5B8AA

Crystal structure of oxidized chimeric ecahpc1-186-yfskhn
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
168
structure length
168
Chain Sequence
MSLINTKIKPFKNQAFKNGEFIEITEKDTEGRWSVFFFYPADFTFVCPTELGDVADHYEELQKLGVDVYAVSTDTHFTHKAWHSSSETIAKIKYAMIGDPTGALTRNFDNMREDEGLADRATFVVDPQGIIQAIEVTAEGIGRDASDLLRKIKAAQYVASHPGEVCPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Transition steps in peroxide reduction and a molecular switch for peroxide robustness of prokaryotic peroxiredoxins.
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli (strain k12)
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
total genus 47
structure length 168
sequence length 168
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2016-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5b8aA00
3IK7A 5DDLA 5LD0A 4HJMA 4FYBA 2LV3A 5D96A 1FB6A 2H1BA 4RI7A 4LMVA 1PMTA 3EYTA 2OA7A 1U88A 4POLA 1F9MA 3E0UA 5GZZB 2ZNMA 2LSTA 1T7PB 4YH2A 1VF1A 4MABA 3L9UA 1ST9A 2H1GA 1H4OA 1GNWA 3QR6A 2V32A 4OFNA 1XW9A 4K1FA 4GQFA 2V41A 1JZOA 3VI7A 1FOVA 1V57A 3DIEA 4KUNA 2VL2A 3VURA 4HQZA 5IPGA 3HDCA 2XC2A 2EIOA 5AIVA 2B5XA 3DD3A 3D22A 1JLWA 2C3QA 4ECIA 2PWJA 5ECNB 2HE3A 3UEMA 3GKMA 2C8UA 2H19A 3ISOA 4JU5A 2HYXA 1OE7A 4PNGA 1AUCA 3K8NA 2B7KA 3LQ7A 1SK2A 3VPQA 5HFIA 1ML6A 2AAWA 2X8HA 3A2VA 1FVJA 3IE3A 2H6ZA 2YWNA 3GKXA 1G7EA 4WEYA 4GCIA 1XW5A 2DIYA 3C1RA 3KXOA 4EL1A 4BPYA 4DSRA 3F3RA 4POKA 4YQUA 1T8EB 3QFAC 3TOUA 6GSUA 2CVDA 4IJIA 4IP1A 3M8NA 1GTIA 2L5LA 1X5CA 3HKRA 1HNCA 3VWUA 2HT9A 2YWIA 1TU7A 2YCDA 3APQA 4TR4A 2CAIA 3EC3A 5EPFA 4TXVA 4F03A 3L9SA 1WP0A 2NBSA 3GL5A 1I9DA 4KDUA 3RBTA 3EVIA 2EIQA 3TRQA 4V1Ag 1A2JA 4IVFA 3HJPA 4WXTA 2AYTA 3KMOA 3BCKA 1SKSB 3ZIJA 4K6XA 1XWGA 1A23A 5DJLA 5A5KA 5ECQB 4N10A 5JCWA 6GSSA 3Q19A 3ME8A 2A2RA 2YANA 5GSTA 1SJIA 2FA4A 5G31A 3EMXA 2VCXA 5J5NA 4EF0A 1Q98A 4HS1A 3TJJA 1ILOA 1OAZA 4I6XA 3ZRDA 3HD5A 3VLNA 3KJYA 1IYHA 3LG6A 2REMA 1TP9A 3M3MA 4FYCA 3IV4A 4L5LA 5KEJA 5AN1A 4DSSB 2B3SA 2I81A 2VD1A 1PL1A 3IAM2 3WT2A 2YZHA 3F4TA 1BG5A 2K6VA 4EDZA 2PERA 2F8FA 2WS2A 2XPEA 2M46A 3GKKA 1K0NA 4J57E 1ERVA 1RK4A 1UVZA 3E9JB 4PQHA 5AGYA 3ZIVA 3VWWA 2OBKA 1KTEA 1FG4A 1GH2A 5IPHA 1M7TA 2LQOA 5A4WA 4QL7A 2M72A 3HXSA 3TKRA 1Z3EA 3L78A 3LXTA 5IOXA 4OO5A 3F6FA 4MJBA 4BVXA 3D6IA 4K7OA 3QDNA 5B8AA 1W4VA 4LLRA 1N2AA 2P5RA 3KMNA 2R4VA 1PSQA 1WWJA 19GSA 2R37A 2L4QA 4YAVA 2IMKA 3GURA 5EVOA 3QAWA 2BJXA 2FA8A 5ECOB 1XOBA 1MTCA 1PX7A 3A3TA 1BYEA 1EP8A 5CO3A 4YQVA 3IPZA 3CXGA 4XHMA 4I2TA 5ABRA 1EV4A 4HI7A 3H93A 4KCAA 2GGTA 2N5BA 1OC3A 2H30A 4LA1A 1PQNA 1JFUA 1UA5A 3TJGA 3VWVA 1FVKA 2GVPA 3EU4A 3D5JA 1G0TA 4Q5RA 5IM9A 2XBIA 5H5QA 3GSSA 2PVOC 3FW2A 2EIRA 1B9XC 2OADA 4MZBA 1T4ZA 1Z9HA 2I4AA 5IOWA 4ECCA 3DEXA 2VM1A 2HZEA 2C0GA 1FB0A 2AJQB 3FZAA 1TK5B 1YF1A 4HZ4A 3GYKA 3I6AA 2VCZA 1X5EA 1YF0A 3L0HA 2N5FA 1WIKA 3RHCA 3CSIA 5ECHB 3WGXA 3GMFA 1ERWA 1TI3A 4JBBA 2VL2C 3MDKA 4ZL9A 2E2MA 1XCCA 6GSTA 3BCIA 3IK9A 5ECKB 2RM5A 3QCPA 1ERTA 4K2DA 3UARA 1BQ7A 2H76A 3IXRA 1ZMAA 3G9BA 5DALB 2F9SA 2FGXA 1NSWA 1F6MC 2B5EA 2L6DA 4AJ7A 5KN3A 3DWVA 4WKWA 4KNDA 2RLIA 2VO4A 18GSA 3D0ZA 1YZXA 1PKZA 2MYGA 1GTBA 5L71A 1V98A 4J2FA 1PX6A 4IJ3A 1EWXA 4TR3A 3GUSA 2YWOA 5COHA 3VK9A 4LMWA 2H75A 3FZ5A 2IMDA 3UIWA 2AUVA 5F06A 5B7CA 4DEJA 2V6KA 1X9SB 3AY8A 5ECPB 4GSTA 3P2AA 1XWKA 3QFBC 3ZL5A 4EKZA 5CAXA 5E4WA 1Y6EA 5INYA 2LS5A 3P7XA 2C1YA 1TXXA 1USBA 1Z6NA 4IW9A 4PGTA 2V2GA 3TKSA 5KN0A 3EURA 4MJAA 3W6GA 1U3IA 3C71A 3HZ8A 1TRSA 4HJ2A 3UL3A 4O32A 2L5OA 2OACA 1OYJA 1PA3A 3TKSE 4MF6A 1OKDA 5CYYA 2RUEA 3C8EA 5IMAA 4MDCA 1O8XA 3HJOA 4MPGA 3N5OA 4EXJA 1N8JA 2H01A 1ZYQB 2WFCA 4GF0A 1MEKA 1R4WA 2PPTA 2IPAA 2RM6A 1F2EA 1K3OA 1K3YA 3Q6OA 1IYIA 1GLQA 2MBSA 1W89A 5IMCA 1B4QA 1T4YA 1E2YA 1SYRA 4ZB9A 4TKYA 2G2QA 2YV9A 2FWEA 2BTOT 5CRHA 4F82A 4X0XA 5J4UA 12GSA 1M2BA 3KZQA 5ID2B 4HQSA 2V6OA 4DVCA 4OWYA 1T00A 2FWGA 2ALBA 4MZCA 5DVBA 5JWRB 5HFGA 4MJEA 4JR4A 4QQ7A 3ZMKA 1JZWA 1GSFA 2WJUA 5HFKA 4O5RA 1DUGA 2LNSA 1HQOA 2Z9SA 3HVXA 2AV4A 2YPMA 16GSA 3QMXA 5G2ZA 1TK8B 4PX1A 4XS4A 4KB3A 3G7JA 3HHVA 2FD3A 5DJMA 4XRAA 2NPBA 2MZCA 3VI5A 2VCQA 2F8AA 1NHOA 1GSUA 3WT1A 2L4CA 1O8WA 2VL9A 3A2XA 4PQIA 5DQSA 5D9WA 2GT5A 5EL8A 1HNBA 9GSSA 2DJ2A 2O87A 4WF5A 2GDRA 2NDOA 5HR2A 1DSBA 6GSXA 3D21A 2MMOA 1BJXA 3Q74A 1K3LA 1XPVA 4WR5A 3PINA 1TOFA 2WGRA 1V58A 4HDEA 2VCVA 2I9HA 3KP8A 2QC7A 3M9KA 2OKAA 2LJKA 1QMVA 3U6VA 4XTSA 1YKAA 3R2QA 3DMLA 1NM3A 1E6BA 2IMFA 5JWOB 4YQMA 1XWAA 13GSA 2IFQA 5C00A 4ECBA 2JADA 10GSA 1R7HA 2VUPA 1NHYA 1TI1A 1GUHA 1M9BA 4IKHA 1RW1A 5IMDA 4KE3A 1ON4A 2XBQA 1GWCA 1NW2A 1EP7A 3C7MA 1F37A 5HR3A 4ZB6A 3LJRA 5D9TA 5ELAA 1AIUA 2FLSA 3UMAA 4IP6A 5C04A 1FAAA 3EINA 2H70A 3M1GA 3LXZA 1SYXA 3SBCA 2L6CA 1TDIA 4E8EA 5DBQA 2LJRA 4N30A 1VRSD 3ME7A 3EE2A 3TDGA 4D73A 2OE3A 3CSJA 2HLSA 3MAKA 2F3MA 3VPTA 2VLUA 4I97A 4V2LA 3KCMA 1X5DA 1AQVA 1GTUA 2OE0A 1TU8A 1F3AA 5LCZA 2LJAA 3DVXA 2FCHA 2KP2A 3GA4A 4TRXA 2R2JA 1G6YA 4L8EA 2IWTA 3CYNA 5FWGA 4MF7A 1SJ6A 5IO0A 2C0EA 4ISDA 4LL1B 3WD6A 4OD7A 3HZ4A 1Z5YE 3GNJA 4JEDA 4IELA 4PQ1A 1A2MA 3OR5A 3IDVA 3QAVA 2CA8A 3N9JA 1QXHA 2KLXA 1G7OA 11GSA 4ZIJA 4D73B 3PGTA 4ML1A 2HXKA 3IC4A 5DCGA 2JSYA 1XWCA 1U87A 2X64A 2LNTA 3GFKA 1AC1A 2LRNA 5JCGA 4GSSA 1EOGA 1WPIA 2GSSA 1OC9A 2LTKA 1MD4A 2MMZA 4I5QA 4IQ1A 5GAND 4X43A 4MJCA 4WBRD 5A4UA 2YWMA 4HEA2 2FY6A 2H8LA 5ELGA 4NXIA 1M0UA 1YEPA 3KH7A 2JZRA 4OO4A 2WRTA 4XS1A 1EGRA 5D93A 3TKSC 1X9WB 3M0FA 3MSZA 1R5AA 4GWRA 4MA9A 3CRUA 1AXDA 4E8HA 2K9FA 4V2MA 1EV9A 2HRNA 2IN3A 1R26A 2JL4A 1OC9B 4ULXA 2XHFA 3SWLA 5HQPA 2DC5A 2RIIA 1MD3A 2B1KA 2CAQA 1U3AA 1ZCPA 2YN1A 2L57A 1SJZA 4JE1A 2VLTA 1KBNA 3LORA 2M80A 1TW9A 2P0GA 1GL8A 2ZUPA 3ZITA 2WB9A 4JR6A 1MDJA 2H0GA 2PBJA 4GTUA 3IRAA 3UBKA 4HUAA 3GHAA 3D4TA 3TCOA 4TN8A 1TK0B 3TOTA 4FIWA 2IMIA 2GTUA 1VF2A 3LEFA 3CTGA 4G2EA 2TIRA 3NZNA 1G6WA 2DIZA 1M99A 2DJKA 1T3BA 5KN2A 3FK8A 1EEMA 3GX8A 2HSYA 1QK8A 3IR4A 2DSAA 2GQMA 5D9VA 4MH2A 3TRXA 2DJJA 1VF4A 3O76A 4AJ6A 2HNLA 2JZSA 3VFIA 4Q5QA 4ZB8A 1WOUA 3FYGA 4Q5NA 4WBJA 1C72A 4KAEA 1GSYA 3F8UA 4BL7A 5IIZA 1YKCA 2YZUA 5CRGA 4EVMA 2YNXA 3EMPA 2R6KA 4CDOA 1A8LA 5IQYA 1GSDA 4CHSA 1GUMA 1TRWA 4F2IA 1GP1A 5LNKe 1GSSA 4GXZA 4KGIA 1JZDA 3UBLA 3TB2A 2AHEA 4IN0A 1YY7A 4ZILA 4F0BA 2EC4A 2XPDA 1YEXA 1Y25A 5KN1A 1FW1A 4KCEA 5B6MA 4K7NA 2GZZA 4O92A 4OFMA 5CP1A 2HZEB 4PNFA 2CV4A 2LKUA 3H79A 3ZVJA 3P8WA 1B48A 3ZVJD 3DRNA 1THXA 3F4RA 1LJRA 3ERFA 1HD2A 2WCIA 1F3BA 2GZYA 1ERUA 1J9BA 1OC8A 4K0GA 3APSA 2QKEA 3O6TA 3U5RE 5H5SA 1TRUA 2QSIA 3NOFA 1PGTA 1Z7RA 3CTFA 5ECMB 2VCWA 1B4PA 3J7Yb 2ES7A 3IBHA 3JCML 1J0FA 5J9BA 2CZ3A 5JWQB 2CX3A 1JLVA 3LFLA 1DE2A 4EC0A 1R5PA 3DXBA 4NV5A 2PUKC 3V1WA 4ILFA 3QD9A 4WETA 5G30A 1X9MB 4HU7A 3GSTA 1CQHA 3WGEA 1A0FA 4FYUA 3FEUA 4BA7A 5E59A 4JRRA 1VF3A 4NWYA 1PD21 2GLRA 2LRCA 4N0VA 1AW9A 3CSHA 3ZLPA 3WGDA 2CZ2A 4TOPA 3UJ1A 4L5OA 2YJ7A 1AQXA 2VD0A 1KNGA 3A5WA 1V2AA 2DJ0A 2ON5A 4AF2A 1A24A 3RAZA 2IMEA 4L0UA 2VOCA 2JZTA 1TTZA 3FKFA 3GKNA 3CMIA 5CRDA 2WZ9A 3G7YA 1O81A 2B7JA 4ZBDA 1SK1A 2OBIA 3HY2A 2KOKA 6GSYA 2DMLA 4IBPA 3F3QA 1ACVA 1EEJA 3Q18A 1PL2A 4XCSA 1K0DA 1M2DA 2H74A 3VWXA 3I43A 1V9WA 1XFLA 3ED3A 1HNAA 3F9UA 3D4MA 3UOMA 1XVQA 1YDKA 4Z7XA 2KP1A 4PUFC 5B6NA 1VGLA 3CRTA 5AIXA 4ML6A 1S3CA 3ZREA 5F0GA 4K9ZA 2YP6A 4HU9A 2GZPA 2CVKA 4RQXA 3DYRA 2OJLA 2A4VA 2H71A 2X8CA 2QGVA 5DAKA 4AJ8A 4TXOA 2F51A 1XWBA 5ECIB 5ENUA 2HZFA 3UVTA 3KP9A 4IS0A 2GS3A 3ZZXA 4ECJA 1LBKA 2GQKA 3TJBA 4NV2A 1SD8A 3GV1A 2HSHA 3LGCA 5IMFA 3ERGA 2RUFA 4MZWA 3HA9A 4XS4B 1MDKA 2B6MA 4L0WA 2HRFA 3DVWA 2WDUA 4RUVA 2MBTA 5IMVA 2WULA 1GNEA 2FHEA 4TVEA 5DAKB 4TXOB 3DGQA 1URMA 3US3A 2PGTA 1ZL9A 2FNOA 3KTBA 5G1LA 4MMMA 1Z7PA 5FHIA 5ECLB 1ZYEA 4IQAA 5GSSA 1TRVA 1SL0B 1SL2B 1O73A 1SL1B 1T1VA 2JSZA 3F63A 5G5EA 1BEDA 4NAXA 3ZMLA 3ZFLA 4V1Ap 2VIMA 1I5GA 2E0QA 1BX9A 3J7Yk 4POBA 4EDYA 4ZL8A 1K0CA 4RQRA 1WJKA 3KIJA 4F9ZA 3FZ4A 4WR4A 5H5RA 4I2UA 3C73A 2PMTA 5CNWA 2IFQB 3C1SA 3W8JA 5FT3A 1CQGA 2H1AA 2DMMA 4NPBA 2H6YA 4KSOA 3RHBA 3TJKA 3QPMA 1Z6MA 1OE8A 5GAPD 5HR0A 1RQMA 4HOJA 3FRCA 2DBCA 2DLXA 4MLYA 4J56E 1FHEA 3H4KA 1PKWA 2IJYA 4K7IA 3UVHA 1THOA 3GRXA 5AISA 2H73A 5CRWA 4KDYA 4KA0A 3S9FA 6GSWA 5F05A 2G0FA 3H8QA 2OE1A 1A0RP 2K8SA 2MMAA 4DSSA 3IHQA 1QQ2A 3TKPA 1ZOFA 3HVVA 1AAZA 2B5YA 17GSA 1A8YA 1FO5A 5D8IA 4I8BA 1OVNA 4KX4A 3LSZA 2O7KA 3TJFA 3BOAA 2JU5A 4P3YB 1YQ1A 2TRXA 2B1LA 4YAPA 3ZFBA 1XBSA 4IGJA 2E7PA 3TGZA 2KUCA 4PURA 3ERWA 2CQ9A 4POMA 3F4SA 2PVQA 3RPPA 5B8BA 1JHBA 22GSA 2CT6A 3NIVA 1DE1A 3F0IA 4KSMA 5J41A 1XVWA 4BWQA 1YJ6A 2ZCTA 4OCEA 3M9JA 4LL4B 4K0NA 1ZGNA 3QOUA 4GSNA 2HI7A 1K0OA 3IAS2 5DCHA 1EOHA 2YV7A 2VAFA 2FWFA 3KEBA 3GTUA 3KM6A 1LU4A 3DKSA 1GUKA 5ECSA 4BWSA 2I1UA 4MK3A 3ZTLA 5D9XA 2VM2A 1SD9A 1Q4JA 1O85A 1K0AA 4NHZA 1UN2A 1WMJA 2GSRA 3G7IA 5J9CA 3GX0A 2YOIA 4OMVA 2TRCP 2GSQA 3TUEA 5HR1A 4KH7A 3WYWA 1X0RA 4G9HA 3GTUB 1XOAA 2AB6A 3FR3A 3HJMA 1GULA 1XIYA 3I69A 1MDIA 1QUWA 1SKWB 3FR9A 1QGVA 1GSQA 3GN3A 3PR8A 2I3YA 3E3EA 2O89A 2CVBA 4XIHA 1EGOA 3IA1A 4MH3A 2X99A 4ACSA 1U6TA 4EUYA 2C4JA 3LYKA 3KTLA 4TW5A 20GSA 4CW9A 2BMXA 2V1MA 2H0IA 4K8MA 1XZOA 3A2WA 4MCUA 2H72A 1TJDA 3LWAA 5J3RA 2HFDA 3HVSA 3QAGA 5DALA 2C0DA 2D2ZA 1ZZYA 4TR1A 4BVYA 1GSEA 2C0FA 1GRXA 3GH9A 1B8XA 1XXUA 5G5FA 3APOA 2KHPA 4F0CA 4FH8A 3LYPA 4TR0A 4FO5A 1DBYA 2PN8A 4O7HA 1KEBA 2IIYA 2A2SA 2O85A 1PN9A 3HCZA 8GSSA 4G10A 2K8VA 3KH9A 3I9V2 2X8GA 4N0ZA 4KDXA 2DJ1A 4MPFA 2GQLA 3FHKA 4PXOA 4GRFA 2H66A 3L4NA 3BJ5A 4MF5A 2H6XA 1S3AA 1JZRA 4TR1B 2O8VB 4RI6A 2C3TA 2GSTA 3MNGA 3P90A 2C3NA 2LRTA 2R5GA 4EE0A 3HYPA 1GLPA 2L59A 1UC7A 2YJHA 2R3XA 1J08A 1V40A 1O7UA 2P5QA 1M2AA 1K0MA 3KGKA 3H1NA 2NVLA 4X1UA 2MMNA 3EU3A 3TRPA 3L9VA 2DJ3A 1QFNA 2J9HA 1AQWA 4G19A 2J23A 5D73A 4ID0A 3BBYA 1TKDB 2IL3A 5IMZA 3W8SA 5A4VA 5IO2A 2LEGA 2CX4A 2GT6A 3GH6A 3MWHA 4NMUA 4PUAA 5ECRB 1H75A 3O3TA 2VL3A 1M9AA 4GLTA 4KW6A 3BD2A 2JACA 1WE0A 4OFTA 2N5AA 2VCTA 3IOSA 1SKRB 4DSQA 4N11A 1GTAA 4JZQA 1EZKA 1SK0A 3GL3A 4MP4A 3ZYWA 1ABAA 5ID2A 1XW6A 1A2LA 3TKQA 1OKTA 5EY6A 2P31A 2H0HA 2ON7A 4AGSA 4XRDA 2C80A 4H86A 4XS6A 3KD0A 4V2NA 5F8BA 4ZBBA 1WRYA 2H1DA 5F07A 1S3DA 2PU9C 1K0BA 3EWLA 2VLVA 4IHUA 1O6JA 3FR6A 1SENA 2FUG2 3RDWA 1PRXA 4EO3A 4OCFA 7GSSA 5CREA 5DQYA 2FWHA 4ZXGA 3FY7A 4NHWA 3FZ9A 4QL9A 3CBUA 1BAYA 3F6DA 2E2GA 4ZL7A 14GSA 2LQQA 2NTOA 2K18A 5G1KA 3GIXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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