5H5SA

Crystal structure of human gpx4 in complex with gxpep-3
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
164
structure length
163
Chain Sequence
DWRAARSMHEFSAKDIDGHMVNLDKYRGFVSIVTNVASQGKTEVNYTQLVDLHARYAERGLRILAFPSNQFGKQEPGSNEEIKEFAAGYNVKFDMFSKIEVNGDDAHPLWKWMKIQPKGKGILGNAIKWNFTKFLIDKNGVVVKRYGPMEEPLVIEKDLPHYF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Discovery of GPX4 inhibitory peptides from random peptide T7 phage display and subsequent structural analysis
pubmed doi rcsb
molecule keywords Phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase, mitochond
molecule tags Oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 56
structure length 163
sequence length 164
ec nomenclature ec 1.11.1.12: Phospholipid-hydroperoxide glutathione peroxidase.
pdb deposition date 2016-11-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00255 GSHPx Glutathione peroxidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5h5sA00
19GSA 2P31A 2YV7A 5IIZA 2HRNA 2PUKC 1PSQA 2MYGA 3Q6OA 3VWUA 4FYUA 2B7JA 2OACA 3AY8A 3GUSA 4BL7A 5IM9A 3VWVA 3O76A 1VF1A 3QPMA 2DIZA 2FLSA 4L5LA 2N5AA 5ENUA 5KN1A 2PWJA 4V2LA 1KTEA 5ECHB 2VL2C 2VD0A 1TOFA 4K6XA 1QMVA 3ZITA 4G10A 2RIIA 1TRWA 4KNDA 1OAZA 3GNJA 2BMXA 3C73A 4WF5A 3ZREA 1SL2B 1O73A 1ACVA 1TRVA 2A2SA 2YZUA 2LJAA 1AIUA 1MEKA 3IPZA 3ZVJA 3M0FA 2HT9A 1JLWA 3J7Yk 3KTLA 3LXTA 1EV9A 4BVYA 1FOVA 6GSTA 1RW1A 1GSUA 1K0DA 3PGTA 4HQSA 3UOMA 4PQ1A 3KH9A 2HI7A 3ZFLA 3IHQA 4KCEA 3L9UA 3VK9A 2GSTA 1T4YA 2GGTA 3LQ7A 2PERA 1JFUA 4DSSA 2JSYA 2C3QA 1QQ2A 3I69A 4MH3A 2FUG2 1NW2A 2JZTA 1U87A 1H4OA 2V6KA 2PN8A 5J9BA 3APSA 4OFMA 2HSYA 2JSZA 3DIEA 6GSYA 4ULXA 4PX1A 3KEBA 4TR1B 3APOA 1BYEA 1EOHA 1XZOA 4PXOA 1OKTA 2HSHA 3QDNA 4DVCA 5IPGA 3TUEA 4EDYA 5H5RA 2ES7A 3KH7A 2YV9A 3UARA 3LEFA 4YH2A 1JZOA 3DVXA 2L4QA 2BJXA 1F6MC 1GTUA 1WP0A 4OMVA 1EGOA 4LLRA 1K0OA 4KW6A 2MMZA 5HR2A 2K8SA 2VLTA 3P90A 4MA9A 3N9JA 1KEBA 3Q19A 4ZB9A 4ML6A 4IKHA 5DCHA 3GFKA 4BPYA 2AJQB 1JZRA 5B8AA 3M8NA 1A23A 2FD3A 2B7KA 6GSXA 1SKRB 2IWTA 2AHEA 4GTUA 1M2BA 1M9BA 1XXUA 2VCWA 1XW5A 2B3SA 2HRFA 2O89A 2A4VA 7GSSA 1LBKA 2VL9A 3FK8A 3GA4A 1EP8A 1BAYA 3F6DA 1EEJA 4CHSA 2V32A 4PNGA 3D0ZA 2TIRA 4I6XA 4DSQA 1KNGA 4NHWA 5D9TA 2BTOT 2GSSA 5GZZB 3EU4A 5HR1A 4BWSA 2R6KA 1PL1A 4AGSA 1O6JA 4KH7A 3TKSA 1I9DA 5F8BA 1K0MA 1JZWA 5COHA 1K3LA 4TXOA 1AUCA 1SJ6A 2XPEA 4TKYA 4ECJA 1V58A 1MD4A 1OKDA 2GQKA 4NWYA 3G7YA 4F9ZA 4LL4B 1PMTA 6GSUA 3IK7A 5KN0A 3CRTA 5EL8A 4E8HA 2C80A 2NTOA 4AF2A 2H71A 2DJ2A 5GSTA 4HDEA 5DJMA 1HNBA 1ZOFA 3EWLA 4E8EA 2H72A 2JU5A 5C04A 3US3A 4FYCA 1W4VA 5B8BA 4MF6A 2F3MA 3KCMA 5IMDA 2VCVA 3HZ8A 1B8XA 2LNSA 4KUNA 3CMIA 2KUCA 4F0BA 1T3BA 1V57A 4I8BA 5DBQA 1Q4JA 3P2AA 1YZXA 4MP4A 1F2EA 3D4MA 2AAWA 1NM3A 5D73A 4ECCA 2P0GA 3IE3A 4XS6A 1PRXA 1FVJA 1Y25A 4PGTA 3L9SA 1O8XA 5B6MA 4MF7A 20GSA 3GL5A 1J08A 2GSQA 5AIXA 2PU9C 2IPAA 2X8GA 5JWOB 3QAGA 2GVPA 1O7UA 3I9V2 5IMCA 3VWWA 3TRXA 5DALA 4YQUA 4POMA 1IYIA 3KP9A 1V9WA 1WE0A 1XWAA 3H8QA 2DC5A 2LUSA 3GN3A 2H1GA 4XTSA 3F4RA 4GRFA 2VCTA 1TRSA 3HYPA 5HFKA 1IYHA 3QMXA 3HXSA 2H0HA 5JWRB 3TKQA 4ZB6A 5LD0A 3KTBA 1G0TA 2TRCP 2EIOA 4IQ1A 3GKXA 3RHBA 1ML6A 5ECQB 1MD3A 1TXXA 1HNCA 2CX3A 2F51A 4RI7A 2FWGA 5ECRB 2N5BA 2ON7A 4PNFA 3GKMA 2GS3A 4MPFA 5FWGA 3FYGA 1A0FA 3TDGA 4K7NA 1FVKA 1X9MB 2FCHA 1QFNA 2O7KA 2L6DA 3RPPA 1OC9A 3UJ1A 1G7OA 4IN0A 1O85A 4MABA 3GURA 5CYYA 2FA4A 2NVLA 5G5FA 1GWCA 3N5OA 1ZCPA 1DBYA 1TI3A 3F63A 2GQLA 4MPGA 3QFBC 2YN1A 2DIYA 4ISDA 2H1AA 2VL2A 4HOJA 2I3YA 1GLPA 2XBQA 1R26A 3WT1A 1B4QA 2VUPA 1SK1A 2LNTA 3K8NA 2WFCA 1GNWA 2M72A 3F3QA 5INYA 5J5NA 4GSNA 5IO2A 3HHVA 3GSTA 1R5PA 1YY7A 1XW9A 2WRTA 5AGYA 3A2XA 1TJDA 2IMEA 1TP9A 1YF0A 2B1KA 1X9SB 4N0VA 1ERVA 5AISA 5JCGA 4EL1A 1FW1A 1M9AA 1J0FA 2GQMA 2GTUA 1A2LA 3FKFA 1XWCA 3C8EA 2HZEB 5A5KA 1GULA 4ID0A 3VWXA 1Z3EA 3Q74A 3ZVJD 3FRCA 5G31A 3BOAA 2Z9SA 3TKSE 3UVTA 4EVMA 4IW9A 1U3AA 3A3TA 3E3EA 3JCML 5ELAA 2XHFA 4ZBDA 2IMKA 3U6VA 2H8LA 5JCUA 4KSMA 2K6VA 3F6FA 4WBJA 5GSSA 1EWXA 2VLUA 1N8JA 2F8AA 5IMAA 3CRUA 4IJ3A 1BEDA 2YNXA 3C1SA 3HVXA 16GSA 3V1WA 3HA9A 2JADA 2GDRA 1G6YA 3IK9A 1E2YA 2IFQA 1EGRA 2B1LA 4LA1A 2G2QA 2REMA 2QKEA 5FT3A 2F8FA 4OWYA 4BWQA 4V1Ag 3WGEA 3TKRA 2B5EA 5ECOB 5AN1A 4GSTA 3L9VA 2GZZA 3LXZA 2VCZA 3TJBA 2LJKA 4P3YB 1ST9A 4K7OA 8GSSA 1ZMAA 2M46A 6GSSA 1PX7A 3GYKA 4MF5A 4JU5A 5CRDA 2XC2A 4IBPA 1B4PA 2CVBA 2L4CA 4Z7XA 3R2QA 3W6GA 2RLIA 1X9WB 3KP8A 4PQHA 3CSIA 3C71A 3APQA 3QAWA 4F82A 2IIYA 3BBYA 4NV2A 4KCAA 1NHOA 1BX9A 4JZQA 1OVNA 3KMNA 2ZCTA 2RM5A 1AAZA 4AJ6A 4WKWA 2YCDA 3UBLA 3GH6A 1XWGA 3GX0A 1G7EA 1X0RA 4YQMA 4ZILA 1GH2A 5DDLA 2E7PA 4ECBA 3TJGA 3RAZA 1R5AA 1TU7A 2CZ2A 4IELA 4K1FA 1DE1A 1WWJA 4TR3A 4TR0A 3J7Yb 1F3BA 2HLSA 4ZL8A 4I5QA 4IS0A 3FR3A 2LEGA 5A4UA 2LSTA 5DQYA 1Z5YE 1XBSA 2WDUA 1XWKA 2H73A 2M80A 2CAQA 1I5GA 2VAFA 4NPBA 3KZQA 4J57E 1HQOA 3F4TA 5CREA 3VI7A 4WBRD 1PGTA 2R2JA 2C0DA 4RI6A 1GUHA 3F8UA 2WB9A 3A5WA 3SWLA 2YZHA 3HCZA 2MMOA 2H6XA 4O32A 4FO5A 5F05A 3KMOA 4XS4A 2LJRA 4BA7A 1N2AA 1PL2A 1Z6NA 4DSSB 1ZYQB 2C0EA 2AYTA 5IMZA 3PR8A 4JR4A 4GQFA 1FHEA 1TKDB 1SK0A 2CZ3A 3UEMA 3UMAA 5CRWA 1QGVA 4MLYA 1TTZA 2HE3A 1GSEA 3O6TA 2IN3A 3TOTA 3WGDA 14GSA 3RPNA 5D93A 1USBA 1YQ1A 2JZRA 1YJ6A 4ZL7A 3ISOA 3IDVA 4CDOA 3EINA 2VLVA 2X8CA 2V41A 3FZ9A 3M3MA 4OD7A 2QGVA 4O7HA 3ED3A 1SU9A 2ON5A 1DUGA 3ERFA 5G1LA 4G2EA 2L5LA 2X8HA 4KA0A 5CRHA 3LORA 4LMVA 4NHZA 3QCPA 4XCSA 3FEUA 5ID2A 2OJLA 2CVDA 2P5QA 4F2IA 5ECKB 4AJ8A 4K2DA 3DMLA 4D73A 3UL3A 1U3IA 1J9BA 1EOGA 2FWFA 4TXVA 2VCXA 1AXDA 2FY6A 1Z9HA 2H66A 2KLXA 3P8WA 4TRXA 4HEA2 2KP2A 2E2MA 3ZFBA 3EMXA 1AW9A 1TK5B 2C0FA 2R4VA 4NMUA 2ALBA 1MDJA 5E59A 1M2DA 2IMDA 4NXIA 1OE8A 3GIXA 1U6TA 4HI7A 3KM6A 4KDUA 4EO3A 1GP1A 4IGJA 1GNEA 5G5EA 3UAPA 3QR6A 1MTCA 4WETA 3LJRA 1XW6A 3HD5A 4RQRA 4AJ7A 1MDKA 4POBA 3DRNA 5IPHA 2N5FA 4ZBAA 3CYNA 1Z6MA 3IBHA 5DCGA 3GKKA 2VIMA 5DJLA 2H6ZA 9GSSA 4ZL9A 4X1UA 5D96A 22GSA 1YEPA 2A2RA 4MDCA 3TGZA 6GSVA 2PVQA 4IHUA 3HDCA 2VM2A 1VF3A 2MMNA 3PINA 3TCOA 2VM1A 2I1UA 4GSSA 1XOBA 1TDIA 5H5QA 4MZBA 4N10A 2RUFA 3VLNA 3IV4A 4N30A 4GQCA 4IP6A 3G7JA 1E6BA 1X5EA 5G30A 4MZCA 1M0UA 4EC0A 2RUEA 3DYRA 2C0GA 3ERWA 3VURA 3HVSA 3IRAA 4XHMA 2F9SA 4POLA 1PX6A 2H74A 1ERUA 3HY2A 5F07A 1VF2A 1Q98A 2J23A 1URMA 5C00A 2EIQA 3TKSC 1CQHA 5A4WA 1GLQA 3WT2A 18GSA 5F06A 1PKWA 1NSWA 2H1BA 1UA5A 2VOCA 2WJUA 5DALB 3RHCA 3D5JA 3IA1A 5CRGA 1O8WA 2V1MA 1LJRA 1GSFA 1WIKA 2RM6A 2LRNA 1AQWA 2HXKA 1XWBA 5EY6A 4Q5NA 2E0QA 1A24A 3CXGA 1QK8A 1ILOA 4IP1A 2VD1A 10GSA 2WZ9A 4MJEA 4PUAA 1ZGNA 3DWVA 5LNKe 1A0RP 2GZPA 3KD0A 3BD2A 1ERTA 3MWHA 1KBNA 4G19A 1XFLA 1SD8A 2H19A 5HR0A 2K9FA 2I81A 1T8EB 2OADA 4KDYA 3H93A 4JRRA 4GCIA 1B9XC 3GTUA 3EU3A 2PGTA 4K0GA 3GV1A 5KEJA 3C1RA 1OC9B 3LSZA 4HS1A 1AQVA 2OE3A 3QD9A 1XIYA 4HJMA 2OE0A 3ME7A 5DAKA 3KXOA 1DE2A 1VRSD 3QOUA 2O87A 2CA8A 1OYJA 3GSSA 4IVFA 2GSRA 1GSSA 3UBKA 2EIRA 5CNWA 2G0FA 3WD6A 4NV5A 3ERGA 1TK0B 3MNGA 3E0UA 4GLTA 3M9JA 3DEXA 4F03A 3BCIA 4XS1A 4QL9A 1EP7A 4V2MA 3HJOA 13GSA 3CSJA 2AV4A 1GSDA 3WYWA 1EV4A 2O8VB 5AIVA 1Y6EA 3EMPA 4Q5FA 2PBJA 4J2FA 3FZ5A 2QC7A 3GH9A 4ZB8A 5KN2A 2B6MA 2ZUPA 4XRAA 3DD3A 2YWNA 2LKUA 1R7HA 3A2VA 3I43A 1ZYEA 2MBSA 2C3TA 4WR4A 1BG5A 1M99A 2YOIA 1K0AA 1A2JA 1YF1A 2CQ9A 4O5RA 1PKZA 2FWEA 2D2ZA 5L71A 2CVKA 3KIJA 4J56E 4ACSA 3VFIA 2O85A 1DSBA 3FR6A 2V2GA 1GRXA 1TU8A 2IMFA 3ZZXA 3H79A 4FH8A 5GAPD 2H0GA 4F0CA 5HQPA 2L5OA 1GTBA 4KGIA 5KN3A 2DBCA 4HZ2A 3A2WA 4HJ2A 2NPBA 4O92A 1FAAA 3L0HA 1K0BA 1SK2A 1T00A 1SJZA 1NHYA 2DMLA 3TRQA 1SYRA 1WJKA 2IFQB 2OA7A 4WR5A 1F9MA 4QQ7A 3H1NA 1X5DA 3D4TA 1SD9A 2OBIA 4GWRA 4OFTA 2C1YA 1RQMA 4GF0A 4TR1A 1WPIA 4GXZA 4POKA 1G6WA 1PQNA 11GSA 4JR6A 2XPDA 3TJJA 4OO4A 1HNAA 1V98A 3EC3A 2LQQA 4HU9A 3VPQA 3PH9A 4L5OA 3KGKA 5D9XA 5IMVA 2X99A 3EURA 3VPTA 5IMFA 4NAXA 3TOUA 5D9WA 2LRCA 1W89A 4V2NA 3S9FA 5GAND 2AUVA 2GLRA 2EC4A 3MSZA 4KB3A 4HQZA 2KHPA 2C3NA 4HZ4A 2MZCA 1HD2A 3CSHA 3DGQA 4IQAA 3GHAA 2H1DA 2H76A 5G2ZA 4Q5RA 1AQXA 2YWMA 3ZTLA 1CQGA 3LG6A 3TRPA 2LQOA 1OC8A 2I4AA 5B6NA 1SYXA 1XCCA 1UC7A 1XVQA 2PMTA 2YPMA 5J4UA 4EKZA 3NIVA 3HJMA 1HYUA 2K8VA 5IOXA 2PPTA 3H4KA 2I9HA 1XPVA 3ZIVA 3IAS2 4CW9A 5ECSA 5F0GA 3ME8A 3P7XA 3QAVA 5J41A 3LGCA 1QXHA 2J9HA 2HYXA 2B5XA 2YJ7A 5ECNB 3BCKA 5ECPB 2X64A 3SBCA 3FW2A 4KSOA 3D6IA 1B9YC 4N0ZA 1LU4A 5CO3A 4IJIA 4X43A 3G7IA 1ZZYA 2NBSA 5G1KA 4XRDA 2XBIA 2H01A 4TR4A 4XS4B 3MDKA 1SENA 3I6AA 4L0UA 4YQVA 5IO0A 1ERWA 5J3RA 2VCQA 1FB0A 2OE1A 1RK4A 5LCZA 3QFAC 2VO4A 1T4ZA 4I2TA 1VGLA 2C4JA 3GRXA 4I97A 3HVVA 4WEYA 2L59A 2IMIA 4JEDA 2CV4A 3HJPA 2FWHA 4EF0A 1R4WA 3BJ5A 3TJFA 3CTFA 5ELGA 2FGXA 1PD21 2DJ1A 3GX8A 3IOSA 3FY7A 4KX4A 2JL4A 3ZYWA 3F4SA 4LMWA 1ZL9A 2R37A 1F3AA 1S3DA 4XIHA 1OC3A 3LWAA 4JBBA 2P5RA 2LS5A 5ECMB 4ZBBA 2WS2A 4EE0A 1GSYA 4MH2A 4RQXA 1SL1B 4MJBA 3M1GA 3F0IA 2R3XA 4MJCA 3DKSA 3TJKA 1AC1A 5D9VA 3IR4A 2L6CA 1A8YA 4FYBA 5CP1A 2B5YA 3W8JA 5ID2B 4EUYA 1TW9A 1K3OA 3EVIA 4EDZA 2GT5A 3LYPA 1YEXA 2JZSA 4D73B 1F37A 1FG4A 5JWQB 2DSAA 2YWIA 4HU7A 5IOWA 3GMFA 1QUWA 4HUAA 1SKWB 4TXOB 4MZWA 4LL1B 2FNOA 1T7PB 5HFIA 4KAEA 3D21A 3NZNA 2R5GA 1BJXA 1JZDA 3HZ4A 5ABRA 3HKRA 4PURA 1Z7RA 1YDKA 4TVEA 4DEJA 2C8UA 4TW5A 3ZMKA 4ML1A 4WXTA 5ECLB 5HFGA 2LV3A 1WMJA 1GSQA 5J9CA 3FHKA 3L78A 2DJKA 1GL8A 2MMAA 3TKPA 2K18A 2YWOA 1H75A 1B48A 4KE3A 3NOFA 4I2UA 6GSWA 2IL3A 1UN2A 4ZXGA 2YANA 3EYTA 5IQYA 2HFDA 2CT6A 2DLXA 2CAIA 4G9HA 1A8LA 3VI5A 3E9JB 2OBKA 1ON4A 1O81A 4H86A 4MCUA 4QL7A 1WOUA 4Q5QA 1TRUA 3LYKA 2H6YA 1GTAA 4ECIA 3D22A 4ILFA 4PQIA 1VF4A 3GL3A 3UVHA 3IAM2 5JCWA 3ZL5A 1T1VA 3EE2A 2IJYA 5CAXA 3FR9A 1JLVA 1PN9A 4YAVA 3RDWA 3Q18A 2QSIA 5EVOA 4BVXA 4DSRA 1Z7PA 5H5SA 3C7MA 4K9ZA 1FB6A 1EEMA 2NDOA 4K0NA 2H70A 2VL3A 4MJAA 3TB2A 2KOKA 1PA3A 5A4VA 5E4WA 1GTIA 4YAPA 1GUMA 4EXJA 2KP1A 2HZFA 3F3RA 3UIWA 1S3AA 4OFNA 3WGXA 3CBUA 1TK8B 2FA8A 2DJ3A 2GT6A 3ZMLA 1EZKA 1BQ7A 2PVOC 5DQSA 5DVBA 4K7IA 1THOA 3O3TA 3KJYA 3OR5A 4L8EA 1SKSB 5HR3A 1TI1A 1SL0B 2GZYA 2V6OA 1X5CA 5ECIB 3DXBA 4TN8A 1UVZA 2HZEA 4FIWA 3IXRA 2DJJA 1XVWA 1SJIA 2DJ0A 4OCEA 2HNLA 1XOAA 2JACA 4OCFA 2H0IA 2WCIA 3FZ4A 1K0NA 1OE7A 3ZRDA 4RUVA 1V40A 17GSA 1U88A 2L57A 2E2GA 4JE1A 1S3CA 3DVWA 5B7CA 3W8SA 3RBTA 5EPFA 4N11A 3ZLPA 1GUKA 5FHIA 3G9BA 4TOPA 5D8IA 4OO5A 2ZNMA 3ZIJA 4PUFC 2LRTA 1K0CA 3LFLA 3MAKA 4ZIJA 12GSA 1ABAA 1M2AA 2YP6A 2DMMA 2OKAA 1YKCA 3CTGA 2FHEA 3L4NA 2MBTA 4L0WA 4K8MA 2AB6A 2TRXA 1THXA 2H75A 3U5RE 3GKNA 1WRYA 3GTUB 3M9KA 2YJHA 3F9UA 2CX4A 4MK3A 1MDIA 1M7TA 1YKAA 2WGRA 3IC4A 1A2MA 4MMMA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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