5B8BA

Crystal structure of reduced chimeric e.coli ahpc1-186-yfskhn
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
MSLINTKIKPFKNQAFKNGEFIEITEKDTEGRWSVFFFYPADFTFVCPTELGDVADHYEELQKLGVDVYAVSTDTHFTHKAWHSSSETIAKIKYAMIGDPTGALTRNFDNMREDEGLADRATFVVDPQGIIQAIEVTAEGIGRDASDLLRKIKAAQYVASHPGEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Transition steps in peroxide reduction and a molecular switch for peroxide robustness of prokaryotic peroxiredoxins.
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli (strain k12)
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
total genus 48
structure length 165
sequence length 165
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2016-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5b8bA00
2CX4A 2EIOA 4X0XA 1FG4A 2E2MA 4IBPA 2AAWA 2FA4A 4POLA 2OADA 3GKMA 2GQKA 1GTIA 3KMNA 4WXTA 1QMVA 2LEGA 1HYUA 4H86A 3EU4A 4O5RA 3KEBA 2HZEB 3ZFBA 3HD5A 3F4SA 2JSYA 2H73A 3TJGA 3EMPA 5CP1A 4RQRA 5J9CA 1AQVA 2P5RA 3APQA 2MMZA 3G7IA 5D96A 2C0FA 3IXRA 3SBCA 2YWNA 4MZWA 3FEUA 4K7IA 2I81A 1ZYQB 2X8GA 2O87A 3HVVA 1WE0A 1BJXA 3FYGA 3R2QA 3M3MA 4FYUA 3W8SA 1T00A 1SENA 3H8QA 2FY6A 3NZNA 2WULA 1QFNA 1IYHA 3Q6OA 1WOUA 4HZ4A 5DQSA 2N5BA 3QD9A 1FHEA 2WDUA 1TRVA 5HFIA 3L9SA 1WPIA 5DCHA 1TRUA 3E0UA 2R4VA 2L6CA 2LRNA 4DSRA 2L59A 3CYNA 2H0GA 3ERGA 3TKQA 2D2ZA 1U3AA 4MMMA 2VCTA 2HZEA 3FZ5A 2L5LA 2GT5A 2B6MA 3CRUA 3CSJA 1Z7RA 1EOHA 2IMIA 3KD0A 2JZRA 1VF3A 2I9HA 4N0VA 4NHWA 3HHVA 1ZMAA 1O85A 4ECJA 6GSSA 4EDZA 3UBLA 1ERVA 2FGXA 5JCUA 2L57A 3HJMA 3PGTA 3IA1A 22GSA 1EWXA 2HRFA 2EIRA 1JFUA 3GIXA 5ECPB 1B9YC 4ML6A 1MDKA 4MABA 1ZOFA 3D4MA 1YKAA 3VWXA 3CSHA 4OWYA 1GP1A 2B1KA 2GSTA 2GZPA 1TK5B 2A2SA 1HD2A 2DMLA 4WETA 2HRNA 5ECRB 4MA9A 3RPPA 5HR3A 3UVHA 5AGYA 3S9FA 2KLXA 3ME7A 4GXZA 1V2AA 2VO4A 3VWUA 1GTAA 2GZZA 1VF1A 3TJJA 3LORA 2CZ3A 3TKPA 4PGTA 4AJ6A 1O7UA 2OBKA 5IMCA 2BTOT 3GKKA 5GAPD 4OCFA 5C04A 4TVEA 2IPAA 3O76A 2B3SA 5B8BA 3KZQA 1YEXA 5FWGA 3TUEA 1BAYA 1K0DA 3HY2A 3TKSA 1DE1A 1S3AA 4L0WA 4KUNA 2CVBA 2YNXA 4BVXA 2PPTA 4XIHA 2MBSA 2B5YA 2NVLA 13GSA 3TOUA 5A5KA 4TN8A 1J9BA 2AB6A 5HQPA 1Z6MA 3WD6A 11GSA 3FR9A 4I2TA 3BD2A 3FR6A 1KNGA 1GSQA 4I8BA 1A8LA 2R2JA 4JR6A 1TJDA 2CX3A 1DBYA 1CQGA 4K7NA 4ID0A 1R26A 5IMAA 1N2AA 1JLWA 1SL2B 3DRNA 4TXOB 2FWEA 4V2NA 2ON5A 1NHOA 3DVWA 2J23A 2L6DA 4MH3A 4JEDA 2HNLA 5J5NA 2QKEA 4HEA2 1G7EA 4K9ZA 2PVQA 2YWIA 6GSWA 2YZUA 4V2MA 3IOSA 4N10A 4F0CA 4Q5FA 1GRXA 3VWVA 4ZB6A 3DEXA 3GFKA 2CA8A 5ECNB 5D9TA 4AF2A 2LKUA 3FW2A 1AW9A 3GX8A 4ZB8A 4NWYA 1USBA 2VM2A 1GUKA 4V1Ap 5FT3A 2E7PA 5ECMB 2FD3A 3BCIA 5JWOB 3LYPA 1B4PA 3FRCA 2J9HA 1TW9A 2YANA 4POMA 3HJOA 4TXOA 2YP6A 4E8EA 3GKNA 2K9FA 2H70A 3M1GA 2OBIA 2ZUPA 4IHUA 5F06A 4EL1A 3ZZXA 2ON7A 1A2MA 1Z6NA 4NV2A 4RI7A 1X0RA 1OYJA 3Q74A 3VPQA 1K3OA 3HCZA 1XOAA 3IAM2 4NV5A 5L71A 4GSSA 4K0NA 4ZL8A 1U3IA 3IPZA 4HOJA 4ZB9A 1THXA 3KIJA 4WKWA 5DCGA 1XW6A 4IQAA 4N0ZA 3U5RE 6GSXA 4L5OA 5HFKA 4O32A 4POBA 1TK0B 1PKWA 3EE2A 4PUFC 2K18A 3CTFA 1XBSA 1XIYA 4WF4A 3ZLPA 4ML1A 4KSOA 3P90A 5G5FA 1V58A 4XRAA 1PA3A 2OE1A 3TKSE 4Q5RA 1EOGA 2RM6A 3GTUB 4KAEA 5E4WA 1HNCA 1BG5A 2CT6A 1TRWA 1NW2A 3TKSC 2FNOA 2GT6A 4ULXA 3ZRDA 1E6BA 2H6ZA 5EVOA 2JU5A 5J4UA 3F9UA 18GSA 4GQCA 4WBJA 4KGIA 4LMVA 1FB6A 2AYTA 3BJ5A 5DJLA 1YF1A 1SK1A 2C1YA 2BMXA 1X5DA 3CSIA 5B8AA 3HA9A 3VPTA 3ME8A 1ZGNA 1R5PA 1ZZYA 1XW9A 1Z7PA 3TKRA 1GSSA 1ACVA 3VWWA 5H5QA 3QPMA 2HYXA 4PX1A 1THOA 4FH8A 4IGJA 3A2WA 4EVMA 3RDWA 4AJ8A 4NMUA 2HI7A 4FIWA 4KDXA 2O8VB 4XTSA 4Z7XA 1OC8A 2I3YA 1PSQA 4IP1A 1T3BA 1E2YA 2R6KA 1FVJA 2B7KA 2B7JA 2DJ3A 2H71A 4HU9A 4EUYA 2CVDA 1Z3EA 4GSTA 4PURA 4ZXGA 1SJIA 1YZXA 4ISDA 5E59A 4HUAA 4V1Ag 5IMDA 4PXOA 4ZBBA 3D0ZA 3IR4A 1MDIA 3N5OA 1SKWB 1HNBA 1AC1A 1FW1A 5KN3A 1EP7A 5GZZB 1GLPA 3H79A 4KW6A 5GSSA 3HDCA 1TDIA 3HKRA 2IFQB 2DJJA 5ELAA 1PKZA 4ECIA 1W4VA 3EVIA 2V2GA 2E0QA 2RIIA 4IW9A 1K0BA 2B5EA 3GV1A 5ID2B 3GH6A 1TU7A 2YV7A 3EU3A 4XS6A 3FZAA 4V2LA 3RHCA 3I6AA 4F2IA 1TRSA 1K0MA 1XWCA 2CVKA 4ZIJA 2CZ2A 3GRXA 1JHBA 3TRPA 1B8XA 4MDCA 2TIRA 1V40A 4X43A 3L9UA 2CAIA 1GNEA 4LLRA 2HLSA 1EEMA 3GSTA 5IMZA 5CRDA 3UEMA 1O81A 4GTUA 2PUKC 3LSZA 2HSYA 5DVBA 4I2UA 3L4NA 4PNGA 3QCPA 1BYEA 4N30A 4LL1B 4ILFA 2H1GA 1G6WA 2IWTA 2G2QA 4PUAA 1ON4A 4DEJA 5KN0A 5DQYA 4WR5A 2YN1A 1VF4A 1AQXA 2RUFA 4TR1B 4TRXA 3DVXA 3D5JA 2WRTA 4IELA 3UL3A 1BQ7A 2LSTA 7GSSA 1JZWA 4J57E 5ENUA 3G7JA 4EF0A 1YJ6A 3F63A 4WBRD 5DAKB 3VI5A 2HT9A 1GTUA 4DSQA 3F6FA 1V9WA 2H1DA 1WWJA 6GSYA 2EC4A 2C4JA 2AHEA 3RAZA 3HVXA 2VLVA 2VL9A 2DLXA 1M2BA 5IOWA 4MH2A 3QOUA 2DSAA 2DIYA 2X8HA 3IAS2 2WGRA 1W89A 1OVNA 1WIKA 4MPFA 2H66A 1Y6EA 2YZHA 4GLTA 1Q98A 1NM3A 3L9VA 4TR1A 2OJLA 5G1KA 3A5WA 3FY7A 5IMFA 2LS5A 3C71A 1NHYA 4JU5A 3GKXA 4O92A 2DIZA 4FO5A 2C3QA 2Z9SA 3PINA 3RBTA 2DBCA 3M0FA 2KP1A 1RQMA 4GRFA 2N5FA 4YAVA 4WR4A 3FK8A 2XPEA 4ECBA 1HQOA 1B48A 2JL4A 1JZOA 3J7Yb 3I43A 2X99A 3FZ9A 1KEBA 2LJKA 4BVYA 5CRGA 1F9MA 4NXIA 1SJZA 3WYWA 3ZVJA 3EWLA 3P2AA 4JZQA 2IMDA 2MMNA 1EGOA 5A4UA 1C72A 20GSA 2H8LA 5AIXA 3KH9A 1ABAA 3F6DA 3KCMA 3BBYA 2DMMA 3GYKA 4IJ3A 2YOIA 3GSSA 1OC3A 1XW5A 2XPDA 4EE0A 1WP0A 2CAQA 5EL8A 3UJ1A 2PVOC 2GSRA 4J2FA 3GA4A 6GSUA 3UARA 3I69A 3LXTA 1PQNA 3FKFA 3OR5A 1URMA 4J56E 3CBUA 1ERUA 5AN1A 4IKHA 4HJMA 4OMVA 5AIVA 1X9MB 1IYIA 3DD3A 1HNAA 5A4WA 1FO5A 2NDOA 3M9JA 1ERWA 2JSZA 1GSDA 3F3RA 2F51A 1TTZA 4MJBA 5ECSA 1H75A 2DJ1A 4IN0A 3EINA 4Q5QA 3APSA 1LBKA 2WZ9A 3G9BA 3KXOA 2LRTA 2X8CA 4L0UA 1GWCA 2GQMA 2GQLA 2EIQA 1U88A 5KN1A 5KN2A 4AJ7A 2V32A 1O6JA 4DSSB 3EYTA 2IN3A 4JE1A 4OO5A 4F82A 5IQYA 3DIEA 1YY7A 2B1LA 4BWSA 5ECIB 8GSSA 5D9WA 2H1BA 12GSA 4MF6A 4CDOA 1B9XC 1X5CA 4K8MA 2C3NA 4XRDA 1GSFA 4OFMA 4K0GA 2CV4A 2BJXA 1PX6A 1GTBA 4HU7A 1SL0B 1XWAA 1YKCA 1RK4A 2HSHA 5ECQB 3KGKA 1JZDA 4CW9A 3HZ8A 1V57A 3GN3A 2M72A 4X1UA 3ZIVA 2JACA 1PL2A 4HQSA 1JLVA 5EY6A 1SD8A 2LJRA 1MD3A 2LV3A 2VM1A 2H72A 1UC7A 2V41A 1VRSD 4Q5NA 1XVQA 2I1UA 3Q19A 5C00A 2X64A 5LD0A 3WGEA 1JZRA 3F3QA 3WT1A 2GTUA 1OAZA 3FHKA 1PN9A 5CRHA 3TB2A 4JR4A 3E9JB 3IRAA 2XBIA 4YQMA 5IMVA 3D6IA 5HFGA 4EO3A 4ZL9A 3W8JA 5GAND 1GUMA 1XWKA 1K0NA 3GMFA 3KMOA 4L8EA 3VLNA 2GSQA 3C1RA 3FZ4A 1M2DA 2NBSA 4BWQA 2H01A 1H4OA 5G1LA 3KH7A 3UIWA 5LNKe 3IHQA 5H5SA 3M9KA 16GSA 5G5EA 1MEKA 1T4ZA 3ZIJA 5D9XA 5G30A 2HXKA 5HR2A 3QFAC 2K8SA 1XXUA 4NAXA 1XVWA 3QAVA 5CYYA 6GSVA 1TI1A 3GUSA 2A4VA 3HVSA 3MDKA 4TKYA 1GSEA 4XS4B 3D22A 2PMTA 1PD21 4O7HA 5IPGA 3DYRA 1YF0A 3ZITA 3ZFLA 1U87A 3QMXA 4K6XA 2G0FA 3MNGA 6GSTA 2YJ7A 5ELGA 1ST9A 3LXZA 4BA7A 3TOTA 5ABRA 4EC0A 1R7HA 4HZ2A 1T1VA 4G10A 2VAFA 4RQXA 4MK3A 3F8UA 5FHIA 1T8EB 3UMAA 2N5AA 5D73A 2REMA 4EKZA 2B5XA 1PGTA 2V1MA 1OC9B 2KHPA 4G19A 1F6MC 1F37A 4E8HA 3J7Yk 5D8IA 2GVPA 2VL3A 2WB9A 1J08A 5H5RA 2YPMA 1TI3A 2RLIA 1SL1B 2R5GA 2MMAA 4GCIA 4KX4A 2HZFA 2PN8A 3GURA 1O73A 1OKTA 1GUHA 1FB0A 1QUWA 3HXSA 3GTUA 1EV4A 1XOBA 1K0AA 2JZSA 1T4YA 1SK0A 3UOMA 1AQWA 1VF2A 2WCIA 2DJ0A 1SYXA 3M8NA 1WMJA 3DXBA 3K8NA 4QQ7A 3HYPA 1I5GA 1N8JA 3HZ4A 2YCDA 2GSSA 1A24A 3EC3A 1GL8A 3PR8A 5HR0A 4BL7A 2M46A 1OC9A 4GSNA 17GSA 1ZYEA 3RPNA 1J0FA 2PGTA 5IO2A 4OD7A 2OE0A 4XCSA 2H19A 5IIZA 3ZMKA 4KNDA 3TGZA 3VK9A 3US3A 2VD1A 4IS0A 1EGRA 1WJKA 5KEJA 2FWHA 5IPHA 4G2EA 1A2LA 3SWLA 1Z9HA 1MD4A 4ACSA 2YV9A 1ML6A 2NTOA 5CNWA 4ZBAA 2MZCA 4TOPA 1A8YA 1VGLA 2RUEA 4F03A 1LU4A 3HJPA 4PQ1A 2VCZA 2IMFA 1OE8A 1TOFA 3QFBC 4MJCA 1AIUA 3ZTLA 4G9HA 2MYGA 4GF0A 1TP9A 2VOCA 4HQZA 5J3RA 2LQOA 1SKSB 4ZL7A 4QL7A 1KBNA 1SU9A 3CTGA 3ERFA 4I97A 2L5OA 2GGTA 4PNFA 3FR3A 4LMWA 2KUCA 4N11A 2IFQA 1WRYA 3TDGA 2XC2A 4OFNA 2PERA 2O89A 3CXGA 2IL3A 3P8WA 1O8XA 1A0RP 5ID2A 1TKDB 3P7XA 3IBHA 3TJKA 2H75A 1GNWA 3EMXA 2YWOA 5A4VA 1XZOA 2M80A 4FYCA 3UVTA 3TCOA 3C1SA 4LA1A 4EDYA 5CRWA 4MZCA 4XS1A 1X9SB 1R5AA 4IVFA 3AY8A 4MJEA 4KSMA 4XHMA 5INYA 1SK2A 3LWAA 2L4QA 2PBJA 3LFLA 4K7OA 4WF5A 1EV9A 5B6NA 3JCML 3KM6A 3TRQA 1M9BA 1TXXA 2ALBA 4DVCA 3QR6A 4QL9A 3ED3A 4HDEA 5JWQB 3A2XA 5DALB 2L4CA 4EXJA 2YJHA 1K3YA 2H6YA 1BEDA 3KJYA 4IJIA 3C8EA 2AUVA 3L78A 2ZNMA 1DUGA 3IC4A 3F0IA 4TXVA 1GH2A 5D93A 5LCZA 2WJUA 1LJRA 2LJAA 3QAGA 4K1FA 3V1WA 3LG6A 5DAKA 2FCHA 2XBQA 1DSBA 2VCXA 4OCEA 2YWMA 2DC5A 4CHSA 4TR0A 3GNJA 4TR4A 1K3LA 5F8BA 4KDYA 5JCWA 2HFDA 1PL1A 2DJKA 3E3EA 1X9WB 2VLUA 2OA7A 1K0CA 2H0HA 3D21A 4LL4B 2QSIA 2DJ2A 5DALA 2CQ9A 1AAZA 5AISA 2H0IA 1QGVA 19GSA 1MDJA 2F8AA 4JBBA 1XFLA 2H6XA 4POKA 4I6XA 1F3BA 1GSYA 5ECHB 1M7TA 1UVZA 1SYRA 2VD0A 3G7YA 5IO0A 3ERWA 4YH2A 4KCAA 5F0GA 4ECCA 2ZCTA 4MPGA 3CMIA 3GHAA 3KTLA 3F4RA 1YDKA 3Q18A 3PH9A 1SJ6A 1YQ1A 2IJYA 5COHA 5DDLA 5G2ZA 2PWJA 2VIMA 2H1AA 3LEFA 2H74A 4MF5A 3U6VA 1KTEA 1B4QA 4YAPA 3QDNA 4TW5A 2C0GA 1GULA 1M2AA 1ILOA 3L0HA 1PX7A 3EURA 4I5QA 3ZVJD 2MBTA 2OACA 5CO3A 1S3CA 3UBKA 3GL3A 4KA0A 4L5LA 3MSZA 1AXDA 4HI7A 2VCQA 1FVKA 3VI7A 3BOAA 3DGQA 4OFTA 1DE2A 4MCUA 3A2VA 5B6MA 2K6VA 1F3AA 1EP8A 4IQ1A 5G31A 3I9V2 4AGSA 2LNTA 14GSA 2LNSA 1ZL9A 3NIVA 3DMLA 3UAPA 2K8VA 4OO4A 3VFIA 4MJAA 1XWGA 2IIYA 2VL2A 3DWVA 3H93A 1SKRB 4WEYA 1U6TA 5GSTA 4D73B 2O85A 2RM5A 2LTKA 3LJRA 2F3MA 3ZYWA 1R4WA 4GQFA 2NPBA 1S3DA 3A3TA 3TJBA 5F07A 2FUG2 2P5QA 3H4KA 3CRTA 3ISOA 4PQHA 5F05A 3H1NA 1G0TA 4TR3A 1T7PB 2VCWA 2GS3A 1I9DA 3IV4A 3RHBA 4MZBA 4DSSA 5D9VA 5DBQA 1FAAA 2C0EA 2IMEA 2XHFA 1ZCPA 2JADA 4IP6A 2AJQB 4NPBA 2KOKA 3MWHA 1OKDA 4PQIA 2R37A 1XWBA 3GH9A 1ERTA 3W6GA 2HE3A 4ZILA 4D73A 2QGVA 5IOXA 1O8WA 4RUVA 1GLQA 1MTCA 1G7OA 3WGXA 5IM9A 4RI6A 4MF7A 4YQUA 5DJMA 1UA5A 2LUSA 1NSWA 4FYBA 4ZBDA 2P0GA 3QAWA 2TRCP 2V6KA 1EZKA 5JWRB 5ECKB 1SD9A 1A2JA 1Q4JA 4KE3A 3GX0A 2WFCA 4P3YB 1BX9A 1XPVA 3IK9A 1K0OA 4JRRA 4KH7A 1AUCA 1M9AA 3KP8A 2FLSA 1RW1A 2VCVA 3IK7A 2JZTA 2A2RA 1Y25A 4MP4A 2C80A 3APOA 5HR1A 2MMOA 1QK8A 3IDVA 2WS2A 2F8FA 1M99A 2P31A 9GSSA 2O7KA 2OKAA 3N9JA 2V6OA 3C73A 1X5EA 5J9BA 2C3TA 3KTBA 2FHEA 3D4TA 1G6YA 2VUPA 4KB3A 3MAKA 1PMTA 3LQ7A 2QC7A 3LGCA 3ZMLA 2AV4A 5CAXA 5ECLB 10GSA 2H76A 4XS4A 4K2DA 1CQHA 3ZL5A 2GDRA 3C7MA 1F2EA 2FA8A 4BPYA 2PU9C 1GSUA 1QQ2A 2OE3A 1QXHA 5CREA 1FOVA 5B7CA 2FWGA 1A0FA 1YEPA 2GZYA 3TRXA 1UN2A 4F9ZA 4KDUA 2VL2C 5JCGA 2H30A 1XCCA 5J41A 4YQVA 5EPFA 2TRXA 4GWRA 1OE7A 4HJ2A 2ES7A 2GLRA 3O3TA 2F9SA 2LQQA 2E2GA 3O6TA 1PRXA 3TJFA 3IE3A 3F4TA 1TU8A 1V98A 2FWFA 3WGDA 3KP9A 1Z5YE 3BCKA 4MLYA 1A23A 4NHZA 2I4AA 2C0DA 5ECOB 4F0BA 2LRCA 3DKSA 3LYKA 1TK8B 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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