5IMDA

Xanthomonas campestris peroxiredoxin q - structure f4
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
158
structure length
157
Chain Sequence
TDAVLELPAATFDLPLSLSGGTQTTLRAHAGHWLVIYFYPKDSTPGTTEGLDFNALLPEFDKAGAKILGVSRDSVKSHDNFCAKQGFAFPLVSDGDEALCRAFDVIKEKNMYGKQVLGIERSTFLLSPEGQVVQAWRKVKVAGHADAVLAALKAHAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Peroxiredoxin Catalysis at Atomic Resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bacterioferritin comigratory protein
molecule tags Oxidoreductase
source organism Xanthomonas campestris pv. campestris (strain atcc 33913 / dsm 3586 / ncppb 528
total genus 51
structure length 157
sequence length 158
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2016-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5imdA00
3D22A 1YEXA 5EVOA 1EWXA 1EOHA 1T4YA 2VM1A 4NPBA 1GNWA 4TW5A 4RUVA 1O6JA 1M2DA 4YH2A 5JWRB 4L0UA 3HHVA 1QMVA 4KDUA 2GT6A 5GAND 1VF4A 2R4VA 4O92A 4GXZA 4QL7A 1PX7A 1EGOA 4D73B 2IFQA 1N2AA 2H1GA 1M9BA 1WIKA 4G2EA 2JL4A 5CRDA 4AJ7A 2BJXA 1SD8A 2MMAA 2YANA 2QSIA 5IIZA 1WPIA 3FEUA 4GRFA 4TR0A 3A3TA 4K0NA 3GRXA 1LU4A 2H0IA 4J57E 1K0CA 2C0GA 4MF5A 1G0TA 4PXOA 2HYXA 5HFIA 10GSA 2CX3A 3GN3A 1U3IA 3A2VA 4FYBA 2DBCA 3K8NA 1ACVA 2GSQA 20GSA 5IMZA 1TRUA 5CAXA 3QAGA 3KP8A 3TJKA 4LL4B 4TRXA 1CQHA 4PUAA 4OFNA 3FW2A 3LFLA 2AV4A 2F3MA 2LRCA 1M99A 1K0NA 1X5DA 2C3TA 4EXJA 4WR5A 1J9BA 1ZCPA 5ENUA 3H8QA 4RQXA 2LSTA 3Q18A 1M2BA 4KSMA 5D9VA 4ZBAA 3IOSA 3P7XA 1GRXA 5ECMB 3VFIA 1HNBA 2H71A 3IV4A 3VWWA 1ZL9A 4KDXA 4ZBBA 2WDUA 1FB0A 5IOXA 3C8EA 3P2AA 2ZUPA 3TJFA 5KN1A 4ECJA 2B5EA 2C3QA 2VM2A 3ZREA 4OD7A 5IMVA 5DCHA 4BPYA 5IPHA 2LQOA 3WT1A 4E8EA 1GLPA 4L5LA 5ECPB 3DYRA 1JZRA 3G9BA 5L71A 3TUEA 1ERWA 3KH9A 1H75A 4OO5A 1A0FA 5FT3A 2R6KA 2LJAA 5G1KA 4EDYA 1G6WA 1ERVA 2JZTA 2VLTA 5B8AA 1LJRA 1SENA 1V2AA 1OKDA 5JCWA 1GSSA 4IQ1A 1WE0A 2KUCA 3KGKA 3ZZXA 2F9SA 4HQSA 2HRNA 1XZOA 5D9WA 1R26A 4PX1A 3QCPA 2MBTA 1ZGNA 1O7UA 5IMAA 3TJBA 5HR0A 1YF0A 3G7JA 4BA7A 2VO4A 4YQMA 2ZCTA 3RAZA 2VD1A 1Z7RA 4OCEA 3CYNA 3UIWA 4F82A 2H66A 1QK8A 2C0EA 2JADA 3GSSA 2P31A 4PUFC 4IP6A 4ILFA 1ML6A 2HXKA 2MMZA 4Q5RA 4O7HA 4MH3A 3FR3A 3J7Yk 1BQ7A 1A2LA 2CAQA 2WS2A 3FR6A 4YAPA 1BEDA 1K0DA 5CRHA 1XIYA 4KCAA 1TI1A 4KE3A 1ERTA 6GSWA 2V1MA 5G1LA 1SKSB 2IMDA 2FY6A 1EEMA 4KW6A 4N30A 3ERFA 2YCDA 5DAKB 7GSSA 1XW6A 4I2UA 2OKAA 2A2SA 4TXOA 1YKAA 3IAM2 2WJUA 2XBIA 1T3BA 1IYIA 3IDVA 3IPZA 3ERGA 3APSA 1B8XA 2HLSA 1SK0A 3I69A 1PKWA 4IJ3A 5KN2A 5LCZA 5ECSA 5A4UA 3P8WA 4GLTA 2R5GA 3GA4A 2OACA 3LGCA 2H0HA 5J4UA 2CV4A 4JE1A 3U6VA 1S3DA 4V1Ap 3EU3A 2V41A 2H75A 1CQGA 1GSDA 4WBJA 3GHAA 2O87A 4DSSA 3F4SA 1TRVA 1K0OA 3U5RE 5HR2A 3DGQA 2XPEA 2CX4A 4K8MA 3DEXA 2VLUA 3GMFA 3FZAA 3N5OA 3A2WA 3WYWA 2E2MA 1J0FA 1TDIA 1OYJA 2VL2A 1TU7A 2DJKA 4HQZA 1PL2A 4L0WA 4K7OA 3IK7A 3FZ5A 2H1AA 4ECIA 19GSA 2VL9A 2O85A 2LRNA 5ECRB 1AQXA 1I5GA 4MLYA 1ABAA 5B7CA 5H5SA 2DMMA 3D21A 4FYUA 8GSSA 5ECHB 4GTUA 3TKSE 3CSHA 4ML1A 1M0UA 3W6GA 22GSA 3FY7A 1Z6NA 2GDRA 2IMEA 2MMNA 4TOPA 5D9TA 2LKUA 4MDCA 1JHBA 1FO5A 3APOA 4TR1A 1FG4A 2C80A 1NHOA 1A23A 2O7KA 4OO4A 2LNTA 4HOJA 4IN0A 3F63A 4MA9A 3PINA 2IWTA 4NHWA 1ZYQB 3WGEA 3L9UA 3D4TA 3MDKA 2GSRA 4F0CA 2H1DA 2IPAA 1U87A 4WKWA 3KJYA 2LV3A 4RI7A 2FLSA 3TKSC 3GH6A 3GKKA 5KN0A 4HI7A 4IHUA 3VLNA 3GTUA 1V57A 1XVQA 1TOFA 3QOUA 2IL3A 1T4ZA 1WWJA 2HRFA 2X8CA 1PX6A 2PVOC 3IC4A 2L4QA 5HFGA 1PL1A 1ZYEA 4V2LA 1W4VA 1X9SB 3F3QA 2CZ3A 1XOAA 4DSQA 3DWVA 4CW9A 1FHEA 2MZCA 3QD9A 1F37A 3KD0A 1AUCA 4ZL9A 2X8GA 1R7HA 5G31A 3GX8A 4HU9A 3ZRDA 4EF0A 1Q98A 2IMFA 1GTUA 3KTLA 4CDOA 1JZOA 4G9HA 3TCOA 3FZ4A 3HJPA 3Q6OA 1V40A 2PUKC 3QAVA 3UARA 3QMXA 4AF2A 4GF0A 1AW9A 4MJBA 2VCWA 3EYTA 1GSYA 5B8BA 4WETA 1FB6A 2RM5A 1Z3EA 2FWHA 2K18A 1NW2A 1Z5YE 4J56E 5F0GA 2ZNMA 2YWMA 3L78A 3GKXA 4MABA 3F4RA 4IBPA 5IO2A 1PD21 5EL8A 4XS4B 2I9HA 2YV7A 3F9UA 5GSSA 4MF6A 1Y25A 1QUWA 1WP0A 1AC1A 4F2IA 1A8LA 1K0BA 5D93A 2OBIA 2ALBA 3GV1A 13GSA 2B7KA 3RDWA 5ECKB 2JU5A 3HY2A 5G2ZA 3HCZA 2TIRA 1GWCA 1K0MA 2RIIA 2I3YA 4MJAA 4IP1A 1F6MC 3ZTLA 4I8BA 3GSTA 4FO5A 2LNSA 1FOVA 2QC7A 4WR4A 3VWXA 5INYA 1U6TA 4PGTA 3KH7A 1A2JA 3Q74A 3V1WA 3FZ9A 5C00A 3HVXA 5B6MA 3HA9A 2B1LA 2REMA 2C0DA 3WGXA 4V2MA 3WGDA 4ID0A 2LQQA 2H72A 5D8IA 4ZXGA 1JZDA 1FW1A 2C3NA 3E3EA 1OC9A 1KTEA 2PU9C 3KMOA 3ZLPA 1SK1A 2B7JA 4I5QA 1AQVA 1VGLA 5IMCA 4KDYA 5ECLB 4EE0A 1EOGA 3BCKA 2XHFA 3H1NA 2M46A 2H70A 2NTOA 3M9KA 2CVBA 2YN1A 4FYCA 2NBSA 2YNXA 3IK9A 1PRXA 2E2GA 3UBLA 2BMXA 2H76A 1OC3A 2B5YA 1WOUA 5ECNB 4BVYA 1O73A 4K0GA 2IFQB 3EINA 4L5OA 3N9JA 4O5RA 3KZQA 4HDEA 2I1UA 2H6YA 3DXBA 3NIVA 4I6XA 5J9CA 3KCMA 2LJKA 2FWGA 5ELAA 2PN8A 2WGRA 1HYUA 2GZZA 2QGVA 3PGTA 4RI6A 1MEKA 2H1BA 3IHQA 1GP1A 1DE1A 4WBRD 5IMDA 1SL2B 3UVTA 3CRTA 3HZ8A 2H6ZA 5JCGA 1VF2A 2VOCA 5DDLA 3IA1A 3D0ZA 1FVKA 3UOMA 4X1UA 2M80A 4Q5QA 3RHCA 4JR4A 5DQSA 2DJ3A 2BTOT 1OKTA 3IXRA 1K3LA 1R5AA 2RM6A 1SL1B 3LYKA 4HJMA 3W8SA 3KEBA 4E8HA 2H19A 5CYYA 3NOFA 2B6MA 5JWOB 5DALA 5GAPD 4H86A 2VUPA 2DSAA 3HXSA 2AYTA 3ED3A 4MPGA 4OCFA 4K7NA 3VI7A 1GH2A 2JZSA 3G7IA 3GX0A 3GL3A 1W89A 3C1SA 2LTKA 1UN2A 3FRCA 2LJRA 1QQ2A 2FCHA 5ABRA 2VCTA 5FHIA 4TN8A 1A0RP 2VCQA 5IQYA 3TOTA 3CSIA 1DBYA 1PN9A 4ULXA 5IM9A 1YQ1A 4ZIJA 4LLRA 1PGTA 6GSUA 2NVLA 3M8NA 1UA5A 3F6DA 4K6XA 1FVJA 2RUFA 5G30A 1MDIA 3EMXA 4BL7A 5J41A 3KM6A 1I9DA 2GT5A 2KP2A 3GUSA 2KP1A 2KHPA 4DVCA 1T7PB 5GZZB 2OJLA 4N0ZA 1GLQA 1TKDB 1JLVA 2WFCA 4FIWA 6GSVA 2FHEA 2PVQA 4ML6A 4F03A 4KGIA 1OAZA 3E0UA 4LMVA 2G0FA 3WD6A 3KMNA 2DIYA 4IW9A 1GSUA 3FKFA 1B9XC 2EIQA 4IS0A 4HS1A 5AIVA 3CTGA 1XFLA 2GGTA 1V98A 1AAZA 4WXTA 3TKRA 4ECBA 4I2TA 5DJLA 2CVKA 3CXGA 2PERA 1GTBA 4GSNA 4GQFA 5J5NA 2GSSA 1ZOFA 3G7YA 1MDJA 3R2QA 2JACA 6GSYA 4GCIA 5IOWA 4V1Ag 3C71A 4QL9A 4N11A 4EO3A 1PMTA 1SJ6A 4HEA2 1ILOA 3UMAA 2H73A 4PNGA 6GSSA 2GVPA 4Q5NA 4O32A 3QPMA 4TVEA 4OMVA 4X0XA 2MBSA 2OADA 3O76A 4XRDA 4XS6A 2GLRA 4ZBDA 1PQNA 2K8VA 3KP9A 4PQIA 3J7Yb 4KA0A 4BWQA 1GULA 4MK3A 1TI3A 1RW1A 3A2XA 4MZWA 1EP8A 4NV5A 4EKZA 1YEPA 3F6FA 2CVDA 4K7IA 5G5FA 2F51A 4TXOB 5CO3A 4JEDA 4N0VA 1ERUA 3LXZA 2L5OA 2V32A 2V2GA 3QFBC 3A5WA 2AAWA 5DJMA 3D6IA 1M9AA 4XTSA 4ACSA 4POLA 2VL3A 3BJ5A 4XRAA 1QXHA 3DRNA 3SWLA 2HZEA 1XW5A 3SBCA 1E6BA 4JZQA 1VRSD 3VI5A 4DSSB 2L4CA 1XBSA 4LA1A 1EGRA 5DCGA 1DE2A 5H5RA 4NMUA 1SYRA 3TRXA 3BCIA 3TKPA 2WZ9A 3HZ4A 3QFAC 1MD4A 5DVBA 2I81A 4OFMA 5LNKe 4G19A 2HT9A 3Q19A 4MZBA 3BBYA 3CSJA 1BYEA 2NDOA 2YWOA 3TJJA 4TKYA 4IQAA 3MWHA 1K0AA 3GFKA 2LRTA 4HZ4A 4YAVA 1SD9A 3HDCA 1XWKA 2AJQB 5GSTA 1XPVA 2VCXA 4XCSA 1SKWB 4IJIA 5A5KA 3ZIVA 2O89A 1ST9A 3HD5A 2HSHA 1B48A 1K3OA 3TRQA 3WT2A 1IYHA 3RPPA 4EC0A 1URMA 4GSTA 2B1KA 2VCVA 1OE8A 3E9JB 3ZVJD 3DMLA 1F3AA 2MYGA 4TR1B 5HR1A 5ELGA 4L8EA 2LS5A 4Z7XA 1GSQA 3TKSA 1SKRB 3HVSA 1GUKA 2FA4A 3KXOA 3RPNA 4F0BA 5FWGA 2FD3A 4K2DA 3LXTA 2XC2A 1OE7A 1H4OA 2HI7A 1QGVA 1XWBA 3GTUB 3DIEA 2D2ZA 5CNWA 2DMLA 1TJDA 4KX4A 5LD0A 3JCML 4JU5A 2GQLA 5HR3A 2GS3A 4AJ6A 5ID2A 1J08A 2YP6A 3ZITA 3IE3A 3LYPA 3HYPA 1PKZA 4KAEA 2CQ9A 1TTZA 1B4QA 2YWIA 3LJRA 2C4JA 2J9HA 5A4WA 17GSA 5J9BA 1R4WA 1DSBA 4AGSA 3I43A 2FUG2 1O85A 2A4VA 2FWFA 3ME8A 4MP4A 1XXUA 4NAXA 2R3XA 5CRWA 1X0RA 2YJ7A 1AXDA 4D73A 2E7PA 3QR6A 4HJ2A 1C72A 2OE1A 3ZMLA 4LMWA 3M9JA 1USBA 3H79A 2RUEA 2WCIA 3O6TA 3M3MA 2DJJA 4MCUA 3LEFA 1KBNA 4K1FA 1KEBA 3LG6A 2VCZA 4MJEA 2I4AA 4F9ZA 4ZILA 3HKRA 4N10A 1TRSA 3GNJA 4BWSA 1GSFA 1Z9HA 4X43A 5ECOB 2L6CA 1G7EA 2L5LA 4ISDA 5F8BA 2B3SA 5IO0A 1O8WA 1BX9A 1NM3A 2H01A 2J23A 5CREA 3IR4A 1O81A 3P90A 3ZFBA 1F9MA 5H5QA 2M72A 1UC7A 5D73A 1U3AA 5COHA 2OA7A 2WB9A 3EU4A 3QDNA 2IJYA 1WJKA 1HQOA 2C1YA 3M0FA 1NHYA 2YJHA 1YJ6A 1X9MB 3GURA 5D96A 3HVVA 3H4KA 1OC9B 3VURA 4JRRA 5B6NA 1QFNA 4POMA 1SJIA 1XOBA 1TXXA 2AUVA 5JWQB 1XWCA 4ZL7A 2OBKA 1E2YA 4EDZA 1F3BA 3CMIA 3EMPA 3LORA 3F3RA 3BOAA 3FK8A 5F05A 1MD3A 1SL0B 1HD2A 14GSA 1HNCA 2GTUA 1A24A 1T8EB 1YDKA 3ISOA 1WRYA 4EVMA 4MPFA 2JSZA 4Q5FA 4PQ1A 1MDKA 1GSEA 1S3AA 5ECQB 1DUGA 1THOA 3KIJA 3D4MA 5EPFA 3O3TA 5A4VA 2PPTA 4MMMA 1THXA 3TOUA 2GZPA 2JSYA 2E0QA 3RHBA 4JR6A 2A2RA 2HFDA 1OC8A 3DKSA 5AIXA 1ZMAA 2VIMA 3DVWA 4NV2A 2HZFA 2IMIA 1B4PA 1XWAA 3UJ1A 4MF7A 2CT6A 3CRUA 4YQVA 2F8FA 1UVZA 1EV9A 5DQYA 3TB2A 2P0GA 3TKQA 2P5RA 3GKMA 4GQCA 2DJ0A 2VD0A 3MNGA 2H30A 3HJMA 5CP1A 2X8HA 3ZL5A 4KCEA 3IAS2 1Z7PA 3TGZA 3UAPA 1GUMA 4WEYA 3OR5A 2EIRA 2GSTA 2N5BA 2L6DA 2OE3A 1AIUA 1RQMA 3FR9A 3TRPA 3L0HA 1M2AA 1ON4A 2O8VB 1Q4JA 5DALB 3ZVJA 5EY6A 1Z6MA 4V2NA 1SYXA 2LEGA 1PA3A 2YPMA 5G5EA 9GSSA 2YZUA 3GL5A 1JFUA 2H8LA 4ZL8A 1HNAA 5AISA 5IMFA 5IPGA 1AQWA 3L4NA 2WULA 3UVHA 5DAKA 3ZFLA 4ZB9A 5E4WA 2EC4A 4RQRA 4DEJA 5D9XA 2FA8A 3ZMKA 1TK8B 3DD3A 4OWYA 4TR4A 4IKHA 1XW9A 1BJXA 1ZZYA 2HNLA 2FNOA 2ON5A 4HU7A 2H6XA 3ZIJA 2MMOA 1YZXA 4ZB8A 5C04A 2XBQA 2VAFA 2V6KA 5E59A 2L57A 3VK9A 1EV4A 1LBKA 1KNGA 4ZB6A 3EC3A 4FH8A 1GUHA 3S9FA 4K9ZA 5CRGA 5J3RA 2TRXA 2PBJA 1EZKA 2VLVA 3FYGA 1M7TA 1JZWA 2EIOA 4I97A 5AN1A 5F07A 4KB3A 1G7OA 3EVIA 1VF3A 1TRWA 3TJGA 5ECIB 5AGYA 2YZHA 3LQ7A 1EEJA 4HUAA 2OE0A 1V9WA 11GSA 2XPDA 3KTBA 4IVFA 3CTFA 3IBHA 2C8UA 1U88A 3EURA 2TRCP 3APQA 5JCUA 1TW9A 2RLIA 2YWNA 2R2JA 1YF1A 2KLXA 3TDGA 2GQKA 4NHZA 2VL2C 1OVNA 2CZ2A 2H74A 1X9WB 5HQPA 3AY8A 1X5EA 4P3YB 4XIHA 2N5FA 3VPQA 2G2QA 2KOKA 2QKEA 4XS1A 1JLWA 2AHEA 3GH9A 2CA8A 3CBUA 6GSTA 4TXVA 1N8JA 2PWJA 3L9SA 4GWRA 3C1RA 3IRAA 4WF4A 1X5CA 2DJ1A 3MAKA 4KNDA 3L9VA 2DIZA 4CHSA 1SJZA 4KH7A 4IELA 4ECCA 5KN3A 3ZYWA 2X64A 5DBQA 3VWVA 3VPTA 2FGXA 4NWYA 4POKA 1GTAA 2DLXA 3US3A 1O8XA 2HSYA 1FAAA 2YOIA 1B9YC 2HZEB 4AJ8A 3C73A 2ON7A 3QAWA 1XWGA 4KSOA 12GSA 5F06A 1VF1A 18GSA 4JBBA 2CAIA 2GZYA 4MJCA 4G10A 3F4TA 4GSSA 4QQ7A 4WF5A 3C7MA 1T00A 3GKNA 5HFKA 2K8SA 2L59A 3FHKA 4TR3A 3NZNA 1XCCA 3F8UA 3VWUA 1SU9A 2K6VA 1TP9A 3UL3A 3EWLA 2PMTA 1YKCA 3GIXA 4POBA 5KEJA 2K9FA 1WMJA 3H93A 1BG5A 1GNEA 1YY7A 2DC5A 2YV9A 3I9V2 1RK4A 1GL8A 2DJ2A 3HJOA 1A2MA 3UBKA 4KUNA 2FWEA 3W8JA 1R5PA 2R37A 2AB6A 3EE2A 1GTIA 16GSA 4LL1B 1T1VA 1TK0B 1XVWA 4XS4A 3M1GA 1BAYA 4J2FA 1EP7A 1TK5B 4PURA 3PR8A 3PH9A 1NSWA 2B5XA 3DVXA 4EUYA 3ME7A 4PQHA 1V58A 1PSQA 3I6AA 2ES7A 2PGTA 1S3CA 1K3YA 1TU8A 2F8AA 2P5QA 1A8YA 2WRTA 4DSRA 3MSZA 2HE3A 6GSXA 2C0FA 2IMKA 2GQMA 3UEMA 3ERWA 4HZ2A 2N5AA 1SK2A 3D5JA 4OFTA 1F2EA 4PNFA 3LWAA 1Y6EA 2JZRA 2X99A 4NXIA 4XHMA 2H0GA 4MZCA 2Z9SA 3RBTA 4IGJA 3F0IA 4YQUA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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