDRQCMIMDELLSSIAERVRNFAVIYLCDIDEVSDFDEMYELTDPMTVMFFYHNKHMMCDFGTGNNNKLNFIVDDKQEMIDILETIFRGARKNKGLVVSPYDYNHKR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH2 (37-53)EMPTYS3 (57-63)TIV1 (3-6)S1 (8-9)TIV2 (22-25)TI3 (53-56)S2 (26-32)TI2 (33-36)TI'1 (74-77)TI5 (63-66)TIV5 (70-73)S4 (81-86)TIV8 (99-102)S5 (89-90)TIV7 (85-88)AH3 (110-126)S6 (92-94)TIV9 (128-131)S7 (130-132)TI7 (95-98)TVIII2 (133-136)TIV10 (137-140)AH1 (12-21)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transcription
publication title Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67
total genus 36
structure length 140
sequence length 140
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-12-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
D PF02966 DIM1 Mitosis protein DIM1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5gapD00
3LG6A 3LWAA 2IMKA 4K1FA 3GTUA 2F3MA 3K8NA 4EVMA 4GSNA 1T1VA 2PU9C 5HR3A 1VRSD 1USBA 2HZEB 2IMEA 3LGCA 4DVCA 5DJMA 4Q5FA 4ZL7A 2HFDA 2V1MA 1QXHA 4JRRA 5ECKB 2H1GA 2L6CA 4MZBA 5FWGA 4PGTA 2MBTA 2R37A 4NHZA 1OE8A 1ZL9A 4YAPA 4CDOA 1TRUA 2WGRA 4IKHA 2OBKA 3UARA 4G9HA 1GSQA 1A8LA 2YPMA 2DMLA 5ECLB 3VLNA 3LJRA 1B4PA 1G7OA 3ZVJA 4ML1A 5ECOB 2DLXA 5J41A 1OVNA 1X9SB 5IMAA 5E4WA 3BCKA 3G7YA 3L0HA 1T8EB 1RK4A 3BOAA 2YANA 1EP7A 5DJLA 1G0TA 5C00A 4IVFA 3TKSC 5HR0A 2LS5A 1TDIA 3KIJA 4GSSA 1TRVA 4WXTA 3KEBA 3PINA 2C1YA 2H1AA 2VL2C 2L4CA 2VCWA 4KUNA 2IWTA 3CSIA 3CSJA 3US3A 3HVSA 2TIRA 4DSRA 5ELGA 4KDUA 2RUEA 1HD2A 1TOFA 5J9CA 3F4SA 4K7IA 2TRCP 2BTOT 5ECSA 2E2MA 1YDKA 3IK7A 1GRXA 3FR3A 3M9KA 1EOHA 4MF7A 5GAPD 4P3YB 2NBSA 3UVHA 2A4VA 9GSSA 3C1RA 1XW6A 4QL9A 2VD0A 1WMJA 1A2MA 5C04A 1GWCA 2O8VB 4MZCA 5J5NA 4AJ7A 1WPIA 1U87A 1OC8A 5KN1A 3TJJA 2V6OA 3HJMA 2PN8A 2CT6A 2H73A 3P90A 4BVXA 5IMZA 3MDKA 2DJ3A 3MWHA 2JZSA 4IW9A 3TKSE 1O81A 2P0GA 3FR9A 5G1LA 1YKAA 3KH9A 2D2ZA 4TN8A 2LQQA 5CRWA 2FD3A 20GSA 2JSYA 2REMA 4J57E 1K0BA 3GURA 1BQ7A 4DSSB 2JU5A 4K7NA 3OR5A 2H6YA 1V58A 2ZNMA 2IMIA 4JE1A 1M9AA 2XC2A 4XS4B 5J9BA 4K2DA 4ECJA 3F4TA 2LSTA 3G7IA 4I2TA 1ZCPA 2FUG2 5CRDA 1FHEA 3GH6A 3EMXA 5ELAA 3RPNA 1V98A 3KP9A 3EU4A 1GSUA 4PX1A 1GSEA 2P31A 4IP6A 5FHIA 4O5RA 2CVDA 1SKSB 3G7JA 5ECMB 4ACSA 2OA7A 4IBPA 4EXJA 3UJ1A 3U5RE 2P5QA 2AYTA 1ERUA 5E59A 3UVTA 1ZMAA 4KCEA 2IJYA 3A5WA 1V57A 8GSSA 3UIWA 2ON7A 3IPZA 2B3SA 4J56E 3UEMA 2V6KA 5DBQA 4PNGA 5IO2A 5CP1A 1GSDA 5IPGA 1VF4A 2VCQA 2JACA 3EVIA 4TVEA 4HU7A 2A2RA 3D4TA 5D9XA 2E7PA 5JCWA 2GT6A 3FEUA 3L9VA 1X5DA 4TR0A 3F9UA 1BAYA 1DUGA 2CAQA 5DALA 5JWQB 5HFKA 2I4AA 3FRCA 3M8NA 1XXUA 1Z3EA 3CMIA 4JU5A 3NIVA 3TKPA 4EL1A 3ZLPA 1ZYQB 2AUVA 2AHEA 2LRTA 4RI6A 5CYYA 3J7Yb 2WZ9A 2H76A 2MBSA 3BJ5A 3DRNA 2GQKA 2C0FA 2YCDA 6GSYA 1B4QA 1KTEA 1FOVA 2GZZA 2LRCA 11GSA 4WR4A 4HQSA 2H6XA 2VCTA 3Q19A 4I2UA 2JZRA 4KSOA 2NVLA 3TUEA 2F9SA 1ERWA 2GQMA 2LV3A 3C8EA 4F2IA 2LEGA 2NPBA 4TR3A 2FHEA 3N5OA 3M3MA 5IM9A 3DD3A 4I8BA 1S3AA 1HNAA 3FZ9A 3LSZA 2VO4A 6GSTA 1OKTA 3DMLA 5DQSA 2CZ2A 2C3NA 1XW9A 1LU4A 1SKRB 3ME8A 4YH2A 3KD0A 1BYEA 4KGIA 5DAKA 3L9UA 3ZZXA 2P5RA 3QFAC 4ZBBA 17GSA 4IP1A 3BCIA 1HQOA 3DGQA 1T7PB 4NWYA 1QGVA 4ISDA 4DEJA 2QSIA 3IHQA 1TTZA 2O89A 1Z9HA 1M2AA 3QOUA 5ECIB 4JR4A 3F8UA 4V1Ap 3ZFLA 3TRXA 2WULA 4MLYA 4XS6A 2RLIA 3A2WA 4KDYA 2H71A 3IXRA 3TKRA 4KB3A 1K0CA 2R5GA 4NV2A 1O85A 2JADA 1J0FA 3NZNA 4MF5A 3LYKA 1IYHA 1B48A 1DE1A 4NV5A 3F3RA 3ERFA 5HQPA 1JZOA 3HY2A 4OCFA 2O85A 4N11A 3BD2A 4OCEA 4TR1A 1PN9A 2YNXA 5FT3A 4RUVA 2TRXA 3DKSA 1I5GA 1VF2A 4BVYA 2IFQB 1SK1A 2PBJA 1EP8A 3IBHA 4YAVA 1M0UA 1WJKA 1R4WA 5F8BA 3TJKA 4RI7A 3DIEA 4MK3A 5IIZA 5JCGA 3SBCA 3TJFA 5IMFA 3CYNA 5ECHB 4AJ8A 2L57A 4HDEA 3D0ZA 3MAKA 2K8SA 4ZB8A 4TXOB 2LRNA 1OYJA 1XIYA 4EUYA 5LD0A 4MABA 1SL1B 5ECRB 5G5FA 4ZBDA 3APSA 1PSQA 5ENUA 2VL3A 18GSA 2HSYA 1QUWA 4V2NA 5D93A 5J4UA 1NSWA 3VWVA 1RW1A 4HEA2 3L9SA 1SJZA 4AF2A 1TI1A 3E3EA 3DEXA 5LNKe 3UMAA 2YV9A 3WGDA 1X9WB 1BJXA 2DBCA 3GL3A 1O6JA 1SD9A 2VIMA 4BPYA 4LMVA 4HJMA 2GQLA 2NDOA 1BG5A 3IA1A 4GF0A 4FYBA 4ZXGA 1XVWA 1AQVA 3CTFA 4O92A 4Q5QA 2FCHA 4ECIA 3N9JA 1GSYA 2WS2A 2YWNA 3LYPA 4MPFA 3P7XA 2XBIA 4D73B 3HZ4A 2FWHA 1SL2B 1UVZA 1W89A 3RPPA 1O73A 4MPGA 3VURA 1SKWB 4QQ7A 1GTAA 1NHOA 4XHMA 4ULXA 1TW9A 3CSHA 4LL1B 5CO3A 1OC9A 1ACVA 2CA8A 1H4OA 4MF6A 2C8UA 4GTUA 4POMA 4JEDA 10GSA 3TRQA 4NHWA 2BMXA 1TJDA 4XRDA 1PA3A 2YJHA 4TR4A 1JLVA 1TU8A 1GTBA 2IPAA 5ABRA 3GYKA 2HNLA 1R5AA 5L71A 3GSSA 4NPBA 2IMFA 2B5XA 4KCAA 5GZZB 1OC3A 3A2VA 3AY8A 1A0RP 2F8FA 2OADA 5D96A 4YQUA 1PKZA 4L8EA 2K9FA 3GSTA 1OE7A 1FW1A 3EC3A 4AJ6A 3RAZA 3ME7A 1U6TA 4O32A 1XCCA 3UOMA 3GIXA 5JWRB 5GSSA 3VPQA 4IQ1A 3HDCA 2C4JA 5DAKB 5INYA 1RQMA 2X64A 3F3QA 3L78A 5D9TA 3I43A 2I9HA 2KP2A 5EL8A 3SWLA 4GQCA 1ZOFA 2KHPA 3TB2A 4LMWA 1TP9A 3KP8A 4MH2A 2H01A 4KAEA 1XWCA 2EIOA 1UN2A 4RQRA 3F4RA 1H75A 2YV7A 4FO5A 4Z7XA 2DIYA 1GUKA 1AUCA 3APQA 2RIIA 5G2ZA 4O7HA 2F8AA 1K0DA 1PL2A 1FO5A 3RBTA 3KH7A 1YF0A 4ILFA 5KN3A 4IJ3A 4POLA 4F0BA 3MSZA 1A0FA 4F82A 5D9WA 3TJGA 3IOSA 6GSVA 4PURA 5EVOA 1GLPA 1ERTA 1U88A 1GTIA 1ERVA 4V2LA 5ID2B 1TK0B 3I6AA 5AISA 1Y6EA 3QD9A 4GRFA 3ZMKA 12GSA 4EO3A 1XWAA 4IQAA 1AQXA 2VAFA 1Z5YE 2I1UA 3F6FA 4GXZA 1EEJA 3DYRA 3M0FA 1G6YA 4TR1B 1WIKA 2GSQA 3C71A 4POKA 3QAWA 2VCZA 3CXGA 2IL3A 3FYGA 4IJIA 1BEDA 2EIQA 2L5OA 3Q18A 2OACA 1JZRA 2GZPA 4YQVA 2GVPA 1JZDA 5IMVA 4MH3A 1GL8A 6GSSA 3I69A 1QMVA 4PUFC 3UBLA 2HSHA 2VLUA 2C0DA 1WOUA 1Z7RA 2PWJA 3DXBA 1WP0A 2WJUA 3JCML 2RM5A 2G0FA 4I6XA 1E2YA 3IC4A 14GSA 1T4YA 2O7KA 5DQYA 4IGJA 1PMTA 3EWLA 3KTBA 4OO5A 2LJRA 4NXIA 3DVXA 5D9VA 4AGSA 1EGRA 1MDIA 3KJYA 3G9BA 4MJCA 3VWWA 2XHFA 3QAGA 2OBIA 2GTUA 4Q5NA 3WGXA 3HJPA 5IOXA 3ED3A 2HRNA 2XPEA 5F07A 1TK8B 4HZ4A 4IHUA 1JFUA 1YQ1A 4EC0A 1I9DA 3FZ4A 3GH9A 4PQ1A 3HVXA 2JL4A 1EEMA 1R7HA 3D5JA 4MJBA 5A4UA 4PXOA 4PNFA 1XW5A 1M9BA 3GTUB 3HYPA 2B7KA 4CHSA 2MMOA 1EV9A 1KBNA 3W6GA 3FZAA 2GLRA 5A4WA 5IO0A 4ZL8A 3FY7A 4EDZA 3UBKA 4MP4A 3VK9A 1S3CA 1YEPA 3UL3A 1S3DA 1XPVA 2N5AA 2V32A 5H5QA 3O76A 1X0RA 1XWKA 1Q4JA 2GGTA 4KX4A 1Y25A 2K18A 3QR6A 2E0QA 2I3YA 3QAVA 5AN1A 2HT9A 4WKWA 2N5BA 4K0NA 2FA8A 1EWXA 5B8BA 1F3BA 2R6KA 2H8LA 5J3RA 1XWBA 4ML6A 5HFGA 3QMXA 1N8JA 2A2SA 2FWEA 3WD6A 4IS0A 4OWYA 1B9XC 3R2QA 2OE3A 2LKUA 5HFIA 5ECQB 4EE0A 4ECCA 3UAPA 3LFLA 5CRHA 3U6VA 2R3XA 4TXVA 3LQ7A 4GWRA 1F9MA 3GHAA 2HYXA 4L5OA 1K0OA 2ZUPA 2X8HA 3KGKA 5G5EA 1TXXA 2VL9A 3TOUA 2AB6A 1PQNA 4XS1A 3RHCA 1GULA 2LUSA 4PQIA 1G6WA 2GZYA 3FKFA 3PGTA 2WB9A 1ZGNA 1THOA 2CVKA 3QCPA 2I81A 3EE2A 4H86A 2H70A 4ZILA 2J9HA 1PD21 3A3TA 4EF0A 1FVJA 1FVKA 3ZTLA 1K3LA 5AGYA 3GX0A 4N10A 3GKKA 4F0CA 1O7UA 1M7TA 1K0AA 5ECNB 1AIUA 3MNGA 1MD4A 3IAM2 4MCUA 1V9WA 1PGTA 4DSSA 5HR2A 2ON5A 2OE0A 4TOPA 4OFTA 4WETA 2IMDA 1B9YC 1GNWA 7GSSA 1ML6A 2DMMA 2KP1A 4XS4A 1AXDA 3ZREA 3HXSA 1N2AA 2AJQB 4XTSA 1XFLA 2N5FA 1U3IA 2HXKA 3KXOA 4QL7A 2B1KA 4HQZA 3PR8A 4N30A 3APOA 1EZKA 2FY6A 1QK8A 3VWUA 1SYRA 1VF1A 5JCUA 1VGLA 4IELA 1R26A 4KSMA 1M2DA 3TJBA 4I5QA 3F63A 3ZITA 3ZL5A 4ZL9A 1SU9A 1JZWA 3D21A 2PERA 4L0WA 3W8SA 3QDNA 1PKWA 5B7CA 3GN3A 1GUMA 2H0HA 1SENA 2DC5A 4HS1A 2VD1A 1GUHA 1C72A 2H19A 3VFIA 2YP6A 3BBYA 1YZXA 3W8JA 3LEFA 4K6XA 4LLRA 2KOKA 1GNEA 3J7Yk 2ES7A 1XOBA 4KE3A 1TK5B 4F03A 2YJ7A 1SJ6A 2VCVA 3HZ8A 1GH2A 1XBSA 2O87A 2FWFA 2VM1A 2H1BA 2RUFA 5DCHA 5IMDA 4TW5A 3IR4A 1NHYA 2DJ0A 1WE0A 2DIZA 3F0IA 3EINA 3HKRA 4OFMA 2B7JA 2KLXA 2MMAA 3GV1A 5DALB 1THXA 3GA4A 1PX6A 2VUPA 2OJLA 2QC7A 4JZQA 4KW6A 5ECPB 1SYXA 3C1SA 3GKXA 1SJIA 2FNOA 1CQHA 1F3AA 2VLVA 2Z9SA 2JSZA 1Z6NA 2FLSA 5LCZA 3D4MA 2QGVA 2DSAA 3E0UA 2DJKA 5A4VA 4KDXA 1MEKA 1SK2A 2LQOA 2CX3A 3GKNA 1T4ZA 2H0IA 1AW9A 4KNDA 4WBRD 2PUKC 3H1NA 4JR6A 1BX9A 4TKYA 2HZFA 1A8YA 3ERGA 2YOIA 1HNBA 3P8WA 1URMA 2C3QA 3LORA 4GCIA 3TGZA 3ZFBA 5EY6A 3H4KA 5EPFA 2H74A 1YJ6A 22GSA 3GNJA 3ZMLA 3IK9A 2G2QA 3VI5A 1F2EA 3CBUA 4WR5A 3TKQA 1UC7A 4MZWA 4OMVA 1A24A 3H93A 2X8CA 3LXZA 1MDJA 1HNCA 4G19A 3LXTA 3H79A 1F6MC 4K9ZA 1U3AA 2B5EA 5GAND 3KMOA 4MA9A 3KCMA 1LJRA 2M46A 4XIHA 2MMZA 3WT2A 2GSTA 5IPHA 1MDKA 1OAZA 3FZ5A 3HA9A 1GTUA 1ZZYA 1AQWA 1B8XA 3IV4A 1JLWA 1M99A 4F9ZA 3DWVA 2B1LA 3ZIVA 3ERWA 1LBKA 4XCSA 3DVWA 1FB6A 2OKAA 4GSTA 2AV4A 1FB0A 2MMNA 2H6ZA 1KNGA 4XRAA 1O8WA 1EGOA 4DSQA 5AIXA 2FWGA 4CW9A 2WRTA 5G31A 1W4VA 4HU9A 1AC1A 5F05A 2X99A 2YZHA 4ID0A 3CRTA 1GLQA 1GP1A 2EC4A 4L5LA 1Z6MA 4OD7A 4K8MA 4BA7A 1TRWA 4X43A 4MJEA 5IOWA 5D8IA 2IFQA 5CAXA 1QQ2A 16GSA 1X9MB 3VI7A 4K0GA 4GQFA 4IN0A 2K6VA 4J2FA 1J9BA 3Q74A 1Q98A 1FG4A 1V40A 4FH8A 1XZOA 5DCGA 4POBA 4HOJA 4PQHA 2HE3A 5CNWA 4KA0A 4X1UA 3F6DA 4NMUA 3ZIJA 1NM3A 1GSSA 4TXOA 2CX4A 5H5SA 3HD5A 5KN2A 4BWSA 2QKEA 4HJ2A 1FAAA 2GS3A 2VM2A 2C0GA 1K0MA 6GSWA 1K0NA 2YWIA 1A2JA 2PMTA 2M72A 1HYUA 5KN0A 2H1DA 4Q5RA 4ECBA 4FYCA 3P2AA 3TDGA 4LL4B 4RQXA 1R5PA 2CQ9A 1X5CA 2ALBA 2CVBA 2CZ3A 4GLTA 2F51A 4MDCA 5DVBA 3E9JB 1DBYA 5D73A 2H66A 2MYGA 1A2LA 2C80A 3C73A 5DDLA 4D73A 2HZEA 3TOTA 3WYWA 2CV4A 1ILOA 2GSRA 5F06A 5CREA 19GSA 4OFNA 1YEXA 3GUSA 4G2EA 1TRSA 1XWGA 3D6IA 1WRYA 1UA5A 1A23A 3HVVA 4N0VA 4L0UA 4MJAA 1Z7PA 2JZTA 3M9JA 3WT1A 3D22A 4LA1A 1DSBA 2XPDA 3HCZA 1KEBA 3EMPA 3CTGA 2DJ1A 6GSUA 1EV4A 1YKCA 2LJKA 1TU7A 2LJAA 5F0GA 3TCOA 1AAZA 1OC9B 1XVQA 1ST9A 3IDVA 4WBJA 1SK0A 4G10A 3TRPA 3IE3A 3EURA 3GKMA 3TKSA 4I97A 1E6BA 4N0ZA 2RM6A 4ZB9A 5COHA 2E2GA 2VLTA 2FA4A 13GSA 1ABAA 3O3TA 5A5KA 4NAXA 1TI3A 3WGEA 4FIWA 2L4QA 2VL2A 1GSFA 3RDWA 2YN1A 2WCIA 3HJOA 2VOCA 1QFNA 3O6TA 4BWQA 2V41A 3GFKA 2OE1A 3C7MA 4ZBAA 2MZCA 2PVQA 5AIVA 5HR1A 3HHVA 1T00A 1OKDA 3VWXA 2K8VA 2R4VA 2IIYA 3EYTA 1V2AA 2L6DA 2J23A 2HLSA 1IYIA 3NOFA 1SD8A 5CRGA 4E8EA 3Q6OA 4X0XA 2X8GA 3GMFA 3KZQA 1MD3A 2EIRA 2PPTA 4TRXA 1PL1A 2WFCA 3EU3A 4PUAA 5GSTA 1ZYEA 3ZYWA 4V2MA 3KMNA 1MTCA 3CRUA 2V2GA 3RHBA 3S9FA 3PH9A 2BJXA 5IMCA 3QPMA 5B8AA 4KH7A 4EKZA 2B5YA 1J08A 4BL7A 2DJJA 1TKDB 3ZRDA 5G30A 1XOAA 2H30A 2KUCA 4ZB6A 5ID2A 2YZUA 2HI7A 4YQMA 1CQGA 4WF5A 2AAWA 4FYUA 3VPTA 3ISOA 1NW2A 2XBQA 4JBBA 2LNSA 3IAS2 1O8XA 2HRFA 3GL5A 3KM6A 3H8QA 1YY7A 1PX7A 2VCXA 5B6MA 2FGXA 2LTKA 2PVOC 2GDRA 3M1GA 2PGTA 3GRXA 5KEJA 2C0EA 3ZVJD 5B6NA 2H72A 1F37A 1EOGA 3FHKA 2GT5A 6GSXA 5H5RA 3FR6A 1YF1A 2M80A 2WDUA 1T3BA 2ZCTA 4K7OA 3V1WA 2H75A 3FW2A 3GX8A 5G1KA 1JHBA 4EDYA 4ZIJA 2IN3A 1K3OA 2CAIA 1WWJA 4V1Ag 1VF3A 2H0GA 3L4NA 4HZ2A 4OO4A 3I9V2 1X5EA 2LNTA 2YWOA 3KTLA 4HI7A 3QFBC 2L59A 2YWMA 3IRAA 2R2JA 1DE2A 1ON4A 4HUAA 3A2XA 2DJ2A 4E8HA 4MMMA 2B6MA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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