5L71A

Crystal structure of mouse phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase 4 (gpx4)
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
DDWRCARSMHEFSAKDIDGHMVCLDKYRGFVCIVTNVASQCGKTDVNYTQLVDLHARYAECGLRILAFPCNQFGRQEPGSNQEIKEFAAGYNVKFDMYSKICVNGDDAHPLWKWMKVQPKGRGMLGNAIKWNFTKFLIDKNGCVVKRYGPMEEPQVIEKDLPCYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal and solution structural studies of mouse phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase 4.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase, mitochond
molecule tags Oxidoreductase
source organism Mus musculus
total genus 60
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 1.11.1.12: Phospholipid-hydroperoxide glutathione peroxidase.
pdb deposition date 2016-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00255 GSHPx Glutathione peroxidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5l71A00
3CRTA 3L0HA 4I6XA 5COHA 1TP9A 2IIYA 4K2DA 2MBSA 2H75A 4EVMA 2CX3A 1O85A 2HSYA 1B9XC 3WYWA 4RUVA 1M99A 1FVKA 1XWGA 3GKMA 4YH2A 1N2AA 1M2BA 3N5OA 5DDLA 3TUEA 2VIMA 1XIYA 1BAYA 2WULA 5D9VA 1GLQA 5KEJA 2K8VA 3TRPA 3CYNA 1NSWA 3F4TA 2YP6A 4L0UA 1IYHA 2REMA 4ID0A 1TRVA 4HU9A 2EIQA 2LNTA 1GULA 3GFKA 2ALBA 4NAXA 2EIOA 2GT5A 3EWLA 4N30A 2RM6A 2YJHA 4EDYA 4EO3A 2PPTA 2H6XA 1MEKA 2DBCA 4TVEA 4ZIJA 1Z9HA 2H74A 1B48A 1SKSB 3TOTA 1A8LA 2LEGA 5KN1A 1TI3A 2C0EA 5GAND 2IN3A 4JRRA 1ZGNA 3VK9A 5JWQB 2FY6A 2L57A 4V2NA 1YY7A 2VUPA 3W8SA 6GSUA 2LV3A 4HJMA 2CVDA 3KTBA 4Q5QA 4EE0A 4OFNA 3D22A 1J08A 2ON7A 2WRTA 2DMLA 5DBQA 2R4VA 1X5DA 1T1VA 5HFGA 2GSSA 1GUKA 2M46A 2IFQB 3CTGA 4ULXA 1G7OA 3P7XA 3ZREA 3HJOA 3ZFBA 4ZBAA 4MDCA 5ID2A 3HJPA 4F2IA 5AGYA 5EL8A 2GLRA 2HFDA 1XVWA 3KM6A 4FYBA 3VWXA 5ECIB 1M0UA 4ZILA 4WR4A 5H5RA 2HRFA 2D2ZA 2QKEA 4TR3A 2NTOA 2K8SA 4MABA 2R2JA 4IKHA 4TR0A 2YOIA 4MLYA 2GTUA 1Z7PA 5IMVA 2C0GA 5IOXA 1OVNA 2L5LA 1QFNA 11GSA 1M7TA 4DSQA 1PGTA 1ZCPA 2H19A 3RPPA 1FW1A 2MMNA 1N8JA 4PQ1A 1SK2A 2BTOT 1J0FA 1PX6A 5FT3A 2GQMA 4MPGA 3GHAA 2H1DA 4F03A 2KP2A 2BJXA 4ML6A 4FO5A 4XIHA 3HA9A 4MH3A 2LNSA 3DMLA 4XS6A 2IJYA 12GSA 3IK7A 1K3LA 4ZBBA 5ECKB 1USBA 2YJ7A 1JFUA 1W4VA 2PU9C 1W89A 3WT1A 4HOJA 1YF1A 3EU3A 4TRXA 4HQZA 3FZ5A 3FKFA 5A4UA 4WF5A 3A5WA 3S9FA 4ILFA 1NM3A 3C1SA 1K0MA 1AC1A 5G1KA 5HR1A 2XBQA 1G6WA 3UBKA 2V6KA 5J9BA 2R37A 3KIJA 1I5GA 3FZ9A 3TRQA 1T7PB 3L9UA 1GNEA 4KGIA 1BQ7A 3ZIVA 4KH7A 3UBLA 5IIZA 5F05A 4KNDA 2IPAA 3Q19A 3IA1A 3IOSA 2VCWA 1K0BA 3KMNA 2LJRA 5DJMA 4QL7A 1YKAA 2PVQA 3HKRA 2PMTA 1SD9A 2M72A 1Z7RA 4GQFA 2YZHA 3CBUA 5CNWA 5G5EA 4TXVA 1U6TA 5IMAA 2RUFA 3QR6A 4JBBA 4ZBDA 5A5KA 1YJ6A 1UC7A 2FLSA 2CT6A 2G2QA 3FEUA 1WE0A 5ABRA 1V9WA 5D9XA 3KMOA 1MD4A 2JSZA 2ZCTA 4N0VA 1WWJA 2A4VA 3DEXA 1TTZA 1PD21 4HUAA 3APQA 3DRNA 4IN0A 4YQVA 4L8EA 3NIVA 2YWOA 3VWWA 4ZL8A 4I5QA 5AISA 1SJ6A 4OCFA 4PQHA 1J9BA 5E59A 1Z5YE 2FWEA 3G7JA 1TDIA 2GT6A 2GSTA 4KSOA 3F6FA 1THOA 2DJ3A 4LLRA 4WXTA 5CREA 1SYRA 1XOAA 2LQOA 3IHQA 1WIKA 3BBYA 1T8EB 5KN2A 1ZMAA 5HR0A 1B9YC 2CX4A 3PGTA 1V98A 2NDOA 2EIRA 4HZ4A 3GURA 4V2MA 2Z9SA 1ML6A 4ZB9A 3IDVA 4ECJA 2HXKA 4MJCA 3QOUA 3RHBA 2I1UA 1ABAA 5IO2A 2JL4A 4GXZA 3W6GA 2FUG2 2JU5A 3G9BA 3RBTA 3Q74A 2CA8A 3DD3A 1V58A 2E2MA 3F8UA 1JHBA 3E9JB 3UOMA 3BJ5A 2VL2C 1VRSD 1XWBA 5ECHB 4IJ3A 4EC0A 3GIXA 3W8JA 2A2RA 2E0QA 5AN1A 4KUNA 4BVYA 4JU5A 2R6KA 2YZUA 4EDZA 3CRUA 4G19A 2X8HA 3QMXA 1TKDB 5G5FA 2OACA 4PUFC 4YQUA 4NMUA 4QQ7A 2WCIA 2I3YA 1VF2A 3TJGA 1AW9A 4I2TA 4KE3A 2IMEA 3GSTA 3D4MA 1SK1A 2HZEA 3V1WA 2LUSA 2GS3A 3H93A 1KNGA 3IK9A 2RUEA 3TKSE 4TN8A 1EWXA 4KCEA 1GRXA 2H0IA 6GSYA 4K1FA 2FGXA 1GTIA 3LORA 4DSSB 2YNXA 3ZL5A 3H1NA 1K0NA 5E4WA 1PQNA 3VURA 2HRNA 3FY7A 3TDGA 1AQXA 2WGRA 1JZRA 3RDWA 2PVOC 4TW5A 2EC4A 4E8EA 1EGOA 4MJBA 5ECMB 3UMAA 4POKA 1O7UA 1R5AA 2FA4A 2WS2A 1U87A 3KP8A 3A3TA 3IR4A 1LBKA 4BVXA 5DALA 1DE1A 2B5YA 1EOGA 2KLXA 3Q6OA 4OO5A 3GKNA 3ZMKA 3QAWA 4IELA 3EC3A 4ZB6A 3ZITA 4OCEA 1GNWA 1GWCA 1KEBA 5DAKA 1GUHA 2DJ2A 1OC9A 1OE7A 1K0CA 5DAKB 1OC9B 3MSZA 3MWHA 1U88A 1VF3A 3CSHA 2F8AA 3U5RE 3EINA 1GSFA 1B4QA 2IMFA 2DMMA 6GSWA 4MA9A 3LG6A 5HR2A 3H4KA 2FNOA 2AB6A 4MCUA 1A2LA 1AQVA 4HU7A 4MF7A 5ENUA 1QK8A 2TIRA 2P31A 1URMA 1OAZA 4ZL9A 2PWJA 3K8NA 2GSQA 2HZFA 1K0OA 2CVBA 2C3TA 4RI6A 1X5EA 3UEMA 3HJMA 2NVLA 20GSA 3GMFA 1XWKA 4DEJA 4TR4A 1V2AA 1F6MC 1GH2A 1BJXA 3GKKA 1TU7A 1ON4A 3ZZXA 1HYUA 1XW6A 4OMVA 4IBPA 3O76A 2L4QA 1XWCA 2C3NA 3QAVA 2I81A 2I4AA 2HI7A 5L71A 1I9DA 1R7HA 1S3CA 2WDUA 2GZPA 4NV5A 1SENA 2C1YA 6GSSA 1K3YA 4K7IA 4LMVA 1R4WA 2PN8A 1NW2A 2WJUA 4XS4A 3RHCA 3D6IA 4XRAA 2CAQA 1AUCA 3CXGA 2OADA 1V40A 3PR8A 5GSSA 3IAS2 5FWGA 3VLNA 2IMKA 1QGVA 2X8GA 4N0ZA 1TK5B 2X8CA 4EKZA 3ME7A 1VF4A 5IQYA 3ERWA 3C71A 2YWMA 5H5SA 2GZZA 3I69A 2TRXA 2GQKA 4WBJA 4RQRA 1YQ1A 1FB6A 1TOFA 2M80A 2YWNA 4O92A 2E7PA 3P8WA 3OR5A 4O32A 3FHKA 1A0FA 4ZB8A 1NHOA 2OBIA 5CRHA 1G0TA 2CVKA 4POLA 3HVXA 1A0RP 16GSA 1ZYQB 5D96A 5CRWA 1ZOFA 4AF2A 4PUAA 1AAZA 1JLVA 4OO4A 4EL1A 2B1KA 3ISOA 3LXZA 4HQSA 3HZ4A 3VWVA 4GLTA 1A2MA 6GSVA 3KJYA 3DVWA 3ZIJA 4F9ZA 3WGDA 3ED3A 5ID2B 2RM5A 2KUCA 3KXOA 4V2LA 4MMMA 3A2VA 4ACSA 17GSA 3LQ7A 1O8WA 5DCHA 3ZTLA 1PRXA 2FCHA 5IO0A 4MJAA 1LU4A 5IMZA 3KCMA 3D21A 3I43A 4JE1A 1ERWA 2FD3A 3KGKA 2QSIA 1DE2A 2KP1A 3M1GA 4KA0A 5DVBA 3EURA 1R5PA 2ZNMA 1A2JA 3G7YA 3DIEA 3E0UA 4X0XA 2O8VB 5IPGA 1PX7A 4IJIA 4V1Ag 1YEXA 1OKTA 3HY2A 2F51A 4XTSA 2OE0A 3IRAA 1ACVA 2B5XA 5GSTA 3ERFA 5CYYA 1SKWB 3BD2A 1X5CA 3QCPA 2L6DA 3TJFA 1M2AA 4POBA 4PQIA 1TU8A 3GTUA 5C04A 18GSA 3KD0A 1YEPA 5EY6A 4KDXA 1Z6NA 1FVJA 3J7Yk 2VL9A 4QL9A 2FWHA 4NV2A 1QMVA 4OFMA 4FIWA 3FK8A 4HJ2A 5D93A 3PH9A 3TKPA 5HR3A 3TKSC 1PSQA 2P0GA 3PINA 2J23A 1M9BA 1X9SB 4WR5A 5C00A 5CP1A 1ERTA 2O85A 2QGVA 3GYKA 1VGLA 5F07A 3UJ1A 4PXOA 3EVIA 2FA8A 1EOHA 2DC5A 4BWSA 4TKYA 2VLVA 1GSUA 2N5AA 2ZUPA 4HEA2 3FYGA 4TR1A 4GCIA 4JEDA 4GQCA 1FG4A 2G0FA 4J56E 1BEDA 4WBRD 2H0HA 1QXHA 3GL3A 3GKXA 1TK0B 5ECOB 2ES7A 2H73A 4MZBA 1O81A 2C0DA 3C7MA 1JZWA 1F2EA 3M9KA 2NBSA 1ZYEA 3KP9A 4NHWA 4K8MA 1OYJA 5ECPB 1WRYA 1XVQA 1U3IA 4XHMA 5G2ZA 3DYRA 2YCDA 3TB2A 2YV9A 2LJAA 3HD5A 4LL1B 4KAEA 2MZCA 4F82A 1ZL9A 7GSSA 2HSHA 1RQMA 1Y6EA 5JCUA 3GN3A 2VD0A 1GP1A 4G10A 4DSRA 4G9HA 5A4VA 3FZAA 1MD3A 2TRCP 2IMDA 3VPTA 2F3MA 2VM2A 3KTLA 4AJ8A 2WB9A 2DJKA 1MDJA 1B8XA 3N9JA 5EVOA 1K3OA 1PA3A 4K9ZA 1CQGA 1FB0A 1XBSA 5B8BA 2H1BA 4GSSA 3F6DA 3LXTA 2B1LA 3EMXA 1S3AA 1SYXA 3QFBC 1ERUA 1O8XA 4MF6A 2CZ2A 2FWFA 3ZLPA 2MBTA 2R3XA 3CSJA 4WKWA 1GSSA 5F0GA 1EP7A 2LQQA 4Z7XA 3FRCA 4GTUA 4I97A 4KW6A 1ILOA 1E2YA 4WEYA 1EEMA 2AHEA 2AUVA 2N5FA 4KDUA 2LRCA 3HHVA 2JZTA 2C3QA 3GUSA 4JZQA 4OWYA 1F37A 2H6ZA 4I2UA 2V2GA 4KB3A 5D9TA 5G30A 4F0BA 1GSEA 2JACA 2L5OA 4ISDA 4XS1A 4AJ6A 5JCGA 5ECLB 3TJBA 3TJKA 2VL3A 1KTEA 2VL2A 1XW5A 3CSIA 4ZL7A 2VLUA 1EZKA 4L0WA 2IMIA 1H4OA 1HQOA 1T4YA 1XWAA 3LFLA 4K0GA 2HZEB 2F8FA 3TRXA 1X0RA 1SD8A 3UVHA 2KOKA 3M0FA 2PUKC 2OJLA 2F9SA 1DUGA 3L4NA 4NXIA 2DJ0A 5CRGA 4H86A 3MDKA 2VD1A 3HVSA 4POMA 1MDKA 2JSYA 3KZQA 1PMTA 19GSA 3DVXA 2H1GA 3MNGA 1BG5A 2B3SA 4O7HA 5J5NA 4D73A 2OKAA 4NWYA 1RW1A 3FR9A 5DJLA 2HNLA 5A4WA 4HI7A 5D9WA 5DALB 3IPZA 3LSZA 5LCZA 4KSMA 2DIYA 4TOPA 2P5QA 1ERVA 1OC8A 4Q5FA 3EU4A 2H30A 2B7JA 2VCQA 1AIUA 3FW2A 4IQ1A 3I9V2 1O73A 4XCSA 3EE2A 4CDOA 1TXXA 4MP4A 5AIXA 2C8UA 2LJKA 1K0AA 4GSNA 3U6VA 1SJIA 2JZSA 2HLSA 2YWIA 1FHEA 3EYTA 3H8QA 1C72A 2CZ3A 5IMDA 4HS1A 4YAVA 1B4PA 5HFIA 1GTBA 3F9UA 2LTKA 4J2FA 1GSQA 5ECNB 3A2XA 1YKCA 3GSSA 2B7KA 2CAIA 6GSTA 2GDRA 3DKSA 1WMJA 2VAFA 1SK0A 3LGCA 5CRDA 4FH8A 3HDCA 2AV4A 1HNBA 3VFIA 1DBYA 3UARA 3ZVJD 1E6BA 1SL1B 1EGRA 4XS4B 2E2GA 3UL3A 4KDYA 4ML1A 2OBKA 1MTCA 3GH9A 1F3BA 3UVTA 3IBHA 1HD2A 3LEFA 5CO3A 3IV4A 3GNJA 3WGXA 1UA5A 2H01A 3QAGA 4IS0A 2AJQB 2K6VA 1G7EA 3P90A 9GSSA 3FR3A 2XC2A 3M3MA 2LSTA 5JWOB 2LRTA 3HZ8A 3VPQA 1R26A 4YQMA 3UAPA 4RQXA 4Q5RA 2AYTA 1GL8A 22GSA 1TW9A 4BL7A 2B5EA 2H0GA 1XPVA 2VCXA 3G7IA 4N11A 3DXBA 1XFLA 2NPBA 3TKQA 1JLWA 2YPMA 4E8HA 4EUYA 1VF1A 3IE3A 1O6JA 1LJRA 1GUMA 1HNCA 3Q18A 1SL2B 2CV4A 3HCZA 2GZYA 2P5RA 3O6TA 3F4RA 5AIVA 4AJ7A 2IFQA 4JR6A 5KN0A 1A8YA 3ERGA 4J57E 3GL5A 1Q98A 2MMOA 2DSAA 3BOAA 10GSA 5DQSA 1ST9A 2IL3A 1T4ZA 4HDEA 14GSA 4V1Ap 5ECRB 3WGEA 4ECIA 4IVFA 4AGSA 1BX9A 2GSRA 2KHPA 2B6MA 3L9SA 3GV1A 3UIWA 4EF0A 2H66A 4IW9A 1GTAA 2IWTA 2OE3A 3GRXA 3CMIA 1YF0A 4BWQA 5B7CA 5IM9A 1PL2A 3F0IA 1QUWA 4X1UA 3HXSA 2CQ9A 4Q5NA 5KN3A 5DCGA 2JZRA 4L5LA 2C4JA 4G2EA 2O89A 1S3DA 3KH9A 4PGTA 3F63A 1ZZYA 13GSA 2H72A 3VWUA 4WETA 5HQPA 2LS5A 3GTUB 3C8EA 2XPDA 4KX4A 4MPFA 1EP8A 5IOWA 3QPMA 4BPYA 1F9MA 2DIZA 4L5OA 2MMZA 5D73A 4K7NA 4K7OA 5GAPD 4O5RA 4CHSA 4CW9A 4LA1A 2HE3A 1CQHA 2HT9A 2L6CA 5J41A 2FHEA 1JZDA 5ELAA 4ECCA 2PGTA 2GQLA 1PKWA 1OE8A 5ECQB 1GSYA 2H8LA 3ZFLA 1M9AA 2H6YA 1DSBA 3FZ4A 1TI1A 3LYKA 1G6YA 3IC4A 1WOUA 2H76A 3TKSA 1BYEA 2O7KA 3ME8A 1H75A 4IQAA 3GX8A 4JR4A 2XPEA 2C0FA 1Y25A 3HVVA 2K9FA 4TR1B 3DWVA 3M9JA 1X9MB 5INYA 3TJJA 4P3YB 1MDIA 3A2WA 5IMCA 4MF5A 2R5GA 4GWRA 4MJEA 4F0CA 5IPHA 5J4UA 2AAWA 4DVCA 3CTFA 2ON5A 1A23A 3O3TA 3FR6A 2VM1A 1NHYA 2YV7A 3APOA 4PX1A 5G1LA 3SBCA 4YAPA 2H70A 1UVZA 3IXRA 8GSSA 4EXJA 1TRUA 1EEJA 2H1AA 1IYIA 2FWGA 5ELGA 2J9HA 2RLIA 3LJRA 1RK4A 2VO4A 4NPBA 3F3QA 4IP6A 3LYPA 4ZXGA 1X9WB 2L59A 1FOVA 2N5BA 2XHFA 1AXDA 1AQWA 3APSA 1GSDA 3H79A 1UN2A 3C73A 2QC7A 1T3BA 2DJJA 3ZVJA 1Z3EA 3P2AA 3BCKA 3QDNA 4BA7A 1HNAA 5LNKe 4I8BA 2K18A 2LKUA 1V57A 4FYUA 3C1RA 3GA4A 5B6NA 2WZ9A 2X99A 3L9VA 4K0NA 1WPIA 6GSXA 1YZXA 4MZCA 4LL4B 2GGTA 4MZWA 1QQ2A 1Z6MA 2V6OA 3AY8A 1XXUA 5J3RA 2X64A 4FYCA 1XZOA 2VLTA 4X43A 3US3A 3NZNA 5ECSA 3GH6A 5LD0A 3NOFA 1XOBA 2V1MA 2V41A 3TGZA 4XRDA 3E3EA 1WP0A 2BMXA 2L4CA 5B8AA 3KH7A 4KCAA 1SU9A 1SJZA 1U3AA 3L78A 2MYGA 3RAZA 3QD9A 3LWAA 2YN1A 4GSTA 2DLXA 1K0DA 1KBNA 4K6XA 1F3AA 1TJDA 3RPNA 4NHZA 3JCML 1SKRB 2V32A 2OA7A 4IP1A 1TRWA 3BCIA 5J9CA 4OD7A 3D0ZA 4IGJA 5F8BA 2WFCA 4WF4A 1A24A 5JWRB 2JADA 1FO5A 1TRSA 1T00A 1EV9A 5B6MA 5GZZB 5D8IA 2PBJA 3D4TA 3R2QA 1FAAA 2VOCA 1Q4JA 5FHIA 2RIIA 1PL1A 4HZ2A 3M8NA 2O87A 2A2SA 1XW9A 2YANA 3TCOA 1SL0B 4MK3A 5G31A 1XCCA 5CAXA 3VI7A 2DJ1A 2MMAA 2LRNA 5IMFA 3I6AA 5DQYA 4GRFA 2XBIA 1OC3A 1PKZA 3WT2A 2VCZA 3TOUA 4PURA 5F06A 1EV4A 1PN9A 4MH2A 4PNGA 4DSSA 4D73B 3ZYWA 4N10A 1YDKA 5JCWA 1WJKA 2OE1A 4LMWA 3IAM2 2PERA 3EMPA 3TKRA 1GTUA 2GVPA 2VCVA 3J7Yb 3KEBA 3SWLA 1THXA 3HYPA 2C80A 4IHUA 4OFTA 3DGQA 3F3RA 3D5JA 3WD6A 2HYXA 1M2DA 2VCTA 3GX0A 3VI5A 1OKDA 3QFAC 4GF0A 4TXOA 3MAKA 3F4SA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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