5B8BA

Crystal structure of reduced chimeric e.coli ahpc1-186-yfskhn
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
MSLINTKIKPFKNQAFKNGEFIEITEKDTEGRWSVFFFYPADFTFVCPTELGDVADHYEELQKLGVDVYAVSTDTHFTHKAWHSSSETIAKIKYAMIGDPTGALTRNFDNMREDEGLADRATFVVDPQGIIQAIEVTAEGIGRDASDLLRKIKAAQYVASHPGEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Transition steps in peroxide reduction and a molecular switch for peroxide robustness of prokaryotic peroxiredoxins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli (strain k12)
total genus 48
structure length 165
sequence length 165
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2016-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5b8bA00
3J7Yb 3DWVA 11GSA 3PINA 2X8HA 3ZFBA 1ERUA 1FVJA 2MMZA 1ILOA 3D5JA 4OFTA 5GZZB 1TRSA 3MDKA 1FG4A 2C8UA 4IQAA 1YZXA 4HUAA 5C04A 3F8UA 5D9TA 5ECIB 2R6KA 3VI5A 2AAWA 2IMEA 3TKSE 3ZMKA 1BG5A 1KBNA 1EGOA 4BPYA 1HD2A 1TU8A 3C1RA 3TKQA 2E7PA 5J4UA 4DSSB 1VF3A 3D0ZA 1K3LA 3Q74A 3M0FA 2O87A 2DJJA 1O85A 3GFKA 5ECLB 2MZCA 3GA4A 1AIUA 3DKSA 1MDIA 4HZ2A 4ZBDA 2LJKA 1TK8B 4RI6A 1J9BA 2G0FA 1QQ2A 5CYYA 2EIOA 3O6TA 5CAXA 1Z6MA 1YKAA 4GSSA 2FHEA 3IC4A 5ENUA 4YH2A 3TJJA 4XTSA 4K9ZA 4JZQA 1GSEA 3HA9A 3HD5A 2WJUA 4ECCA 5F8BA 3TUEA 3TKSA 1KEBA 3TB2A 4GSNA 1MD4A 4KCAA 3ERWA 4EF0A 1K0NA 2JZTA 4NWYA 4KAEA 2B5XA 1VRSD 3F4RA 3U5RE 3ZYWA 2I81A 4WR5A 1U3IA 6GSWA 3P90A 3A2WA 3IAS2 3DRNA 4KDXA 4AGSA 3ERFA 2CZ3A 2FGXA 4WR4A 3PGTA 3CMIA 1NHOA 3DD3A 1FB6A 1HQOA 2C3TA 4TXOA 3F3QA 2WRTA 1XOAA 1X9SB 3EURA 4YAVA 5GSSA 2HRFA 3VWUA 4EDYA 3BOAA 1DE1A 1TRWA 1GTIA 1LBKA 20GSA 2GLRA 5AIVA 4KE3A 2CA8A 4N11A 1AQVA 3GURA 2YZUA 2OBIA 4LMWA 4BVXA 1XIYA 5G1LA 2H8LA 4JEDA 2IMDA 2NDOA 5JCGA 4PXOA 1CQGA 2KLXA 3KM6A 3I43A 2MMOA 4I8BA 3IBHA 1WP0A 5DAKB 2I9HA 3D21A 3CBUA 1LU4A 2IFQA 1XXUA 5CO3A 1AQXA 1PX6A 2ALBA 3TJGA 1NM3A 1GTAA 4O32A 4KW6A 2V1MA 1QMVA 2L6CA 18GSA 3IV4A 1DUGA 5EPFA 5B8BA 2G2QA 3EWLA 3ZMLA 4EL1A 4E8EA 3LYKA 4IP1A 1LJRA 4I5QA 2JZRA 3DGQA 1JFUA 3CRUA 4K6XA 3WGDA 1ZL9A 4WF5A 4IKHA 3EVIA 3WT1A 4KUNA 2JZSA 19GSA 1PKZA 3G7IA 3F4SA 4LMVA 5A4WA 2YV9A 2F51A 4EC0A 3KTLA 4HU7A 4DEJA 4J2FA 1JZWA 1M9BA 4KH7A 4PUFC 1M0UA 2HYXA 1M2BA 3ME7A 2H74A 2YJ7A 2FCHA 4MP4A 2WULA 4XRDA 4Q5QA 3ZIJA 5ECMB 2H71A 1AC1A 3R2QA 2LS5A 4OO5A 1C72A 3EMXA 5HFKA 2GVPA 5J41A 3QD9A 1T4ZA 2WFCA 4G10A 4GF0A 1B4QA 2DIZA 3LEFA 4IJ3A 2GGTA 4EO3A 1SD9A 4OCEA 2J23A 1SJZA 2O85A 2PVQA 2HZEA 3D22A 4IELA 1FHEA 1N2AA 1CQHA 1OE8A 2QKEA 1V2AA 1R7HA 4BA7A 1OC9A 1Z6NA 4GCIA 3TOTA 4NMUA 3QAGA 4JRRA 1U87A 3H93A 4PQ1A 3H4KA 1SK1A 4IN0A 4ID0A 3HYPA 2P5RA 3EMPA 4NHZA 2ZCTA 6GSXA 4QQ7A 2KHPA 3U6VA 5EL8A 3HY2A 2L5OA 3VWWA 5ECSA 3UBLA 5ECOB 1TRVA 2VUPA 2HI7A 3WGEA 5CNWA 3CTFA 5JCUA 3C73A 2A2RA 1WJKA 3TCOA 4RQXA 2EIRA 5F07A 1B4PA 4EXJA 5CRHA 2CX3A 2DMMA 2H1AA 1M9AA 1K0MA 2XBQA 1B48A 3N9JA 3ERGA 1FVKA 4ZL7A 1ZYQB 1VGLA 2YJHA 2EIQA 4KNDA 3Q18A 4TVEA 5ECRB 1SL0B 2HLSA 3O3TA 3ZTLA 2L6DA 3L9SA 4YAPA 3VLNA 5D9VA 3M9JA 3IRAA 1X5CA 2LTKA 4MLYA 2HRNA 2FWGA 5DCHA 1OKDA 10GSA 4LL1B 5CRDA 2ON5A 3V1WA 3TGZA 5LD0A 14GSA 2CAQA 4MJEA 4KGIA 4XS4B 5D73A 2LJAA 2VCQA 3A5WA 1KNGA 3W6GA 2JACA 2YZHA 5D93A 2QGVA 2L5LA 2R4VA 5LNKe 2V41A 5KN3A 1NSWA 2GZPA 2VLVA 1S3AA 3KXOA 2VL9A 1XPVA 5DALA 4D73B 3HJMA 3UARA 3M8NA 4HQZA 3LSZA 5ID2B 3RAZA 4ISDA 3GH9A 2JU5A 4OFNA 4AF2A 2RIIA 2H6ZA 5HR1A 4WBJA 4TOPA 3APQA 4MF7A 2VAFA 3HZ8A 2B7JA 4YQUA 3C1SA 3GN3A 4K7NA 1XWAA 4V2LA 3FR3A 22GSA 1F2EA 3ZVJA 2LRTA 4G9HA 3QCPA 4ML6A 4KCEA 4ZB9A 2OE1A 1O81A 5COHA 3CSHA 3TKPA 4ZBBA 4TRXA 4GQFA 4QL7A 3KCMA 2LRCA 4POMA 5DDLA 1ZOFA 2V2GA 3M3MA 4F0CA 3W8SA 4ML1A 1R4WA 1UC7A 5CREA 1B8XA 4JR4A 2B1LA 1W4VA 1YF0A 2RUEA 4MH2A 3KEBA 1T00A 5AIXA 1FW1A 3A2XA 1KTEA 1WMJA 1Z9HA 4XRAA 3IK9A 7GSSA 4KX4A 3RPPA 1V57A 3KD0A 1DE2A 2MMAA 4PNFA 2IPAA 1W89A 2DC5A 2XPEA 2WZ9A 5J3RA 1MEKA 1WRYA 2IMKA 1TK5B 4TR3A 2FLSA 3D4MA 1MTCA 3FY7A 2LQQA 3TDGA 4V1Ag 1M99A 3RHBA 4KA0A 3VPQA 2H6XA 3EINA 1EV9A 4X0XA 2R37A 1X5EA 5B6NA 3QR6A 2C0EA 4FYBA 1EGRA 3GL3A 3C71A 3F9UA 3CSIA 3RDWA 5IMAA 1NW2A 2H01A 3MAKA 3P8WA 1X9WB 4Q5FA 1XW6A 4LLRA 1GSUA 2GZZA 2OADA 3JCML 2H72A 1SD8A 2H76A 4MMMA 2GSTA 2L4CA 3MNGA 2VD1A 4IGJA 5INYA 2CV4A 4ZXGA 2C80A 3C7MA 1E2YA 1U88A 2PN8A 3EYTA 4QL9A 1GSYA 1TDIA 3QFAC 4JR6A 3TRPA 1GH2A 4OWYA 2F3MA 3LXTA 1VF4A 2OBKA 5HR0A 1THXA 4MCUA 3L9UA 2VCTA 4L8EA 2X8CA 1FO5A 1K0BA 3WYWA 4KSOA 3FZAA 1VF1A 3L78A 4K0GA 2WDUA 4DSRA 3LJRA 1JLVA 4O7HA 3TRXA 2DJ2A 3KH7A 3GTUA 4WKWA 2CVDA 2VCWA 1A8YA 1K3YA 1Q98A 2P5QA 4MJBA 4L5OA 3WT2A 5ELAA 1AW9A 2LV3A 2CVBA 5IPGA 1J08A 3L4NA 1AQWA 4ILFA 3IDVA 2LNTA 2TIRA 2RLIA 1K0OA 2YCDA 2P0GA 2E2MA 1R5PA 1EP8A 4MPGA 3CRTA 2OKAA 5AISA 2H0IA 5HR2A 4JBBA 4WXTA 1AUCA 2OJLA 5L71A 2B5EA 3BCIA 2FUG2 3PR8A 3C8EA 2RM5A 3A2VA 4XS6A 1WWJA 4MF6A 3FK8A 5E59A 6GSSA 3OR5A 3ZITA 3K8NA 3GIXA 4WF4A 1GSQA 4KB3A 1ON4A 1ST9A 4TXOB 2L4QA 3CYNA 4MDCA 3HJOA 4LL4B 4EKZA 1GSDA 1GTBA 1QK8A 1RQMA 3RHCA 3CTGA 1XWBA 5HQPA 5KEJA 4HJ2A 2AV4A 12GSA 1OE7A 2NVLA 2RUFA 4RUVA 2JSYA 2FA8A 1OVNA 2I1UA 3G7YA 1SENA 2V6OA 2GZYA 1GL8A 4V2MA 4ULXA 4ECBA 1PSQA 3KTBA 5IO2A 1PKWA 1RW1A 2FWEA 2AYTA 2YOIA 1G0TA 4HS1A 2R2JA 3A3TA 9GSSA 4NAXA 1SKSB 2M46A 4FYCA 4TR0A 1AAZA 2KOKA 3APSA 3NOFA 1JZOA 5DBQA 3Q19A 5ECKB 4HU9A 5GAPD 2O7KA 4K8MA 2IFQB 4TR1B 3KIJA 1ACVA 2C3QA 4HI7A 4I2TA 4MJAA 5FWGA 3VI7A 2K8VA 3HXSA 16GSA 5G1KA 4F03A 1VF2A 4Q5RA 2YWIA 2AB6A 2GT5A 1PQNA 3BCKA 3ISOA 4L0UA 1O8WA 4ZL9A 3LYPA 2VCZA 4F0BA 5CP1A 2PWJA 3EU3A 1F3BA 2C3NA 2FY6A 4L0WA 1TK0B 5F05A 4IHUA 1G6WA 1A0FA 1K0AA 2DJ3A 4WBRD 1M2DA 2TRXA 3CXGA 5C00A 1OAZA 2AHEA 3TKSC 1GUMA 1JHBA 1X0RA 1QUWA 2H73A 1YDKA 1I9DA 2GDRA 1PL2A 3GNJA 3NZNA 3KMOA 5F0GA 3DXBA 2VL2A 3ZVJD 3QDNA 1PGTA 4FH8A 2CVKA 2OE0A 1ERWA 2L57A 1Y25A 5A4UA 2JL4A 3F6FA 4FO5A 2L59A 1JLWA 2VM2A 4G19A 1PN9A 5FT3A 4BVYA 2FD3A 3HVXA 2VCVA 2QC7A 3KMNA 2X8GA 1OYJA 4XCSA 1Z5YE 3UL3A 4WEYA 2VD0A 8GSSA 2I4AA 2KUCA 2GSSA 1PD21 1QGVA 4E8HA 2XC2A 2HZEB 3GSTA 5G5FA 1FOVA 2CX4A 5DQYA 5A5KA 1GLPA 4DVCA 4K2DA 5H5SA 1YF1A 1ERTA 1M7TA 3NIVA 1GRXA 4GLTA 2HFDA 3TJKA 2LQOA 1PRXA 1GP1A 4EUYA 1G7EA 5HR3A 3DMLA 4I97A 2R3XA 4NV2A 4LA1A 1DSBA 2WGRA 2ZUPA 3H1NA 1Z7PA 4XHMA 4O5RA 4F82A 4GRFA 5CRGA 4BWQA 4K7OA 1ERVA 4PNGA 2V32A 2VIMA 3H79A 2WB9A 1TOFA 3FR6A 2FWHA 3UEMA 4OCFA 5EY6A 5IO0A 2CZ2A 1TXXA 2C4JA 2H66A 2GQLA 3TOUA 4HEA2 4BL7A 2M72A 3HHVA 1TU7A 1Y6EA 3KJYA 3UVHA 1G7OA 3LFLA 1WPIA 2GQKA 4K1FA 4N30A 2I3YA 1TJDA 4IS0A 1XFLA 6GSYA 1GNWA 5D96A 5IM9A 5AN1A 4Z7XA 4HJMA 1YEXA 4XS1A 3KGKA 1M2AA 2N5FA 4RI7A 2TRCP 4N0ZA 3DIEA 1THOA 1XW9A 3DVXA 5JWRB 4EDZA 5DALB 4YQMA 2A4VA 1ZZYA 3UIWA 3KH9A 4CW9A 3SWLA 2YWOA 3LGCA 1IYHA 1TTZA 1EOHA 2YN1A 5DJLA 1K0CA 4MF5A 3HDCA 2IMFA 1S3DA 1UN2A 5IMDA 1V9WA 5F06A 2B5YA 4J57E 2GT6A 1XVQA 1TRUA 3UOMA 4N0VA 4GWRA 3GKNA 3GUSA 5IQYA 3F63A 3VPTA 1K3OA 4EE0A 4NV5A 2NTOA 2JSZA 4I6XA 2R5GA 2IJYA 2DJ0A 1A2LA 1EEJA 2MYGA 3UVTA 1UA5A 2LUSA 1UVZA 4IBPA 4NPBA 3SBCA 3ZREA 3GL5A 1BYEA 1MDJA 2DLXA 3P2AA 2BMXA 1EWXA 2IIYA 1A23A 1B9XC 2PPTA 4MZCA 3HVSA 1YQ1A 1H75A 1EZKA 3VK9A 4AJ8A 2XPDA 1XWCA 3E9JB 1F37A 2MMNA 3G7JA 5JWQB 4PX1A 2HE3A 1OKTA 2LJRA 3G9BA 2VL3A 2N5AA 1Q4JA 3ZL5A 1SL1B 3BJ5A 5H5QA 2GS3A 4DSSA 5G2ZA 4IW9A 1R5AA 3H8QA 1GLQA 3DYRA 1XW5A 4IQ1A 3IK7A 5GSTA 4X1UA 3HJPA 4XIHA 5B8AA 3GH6A 1SL2B 2CT6A 3GKXA 1X9MB 1DBYA 2E2GA 2HNLA 1GULA 2PBJA 1YKCA 3L0HA 3KZQA 3QAWA 3IE3A 3F6DA 1V40A 2PERA 1QFNA 2MBTA 2KP1A 5IPHA 3F4TA 4POLA 3GRXA 4V1Ap 5B6MA 3IR4A 4HDEA 3E3EA 3O76A 3HKRA 3HVVA 3ED3A 1A2MA 5J5NA 2YWNA 3I6AA 1NHYA 1GWCA 3FR9A 1MD3A 3TJFA 1PL1A 2O8VB 2QSIA 1WIKA 2OA7A 3D6IA 3KP8A 4DSQA 2VM1A 5G31A 4IP6A 3ZZXA 1MDKA 2OACA 2DJKA 3DVWA 5D9XA 4H86A 4HZ4A 1S3CA 4OO4A 2CQ9A 1FAAA 2K9FA 3FW2A 4ECIA 3FYGA 3D4TA 4CHSA 3EC3A 1SK0A 1XVWA 2CAIA 3GKKA 2VLTA 2FNOA 2PGTA 4MJCA 17GSA 4J56E 4MK3A 1U6TA 1I5GA 1SJ6A 3IXRA 1T8EB 1A2JA 1ZGNA 2XHFA 2YWMA 3LXZA 3GTUB 3APOA 2F9SA 4YQVA 1QXHA 4N10A 4V2NA 4F9ZA 2LSTA 2VO4A 3FKFA 1EEMA 4MPFA 4RQRA 4MA9A 4K0NA 3UJ1A 1SKRB 1Z7RA 3W8JA 4KSMA 5HFIA 2C1YA 1V98A 2IL3A 1A24A 1HNBA 3F0IA 4EVMA 1F6MC 3CSJA 3S9FA 1AXDA 1F9MA 2H30A 5DAKA 3TJBA 1N8JA 2A2SA 2GSRA 3HZ4A 1WOUA 3VURA 3ZLPA 3FHKA 2OE3A 5KN0A 3N5OA 1HNAA 1T3BA 3QAVA 2X99A 4JE1A 3FZ4A 3LQ7A 1O6JA 3TRQA 2LNSA 2HSHA 2GQMA 3UMAA 3KP9A 4PQIA 1BQ7A 2XBIA 2VOCA 1TKDB 3FZ5A 1IYIA 3P7XA 1OC3A 4IJIA 3LORA 3IPZA 1PX7A 3QFBC 2PVOC 1BEDA 3UAPA 4TR1A 4ZIJA 3IAM2 3IHQA 4KDYA 2HT9A 1ZMAA 3J7Yk 1BX9A 2REMA 2YNXA 5CRWA 1JZDA 2LRNA 4MZWA 4POKA 1PA3A 2ES7A 1A8LA 2IN3A 4GXZA 1B9YC 2VLUA 1USBA 2PUKC 2DSAA 3M9KA 2VCXA 4JU5A 3QPMA 4GQCA 3Q6OA 1GSFA 5ECHB 2DBCA 2BTOT 3GMFA 4AJ7A 2K8SA 1SKWB 3M1GA 4PQHA 2DJ1A 4NXIA 5B7CA 2B1KA 1GTUA 5AGYA 4ACSA 3ZRDA 3FZ9A 3GHAA 2DIYA 5DVBA 2ZNMA 1HYUA 3QOUA 2X64A 2C0DA 1YJ6A 1GUKA 1TW9A 3RBTA 1O7UA 2MBSA 3FEUA 1RK4A 1SK2A 5ECQB 2YV7A 3GSSA 4FYUA 1OC8A 1SYXA 4NHWA 2WCIA 2Z9SA 3BD2A 4MZBA 5IMZA 4TKYA 4PURA 3VWVA 2F8FA 3TKRA 2C0FA 2H0GA 5G30A 1TP9A 5FHIA 3DEXA 1K0DA 5IOXA 4HQSA 4HOJA 2DMLA 2PU9C 1A0RP 1ML6A 3E0UA 3MSZA 1HNCA 2F8AA 4ZL8A 1URMA 1SU9A 3EU4A 3RPNA 3WGXA 4TXVA 4GSTA 1YEPA 4IVFA 1OC9B 2WS2A 2H1DA 4OFMA 4P3YB 1H4OA 2H75A 2YPMA 1BJXA 5IIZA 1T1VA 2GTUA 4K7IA 2NPBA 3US3A 4WETA 6GSTA 2GSQA 3HCZA 3AY8A 2KP2A 3L9VA 4OD7A 4BWSA 2BJXA 4X43A 3LG6A 3I69A 1XZOA 1V58A 2HZFA 4XS4A 3F3RA 5A4VA 4I2UA 2JADA 3ZFLA 5KN1A 5IMFA 2LEGA 2IMIA 2HXKA 3GKMA 5JCWA 5G5EA 2J9HA 2N5BA 3UBKA 4MH3A 2EC4A 4GTUA 2B6MA 1X5DA 2H70A 1YY7A 4G2EA 4D73A 5LCZA 1EV4A 1TI3A 3PH9A 5IMVA 4FIWA 5ID2A 3IA1A 5H5RA 3VFIA 4ECJA 1U3AA 4POBA 1J0FA 1E6BA 4Q5NA 2H1BA 1XWGA 1GSSA 2HSYA 2IWTA 1XWKA 6GSUA 4PUAA 4PGTA 3VWXA 2FA4A 2AUVA 2YANA 3I9V2 4TN8A 2H0HA 5J9CA 2AJQB 2B3SA 3EE2A 2V6KA 3FRCA 5IOWA 2B7KA 1T4YA 5DCGA 1SYRA 5ECNB 1T7PB 4ZBAA 3ZIVA 5IMCA 1WE0A 2RM6A 1BAYA 2K6VA 2PMTA 2ON7A 5DQSA 4F2IA 5HFGA 1EP7A 5D8IA 1ZCPA 3GX8A 3WD6A 5DJMA 1FB0A 4TW5A 1R26A 2YP6A 2VL2C 4TR4A 2D2ZA 4KDUA 4ZB8A 2FWFA 1EOGA 1XBSA 3GV1A 5D9WA 2LKUA 2O89A 2NBSA 2P31A 3QMXA 1Z3EA 5JWOB 5GAND 4O92A 1JZRA 1O8XA 3IOSA 1PMTA 4ZB6A 4CDOA 1GNEA 2H1GA 5J9BA 5ELGA 4L5LA 3BBYA 4ZILA 5EVOA 2H19A 1F3AA 3LWAA 1TI1A 4AJ6A 1ABAA 2E0QA 13GSA 3ME8A 1ZYEA 2M80A 5ABRA 2H6YA 3GX0A 5KN2A 3GYKA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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